黄颡鱼养殖群体遗传多样性与遗传结构的微卫星分析

为研究14个不同养殖群体的黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)遗传多样性及遗传结构,采用8对多态性微卫星引物对14个群体的209尾个体进行遗传多样性和遗传结构分析。结果显示：14个群体的平均等位基因数在8～10之间,平均有效等位基因在5.160～6.882之间,平均观测杂合度在0.633～0.717之间,平均期望杂合度在0.358～0.749之间,平均多态信息含量在0.594～0.681之间,均大于0.5。分子方差分析结果表明：3.69%的遗传变异来自群体间,3.93%来自群体内个体间,92.38%来自所有个体间,变异来源主要来自个体间,其中RB群体和WH群体的遗传分化最大(F_st=0.116),ZL群体和XB群体的遗传分化最小(F_st=-0.009)。基于遗传距离构建了UPGMA系统树,发现14个群体共分为5个聚类支,HJ、YZ、YH、YB 4个群体聚为一支,HQ和LG单独各自聚为一支,LZ和RB 2个群体聚为一支,DB、ZJ、WH、XH、XB和ZL 6个群体聚为一支。基于贝叶斯的Structure聚类分析同样支持14个...     

长江中游湖泊中黄颡鱼线粒体DNA的遗传变异

运用mtDNAPCR RFLP技术对位于长江中游的洞庭湖、涨渡湖、长湖黄颡鱼(Pelteobagrusfulvidraco)自然群体的种群遗传结构进行比较分析。PCR技术扩增出黄颡鱼mtDNAND1/2基因,选用8种限制性内切酶对PCR产物进行酶切,3个群体的黄颡鱼共检出15种单倍型,单倍型间的遗传距离为0 20%～2 08%(0 8135%±0 4095%)。各不同群体的单倍型在系统树上有部分交叉,虽然不同群体在各单倍型中出现的频率有所不同,但每个群体都和其他群体存在共有的单倍型。尽管单倍型的分布或结构有所不同,但种群间的遗传距离不大,与通江型湖泊相比,两个阻隔型湖泊间的遗传距离更为接近。     

安徽两水系黄颡鱼的微卫星遗传多样性分析

为了解安徽省内长江和淮河水系黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)遗传多样性和遗传结构,选用10个微卫星标记对9个自然群体共254尾黄颡鱼进行了遗传分析。共检测到等位基因数(N_a) 245个,平均有效等位基因数(N_e) 9.75个。各群体的平均N_a为5.20～14.80,平均N_e为2.64～8.93;平均观测杂合度(H_o)为0.496～0.671,平均期望杂合度(H_e)为0.557～0.818;平均多态信息含量(PIC)为0.500～0.790。AMOVA分析显示仅8.15%的遗传变异来自群体间,各群体间的遗传分化指数(F_(ST))为0.006～0.236。基于Nei's遗传距离的UPGMA系统树和利用Structure软件的群体遗传结构分析均显示,9个群体可被划分4或5个谱系,其中石台(秋浦河水系)、麻川河(青弋江支流)、阜南(淮河水系) 3个群体的个体遗传结构均比较独立,与其他群体亲缘关系较远;其他6个群体(长江水系的望江、无为、龙窝湖、泾县群体和淮河水系的凤台、瓦埠湖)的较为复杂,可能存在谱系间的混杂。结果表明,研究区域内黄颡鱼野生资源遗传多样性较高,地理群体间存在遗传分化且部分群体可能经历了瓶颈效应。     

4个瓦氏黄颡鱼群体遗传多样性的微卫星分析

为研究嘉陵江、沅江、汉水、赣江4个不同地区瓦氏黄颡鱼群体的遗传多样性及亲缘关系,随机选取80个微卫星位点对来自4个群体的127尾个体进行PCR扩增,成功扩增出48对微卫星引物,筛选得到25个多态性微卫星位点。测得的遗传多样性度量结果表明,4个群体的等位基因数为2～18,平均有效等位基因数2.383～3.578,平均观测杂合度0.460～0.581,平均期望杂合度0.487～0.674,平均多态信息含量0.431～0.627。嘉陵江、沅江、汉水、赣江4个瓦氏黄颡鱼群体表现为高度多态的位点分别为9、11、23、21个,中度多态的位点分别为12、11、3、5个。通过计算4个瓦氏黄颡鱼群体间的遗传相似系数和遗传距离,并构建进化树,发现赣江群体单独聚为一类,嘉陵江、沅江和汉水群体聚为一类,其中,在嘉陵江、沅江和汉水群体这个分支中,沅江和汉水群体聚为一类。用Structure 2.3.4软件对4个瓦氏黄颡鱼群体进行贝叶斯聚类分析验证,结果与进化树分析的结果一致。本研究利用微卫星标记对4个瓦氏黄颡鱼群体进行遗传评估,研究结果可为长江流域瓦氏黄颡鱼的保护、监测和遗传育种提供分子基础资料。     

黄颡鱼♀与瓦氏黄颡鱼♂的杂交研究

连续三年对黄颡鱼♀与瓦氏黄颡鱼♂的杂交进行了系列研究 ,结果显示黄颡鱼♀和瓦氏黄颡鱼♂的杂交与黄颡鱼自交相比 ,卵的受精率要高 ,而孵化率、出苗率没有明显差异 ,说明黄颡鱼♀与瓦氏黄颡鱼♂之间进行杂交不存在繁殖障碍或繁殖障碍较小     

杂交黄颡鱼、雄性瓦氏黄颡鱼和黄颡鱼的形体指数及肌肉营养组成比较分析

为评估商品规格杂交黄颡鱼的食用营养价值,对杂交黄颡鱼[Pelteobagrus fuividraco(♀)×P.vachelli(♂)]、雄性瓦氏黄颡鱼和黄颡鱼商品鱼的形体指数、出肉率和肌肉的营养组成、氨基酸含量及脂肪酸组成进行了比较分析。结果表明,杂交黄颡鱼的肥满度与雄性黄颡鱼无显著差异;杂交黄颡鱼的胴体率、含肉率和脏体比均与雄性瓦氏黄颡鱼及雄性黄颡鱼无显著差异(P0.05)。杂交黄颡鱼肌肉水分含量最高,脂肪含量最低,而蛋白质和灰分含量与雌、雄黄颡鱼均无显著差异;雄性瓦氏黄颡鱼肌肉中水分、蛋白质和灰分的含量较低,脂肪含量最高;杂交黄颡鱼肌肉的氨基酸总量和7种人体必需氨基酸与黄颡鱼无显著差异(P0.05),但均显著高于雄性瓦氏黄颡鱼(P0.05);杂交黄颡鱼肌肉脂肪中C22:6n3的比例和n3系列不饱和脂肪酸总量的比例与雌性黄颡鱼无显著差异(P0.05),但均高于雄性瓦氏黄颡鱼,均低于雄性黄颡鱼。试验表明,杂交黄颡鱼的体形和出肉率与雄性黄颡鱼一致,其肌肉为低脂蛋白食品,营养价值与黄颡鱼接近。     

AFLP分析黄颡鱼雌雄个体的遗传差异

用20个AFLP引物组合分析了黄颡鱼(Pelteobagru fulvidraco)雌、雄个体的遗传差异,共获得397个位点,雌性个体获得371个位点,多态位点比例为41.24%,雄性个体检测到391个位点,多态位点比例较高,达到93.35%,雌性和雄性的Nei's基因多样度分别为0.1418、0.3691,Shannon's信息指数为0.2094、0.5350,雌雄个体间的相似系数为0.8225～0.9889,遗传距离为0.0112～0.1775,用PHYLIP V3.6软件绘制了个体间的聚类图。另外,在4个AFLP引物组合中,共发现了6个位点在雌雄个体间表现出明显的扩增差异,其中4个位点显性条带个体为(?)性的比例为66.7%～80%,2个位点显性条带个体为(?)性的比例为100%。     

黄颡鱼人工繁殖试验

试验表明,池塘培育的亲鱼催产效果优于水库现场捕捞的亲鱼,小水泥池的育苗效果优于池塘。     

瓦氏黄颡鱼和龙感湖黄颡鱼的池塘养殖初探

近年来，我们对目前市场上价格稳中有升的黄颡鱼进行了养殖试验，下面将情况汇报如下：     

黄颡鱼(♀)、长吻[鱼危](♂)及其杂交F1代遗传多样性分析

利用SSR分子标记技术和从20对微卫星引物中筛选出的12对多态性较高的引物,分析1龄、体质量(14.20±1.20)g黄颡鱼(♀)和长吻[鱼危](♂)及其杂交F1代[黄颡鱼(♀)×野生长吻[鱼危](♂)]的遗传多样性。试验结果显示,这3个群体之间的平均等位基因数分别为4.583、3.667、5.000;平均有效等位基因数分别为2.382、2.221和2.535;平均观测杂合度分别为0.419、0.367和0.604;平均期望杂合度分别为0.477、0.383和0.597;多态信息含量分别为0.420、0.365和0.509。杂交F1代与父本长吻[鱼危]的遗传距离为0.8551,小于与母本黄颡鱼的遗传距离(1.7271),在亲缘关系树状图上先与父本聚为一支。杂交F1代从父本中获得较多的遗传物质,较双亲有丰富的遗传多样性和更高的基因杂合度。该试验结果将为研究黄颡鱼和长吻[鱼危]杂交后代的遗传多样性,探索鲿科鱼类属间杂交育种后亲本与子代的亲缘关系和遗传规律提供理论依据。     

天然叶黄素对黄颡鱼生长性能和皮肤着色的影响

研究了天然叶黄素(源自万寿菊,含量为4.64％)的添加水平对黄颡鱼生长和皮肤着色效果的影响.在黄颡鱼基础饲料中,分别添加0％、0.15％、0.30％、0.60％、8.00％的受试物,在不影响饲料营养水平的基础上设计最高剂量组为可能摄入剂量组的10倍以上,经挤压熟化工艺加工后,实际检测叶黄素含量为未检出(检出限=0.5 mg/kg)、24.2、54.2、118.0、1 700.0mg/kg,依次命名为C、L24.2、L54.2、L118、L1700.饲养90 d后发现,添加天然叶黄素的4个剂量组的特定生长率和饲料效率、L24.2组的蛋白沉积率、L54.2组和L118组及L1700组的能量沉积率均显著高于对照组(P＜0.05).体侧和腹部皮肤的黄度(b*)和饱和度(C*)随饲料中天然叶黄素含量的增加而逐步升高,L118组可达到饱和,并与L1700组之间没有显著差异(P＞0.05),L118组和最高剂量组皮肤中黄色素过度沉积,并向肌肉中转移.皮肤中叶黄素的蓄积系数呈现先升高后下降的趋势,最高为76.25 mg/kg饲料.结果表明,24.2～1700mg/kg的天然叶黄素显著提高了初始体质量21 9的黄颡鱼的生长性能.天然叶黄素作为黄颡鱼皮肤着色剂的最适剂量为76.25 mg/kg饲料.     

饲料VD3水平对黄颡鱼转录组差异基因表达的影响

为研究饲料中添加维生素D_3对黄颡鱼基因表达的影响,实验基于RNA-Seq技术对用添加不同水平维生素D_3[0(VD0),1243(VD2),22700(VD20)IU/kg]的饲料喂养的黄颡鱼肾脏和小肠的转录组数据进行分析。通过对305 568982条原始reads的筛选和排除,得到了83 265条unigenes,平均长845.38 nt,N50为1620 nt。利用Blast等相关软件对数据进行深度分析,得到功能注释基因共29 224个。根据GO富集分析发现,差异表达基因主要集中在细胞过程、代谢通路、生物调控等通路中,KEGGpathway富集分析结果显示,代谢通路涉及基因最多,有1532个。相对于对照组,添加1243和22700 IU/kg的VD_3(VD0 vs VD2/VD0vs VD20)可得到共同上下调基因共380个,其中上调基因266个,下调基因114个;3种水平下共同上下调的基因共2 1个,其中上调基因4个,下调基因1 7个。研究表明,在饲料中添加不同浓度维生素D_3会对黄颡鱼的生长代谢和生物调控等相关基因表达产生影响,且不同浓度实验组,相关基因的表达存在差异。本实验通过对差异表达基因的后续分析及预测,为黄颡鱼的生长代谢及疾病预防等方面的研究提供了丰富的数据来源。     

黄颡鱼促黄体激素受体基因克隆及在雌鱼繁殖周期中的表达

通过简并引物扩增及SmartTM Race技术,首次克隆了黄颡鱼促黄体激素受体(LHR)基因cDNA全长序列.该基因全长2 524 bp,编码701aa,含有属于糖蛋白激素受体(GpHR)家族的典型跨膜螺旋结构区域(TM helix).9个富含亮氨酸的重复性序列(LRRs);4个潜在的N-端糖基化位点:29NFTC,82 NVSR,203 NGSR,548NLTV;24个Ser,6个Thr和5个Tyr磷酸化位点.同时400S为潜在的PKC位点.通过RT-PCR分析组织表达,卵巢繁殖周期中卵巢和脑的表达水平并结合血浆中E2含量的变化,发现LHR在卵巢中大量表达,其次是脑、肾脏、心脏、肝脏和肠存在少量或微量的表达;在卵巢繁殖周期中,卵巢LHR表达从Ⅲ期-V期处于较高水平,V期达到最高峰,随后下降到最低值;而脑的表达高峰出现在Ⅳ期,与血浆中E2变化相一致.推测卵巢和脑中LHR基因参与卵黄的生成,调控卵母细胞的成熟和排卵.     

乌鳢群体遗传多样性和遗传结构分析

为了解乌鳢群体遗传变异规律,本研究对8个群体共212个个体的mtDNA控制区全序列进行群体遗传多样性、遗传结构和群体历史动态分析。结果显示,乌鳢控制区全序列长度为907 bp,乌鳢群体单倍型多样性水平变化较大,中国黄河及以北的乌鳢群体单倍型多样性水平比淮河和长江等南方群体相对较低,所有群体表现出较低的核苷酸多样性水平(h0.5%)。基于单倍型构建的系统发育树和群体聚类树结果均未显示出与地理位置相对应的谱系结构。单倍型网络图显示存在多个主单倍型。遗传结构分析显示,不同水系间存在显著的遗传差异,相同水系间遗传差异较小。群体历史动态分析显示,中国乌鳢所有群体有效种群数量在中更新世晚期到晚更新世0.222—0.050百万年出现了一次较明显的快速增长,之后在晚更新世末次冰期0.050—0.010百万年出现了有效种群下降,伴随着全新世到来,在0.010百万年之后,乌鳢群体又发生了一次较小的有效种群增长。洞庭湖群体则发生一次有效种群的快速增长,增长时间大约在0.160百万年。研究表明,青藏高原隆起后,东亚季风在中国南北方气候的差异和秦岭山脉屏障对季风的阻断作用加大了这一差异,可能对乌鳢群体的遗传多样度差异造成一定影响。乌鳢群体不存在显著的谱系结构可能与乌鳢遗传分化时间较短有关,但是地理隔离等因素导致了不同水系间确切的遗传差异。第四纪更新世气候的波动,尤其是中更新世间冰期气候的转暖、末次盛冰期的降温和冰后期全新世的到来可能对乌鳢群体的数量和栖息地的扩缩起着重要影响。     

黄颡鱼不同组织矿物元素的分布及含量

为了探究鱼类不同组织中矿物元素的含量,实验以养殖黄颡鱼为对象,采用电感耦合等离子体质谱法测定了黄颡鱼18个组织(心脏、肝脏、脑、脾脏、肾脏、肌肉、脂肪、前肠、中后肠、眼睛、鳃、尾鳍、鱼鳔、骨骼、胃、皮肤、血液、全鱼)中7种矿物元素(Ca、Mg、Zn、Fe、Cu、Mn和Se)的含量与分布。结果显示,Ca在骨骼、鳃、尾鳍和肌肉中占比较高,在尾鳍和骨骼中含量最高,在脂肪组织中含量最低;Mg在骨骼和肌肉中占比较高,在骨骼和尾鳍中含量最高,在眼睛中含量最低;Zn在骨骼、肌肉、皮肤和眼睛中占比较高,在眼睛中含量最高,在脂肪组织中含量最低;Fe在骨骼、血液和肌肉中占比较高,在血液中含量最高,在脂肪组织中含量最低;Cu在骨骼、肌肉和肝脏中占比较高,在肾脏和肝脏中含量较高,而在脂肪和眼睛中含量最低;Mn在骨骼和肌肉中占比较高,在骨骼和尾鳍中含量较高,在眼睛和脂肪中含量较低;Se在肌肉、骨骼、皮肤和肝脏中占比较高,在脾脏、肝脏、肾脏和前肠中含量较高,在肌肉和脂肪中含量较低。研究表明,黄颡鱼体内含有丰富的矿物元素(Ca、Mg、Zn、Fe、Cu、Mn、Se),而且在不同组织中具有不同的分布特征。研究采用ICP...     

黄颡鱼甘露糖受体基因的克隆和功能分析

甘露糖受体(MR)隶属凝集素超家族,主要表达于巨噬细胞和未成熟的树突状细胞表面。MR不仅在先天免疫防御中发挥重要作用,还通过参与抗原呈递,激活T淋巴细胞,启动获得性免疫应答过程。本研究采用同源克隆技术获得黄颡鱼甘露糖受体(pf MR)基因,采用荧光定量PCR技术检测MR在正常黄颡鱼体内的分布情况,采用鲖爱德华菌感染黄颡鱼头肾巨噬细胞和甘露聚糖封闭MR方法研究黄颡鱼MR在抗细菌感染中的作用。结果显示,pf MR同团头鲂、草鱼、斑马鱼和尼罗罗非鱼的MR聚为一支。pf MR在所检测的12个组织中均有分布,其在肾脏、脾脏和肌肉组织中表达量较高,在血液中表达量较少。鲖爱德华菌感染黄颡鱼头肾巨噬细胞后,pf MR、IL-1β和TNF-a均被细菌诱导表达,超氧阴离子和一氧化氮的含量也上升,超氧阴离子在感染30 min后即显著上升,一氧化氮在感染12 h后才显著上升。甘露聚糖竞争结合MR,显著抑制巨噬细胞内化GFP标签的鲖爱德华菌,加入EDTA减少内化的荧光强度,加入Ca~(2+)使内化的荧光强度回升。研究表明,黄颡鱼头肾巨噬细胞MR参与鲖爱德华菌的识别和内吞过程,而且依赖Ca~(2+)。     

Development of cryopreservation for maintaining yellow catfish Pelteobagrus fulvidraco sperm

Yellow catfish (Pelteobagrus fulvidraco) is a candidate freshwater fish for aquaculture in China with its high consumer demand. The aim of this study was to examine the possibility of storage of the sperm of yellow catfish by cryopreservation in liquid nitrogen. Experiments were designed to investigate the effects of the different combinations of three extenders (Ringer extender, Kurokura-1 extender and D-15 extender) and three cryoprotectants (DMSO, Glycerol and Methanol) on the cryopreservation of yellow catfish sperm. Post-thaw sperm motility, fertilization and hatching rate were detected to evaluate the reliability of sperm cryopreservation. The results demonstrated that Ringer extender and 10% methanol was the best combination for protecting the sperm during freezing in liquid nitrogen by a three-step method and thawing in a water bath at 37 °C for 60 s. In this combination for cryopreservation, sperm maintained the highest post-thaw motility (65 ± 5%), fertilization (90.47 ± 3.67%) and hatching rate (88 ± 4%). And more interestingly, the fertilization and hatching rate were similar to those of fresh sperm (97.55 ± 2.74% and 92 ± 5%). Successful sperm cryopreservation techniques for yellow catfish have been developed for hatchery purpose.     

黄颡鱼FZD家族4个基因的克隆、组织表达及对铜的响应

实验采用RT-PCR和RACE克隆fzd2、fzd3a、fzd4和fzd10基因,其c DNA全长分别为2 176、3 243、2 509和3 021 bp,其中ORF长度分别为1 652、2 084、1 649和2 161 bp,编码551、695、550和586个氨基酸。氨基酸序列比对和系统树分析显示,4种基因十分保守,黄颡鱼与斑点叉尾鲖亲缘关系最近。组织表达分析显示,4种基因的m RNA在脑、脾脏、肾脏、鳃、心脏、肌肉、脂肪、肝脏及卵巢等组织中都有表达,而其表达量不尽相同。FZD家族基因对铜的响应研究表明,在暴露28 d时,fzd3a m RNA水平随着铜浓度的增加而增加,但是fzd2、fzd4和fzd10基因表达各个处理组无显著性差异;在56 d,fzd2m RNA水平在30μg Cu/L组最高,其他2个组差异不显著,fzd3a、fzd4和fzd10的基因表达在3个铜暴露组中均无显著差异,表明fzd家族这些基因的功能发生了分化,部分成员介导了铜影响黄颡鱼卵巢发育的调控。     

黄颡鱼促卵泡激素受体基因的克隆及其在雌鱼生殖周期中的表达

为研究黄颡鱼促卵泡激素受体(FSHR)基因的克隆以及该基因在卵巢发育周期中的表达情况,实验首先采用SmartTMRace技术,获得了黄颡鱼促卵泡激素受体基因cDNA全长序列,该基因全长2 340 bp,编码661aa,具有G蛋白偶联受体超家族(G protein-coupled receptor,GPCR)的7个跨膜螺旋区(transmembrane domain)。经分析发现,得到的FSHR基因序列具有9个富含亮氨酸的重复性序列(LRRs);5个潜在的N-端糖基化位点;蛋白激酶C(proteinkinase C,PKC)磷酸化位点(403Y)位于第一个包外环,C-末端(C-terminal domain)G蛋白偶联区域,存在3个蛋白激酶C磷酸化位点(634S,643S,632T)。这些区域可能与FSHR的功能有密切关系。RT-PCR发现,FSHR基因在卵巢和脑中大量表达,在其他组织中均存在少量或微量的表达;在繁殖周期中,卵巢FSHR基因表达从Ⅲ期～Ⅳ期处于较高水平,在Ⅵ期时下降。研究推测,卵巢中FSHR基因参与黄颡鱼卵母细胞成熟及卵黄蛋白的积累过程。     

中国近海路氏双髻鲨群体线粒体DNA控制区序列比较分析

采用线粒体DNA控制区序列比较分析了路氏双髻鲨日照和霞浦群体的遗传结构及遗传多样性现状。研究结果显示:在长度为548 bp的mtDNA控制区序列上,34尾路氏双髻鲨个体仅检测到5个单倍型,两群体均呈现出较低的遗传多样性水平,日照群体的单倍型多样度(h)、核苷酸多样度(π)以及两两序列比较的平均碱基差异数(p)(h=0.6000±0.1305;π=0.0046±0.0031;p=2.5333±1.4856)略高于霞浦群体(h=0.5109±0.0955;π=0.0024±0.0017;p=1.2899±0.8373);邻接关系树显示,5个单倍型明显分为两支,净遗传距离为0.016;群体遗传分化指数为Fst=-0.047(P=0.914),表明两群体之间不存在显著差异,确切P检验结果也表明两群体存在随机交配现象(P=0.731);核苷酸不配对分布呈双峰类型,其中一个峰对应类群内序列差异,另外一个峰对应两个类群序列间差异。研究表明,路氏双髻鲨较小的有效群体导致了较低的遗传多样性,其资源状况已不容乐观。