基于16S rRNA基因的7种乳酸杆菌的分子系统发生

对7种乳酸菌的16SrRNA基因的部分序列进行了PCR扩增和序列测定,进行序列比对后,以清酒乳杆菌为外组群,运用MEGA2.0和Tree-Przz5.0遗传分析软件以邻接法(NJ)、最大简约法(MP)和最大似然法(ML)构建系统发生树。结果表明:4种乳酸菌(类干酪乳杆菌、干酪乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、戊糖乳杆菌)为一支系,另外3种(类植物乳杆菌、弯曲乳杆菌、草乳杆菌)构成另一支系,这两个支系又互为姊妹群。结果还显示,乳酸菌高级分类单元(超科及以上分类阶元)的系统发生与现行形态分类体系间存在明显的分歧。     

贵州都匀仙女虾的分子鉴定

2021年9月在贵州省都匀市甲登村一池塘内发现一种仙女虾，采用PCR扩增技术和DNA测序技术对该仙女虾进行鉴定。结果显示，都匀仙女虾COI、16S rRNA基因序列与鹄沼枝额虫(Branchinella kugenumaensis)相似度分别为98.71%、98.96%。结合GenBank中无背甲目部分科物种的同源序列，开展遗传距离和系统发育关系分析，基于COI、16S rRNA基因遗传距离显示，都匀仙女虾与鹄沼枝额虫的遗传距离分别为0.017、0.000。系统发育树显示，都匀仙女虾与鹄沼枝额虫聚在一起形成单支系，COI-based树和16S rRNA-based树的支持率分别为100%和99%。鉴定结果表明，贵州省都匀市甲登村的仙女虾是钗额虫科(Thamnocephalidae)枝额虫属(Branchinella)的鹄沼枝额虫。     

对虾科物种线粒体基因组特征和系统发育分析

综合分析对虾科(Penaeidae)21个物种线粒体基因组的全序列,发现其线粒体基因组的长度为15 893～16 071 bp, A+T含量为64.59%～70.61%。K_a/K_s分析表明,对虾科物种线粒体13个蛋白质编码基因(protein-coding genes, PCGs)中,atp8基因的K_a/K_s最高,表明在对虾科中atp8基因受到了较弱的选择压力;在差异位点的分析中,发现nd5和rrnL基因的差异位点比例较高,是理想的分子标记,可用于分析对虾不同群体之间的遗传多样性;在密码子的使用中,被编码的氨基酸均体现相似的偏好性。同时,采用ML(Maximum likelihood)和BI(Bayesian inference)方法构建系统发育树,结果显示,这两种方法构建的系统发育树拓扑结构完全一致,且同属物种也都归为一类或者单独归为一支。本研究为快速鉴定对虾科生物提供了可靠的分子标记,为分析对虾科物种遗传多样性提供理论依据。     

基于线粒体16S rRNA基因探讨蜘蛛几个重要类群的系统发生关系

[目的]基于16S rRNA基因序列探讨蜘蛛几个重要类群系统发生关系。[方法]采用贝叶斯法、最大简约法、最大似然法对蜘蛛目（Araneae）6科2亚科蜘蛛的16S rRNA基因序列进行系统发育分析。[结果]隙蛛亚科Coelotinae是漏斗蛛科Agelenidae的一个亚科,隙蛛亚科＋漏斗蛛亚科是暗蛛亚科的姐妹群;红螯蛛属Cheiracanthium与管巢蛛属Clubiona之间的关系远于管巢蛛属与近管蛛科Anyphaenidae之间的关系。[结论]16S rRNA基因系统发生结果证实了隙蛛亚科和红螯蛛属的分类地位。     

基于线粒体COI和16S rRNA基因序列的虹鳟DNA条形码研究

通过对虹鳟（Oncorhynchus mykiss）线粒体COI和16S rRNA基因片段PCR扩增,经纯化、克隆、测序后,对基因序列进行分析,进一步对虹鳟进行物种分子鉴定。测序结果表明：COI基因序列长为686 bp,其中A,T,C,G含量分别为23.03%,29.15%,29.01%,18.80%;16S rRNA基因序列长为607 bp,其中A,T,C,G含量分别为27.84%,21.58%,25.21%,25.37%。将得到的基因序列通过GenBank和BOLD两数据库进行比对,GenBank中没有虹鳟的线粒体16S rRNA基因序列,比对结果为0,COI基因比对结果为99%,而在BOLD中的比对结果为100%,鉴定结果为虹鳟。生产实践中可通过此方法提供一种基因标签对虹鳟幼鱼、鱼糜制品和三文鱼片等进行种类鉴定。     

高体革鯻线粒体DNA16S rRNA和COI基因片段的克隆和序列分析（摘要）

[目的]为高体革鯻的遗传资源、物种间的亲缘关系和系统进化等研究提供一定的生物学依据。[方法]采用PCR扩增和序列测定等技术,对高体革鯻线粒体DNA16S rRNA和COI基因片段进行初步研究。[结果]经PCR扩增和测序,分别得到16SrRNA和COI基因片段的碱基序列,其中16SrRNA基因片段的大小为791bp,碱基A、T、G、C的含量分别为31.6%、21.4%、20.4%和26.7%;COI基因片段的大小为631bp,碱基A、T、G、C含量分别为27.7%、23.6%、29.8%和18.9%。在这2个基因片段中,GC含量均低于AT含量,AT/GC分别为1.13和1.05。[结论]通过对高体革鯻16SrRNA和COI2个基因片段遗传特征的研究,发现其种内变异比较低,在3个样本中16SrRNA基因片段序列完全一样,COI基因片段也完全一样,说明高体革鯻的这2个基因都非常保守。     

高体革鯻线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段的克隆与序列分析

[目的]为高体革鯻的遗传资源、物种间的亲缘关系和系统进化等研究提供一定的生物学依据。[方法]采用PCR扩增和序列测定等技术,对高体革鯻线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段进行初步研究。[结果]经PCR扩增和测序,分别得到16S rRNA和COI基因片段的碱基序列,其中16SrRNA基因片段的大小为791 bp,碱基A、T、G、C的含量分别为31.6%、21.4%、20.4%和26.7%;COI基因片段的大小为631 bp,碱基A、T、G、C含量分别为27.7%、23.6%、29.8%和18.9%。在这2个基因片段中,GC含量均低于AT含量,AT/GC分别为1.13和1.05。[结论]通过对高体革鯻16S rRNA和COI2个基因片段遗传特征的研究,发现其种内变异比较低,在3个样本中16S rRNA基因片段序列完全一样,COI基因片段也完全一样,说明高体革鯻的这2个基因都非常保守。     

苦豆子丛枝病植原体的分子检测与鉴定

[目的]对苦豆子丛枝病植原体做出分子检测与鉴定.[方法]通过PCR扩增技术,分别利用植原体16S rRNA基因,16S-23S rRNA间区及tuf基因序列的通用引物对表现丛枝病症状的苦豆子总DNA进行扩增,得到约1.2、0.3和0.8 kb特异片段.将所得片段分别进行克隆、测序及序列同源性分析.[结果]苦豆子丛枝病植原体(SAWB)上述3序列与榆树黄化组B亚组(16SrV-B)的枣疯病植原体(JWB)相应序列的同源性最高.[结论]苦豆子丛枝病植原体为16Sr V-B亚组成员.     

高抑制金黄色葡萄球菌活性放线菌的分离及分子鉴定

从医院土壤中筛选分离代谢物具有较高抑制金黄色葡萄球菌活性的放线菌,并对其进行分子鉴定。结果得出,采用影印平皿法,以金黄色葡萄球菌为指示菌进行放线菌的分离,通过16S rDNA序列分析进行鉴定。结果得出,A01菌株发酵液对金黄色葡萄球菌抑制效果较好,与Streptomyces sp.VTTE-042674亲缘关系最近,达到99.86%,应属于链霉菌属。该菌株的16S rDNA序列已被GenBank收录,序列登录号为HQ660584。     

新疆柳树花变叶植原体分子鉴定

为研究新疆7个地区柳树花变叶病为何种病原物所造成,本研究以分子生物学技术对其进行鉴定。通过CTAB法提取柳树总DNA,对其16S rRNA基因和tuf基因进行PCR扩增,将测序得到的基因片段通过Blast比对、同源性比较,构建系统进化树和16S rRNA虚拟RFLP分析。结果显示,PCR扩增分别获得16S rRNA(1 238 bp)和tuf(824 bp)的片段,证明该病害与植原体有关,将其命名为柳树花变叶植原体(WPP);16S rRNA序列分析表明,WPP与中国桃黄化植原体(‘Prunus persica’ yellows phytoplasma)、枣疯病(‘Ziziphus jujuba’ witches’-broom phytoplasma)、杏褪绿卷叶植原体(Apricot leaf roll phytoplasma)同源性均为99.68%;16S rRNA虚拟RFLP分析结果表明,WPP与枣疯病株系(GenBank登录号：AB052876)有99.8%的相似性,虚拟RFLP模式与16SrV-B亚组的参考模式相同,相似系数为1.00,进一步证明WPP为16SrV-B亚组成员...     

两性生殖卤虫16S rDNA分子系统学研究

[目的]对两性生殖卤虫的分类地位和系统发育情况进行探讨。[方法]测定了中国分布的A.sinicatibetiana、未定名的新疆鲸鱼湖卤虫和青海小柴旦卤虫3种两性生殖卤虫的16SrDNA序列,测序结果与Genbank已发表的另外11个两性生殖种卤虫的16SrDNA序列进行分析比较,并选取丰年虫科Artemiopsisstefanssoni为外群,运用MEGA软件中的NJ法构建分子系统树。[结果]A.persimilis是卤虫属中原始的类群,A.franciscana和A.monica为进化类群,A.urmiana与A.s.sinica以及中国的其它种类有密切的亲缘关系。[结论]基于线粒体16SrDNA序列的两性生殖卤虫系统发育关系为：A.persimilis→A.urmiana、A.sinica和A.tibetiana→A.tunisiana→A.monica→A.Franciscan.     

外来种互花米草盐沼土壤微生物16S rRNA特征分析——以江苏省潮间带为例*

 通过对互花米草盐沼和对应光滩的土壤微生物16S rRNA的特征检测,分析了外来种互花米草的侵入对潮间带生态系统土壤微生物多样性的影响。试验中采集了江苏滨海不同季节光滩与互花米草(Spartina alterniflora)盐沼的土壤,直接提取法分离得到其中的土壤微生物DNA,并采用Sepharose 4B吸附柱对DNA进行纯化,有效地去除了腐殖酸,得到纯度较高的DNA样品模板。通过选取特异引物扩增16S rRNA基因序列,得到了较清晰的结果:有差异的16S rRNA扩增片断通过DGGE被分开,形成可见条带;不同的样品由于其中的微生物多样性的差异,扩增出的条带数量及其在凝胶上的相对位置都有一定的差异。结果显示:互花米草盐沼与光滩的土壤微生物群落多样性皆较低,二者在互花米草生长初期其土壤微生物群落结构具有一定的相似性。但总体来说,外来种互花米草的种植较明显地改变了滩涂的土壤微生物群落结构;此外,滩涂土壤微生物群落随着季节的变化而发生了较大的改变。     

采用16S rRNA基因序列分析海扇贝与3种扇贝的亲缘关系

采用16S rRNA基因序列分析技术,对2005年引自加拿大的海扇贝Placopecten magellanicus以及中国现有种类——虾夷扇贝P.yessoensis、栉孔扇贝Chlamys farreri和海湾扇贝Argopecten irradians进行了遗传学比较分析。每个扇贝种群随机抽取2个个体,利用通用引物进行16S rRNA基因片段扩增并双向测序。所得序列去掉不可信位点后,得到433 bp的基因片段。序列比对分析得到306个变异位点,其中转换位点为124个,颠换位点为111个,既有转换又有颠换的位点为45个,插入和缺失为26个。核苷酸变异值及分子系统树结果表明,海扇贝与虾夷扇贝的亲缘关系较近。     

基于ITS的我国桑科植物分子系统学研究

[目的]基于ITS序列初步探讨我国桑科植物的分子系统学。[方法]测定33份桑科材料的ITS序列,通过最大简约法分析它们的分子系统学,并将分析结果与经典分类做比较。[结果]在原始类群和单系类群的确定上与经典分类基本一致;"刺桑、叶被木、圆叶刺桑与桑属的亲缘关系近"这一结果与经典分类不一致。[结论]该研究为我国桑科植物的系统学分析积累了分子生物学资料。     

鲤斜管虫的分子系统发育研究

测定了鲤斜管虫(Chilodonella cyprini)的ITS1-5.8S-ITS2基因序列,使用PHYLIP3.66软件及MEGA3.1软件构建了其NJ及UPGMA两种分子系统发育树。结果表明:无论采用何种软件,鲤斜管虫都表现出与四膜虫亲缘关系最接近,而与同一属的钩刺斜管虫亲缘关系较远。     

三疣梭子蟹牛奶病病原的分离鉴定

从浙江舟山市养殖场患“牛奶病”的三疣梭子蟹(Portunus tritubercularus)乳化的螯足、步足及肝胰脏中分离到1株细菌A1,对其进行了形态特征、生理生化测定和16S rRNA基因序列比较鉴定,并对其药物敏感性进行了检测。结果表明,分离菌株A1为恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida),其对丁胺卡那霉素、氟苯尼考、盐酸蒽诺沙星、甲磺酸培氟沙星、盐酸左氧氟沙星、庆大霉素、卡那霉素、环丙沙星、诺氟沙星、新霉素、氧氟沙星等高度敏感,对青霉素钠、头孢曲松、酒石酸吉他霉素、头孢氨苄、四环素、麦迪霉素、土霉素等中度敏感,而对磺胺喹噁啉钠、复方新诺明、磺胺二甲嘧啶钠、磺胺嘧啶等不敏感。     

华南主要树木丛枝菌根真菌物种多样性调查研究

为调查华南地区丛枝菌根（arbuscular mycorrhiza,AM）真菌的物种多样性与资源分布状况,本研究对该区域红花羊蹄甲（Bauhinia blakeana）、黄梁木（Neolamarckia cadamba）、构树（Broussonetia papyrifera）、尾叶桉（Eucalyptus urophylla）和杧果（Mangifera indica）5种主要树木AM真菌侵染状况进行研究,通过形态学特征及核糖体18S rRNA基因序列分析鉴定AM真菌种类。结果表明:1）5种树木均能形成丛枝菌根,红花羊蹄甲和尾叶桉为疆南星型（Arum-type）,杧果、构树和黄梁木为重楼型（Paris-type）。红花羊蹄甲和杧果的菌根侵染率高、孢子密度大,构树、黄梁木和尾叶桉的AM真菌侵染率和孢子密度相对较低。2）鉴定出AM真菌5属8种,分别为无梗囊霉属（Acaulospora）的浅窝无梗囊霉（Acaulospora lacunosa）和刺无梗囊霉（Acaulospora spinosa）,斗管囊霉属（Funneliformis）的摩西斗管囊霉（Funneliformis mosseae）,根孢囊霉属（Rhizophagus）的根内根孢囊霉（Rhizophagus intraradices）,以及球囊霉属（Glomus）的3种Glomus spp.和硬囊霉属（Sclerocystis）1种Sclerocystis sp.。3）球囊霉属的AM真菌广泛分布在红花羊蹄甲、杧果和构树根际,刺无梗囊霉分布在杧果和尾叶桉根际,摩西斗管囊霉为优势种,分布在构树和黄梁木根际;而浅窝无梗囊霉和硬囊霉只分布在1种树根际,表明其宿主专一性相对较强。结果显示华南树木根际土壤中AM真菌物种多样性较高,同时本研究为深入研究该地区林木根际AM真菌功能多样性提供了初步科学依据。