黑果枸杞转录组SSR信息分析及分子标记开发

分析黑果枸杞Lycium ruthenicum转录组中简单重复序列（SSR）位点信息,开发SSR分子标记。采用MISA软件在黑果枸杞转录组中共检测到73 896个SSR位点,分布于56 170条单基因簇（unigenes）中,出现频率为26.36%,平均分布距离为3.55 kb。优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的74.33%,13.30%和11.81%;共发现84种重复基序,重复次数为5~33次,其中出现频率最高的基序为A/T,AG/CT,AT/AT,C/G和AAC/GTT。针对SSR位点设计了12 674对引物,随机挑选128对引物进行多态性验证,其中74对（57.8%）得到清晰的扩增产物;用其中的28对高多态性引物对24份枸杞种质进行扩增,共检测到等位基因256个,平均为9.1个。平均主效等位基因频率、观察杂合度、期望杂合度和多态信息量分别为0.432,0.439,0.712和0.678。以上结果表明:基于黑果枸杞转录组测序得到的Unigene信息可作为开发SSR标记的有效来源,获得的大批量SSR标记可为枸杞遗传多样性分析和遗传图谱构建提供可靠的标记选择。     

Development of SSR Markers for a Phytopathogenic Fungus,Blumeria graminis f.sp. tritici,Using a FIASCO Protocol

Simple sequence repeats (SSR) have been widely used as molecular markers due to their abundance and high polymorphism. However, up to now, the SSR markers had not been developed in the obligate biotrophic phytopathogenic fungus, Blumeria graminis f.sp. tritici. From (AC)₁₀ and (AG)₁₀ enriched genomic libraries for Bgt, 25 primer pairs were designed using the FIASCO (fast isolation by AFLP of sequences containing repeats) protocol. Five primer pairs exhibited polymorphism with allelic diversity from two to seven alleles and produced 29 alleles in a survey of 90 isolates collected from six provinces (cities) in China, while the others displayed monomorphic. Levels of observed heterozygosity ranged from 0.000-0.044 (mean 0.025) and expected heterozygosity ranged from 0.297-0.816 (mean 0.538). These molecular markers provide a novel source to genetic diversity assays and to genetic and physical mapping of Bgt. SSR markers of Bgt need to be further explored.     

利用ISSR和SSR标记分析芒荻类植物资源遗传多样性

利用ISSR和荧光SSR技术对22种芒荻类植物的遗传多样性进行分析,筛选出具有多态性的ISSR和SSR引物各12对,其中ISSR引物共扩增出216个多态性位点,多态性比率为96.86%,Neis指数为0.301 8,平均Shannon指数为0.462 8;SSR引物共扩增出111个多态性位点,多态性比率为67.68%,Neis指数为0.111 5,平均Shannon指数为0.193 3。UPGMA聚类分析结果表明,22份芒荻类植物资源中除五节芒外,相同地域内的芒、荻和南荻在遗传学上难以区分;芒荻类植物资源的遗传分化与其种源的地域分布有一定相关性。Mantel检验显示,2种分子标记在22份芒荻类植物资源间相关不显著(r=0.374,P0.05)。     

甘肃地方桃种质资源的遗传多样性

为了解甘肃地方桃种质资源的遗传多样性，采用SSR引物对60个甘肃省地方桃品种或类型进行鉴定分析。结果表明：12对引物共扩增出55个条带，其中多态性条带42个，多态性位点百分率为76.53%；平均每对引物产生有效等位基因多态位点数3.25个；位点杂和度(H)为0.537 2～0.757 8，平均为0.647 4；香农指数（I）为0.636 5～1.321 5，平均为0.897 9。UPGMA聚类分析显示,60份材料的相似系数为0.025～0.950，平均为0.630，在相似系数0.675处聚为7个类群。表明甘肃地方桃品种遗传多样性丰富。聚类结果与形态学分类及地理起源基本一致。     

轮枝镰孢SSR标记开发及在玉米分离群体遗传多样性分析中的应用

【目的】开发轮枝镰孢（Fusarium verticillioides）的SSR标记,为轮枝镰孢遗传多样性研究提供技术支持。【方法】利用Fastpcr在轮枝镰孢基因组中查找符合条件的SSR位点,采用Primer5.0软件设计引物,利用NTSYS及Popgene分析来自玉米的轮枝镰孢单孢分离物群体的PCR扩增结果。【结果】共设计有效扩增SSR引物158对,经筛选,109对（69.0%）可扩增出2条及以上的条带,其中55对引物（34.8%）多态性较好,可扩增出3条及以上的条带。从11条已组装的轮枝镰孢染色体上各选出2对多态性引物,计22对引物,对66株轮枝镰孢玉米分离物进行扩增,共获得125个等位变异,变异范围为2-11个,平均为5.68个。轮枝镰孢玉米分离物之间Nei’s基因多样性指数为0.1139-0.8687,平均为0.6199,表现出较高的遗传多样性。【结论】基于轮枝镰孢基因组序列开发的SSR标记具有很好的多态性,可用于轮枝镰孢的遗传多样性分析。用22对SSR引物扩增,以遗传相似系数0.3进行划分,可将66株轮枝镰孢玉米分离物分为3群;中国轮枝镰孢玉米分离物的遗传多样性与地理分布无相关性。     

高蛋白栽培大豆品种遗传多样性的SSR分析

利用47对SSR引物对我国80份高蛋白栽培大豆的遗传多样性进行了分析.结果表明,47对SSR引物在上述品种中共检测到309个等位变异.平均为6.57个:引物遗传多样性指数在0.279 6～0.8694之间,平均为0.639 0;品种间遗传相似系数变异在0.102～0.150之间,说明高蛋白大豆中存在丰富的遗传变异.利用品种间的遗传相似系数进行聚类分析.结果可将80份材料分为5个类群,其类群分布表现出一定的地域相关性.     

青海省小麦主栽品种遗传多样性的SSR标记分析

采用SSR标记对青海省66份小麦主栽品种进行遗传多样性分析,筛选出20对扩增谱带稳定的引物,共检测出81个等位基因,平均每个位点检测出的等位基因为4.05个,变异范围2～8个,引物xgwm133-6B和xgwm3-3D的等位位点最多,均为8个;其次是xgwm2-3A和xgwm107-4B,均为6个。66份小麦材料的遗传相似系数为0.530 9～0.975 3。多态信息含量PIC为0.686 5,用popgene算出Shannon’sInformation index为0.367 2,Nei’s gene diversity为0.237 6。聚类分析结果显示,66份材料聚为4大类群,部分材料在聚类时从亲缘关系上没有被明显区分,说明这些材料的生长习性与所研究的SSR引物位点相关性状存在独立性,但总体上基于SSR多态性的聚类与材料来源地区存在一定的相关性,在一定程度上反映了供试材料间的亲缘关系。     

利用SSR标记对高州野生稻遗传多样性的研究

利用24对SSR引物比较了来自我国广东高州、江西、福建、云南等地区及东南亚国家共计240份普通野生稻材料的遗传多样性。结果表明,24对引物中平均有17个位点表现出多态性,平均多态位点比率为69%;平均总等位基因数、平均每个位点的等位基因数、多态位点的平均等位基因数分别为51、2.04、2.43个,平均基因多样性为0.8447。指出高州野生稻5个居群间已经出现了较显著的分化,高州镇江镇朋山村普通野生稻的遗传多样性最高。     

苎麻自交纯合进度研究

【目的】研究苎麻自交后代群体的遗传多样性和群体结构,探究自交纯合进度,对自交后代群体的纯合趋势进行判断。【方法】以中苎1号为材料,采用筛选出的多态性高的31对SSR引物和48对SRAP引物对3个自交后代群体的基因组DNA进行扩增。通过DNA位点纯合率和遗传多样性参数分析群体的遗传多样性。用Structure、NTSYS和AMOVA软件对群体结构进行分析。并用标记指数来比较SSR和SRAP标记方法的标记效率。【结果】SSR和SRAP标记得到的多样性指标变化明显,从S₃代到S₅代,平均扩增出57条和157条多态性条带,DNA位点纯合率上升了5.2%和4.61%,多态性位点减少了13个和44个,有效等位基因数降低了0.7883个和2.1629个,基因多样性下降了0.1143和0.0684,多样性指数降低了0.0465和0.1207。用Structure软件对群体结构分析表明S₅代群体中蓝色组分最多,均在65%以上。主成分分析表明,S₃群体的分散程度最高,S₄和S₅群体比较集中,而且S₃群体包含了S₄和S₅群体的大部分。2种标记方法得到的群体结构和主成分分析表明,经过连续自交,后代群体的一致性越来越好。用AMOVA软件对群体内和群体间的分子变异情况分析表明2种标记方法都显示群体内变异（94.69%和99.02%）明显大于群体间变异（5.31%和0.98%）,均达到整体变异的94%以上。SSR标记得到的位点平均信息量（H_av=0.4689）高于SRAP的估计值（H_av=0.4197）,而平均有效复合指数（EMR=3.2781）SRAP标记大于SSR标记（EMR=1.8562）,标记效率值SRAP标记（MI=1.3758）大于SSR标记（MI=0.8704）。【结论】SSR和SRAP两种分子标记适于苎麻资源的遗传多样性和群体结构分析。随着自交代数的增多,后代群体的一致性不断提高,杂合度逐渐降低。     

淮麦系列品种/系与澳大利亚资源的SSR遗传差异分析

利用26对SSR引物,对本所通过轮回选择选育的淮麦系列品种/系以及引进的澳大利亚小麦种质资源共48份材料进行了遗传差异分析。结果表明:26对引物共检测到154个等位变异,每个引物检测到的等位变异数量为2～11个,平均5.92个;26对SSR位点的遗传多态性信息含量(PIC)在0.040～0.881;品种/系间的遗传相似系数(GS)为0.64～1.00。聚类分析结果把这些品种/系分为4大类。     

甘蓝型油菜DH系的SSR遗传多样性研究

由甘蓝型油菜杂交组合青油14号×四达和北山繁×46号的F1植株通过小孢子培养所获得的DH(doubled haploid)群体中,各随机选择31个DH系,分别编号为:1～31,32～62,采用SSR标记对其进行遗传多样性分析.30对SSR引物分别扩增出82、80个多态性片段,其中多态性位点各占总扩增位点的75.2%和74.1%,片段大小介于120～900 bp间.每对引物在不同DH系间的等位基因数在2～9间,平均位点为3.63个.1～31 DH系PIC(位点多态性信息含量)变幅为0.06～0.85,平均为0.60;32～62 DH系PIC变幅为0.06～0.86,平均为0.56.遗传距离分布频数分析表明,两个组合DH系之间的遗传距离分布在>1.0范围内的频数都超过了30%(分别为37%和34.4%).对SSR扩增结果进行UPGMA分析,在0.66处可将62个DH系聚为四大类.以上结果表明,通过小孢子培养获得的DH系遗传多样性比较丰富,且不同组合的DH系基因型多样性不同.     

广西邕宁普通野生稻(Oryza rufipogon Griff.)种群遗传多样性及核心种质构建研究

[目的]研究广西邕宁普通野生稻种群的遗传多样性和核心种质构建,为普通野生稻种群保护提供依据。[方法]从水稻12条染色体上均匀选取24对SSR标记对243份样本进行遗传多样性分析。[结果]结果表明,24对引物均表现出多态性,多态位点比率为100%;24个多态位点共检测出103个等位变异,平均等位基因数A为4.291 7,平均有效等位基因数E是2.511 2,平均期望杂合度He为0.573 2,平均多态信息含量PIC为0.572 0。根据聚类结果分析,从243份材料中筛选出31份核心种质,包含了24个SSR位点检测到的所有的遗传变异,其平均期望杂合度He是0.595 8,平均多态信息含量PIC是0.586 3,基本上可以代表广西邕宁普通野生稻种群的遗传多样性。[结论]广西邕宁普通野生稻资源具有丰富的遗传多样性,建议对该地区普通野生稻种群的遗传多样性进行重点保护和利用     

基于转录组序列的叶用芥菜奶奶青菜EST-SSR标记开发与遗传多样性分析

为了探究叶用芥菜奶奶青菜资源的多样性水平,基于转录组数据研究了奶奶青菜简单重复序列标记(EST-SSR)特征,筛选了适合奶奶青菜的EST-SSR引物,并分析了奶奶青菜的遗传多样性。转录组测序分析共获得46 386条非冗余基因(unigene),其中13 544条unigene序列中含有18 720个简单重复序列(simple sequence repeats, SSR)位点,SSR的发生频率为29.20%,平均每2.73 kb出现1个SSR,分布频率为40.36%。优势重复序列为单核苷酸,占总SSR数量的49.39%,其次为三核苷酸和二核苷酸,分别占总SSR数量的25.44%和24.13%。AT、AGCT和AAG/CTT分别是单核苷酸、二核苷酸以及三核苷酸的优势重复基元。以30份奶奶青菜和5份其他芸薹属蔬菜为材料,从37对引物中筛选出17对多态性引物,扩增得到135条多态性条带,多态性比例达88.2%。遗传多样性分析结果显示,平均等位基因数(N_a)为5.705 9,平均有效等位基因数(N_e)为2.397 8,平均多样性指数(I)为1.036 1,平均观察杂合度(H_o)为0.312 1,平均期望杂合度(H_e)为0.530 0,平均Nei’s期望杂合度为0.521 9,表明筛选出的17对SSR引物具有较好的遗传多样性。通过非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means, UPGMA)聚类分析,在相似系数为0.677处可将30份叶用芥菜奶奶青菜材料分为3类。试验结果可为叶用芥菜奶奶青菜的种质资源鉴定、亲缘关系分析和分子标记辅助育种等研究提供引物支持和技术参考。     

苹果栽培品种的SSR鉴定及遗传多样性分析

应用SSR技术对40个苹果栽培品种进行遗传多样性分析,12对SSR引物扩增出114个等位基因,平均每个位点9.5个,位点杂合度为0.237 8~0.682 7,遗传多样性指数为0.534 4。用3对引物(Hi01c11、Hi03d06和GD162)可将供试的40个品种完全区分开。聚类分析结果显示,40个苹果品种的相似系数的变化范围为0.705~0.982,表现出较高的遗传多样性。供试品种在相似系数0.862处被分为5大类群,与品种的系谱来源基本吻合。     

不同类型玉米种质群体的SSR遗传多样性分析

利用SSR标记对人工合成群体、地方种质群体和热带、亚热带群体等3种不同类型群体进行遗传多样性分析,26对SSR引物在供试群体内共扩增出184个等位位点.多态性位点数、多态位点比例、基因型数以及遗传距离等分析表明,三类群体均具有较丰富的遗传变异,且热带、亚热带群体内个体间的遗传距离大于地方种质群体和人工合成群体.这一结果说明热带、亚热带群体内的遗传变异较大,面人工合成群体与地方种质群体内的遗传变异则相对较小且基本相当.     

油茶AFLP反应体系建立及其在遗传多样性研究上的应用

通过试验分析建立了适合油茶且简便易行的AFLP反应体系,筛选出了4对能够反映多态性的有效引物,并对油茶的遗传多样性进行了初步分析。平均每对引物扩增出23个具有清晰条带的位点,其中多态性位点数N为18,多态性位点百分率PPL为79.13%,有效等位基因数ne为1.320,Nei’s期望杂合度He为0.184,Shannon多态性信息指数I为0.267。研究结果表明了AFLP标记技术在油茶遗传多样性研究上的适用性,同时也显示了油茶具有较高的遗传多样性,为进一步研究油茶多居群的遗传多样性奠定了重要的理论和技术支持。     

Novel polymorphic EST-based microsatellite marker isolation and characterization from Poncirus trifoliata(Rutaceae)

Novel Poncirus trifoliata simple sequence repeat(SSR) markers were developed to evaluate their utility for genetic diversity and breeding studies of P. trifoliata and related species. A total of 108 primer pairs were characterized by PCR amplification experiments. Among these, 61 were polymorphic and transferable to other citrus species. The number of alleles per locus ranged from 2 to 6, with an average of 2.37 alleles per locus. The expected heterozygosity and observed heterozygosity ranged from 0 to 0.83 and 0 to 1.00, respectively.These novel polymorphic SSR markers will be useful for citrus cultivar identification and evaluation as well as breeding studies.     

SSR标记应用于烟草品种遗传多样性研究

SSR标记是进行植物遗传多样性研究的理想技术。研究应用2007年Bindler等[14]公布的的烟草SSR标记分析了13个云南省烟草主栽品种的遗传多样性。通过对92对分布于烟草24个连锁群的SSR标记引物筛选,发现20对在这些品种之间存在多态性。20个SSR位点上共检测到52个等位基因,平均每对引物等位基因数为2.6个。根据SSR标记多态性计算了不同品种之间的遗传距离(GD),13个品种之间遗传距离介于0.0090～0.4286之间,平均距离为0.2237,说明品种间遗传差异较小。SSR标记技术将在烟草的基因标记定位及分子辅助育种中发挥重要的作用。     

原位和异位保护对水稻种质资源遗传多样性的影响*

 利用24对SSR引物对云南省保山市分别在原位和异位保存条件下的12个水稻品种进行遗传多样性分析。24对引物在原位居群共检测到等位基因（A）110个,平均等位基因数(Na)为4.58个,平均有效等位基因数(Ne)为3.08个,其中多态性位点百分率(P)为91.76%,香农指数(I)为1.17;异位居群共检测到等位基因88个,Na为3.67个,Ne为2.52个,P为100%,I为1.03。结果显示,原位居群的各遗传多样性参数均高于异位保存居群,这表明与异位保护相比,原位保护是维持种群遗传多样性的一种更好的方式。     

Microsatellite Analysis of Genetic Diversity Between Loach with Different Levels of Ploidy

We used microsatellite markers to investigate the genetic parameters of three different polyploidy populations of Misgurnus anguillicaudatus from Honghu City, Hubei Province. Polyacrylamide gel electrophoresis banding patterns of diploid（2n）, triploid（3n） and tetraploid loaches（4n） were analyzed with Pop Gen software. A total of 68 alleles were obtained from seven microsatellite loci and the polymorphism information content（PIC） indices were all above 0.5. The average expected mean heterozygosity values（He） were 0.8420, 0.7186 and 0.8521; the average observed mean heterozygosity values（Ho） were 0.9674, 0.9785 and 0.8928; and the HardyWeinberg P values were 0.3078, 0.3151 and 0.3762, for diploid, triploid and tetraploid individuals, respectively. The results indicated that the three populations were highly polymorphic, with no deviations from Hardy-Weinberg equilibrium observed at all the seven microsatellite loci. This indicated a high level of genetic diversity within the populations. A cluster analysis diagram showed that the shortest genetic distance was between diploid and tetraploid loaches and they shared a close phylogenetic relationship. The triploid and tetraploid individuals had the most distant phylogenetic relationship.