基于白木香ESTs的沉香属SSR分子标记引物筛选

通过对白木香样品的454GS FLX Titanium高通量测序,获取了大量白木香EST序列,从中搜索出956个SSR,根据引物设计标准,设计了44对EST-SSR引物。在合适的PCR反应体系下,以海南白木香样品的DNA为模板,对设计的EST-SSR引物进行筛选,发现有22对EST-SSR引物能较好地扩增出产物。在沉香属3个种9份样品中进一步对这些可扩增的引物进行多态性初步验证,所筛选引物均可在所有沉香属样品中使用,为后续白木香居群及沉香属植物遗传多样性分析奠定基础。     

降香黄檀SRAP分子标记的引物筛选

采用改良CTAB法提取降香黄檀基因组DNA,选用4个降香黄檀DNA作模板,对256个SRAP引物组合进行筛选。以条带清晰、多态性丰富为引物筛选原则,最后共筛选出25个组合作为降香黄檀SRAP分子标记的核心引物,为后续SRAP分析提供依据。     

女贞ISSR分子标记的引物筛选

利用60个ISSR引物,对来自不同地域的12份女贞种质材料进行PCR扩增,筛选出12个多态性丰富、条带清晰且重复性良好的、适合于所有女贞种质材料进行ISSR分析的有效引物。筛选出的12个有效引物对12份女贞种质材料进行ISSR—PCR扩增,均可获得带型丰富和清晰可辨的DNA指纹图谱,共扩增出228条DNA谱带,其中210条为多态性带,占总扩增带数的92．1％,平均每个引物扩增出19条谱带。本试验筛选的12条引物可以有效地应用于女贞种质资源材料的ISSR分析。     

百合荧光SSR标记体系构建及引物筛选

为了确定百合荧光SSR-PCR反应的最佳体系,对反应体系和程序中的模板DNA、酶量和退火温度进行了优化筛选。结果表明,适用于百合的荧光SSR-PCR反应体系为:总体系为20μl,10×PCR buffer(Mg~(2+))2μl,2.5 mM dNTP 1μl,正、反引物各0.5μl,模板DNA 40 ng,Taq酶1 U,用ddH_2O补足。反应程序为:94℃预变性5 min,94℃(30 s)/58℃(45 s)/72℃(45 s)35个循环,最后72℃延伸10 min。利用优化后的反应体系对百合SSR引物进行筛选,从50对引物中筛选出6对多态性高的SSR引物,并通过合成荧光标记引物对77个百合品(野生)种进行复选,验证了6对引物的稳定性。该研究为百合的遗传多样性分析、分子标记辅助育种等方面的进一步研究提供了技术支持。     

鹧鸪茶种质资源ISSR分子标记中的引物筛选

[目的]为快速和准确地对鹧鸪茶种质材料进行ISSR分析提供有效引物。[方法]基因组DNA的提取采用改良的CTAB法。利用99个ISSR引物,对来自海南岛境内的10个居群中共20份鹧鸪茶种质材料进行PCR扩增,以筛选出适合于所有鹧鸪茶种质材料进行ISSR分析的有效引物。[结果]从99条供试引物中共筛选出15条多态性丰富、条带清晰且可重复性良好的有效引物。用筛选出的15条引物对66份鹧鸪茶种质材料进行ISSR-PCR扩增,均可获得带型丰富和清晰可辨的DNA指纹图谱;共扩增出286条DNA谱带,其中231条为多态性带,占总扩增带数的80.77%,平均每个引物扩增出19.1条谱带。[结论]所筛选的15条引物可以有效地应用于鹧鸪茶种质资源材料的ISSR分析。     

水稻耐盐性SSR标记引物的筛选

[目的]针对两个典型的水稻品种(系)耐盐材料(02-11和津源85)和两个敏感材料(秋田小町和99-28),进行水稻耐盐相关的SSR标记的研究.[方法]选取水稻12条染色体上的565对SSR引物进行亲本间多态性筛选;选择适合的标记引物,并确定PCR扩增的最适退火温度.[结果]在565对引物组合中筛选出68对引物在4个材料间有多态性;明确了主要标记引物的通用退火温度为55℃.[结论]68对可作为该水稻群体耐盐QTL分析的SSR标记引物,为进一步进行水稻耐盐性分子鉴定和耐盐分子辅助育种提供参考.     

用于谷子分子标记辅助选择的SSR标记筛选

育种材料中多态性分子标记的获得是分子标记辅助选择育种的前提。本研究针对谷子生产中常用的6个育种亲本所组配的15个杂交组合,利用193个谷子SSR标记进行检测,从中筛选出适于各组合育种后代材料鉴定的多态性分子标记,为分子标记辅助选择育种奠定基础。结果表明:有96个标记可用于15个组合的后代材料鉴定,每个组合的多态性标记数为22～72个,表现出极显著差异。其中,春谷品种朝谷12号与其他5个夏谷品种所配组合均表现了很好的多态性,多态性标记数为47～72个;夏谷抗除草剂品种K492与其他育种材料所配组合也表现了较好的多态性,多态性标记47～58个。本研究不仅筛选了1批可用于各组合后代材料鉴定的分子标记,还通过分子标记分析各类型材料间的多态性揭示育种材料的遗传基础,为育种材料的应用提供了指导。     

基于SSR标记的杨树新品种鉴定及核心引物筛选

目的利用经过长期筛选的11对SSR引物对50份杨树新品种（系）进行扩增,探究11对引物的品种鉴定能力和核心引物的筛选依据,为杨树新品种的鉴定、育种工作和核心引物的筛选工作奠定基础。方法使用毛细管电泳技术对扩增结果进行检测,计算等位重复序列数、Shannon信息指数和引物多态性信息指数等。按0/1矩阵记录扩增条带的有无,并通过非加权组平均法（UPGMA）进行聚类分析。计算单个引物和11对引物组合的遗传相似系数,分析遗传相似系数之间的相关性,剔除相关性较低的引物,再对剩余的引物组合进行聚类分析。结果11对引物共扩增出122个DNA片段,平均每对引物扩增的等位重复序列数为11.091个;不同引物PIC值的变化范围是0.530 ~ 0.908,平均值为0.803。11对引物的聚类结果显示,当支距为0.40时,参试样品可以分为2个大类;当支距为0.37时,可分为4个亚类,聚类结果与品种（系）的谱系来源基本吻合。在11对现有引物的基础上,通过分析单个引物和11对引物的遗传相似系数之间的相关性,优化得到9对核心引物。相关性分析和聚类分析表明,优化后的9对引物具有高效鉴定能力和亲缘关系聚类效果。结论本研究证实SSR分子标记可以有效鉴定杨树新品种,并较好反映品种之间的亲缘关系;同时,利用遗传相似系数的相关性可优化现有的引物,为杨树的育种及核心引物的筛选工作提供了参考。      

鹧鸪茶种质资源ISSR分子标记中的引物筛选（摘要）

[目的]为快速和准确地对鹧鸪茶种质材料进行ISSR分析提供有效引物。[方法]基因组DNA的提取采用改良的CTAB法：先用0.8%琼脂糖凝胶电泳检测DNA完整性,EB染色,以Lambda DNA/HindⅢ＋Eco RIMarkers为参照,电泳结果用Gel Doc XR型凝胶成像分析系统下照相并记录。再用Biophotometer紫外分光光度计分别测定OD_（260）和OD_（280）,并计算出OD_（260）/OD_（280）值,每份样品的OD_（260）/OD_（280）比值均要求在1.8～2.0范围内。测定每份样品DNA浓度（ng/μl）,并将其稀释至20 ng/μl,分装后置-20℃保存。利用99个ISSR引物,对来自海南岛境内的10个居群中共20份鹧鸪茶种质材料进行PCR扩增,以筛选出适合于所有鹧鸪茶种质材料ISSR分析的有效引物。[结果]从99个供试引物中共筛选出15个多态性丰富、条带清晰且可重复性良好的有效引物。用筛选出的15个引物对66份鹧鸪茶种质材料进行ISSR-PCR扩增,均可获得带型丰富和清晰可辨的DNA指纹图谱;15个引物共扩增出286条DNA谱带,其中231条为多态性带,占总扩增带数的80.77%,平均每个引物扩增出19.1条谱带。[结论]所筛选的15条引物可以有效地应用于鹧鸪茶种质资源材料的ISSR分析。     

猕猴桃属植物通用型SSR分子标记引物的筛选及应用

【目的】基于猕猴桃全基因组数据,开发、筛选一批多态性高、通用性强的SSR引物,为猕猴桃属种质资源遗传多样性分析、品种鉴定等奠定基础。【方法】基于‘红阳’猕猴桃全基因组序列,设计并合成435对SSR引物,采用荧光标记毛细管电泳进行等位变异检测。首先,采用遗传差异较大的5份猕猴桃种质资源对引物进行有效性筛选;其次,选择9个物种或杂交组合的16份猕猴桃种质资源开展引物复筛;最后,利用所选引物对国家猕猴桃种质资源圃内猕猴桃属51个类型共225份种质资源进行基因分型及亲缘聚类分析。【结果】从435对引物中初筛到216对有效性引物,经复筛确定分布于29条染色体上的67对引物为最终核心引物。67对引物在16份种质中共得到842个等位变异,每个位点检测到等位变异6—18个,平均等位基因数（Na）为12.57个;有效等位基因数（Ne）为3.27(A-Geo-149)—13.84(A-Geo-407)个,平均为8.18个;观测杂合度（Ho）为0.60(A-Geo-073)—0.93(A-Geo-158),平均为0.77;期望杂合度（He）为0.72(A-Geo-149)—0.92(A-Geo-101、A-...     

SSR分子标记研究进展

SSR标记广泛分布于基因组中,呈孟德尔遗传,多态性丰富,信息量大,已被作为一种理想的分子标记之一而广泛应用。文中重点介绍了SSR标记的开发和SSR技术试验体系的研究进展,旨在为SSR分子标记的研究与应用提供参考信息。     

SSR分子标记在花生上的应用

综述了近年来SSR技术在花生遗传图谱构建、遗传多样性分析、分子标记辅助育种、亲缘关系鉴定等方面的应用情况,从而为相关研究提供参考。     

SSR标记技术在大豆中的应用

SSR分子标记因具有共显性、多态性丰富、在大豆基因组中分布广等众多优点而被广泛应用于大豆研究中.从大豆遗传多样性分析、分子图谱构建和QTL数量性状定位、品种鉴别3方面分别阐述了SSR分子标记在大豆研究中的应用和最新进展,并对SSR分子标记在大豆研究领域的发展前景进行了展望.     

SSR分子标记技术在生物遗传学领域的应用

SSR(simple sequence repeats)分子标记技术作为一种新世纪遗传学研究工具,已被广泛应用于生物遗传多样性、遗传图谱构建、基因定位、分子标记辅助育种、种质真伪和纯度鉴定等研究中,成为生物资源利用、开发和保护常用的方法和技术。     

SSR标记及其在玉米研究中的应用

概述了SSR反应的原理、特点,总结了其在玉米亲缘关系和遗传多样性研究、DNA指纹库建立、遗传图谱构建和基因定位及分子标记辅助育种等方面的应用,并对SSR在植物遗传领域的应用前景进行了探讨.     

番茄抗青枯病材料及抗病基因SSR标记的初步筛选

[目的]快速筛选出番茄青枯病抗性基因的SSR标记。[方法]对来自4个国家27份番茄材料青枯病的抗性进行鉴定,并用一套SSR标记对材料进行分析,寻找与青枯病抗性基因连锁的标记。[结果]来自国内的3份材料表现出理想的抗病性,"湘引79-1"表现高抗,"860"及"039-3"表现抗病。标记TOM176-177在3份抗病材料上能扩增出相同带型,而在其他材料上扩增出的带型不同。TOM176-177在27份材料上存在4个等位基因,在3份抗病材料上是同一个等位基因,其扩增产物比其他等位基因小。[结论]该研究初步推断标记TOM176-177与青枯病抗性基因连锁。     

沉香属植物基因组DNA提取及SSR反应体系的优化

以白木香为材料,研究沉香属植物基因组DNA提取方法 ,并优化SSR-PCR反应体系。通过改良CTAB法提取白木香叶片基因组DNA,经电泳和吸光度检测。优化影响白木香SSR-PCR主要参数,确立适合沉香属植物的SSR-PCR反应体系和扩增条件:在20μL反应体系中,模板DNA、引物、Mg2+、dNTP和Taq DNA聚合酶等5种主要成分的最适浓度分别为2.5 ng/μL、1μmol/L、2 mmol/L、0.2 mmol/L、1.2 U;并用9份沉香属植物DNA样品对SSR-PCR反应体系验证,能扩增清晰条带。SSR优化系统的建立为进一步利用SSR分子标记技术进行白木香种群及不同地区沉香属种群遗传多样性研究提供基础。