应用~(32)P标记核酸探针检测牛传染性鼻气管炎病毒的研究初报

本文在我国首次报道应用核酸探针检测牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)。经培养、纯化IBRV,抽提IBRV全基因组DNA,用缺口翻译法标记上~(32)P,在硝酸纤维膜上进行打点杂交。试验结果表明,采用~(32)P标记的核酸探针,可检测出10Pg的IBRV—DNA,能明显区别IBRV感染细胞和未感染的正常细胞,具有相当高的灵敏度和特异性,同Dorman报道的结果相似。 应用核酸探针检测病毒核酸的技术,近年来有了突破性的进展,有的国外学者称之为第四代检测技术。其基本原理是利用放射性同位素标记的DNA或RNA(即核酸探针)与固定在硝基纤维素膜上或玻片上的单链核酸进行杂交,经过放射自显影,在X光片或感光乳胶中可看到特定的核酸片段的踪迹。由于这一技术具有灵敏度高,特异性强的优点,在医学临床诊断中已显示出它的优越性,文献报道日趋见多。在动物病毒研究方面已见到了用核酸探针检测蓝舌病,牛传染性鼻气管炎鸡马立克病,猪伪狂犬病、犬瘟热、传染性喉气管炎等病毒感染的报道。 Dorman,M,A在1985年首先报道了利用生物素标记的IBRV—DNA的HindⅢ酶切片段可检测出10pg(10~(-11)g)IBRV—DNA。随后,Dunn,D.C和Pacciarini,L以及Brunner,D也相继作了报道。我们用~(32)P标记的IBRV—DNA全基因组做为核酸探针,进行了一系列的研究,初步结果表明,我们     

用生物素标记核酸探针检测牛传染性鼻气管炎病毒的研究

本文报道了应用生物素标记核酸探针检测牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)的研究。将纯化的IBR病毒全基因组,用缺口翻译方法把生物素——尿苷三磷酸(Biotin—dUTP)掺入双链IBRV—DNA上作为探针,与点在硝酸纤维膜上的样品进行打点杂交,然后在链霉亲和素——碱性磷酸酶中孵育,用氮蓝四唑和5—溴—4—氯—3—吲哚磷酸作用,阳性反应呈现紫色斑点。通过检测样品中IBRV—DNA同源序列,以确定是否存在IBRV。结果表明:应用生物素核酸探针可检出10pg的IBRV—DNA,具有灵敏、快速、无放射性污染、探针保存时间长等优点,为IBRVI临床检测提供了一个有力的手段。     

光生物素核酸探针检测牛传染性鼻气管炎病毒的研究

用光生物素标记牛传染鼻气管炎病毒(IBRV)基因的9.6kb片段制成探针,能检出10pg的IBRV—DNA,1个TCID_(50)量的病毒和1个TCID_(50)掺毒量的精液,与其它病毒无交叉反应。检测人工感染牛的鼻、眼拭子和病毒分离符合率为84.4％,检测感染细胞与细胞病变符合率达81.7%,两项综合符合率为82.5%,以病毒分离为标准,核酸探针检测的鼻眼拭子特异性为90.9%,灵敏度为71.4%。鼻眼拭子经一代细胞培养增毒后再用核酸探针检测,与病毒分离的符合率达93.8%,特异性和灵敏度均达92.9%。 牛传染性鼻气管炎是由IBRV引起的牛呼吸道炎症、生殖道感染、结膜炎、脑膜脑炎等症状的疾病。此病的诊断通常采用中和试验、ELISA等方法检查感染动物的血清抗体以及病毒分离检测病原。只要病料新鲜,分离病毒并不困难,但从牛精液中分离IBRV,由于精液对细胞有毒性影响,有时不一定能成功。用核酸探针检测病毒基因是一种快速、灵敏、简便的方法,我们采用光生物素标记IBRV基因的9.6kb片段作探针,对IBRV掺毒精液及人工感染牛的鼻、眼拭子进行检测,并与病毒分离进行比较,结果表明核酸探针具有较高的特异性和灵敏度,与病毒分离符合率在8(?)%以上,可与病毒分离互相补充作为病原检测的一种手段。     

牛传染性鼻气管炎病毒和牛病毒性腹泻病毒双重荧光定量PCR检测方法的建立

为建立基于TaqMan探针的双重荧光PCR技术检测牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)和牛病毒性腹泻病毒(BVDV)的方法,根据IBRV gB基因序列和BVDV 5′端非编码区序列的保守区域,分别设计1对IBRV的特异性引物和1条FAM标记的TaqMan探针,1对BVDV的特异性引物和1条ROX标记的TaqMan探针,建立双重荧光定量PCR检测IBRV和BVDV的方法。对建立的检测方法进行特异性和敏感性测定,并用临床样品进行检测验证。特异性试验结果显示,该方法检测参试的IBRV毒株,在波长530μm(FAM)时收集到特异性荧光信号曲线,检测参试的BVDV毒株,在610μm(ROX)时收集到特异性荧光信号曲线,无交叉信号出现,对照的毒株无论是在530μm(FAM),还是610μm(ROX)处,均无荧光信号曲线出现,方法的特异性好;敏感性试验结果显示,该双重荧光定量PCR可检测到100个拷贝的IBRV和BVDV质粒DNA模板;临床样品检测结果表明,对保存在-70℃的127份牛病料样品核酸进行检测,IBRV阳性12份,BVDV阳性26份,IBRV和BVDV同为阳性2份,为混合感染,检测的拷贝数分别为6.24×105和6.32×104拷贝/μL。阳性样品经序列比对分析,分别与IBRV和BVDV的序列100%同源。建立的双重实时荧光定量PCR方法检测IBRV和BVDV具有特异、敏感等优点,可用于临床样品的鉴别检测。     

检测病菌的一种新方法：—DNA探针技术

DNA 探针(又称基因探针或核酸探针)是指能识别被检核酸中特异性碱基序列的带有标记的一小段单链 DNA(或RNA)分子,即一个可与被检测的核酸序列进行互补的带有标记的单股核酸片     

用M_(13)克隆系统建立牛传染性鼻气管炎病毒基因组无性繁殖系

用M_(13)克隆系统对牛传染性鼻气管炎病毒进行克隆,获得14个重组体。用其中9.6kb片段制成的探针,可与IBRV—DNA进行杂交,证实已建立了IBRV基因组的无性繁殖系。 牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)属于疱疹病毒,它的基因组是线性双链DNA,约154kb(千碱基对)。 M_13为丝状雄性特异的大肠杆菌噬菌体,它具有一个单链环状DNA基因组及蛋白外壳,当感染宿主细胞后,单链环状的基团组(ssDNA)转变为双链环状的复制型((?)DNA)。M_(13)DNA经改造已成为有效的克隆载体,并广泛地应用于核酸的序列分析及单链DNA探针。我们采用了M_(13)mp作为克隆载体。改建的M_(13)载体转染JM_(103)细菌后可以产生有活性的β—半乳糖苷酶(Lac~ ),在用IPTG诱生和用X-gal作为酶底物时可以形成蓝色空斑,在Lac DNA的多个单一酶切点序列中插入外源基因,就不能产生有活性的半乳糖苷酶,从而形成透明空斑,可以用这种正性标记挑选重组体。     

IBRV在MDBK细胞中的增殖规律研究

为了探讨牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)在MDBK细胞上的增殖规律,试验用100 TCID_(50)剂量的IBRV接种MDBK细胞,在不同时间点用倒置显微镜观察细胞病变效应(CPE),同时用TaqMan荧光定量PCR技术对病毒DNA含量进行检测,绘制病毒增殖曲线。结果表明:病毒6~12 h增殖缓慢,24~72 h增殖快,72~144 h增殖不明显;48小时时细胞出现病变,120小时时单层细胞基本脱落。说明IBRV可以在MDBK细胞中增殖并引起细胞病变,而且CPE情况与病毒的增殖规律相吻合。     

牛传染性鼻气管炎病毒恒温隔绝式荧光PCR检测方法的建立

为建立检测牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)的恒温隔绝式荧光PCR(iiPCR)方法,本研究采用文献报道的引物和探针,通过优化反应体系,首次建立了检测IBRV核酸的iiPCR方法。结果显示该方法仅特异性检测出IBRV,而对牛病毒性腹泻-黏膜病病毒、牛副流感3型病毒、牛呼吸道合胞体病毒、牛腺病毒3型、牛冠状病毒、牛支原体、多杀性巴氏杆菌和溶血性曼氏杆菌等病原则不能检出。该方法的检测下限为2.4拷贝/μL质粒标准品,并具有良好的重复性。对临床样品的检测结果与OIE推荐的荧光定量PCR方法的检测结果一致;该方法配合PetNAD核酸萃取试剂盒,从核酸提取到报告检测结果仅需1h,具有操作简便、快速、可现地化的特点。对9个省29份商品化冻精检测结果显示,IBRV阳性率为24%(7/29),表明我国流通的商品化冻精携带IBRV情况普遍。本研究为IBRV的现地检测提供了一个可靠的方法。     

鹅细小病毒核酸探针的制备及应用

由纯化的鹅细小病毒(即小鹅瘟病毒,GPV)提取病毒核酸,经琼脂糖凝胶电泳,在以 Lambda DNA-HindⅢ消化物作为标记时,病毒核酸条带位于4.3～6.5kb 之同。约5.0kb.由制备性凝胶电泳纯化的病毒核酸在非变性条件下同非放射性 digoxigenin 进行标记而制备 DNA探针.在特异性检测中.该探针仅与小鹅瘟病毒核酸发生阳性反应,而不与正常鹅胚组织、鹅胚尿囊液、鹅肝组织、鹅肠组织及其他病毒核酸抽提物发生反应.该探针能有效地检出通过 Southern blot 和 dot blot 固定到硝酸纤维素膜上的同源 DNA(能检出0.1pg).对送检的疑患小鹅瘟的病鹅肝脏、肠及其内容物抽提的核酸检测的结果与临床诊断和荧光抗体检测的结果完成一致.整个检测过程快速、准确和方便。     

魏氏梭菌α毒素核酸探针的制备和应用

根据GeneBank上发表的A型魏氏梭菌α毒素基因序列,设计合成了一对特异性引物,通过PCR的方法,扩增出了大小为470 bp的α毒素基因的部分片段。应用地高辛标记法来标记该片段,制备了α毒素基因探针,该探针只与魏氏梭菌DNA发生阳性反应,与其它多种细菌DNA不发生反应;该探针在1∶1000的工作浓度下,能检出1~5pg/uL的魏氏梭菌基因组DNA。应用该探针对33株魏氏梭菌进行核酸杂交(Dot-Blotting)检测,结果表明该探针具有良好的特异性和灵敏性,可用于对魏氏梭菌的诊断检测以及流行病学调查。     

肉食兽细小病毒核酸探针的制备及其初步应用研究

将提纯的貂肠炎病毒(MEV)中间复制型DNA(RF-DNA),以HinaⅡ酶切,回收0.7kbC片段并克隆至质粒pBR322中,构成重组质粒pBM,经转化大肠杆菌RRⅠ并扩增后,提纯pBM,酶切电泳回收克隆的C片段,以[α-32P]dATP标记C片段和pBM,用光生物素标记pBM,分别制成放射性同位素和光生物素核酸探针。采用打点杂交技术检测了5种肉食兽细小病毒的细胞培养物和非细小病毒科5种病毒的细胞培养物,同时检测了貂和犬的粪便样品33份。结果表明,32P标记的C片段和pBM探针与光生物素际记的pBM探针均具有相同的杂交特异性,与5种肉食兽细小病毒及感染细小病毒的貂、犬粪样呈杂交阳性反应,与其他科病毒及健貂、犬粪样呈阴性。同位素32P和光生物素标记探针分别检出1 pg和10 pg貂肠炎病毒RF-DNA,敏感性比血凝试验分别离100倍和10倍。     

BVDV和IBRV双重实时荧光定量PCR检测方法建立

根据牛病毒性腹泻病毒(BVDV)5′端非编码区和牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)gB基因保守区基因序列,参考文献分别合成了2对特异性引物和探针。利用构建的包含BVDV和IBRV目标基因片段的阳性质粒,对退火温度、引物和探针的浓度以及反应条件进行了优化,构建了实时荧光定量PCR(qPCR)标准曲线,并对双重qPCR方法的特异性、敏感性和重复性进行了评价。试验结果显示,qPCR最适退火温度为54.0℃,BVDV引物浓度为0.2μmol/L,IBRV引物浓度为0.3μmol/L,BVDV探针浓度0.2μmol/L,IBRV探针浓度为0.1μmol/L。BVDV的RNA最低检测限为100拷贝/μL,IBRV的DNA最低检测限为1拷贝/μL,并具有良好的特异性和重复性,为BVDV和IBRV的同时、快速、定量检测提供了有效的方法。     

抗菌肽D基因转化广东桑的研究(初报)

采用前文[1]报道的广东桑转基因技术方法,由叶盘法将人工合成柞蚕抗菌肽D基因导入广东桑。抗菌肽基因由根癌农杆菌(Agrobacterium tumefaciens)Ti质粒携带,对桑树叶盘进行感染和转化,并通过施加Km选择压力,经过诱导和分化,得到了Km~R表型的桑树转化苗。通过桑树叶片胭脂碱合成酶活性电泳检测及其DNA与α—~(32)P—dCTP标记的含抗菌肽基因的探针作点杂交,初步判断柞蚕抗菌肽D基因已在转化细胞中整合,为培育桑树抗青枯病品种奠定了基础。     

基因芯片技术检测细菌耐药性

1　基本概念生物芯片 (Biochip)是指将大量的生物分子探针以大规模阵列形式排布在很小的载玻片、尼龙网等载体上 ,通过与标记的样品进行杂交 ,检测杂交信号的强弱进而判断样品中靶分子的数量。依据生物分子探针的不同 ,生物芯片可分为很多种类 ,包括基因芯片、蛋白质芯片、细胞芯片、组织芯片。目前研究最成功的且形成一定商业市场的是 DNA芯片 (DNAchip或DNA Microarry) ,又称为基因芯片 (Gene chip) ,即将无数预先设计好的寡核苷酸、c DNA、基因组 (Ge-nomic) DNA在芯片上做成点阵 ,与样品中同源核酸分子杂交。包括两种模式 :一是…     

核酸探针的制备及其使用技术

由于限制性内切酶的发现以及重组DNA技术的新进展,使得可以合成核酸探针(Nucleic Acid Probe)进行疾病的诊断和病原的检测。因为标记的核酸探针可以通过相应的碱基配对原则和与其具有同源或部分同源性的核酸序列发生杂交反应,特异性相当高,是一种重要的辅助性病毒诊断方法。     

鸭圆环病毒核酸探针的制备与应用

用地高辛标记鸭圆环病毒（DuCV）全基因组克隆制成核酸探针,与鸭病毒性肝炎Ⅰ型病毒（DHV-Ⅰ）的cDNA、鸭瘟病毒（DPV）的DNA和DuCV的DNA进行斑点杂交以检测核酸探针的特异性,结果该探针只与DuCV的DNA杂交呈阳性。敏感性结果表明,该探针对DuCV的最低检出量约为5PgDuCV的DNA。应用该探针对从山东、江苏、四川等地采集的196只鸭病料,共980份脏器的组织DNA进行检测,结果个体阳性率为33．2％（65／196）,在各脏器中法氏囊和肝脏中DuCV检出率较高,检出率分别为52．3％和49．2％。同时对上述样品进行PCR检测,核酸探针检测与PCR检测2种方法的符合率为87．5％。结果表明,制备的DIG标记的核酸探针特异性强、敏感性高,适合对DuCV进行诊断和流行病学调查。     

牛传染性鼻气管炎病毒LUXTM新型荧光PCR检测方法的建立

本研究针对牛传染性鼻气管炎病毒（Infectious bovine rhinotracheitis virus，IBRV）高度保守的gC基因设计单标记并具有自身荧光淬灭功能的LUX^TM引物，建立L刚新型实时荧光PCR方法用于快速检测IBRV。该方法对四株IBRV细胞培养物的检测均呈典型阳性反应，而对其它动物疱疹病毒以及健康牛组织DNA和细胞对照的检测结果为阴性，检测时间包括核酸提取仅需1h～2h。试验表明，LUX^TM荧光PCR法对IBRV细胞增殖病毒液的检测敏感性可达0．04TCID50，比病毒分离敏感性至少提高10倍；对10倍系列稀释的纯化IBRV核酸样品，L刚荧光PCR的检测敏感性比常规PCR可提高10^3倍。将病毒液添加到健康牛精液和血液样品中，该荧光PCR可检测到牛冻存精液中40TCID50牛抗凝全血、血清和临床精液中0．04TCID50的病毒，说明对临床样品的检测有效。本研究所建立的LUXTM荧光PCR方法快速敏感，适合应用于活牛及其遗传物质的进出口检疫、养牛业疾病防控等领域对IBRV的快速检测。     

猪圆环病毒2型地高辛标记探针检测方法的建立与应用

根据GenBank中已发表的猪圆环病毒2型(PCV-2)基因序列,在ORF2内设计1对特异性引物,利用PCR反应扩增出371 bp的核酸片段,回收并纯化PCR产物,用地高辛标记,建立了地高辛标记核酸探针诊断PCV-2的方法。该探针与8个PCV-2重组菌的核酸抽提物均能发生特异性杂交,而与对照猪圆环病毒Ⅰ型(PCV-1)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪细小病毒(PPV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)的核酸杂交均为阴性;对PCV-2 DNA的最低检测量为10 pg。     

生物素标记寡核苷酸探针原位检测石蜡切片鸭瘟病毒核酸

据GenBank中有关鸭瘟病毒(DPV)的1个765 bp的EcoRⅠ片段序列,用Oligo软件设计长度为37 bp的寡核苷酸并用生物素标记制备探针,经blast分析和斑点杂交检测探针的特异性后,建立从石蜡切片中检测出DPV核酸的原位杂交方法并对人工感染死亡鸭的各组织器官进行检测,结果显示:(1)寡核苷酸探针能特异性检测到DPV强毒CHv株DNA,对鸭病毒性肝炎病毒QL79株RNA、血清1型鸭疲里默氏杆菌DNA、鸭源多杀性巴氏杆菌DNA、鸭沙门菌DNA和大肠杆菌DNA的检测结果为阴性.(2)以寡核苷酸探针建立的从石蜡切片中检测出DPV核酸的原位杂交方法的最佳反应条件为:组织切片先用0.2 mol/L HCl 37℃处理20 min,然后用100 mg/L的蛋白酶K 37℃消化15 min左右;杂交时探针工作浓度为350 μg/L;Avidin-AP的工作稀释度为1:100.(3)以所建立的原位杂交法检测DPV-CHv强毒人工感染死亡鸭的各组织器官,结果肝脏、肠道、法氏囊、脾脏、食道、肺脏和肾脏呈阳性反应,DPV的DNA分布于特定细胞的细胞浆和细胞核.结果表明,原位杂交检测石蜡切片中DPV的方法具有直观、特异性强的优点,是对DPV进行检测和病原定位的良好方法,可用于DPV的侵染过程和致病机理研究及回顾性诊断检测.     

无病原性腺病毒载体构建的研究

以小鼠腺病毒作为无病原性“孤儿病毒”的模型,进行了构建真核细胞基因工程载体的研究。通过对小鼠腺病毒DNA的提取、酶切和克隆,将病毒DNA片段插入pBR322质粒中,从中选出重组质粒pBAD-8,进而在病毒DNA的BglⅡ单一切口处,插入Ⅰ型单纯疱疹病毒TK基因,构成新的重组质粒pBAT。将重组质粒pBAT和野生小鼠腺病毒在TK~-的3T3细胞内进行同源重组,使TK基因插入小鼠腺病毒的DNA序列中。通过选择性培养基培养及α-~(32)P标记的核酸探针检测,证明在经同源重组的小鼠腺病毒DNA中插入了TK基因,并得到了表达。将重组病毒接种小鼠,进行体内存留实验,结果表明所构建的小鼠腺病毒载体在小鼠体内至少可存活40d。