猪肺炎支原体基因组学研究进展

一个生物的全部DNA序列称作该生物的基因组(geneome),基因(gene)是基因组中有关蛋白质遗传信息的编码单位.基因组学是关于基因组结构、基因功能以及基因组比较的一门科学.支原体(Mycoplasma)由于基因组比较小,是属于最早被进行基因组测序的微生物物种之一.1995年10月,人类完成了第一个原核生物,即生殖支原体G37株的基因组测序.目前已完成了17株支原体基因组测序.本文主要介绍一下猪肺炎支原体基因组结构特点.     

基因型测定对生猪生产者有怎样的用处

像SNPs、基因组选择和基因组育种类似术语在奶牛业早已为人们所熟悉了,与猪基因组测序相关的技术虽然在猪业起步较晚一些,但是现在的工作进行得不错.本文介绍了目前的工作进行情况以及该项技术给养殖业提供的前景.     

鸡基因组序列比较分析研究进展

红色原鸡是中生代中期therapod恐龙现存的后代,它是第一个基因组被测序并拥有基因组草图序列的非哺乳脊椎动物.它的草图序列大约含有10亿个碱基对,估计编码2万～2.3万个基因.家鸡独立于哺乳动物进化已经大约有3.1亿年的历史,现在所获得的基因组草图序列为其基因组6.6倍的覆盖率:①鸡的基因组序列跟哺乳动物基因组序列相比大约有3倍的差距,主要是散在重复序列、假基因和片段复制(重复)序列的减少.……     

蒙古马基因组拷贝数变异的研究

拷贝数变异(copy number variation,CNV)在人类和动物基因组中普遍存在,是重要的遗传变异资源.本试验利用比较基因组杂交(comparative genomic hybridization,CGH)芯片对2匹蒙古马和1匹纯血马进行全基因组CNV检测,共检测到210个CNVs,长度6 109 bp至571.87 kb,平均值为37.81 kb,中值为14.45 kb.合并重叠的CNVs,共检测到70个CNV区域(CNV region,CNVR),大小从6 151 bp至573.59 kb,平均值和中值分别为38.93和14.45 kb,总长度为6.19 Mb.经CNV基因注释和功能分析发现,大部分基因与嗅觉受体活性、嗅觉感官知觉、化学刺激的感官知觉、识别和嗅觉传导等功能相关.对5个CNVRs进行qPCR检验,83.33%的qPCR结果与CGH芯片结果一致.通过对蒙古马基因组拷贝数变异的研究,证明CNV在马基因组中普遍存在,为揭示马基因组CNV与重要生物性状的关联性及品种改良奠定了基础.     

鹅源新城疫病毒基因组密码子使用分析

新城疫病毒(Newcastle Disease Virus,NDV)的跨种间传播机制是近年来研究的热点.选择NDV鹅源毒株ZJ1、SF02以及鸡源株、鸽源株和疫苗株La Sota株的全基因组序列,对其6个结构蛋白基因编码区序列运用SMS和CodonW软件进行了密码子使用分析,同时从物种密码子数据库获得鹅、鸡的密码子使用数据.与NDV基因组密码子使用情况进行比较.结果显示:鹅源、鸡源、鸽源与疫苗株NDV的基因组密码子使用情况基本一致;基因组密码子使用的偏向性较小,全基因组ENC值为57,6个编码基因的NEC值从54～60不等;基因组在密码子使用上存在28个优先使用的密码子,其中8个为高频使用密码子.鹅源NDV与鹅、鸡密码子使用偏性基本一致,仅5～6个密码子存在差异.     

牛分枝杆菌遗传学研究进展

一、牛分枝杆菌基因组 牛分枝杆菌AF2212/97分离自肺部和支气管纵隔淋巴结发生干酪样病变的母牛,具有完全的毒力.该菌株基因组全长为4345492bp,分布于一单环染色体中,平均G C含量为65.63%.基因组包含3952个编码蛋白基因--包括一个前噬菌体和42个插入单位(IS).在核苷酸水平上,牛分枝杆菌与结核分枝杆菌基因组相比,其同源性大干99.95%,表现出共线性,没有广泛的置换、复制或倒置现象.     

牛基因组研究进展

本文分牛基因组遗传图谱、物理图谱、全基因组序列图与转录组研究四个部分介绍了牛基因组学研究进展.最新的牛遗传连锁图谱由4 585个标记组成,平均图距精确到1.2 cM,是研究牛数量性状位点、定位克隆生产性状相关基因进行分子辅助育种的蓝图.基于限制性酶切指纹图与末端测序技术对294 651个BAC克隆分析拼接成的物理图谱,覆盖约15.8倍基因组,为牛全基因组测序和组装提供了框架.融合了全基因组鸟枪法和逐步克隆法绘制的牛基因组草图,包含了26 052 388个可用测序读长,覆盖约7.0倍基因组,拼接成2.87 Gb的基因组序列.牛各个组织器官的cDNA文库构建和EST测序以及基因芯片方面的基因转录和表达的研究,将阐释更多的泌乳、繁殖、产肉和疾病抵御力等重要性状相关功能基因,从而将更多的基因应用到牛的分子辅助育种上.     

分子植物卓越中心等解析植物中独特的双链RNA合成机制

转座子(transposon)最早由美国遗传学家Barbara McClintock在玉米中发现,在细菌、病毒以及真核生物的基因组中广泛分布.转座子类似内源性病毒,能够在宿主基因组中"复制和粘贴"自己的DNA,以达到其自我"繁殖"的目的.活跃的转座子对基因组的稳定构成严重威胁,高等生物通过对转座子DNA进行甲基化修饰将...     

山蚂蝗属植物DNA提取方法研究

山蚂蝗属植物(Desmodium Desv.)部分种如绒毛山蚂蝗(D.velutinum (Willd) DC.var.velutinum),在基因组DNA提取过程中易降解,影响了基因组DNA的纯度.本文分析了引起绒毛山蚂蝗基因组DNA降解的可能原因,并采用改良的SDS法解决了部分山蚂蝗属植物的DNA降解问题,提高了DNA的质量.对采用该方法提取的基因组DNA进行AFLP分析,得到条带清晰、多样性丰富的图谱.结果表明改良的SDS法适宜绒毛山蚂蝗基因组DNA的提取.     

国内外猪基因组与分子育种研究进展

1 猪基因组计划研究进展 随着人类基因组测序的完成也推动了农业动物基因组研究工作,继2004年先后完成了鸡和牛的基因组测序后,美国农业部(IJSDA)展开了二大研究:一是在肉畜研究中心开展的大规模基因定位计划;二是国家动物基因组研究计划.     

分子标记AFLP及其在遗传分析中应用

AFLP是一种新的DNA标记,它是利用PCR技术对基因组DNA双酶切片段的选择性扩增.这种技术可经济、快捷、有效地产生大量分子标记,且多态标记丰富、均匀地遍布整个基因组、共显性遗传、重复性和可比性强.标记研究无需预先了解基因组的序列信息.     

hiTAIL-PCR技术鉴定转基因猪整合位点的研究

采用高效热不对称交互式PCR(hiTAIL-PCR)的方法,取转基因克隆猪血液,提取基因组作为模板,扩增目的片段,将扩增获得的特异性产物,连接到PGEM-T载体上,送测序公司测序.测序结果与载体序列经比对后,获得侧翼序列.将获得的侧翼序列提交GenBank与猪的基因组数据库比对确定了在基因组上的位置.结果表明目标序列整合到猪的15号染色体的基因组克隆(nw_00188566P4)中.该方法可以有效、快捷的鉴定外源基因在基因组中的整合的具体位置,具有良好的应用前景.     

水牛基因组及重要经济性状关联基因解析研究进展

水牛为全世界约20亿人提供乳、肉等产品,在人类生活中占据重要位置,然而水牛的遗传信息未得到充分挖掘.本文对水牛重要经济性状、水牛高质量参考基因组构建、进化历史、全基因组关联分析和重要经济性状关联基因发掘的研究进展进行综述,并对优化建立水牛全基因组选择育种和基因组设计育种为人类培育出产奶量高、个体大、性格温顺、抗热应激且...     

我国取得又一里程碑式科学成就 家蚕基因组框架图绘制完成

重庆市政府举行新闻发布会,宣布在西南农业大学和中科院北京基因组研究所的共同努力下,中国家蚕基因组框架图绘制完成.     

基因组研究为何选中家蚕为"代表生物"?

家蚕基因组"框架图"是我国科学家继完成人类基因组1%测序工作、水稻基因组"框架图"和"精细图"之后,向人类贡献的第三大基因组研究成果.     

副猪嗜血杆菌血清4型全基因组序列草图测定与分析

本研究应用Illumina Hiseq 2000测序系统对副猪嗜血杆菌(HPS)血清4型gx033株进行全基因组序列测定,经过DNA文库构建、测序、数据过滤和组装,绘制了全基因组草图.全基因组草图显示,HPS血清4型的基因组大小为2 155 493 bp,G+C含量为39.79％,含有编码基因2 189个,基因总长度1 881 801 bp.基因功能注释表明,849个基因功能尚不明确,1 340个基因被分为能量产生和转化、转录和细胞周期调控等19个功能组.该HPS血清4型全基因组草图的绘制为HPS病的致病机制等研究提供依据.     

一种简便分离高质量家蚕基因组DNA的方法

本研究对传统的家蚕基因组提取方法进行了改进.改进方法无需研钵和液氮,将RNase与蛋白酶K同时加入剪碎的家蚕样品中消化处理,并利用旋转振荡培养箱旋转混匀和培育每步的样品.该方法减少了基因组DNA的损失,提高了工作效率,节约了成本.利用改进后的方法对不同家蚕品种的基因组DNA进行了提取和PCR扩增验证,结果表明提取的基因组DNA的质量、获得率、重复性都更好,能够满足家蚕分子生物学研究的需要.     

我国鸟类基因组研究启动

我国科学家继启动水稻基因组、家猪基因组的研究项目之后,昨天宣布将启动鸟类基因组研究计划.     

鼠疫杆菌基因组测序完成

革兰氏阴性的鼠疫耶尔森菌(鼠疫杆菌)是引起烈性传染病鼠疫的病原.最近英国科学家在Nature杂志报道了鼠疫杆菌CO92株的全基因组序列.鼠疫杆菌基因组有4 650kb的染色体和3个大小分别为96.2kb、70.3kb和9.6kb的质粒组成,共有4 012个基因.基因组内富含插入序列,还有许多包括粘附素、分泌系统和杀昆虫素等从其他细菌或病毒获得的基因和约150个假基因.基因进化研究表明,鼠疫杆菌祖先是约2 000年以前肠道寄生的温和型假结核耶尔森菌(Y.Pseudotuberculosis).鼠疫杆菌基因组序列的明确,对于有针对性地设计疫苗和抗生素以有效控制鼠疫和反生物恐怖主义有重要意义. (郭志儒摘自:Nature,2001,413:523～527)