基于16S rRNA高通量测序的长江口日本鳗鲡幼体肠道微生物群落研究

为了解长江口日本鳗鲡(Anguilla japonica)幼体肠道微生物的结构特点和多样性组成,探索其潜在功能，采用MiSeq 16S rRNA高通量测序技术对2022年1―4月每月VA期和VB期2个发育时期的肠道样本进行微生物测序,分析了肠道微生物的OTU数量、菌群组成、丰度及Alpha多样性,并预测其功能。8个样本共测得1467个OTU,每个样本平均396个。共鉴定出51门、140纲、286目、414科、643属、959种,每个样本平均包含26门和229属,并表现出随月份递增而门数和属数明显减少的现象。在门水平上,以变形菌门(Proteobacteria)(81.33%)和拟杆菌门(Bacteroidota)(10.61%)为优势菌群。在属水平上,主要由嗜冷杆菌属(Psychrobacter)(35.10%)、假单胞菌属(Pseudomonas)(16.75%)、黄杆菌属(Flavobacterium)(7.99%)、无色杆菌属(Achromobacter)(4.82%)、希瓦氏菌属(Shewanella)(4.21%)等组成,显示了一组与其他鱼类不同的肠道微生物群落。1月组的肠道...     

鱼菜共生模式中不同鱼类肠道微生物群落结构的比较

为研究鱼菜共生模式下不同鱼类肠道微生物的菌落结构,采用宏基因组学测序技术和生物信息学分析手段,构建了草鱼(Ctenopharyngodon idellus)、鲫(Carassius auratus)、鲢(Hypophthalmichthys molitrix)和鳙(Aristichthys nobilis)4种鲤科鱼类的肠道内含物等12个样品的16S rDNA测序克隆文库,分析了这4种鲤科鱼类肠道微生物的菌落组成和多样性。结果表明,鱼菜共生模式下不同鲤科鱼类肠道内含物微生物优势菌落的组成十分相似(P0.05,Kruskal-Wallis),优势微生物菌群均是鲸杆菌属(Cetobacterium)和梭状芽孢杆菌属(Clostridium)、拟杆菌属(Bacteroides)和芽孢杆菌属(Bacillus)等, 其中鲸杆菌属和梭状芽孢杆菌属含量最丰富,且主要在非优势菌属之间具有显著差异(P0.05,Kruskal-Wallis),研究结果还表明食性不是造成不同食性鲤科鱼类肠道微生物菌落差异的唯一决定性因素。     

3种养殖模式水体中细菌多样性研究

为研究不同地区稻虾综合种养系统的环境及克氏原螯虾肠道的细菌群落结构差异,为改进不同地区稻虾综合养殖策略提供依据,采用Illumina Miseq 高通量测序技术,研究了武汉、永州和韶关地区稻田养殖克氏原螯虾的水体、底泥及虾肠道细菌群落结构,并对水体、肠道菌群与环境因子之间的关系进行了分析。结果显示,武汉地区稻虾综合种养系统的水体、底泥及克氏原螯虾肠道细菌群落的多样性均大于永州地区和韶关地区。武汉地区的稻虾综合种养系统的水体及底泥的细菌群落结构与永州地区和韶关地区均相似,其中水体的优势菌门均为放线菌门、蓝细菌门、变形菌门和拟杆菌门;底泥的优势菌门均为变形菌门。武汉地区的克氏原螯虾肠道的优势菌门为变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门;优势菌属为柠檬酸杆菌属 (Citrobacter,10.85%)、气单胞菌属 (Aeromonas,9.88%)和[Anaerorhabdus]_furcosa_group (8.43%)等。永州地区的克氏原螯虾肠道的优势菌门为厚壁菌门和放线菌门;优势菌属为ZOR0006 (9.78%)、拟杆菌属 (Bacteroides,5.41%)和[Anaerorhabdus]_furcosa_group (3.98%)。韶关地区的克氏原螯虾肠道的优势菌门为厚壁菌门和变形菌门;优势菌属为柠檬酸杆菌属 (Citrobacter,9.31%)、拟杆菌属 (4.29%)和[Anaerorhabdus]_furcosa_group (4.58%)等。环境因子关联分析结果显示,总悬浮颗粒 (TSS)和总磷 (TP)对水体细菌群落结构具有显著影响,磷酸盐 (PO^3-₄-P)和化学需氧量 (CODcr)对肠道微生物结构具有显著影响。研究表明,不同地区水体、底泥及克氏原螯虾肠道微生物存在一定差异,其中水体与底泥的微生物结构更相似。武汉地区稻虾综合种养系统中水体的微生物多样性最高,对于稳定养殖系统有利。不同地区养殖系统微生物的优势菌门种类没有变化,但是会改变优势菌门和优势菌属的相对丰度。养殖环境中的营养盐含量会对微生物群落结构产生一定程度的影响。     

人工养殖下达氏鳇幼鱼肠道菌群组成分析

为了解达氏鳇肠道微生物组成特征,采集6尾喂养人工配制饲料4周的达氏鳇后肠内容物分别提取DNA,并利用16S r RNA V3-V4变异区扩增子高通量测序的方法分析达氏鳇幼鱼肠道微生物组成与多样性。结果显示:6个样本共获得541575条有效序列,73个操作分类单元(OTUs)。73个OTUs隶属于7个门,其绝对优势菌群在门、目、科、属分类水平上分别为厚壁菌门(98.253%)、梭菌目(98.216%)、梭菌科(98.137%)、狭义梭菌属(92.892%)。序列注释发现,梭菌属中绝大部分为具有降解糖类为短链脂肪酸功能的Clostridium colicanis。此外,还分布有少量的分节丝状菌(3.99%)、鲸杆菌属(1.22%)等菌群。     

许氏平鲉仔鱼、稚鱼、幼鱼肠道微生物群结构特征

采集常规饲养的健康许氏平鲉1日龄仔鱼,9、20日龄稚鱼,54、95日龄幼鱼,运用Illumina MiSeq PE300平台,对其肠道微生物的16S rDNA V3~V4可变区进行高通量测序,共获得1039个运算分类单位、667个属。在丰度高于1%的菌属水平上,野生鱼肠道菌群丰度的平均值(86%)远高于幼鱼时期的平均值(73.5%)。不动杆菌属为仔鱼、稚鱼、幼鱼肠道中最优势菌属(丰度为26.2%~45.3%);短芽孢杆菌属次之。结合共有菌属分析获得11个核心菌群,芽孢杆菌属、短芽孢杆菌属、不动杆菌属、根瘤菌属等的丰度随仔鱼、稚鱼、幼鱼生长先升后降,均在54日龄时丰度最高;弧菌属则呈现相反的趋势(0.37%~12.41%),54日龄时丰度最低。仔鱼、稚鱼、幼鱼与野生个体肠道仅有14个共有菌属,短芽孢杆菌属、Massilia的最小丰度值分别是野生个体肠道中最大丰度值的9倍和32倍,差异明显。本研究揭示了许氏平鲉仔鱼、稚鱼、幼鱼肠道菌群结构特征及其发生、发育的过程,为苗种繁育阶段肠道生理健康调控提供理论依据。     

凡纳滨对虾和罗氏沼虾肠道微生物及抗生素抗性基因多样性分析

探究凡纳滨对虾和罗氏沼虾肠道微生物及抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes, ARGs)种类的差异。通过高通量测序和变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE)技术分析2种虾肠道微生物群落结构差异和微生物多样性,并运用PCR方法检测了2种虾肠道细菌常见38种ARGs的携带情况。结果显示,获得凡纳滨对虾和罗氏沼虾肠道细菌有效序列分别为42 795和40 713条,物种注释单元(operational taxonomic unit, OTU)数目分别为124和82,分类地位明确的细菌种类分别隶属5个门、17个属和5个门、16个属。凡纳滨对虾肠道细菌的优势类群为变形菌门,所占比例为75.45%,优势菌属为副球菌属(25.83%)和不动杆菌属(25.24%);罗氏沼虾肠道细菌的优势类群是厚壁菌门(49.74%),优势菌属为乳球菌属(49.01%)和弧菌属(29.98%)。凡纳滨对虾肠道细菌(2.19)Shannon指数高于罗氏沼虾肠道细菌(1.78),表明前者肠道细菌多样性大于后者。DGGE图谱的分析结果与高通量测序一致,2种虾肠道细菌种类差异很大。PCR结果显示,凡纳滨对虾肠道细菌携带15种ARGs,罗氏沼虾肠道细菌携带14种ARGs。本实验表明凡纳滨对虾肠道细菌的群落种类多样性、OTU丰富度、物种总数和ARGs种类均高于罗氏沼虾肠道细菌,为后续肠道微生物资源的挖掘提供了理论依据。     

豆粕替代鱼粉对牛蛙生长、体组成、消化酶活力及肝脏生化指标的影响

为分析泰国虎纹蛙 (Hoplobatrachus tigerinus) 和牛蛙 (Lithobates catesbeiana) 的肌肉品质、肠道形态及微生物构成,采用食品安全国家标准测定方法对这两种养殖蛙的肌肉营养成分进行监测,结合肌肉质构和显微结构的分析对两者肌肉品质进行评价,同时利用高通量测序和组织学切片技术对两者肠道微生物群落构成和显微结构进行分析。结果显示,泰国虎纹蛙和牛蛙氨基酸总量差异不显著 (P>0.05);牛蛙的不饱和脂肪酸含量显著高于泰国虎纹蛙 (P<0.05)。此外,牛蛙肌肉的硬度、咀嚼性和胶黏性均显著高于泰国虎纹蛙 (P<0.05)。肠道微生物分析显示,泰国虎纹蛙的Shannon、Ace和Chao1指数均显著高于牛蛙 (P<0.05);门水平上,牛蛙的厚壁菌门丰度显著高于泰国虎纹蛙 (P<0.05),而放线菌门丰度显著低于后者 (P<0.05);属水平上,泰国虎纹蛙的乳球菌属 (Lactococcus) 和埃希杆菌-志贺菌属 (Escherichia-Shigella)丰度显著高于牛蛙 (P<0.05),而乳杆菌属 (Lactobacillus) 和明串珠菌属 (Leuconostoc) 丰度显著低于后者 (P<0.05)。研究表明,泰国虎纹蛙和牛蛙肌肉品质存在差异,但营养价值均较高;高通量测序分析显示两者肠道微生物群落组成存在差异。

     

不同生理状态中华鲟体表黏液与生境微生物组成差异分析

为揭示不同生理状态下中华鲟(Acipenser sinensis)体表黏液与生境微生物组成差异,本研究比较了健康和亚健康中华鲟体表黏液菌群的群落结构差异,探讨细菌群落结构与中华鲟生理状态的相关性。本研究采集健康与亚健康中华鲟的体表黏液和养殖水体,利用高通量测序技术分析其菌群结构。结果表明,亚健康组微生物多样性与丰富度显著高于健康组(P<0.05)。序列的统计分析表明,相较于水体,黏液样本存在大量的独有操作分类单元(operational taxonomic unit, OTU),且与水体的共有OTU数目因中华鲟生理状况而发生变化。根据组间的相似性与差异分析,不同组之间的主成分与主坐标分析显示出较强的分离趋势,且组内样本相对距离较小。在门和属水平下,中华鲟体表黏液和水体群落组成和优势种有显著差异。水体中优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)(31.84%)和厚壁菌门(Firmicutes)(24.37%);健康组优势菌门为变形菌门(55.23%)和拟杆菌门(Bacteroidetes)(21.00%);亚健康组的变形菌门(40.23%)占比相较于健康组有所下降,但酸杆菌...     

不同地区稻虾综合种养系统的微生物群落结构分析

为研究不同地区稻虾综合种养系统的环境及克氏原螯虾肠道的细菌群落结构差异,为改进不同地区稻虾综合养殖策略提供依据,采用Illumina Miseq高通量测序技术,研究了武汉、永州和韶关地区稻田养殖克氏原螯虾的水体、底泥及虾肠道细菌群落结构,并对水体、肠道菌群与环境因子之间的关系进行了分析。结果显示,武汉地区稻虾综合种养系统的水体、底泥及克氏原螯虾肠道细菌群落的多样性均大于永州地区和韶关地区。武汉地区的稻虾综合种养系统的水体及底泥的细菌群落结构与永州地区和韶关地区均相似,其中水体的优势菌门均为放线菌门、蓝细菌门、变形菌门和拟杆菌门;底泥的优势菌门均为变形菌门。武汉地区的克氏原螯虾肠道的优势菌门为变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门;优势菌属为柠檬酸杆菌属(Citrobacter,10.85%)、气单胞菌属(Aeromonas,9.88%)和[Anaerorhabdus]＿furcosa＿group (8.43%)等。永州地区的克氏原螯虾肠道的优势菌门为厚壁菌门和放线菌门;优势菌属为ZOR0006 (9.78%)、拟杆菌属(Bacteroides,5.41%)和[Anaerorhabdus]＿fur...     

南海岛礁海域金带齿颌鲷鳃组织和肠道菌群结构及其肠道菌群对碳源的利用特征

为比较南海岛礁海域金带齿颌鲷(Gnathodentex aurolineatus)鳃组织和肠道菌群结构及其肠道菌群对碳源的利用特征, 从南海 3 个岛礁海域采集优势岛礁鱼类——金带齿颌鲷的鳃组织和肠道样品, 采用高通量测序技术分析其细菌群落结构组成, 利用 Biolog Eco 微板法分析可培养肠道微生物的碳代谢功能。结果显示, 各海域金带齿颌鲷鳃组织和肠道样品微生物菌群存在较高相似性, 但门和属水平相对丰度存在显著差异。所有样品共有可操作分类单元 (operational taxonomic unit, OTU)数为 151 个, 其中永暑礁肠道样品的 OTU 数高达 1022 个, 琛航岛肠道样品 OTU 数仅 492 个; 门水平上, 鳃组织和肠道样品共有的优势菌均为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、 厚壁菌门(Firmicutes), 特有的优势菌为放线菌门(Actinobacteria)和梭杆菌门(Fusobacteria); 属水平上, 鳃组织共有优势属为埃希氏-志贺氏菌属(Escherichia-Shigella)、拟杆菌属(Bacteroide)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、发光杆菌属(Photobacterium)、Marispirillum 属、Pandoraea 属; 肠道样品中共有优势属为埃希氏–志贺氏菌属和拟杆菌属, 其他优势属存在显著差异。肠道菌群的代谢活性和对氨基酸、糖类、脂类 3 类碳源的利用率由高到低均为渚碧礁组(ZB)、永暑礁组(YS)、琛航岛组(CH), 3 组间差异显著(P＜0.05); 功能预测结果显示代谢类相关功能基因所占比例高, 对 3 类碳源的利用与可培养菌群碳源利用规律一致。研究表明, 金带齿颌鲷肠道微生物菌群具有较高的碳源代谢能力, 后续可尝试从肠道微生物中挖掘高产酶菌株。     

四种不同食性鱼类肠道微生物群落组成及多样性比较分析

本研究旨在探讨食性对鱼类肠道菌群组成和多样性的影响,并预测特定菌群对不同营养素的潜在功能。实验采用高通量16S rRNA基因测序技术,提取获得滇池高背鲫(Carassius auratus)、草鱼(Ctenopharyngodon idellus)、鳜鱼(Siniperca chuatsi)、昆明裂腹鱼(Shizothorax grahami) 4种不同食性鱼类的肠道内容物,12个样品的16S rRNA,构建文库并测序,分析这4种鱼类肠道微生物的菌落组成和多样性。结果显示,鱼类肠道菌群多样性受到食性的显著影响(P<0.05),综合表现为杂食性(滇池高倍鲫) > 草食性(草鱼) > 滤食性(昆明裂腹鱼) > 肉食性(鳜鱼)。4种鱼类具有一些相同的优势菌群：变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)。然而,优势菌群在属水平上存在一定差异,如不动杆菌属(Acinetobacter)为鳜鱼的优势菌群,拟杆菌属(Bacteroides)为草鱼的优势菌群等。功能预测发现,鳜鱼肠道中以革兰氏阴性菌为主;草鱼抗病潜力略高于其他3种鱼类;约氏不动杆菌(A._ johnsonii)、鲁氏不动杆菌(A. lwoffii)和施氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri)可能有助于宿主对蛋白质的消化,而拟杆菌属中的某些菌群可能有助于宿主消化纤维素。综上所述,食性是影响鱼类肠道菌群组成和多样性差异化的主要因素之一,分析食性与肠道优势菌群之间的关联,探讨特异菌群的功能,可为研究鱼类营养代谢的微生物效应奠定理论基础。     

莆田近海孔烂病海带微生物群落结构及其与环境因子的关系

为探究莆田近海孔烂病海带微生物群落结构及其与环境因子的关系，本研究采用16S rRNA扩增子测序技术对健康海带(HT)、孔烂病海带(DT)、健康海带养殖区海水(HS)和孔烂病海带养殖区海水(DS)样本进行测序分析，利用冗余分析研究了海水微生物群落与环境因子的关系。结果显示，HT和DT样本的丰富度指数(ace)、香农指数(shannon)和均匀度指数(heip)均具有显著性差异，HS和DS样本的丰富度指数和香农指数有显著性差异，均匀度指数则无显著性差异，各样本的微生物群落分区明显。微生物群落组成分析显示，HT和DT样本群落组成的差异主要由盐单胞菌科产生，而HS和DS样本群落组成的差异主要由蓝细菌门和假交替单胞菌科决定。环境因子关联分析显示，盐度和温度与微生物群落的关联在HS和DS样本中具有显著性差异，对海水微生物群落分布影响较大。海水微生物中的优势菌蓝细菌与盐度，与温度呈负相关；优势菌科黄杆菌科、红杆菌科、假交替单胞菌科和弧菌科与盐度呈负相关，与温度呈正相关。研究表明，孔烂病的发生可能与海带微生物中的盐单胞菌和海水微生物中的蓝细菌和假交替单胞菌有密切的联系，盐度和温度可能是导致海水微生物群落发生变化的关键环境因子。     

基于16S rRNA基因分析双斑东方鲀肠道 微生物多样性

为探究野生和养殖双斑东方鲀肠道微生物的群落结构,对厦门同安海域野生和养殖双斑东方鲀肠道内容物进行16S rRNA基因的V3～V4区测序,通过Illumina Miseq PE300高通量测序,对6份样品进行分析,共得到优质序列99 500条,相似度为97%的聚类分析显示,野生双斑东方鲀运算分类单元数目为524,其中独有的运算分类单元数目为68,养殖双斑东方鲀运算分类单元数目为576,其中独有的运算分类单元数目为120。通过计算Chao1、observed-species、PD_whole_tree、香农指数进行Alpha多样性分析,结果显示,养殖双斑东方鲀细菌多样性和丰富度高于野生双斑东方鲀。门水平分析表明,变形菌门为野生双斑东方鲀和养殖双斑东方鲀的优势菌。产河鲀毒素相关的希瓦氏菌属、纤毛菌属、发光杆菌属、假交替单胞菌属在野生双斑东方鲀肠道微生物中占有一定比例,而在养殖双斑东方鲀中未发现。所获结果揭示了野生和养殖双斑东方鲀肠道微生物中优势菌群的组成,为探究河鲀毒素的产毒机制提供科学证据。     

气候变化对南海浮游植物藻华形成的影响研究进展

围绕中国南海丰富的渔业资源,采用16S rDNA扩增子测序技术,分析了南海近岸硬骨鱼类鳃组织微生物群落分布特征,并探讨了7个不同站点细菌群落结构的差异。结果显示,测序共获得有效拼接片段 (Clean tags) 2 952 366条,平均每个文库56 776条。分别在门、属水平对其优势类群进行了分析,其中门水平上变形菌门 (Proteobacteria) 最高 (71.3%),属水平上变形菌门的不动杆菌属 (Acinetobacter) 最高 (17.2%)。不同站点的α多样性具有显著差异,其中I9和H8站点的物种丰富度 (Chao1指数) 最高,D3站点的多样性 (Shannon指数) 最高。不同站点来源样品之间的β多样性具有显著差异 (P<0.05),但在宿主分类的目水平上无显著差异 (P>0.05)。中国南海近岸硬骨鱼鳃组织中的细菌群落组成丰富,采样站位相比宿主分类对鳃组织上细菌群落具有更重要的影响,它们可能在辅助宿主营养物质转运及代谢方面发挥积极作用。     

斑点叉尾肠道及其养殖环境菌群结构分析

为探究健康斑点叉尾(鱼回)肠道及其与养殖池塘水体中菌群结构的关系,采用16S rDNA高通量测序方法和生物信息学分析手段考察其肠道和养殖水体中微生物群落组成和多样性。多样性指数分析结果表明,斑点叉尾(鱼回)肠道菌群丰度和菌群多样性均较养殖水体低。斑点叉尾(鱼回)肠道中有69.57%的运算分类单元与水体中一致,水体中优势菌群主要为变形菌门、放线菌门和蓝藻门,而肠道中的优势菌群为拟杆菌门、梭杆菌门和厚壁菌门,说明肠道和养殖水体中的优势微生物种群的组成和丰度无明显的相关性,肠道中菌群组成有一定的独立性,其优势菌群结构几乎不受养殖环境菌群的影响。PICRUSt预测细菌表型发现,斑点叉尾(鱼回)肠道中以厌氧菌和革兰氏阳性菌为主;从生物膜形成和致病潜力表型可知,肠道和水环境中均存在大量条件致病菌。试验结果表明,池塘养殖健康斑点叉尾(鱼回)肠道微生物中的优势益生菌主要为鲸杆菌属和拟杆菌属,平均相对丰度高达36.60%和15.82%。本试验将为斑点叉尾(鱼回)的健康养殖和益生菌的筛选提供理论依据。     

不同养殖模式黄鳝胃肠道微生物群落结构分析

为探究不同养殖模式下黄鳝(Monopterus albus)胃肠道微生物的群落结构，本实验采用16S rRNA高通量测序技术研究虾塘散养、蟹塘散养、网箱投喂鱼浆和网箱投喂水蚯蚓4种养殖模式下黄鳝胃肠道微生物的组成和群落结构。Alpha多样性分析和Venn图结果显示，网箱投喂水蚯蚓组黄鳝胃肠道微生物多样性和丰度均较高，而蟹塘散养组最低。除蟹塘散养组黄鳝肠道的优势菌为变形菌门，其余3种养殖模式黄鳝胃肠道优势菌群均为厚壁菌门，推测黄鳝胃肠道微生物的核心菌群为厚壁菌门。在属水平上，网箱投喂水蚯蚓养殖模式中黄鳝胃的优势菌群为粪杆菌属(Faecalibacterium)与嗜黏蛋白阿克曼菌属(Akkermansia),其余3种养殖模式中黄鳝胃的优势菌群都为韦荣球菌属(Veillonella);而虾塘散养组黄鳝肠道的优势菌群为瘤胃球菌属(Ruminococcus),其余3种养殖模式的优势菌群中都有双歧杆菌属(Bifidobacterium)。结果表明：网箱投喂水蚯蚓组黄鳝胃肠道微生物多样性和丰度均较高，且益生菌群占比高，潜在致病菌较少，是比较健康的养殖模式。     

长江鲟早期发育阶段肠道菌群塑造机制

为探究人工养殖条件下长江鲟(Acipenser dabryanus)早期发育过程中的肠道菌群塑造机制, 通过高通量测序技术, 开展长江鲟早期发育阶段肠道菌群与生物饵料水蚯蚓的微生物群落结构特征及相关性分析。结果显示, 在门分类水平, 长江鲟未开口摄食阶段肠道优势菌门以变形菌门(Proteobacteria)为主, 开口摄食第 10~40 天期间以变形菌门和厚壁菌门(Firmicutes)为主。在属分类水平, 未开口摄食至开口摄食第 20 天期间肠道菌群较为单一, 潘多拉菌属(Pandoraea)占比绝对优势地位, 占比超过 88%; 开口摄食第 30 天, 长江鲟肠道菌群发生重组, 物种丰富度和多样性达到峰值, 主要优势菌属变为柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、乳球菌属(Lactococcus)、邻单胞菌属(Plesiomonas)、 葡萄球菌属(Staphylococcus)、气单胞菌属(Aeromonas)和克雷伯氏菌属(Klebsiella)。Procrustes 分析显示, 开口摄食第 40 天长江鲟肠道菌群与生物饵料水蚯蚓微生物群落组成趋于一致性, 呈现极显著相关(P＜0.01)。进一步通过 SourceTracker 物种来源分析发现, 长江鲟肠道微生物群落中开口摄食第 10 天有 18.97%来源于生物饵料水蚯蚓, 开口摄食第 20 天下降至 0.15%, 开口摄食第 30 天上升至 51.22%, 而在开口摄食第 40 天高达 97.55%。本研究表明, 采用生物饵料水蚯蚓投喂长江鲟, 开口摄食第 30 天是其早期发育阶段肠道菌群的转折点, 肠道菌群特征发生改变, 由高度的保守性转变为良好的可塑性。继续投喂至第 40 天, 其肠道菌群与生物饵料微生物群落表现出高度的一致性。研究结果为长江鲟早期发育阶段肠道菌群调控和健康养殖提供了参考依据。     

四种营养素对泰山螭霖鱼生长效果影响的研究

本试验采用四因素三水平的L9(34)正交设计法 ,就蛋白质、油脂、微量元素混合物和复合维生素四个营养因素 ,对泰山螭霖鱼生长的影响进行了研究。试验中各营养素均分三个水平 ,配成九组饵料 ,对泰山螭霖鱼进行了为期 6 0天的室外饲养。采用正交拉丁方的直观分析法和方差分析法 ,对总增重、饵料系数、增重率、日生长率和蛋白质效率等五项生物学指标进行测定 ,得出了泰山螭霖鱼的最佳饵料配方 :蛋白质 4 5 % (P <0 0 5 )、油脂 3%、微量元素混合物 0 0 5 %、维生素取 1 5倍于NRC(1983)鳟鱼鲑鱼标准。实验证明 ,四个营养因素影响泰山螭霖鱼生长效果的主次顺序为 :蛋白质、微量元素混合物、复合维生素和油脂。     

5种海水养殖石首鱼类肠道菌群多样性的比较

为探究海水养殖石首鱼类肠道菌群的结构特征及宿主遗传因素对肠道菌群的影响,实验采用基于Illumina Hiseq2500测序平台的高通量测序技术,对福建宁德三都澳养殖的5种石首鱼类(大黄鱼、黄姑鱼、状黄姑鱼、和眼斑拟石首鱼)的肠道菌群进行16S rDNA V3～V4区测序分析。各样本得到unique tags的数目为20 351～43 347个,上述5种鱼类分别得到479、626、603、518和556个操作分类单元(OTUs),分类注释结果显示,这些OTUs可划归33门273属。5种石首鱼类肠道内容物和肠道壁样品均以变形菌门、拟杆菌门和厚壁菌门细菌为主要优势菌群,约占总菌量的70%,在大黄鱼肠道菌群中,螺旋菌门细菌占比达26.19%,也是其主要优势菌群。在属分类水平上,芽孢杆菌属、发光杆菌属、弧菌属、金黄杆菌属、鞘氨醇单胞菌属及假单胞菌属等属细菌是5种养殖石首鱼类的主要类别。肠道菌群多样性的分析表明,Shannon多样性指数：黄姑鱼>状黄姑鱼>眼斑拟石首鱼>>大黄鱼,这些养殖石首鱼类的肠道内容物菌群的多样性均高于肠道壁。对上述鱼类种间的肠道菌群差异性分...     

南美白对虾养殖环境及其肠道细菌多样性分析

为了探讨南美白对虾(Penaeus vannamei Boone)肠道及其养殖环境中细菌种群组成和分布,采用Illumina miseq测序平台,基于16S r RNA基因的序列测定结果,对南美白对虾肠道及其养殖池塘底泥、水体中细菌的种群结构进行分析。结果显示,在南美白对虾肠道、养殖池塘底泥、水体分别检测到206、265和270个细菌属,其中,有90个属在3个样品中均可检测到,底泥和水、底泥和虾肠道、水和虾肠道中检测到的共有细菌属分别为146、128和119个,表明养殖池塘底泥、水和肠道中细菌存在密切的相互作用。在底泥、水和虾肠道样品中丰度大于1%的优势菌属分别有20、17和10个;底泥、水体和虾肠道中丰度最高的细菌均为一种分类未明的细菌属,丰度分别为23.08%、37.13%和42.22%。除此之外,底泥中主要优势细菌属分别为假单胞菌属(Pseudomonas)(5.77%)、Ohtaekwangia(4.79%)和狭义的梭菌属(Clostridium)(3.88%);水体中主要优势细菌属分别为土壤杆菌属(Sediminibacterium)(6.64%)、Spartobacteria genera incertae sedis(3.95%)和GPIIa(3.20%),而虾肠道中主要优势细菌属分别为假单胞菌属(Pseudomonas)(14.57%)和不动杆菌属(Acinetobacter)(6.54%)。在底泥、水和肠道中分别检测到3、6和6个潜在致病细菌属,丰度最高的细菌属分别是假单胞菌属(5.77%)、黄杆菌属(Flavobacterium)(0.77%)和假单胞菌属(14.57%)。在底泥、水和肠道中检测到的益生菌可分别分配至8、6和7个细菌属,其中有5个属在3个样品中均可检测到。聚类分析显示,养殖池塘底泥、水体和南美白对虾肠道细菌种群中丰富度位于前20的分类操作单元(OUT)在聚类树的位置存在明显不同。研究结果进一步加深了对健康南美白对虾肠道细菌种群及其与养殖环境中细菌种群互作的理解,为益生菌制剂的研发提供了新的线索。