应用ITS2序列片段对木瓜及其近缘属植物的分子鉴定研究

运用ITS2序列对木瓜及其近缘属植物进行DNA条形码分子鉴定,探讨利用ITS2条形码序列对木瓜及近缘物属植物鉴定的可行性。对试验样品进行DNA提取纯化、PCR扩增并双向测序得到22条ITS2序列,将所得22条序列和GenBank数据库下载的8条木瓜及其近缘植物的ITS2序列用Clustal X软件进行比对,BioEdit软件人工校正;利用MEGA5.05软件计算种内、种间遗传距离,并采用K2P距离法构建NJ和ML树,评价序列的鉴定效果。木瓜及其近缘属植物种内遗传距离变异区间为0 ~ 0.0274,平均0.0029,木瓜及近缘属植物种间遗传距离变异区间为0.011 ~ 0.112,平均0.075,种间距离明显大于种内距离;构建木瓜及其近缘属各物种NJ和ML系统进化树,二者结果一致,各物种均聚为一支,形成单系类群,支持率均在50%以上。ITS2条形码序列能够快速准确地鉴定木瓜属及其近缘属植物。     

快速微量提取番茄DNA及SSR-PCR反应体系的优化

以番茄叶片为试材,采用改进的CTAB法,电钻研磨,提取过程中加入醋酸铜,设计4因素3水平的正交试验对PCR反应体系进行优化,同时利用梯度PCR对退火温度进行选择选择。结果表明:优化的10μL反应体系含:1×buffer,1.2 mmol/L Mg2+,1.5 mmol/L dNTPs,1.2μmol/L引物,0.75 UTaqDNA聚合酶,10 ng模板DNA。扩增程序为:94℃预变性2 min;94℃变性30 s,49.2℃退火30 s,68℃延伸30 s,共35个循环;最后72℃延伸8 min。优化的反应体系可以用于SSR分子标记机的研究,在所有SSR引物中基本都能有效扩增;改进的CTAB法提取的DNA纯度更高。     

正交设计优化大白菜ISSR-PCR反应体系

以大白菜为试材,采用新型植物基因组DNA提取试剂盒提取大白菜基因组DNA,采用正交实验设计方法,对dNTPs、Mg2+、Taq DNA聚合酶、引物、及模板DNA五因素四水平进行优化,筛选并建立了适合大白菜的ISSR-PCR反应体系。结果表明:25μL的反应体系中含有1.5mmol/L Mg2+、200μmol/L dNTP、0.5UTaq DNA聚合酶、0.7μmol/L引物、30ng模板DNA。在此基础上探讨了最佳循环次数,应用该优化反应体系,用3个不同循环数对资源DNA进行ISSR-PCR扩增,结果显示优化的反应体系适宜的循环次数是30。     

偃麦草SRAP-PCR反应体系优化

以偃麦草叶片DNA为模板,利用单因子和L16(45)正交实验设计对影响偃麦草SRAP-PCR反应效果的Mg2+、引物、dNTPs、DNA、Taq DNA聚合酶5种因素进行优化,并比较了不同退火温度对扩增反应的影响,通过综合比较分析建立偃麦草SRAP-PCR的优化反应体系。结果表明:优化的偃麦草SRAP-PCR总体系20μL中,Mg2+1.75 mmol/L,引物0.15μmol/L,dNTPs 0.20mmol/L,DNA 50ng,Taq DNA聚合酶0.75U,2μL 10×PCR buffer;Mg2+和引物浓度对扩增效果影响最大,DNA浓度影响最小;采用该体系对32份偃麦草进行验证,扩增结果清晰稳定,此体系的建立为利用SRAP分子标记进行偃麦草遗传多样性、抗性标记等研究奠定了技术基础。     

山楂ISSR分析体系的建立和优化

为在DNA分子水平上对山楂种质资源进行分析奠定基础,对退火温度、循环次数、DNA模板质量、Mg2+浓度、Taq DNA聚合酶的种类和浓度等影响ISSR反应的因素进行研究,建立并优化了山楂的ISSR分析体系。优化的山楂ISSR分析体系为:采用改进的CTAB法或QIAGEN试剂盒法提取总DNA;PCR反应体积为20μL,内含1×PCR反应缓冲液(Promega公司),3.0mmol/L MgCl2,0.2mmol/L dNTP,0.3μmol/L引物,0.5U Taq DNA聚合酶(天根公司),50ng总DNA;扩增程序为94℃ 3min;94℃ 30s,退火温度1min,72℃ 2min,38个循环,72℃ 7min。筛选出了10个适宜山楂遗传分析的ISSR引物。     

岩虱子RAPD反应体系的研究

利用RAPD（随机扩增多态DNA）技术对濒危植物岩虱子进行了RAPD反应体系的研究.以岩虱子叶片为材料,采用改良的CTAB法提取其基因组DNA,进行RAPD反应条件的优化试验.通过单因子试验分别研究了模板DNA用量、Mg^2＋浓度、dNTPS浓度、Taq酶的用量和引物浓度对RAPD反应的影响,建立了适于岩虱子RAPD分析的有效的稳定的反应体系,即在25μL总反应体系中,模板DNA的最适用量为10 ng、Mg^2＋的适宜浓度为2.0 mmol/L、dNTPs的适宜浓度2.2 mmol/L、Taq酶的用量以1 U、随机引物的浓度以2.5 μmol/L为佳.     

满天星基因组DNA提取及RAPD扩增条件优化

以满天星试管苗叶片为材料,进行满天星基因组DNA提取及RAPD扩增条件优化。结果表明,采用CTAB法提取的DNA质量较高,适宜于RAPD分析;RAPD扩增最佳反应体系为25μL：14．17μL ddH2O,150μmol／LdNTP,1．5μmol／L MgCL2,2．5μL Buffer,0．3μmol／L引物,10ngDNA模板,1U TaqDNA聚合酶。扩增反应程序为：94℃预变性5min,94℃变性1min,36℃退火1min,72℃延伸1．5min;45个循环;最后72℃延伸7min。     

豇豆ISSR-PCR反应体系的建立

以豇豆为试材,用新型植物基因组DNA提取试剂盒提取豇豆DNA,选取Mg~(2+)、dNTPs、Taq DNA聚合酶、引物及模板DNA为主因素进行正交优化试验,从3个不同循环次数中筛选出最佳效果循环次数。结果表明:优化的反应体系为25μL的反应体系中Mg~(2+)1.0 mmol/L、dNTP 0.2μmol/L、Taq DNA聚合酶1.5 U、引物0.3μmol/L、模板DNA 45 ng,循环次数为40次。     

核桃SSR反应体系的优化

以清香、香铃、爱米格为试材,利用CTAB法提取基因组DNA,将PCR体系的主要成分设定5个梯度,根据每个成分的变化引起的PCR-SSR的效果差异,探讨了核桃SSR技术中PCR体系的主要成分对扩增结果的影响,并对引物WGA321的适宜退火温度进行优化。最终确定了引物WGA321的最适退火温度为48～52℃,PCR反应体系的最佳条件为:15μL体系中,Mg2+1.0mmol/L,dNTPs浓度0.40mmol/L,TaqE用量为0.5U,DNA模板1.0ng/μL,引物浓度为0.4μmol/L。利用此反应体系对部分核桃品种进行PCR扩增并电泳检测,扩增结果清晰且有较高的多态性,表明该体系适合核桃的亲缘关系分析。     

古樟ISSR扩增条件的优化

采用改良CTAB法提取古樟叶片基因组DNA.利用单因素试验设计,对反应体系中退火温度、模板DNA含量、Mg2+浓度、dNTP浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶用量、去离子甲酰胺等7种因素不同梯度对扩增结果的影响进行了比较分析.结果表明:古樟ISSR-PCR最佳反应体系为,在20 μL PCR反应体积中,含50 ng DNA模板,2.5 mmol/L MgCl2,0.20 mmol/LdNTPS,1 U Taq DNA聚合酶,0.5μmol/L引物浓度,2％去离子甲酰胺.该反应体系的建立为今后利用ISSR分子技术对古樟的遗传多样性分析提供了技术支撑.     

杜鹃属ISSR-PCR反应体系优化

为了优化杜鹃属ISSR-PCR反应体系,以“毛叶杜鹃”叶片为试验材料,应用正交试验与单因素试验相结合,对PCR反应体系的因素Mg2+、Taq DNA聚合酶、引物及DNA模板进行优化组合,确定杜鹃属植物ISSR-PCR的20μL最优反应体系为:Mg2+1.5mmol/L、Taq DNA聚合酶1U、模板DNA 20ng、引物0.9μmol/L、d NTPs 0.2mmol/L。     

PCR检测草莓镶脉病毒的稳定性研究

利用改进的CTAB法提取了优质的草莓总DNA,可以稳定地进行草莓植株中SVBV的PCR检测。对PCR检测草莓植株中SVBV的反应体系进行了优化,结果表明,Promega公司的Taq酶与TaKaRa公司的PCR反应缓冲液配合使用效果较好,适宜引物浓度为0.5μmol/L,退火温度为53℃。20μLPCR反应液中包含0.001μL总DNA时能扩增出SVBV特异谱带,相当于能够从不足1μg的草莓新鲜叶片中检测出SVBV。基于对SVBV中国分离物外壳蛋白基因的序列分析比较,设计并筛选了检测SVBV的理想引物,提高了利用PCR检测草莓植株中SVBV方法的稳定性。     

温郁金RAPD-PCR反应体系建立及条件优化

在提取纯化温郁金DNA的基础上,利用PCR扩增技术,对Mg2 、dNTP、模板DTA、引物、Taq聚合酶等反应条件进行优化,建立温郁金基因组DNA的RAPD-PCR最佳反应体系.结果表明:最佳条件是总体积为25μL,其中Mg2 (25mM)2μL,Taq 聚合酶(5 U/μL)0.3μL,引物浓度(20μM)1.0μL,模板DNA(5 ng/μL)1.0μL,dNTP(2.5 mM)2.0μL,10×PCRbuffer 2.5μL;PCR扩增程序为94℃预变性5min;94℃变性35 s,36℃退火1min,72℃复性1.5 min,共42个循环;最后72℃延伸10 min,该研究得出的体系是温郁金RAPD-PCR的最适宜反应体系,具有省时、经济、简便以及扩增条带较清晰、稳定等特点,为今后温郁金的遗传多样性研究奠定了基础.     

红千层ISSR反应体系的优化

以红千层(Callistemon rigidus R．Br．)的幼叶为材料,利用正交试验设计,对ISSR反应体系中的主要影响因子进行优化筛选,研究了Mg2 、TaqDNA聚合酶、dNTPs、引物、模板DNA浓度5种因素对扩增结果的影响,同时研究了退火温度和循环次数对PCR扩增结果的影响。实验结果表明,在25μL ISSR反应体系中各组分的最适浓度分别为:1×PCR buffer,2．5 mmol／L Mg2 ,0．2 mmol／L dNTPs,0．4μmol／L引物,1．2ng／μL模板DNA,0．5UTaqDNA聚合酶。通过梯度PCR测验,适宜的退火温度为50℃,循环次数45次。并且在红千层ISSR分析中,带纹清晰,稳定性好。     

粉枝莓SCoT分子标记的PCR反应体系建立

以粉枝莓为试材,以改良CTAB法提取的基因组DNA为模板,从引物、dNTPs、Mg~(2+)浓度以及退火温度4个因素,对SCoT-PCR反应体系进行了优化,以建立适合粉枝莓SCoT-PCR最佳扩增体系。结果表明:SCoT-PCR反应体系的最佳条件为dNTPs 0.125mmol·L~(-1)、Taq DNA聚合酶0.15μL、引物1.0μmol·L~(-1)、Mg2+0.625mmol·L~(-1)、模板40ng、反应体积20μL、退火温度为51℃。该优化体系扩增的产物条带清晰,稳定性高。     

刺梨ISSR-PCR反应体系的建立和优化

以刺梨为试材,对影响ISSR．PCR扩增结果的主要影响因素包括Mg^2＋、TaqDNA聚合酶、dNTPs、引物、模版DNA的浓度及引物退火温度进行了优化筛选。确立了适合刺梨ISSR．PCR分析的最佳反应体系,即20μL反应体系中各组分浓度分别为：10×buffer 2．0μL,Mgz＋1．875mInoI／L。TaqDNA聚合酶1．0U,dNTPs0．1mmol／L,引物2．0μmol／L,模板DNA20ng。PCR扩增程序：94。c预变性5min,94℃变性1min,48℃退火温度45S,72℃延伸1min,34个循环,72℃后延伸6min。利用优化体系对3个刺梨品种进行体系稳定性检测,结果表明该优化体系的重复性和稳定性良好。     

刺梨及其近缘种PCR实验体系的建立与优化

以刺梨及其近缘种月季为试材,进行了RAPD-PCR实验参数的确立和优化试验。结果表明,刺梨及月季25μL反应体系的最优组成为2.5μL10×反应缓冲液,2mmol/LMg2+,0.2mmol/LdNTP,1.6mg/L模板DNA,0.4μmol/L随机引物和1.2UTaqDNA多聚酶。经PCR扩增验证,此反应体系亦适宜于刺梨的部分近缘种,可有效用于RAPD分析;通过将退火温度提高至50℃或采用“Touchdown”扩增程序,并在50μL反应体系中适当增加特异引物对浓度(1.0μmol/L),模板DNA(4.0mg/L)和TaqDNA多聚酶(3.0U/管)的使用量,建立起适合于刺梨特异DNA片段检测及回收的特异PCR扩增实验体系,为刺梨的分子克隆奠定了技术基础。     

正交设计对‘红阳’猕猴桃ISSR反应体系的优化研究

以‘红阳’猕猴桃及其杂交F1代为试材,通过正交设计对ISSR-PCR扩增反应的影响因子进行优化,初步确立了适合‘红阳’猕猴桃ISSR-PCR反应体系:总体积20μL,10×PCR buffer2.0μL,Mg2+0.75 mmol/L,Taq酶1.5 U,模板DNA 60 ng,引物1.25μmol/L,dNTPs 0.15mmol/L。扩增程序:94℃预变性7 min,94℃变性30 s,50~58℃退火45 s,72℃延伸2 min,45个循环,72℃延伸7 min。引物UBC841的最佳退火温度为58.5℃。应用该优化反应体系,用UBC835对35份杂交F1代DNA进行ISSR-PCR扩增,结果显示优化后的反应体系具有较高的稳定性。     

干用辣椒RAPD-PCR反应体系及扩增程序的优化

以干用辣椒叶片为材料,研究了干用辣椒RAPD分析过程中的影响因素,包括Taq酶、Mg2+、dNTPs、引物、模板DTA浓度、退火温度、退火时间及循环次数等,建立适合干用辣椒RAPD反应的PCR体系,即25μL反应体系中含有Taq酶1.5 U、Mg2+2.5 mmol/L,dNTPs 0.6mmol/L、引物0.8μmol/L、模板DNA 60 ng.扩增程序为:94℃预变性4 min;94℃变性1 min,37℃退火1 min,72℃延伸1.5 min,40个循环;最后72℃延伸5 min.该优化体系在干用辣椒RAPD分析中获得较理想的扩增结果,为应用RAPD技术对干用辣椒遗传多样性奠定基础.     

山梨SSR反应体系的建立及其稳定性验证

以山梨为试材,提取基因组DNA,运用5因素5水平正交实验设计,对SSR反应体系中的DNA模板、Mg2+、Taq酶、dNTPs和引物用量进行优化试验,确立适宜的SSR反应体系。结果表明:20μL反应体系中,模板DNA 10ng、Mg2+(20mmol/L)2.5μL、Taq酶1.25U、dNTPs(10mmol/L)1.0μL、引物(10μmol/L)1.5μL、10×PCR buffer 2.0μL;应用该SSR体系,在引物筛选试验及山梨×"幸水"后代群体中进行扩增,扩增效果较好,证实了该体系的适用性和稳定性。