THRSP基因C184T突变与秦川牛肉质性状相关性的研究

 【目的】研究秦川牛THRSP基因第一外显子184 bp处C/T错义突变与部分肉质性状的关系。【方法】选取405头相同饲养条件下无亲缘关系的18～20月龄的秦川牛,利用PCR-SSCP技术对THRSP基因进行个体基因型分析;运用SPSS统计软件中的GLM模型分析该SNP与93头秦川牛部分肉用性能指标的相关性。【结果】该位点引发THRSP基因第51个氨基酸由缬氨酸（GTG）变为丙氨酸（GCG）。多态信息含量为0.3583,属于中度多态,杂合度为0.4676,有效等位基因数为1.8783。卡方检验显示该位点处于Hardy-Weinberg不平衡状态（P＜0.01）。相关分析结果显示,该位点基因型与嫩度和系水力2个性状显著相关。多重比较结果显示,AA基因型个体的嫩度显著高于AB型（P＜0.05）,BB基因型个体的系水力显著高于AB型（P＜0.05)。【结论】这一位点可能是影响牛肉嫩度及系水力的主效QTN或与之紧密连锁,可做为肉牛肉质选育的候选分子标记。     

五种牛THRSP基因部分第一外显子序列PCR-SSCP多态性研究

THRSP基因是调节动物脂肪生成的重要基因.试验利用PCR-SSCP和DNA测序方法对秦川牛(QC)、夏南牛(XC)、南阳牛(NC)、郏县红牛(JRC)、鲁西牛(LC)共644头牛的THRSP基因部分第一外显子序列进行遗传多样性分析.结果发现存在两个突变位点:40bpC/T和78bpA/G;四种基因型:AA,AB,BB,AC;五种牛A,B,C基因的频率分布一致.从位点间杂合度来看:QC>XC>LC>NC>JRC;从位点间多态信息含量看:QC属于高度多态(PIC>0.5),XC,LC,NC,JRC属于中度多态(0.25相似文献   

秦川牛及其利秦杂种牛IGFBP3基因PCR—SSCP多态性研究

以IGFBP3基因作为侯选基因,对秦川牛及其利秦杂种牛群体共计114头个体IGFBP3位点进行多样性分析。结果发现,秦川牛(Q)及其利秦牛(LQ)群体IGFBP3基因座的等位基因A/B频率分别为:0.6667/0.3333和0.6829/0.3171;从位点间杂合度(He)来看,LQ>QQ;位点间有效等位基因数(Ne):QQ>LQ位点间Shannon信息熵SQQ>LQ位点间多态信息含量PICQQ>LQ     

山羊THRSP基因5'调控区与外显子Ⅰ多态性研究

以7个中国地方山羊品种和2个引入山羊品种为研究对象,采用PCR-RFLP方法检测山羊THRSP基因5’调控区和外显子1的多态性。结果表明,在THRSP基因的5’调控区发现C-233T多态位点,该位点是NF-KB转录因子的结合位点;在外显子1发现G113A和A138G位点,G113A能引起蛋白质发生Arg38Gln突变。在9个山羊品种中共检测到9种基因型,其中TCAAGG、TTGAAG和TTAAGG型的基因型频率均低于0.05;113G和138A在9个山羊品种中是优势基因,而223C和223T在不同品种中的分布体现出特异性,湘东黑山羊(0.715 5)、圭山山羊(0.649 0)和云岭山羊(0.613 6)携带233C的频率均在0.6以上。湘东黑山羊分别与其他山羊品种的遗传距离较大,而圭山山羊、云岭山羊和马头山羊之间的遗传距离则较近。     

三个牛品种MBL1基因第一内含子与第二外显子遗传多态性研究

采用巢式PCR、DNA测序和CRS-PCR方法,研究中国荷斯坦牛、鲁西黄牛、渤海黑牛的MBL1基因内含子1和外显子2的单核苷酸多态性（SNPs）,发现了855（G/A）、2651（G/A）和2686（T/C）3个新SNP位点。855（G/A）位于内含子1上,2651（G/A）导致Val24Ile氨基酸的改变,2686（T/C）为同义突变。3个SNP位点在3个牛品种群体中优势等位基因相同,分别为G、G、C,其等位基因频率分别为0.87/0.58/0.57、1/0.75/074、1/0.76/0.63。经χ2适合性检验,荷斯坦牛在855（G/A）位点、鲁西黄牛在855（G/A）、2651（G/A）位点、渤海黑牛的所有位点达到Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）。3个牛品种在855（G/A）位点均表现为低度多态;在2651（G/A）和2686（T/C）位点均表现为中度多态（0.25相似文献   

中国4个牛品种LHX4基因的多态性及遗传效应研究

利用PCR-SSCP和DNA测序技术,对秦川牛、南阳牛、郏县红牛和中国荷斯坦牛（共计817个个体）的LHX4基因外显子5及其两侧部分内含子序列进行多态性分析,并结合南阳牛的生长指标,分析不同基因型的遗传效应。新发现3处单核苷酸突变位点,分别是NW₀01493443:g.42757G>A、NW₀01493443:g.42768A>G和NW₀01493443:g.42917T>C,并因此形成AA、AB和BB 3种基因型。4个牛群体中,AA基因型的频率分别为0.766 2、0.771 70、.723 4和0.891 3。群体间的χ2检验结果揭示,不同牛品种的基因型频率差异不显著（P>0.05）。南阳牛群体中不同基因型个体与生长指标间的相关性分析结果显示,AA基因型个体的6月龄体质量显著大于其他基因型个体（P<0.05）,暗示该位点有可能作为南阳牛生长性状辅助选择的标记之一。     

秦川牛Chemerin基因第2和第6外显子的SNPs检测及其与肉质性状的相关性

[目的]对秦川牛Chemerin基因第2和第6外显子进行SNPs检测,并研究其与秦川牛肉质性状的相关性.[方法]采用DNA直接测序技术并结合PCR-SSCP方法,对324头2～3岁秦川牛Chemerin基因第2和第6外显子进行多态性分析,用最小二乘法拟合线性模型对Chemerin基因不同基因型与秦川牛肉质性状(宰前活质...     

秦川牛A-FABP基因的生物信息学分析

【目的】克隆秦川牛脂肪型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)基因,并对其进行生物信息学分析,为深入研究A-FABP基因与秦川牛肉质性状的关系奠定基础。【方法】以秦川牛脂肪组织为材料,采用RT-PCR方法对牛A-FABP基因进行克隆。使用DNAMAN、NCBI等一系列在线软件及工具,对所得到的序列及其编码蛋白质的结构和特性等进行生物信息学分析。【结果】秦川牛A-FABP基因含有15个酶切位点,编码的蛋白分子质量为14.7 ku,二级结构主要以α-螺旋、不规则盘绕和延伸链为结构元件,含132个氨基酸,其中强碱性氨基酸18个,强酸性氨基酸19个,疏水氨基酸45个,不带电荷的极性氨基酸32个;含有6个蛋白激酶C磷酸化位点,1个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,3个肉豆蔻酰基化位点,1个FABP结合域;含有4个Ser、6个Thr和1个Tyres,这11个氨基酸均可能成为蛋白激酶磷酸化位点。【结论】秦川牛A-FABP基因编码的氨基酸序列与人、鸡、小鼠、大鼠、野猪的氨基酸序列同源性分别为84.09%,85.61%,71.97%,88.33%,81.82%,表明在进化关系上,A-FABP氨基酸序列有较好的保守性;此蛋白序列具有脂钙蛋白结合域,没有信号肽;无明显跨膜区,不含有二硫键。     

秦川牛H-FABP基因第1外显子SNP及其与部分肉用性状相关性的研究

【目的】分析秦川牛心脏脂肪酸结合蛋白基因(H-FABP)第1外显子的遗传变异与部分肉用性能指标的相关性。【方法】随机选择相同饲养条件下的146头18~20月龄秦川牛阉牛,采用PCR-SSCP结合测序技术,对秦川牛H-FABP基因第1外显子的遗传变异进行检测;运用SPSS统计程序中的GLM模型,分析其与部分肉用性能指标的关系。【结果】秦川牛H-FABP基因第1外显子130 bp处具有PCR-SSCP可检测到的SNP位点:Y=T→C。对该SNP位点具有不同基因型的个体进行分型并与88头秦川牛的肉用性状指标进行GLM分析,表明AB型个体的后腿围、背膘厚、大理石花纹等性状极显著高于AA型个体(P<0.01),AB型个体的胴体胸深和嫩度显著高于AA型个体(P<0.05),AB型个体的背膘厚极显著高于BB型个体(P<0.01);另外,BB型个体的后腿围、大理石花纹等性状极显著高于AA型个体(P<0.01)。【结论】秦川牛H-FABP基因第1外显子上存在SNP位点且与肉用性状有较强的关联性,说明H-FABP基因可作为秦川牛部分肉用性状的候选基因。     

5个鸭品种生长激素基因座位遗传多态性检测

应用PCR-SSCP技术首次分析5个品种鸭生长激素基因座位5'端调控区、外显子与部分内含子和3'端调控区中的多态位点,对具有多态性的位点进行测序,以探讨鸭生长激素基因遗传变异情况,比较不同品种该基因座位遗传多样性差异.结果在5个品种鸭中共检测到5个多态位点,多态位点频率在5个不同品种鸭中存在明显差异.序列比较分析结果表明:鸭生长激素基因座位5'端与3'端调控区和外显子序列具有极高的保守性,在5个鸭品种间不存在任何差异,所测出的序列与已知鸭GH序列相应部分完全一致.检测出的6处突变点(包括4个替换、1个插入和1个缺失)均位于内含子区域.推测鸭生长激素基因表达差异可能受内含子序列影响.     

朝鲜牛尿黑酸酶基因的遗传多样性分析

采用PCR—SSCP技术分析了尿黑酶基因（14CO）在朝鲜牛群体中的多态性。结果表明,HGD基因在2对引物扩增片段中均存在PCR-SSCP多态性。P1引物扩增的群体出现了1Tr和CC2种基因型,基因型频率分别为0．90和0．10;P2引物扩增的群体出现了Gc、AA和GA3种基因型,基因型频率分别为0．53、0．07和0．40。测序结果表明,P1引物扩增的片段存在1个g．24581T〉c的突变,落在HGD基因第6内含子上;P2引物扩增的片段存在1个g．29858G〉A的突变,落在HGD基因第10外显子上,并导致了Arg—His氨基酸的改变。2个SNPs形成TG、TA和CG3种单倍型,频率分别为0．47、0．43和0．10。     

藏绵羊DQA1基因多态性分析

 【目的】研究藏绵羊DQA1基因多态性,确定其等位基因数、核苷酸多态位点、氨基酸多态位点及各等位基因间的遗传关系,同时分析其进化意义。【方法】采用PCR-SSCP方法检测了900只藏绵羊DQA1基因第2外显子多态性;克隆、测序群体内变异产生的各等位基因序列,并分析序列数据。【结果】发现了17个DQA1的等位基因,包括缺失的1种基因,其中5个为发现的新等位基因。16个单倍型序列中发现56个核苷酸多态位点,27个氨基酸多态位点。【结论】藏绵羊DQA1基因第2外显子具有丰富的多态性,群体中可能蕴藏着更多的遗传资源;藏绵羊DQA1基因最初可能是由2个等位基因突变分化成两大类等位基因的;藏绵羊DQA1基因第2外显子序列与牛的DQA1基因第2外显子序列具有较高的同源性,预示绵羊和牛的DQA1基因最早可能来源于它们分歧以前的共同祖先原始序列;DQA1基因在与其相关的特定抗原刺激下发生的免疫应答反应在绵羊和牛上具有相似性;新等位基因C的139位发现了1个新的核苷酸突变位点（A/G）,属同义突变;5个新发现的DQA1等位基因遗传关系较近,可能由同一等位基因突变产生。     

3个黄牛品种Y STR多态性

利用14个家牛Y染色体特异性微卫星标记分析秦川牛、大别山黄牛和郧巴黄牛3个品种Y染色体多态性。UMN0920和UMN2303标记呈现不规则梯状条带,不适于研究中国黄牛Y染色体多态性。5个标记(UMN2908、UMN3008、UMN3007、UMN2001和UMN0504)呈现单态,另外7个标记(UMN0108、UMN2404、UMN0929、INRA189、UMN0905、UMN0103和UMN0803)表现多态,能用于中国黄牛Y染色体多态性分析。3个品种在7个多态标记的期望杂合度分别为0.412、0.442和0.470,多态信息含量分别为0.319、0.349和0.374,说明3个黄牛品种Y染色体上呈现中度多态。UMN2404和INRA189标记对所有公牛的瘤牛和普通牛单倍型鉴别率达到100%的一致,瘤牛和普通牛单倍型频率为17.3%和82.7%。瘤牛和普通牛单倍型频率在3个黄牛品种中频率不同,但普通牛单倍型为优势单倍型。     

湖羊GnRH受体基因的单核苷酸多态性研究

对高繁殖力绵羊品种(湖羊)和低繁殖力绵羊品种(陶赛特、特克赛尔和哈萨克)促性腺激素释放激素受体(GnRH-R)基因的5′非翻译区、外显子1和外显子2部分序列进行了PCR-SSCP分析,结果发现在5′非翻译区发生3处碱基突变(552T→G、653C→G、654G→A);在第二外显子区发生1处碱基突变(230G→C),该突变导致了第66位氨基酸的改变(精氨酸→丝氨酸)。并对这4个位点在4个绵羊品种间的基因频率进行了初步分析:对于引物1,4个绵羊群体均检测到AA基因型,AB基因型只出现在湖羊、陶赛特羊和特克塞尔羊中,仅在哈萨克羊中检测到CC基因型。对于引物2,4个绵羊群体均检测到DD基因型;DE基因型只出现在湖羊和哈萨克羊中;仅在湖羊中检测到EE基因型。