基于线粒体控制区的江苏湖鲚群体遗传多样性和遗传结构分析#br#

为掌握江苏省重要湖泊湖鲚(Coilia nasus taihuensis)群体的遗传多样性和遗传结构,利用线粒体控制区(D-loop)全序列分析了6个湖泊(太湖、滆湖、高邮湖、白马湖、洪泽湖和骆马湖)湖鲚野生群体的遗传多样性水平和群体分化情况。结果表明,6个群体共214尾样本的D-loop序列中,共发现103个变异位点,92种单倍型。6个群体的单倍型多样性为0.726~0.951,核苷酸多样性为0.00552~0.01036,6个群体整体的单倍型和核苷酸多样性分别为0.857和0.00729,表明湖鲚群体的遗传多样性较高,且符合高单倍型多样性和低核苷酸多样性特点。分子方差分析(AMOVA)结果表明,群体间变异百分比为6.20%,群体内变异百分比为93.80%,说明遗传变异主要来自群体内部。群体总的遗传分化系数(F_st)为0.06199(P<0.01),两两群体间的F_st显示,滆湖群体与其他群体间存在极显著的遗传分化(P<0.001),而其他群体间无显著分化(P>0.05)。单倍型分子系统进化树和网络进化图显示,6个群体的单倍型形成了2个谱系,但谱系组成与群体地理分布无相关性。中性检验分析结果显示,湖鲚群体进化过程中经历过种群扩张,扩张时间大约发生在0.089~0.160百万年前。研究结果表明,湖鲚群体具有较高的遗传多样性,滆湖群体与其他群体具有极显著的遗传分化,且拥有多个独享单倍型,应将滆湖群体单独作为一个管理单位,其他5个群体作为一个整体进行管理和利用。     

江苏省4个太湖新银鱼种群遗传多样性和遗传结构分析

太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)是我国特有的银鱼种类,主要分布在长江和淮河中下游及其附属湖泊,近年来其资源量呈明显下降趋势。为了解太湖新银鱼遗传背景,本研究采用线粒体细胞色素b (Cytochrome b, Cyt b)基因序列,分析了江苏省太湖、高邮湖、洪泽湖和骆马湖4个太湖新银鱼野生群体共144尾样本的遗传多样性及遗传结构。结果显示,太湖新银鱼Cyt b基因序列共发现29个变异位点,定义25个单倍型;平均单倍型多样性(Hd)为0.682±0.037,核苷酸多样性(π)为0.00231±0.00021;4个群体中,高邮湖群体的遗传多样性最高(Hd: 0.609±0.078; π: 0.00094± 0.00027),太湖群体的遗传多样性最低(Hd: 0.343±0.107; π: 0.00075±0.00033)。分子方差分析(AMOVA)显示,太湖新银鱼群体间遗传差异(71.53%)大于群体内遗传差异(28.47%),遗传变异主要来自于群体间。遗传分化指数Fst值统计检验表明,骆马湖群体与太湖、高邮湖和洪泽湖群体之间有显著性差异。分子系统树和单倍型网络进化图分析显示,25个单倍型形成2个明显的地理分支,一支由太湖群体、高邮湖群体和洪泽湖群体组成,另一支由骆马湖群体组成。中性检验和错配分布图分析表明,太湖新银鱼历史上发生过群体扩张。整体来看,太湖新银鱼野生种群遗传多样性较低,应加强种质资源保护。建议将太湖、高邮湖群体和洪泽湖群体作为整体进行管理和保护,骆马湖群体单独管理和保护。     

江苏省6个翘嘴鳜群体的遗传多样性分析

利用20对微卫星引物对江苏省5个内陆湖(太湖、滆湖、洪泽湖、高邮湖和骆马湖)和长江的翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)野生种群进行遗传多样性分析,研究江苏省不同水域翘嘴鳜的遗传多样性差异和亲缘关系。结果表明,6个水域的翘嘴鳜群体遗传多样性丰富,其中长江翘嘴鳜群体的平均有效等位基因数为6. 524 8,平均期望杂合度为0. 922,平均多态信息含量为0. 827 3,均高于其它5个翘嘴鳜群体,说明长江翘嘴鳜群体的遗传多样性高于其它5湖的翘嘴鳜群体。哈迪温伯格平衡显示,只有2个位点上存在不平衡,其余都满足哈迪温伯格平衡。从6个水域翘嘴鳜群体之间的遗传相似系数和遗传距离来看,太湖翘嘴鳜群体和滆湖翘嘴鳜群体的亲缘关系最近,骆马湖翘嘴鳜群体和太湖翘嘴鳜群体的亲缘关系最远。研究结果可为江苏省翘嘴鳜种质资源的保护、监测和遗传育种提供分子基础资料。     

基于线粒体COI序列的中华绒螯蟹养殖群体与野生群体遗传多样性与遗传结构分析

为了解不同地区野生、养殖中华绒螯蟹Eriocheir sinensis群体的遗传多样性、遗传结构及遗传分化情况,利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COI)基因序列,研究中华绒螯蟹长江流域安徽无为江段、山东东营黄河口、文献报道的辽河野生群体以及湖南大通湖、辽宁盘锦养殖群体的遗传学特征.结果显示:上述5个群体共有36个变异位...     

基于Cyt b基因序列的江淮下游湖泊鲢群体遗传多样性分析

鲢(Hypophthalmichthys molitrix)是长江、淮河下游湖泊中重要的渔业资源。为了解湖泊鲢种质资源遗传状况，采用线粒体Cyt b基因序列作为分子标记，对江淮下游8个湖泊(太湖、滆湖、长荡湖、淀山湖、高邮湖、洪泽湖、骆马湖、金沙湖)群体的239尾鲢进行扩增和测序。结果显示，鲢Cty b基因全长为1 141 bp, 239条Cyt b序列检出74个变异位点，定义24种单倍型，平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.697和0.010 12。太湖群体的单倍型多样性和核苷酸多样性最高，分别为0.830和0.015 84,长荡湖群体的单倍型多样性和核苷酸多样性最低，分别为0.379和0.003 98。8个鲢群体间的遗传距离变幅为0.005～0.015;分子方差分析结果显示，遗传变异主要来自群体内部(98.0%),群体的遗传分化指数F_st值为0.019 97;两两群体间F_st值统计表明，长江水系和淮河水系群体间有显著的遗传差异(P<0.05)。单倍型系统进化树和网络结构图显示，单倍型划分为2个谱系，但没有形成明显的地理聚群。歧点...     

不同野生群体与家系养殖翘嘴鳜遗传多样性分析

为探讨长江野生群体、通江湖泊野生群体和家系养殖翘嘴鳜群体的遗传多样性,利用7个高度多态的微卫星标记对5个群体进行遗传分析。结果显示,7个微卫星位点的等位基因数、有效等位基因数平均值分别为29和9。观测杂合度、期望杂合度、平均多态信息量平均值分别为0.853、0.886和0.875。通过平均多态信息量PIC统计发现,遗传多样性从大到小依次为:长江野生群体>梁子湖群体>洞庭湖群体>武汉养殖群体>无锡养殖群体。遗传距离及遗传相似系数分析表明,长江野生群体和无锡养殖群体间的遗传距离最大(0.813),遗传相似系数最小(0.444)。UPGMA聚类分析显示,5个群体可分为2个亚群,其中亚群I包括梁子湖群体、洞庭湖群体和长江野生群体,亚群II包括武汉养殖群体和无锡养殖群体。结果表明翘嘴鳜不同种群间的基因交流受到了一定的地理阻碍,特别是养殖群体与长江野生群体表现较高的遗传分化。     

安徽两水系黄颡鱼的微卫星遗传多样性分析

为了解安徽省内长江和淮河水系黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)遗传多样性和遗传结构,选用10个微卫星标记对9个自然群体共254尾黄颡鱼进行了遗传分析。共检测到等位基因数(N_a) 245个,平均有效等位基因数(N_e) 9.75个。各群体的平均N_a为5.20～14.80,平均N_e为2.64～8.93;平均观测杂合度(H_o)为0.496～0.671,平均期望杂合度(H_e)为0.557～0.818;平均多态信息含量(PIC)为0.500～0.790。AMOVA分析显示仅8.15%的遗传变异来自群体间,各群体间的遗传分化指数(F_(ST))为0.006～0.236。基于Nei's遗传距离的UPGMA系统树和利用Structure软件的群体遗传结构分析均显示,9个群体可被划分4或5个谱系,其中石台(秋浦河水系)、麻川河(青弋江支流)、阜南(淮河水系) 3个群体的个体遗传结构均比较独立,与其他群体亲缘关系较远;其他6个群体(长江水系的望江、无为、龙窝湖、泾县群体和淮河水系的凤台、瓦埠湖)的较为复杂,可能存在谱系间的混杂。结果表明,研究区域内黄颡鱼野生资源遗传多样性较高,地理群体间存在遗传分化且部分群体可能经历了瓶颈效应。     

长江、高邮湖、太湖日本沼虾遗传多样性的RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA (RAPD)技术对取自长江、高邮湖、太湖3个野生群体的日本沼虾共51个个体的遗传多样性进行分析.10个随机引物共检测出54个位点(200-2500bp),长江、高邮湖、太湖各群体的多态位点比例分别为72.22%、53.70%、62.96%,基因多样性指数分别为0.2878、0.2380、0.2635.群体遗传多样性的Shannon信息指数分析表明,日本沼虾3个野生群体种质资源状况良好,遗传多样性水平较高.     

安徽地区克氏原螯虾群体的遗传多样性和遗传结构

为了解安徽地区克氏原螯虾养殖群体的遗传多样性，实验以安徽芜湖 (WH)、宣城 (XC)、合肥 (HF) 3个地区克氏原螯虾人工养殖群体为研究对象，分别以安徽铜陵 (TL)、马鞍山 (MAS) 2个野生群体和监利 (JL)、建湖 (JH)、滆湖 (GH)、兴化 (XH) 4个人工养殖群体作为对照，选用10对克氏原螯虾微卫星引物对其进行微卫星遗传多样性和遗传结构研究。结果显示，安徽地区人工养殖克氏原螯虾群体的平均遗传多样性均高于2个野生群体和江苏、湖北4个地区的人工养殖群体，其中XC群体的遗传多样性最高。9个群体全部10个位点经Bonferroni法校正后均显著偏离Hardy-Weinberg平衡且绝大多数位点显示杂合不足。AMOVA分析表明遗传变异是由群体内部决定的；大多数组的F_st表现出中度分化 (0.05 < F_st < 0.15)。基因流表明不同群体之间存在着广泛的基因交换，尤其是GH和JH群体之间。基于群体间Nei氏遗传距离及UPGMA聚类树结果显示，WU、GH、MAS和JH群体聚为一组，XC和HF群体同属于一组，而JL、TL和XH群体分别自成一组。STRUCTUR结果显示，XC和HF群体的大多数个体被分配到相同的遗传群中，说明上述群体起源相同。研究表明，安徽地区克氏原螯虾人工养殖群体具有较高的遗传多样性。实验结果可为安徽地区克氏原螯虾种质资源的保护和改良提供参考资料。     

中华绒螯蟹人工选育群体的遗传多样性

利用10对微卫星引物对中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)长江水系天然群体、人工选育F4A级群体、F4B级群体以及江苏射阳群体共95个体进行遗传多样性分析。F4A、F4B选育起始群体均来源于固城湖国家级长江水系中华绒螯蟹原种场,射阳群体为江苏省河蟹养殖普遍采用的苗种,其亲本为当地养殖河蟹。结果表明,中华绒螯蟹4个群体的平均观察杂合度(H o)分别为0.8053、0.8197、0.8105、0.8100,平均期望杂合度(H e)分别为0.7149、0.7161、0.7262、0.7286。其中,人工选育F4A级以及B级群体的遗传多样性指数均高于天然群体,但是无显著性差异(P0.05)。总体而言,本研究中4个群体的遗传多样性均处在较高水平,其中射阳群体的平均期望杂合度最高,天然群体最低,各群体间遗传多样性亦无显著性差异(P0.05)。聚类分析结果发现,天然群体、F4A级和F4B级选育群体聚为一支,而射阳群体单独聚为一支,表明人工选育中华绒螯蟹群体与长江水系天然群体间没有发生显著性遗传分化。