广西地区猪瘟流行毒株E2基因的序列测定与分析

[目的]了解广西地区流行猪瘟病毒(CSFV)E2基因的变异规律与趋势,及其与疫苗毒株基因的差异性,为制定猪瘟防控措施提供科学依据.[方法]对广西地区流行CSFV毒株的E2基因进行克隆及序列测定,并与兔化弱毒(HCLV)、石门(Shimen)毒株的E2基因进行同源性比对分析,绘制遗传进化树.[结果]广西地区流行CSFV毒株与 HCLV株、Shimen株的核苷酸序列同源性为81.9％～83.3％和81.1％～82.4％,推导氨基酸序列同源性为89.3％～90.6％和87.9％～89.5％;不同广西地区流行毒株间的核苷酸序列及其推导氨基酸序列同源性分别为90.8％～99.5％和94.1％～99.5％,且均属于S2基因群的S2.1亚群,其中广西玉林株GXYL1、GXYL2、GXYL3、GXYL4、GXYL5均属于S2.1b子群,而广西贺州株GXHZ1、GXHZ2与广西北海株GXBH1、GXBH2株属于S2.1c子群.与HCLV株、Shimen株的E2基因编码氨基酸序列相比,9株广西地区流行CSFV毒株共有49处氨基酸发生变异,其中与抗原特性有关的变异有5处,分别为G713E、T724Y、E727H、I732S和S734R位点.[结论]广西地区流行CSFV毒株随时间推移的变异不明显,但其遗传变异总趋势朝着偏离疫苗株的方向发展.     

福建省猪瘟病毒流行毒株E0基因的克隆与序列分析

【目的】对我国福建省流行的猪瘟病毒E0基因进行序列测定及分析。【方法】应用RT-PCR,从我国福建省送检的54份病料中扩增出14份猪瘟病毒E0基因,将其克隆到T载体上并测序。利用DNAstar分析软件,对所测定的14株流行毒株与参考毒株的相应基因片段进行同源性及序列分析。【结果】得到约801 bp的猪瘟病毒E0基因片段。序列分析表明,14株福建流行毒株可分为2个基因群,其中FJ216与ALD、Alfort187、Brescia、C HVRI、GPE、Glentorf、CAP、Shimen和HCLV等我国主要参考毒株属于基因1群,其他13株流行毒株和我国另一分离株GXWZ02属于基因2群。基因1群的FJ216与HCLV的核苷酸和氨基酸同源性分别为95.0%和94.3%,与Shimen的核苷酸和氨基酸同源性分别为99.4%和99.1%;而另外13株流行毒株之间核苷酸和氨基酸同源性分别为89.7%~99.9%和93.84%~99.6%,13株流行毒株与HCLV株的核苷酸和氨基酸同源性分别为81.8%~88.1%和86.8%~89.5%,与Shimen株的核苷酸和氨基酸同源性分别为83.4%~90.8%和88.6%~93.9%。得到的14株猪瘟病毒E0基因具有RNase活性的2个区域均高度保守,没有发生变异。【结论】福建省近期流行的猪瘟病毒以基因2群为优势毒株,而且大多数与HCLV、Shimen毒株之间存在较大差异。     

广西猪瘟病毒E2基因克隆及序列分析

[目的]了解广西猪瘟病毒(CSFV)流行毒株的变异规律及其与疫苗株的基因差异,为正确选择猪瘟疫苗和防制广西猪瘟提供参考依据.[方法]以广西本地的阳性猪瘟病料为研究对象,应用RT-PCR扩增CSFV的E2基因,经克隆、测序后用DNASTAR软件对其序列进行比对分析,并绘制遗传进化树.[结果]从41份疑似猪瘟病料中共扩增出4个阳性样品的E2基因(1140 bp),经序列比对分析发现,扩增获得的4株CSFV毒株(GXGG1、GXLC1、GXLC2和GXNN1)与兔化弱毒株(HCLV)、Shimen强毒株的核苷酸同源性为82.1%~82.3%和82.9%~83.4%、其推导氨基酸同源性为88.4%~89.2%和88.9%~90.0%,4株毒株间的E2基因核苷酸及其推导氨基酸同源性分别为90.8%~99.6%和94.2%~99.5%,且均属于基因群Ⅱ;E2基因推导的氨基酸表明,E2蛋白空间结构及抗原结构的氨基酸位点693Cys、737Cys、792Cys、818Cys、828Cys、856Cys、833Pro、834Thr、837Arg均未发生变异,但其单抗识别位点G713E、N729D、K734R发生变异.[结论]近年来广西CSFV流行毒株的变异未出现较大差异.与HCLV株、Shimen强毒株亲缘关系较远,但与Paderborn株、GXWZ02株亲缘关系较近.     

猪瘟病毒RT-nPCR检测方法的建立及陕西部分地区猪瘟病毒E0基因分子特征分析

【目的】建立一种基于E0基因高保守性的猪瘟病毒(CSFV)RT-nPCR检测方法,为临床诊断提供一种可靠方法,同时对获得的陕西猪瘟病毒E0基因进行序列分析,揭示猪瘟病毒基因的分子衍化特征,为防控猪瘟提供参考。【方法】根据GenBank中的猪瘟病毒参考序列,设计并合成了2对引物,建立猪瘟RT-nPCR检测方法,并对该方法的灵敏度和特异性进行检测。用该方法对采自陕西部分猪场的32份疑似猪瘟病料进行检测,并对获得的8株流行毒株E0基因进行测序及同源性分析。【结果】建立了猪瘟病毒RT-nPCR检测方法,该方法检测CSFV cDNA含量的最低极限为6.7×10-5 ng/L,从BVDV、PRRSV、PCV-2、PRV和PPV等参考毒株中提取或反转录获得的DNA/cDNA中不能扩增出目的条带,提示方法灵敏度高、特异性强。对32份疑似猪瘟组织病料的检测发现,有12份呈现阳性,阳性率为37.5%。序列分析表明,8株流行毒株间E0核苷酸、氨基酸同源性分别在97.0%~99.3%和94.8%~98.5%。与参考毒株的核苷酸同源性为83.4%~95.4%,氨基酸同源性为85.8%~98.1%。流行毒株与我国疫苗毒株HCLV、C HVRI的核苷酸同源性仅为83.4%~85.1%,氨基酸同源性仅为86.1%~89.1%,呈现出较明显的远离疫苗株的变异趋势。进化树分析发现,8个流行毒株均属于基因Ⅱ群。首次发现了1株流行毒株(SXWN02株)E0Rnase活性基序位点第94位由E变异为K,其他位点未发生变异。【结论】建立的RT-nPCR检测方法灵敏度高、特异性强,可作为猪瘟病毒的临床诊断方法。陕西部分地区猪场猪瘟感染仍较严重,需要做好防控工作。流行毒株E0基因发生较大变异,尤其是在关键位点上出现变异毒株,需要密切关注。     

山东省猪瘟流行毒株E2基因主要抗原编码区序列差异分析

用RT-PCR方法对山东省猪瘟病毒(CSFV)流行毒株的E2基因进行克隆,用DNAstar软件对获得的CSFV及已发表的CSFV毒株E2基因核苷酸和氨基酸序列进行了比较和分析,构建了CSFV遗传发生树.结果表明:扩增的12株猪瘟流行病毒的E2基因长度均为270bp,与预期大小一致;12株病毒株均属于1个组群中的2个亚群,其中,病毒株SDTA-1、SDTA-2属于同一个亚群,E2基因与疫苗株HCLV相比,核苷酸、氨基酸同源性分别为83.5%、88.9%,其余10株病毒株属于同一个亚群,E2基因与疫苗株HCLV相比,核苷酸、氨基酸同源性分别为80.5%～83.5%、82.2%～84.4%.     

陕西省猪瘟流行毒株E0和E2全基因分子特征分析

【目的】分析目前陕西省猪瘟病毒（CSFV）流行毒株的E0、E2全基因分子特征,为猪瘟防控提供参考。【方法】根据CSFV Shimen株及HCLV株全基因序列,设计并合成了4对引物,采用RT-PCR方法,从采自陕西不同地区的猪瘟病料中扩增E0、E2全基因并进行序列测定分析。【结果】从采集的病料中成功扩增了5株猪瘟流行毒株的E0、E2全基因,这5株流行毒株E0基因核苷酸同源性在94.4％～99.8％,与参考毒株ALD、Alfort187、Brescia、CAP、Glentorf、GPE、GXWZ02、HCLV、Paderborn、Rimes和Shimen的核苷酸同源性在80.4％～96.3％,氨基酸同源性在86.5％～99.3％。5株流行毒株E2基因核苷酸同源性在91.1％～98.0％,与参考毒株的核苷酸同源性在77.7％～94.6％,氨基酸同源性在85.2％～95.9％。5株流行毒株E0 Rnase活性区域氨基酸基序位点没有变异,但导致流行毒株发生免疫逃逸的E2蛋白关键位点中有3个发生了变异。【结论】测定的陕西省猪瘟流行毒株E0、E2基因序列变异明显,其中E2蛋白关键位点变异较大。     

福建省猪瘟病毒流行毒株EO基因的克隆与序列分析

【目的】对我国福建省流行的猪瘟病毒E0基因进行序列测定及分析。【方法】应用RT-PCR,从我国福建省送检的54份病料中扩增出14份猪瘟病毒E0基因,将其克隆到T载体上并测序。利用DNAstar分析软件,对所测定的14株流行毒株与参考毒株的相应基因片段进行同源性及序列分析。【结果】得到约801bp的猪瘟病毒E0基因片段。序列分析表明,14株福建流行毒株可分为2个基因群,其中FJ216与ALD、Alfortl87、Brescia、CHVRI、GPE、Glentorf、CAP、Shimen和HCI。V等我国主要参考毒株属于基因1群,其他13株流行毒株和我国另一分离株GXWZ02属于基因2群。基因1群的FJ216与HCLV的核苷酸和氨基酸同源性分别为95．0％和94．3％,与Shimen的核苷酸和氨基酸同源性分别为99．4％和99．1％;而另外13株流行毒株之间核苷酸和氨基酸同源性分别为89．7％～99．9％和93．84％～99．6％,13株流行毒株与HCLV株的核苷酸和氨基酸同源性分别为81．8％～88．1％和86．8％～89．5％,与Shimen株的核苷酸和氨基酸同源性分别为83．4％～90．8％和88．6％～93．9％。得到的14株猪瘟病毒E0基因具有RNase活性的2个区域均高度保守,没有发生变异。【结论】福建省近期流行的猪瘟病毒以基因2群为优势毒株,而且大多数与HCLV、Shimen毒株之间存在较大差异。     

健康猪扁桃体和流产胎儿分离猪瘟病毒E2基因的序列分析

用RT-PCR技术对来自广西不同地区的120份健康猪扁桃体和84份流产胎儿材料进行猪瘟病毒检测,得到9份阳性病料,选取其中1份健康扁桃体和 5份流产胎儿阳性材料进行猪瘟病毒E2基因克隆测序,应用DNAstar序列分析软件对6个广西毒株与HCLV、Shimen等国内外毒株进行同源性比较.结果显示,广西毒株之间核苷酸和推导的氨基酸同源性分别为93.1%～99.6% 和86.3%～99.2%,6个广西毒株E2基因的所有Cys位点都没有变异,可推测CSFV E2蛋白在抗原结构方面依然保持很高的稳定性;与标准毒株和疫苗毒相比,广西毒株在具有中和特性的B、C区域内721和724氨基酸位点发生了变异;遗传进化树分析表明,猪瘟病毒主要分为两大群和一个另类,广西株皆属于基因群Ⅰ,与我国的主要参考毒株HCLV、Shimen属于同一基因群,说明广西CSFV株与HCLV、Shimen变异不大.     

猪细小病毒1型河南流行毒株的遗传进化分析

【目的】监测河南省猪细小病毒1型(porcine parvovirus 1,PPV1)的变异情况。【方法】采集自河南省鹤壁市和安阳市初产母猪的流产胎儿阳性样品，利用PCR方法鉴定获得2株PPV1流行毒株，经过全基因组测序，分别命名为CH/HN-H/2021和CH/HN-3/2021。通过分析同源性和构建遗传进化树分析PPV1全基因组、NS1基因、VP2基因的变异情况，并且比对分析NS1蛋白和VP2蛋白的氨基酸变异情况及非编码区基因缺失情况。【结果】2条序列的核苷酸相似性为99.9%;与46株国内外PPV1流行毒株全基因组的核苷酸同源性为93.5%～99.9%;NS1基因核苷酸同源性为98.6%～99.9%,NS1蛋白氨基酸同源性为98.2%～99.9%;VP2基因核苷酸同源性为98.4%～99.9%,VP2蛋白氨基酸同源性为98.3%～99.9%,说明本研究鉴定的毒株呈现遗传进化稳定性。本研究鉴定株与湖南及吉林毒株亲缘关系最近，而与河南原有毒株亲缘关系较远。在对NS1蛋白与VP2蛋白的氨基酸变异分析中发现，NS1蛋白发生6处突变，VP2蛋白发生7处突变，均在经典突变位点范围内，符合PP...     

2006—2007年陕西省古典猪瘟流行毒株E0基因的克隆及序列分析

根据GenBank上发表的古典猪瘟参考毒株Shi men毒株全基因组序列,设计并合成2对引物,采用巢式RT-PCR技术,从陕西省猪病料中成功扩增出9株猪瘟流行毒株E0全基因并测定其核苷酸序列,与已发表的ALD、Alfort187、Brescia、C HVRI、CAP、Shi men、GXWZ02和HCLV等代表毒株进行同源性比较分析。核苷酸分析表明:这9株猪瘟流行毒株可以分为2大群,1株(LN163)属于群I,与Shi men强毒株、HCLV疫苗株和GXWZ02野毒株等代表株的同源性为80.8%~82.4%;另外8株属于群II,毒株之间E0基因核苷酸序列的同源性为93.6%~99.6%。氨基酸序列分析表明:9株流行毒株中,群I中的LN163毒株与我国野毒参照株GXWZ02的同源性只有83.9%,而其余8株与GXWZ02株氨基酸序列的同源性为94.4%~98.1%,形成明显不同的进化分支;同时这9株流行毒株与我国疫苗株HCLV和经典强毒株Shi men的氨基酸序列同源性分别为88.0%~89.5%和89.1%~91.8%,均呈现较明显的变异。     

2016-2017年中国部分地区TTSuV2流行情况调查与遗传进化分析

为了解2016-2017年中国地区TTSuV2的流行情况以及流行毒株的遗传演化情况,对中国东北、华中、华东、华北、华南、西南、西北7个地区采集的325份仔猪腹泻样品进行PCR检测,并对其中阳性样品的基因组高变区进行克隆与遗传演化分析。结果显示：TTSuV2阳性样品总数为92份,总阳性率为28.31%;成功克隆出目的基因31条,均属于Kappatorquevirus属的TTSuV k2a基因型,且分布于Group1和Group2。基于全长目的基因同源性分析结果显示,31株TTSuV2型鉴定毒株之间的核苷酸同源性为87.5%～99.7%。UTR核苷酸序列比对结果显示,所有鉴定毒株的核苷酸突变位点主要集中在第51～230 nt。ORF2蛋白序列比对结果显示,所有鉴定毒株的氨基酸突变位点主要集中在第39～49 aa;ORF1蛋白序列比对结果显示,氨基酸突变位点主要集中在第19～50 aa。重组分析结果显示,共存在1株潜在重组毒株TTSuV/515。ORF2基因选择压力分析结果显示,3个密码子位点受到正选择压力,4个密码子位点受到负选择压力。     

抗猪瘟病毒E2蛋白单抗9A4H4的鉴定

为鉴定抗猪瘟病毒E2蛋白单克隆抗体9A4H4与不同猪瘟病毒(CSFV)株的反应性,将其与猪瘟病毒石门株、猪瘟兔化弱毒疫苗株和前期分离获得的106株猪瘟流行毒株进行IFA验证。在此基础上,利用昆虫杆状病毒系统表达的基因1型、2型和3型代表性毒株的E2蛋白进行了Western blot验证。试验还利用含有或不含β-巯基乙醇的SDS上样缓冲液对真核表达和原核表达的石门株E2蛋白进行处理,并与单抗9A4H4进行反应,初步鉴定了该单抗所识别抗原表位的类型,并利用石门株进行中和试验验证该抗体对CSFV的中和能力。间接免疫荧光试验结果表明:单抗9A4H4能与石门株、猪瘟兔化弱毒疫苗株、基因1型以及大多数的基因2.1b亚亚型、2.2、2.3基因亚型的毒株反应,与绝大多数的2.1a、2.1c、2.1g和2.1h基因亚亚型的毒株不反应,该结果与单抗和病毒E2蛋白的反应结果完全一致。Western blot结果表明:单抗9A4H4只与真核表达的非还原型石门株E2蛋白反应,与真核表达的还原型E2蛋白以及原核表达的石门E2蛋白不反应,表明该抗体识别的抗原表位为构象表位。中和试验结果表明,单抗9A4H4对CSFV...     

陕西省猪流行性腹泻病毒S基因克隆与生物学信息分析

【目的】分析2014-2021年陕西省猪群猪流行性腹泻病毒（PEDV）主要毒力基因的生物学信息特征,揭示陕西省PEDV流行毒株基因变异情况,为防控猪流行性腹泻提供理论参考。【方法】参考PEDV全基因序列设计4对引物,采用RT-PCR方法分段扩增10株陕西省PEDV流行毒株S基因。利用生物信息分析软件,将获得的PEDV流行毒株S基因与GenBank中公开的57株PEDV序列进行比对分析。【结果】获得了10株陕西省PEDV流行毒株S基因全序列,长度为4 149～4 167 bp。将序列上传GenBank,获得相应的登录号为OL855978～OL855987。系统进化树分析显示,67个PEDV毒株分为G1a、G1b、G2a和G2b 4个亚群,10株PEDV流行毒株均属于G2b亚群,且遗传距离较近,与我国多个省区近年流行毒株亲缘关系较近。同源性分析结果表明,10株流行毒株之间S基因核苷酸序列同源性为95.4%～98.3%,氨基酸同源性为91.0%～98.1%;10株流行毒株与疫苗毒株S基因核苷酸序列同源性为91.7%～98.5%,氨基酸同源性为87.8%～98.5%。与G1a亚群的SD-M、CV777疫苗毒株核苷酸、氨基酸相比同源性均较低,而与G2b亚群的AJ1102、LNCT2、LW/L、XJ-DB2疫苗毒株核苷酸、氨基酸相比同源性均较高。与CV777 S蛋白相比较,共有88个氨基酸位点出现变异,变异位点占总位点数的6.36%（88/1 383）,其中在59～62位氨基酸有7株毒株出现了QGVN插入,在140位氨基酸有8株毒株出现N插入,在160～161位氨基酸有7株毒株出现DG缺失。S蛋白主要的中和表位、抗原表位和单抗识别表位出现多个变异位点。二级结构预测发现,与CV777相比较,多数流行毒株S蛋白的α螺旋、无规则卷曲占比稍有增加,β转角、延伸占比有所下降。S蛋白糖基化位点预测结果表明,与CV777株相比,流行毒株有多个引入或缺失的糖基化位点。【结论】陕西省PEDV流行毒株S蛋白抗原性发生了较大变化,推测疫苗免疫保护效果下降与此密切相关。     

陕西省部分地区猪瘟流行毒株与疫苗毒株E2基因主要抗原区序列变异分析

研究陕西省猪瘟病毒E2基因主要抗原区变异情况,为猪瘟防控提供依据.用巢式PCR方法对猪瘟疫苗和采自陕西省部分地区的疑似猪瘟病料进行E2基因主要抗原区扩增并测序,将测序结果与HCLV疫苗株和Shimen株E2基因进行序列比对分析.结果表明,23株流行毒株之间的核苷酸同源性在86.0％～100％,氨基酸同源性在87.8％～...     

2个猪瘟野毒株E2基因主要抗原区域的扩增及其序列分析

用RT-PCR技术对华东地区2份猪瘟病料的E2基因主要抗原编码区域进行了扩增和序列分析。结果表明这2个毒株的棱苷酸序列同源性为97．321％、氨基酸序列同湃性为100％，但2个毒株的序列与我国的标准强毒Shimen株、疫苗毒HCLV株的差异较大，核苷酸序列、氨基酸序列均只有80％左右，与法国Alfort、意大利C1W株棱苷酸和氨基酸序列的同源性分别为84％～87％和91％。参考国内外对猪瘟病毒基因组的分型方法，将这2株猪瘟病毒归为基因Ⅱ型。     

陕西省猪瘟病毒流行毒株E2基因变异分析初报

根据GenBank公布的猪瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV)Shimen株全基因序列,设计并合成2对引物,用RT-PCR方法对采自陕西省部分地区的30份CSF病料中,CSFV流行毒株的E2基因进行了扩增,并将其克隆入pMD18-T载体,转化感受态大肠杆菌DH5α。提取pMD-18T-E2重组质粒,进行BamHⅠ、HindⅢ双酶切鉴定,并对阳性质粒进行测序,将测序结果与HCLV疫苗株和shimen株E2基因及E2蛋白进行序列分析。结果表明,从30份病料中共扩增到10株CSFV流行毒株的E2基因;扩增的10株陕西CSFV流行毒株E2基因同源性为92.3%~99.6%,与Shimen株及HCLV疫苗株的同源性为75.0%~79.4%;10株CSFV流行株E2蛋白的同源性为90.0%~100%,与Shimen株和HCLV疫苗株E2蛋白的同源性分别为78.9%~84.4%和77.8%~83.3%。说明所扩增的10株陕西CSFV流行毒株的E2基因发生了较大变异。     

猪乙脑病毒BHK-21细胞传代株BSF.ZZ-1-p60和BSF.ZZ-3-p60的全基因组序列分析

为研究猪源乙脑病毒分离株基因遗传稳定性,对猪源乙脑病毒分离株BSF.ZZ-1和BSF.ZZ-3在BHK-21细胞上连续传代60次后的病毒全基因组进行序列测定及分析。结果表明,BSF.ZZ-1-p60、BSF.ZZ-3-p60基因组全长均与各自的亲本毒株BSF.ZZ-1、BSF.ZZ-3一致,均为10 977 nt,在2个病毒基因组的10 701 nt位点处均插入1个碱基G。与亲本毒株相比,2个细胞传代毒株的病毒基因组经连续传代后趋于稳定,均有10个位点发生氨基酸突变,这些突变主要集中在E蛋白区域。核苷酸序列同源性比对分析发现,与其他JEV参考毒株相比,BSF.ZZ-1-p60和BSF.ZZ-3-p60与弱毒疫苗株SA14-14-2的核苷酸序列同源性较高,分别为99.6%和95.9%,其氨基酸序列与猪源野毒分离株SH0601和HW的氨基酸序列同源性较高,分别为98.2%、86.4%和98.3%、86.5%。     

猪瘟病毒SXYL2006株全基因组序列特征分析

为了对分离到的猪瘟流行毒株SXYL2006进行全基因组序列克隆分析,揭示其遗传变异特征,为猪瘟分子流行病学研究提供素材,为猪瘟防控提供理论参考,根据Gen Bank上发表的古典猪瘟Shimen毒株及HCLV株全基因序列,参考有关文献合成了12对引物,应用RT-PCR技术,从陕西省猪瘟流行毒株SXYL2006中成功扩增出了11段c DNA,测序后拼接得到全长12 295 bp全基因序列,提交Gen Bank获得登录号GQ122383。将SXYL2006与参考毒株进行比较,结果表明SXYL2006与毒株39、ALD、Alfort187、Brescia、CAP、Glentorf、GPE、GXWZ02、HCLV、LPC、Paderborn、Riems和Shimen核苷酸序列同源性分别为88.2%、85.5%、85.4%、85.0%、85.1%、85.0%、85.2%、95.6%、84.4%、83.8%、94.8%、84.7%和85.1%,氨基酸序列同源性分别为94.2%、92.9%、92.9%、92.9%、92.1%、92.0%、92.5%、97.4%、91.6%、90.6%、97.5%、92.0%和92.5%。系统发生树分析结果表明SXYL2006与GXWZ02在进化上距离最近,亲缘关系最为密切,两者与德国流行毒株Paderborn同处于基因Ⅱ群。与HCLV株相比,SXYL2006株E0蛋白中,具有Rnase活性的2个主要氨基酸序列没有发生任何变异;在E2蛋白中,与免疫逃逸相关的5个位点有3个发生变异;已发现的26个T细胞表位中,有14个表位27个氨基酸位点变异。SXYL2006在遗传特性和抗原性上与经典强毒株Shimen、疫苗毒株HCLV差异较大。     

一株新城疫病毒分离株全基因组序列的克隆与分析

根据GenBank上所公布的新城疫病毒(NDV)的全基因组序列,设计了10对引物,运用RT-PCR方法获取了三黄鸡新城疫病毒(SHJ00株)全基因组序列,并对其进行了比较分析。结果表明:此株三黄鸡新城疫病毒(SHJ00)的全基因组序列由15 192个碱基组成,在NP基因和P基因之间的非翻译区多了6个核苷酸ACACTC;与NDV一致,SHJ00基因由6个ORF组成,即3′-NP-P-M-F-HN-L-5′;测序后拼接的F基因长1 672 bp,包含完整的开放阅读框(1 662 bp),编码553个氨基酸,F蛋白裂解位点的氨基酸顺序为112R-R-Q-K-R-F117,具有强毒株序列特性;根据NDV基因分型标准,三黄鸡新城疫病毒SHJ00株归属基因Ⅶ型新城疫病毒;F基因与国内外NDV代表株的核苷酸同源性为80.9%~97.7%,其中与F48E9同源性为84.3%,与Lasota的同源性为82.0%;测序后拼接的HN基因长为1 716 bp,编码571个氨基酸,与国内外NDV代表株的核苷酸同源性为80.0%~98.1%,其中与F48E9同源性为84.5%,与Lasota的同源性为81.4%。     

猪瘟流行野毒株E_2基因编码的gp55蛋白模拟分析

利用RT-PCR和PCR技术扩增出近期猪瘟流行野毒株的E2基因,将其克隆到载体上测定核苷酸序列,根据Alfort株和Brescia株、C-株确定起始氨基酸三联体的正确位置后推导出其氨基酸序列,结果表明近期流行的猪瘟毒株与疫苗毒株和强毒株之间存在一定差异;利用DNAstar软件分析E2基因编码的gp55蛋白的疏水性、抗原性和二级结构,并与猪瘟疫苗毒株(C-株)进行比较,结果表明,目前流行的猪瘟病毒与疫苗毒的gp55蛋白在抗原性、二级结构上存在一定的差异,而C末端疏水性差异不大。