TGF-β1基因多态性及其与两个山羊品种产羔数的相关分析

为研究波尔山羊和陕南白山羊转化生长因子β1(TGF-β1)基因遗传多态性及其与产羔数的相关性,根据绵羊TGF-β1基因序列设计3对引物,采用PCR-SSCP技术和DNA测序技术检测山羊TGF-β1基因外显子1和内含子2的多态性,同时用最小二乘法研究了其多态性与产羔数的关系.结果表明,在波尔山羊和陕南白山羊中,仅第2内含子(P2)存在多态位点,分别定义为MM、LM和LL基因型.MM型与LL型相比在内含子2的790bp处碱基发生G→C的突变.多态位点均以L为优势等位基因,基因频率分别为0.540和0.659,在波尔山羊的3～4胎和平均产羔数中,MM型个体的产羔数显著高于LM和LL型个体(P＜0.05);LM型个体的第2胎产羔数显著高于LL型个体(P＜0.05);在陕南白山羊的2～4胎和平均产羔数中,MM型个体显著高于LM和LL型个体(P＜0.05),TGF-β1基因多态位点与产羔数显著相关,可以用于山羊分子遗传育种的候选基因.     

TGF-β1外显子2的单核苷酸多态性及其与两个山羊品种产羔数的相关分析

为了研究波尔山羊(Boar goat,BG)和陕南白山羊(Shaannan goat,SG)转化生长因子β1 (TGF-β1)基因遗传多态性及其与产羔数的相关性,根据绵羊TGF-β1基因序列设计3对引物,采用PCR-SSCP技术和DNA测序技术检测山羊TGF-β1基因外显子2和内含子3的多态性,同时用最小二乘法研究了其多态性与产羔数的关系.结果表明,在波尔山羊和陕南白山羊中,仅第2外显子148 bp位点碱基发生A→G突变,导致苏氨酸(Thr)变为丙氨酸(Ala);多态位点均以A为优势等位基因,基因频率分别为0.530和0.648.在波尔山羊的1～3胎的平均产羔数中,AB型个体的产羔数显著高于BB和AA型个体(P＜0.05);在第4胎的平均产羔数中,AB型个体的产羔数显著高于BB(P＜0.05),而极显著高于AA型个体(P＜0.01),BB型个体的产羔数显著高于AA(P＜0.05).在陕南白山羊的2～4胎的平均产羔数中,AB型个体显著高于BB和AA型个体(P＜0.05);在第1胎中,AB型个体显著高于AA型个体(P＜0.05).TGF-β1基因多态位点与产羔数显著相关,可以用于山羊分子遗传育种的候选基因.     

INHα亚基基因的多态性与山羊产羔数的相关性分析

采用PCR-SSCP技术分析了大足黑山羊和南江黄羊的INHα亚基基因外显子1和2部分序列的多态性,并联系产羔数进行最小二乘分析。结果表明:外显子1内没有多态性位点;外显子2内产生了3种基因型,大足黑山羊B等位基因频率(0.714)高于A等位基因频率(0.286),南江黄羊A等位基因频率(0.630)高于B等位基因频率(0.370)。大足黑山羊BB型个体的第2、3、4胎和平均产羔数分别比AB型个体多0.595、1.01、0.703和0.769只(P<0.05);南江黄羊BB型个体的第2、3胎和平均产羔数分别比AA和AB型个体多0.787、1.375和0.754只以上(P<0.05),BB和AB型个体的第4胎产羔数分别比AA型个体多1.01和0.983只(P<0.05)。结果提示,INHα外显子2有可能作为山羊多胎性标记的候选基因片段。     

安徽白山羊GDF9基因群体遗传效应分析

为验证GDF9基因是否与山羊产羔数存在关联性,采集具有1~5胎产羔记录的安徽白山羊经产母羊血样265份,提取血液总DNA;根据基因序列(Gen Bank:EF446168.2)和参考文献设计4对引物,利用PCR-SSCP方法检测GDF9基因2个外显子在安徽白山羊品种中是否存在遗传多态性,采用最小二乘均值法分析遗传突变位点不同基因型产羔数之间的差异。结果表明:在外显子1中存在1个SNP EF446168.2:c.1956AC(同义突变),而在外显子2中存在2个SNPs(EF446168.2:c.3319GA,错义突变;EF446168.2:c.4085GA,同义突变)。群体遗传分析发现,3个SNP位点均存在3种基因型,优势基因型频率分别为AA(0.607 5)、GG(0.750 9)、GG(0.786 8)。关联性分析表明,在EF446168.2:c.1956AC位点,3种基因型安徽白山羊产羔数LSM(最小二乘均值)无显著差异;对EF446168.2:c.3319GA位点,AA型产羔数LSM分别比GG型个体和GA型个体LSM高0.77只和0.41只(P0.01);对EF446168.2:c.4085GA,AA型个体产羔数LSM分别比GG型个体和GA型个体LSM高0.43只和0.28只(P0.01)。因此,GDF9基因与安徽白山羊产羔数密切相关,可能是影响产羔数的一个主效基因;EF446168.2:c.1956AC、EF446168.2:c.3319GA、EF446168.2:c.4085GA可能作为分子标记,应用于安徽白山羊多胎性育种。     

绵羊BMP15基因多态性及其与产羔数的关联分析

本实验旨在探究绵羊BMP15基因g.50971423TC位点多态性与产羔数之间的关系,以期找到与小尾寒羊产羔数有关的分子标记。采用全基因组重测序结合Sequenom Mass ARRAY?SNP技术对小尾寒羊、滩羊、苏尼特羊、萨福克羊、杜泊羊和草原型藏羊BMP15基因g.50971423TC位点多态性进行检测,并与小尾寒羊产羔数进行关联分析。结果表明:BMP15基因g.50971423TC位点存在TT、TC和CC 3种基因型,且基因型频率和等位基因频率在单、多羔品种间差异均达到显著水平(P0.05);群体遗传学分析表明g.50971423TC位点在杜泊羊中表现为中度多态(0.25PIC0.5),在其他品种中表现为低度多态(PIC0.25);卡方适合性检验表明BMP15基因g.50971423TC位点在小尾寒羊、滩羊、苏尼特羊、萨福克羊以及杜泊羊5个品种中均处于哈代温伯格平衡状态(P0.05);关联分析表明g.50971423TC位点多态性与小尾寒羊第1、第2以及第3胎产羔数均无显著关联(P0.05),但TT型各胎产羔数均高于TC型和CC型。综上,BMP15基因g.50971423TC位点不适合用于小尾寒羊多羔性状选育。     

山羊重要基因的多态分析及与部分体尺性状的相关性

利用PCR-SSCP和PCR-RFLP技术研究波尔山羊和徐淮白山羊2个群体共147个个体肌肉生长抑制素(MSTN)、生长激素受体(GHR)和IGF-IR 3个基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP),并对山羊GHRH和INHβA 2基因座不同基因型与2个山羊群体体尺性状做相关分析。结果表明:2个群体在这3个基因位点上均没有发现多态性。GHRH基因位点对波尔山羊的管围指数和体躯指数有显著影响(P0.05),对其他指标影响不显著(P0.05);INHBA基因位点的突变除对徐淮白山羊的胸围有影响外(P0.05),对其他指标影响不显著(P0.05),该研究对山羊生长性状的标记辅助选择具有一定的参考价值。     

鲁中肉羊HIRA基因多态性及其与产羔数的关联分析

该研究旨在探究鲁中肉羊HIRA基因g.71833755 T>C和g.71874104 G>A两个位点多态性及其与产羔数之间的关系,以期为鲁中肉羊高繁殖力分子育种提供新的遗传标记。利用全基因组重测序结合Sequenom MassARRAY~? SNP技术对鲁中肉羊HIRA基因2个多态位点进行检测,并与其产羔数进行关联分析。结果表明:鲁中肉羊HIRA基因g.71833755 T>C位点存在TT、TC和CC三种基因型,g.71874104 G>A位点存在AA、AG和GG三种基因型。g.71833755 T>C位点在鲁中肉羊中表现为低度多态(PIC<0.25),该位点在鲁中肉羊中处于哈代温伯格不平衡状态(P<0.05);g.71874104G>A位点在鲁中肉羊中表现为中度多态(0.250.05)。HIRA基因g.71874104 G>A位点多态性与鲁中肉羊第2胎、第3胎产羔数显著关联(P<0.05),杂合型AG个体各胎产羔数均高于野生型GG和突变纯合型AA个体;g.71833755 T>C位点多态性与鲁中肉羊第2胎产羔数显著关联(P<0.05),杂合型TC个体第2胎产羔数均高于野生型TT(P>0.05)和突变纯合型CC个体(P <0.05)。综上,g.71833755 T>C位点的C等位基因和g.71874104 G>A位点的A等位基因可能是提高绵羊产羔数的潜在有效的DNA标记。     

绵羊CD9基因g.208082881C>A位点多态性与产羔数的关联分析

为了探究绵羊CD9基因g.208082881CA位点多态性与产羔数之间的关系,利用Sequenom Mass ARRAYR~SNP技术对多羔绵羊品种(小尾寒羊380只)和单羔绵羊品种(滩羊、苏尼特羊、萨福克羊、杜泊羊和草原藏羊共380只)CD9基因g.208082881CA位点多态性进行了检测,并与产羔数进行关联分析。结果表明:CD9基因g.208082881CA位点存在AA和CA两种基因型,A基因为优势等位基因,等位基因频率在单羔、多羔绵羊品种间差异达到极显著水平(P0.01);群体遗传学分析表明,该位点在杜泊羊群体中表现为低度多态(PIC0.25),而在其他绵羊品种中均为中度多态(0.25PIC0.5);卡方适合性检验表明,该位点仅在杜泊羊群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05);关联分析表明,该位点多态性与小尾寒羊不同胎次产羔数之间并无显著关联(P0.05),AA型第二、三胎产羔数高于CA型。综上可知,CD9基因g.208082881CA位点多态与小尾寒羊产羔数没有显著相关性。     

骨形态发生蛋白15基因（BMP15）多态性与山羊繁殖性能的研究

以贵州黑山羊、酉州乌羊和努比亚山羊3个品种为实验群体,采用PCR产物直接测序技术检测BMP15基因的多态性,并探讨其多态性对山羊繁殖性状的影响,为山羊繁殖力的标记辅助选择和育种提供理论依据。利用在线软件预测BMP15蛋白质二级结构和三级结构;利用Excel计算基因频率、基因型频率;利用POPGEN软件计算纯合度、杂合度、有效等位基因数和多态信息含量,并对HardyWeinberg平衡状态进行分析;用SPSS软件对3个山羊群体BMP15基因多态性与产仔数进行相关性分析。结果显示:BMP15基因外显子中检测到1个SNP位点,BMP15基因在外显子2处存在突变位点C6260G,3个山羊群体在此突变位点处均存在3种基因型CC、GC、GG;贵州黑山羊、酉州乌羊和努比亚山羊χ2检验均未达到显著水平(P0.05),处于Hardy-Weinberg平衡状态,贵州黑山羊和努比亚山羊表现为中度多态,酉州乌羊表现为低度多态;GG基因型个体在贵州黑山羊群体中产羔数显著高于CC基因型个体和GC基因型个体(P0.05),GC基因型个体在努比亚山羊中的产羔数显著高于CC基因型个体和GG基因型个体(P0.05),3种基因型在酉州乌羊中差异均不显著(P0.05)。该研究结果初步表明山羊BMP15基因的突变与其繁殖性能有关,可能是影响山羊繁殖率的一个因素。     

天府肉羊FSHβ基因SNPs及其与产羔数的关联分析

本试验选取334只天府肉羊、波尔山羊和成都麻羊为试验材料,对山羊FSHβ基因进行了PCR扩增,采用PCR-SSCP和SNP技术分析了该基因在山羊中的多态性。结果表明,试验羊FSHβ基因5′调控区存在第712位A→G突变,形成了AA、AB和BB 3种基因型。适合性检验和最小二乘分析结果显示,山羊FSHβ基因不同基因型的平均窝产羔数存在显著差异;天府肉羊和成都麻羊的FSHβ多态位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),波尔山羊极显著偏离了Hardy-Weinberg平衡(P0.01)。由此推测,FSHβ基因可能对于山羊繁殖性能具有较大影响或与控制繁殖性能的主基因连锁,可以尝试将其作为一个重要的分子标记用于山羊的育种实践。     

山羊FSH β基因多态性与产羔数的相关性研究

本试验对250只波尔山羊、成都麻羊的FSHβ基因多态性与产羔数的相关性进行了分析。结果发现:在两个品种试验羊的FSHβ基因5′调控区712bp处存在A→G突变,形成A、B 2种等位基因及AA、AB、BB 3种基因型,且A等位基因为优势等位基因。在平均窝产羔数方面,两种山羊初产和经产的平均窝产羔数均为基因型AA基因型AB基因型BB,经产个体的AA型与AB型、BB型差异显著(P0.05),初产个体各基因型间差异不显著(P0.05)。由此推测,FSHβ基因可能是控制山羊繁殖性能的一个主效基因,为下一步育种工作提供了有力的理论依据。     

奶山羊多羔基因聚合育种研究

采用SSCP技术与家系选育相结合的方法,研究西农莎能奶山羊多羔基因(PRLR和LHβ)聚合育种的效果,分析比较不同基因型组和对产羔数的影响表明:GG,CC,PP和LL这4种基因型具有正效应,而HH,DD,QQ和MM表现为副效应,GGCCPPLL的聚合效应显著(P＜0.05),其中CC基因型对于产羔数的影响比CD高出14.2％,MM比LM高出3.80％,PP比QQ高出15.67％,LL比LM高出11.48％,PQ比QQ高出11.02％,CD比DD高出10.69％,PQ比PP高出6.09％.在亲代到F1的基因传递过程中具有显著的聚合效应,而在F1到F2的基因传递过程中基因型组合出现明显的分离现象.为了克服杂交后代中基因型组合的分离问题,必须按照育种目标进行严格的选种选配,通过基因型的横交固定,培育出理想型个体或群体,最终培育出奶山羊新品种.     

山羊抑制素-α第1外显子的PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术检测了抑制素α(inhibin-α,INHA)基因第1外显子在高繁殖力山羊品种(黄淮山羊和长江三角洲白山羊)以及低繁殖力品种(波尔山羊)中的单核苷酸多态性,并研究了该基因对黄淮山羊产羔数的影响.设计4对引物扩增山羊INHA基因外显子1序列,只有引物1在3个山羊品种中检测到多态性,出现了3种基因型(AA、AB、BB),测序结果表明,BB型和AA型相比在INHA基因第1外显子1 006 bp处都发生了碱基突变(C→A),导致脯氨酸改变为苏氨酸.黄淮山羊突变纯合型(BB)平均产羔数比野生型(AA)少0.65只(P＜0.05).研究结果初步表明:INHA基因可能是影响黄淮山羊繁殖力的一个主效基因或是与之存在紧密遗传连锁的一个分子标记.     

西农莎能奶山羊和波尔山羊GDF9基因多态性与产羔数的相关分析

为了研究西农萨能奶山羊和波尔山羊生长分化因子9(GDF9)基因遗传多态性及其与产羔数和生长体重的相关性。根据绵羊GDF9基因序列设计4对引物,采用PCR-SSCP技术检测GDF9基因的多态性,同时用最小二乘法研究了其多态性与产羔数和生长体重的关系。所研究的西农萨能奶山羊群体和波尔山羊群体P1扩增片段存在多态性,分别定义为AA、AG和GG3种基因型;P2、P3和P4扩增片段均不存在多态性,只出现一种带型。通过测序发现:GG型与AA型相比在外显子2的792 bp处有1个G→A的单碱基突变,结果导致第396位氨基酸由缬氨酸变为异亮氨酸。在西农莎能奶山羊群体中,AA基因型产羔数最小二乘均值均极显著高于AG基因型和GG基因型;AG基因型显著高于GG基因型。此外,在西农莎能奶山羊中还发现AA基因型的个体各个生长阶段的体重和GG型和AG型的相比差异均不显著。在波尔山羊群体中,AA基因型产羔数最小二乘均值均极显著高于AG基因型和GG基因型,AG基因型的高于GG型,但没达到显著水平。结果表明,GDF9基因对西农莎能奶山羊和波尔山羊的产羔数均有显著影响,因此认为GDF9基因外显子2第792 bp处G→A的突变可作为西农莎能奶山羊和波尔山羊多胎性状的有效分子标记。     

FSHR基因多态性及其与陇东绒山羊产双羔关联性分析

为了寻找控制陇东绒山羊双羔性状的分子标记,本研究以陇东绒山羊双羔母羊及所产F1代为实验材料,并以单胎的陇东绒山羊母羊和单胎的辽宁绒山羊母羊为对照,采用PCR-SSCP及测序法分析陇东绒山羊FSHR基因第10外显子遗传多态性,运用最小二乘法分析其与产羔性状的关联性。结果检测到G1542T和T1595G2个多态位点,其中T1595G位点为错义突变,可导致所编码的氨基酸由甲硫氨酸(Met)变为精氨酸(Arg),该位点包括4种基因型分别为AA型、AB型、BB型和AC型,陇东绒山羊双羔群体的优势基因型为BB型,优势等位基因为B;陇东绒山羊BB型个体的产羔数最高,AB型个体次之,且AB型、BB型母羊产羔数与AA型、AC型差异显著。因此,FSHR基因第10外显子T1595G位点B等位基因对陇东绒山羊产羔数有显著影响,可以作为陇东绒山羊产双羔的一个候选分子标记。本研究为进一步筛选陇东绒山羊双羔性状主效基因提供了技术支撑,进而为加快高繁殖力陇东绒山羊的选育进程提供依据。     

绵羊PTGS2基因多态性与产羔数关联分析

研究旨在探索PTGS2基因g.65835868AG和g.65834692AG位点多态性与绵羊产羔数之间的关系,以期为绵羊多羔分子育种提供新的标记。利用Sequenom MassARRAY誖SNP技术对PTGS2基因2个单核苷酸多态(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点在多羔绵羊品种(小尾寒羊、策勒黑羊和湖羊)和单羔绵羊品种(滩羊、苏尼特羊、萨福克羊和草地型藏羊)中进行检测,并与小尾寒羊产羔数关联分析。分型结果表明,g.65835868AG和g.65834692AG位点基因型频率和等位基因频率在单、多羔绵羊品种间差异均不显著(P0.05);群体遗传学分析表明,g.65835868AG位点在滩羊、小尾寒羊和草地型藏羊3个群体中均表现为低度多态(PIC0.25),在其余4个群体中表现为中度多态(0.25PIC0.5),g.65834692AG位点在选择的7个群体中均表现为中度多态(0.25PIC0.5);卡方适合性检验结果表明,g.65835868AG位点在小尾寒羊、苏尼特羊、湖羊、策勒黑羊、滩羊和草地型藏羊6个群体中均处于哈代-温伯格平衡状态(P0.05),g.65834692AG位点在选择的7个群体中均处于哈代-温伯格平衡状态(P0.05);关联分析表明,g.65835868AG位点多态性与小尾寒羊不同胎次产羔数之间并无显著相关(P0.05),g.65834692AG位点小尾寒羊第2胎GG型产羔数显著高于AA型(P0.05)。综上,PTGS2基因与绵羊的繁殖性能有一定相关,且g.65834692AG位点对绵羊产羔性状有调控作用,可作为多羔绵羊选育的辅助标记。     

贵州白山羊GDF 9和BMP15基因多态性与产羔数的相关性研究

生长分化因子9(GDF9)和骨形态发生蛋白l5(BMP15)是早期卵泡生长和分化的必需因子。从贵州白山羊GDF9基因外显子2中找出1个、BMP15基因外显子2中找到3个位点发生碱基替换。为了进一步研究这4个位点在群体中是否存在多态性,采用等位基因特异性PCR方法对贵州白山羊的高产羊群和低产羊群2个基因的4个位点进行对比。结果表明:从贵州白山羊的高产羊群和低产羊群GDF9基因外显子2的790位点都检测到AA、AB 2种基因型,AB基因型对应的产羔数较多(P<0.05),790位点的变异与已知序列不同。BMP15基因外显子2的675位点只检测到1种基因型,没有多态性;BMP15基因外显子2的573位点和798位点均检测到多态性,其中798位点的碱基变异与已知基因序列不同;从贵州白山羊高产羊群中这2个基因位点都检测到了野生型、杂合型和突变型3种基因型,对应的产羔数为野生型最少,突变型最多,杂合型居中。推测GDF9基因790位点多态性对山羊繁殖率的调节方式可能与绵羊相似,但BMP15基因573和798位点的突变对贵州白山羊产羔数的促进作用,可能以数量遗传效应为主,值得深入研究。     

西农萨能奶山羊INHA基因启动子区多态性与产羔数和产奶量的相关分析

采用PCR-SSCP技术分析了INHA基因的启动子区2个基因座位在西农萨能奶山羊群体中的遗传多态性,结果在P1引物所扩增的目的片段发现遗传多态,有2种等位基因A和B,有3种基因型AA型、AB型、BB型;在P2引物所扩增的目的片段未发现遗传多态.对多态片段的测序分析表明:AA型与BB型相比在DNA序列的第506 bp处插入了一个碱基G,在第446 bp处碱基C→T.AB、BB基因型个体的平均产羔数显著高于AA型个体(P<0.05);AB、BB基因型的个体各胎次产奶量均比AA型高,其中在第2、3胎产奶量和前4胎平均产奶量都达到显著水平(P<0.05),AB基因型的前4胎平均产奶量和AA型差异极显著(P<0.01).结果表明INHA基因对奶山羊产羔数和产奶量都有显著影响,因此认为INHA基因的P1位点可作为奶山羊的有效分子标记.     

山羊生长激素基因部分序列的PCR-SSCP分析

以鲁北白山羊、波尔山羊和波尔山羊与鲁北白山羊的杂交一代、回交一代共计 2 74个个体为研究材料 ,对山羊生长激素基因 5′调控区 - 4 0 6～ - 1 93片段进行PCR扩增 ,扩增产物经SSCP分析发现存在多态性。结果表明发现波尔山羊及杂交后代以AA型占多数 ,而鲁北白山羊则BB型个体较多 ,基因型频率在品种间存在显著差异 (P <0 .0 5 )。对该片段的两种纯合型克隆测序发现 :AA型在第 6 0位发生了C→T的突变 ,第 2 1 1位发生碱基C的丢失     

KiSS-1基因序列分析及其与山羊产羔数关系

设计3对引物克隆山羊KiSS-1基因并扫描其序列多态性,4对引物用于在性早熟和性晚熟山羊品种中检测多态性.获得一个4 118 bp的DNA片段,含有长408 bp的ORF,编码135个氨基酸,其中羧基端17个氨基酸组成信号肽.该多肽和其他哺乳动物具有很高的同源性.在内含子1中发现3个突变位点(G296C、G454T和T505A),外显子2中没有发现突变位点,内含子2中发现1个18 bp缺失(-)/插入(+)突变(1960-1977),外显子3中发现两个突变位点(G3433A[A86T]和C3688A).这些突变位点在性早熟和性晚熟品种之间的基因型分布没有明显差异.296位点CC型济宁青山羊产羔数比GG、GC型分别多0.80只(P<0.01)和0.77只(P<0.01),GG与GC基因型个体间产羔数差异不显著(P>0.05).对于1960-1977位点,-/-个体比+/+、+/-个体产羔数分别多0.77只(P<0.01)和0.73只(P<0.01),+/+与+/-基因型个体间差异不显著(P>0.05).其他4个位点基因型间产羔数差异均不显著(P>0.05).研究初步表明山羊KiSS-1基因296位点C等位基因和1960-1977位点的(-)等位基因与济宁青山羊的高产羔数有关.