扁玉螺ISSR-PCR反应体系的建立及其优化

以扁玉螺基因组DNA为材料,分析了Mg2 ,dNTP、Taq DNA聚合酶、引物以及模板DNA浓度对ISSR-PCR扩增效果的影响,建立了一套适合扁玉螺的ISSR-PCR反应体系.该反应体系包括:2.0mmol·L-1的Mg2 ,0.25 mmol·L-1的dNTP,0.8 U的Taq DNA聚合酶,0.2 μmol·L-1的ISSR引物和40 ng模板DNA.利用优化后的反应体系,从30条ISSR引物中筛选出13条扩增效果较好的引物,为进一步利用ISSR标记研究扁玉螺的遗传多样性奠定了基础.     

基于正交设计的畜禽废水处理中活性污泥DNA的16S rDNA-PCR扩增体系

用SBR反应器处理畜禽废水,提取其中好氧活性污泥总DNA,比较3种物理破壁方法对DNA质量的影响,同时选择4个因素(DNA模板,Mg2 ,dNTP,引物)对16S rDNA-PCR反应体系进行正交优化,并确定最适退火温度.结果表明,反复冻融法的DNA纯度大于玻珠振荡法和摇床振荡法,可不经纯化直接扩增;DNA浓度对PCR结果影响最大,Mg2 和dNTP浓度的影响次之且程度相同,引物浓度影响最小;最佳PCR扩增体系(25 μL)的组成为:模板DNA 0.32 μg,dNTP 200 μmol·L-1,Mg2 1.5 mmol·L-1,引物1.0μmol·L-1,Taq DNA聚合酶0.2U,且最适退火温度为56.5℃.     

水稻SSR-PCR技术反应体系的优化

以水稻为材料,研究了SSR-PCR反应体系中Mg2+、dNTPs、引物、TaqDNA聚合酶及模板DNA浓度时水稻SSR扩增效果的影响.结果表明,在试验设计范围内,Mg2+和dNTP浓度对扩增影响较大,引物浓度在1.6～3.0μmol·L-1范围内对扩增影响较小,TaqDNA聚合酶和模板DNA浓度对扩增影响也很小.确定的最佳反应体系为20μL,Mg2+浓度为1.75 mmol·L-1、dNTPs为0.20 mmol·L-1、引物为2.4 μmol·L-1、Taq DNA聚合酶为0.75U、模扳DNA为45ng.     

利用正交设计优化向日葵ISSR-PCR反应体系

向日葵产业的发展对调整黑龙江省种植业结构、利用中低产田、增加农民收入具有十分重要的作用,为了推广ISSR分子标记技术在向日葵分子育种上的应用,利用正交设计对向日葵ISSR-PCR反应体系中的5个因素(模板DNA、dNTP浓度、Mg2+浓度、引物浓度、Taq酶用量)在4个水平上进行优化,确立了适合向日葵ISSR-PCR反应的20μL体系:50ng模板DNA、2.0μmol·L-1dNTP、37.5μmol·L-1 Mg2+、8μmol·L-1引物、8UDNA Taq酶。     

黄秋葵SRAP反应体系的优化

通过研究黄秋葵SRAP反应体系中主要因子TaqDNA聚合酶浓度、dNTP浓度、引物浓度和DNA模板浓度对扩增结果的影响,建立黄秋葵SRAP-PCR反应的优化体系。根据试验确定黄秋葵SRAP反应体系为20μL,75ng模板DNA,0.4μmol·L-1引物,0.750 mmol·L-1 dNTP,1.5 U Taq DNA聚合酶,2.0mmol·L-1 MgCl2,2.0μL 10×PCR缓冲液。     

珍稀保护竹种筇竹SSR反应体系的优化

为建立高效的筇竹SSR反应体系,以筇竹新鲜幼嫩叶片提取的基因组DNA为模板,研究了影响SSR反应效果的因素,包括Taq酶、Mg2+、dNTPs、引物、模板DNA浓度等,建立了适合筇竹SSR反应的PCR体系,即20 μL反应体系中含有Taq酶0.8 U,Mg2+为1.5 mmol·L-1,dNTP 0.2 mmol·L-1,引物 0.25 μmol·L-1,模板DNA 60 ng.扩增程序为:94 ℃ 3 min,然后94 ℃ 40 s,52 ℃ 30 s,72 ℃ 45 s,30 个循环,72 ℃延伸5 min,4 ℃保存.     

怀地黄SRAP分子标记优化体系的建立

为了建立适宜怀地黄的SRAP反应体系,以22个不同类型的怀地黄品种为材料,研究了PCR反应体系的主要成分对SRAP扩增结果的影响.对SRAP反应体系中的DNA模板浓度、TaqDNA聚合酶浓度、Mg2+浓度、引物浓度以及dNTP浓度进行了探索,确立的适合怀地黄SRAP反应的体系为:在25 μL的反应体系中,模板DNA20 ng、2.5 mmol·L-1 Mg2+、0.32 μmol·L-1的上下游引物、0.30 mmol·L-1的dNTPs以及2.5U Taq酶.并利用该反应体系对怀地黄22个不同品种进行了SRAP反应,发现不同品种间的DNA谱带多态性丰富,证实该体系稳定可靠,可以用于怀地黄的分子标记研究.     

芫荽RAPD体系优化

以芜萎基因组DNA为模板,对RAPD扩增反应条件进行优化,以期建立适合芜荽的RAPD的最优反应体系,结果表明:PCR扩增体系(总体积20μL)为:模板DNA1.0 ng·μL-1,dNTP 0.45 mmol·L-1,随机引物1.3μmol·L-1,Taq酶0.6 U,Mg2+2.0 mmol·L-1,退火温度39℃,...     

乌药ISSR扩增条件的优化

为了确保ISSR分析的可靠性和重复性,有必要进行ISSR-PCR反应体系的优化.以浙江省天台山乌药(Lindera aggregata)自然种群随机个体的基因组DNA为研究对象,通过对反应体系中的Mg2 浓度、dNTP浓度、模板DNA用量、Taq DNA聚合酶用量、BSA浓度、引物用量进行筛选和优化,得出了适用于乌药ISSR分析的扩增条件:10μL PCR反应体积,1×Taq酶配套缓冲液(200 mmol·L-1 Tris·HCl,PH 8.8,100 mmol·L-1 KCl,1%Triton X-100,100 mmol·L-1(NH4)42S04,20 mmol.L-1MgCl2),0.5U Taq DNA聚合酶,10 ng模板DNA,10 pmol引物,0.4mmol.L-1dNTP.利用优化反应体系从100个ISSR引物中筛选出12个重复性好、稳定性高的引物对20个乌药个体的DNA进行扩增,共得到142个位点,其中,102个为多态位点,多态位点百分率为71.83%,Nei指数为0.284 3,Shannon信息指数为0.415 3,乌药的遗传多样性处于较高水平.     

多子领春木RAPD反应体系的研究

利用RAPD(随机扩增多态性DNA)技术对濒危植物多子领春木进行了RAPD反应体系的研究.以多子领春木叶片为材料,采用改良的CTAB法提取其基因组DNA,进行RAPD反应条件的优化.通过单因子试验,分别研究了模板DNA用量、Mg2 浓度、dNTPs浓度、Taq酶的用量和引物浓度对RAPD反应的影响,建立了适于多子领春木RAPD分析的有效稳定的反应体系,即在25μL总反应体系中,模板DNA的最适用量为10 ng、Mg2 的适宜浓度为2.0 mmol·L-1、dNTPs的适宜浓度2.2 mmol·L-1、Taq酶的用量为1U、随机引物的浓度以2.5 μmol·L-1为佳.     

悬铃木SSR反应体系建立及引物筛选

以三球悬铃木组培苗为试验材料,对影响SSR-PCR扩增效果的退火温度、dNTP、引物浓度、Taq酶量及悬铃木DNA等因素的筛选,建立适宜的悬铃木SSR-PCR分子标记反应体系。结果表明,在20μL-1体积中,50℃退火温度、4 ng.μL-1模板DNA、0.2 mmol.L-1 dNTP、0.05 U.μL-1 Taq酶量和0.6μmol.L-1引物浓度是悬铃木的最适SSR反应体系。此外,利用该体系筛选出了54对适合悬铃木SSR扩增的引物。     

葡萄基因组DNA的提取及RAPD条件优化

采用改良CTAB法提取葡萄属22种植物的基因组DNA,对其完整性进行了测定,通过单因素五水平试验,筛选模板、Mg2+、Taq酶、dNTPs和随机引物的浓度及其用量,建立了葡萄RAPD技术最优体系,即25 μL体积中模板DNA为40 ng·μL-1,MgCl２ 2.0 mmol·L-1,dNTP 0.8 mmol·L-1,Taq DNA 聚合酶1 U·μL-1,引物 0.8 μmol·L-1,建立了葡萄基因组DNA的RAPD 反应扩增程序,即94℃预变性4 min, 94℃循环变性 45 s,37℃退火 55 s,72℃ 延伸 80 s,40个循环,最后72℃ 延伸10 min。     

长果种黄麻DNA的提取及SRAP分子标记体系的建立

以宽叶长果和甜麻杂交产生的F2代为材料,研究长果种黄麻DNA的提取方法和SRAP分子标记技术中的主要影响因素(包括模板DNA浓度、Mg2+浓度、Taq DNA聚合酶浓度、dNTPs浓度及上下游引物浓度).最终建立了适于长果种黄麻DNA提取的CTAB法与SRAP-PCR反应体系(25 μL):模板DNA 100 ng,引...     

多花黄精ISSR反应体系的建立及正交优化设计

通过对多花黄精ISSR-PCR反应中的Taq酶、buffer(Mg2+)、模板DNA、dNTP以及引物5个关键因素进行了5因素4水平的正交设计试验,确立了适合多花黄精基因组DNA的稳定性强、扩增最多数量谱带的ISSR-PCR最优反应体系,即25μL的反应体系中含有1.0 U Taq DNA聚合酶,3.5 mmol.L-1buffer(Mg2+),80 ng模板DNA,0.08 mmol.L-1dNTP和0.16μmol.L-1引物。采用建立的多花黄精ISSR-PCR最佳反应体系进行退火温度梯度试验,确定了引物UBC841的最适退火温度为54.8℃,且最适退火温度因引物而异。这一优化的ISSR-PCR反应体系的建立为今后利用ISSR技术进行黄精种质资源分类、遗传图谱构建和基因定位奠定了良好的技术基础。     

三华李SRAP反应体系的建立与优化

以三华李品系中的白脆鸡麻李1为供试材料,利用分步优化法对影响SRAP-PCR反应的5个因子进行优化,确立了三华李的SRAP-PCR反应体系：模板DNA 15 ng,Mg2+浓度3.0 mmol·L-1,引物浓度0.25 μmol·L-1,dNTPs 0.3 mmol·L-1,Taq DNA聚合酶1.0 U,10×Buffer 2.5 μL,反应总体积为25 μL,其余部分用ddH2O补充。利用优化的体系对18份李属种质资源进行扩增,经6%聚丙烯酰胺凝胶检测显示：条带清晰可靠、多态性好,可用于三华李的分子标记研究。     

正交设计优化莲雾ISSR-PCR反应体系

以莲雾品种‘农科一号’为试材,采用经改良的CTAB法提取莲雾叶片的DNA,探讨了Mg2+、dNTPs、引物浓度、Taq聚合酶、模板DNA含量对莲雾ISSR-PCR的影响。建立了总体积为25μL的莲雾ISSR-PCR反应体系:Mg2+浓度为3.0mmol.L-1﹑dNTP浓度为0.2mmol.L-1﹑primer浓度为0.4μmol.L-1﹑Taq DNA聚合酶1.5U﹑模板DNA含量为30ng,并含2.0μL 10×PCR Buffer(Mg2+free)。应用该反应体系对‘农科一号’和‘农科二号’进行ISSR-PCR扩增,共筛选出12条扩增稳定、多态性丰富的ISSR引物。     

泡桐AFLP反应体系的建立及引物筛选

以豫杂一号泡桐为材料,通过对影响AFLP技术体系的各主要因素的研究,建立了适于泡桐AFLP分析的技术体系.结果表明最佳酶切体系(20μL)为500 ng模板DNA,3 U的Pst 1和Mse I,在37℃下双酶切3 h;20μL最佳连接体系中为酶切产物15 μL,0.25 μmol·L-1Pst I接头,2.5 μmol·L-1 Mse I接头,1 μL 10×T4 Buff-er,2 U T4连接酶,22℃连接18 h;20 μL最佳预扩反应体系中5 μL稀释10倍的连接产物,100 μmol·L-1dNTP,2 U Taq酶,250 μmol.L-1 Pst I和Mse I引物(P+AGT/M+AGT),2 μL 10×PCR Buffer.20 μL最佳选择性扩增反应体系中5 μL稀释20倍预扩增产物,100 μmol·L-1dNTP,2 U Taq酶,350 μmol·L-1 Pst I和Mse I引物(P+AGT/M+AGT),2 μL 10×PCR Buffer.最后,筛选出了97对适宜于泡桐AFLP分析的引物.     

三重PCR检测草莓灰霉病菌、炭疽病菌和黄萎病菌

【目的】探索和优化检测条件,建立同时检测草莓灰霉病菌Botrytiscinerea,炭疽病菌Colletotrichum gloeosporioides和黄萎病菌Verticillium dahliae的三重PCR检测体系,为3种病害的早期快速诊断和鉴定提供技术和方法。【方法】选择可以组合的3种病原菌特异引物,研究多重PCR的影响因素,优化PCR退火温度,采用正交试验方法,以3个引物组、TaqDNA聚合酶、dNTP和Mg2+六因素三水平优化多重PCR体系。【结果】建立并验证适合上述草莓主要病原菌的三重PCR最佳检测体系,可分别扩增出729、539和450bp的特异条带,最适退火温度为50℃,25μL的反应体系中含有0.32μmol·L-1C729+/-、0.032μmol·L-1DB19/DB22、0.32μmol·L-1CgInt/ITS4、1.5UTaq聚合酶、0.15mmol·L-1dNTP、1.6mmol·L-1MgCl2。【结论】利用上述引物组合和反应体系进行三重PCR检测,能够快速从田间发病植株和土壤中将草莓灰霉病菌、草莓炭疽病菌和草莓黄萎病菌检测出来,灵敏度可以达到10pg菌丝DNA。     

野生大麦ISSR-PCR反应体系的正交优化研究

利用SPSS建立正交试验体系,从Taq酶、Mg2+离子、dNTP、模板、引物的浓度5个水平对大麦ISSR反应体系进行优化,确定了适合大麦的快速高效ISSR反应体系。试验结果表明,在25μl反应体系中各反应成分为:0.5 U Taq酶,1μmol/L Mg2+,0.2μmol/LdNTP,0.3μmol/L引物,50 ng模板DNA。这一反应体系的建立对利用ISSR-PCR进行大麦种质资源的分类和新基因资源的挖掘打下了坚实的基础。