山羊STEAP1基因和EIF2B4基因多态性与繁殖性能的关联分析

为探究候选基因STEAP1和EIF2B4与山羊繁殖性能的关联性，本实验利用MassARRAY?技术对STEAP1和EIF2B4基因的4个候选多态性位点（SNPs）进行分型，探究其在云上黑山羊（n=544）、济宁青山羊（n=133）和辽宁绒山羊（n=91）3个群体中的遗传学特征，并分析其与山羊繁殖性能（包括产羔数、初生窝重和断奶窝重）的关联性。结果表明，STEAP1 g.45853158 C>T和EIF2B4 g.72016288 T>G在不同品种山羊（济宁青山羊和辽宁绒山羊）中的基因型分布存在极显著差异；而STEAP1 g.45857345 C>T和g.45857371T>A基因型分布在山羊不同群体中差异不显著；在云上黑山羊高产群体和低产群体中，所有候选位点的基因型频率和基因频率均无显著差异；所有基因候选位点均与产羔数、初生窝重和断奶窝重无显著关联；STEAP1基因的位点g.45853158 C>T在不同繁殖性能群体中差异显著，生物信息学分析表明，突变造成STEAP1编码蛋白二级空间结构发生变化，可作为云上黑山羊繁殖性能的分子标记，但不适合进行窝选；STE...     

山羊DPYD和NAV3基因多态性与产羔性能的关联分析

为分析二氢嘧啶脱氢酶(DPYD)和神经导航因子3(NAV3)基因的单核苷酸多态性与山羊产羔性能的关联性,通过MassARRAY?SNP分型技术对DPYD基因和NAV3基因的4个候选位点进行分型,探究其在云上黑山羊、济宁青山羊、辽宁绒山羊3个群体中的遗传学特征,并统计其与云上黑山羊的产羔性能(产羔数、初生窝重、断奶窝重)...     

山羊ANKRD17和CLEC16A基因多态性及其与繁殖性能关联分析

为探究ANKRD17基因g.88739493 TG位点和CLEC16A基因g.9587011 GA、g.9730880 GA位点多态性及其与山羊繁殖性能之间的关联,利用Sequenom MassARRAYd誖SNP分型技术对云上黑山羊、济宁青山羊和辽宁绒山羊3个群体ANKRD17和CLEC16A基因的3个位点进行了多态性检测,并与云上黑山羊繁殖性能(包括产羔数、初生窝重和断奶窝重)进行关联分析。结果表明,ANKRD17基因g.88739493 TG在3个群体中均为低度多态(PIC0.25),CLEC16A基因g.9587011 GA、g.9730880 GA位点在3个群体中为中度多态(0.25PIC0.5);卡方检验结果显示,ANKRD17基因g.88739493 TG位点以及CLEC16A基因g.9587011 GA、g.9730880 GA位点在3个山羊品种中均处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P0.05);与繁殖性能相关的表型关联分析表明,CLEC16A基因g.9587011 GA位点中GA基因型的个体产羔数显著高于GG基因型个体(P0.05),3个SNPs位点对初生窝重和断奶窝重均无显著影响(P0.05)。综上,CLEC16A基因g.9587011 GA位点可作为山羊产羔数选择的潜在分子标记。     

山羊AMH和AMHR2基因多态性及其与产羔数关联分析

本研究旨在分析抗苗勒氏激素(AMH)和抗苗勒氏激素II型受体(AMHR2)基因单核苷酸多态性(SNPs)与山羊产羔性状的关联性。通过MassARRAY~?SNP分型技术对AMH基因和AMHR2基因SNPs位点进行分型,检测其在云上黑山羊(n=544)、济宁青山羊(n=133)和辽宁绒山羊(n=91)3个群体中的遗传学特征,并将其多态性与产羔性能(产羔数、初生窝重、断奶窝重)进行关联分析。群体遗传学结果表明,AMH基因g.89172108T>G和AMHR2基因g.26334739A>G在3个群体中为中度多态(0.25T在3种山羊中为低度多态(PIC<0.25)。卡方检验显示,AMH基因g.89172108T>G在济宁青山羊中处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.05),在云上黑山羊和辽宁绒山羊中处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);AMHR2基因g.26334739A>G在辽宁绒山羊、g.26335365C>T在济宁青山羊中处于Ha...     

山羊MED27和SCTR基因多态性与产羔性能的关联分析

旨在分析中介因子复合体27(Mediator complex 27,MED27)和分泌素受体基因(SCTR)的多态性与云上黑山羊产羔性能的关联性.利用Sequenom MassARRAY?SNP技术对MED27和SCTR基因的4个候选位点进行分型,探索其在云上黑山羊(n=544)、济宁青山羊(n=133)和辽宁绒山羊(...     

贵州黑山羊BMP15和NPY-Y1R基因多态性与产羔数关联性分析

为了寻找贵州黑山羊产羔数相关性状的分子标记,采用PCR产物直接测序技术对贵州黑山羊BMP15、NPY-Y1R基因的两个位点进行多态性检测,并与产羔数进行关联性分析.结果表明,贵州黑山羊群体BMP15基因C6260G位点存在CC、GC、GG三种基因型,频率分别为0.55、0.29、0.16;该位点的多态信息含量0.33,...     

云上黑山羊产羔性状分子变异KASP验证分析

为挖掘云上黑山羊产羔性状相关基因或变异位点,研究选取前期全基因组关联分析(GWAS)研究中与云上黑山羊产羔性状存在潜在或显著关联的5个SNP位点,采用竞争性等位基因特异性PCR(KASP)检测方法进行SNP分型,应用SAS软件的GLM过程进行位点多态性与云上黑山羊产羔性状的关联分析。结果显示位点rs268244272与初产产羔数极显著相关(P<0.01),与平均胎产羔数显著相关(P<0.05)。这一结果与质谱验证结果相一致,再次验证位点rs268244272与云上黑山羊产羔性状关联的有效性,表明该位点可作为云上黑山羊产羔性状分子标记。     

绵羊GTF2A1基因多态性及其与产羔数的关联分析

本研究旨在探究绵羊GTF2A1基因g.89505005G>A位点多态性与产羔数之间的关系,以期寻找与绵羊产羔数有关的分子标记。基于前期利用全基因组选择信号分析获得的候选基因GTF2A1,采用Sequenom MassARRAY~?SNP技术对多羔和单羔的绵羊群体及产羔数存在差异的小尾寒羊群体进行g.89505005G>A位点多态性检测,并与产羔数进行关联分析。结果表明:GTF2A1基因g.89505005G>A位点存在3种基因型:AA、AG和GG,且基因型频率和等位基因频率在单、多羔品种间差异均达到显著水平;该位点在小尾寒羊、滩羊、苏尼特羊、萨福克羊、杜泊羊以及草原藏羊6个品种中均处于哈代温伯格平衡状态;关联分析表明:g.89505005G>A位点多态性与小尾寒羊第1、第2以及第3胎产羔数均存在显著关联,AA型各胎产羔数均高于GG型(P<0.05)。综上,A等位基因可能是提高绵羊产羔数的一个潜在有效的DNA标记。     

云上黑山羊28号染色体上3个SNPs位点多态性与产羔数性状的关联分析

为验证和挖掘山羊产羔性状的分子标记和主效基因,选取前期研究获得的位于云上黑山羊28号染色体上3个与产羔数性状存在潜在关联的SNPs位点（rs268286450、rs268286391和rs268244272）,采用MassARRAY飞行质谱列阵技术对541个云上黑山羊DNA样本进行SNP分型,并结合其产羔数进行关联分析。结果显示,3个SNPs位点均存在多态性,rs268286450位点在28号染色体第28 498 787 bp处发生C→T碱基突变,rs268286391位点在28号染色体第30 971 277 bp处发生A→C碱基突变,rs268244272位点在28号染色体第2 707 491 bp处发生T→C碱基突变,3个位点多态信息含量（PIC）分别为0.36、0.32和0.21;rs268286450和rs268286391位点处于Hardy-Weinberg不平衡状态（P<0.01）,而rs268244272位点处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）;rs268244272位点存在3种基因型CC、TT和TC,TT基因型频率为0.75,为野生基因型,TC基因型频率为0.22,为突变基因型,3种基因型最小二乘均值比较显示,TC基因型产羔数最小二乘均值与TT基因型差异极显著（P<0.01）,与CC基因型差异不显著（P>0.05）,TT与CC基因型产羔数最小二乘均值差异也不显著（P>0.05）,TC基因型云上黑山羊产羔数上调。关联分析结果显示,rs268286450和rs268286391位点多态性与云上黑山羊产羔数关联不显著（P>0.05）,rs268244272位点多态性与产羔数性状存在显著相关（P<0.05）。综上,云上黑山羊28号染色体上rs268244272位点多态性与产羔数性状显著相关,可作为云上黑山羊产羔数性状的分子标记在其高繁品系选育中加以应用。     

影响云南黑山羊羔羊成活率的因素研究

为研究云南黑山羊羔羊成活率的影响因素,笔者对7121个有效羔羊数据进行了初生重、断奶重、成活率的统计分析。结果表明,随胎产羔数的增多羔羊初生重极显著减小(P0.01);随初生重的增大,羔羊成活率极显著提高(P0.01);随着胎产羔数的增加,羔羊成活率显著降低(P0.05)。云南黑山羊胎产羔羊数和羔羊初生重对羔羊成活率有显著影响且作用相反,实际生产中需注重产羔率和初生重的平衡。     

松辽黑猪METTL23基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

为探究松辽黑猪METTL23基因多态性及其与繁殖性状的关联性,试验选取178头松辽黑猪母猪为研究对象,利用Sanger直接测序法查找METTL23基因外显子1~5的单核苷酸多态性(SNP),使用SPSS 19.0软件分析METTL23基因SNP位点与松辽黑猪繁殖性状(总产仔数、产活仔数、断奶仔猪数、初生重、3周龄重、断奶重、乳头数)的关联性。结果显示,仅在松辽黑猪METTL23基因外显子4发现1个SNP位点,命名为A62G,在A62G位点上检测到3种基因型,分别是AA、AG和GG。GG和G分别为优势基因型和优势等位基因,且A62G位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。该位点的遗传纯合度(Ho)为0.6516,高于遗传杂合度(He,0.3484),说明其在松辽黑猪群体中的变异较小;多态信息含量(PIC)为0.2877,属于中度多态位点(0.25<PIC<0.5),说明该遗传标记能够提供一定量的遗传信息。关联分析结果表明,GG基因型个体总产仔数、产活仔数和断奶仔猪数均显著或极显著高于AA基因型个体(P<0.05;P<0.01),总产仔数还显著高于AG基因型个体(P<0.05);AG基因型个体断奶仔猪数显著高于AA基因型个体(P<0.05);初生重、3周龄重、断奶重、乳头数各基因型间差异均不显著(P>0.05)。综上所述,METTL23基因外显子4存在多态性位点A62G,该位点与松辽黑猪产仔数存在显著关联,可作为松辽黑猪产仔数的遗传标记,用于分子育种。     

IGF-1基因内含子4多态性与南江黄羊生长性状的关系

为寻找与南江黄羊生长性状相关的分子标记,试验以羊的类胰岛素生长因子-1作为控制南江黄羊生长性状的主基因的候选基因,以405只南江黄羊为试验材料,利用PCR-SSCP方法和DNA序列分析技术检测了内含子4的多态性.结果表明:内舍子4上有1个G→C颠换多态,与生长性状关联分析结果表明,该多态位点与初生重和周岁体重有关系(P＜0.05),CC基因型初生重显著高于GG基因型和CG基因型(P＜0.05);CC基因型个体的周岁体重显著高于CG基因型(P＜0.05);且基因型对周岁体长和周岁体高的影响接近显著(P=0.068 5和P=0.060 6),在这两个体尺性状上,都表现为CC＞GG＞CG.初步认定CC基因型是初生重和周岁体重有利基因型.     

松辽黑猪RBP4基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

为探究松辽黑猪视黄醇结合蛋白4(RBP4)基因多态性及其与繁殖性状的关联性,试验选取132头松辽黑猪作为研究对象,以与猪繁殖性状相关的RBP4基因为候选基因,采用PCR-HRM分析与PCR产物直接测序相结合的方法检测松辽黑猪RBP4基因部分外显子的单核苷酸多态性(SNP),分析RBP4基因SNP与母猪总产仔数、产活仔数、乳头数及仔猪初生重、3周龄重、断奶重的关联性。结果显示,松辽黑猪RBP4基因第3、5外显子上各存在1个SNP位点,分别命名为为G45A和C170T,其中在G45A位点检测到GG、GA和AA 3种基因型,在C170T位点检测到CC和CT 2种基因型。群体遗传参数分析及卡方适合性检验结果显示,RBP4基因G45A位点在松辽黑猪群体中分布较为均匀,遗传变异程度处于中等水平,偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.01);C170T位点在松辽黑猪群体中分布不均匀,遗传变异程度较低,未偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。关联分析结果表明,在RBP4基因G45A位点上,3种基因型的总产仔数及产活仔数均表现为:GGGAAA,其中GG基因型的总产仔数、产活仔数显著高于AA基因型(P0.05);GG基因型仔猪3周龄重显著低于GA基因型(P0.05);GG基因型仔猪断奶重显著低于GA及AA基因型(P0.05);各基因型在仔猪初生重及母猪乳头数上未表现出显著差异(P0.05)。在C170T位点上,不同基因型松辽黑猪的总产仔数、产活仔数、乳头数及仔猪初生重、3周龄重、断奶重均无显著差异(P0.05)。综上,RBP4基因G45A位点对松辽黑猪产仔数具有显著影响,但该位点是否可作为松辽黑猪产仔数相关的遗传标记,有待进一步研究;RBP4基因C170T位点可能不是松辽黑猪繁殖性状相关的突变位点,在后期工作中需扩大群体做进一步验证。     

绵羊DUSP6基因多态性及其与产羔数关联分析

文章旨在探究绵羊DUSP6基因g.125589716G>A、g.125587728C>T、g.125589714C>T、g.125589006G>A四个位点多态性及其与产羔数之间的关系,以期找到与绵羊高繁殖力相关的分子标记。利用全基因组重测序结合Sequenom MassARRAY誖SNP技术对多羔绵羊品种(小尾寒羊、湖羊、策勒黑羊)和单羔绵羊品种(滩羊、苏尼特羊、萨福克羊、草原型藏羊)DUSP6基因上述4个多态位点进行检测,并与小尾寒羊产羔数进行关联分析。结果表明:绵羊g.125589716G>A位点在多羔绵羊品种中存在AA、GA、GG三种基因型,在单羔绵羊品种中存在GA、GG两种基因型;g.125587728C>T、g.125589714C>T位点在单、多羔绵羊品种中均存在CC、CT、TT三种基因型;g.125589006G>A位点在单、多羔绵羊群体中均只存在GA、GG两种基因型。绵羊DUSP6基因g.125589716G>A位点基因型频率在单、多羔绵羊品种之间差异显著(P<0.05),等位基因频率在单、多羔绵羊品种间差异极显著(P<0.01);g.125587728C>T、g.125589714C>T位点基因型频率和等位基因频率在单、多羔绵羊品种间差异均达极显著水平(P<0.01);g.125589006G>A位点基因型频率和等位基因频率在单、多羔绵羊品种间差异不显著(P>0.05)。关联分析表明,DUSP6基因各SNPs多态性与小尾寒羊不同胎次产羔数之间无显著关联(P>0.05)。综上说明,绵羊DUSP6基因g.125589716G>A、g.125587728C>T、g.125589714C>T以及g.125589006G>A等4个位点的多态性与小尾寒羊各胎次产羔数之间均无显著关联(P>0.05),不适用于小尾寒羊多羔性状选育。     

苏太猪FUT1基因多态性及其与生产性能的关联分析

采用PCR-RFLP方法对苏太猪FUT1基因多态性进行分析。结果表明:苏太猪FUT1基因开放阅读框307位点经Hin6Ⅰ酶切后,产生GG型和AG型,不存在抗性纯合子AA型。分析这两种基因型与苏太猪生产性能间的相关性,结果表明:AG型个体平均生产性能均高于GG型个体,且AG型个体的1胎断奶窝重、2胎断奶窝重、3胎总产仔数和6胎断奶窝重显著(P<0.05)高于GG型个体,对一些生产性状而言,AG型是有益基因型。     

云南黑山羊频密产羔模式的研究

为研究云南黑山羊频密产羔模式下的繁殖效率,开展了云南黑山羊两年三产频密繁殖试验,对舍饲和放牧+补饲条件下云南黑山羊的胎均产羔数、羔羊断奶成活率、初生重、断奶重和日增重进行了统计分析。结果表明:1舍饲条件下胎均产羔数2.34只±0.72只,放牧+补饲条件下胎均产羔数1.90只±0.64只;2舍饲羔羊断奶成活率89.75%,放牧+补饲羔羊断奶成活率91.14%;3不同饲养方式下羔羊的初生重、断奶重和日增重均差异极显著(P0.01)。     

大足黑山羊胎盘子叶性状和结构及其与繁殖性能的相关性

收集79窝(单羔,n=21,G1;双羔,n=47,G2;三羔,n=11,G3)大足黑山羊正常分娩后胎盘及繁殖性能数据,比较不同产羔类型胎盘子叶承载效率(窝初生重与子叶总面积之比)、子叶密度(子叶个数与胎盘质量之比)、子叶面积和子叶组织学结构、绒毛超显微结构,并且分析子叶性状和结构及其与繁殖性能的相关性。结果表明,大足黑山羊随产羔数增加,胎盘子叶承载效率和子叶总面积极显著增加(P0.01),G1、G2和G3组子叶承载效率分别是(5.70±2.50),(9.23±3.90),(8.15±3.33)g·cm-2,子叶总面积分别为(501.57±124.25),(546.34±197.78),(735.85±194.28)cm2;子叶密度极显著性降低(P0.01),G1、G2和G3组分别是(0.38±0.18),(0.26±0.10),(0.21±0.08)n·g-1,子叶总数无显著性差异(P0.05);由组织学结构观察发现,随着产羔数增加,胎盘子叶内血管数量增多,密度增大,绒毛形状变宽变大,密集程度增加,表面褶皱更丰富。相关性分析表明,产羔数和窝初生重与胎盘质量、子叶总面积、子叶承载效率呈极显著正相关(P0.01)。研究发现山羊胎盘子叶面积与子叶承载效率相互联系;胎盘子叶组织结构及绒毛结构与山羊产羔数有显著性相关。     

湖羊和川中黑山羊GDF9、BMPR-IB、GnRHR基因多态性及其与产羔数的关联分析

为了研究湖羊和川中黑山羊生长分化因子9(GDF9)基因、骨形态蛋白受体(BMPR-IB)基因和促性腺激素释放激素受体(GnRHR)基因多态性及其与产羔数之间的关系,试验以594只湖羊和333只川中黑山羊为研究对象,用PCR-RFLP技术分析了湖羊和川中黑山羊BMPR-IB、GnRHR、GDF9基因序列的多态性,并与产羔数进行关联分析。结果表明:在湖羊和川中黑山羊中均未检测到GDF9基因的G8突变,说明该突变在这两种羊中比较保守,不存在多态性;湖羊BMPR-IB基因存在FecB突变,表现出三种基因型(GG、GA、AA),等位基因G比等位基因A频率高,G为优势等位基因,基因型分布偏离了Hardy-Weinberg平衡,GG型平均产羔数分别比GA型和AA型多0.19,0.33只(P0.05);川中黑山羊GnRHR基因存在G698A突变,表现出三种基因型(GG、GA、AA),达到了Hardy-Weinberg平衡,不同基因型个体间的产羔数差异不显著(P0.05)。     

松辽黑猪RBP4基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

为探究松辽黑猪视黄醇结合蛋白4（RBP4）基因多态性及其与繁殖性状的关联性,试验选取132头松辽黑猪作为研究对象,以与猪繁殖性状相关的RBP4基因为候选基因,采用PCR-HRM分析与PCR产物直接测序相结合的方法检测松辽黑猪RBP4基因部分外显子的单核苷酸多态性（SNP）,分析RBP4基因SNP与母猪总产仔数、产活仔数、乳头数及仔猪初生重、3周龄重、断奶重的关联性。结果显示,松辽黑猪RBP4基因第3、5外显子上各存在1个SNP位点,分别命名为为G45A和C170T,其中在G45A位点检测到GG、GA和AA 3种基因型,在C170T位点检测到CC和CT 2种基因型。群体遗传参数分析及卡方适合性检验结果显示,RBP4基因G45A位点在松辽黑猪群体中分布较为均匀,遗传变异程度处于中等水平,偏离Hardy-Weinberg平衡（P<0.01）;C170T位点在松辽黑猪群体中分布不均匀,遗传变异程度较低,未偏离Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）。关联分析结果表明,在RBP4基因G45A位点上,3种基因型的总产仔数及产活仔数均表现为：GG > GA > AA,其中GG基因型的总产仔数、产活仔数显著高于AA基因型（P<0.05）;GG基因型仔猪3周龄重显著低于GA基因型（P<0.05）;GG基因型仔猪断奶重显著低于GA及AA基因型（P<0.05）;各基因型在仔猪初生重及母猪乳头数上未表现出显著差异（P>0.05）。在C170T位点上,不同基因型松辽黑猪的总产仔数、产活仔数、乳头数及仔猪初生重、3周龄重、断奶重均无显著差异（P>0.05）。综上,RBP4基因G45A位点对松辽黑猪产仔数具有显著影响,但该位点是否可作为松辽黑猪产仔数相关的遗传标记,有待进一步研究;RBP4基因C170T位点可能不是松辽黑猪繁殖性状相关的突变位点,在后期工作中需扩大群体做进一步验证。