山羊源加勒多尼亚链球菌(Streptococcus caledonicus)的分离鉴定及耐药性分析

为了对云南1起山羊皮下脓肿进行细菌学诊断，本研究从皮下脓肿的脓液样品中分离到2株革兰阳性链状球菌YN220769和YN220770,对2株分离株进行形态学、生理生化和16S rDNA基因鉴定并分析其药物敏感性。细菌鉴定结果显示2分离株生化特征与加勒多尼亚链球菌(Streptococcus caledonicus)模式菌株CCUG 73951^T一致；与S.caledonicus参考株之间的同源性为99.6%～100.0%,与S.caledonicus CCUG 73951^T之间的同源性分别为99.7%和99.9%;与5株S.caledonicus参考株形成同一个进化分支；根据鉴定结果，将YN220769和YN220770鉴定为S.caledonicus。致病性试验显示2株分离菌对小鼠有致病性。药敏试验结果显示2株分离菌对青霉素、阿莫西林、头孢噻吩等多种抗生物敏感，对磺胺甲恶唑耐药。本研究首次从山羊皮下脓肿分离到S.caledonicus,证实山羊S.caledonicus感染的存在，对山羊S.caledonicus感染的预防和控制提供了理论依据...     

山西猪链球菌2型主要毒力相关基因的克隆及分析

为了解37株猪链球菌2型(S.suis 2)山西分离株的毒力基因型及毒力基因变异情况,通过PCR扩增S.suis 2毒力基因GDH、SLY、EPF、MRP,对这4种毒力基因的扩增片段进行测定,并与国内外其他分离株的基因进行比较。结果显示,GDH、SLY、EPF、MRP基因在37株S.suis 2中的检出率分别为86.5%、70.3%、56.8%、62.2%;37个受试菌株毒力基因型主要为GDH+/SLY+/EPF+/MRP+占51.35%,为优势基因型;S.suis 2山西分离株4种毒力基因与国内其他地区S.suis 2分离株的相应基因之间同源性均在99.1%以上,与国外S.suis 2分离株的相应序列同源性在89.9%~100%之间。     

猪链球菌2型江苏分离株溶血素基因检测及序列分析

根据猪链球菌2型（Streptococcus suis type 2）溶血素基因（sly）设计和合成了一对可扩增其完整阅读框的引物，对HA9801等6株猪链球菌2型江苏分离株，1株德国分离株SS2-D及猪链球菌C群参考株ATCC35246的核酸进行PCR扩增，结果显示HA9801等6株江苏分离株及德国株SS2呈阳性．ATCC35246呈阴性。HA9801株PCR产物纯化后测序．序列分析表明该DNA片段与猪链球菌2型1933株的sly基因同源性为99％。     

基于oppD/F基因的牛支原体贵州株分子生物学鉴定

为了确定疑似牛支原体(Mb)肺炎病例病原种类,试验采用分子克隆技术对牛支原体贵州流行株oppD/F基因进行了克隆、测序及序列分析。结果表明:所合成引物从支原体分离培养物中扩增出大小约为1 912 bp基因片段,与预期oppD/F基因片段的大小相符,其测序序列与Gen Bank数据库中参考株核苷酸同源性为42.6%~99.8%,与标准株核苷酸同源性为99.6%,与从发病动物中分离得到的内蒙株和湖北株同源性最高(均达到99.8%),与其他途径分离得到的参考菌株同源性都很低;系统进化树分析显示,牛支原体贵州分离株与标准参考株在同一进化分支上,与临床易混淆的丝状支原体丝状亚种存在明显差异。说明此次从疑似牛支原体肺炎病例中分离培养的支原体确为牛支原体。     

血清2型猪链球菌河南分离株毒力基因的鉴定及其cps2j全基因序列分析

为了解血清2型猪链球菌(S.suis2)河南分离株的毒力基因型及cps2j全基因突变情况,本研究扩增S.suis2毒力基因gdh、cps2j、mrp、ef 、sly、orf2和fbps,并对s.suis2的cps2j进行全基因序列测定和同源性分析.结果表明,gdh、cps2j、mrp、ef、sly、orf2和fbps基因在8个S.suis2分离株中的检出率分别为100％(8/8)、100％(8/8)、62.5％(5/8)、75％(6/8)、87.5％(7/8)、100％(8/8)和100％(8/8);其中cps2j全基因核苷酸及推导的氨基酸序列与来源不同的S.suis2分离株同源性分别达98％和97％以上,以该基因构建的系统发育树表明8株S.suis2河南分离株与国内外不同参考株同源性高,亲缘关系密切.     

鸡源圣雷利气单胞菌(Aeromonas sanarellii)的分离鉴定及致病性研究

对1例鸡鼻炎样病例进行细菌学诊断,从病鸡鼻腔中分离到1株革兰阴性杆菌,编号为ZY17105,对其进行形态学、生理生化、分子生物学鉴定,对其致病性和耐药性进行分析,同时探讨gyrB基因在气单胞菌鉴定中的意义。16S rDNA进化分析显示ZY17105与圣雷利气单胞菌模式菌株LMG24682同源性为99.4%;gyrB基因进化分析显示ZY17105与各圣雷利气单胞菌株形成同一进化支,与圣雷利气单胞菌模式菌株LMG24682和A2-67之间的同源性为分别为97.8%和98.2%。根据形态学、生理生化特性、16S rDNA和gyrB基因进化分析,将分离株ZY17105鉴定为圣雷利气单胞菌,分离株ZY17105对小鼠和鸡有较强致病性;另外,进化分析表明gyrB基因在气单胞菌属各种间的区分能力高于16S rDNA。本研究首次从中国大陆分离到圣雷利气单胞菌,并证实gyrB基因可替代16S rDNA用于气单胞菌属各菌种间的进化分析鉴别。     

山羊源无枝菌酸棒状杆菌(Corynebacterium amycolatum)的分离鉴定与耐药性分析

为了对1起羊腹泻病例进行诊断,从腹泻病羊粪便中分离到10株革兰阳性棒状杆菌YN21083～YN210812,对分离株进行形态学和16S rDNA基因鉴定并研究其药物敏感性和耐药基因特征。NCBI数据库BLAST比对鉴定结果显示,10株分离株与无枝菌酸棒状杆菌(Corynebacterium amycolatum)德国分离株FDAARGOS＿991的同源性为99.3%～100.0%。16S rDNA基因进化分析显示10株分离株与C.amycolatum参考株形成同一个进化分支,与C.amycolatum参考株之间的同源性为97.2%～100.0%,与C.amycolatum模式菌株ATCC49368^T之间的同源性为98.3%～99.2%,将10株分离株鉴定为C.amycolatum。药敏试验结果显示,10株分离菌株对青霉素、氨苄西林、阿莫西林克拉维酸、头孢噻吩、头孢呋辛、氟苯尼考、阿米卡星和四环素敏感,对卡那霉素和磺胺甲恶唑耐药。耐药基因PCR检测结果显示,共检测到8种耐药基因aadA1、aadA2、tetA、tetM、qnrS、Sul1、Sul2和Sul3,其检出...     

“高热病”病猪嗜麦芽窄食单胞菌的分离鉴定

从"高热病"猪的鼻液、支气管和肺组织分泌物的11份病料中,按常规方法进行病原菌分离鉴定,经亚胺培南分离筛选到7株疑似细菌.通过生化试验、16 S rDNA基因序列分析等,鉴定出其中2株为嗜麦芽窄食单胞菌(命名为PSM-1、PSM-2).与GenBank中临床和环境中分离的嗜麦芽窄食单胞菌分离株相比,两株菌的16 S rDNA基因扩增片段的核苷酸序列同源性均在99%以上.动物试验证实,2株细菌具有一定致病性;药敏试验表明,分离菌株对大多数抗生素具有较强耐药性且呈现多重耐药性.     

禽呼肠孤病毒C-98、T-98分离株S2基因的克隆及序列分析

参考GenBank中禽呼肠孤病毒176株(ARV 176)S2基因设计引物,对禽呼肠孤病毒内蒙古地区分离株C-98和禽呼肠孤病毒天津地区分离株T-98进行总RNA的提取,以其为模板,应用RT-PCR方法扩增病毒S2基因的cDNA片段,将纯化的cDNA片段克隆到pEASY-T1载体后进行序列测定。结果表明,获得的ARV C-98和ARV T-98的S2基因全长为1324bp,包括15bp的5′非编码区和58bp的3′非编码区,阅读框位于5′端第16位核苷酸和第1266位核苷酸之间。ARV C-98和ARV T-98分离株S2基因的核苷酸同源性很高,达到了99.8%,将C-98、T-98株的S2基因核苷酸序列和参考毒株的S2基因序列进行同源性分析,结果表明,ARV C-98和ARV T-98分离株的S2基因与参考毒株ARV 176、ARV 918、ARV 919、ARV 1733、ARV GX2010、ARV S1133和DRV YJLS2基因的核苷酸同源性最高,在99.2%～99.8%之间;与参考毒株ARV 138和ARV AVS-BS2基因的核苷酸同源性在92.1%～94.1%之间;与参考毒株ARV601SI、ARV 916和ARV 1017-1S2基因的核苷酸同源性在87.3%～87.8%之间;与参考毒株DRV 091、DRV S12和DRV S14 S2基因的核苷酸同源性在77.3%～78.2%之间;与参考毒株MRV 3、MRV 3-jin-1和MRV 3-T3D S2基因的核苷酸同源性最低,在2.4%～5.5%之间。遗传进化树分析显示:ARV C-98和ARV T-98分离株与参考毒株共分为4个遗传进化分支。     

2006年至2010年山东省鸡传染性支气管炎病毒分子变异的研究

为研究山东省鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的遗传变异规律,本研究2006年～2010年从山东省发病的商品鸡中分离鉴定了17株IBV,并对其S1基因、N基因和M基因分别进行RT-PCR扩增、测序及遗传进化分析.序列分析结果表明:与疫苗株H120相比,17个分离株S1蛋白的变异程度较大,存在广泛的基因突变和氨基酸替代,多数病毒株还存在氨基酸的插入;N蛋白无碱基的缺失和插入,仅存在核苷酸的突变和氨基酸的替代;M蛋白除病毒株CK/CH/SD09/005插入3个碱基外,其它16个分离株仅存在少数的碱基突变和氨基酸替代.S1基因、N基因和M基因的系统进化分析结果表明多数分离株的3个基因在进化上相对平行,与国内分离株LX4同属一个进化分支,同源性较高;分离株SDYT0605的3个基因与疫苗株H120同源性较高,可能是免疫压力下变异的疫苗株;分离株SDTA06111、SDWF0608和CK/CH/SD09/005的S1基因、N基因和M基因分属于不同的进化分支,可能发生了基因重组.本研究结果显示基因突变、插入和不同基因之间的重组是免疫压力下IBV变异的主要方式.     

鸡肾型传染性支气管炎病毒分离株S1基因的序列分析

对鸡传染性支气管炎病毒(infectious bronchitis virus,IBV)肾型毒株BJQ、BJS、BJY、SDW和HBN的S1全基因进行了扩增、克隆和序列测定,并将所分离毒株的S1基因序列与5个参考毒株进行了比较.结果表明,IBV分离株S1基因间核苷酸同源性在76.7%～92.1%之间,氨基酸同源性在73.9%～89.5%之间.氨基酸序列特征分析表明,S1基因多处存在突变、缺失和插入现象,其中在氨基酸69～81和142～150位点区出现较高的变异.系统进化树分析表明,除SDW株与Gray属于相同的进化分支外,其他国内肾型分离株属于同一个进化分支,而韩国、日本等亚洲分离株和美洲分离株分别属于其他不同的进化分支,说明IBV病毒的发生和流行与地域及所致病型有一定的相关性.     

猪鼻支原体的分子鉴定及进化分析

本研究对青藏高原地区青海猪鼻支原体分离株(Mhr-QH1)进行了Mhr-p37基因的克隆鉴定及测序分析,并利用Mhr-16S rRNA基因与Gen Bank中相关菌株基因进行了基因同源性比较和遗传进化分析。Mhr-p37基因和16S基因PCR扩增测序结果显示,获得核苷酸序列长度分别为346bp和1500bp,Mhr-QH1-p37基因核苷酸序列与中国株、法国株和美国株的同源性达到100%;同样16S rRNA基因与巴西分离株的16S rRNA基因同源性也为100%,与日本、瑞典和美国分离株的同源性为99%。进化树分析发现:Mhr-QH1分离株与巴西株聚为组成一个微小分支,与美国株和巴西株共聚为同一个大支上,并与其他Mycoplasma spp.种系进化距离较远。因此,本研究对青海猪鼻支原体菌株的Mhr-p37基因序列和蛋白氨基酸序列分析,及16S rRNA基因系统进化研究的结果,有望为我国猪鼻支原体病的分子流行病学调查提供一定的数据参考,同时提示猪场搞好饲养管理是预防本病的关键。     

浙江省猪流行性腹泻病毒S1基因克隆与序列分析

本研究旨在分析浙江省猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,利用实时荧光定量RT-PCR方法对2015-2016年浙江省内收集的58份猪腹泻样品进行检测,设计2对特异性引物对16份来自浙江不同地区PEDV阳性样品的S1基因进行RT-PCR扩增、克隆及序列测定,并应用生物信息学软件对16株PEDV浙江毒株的S1基因进行分析。结果显示,48份样品为PEDV阳性。16个毒株之间S1基因片段核苷酸和氨基酸同源性分别为93.1%~99.8%和92.4%~99.7%,与疫苗株CV777的核苷酸同源性为92.3%~95.7%,氨基酸同源性为90.7%~95.7%。与疫苗株CV777相比,15个毒株在S1基因区域存在着15个核苷酸插入和6个核苷酸缺失。系统进化分析表明,大部分毒株与国内外流行的基因Ⅱ型PEDV毒株亲缘关系较近,15个毒株与2011-2016年中国流行的基因Ⅱ型PEDV毒株核苷酸和氨基酸同源性均在96.6%以上;与早期分离的CV777株、LZC株亲缘关系较远,核苷酸和氨基酸同源性均在93.4%以下;1个毒株(ZJ16NB6)与国内外流行的S-INDEL样毒株较近,核苷酸和氨基酸的同源性较高,均在98.4%~99.5%之间。本研究结果表明,2015-2016年浙江省仔猪腹泻主要是由PEDV感染引起的,浙江省流行的PEDV同时存在着基因Ⅱ型和S-INDEL样毒株,但以基因Ⅱ型毒株为主。     

猪链球菌2型安徽分离株毒力基因cps2J、mrp、epf、sly的检测及其序列分析

为了解19株猪链球菌2型(S.suis 2)安徽分离株的毒力基因型及毒力基因变异情况,通过PCR扩增S.suis 2毒力基因cps2J、mrp、epf和sly,对这4种毒力基因的扩增片段进行序列测定,并与国内外其他分离株的基因序列进行比较.结果显示,cps2J、mrp、epf和sly基因在19株S.suis 2中的检出率分别为100％、68.4％、68.4％、78.9％;19个受试菌株共分为7个毒力基因型,其中cps2J+/mrp+/epf+/sly+占57.9％,为优势基因型;S.suis 2安徽分离株4种毒力基因的检测序列之间及其与国内其他地区S.suis 2分离株的相应序列同源性均在99.1％以上,与国外S.suis 2分离株的相应序列同源性在87.8％～100％之间;19株cps2J+菌株中有1株菌cps2J基因序列有变异,13株mrp十菌株中有6株菌mrp基因序列发生变异,检测的epf和sly基因序列没有变异.表明cps2J +/mrp+ /epf+/sly+是S.suis 2安徽分离株优势毒力基因型,检测的S.suis 2安徽分离株cps2J、epf和sly基因部分序列较保守,mrp基因部分序列存在较大的变异.     

副猪嗜血杆菌的分离鉴定及16S rRNA序列分析

从云南某规模化养猪场病猪肺脏分离到1株革兰氏阴性小杆菌,经细菌生化鉴定、PCR鉴定和16S rRNA序列比对鉴定为副猪嗜血杆菌。抗生素药物敏感试验结果表明,分离菌株对四环素、红霉素、氯霉素、头孢噻吩高敏;对庆大霉素、氧氟沙星、诺氟沙星中敏;对磺胺甲唑耐药。16S rRNA分析结果表明,该分离株与GenBank中的Hps参考株AB078973(基因登录号)同源性为100%,将分离菌株鉴定为副猪嗜血杆菌。16S rRNA遗传进化关系表明,分离株与副猪嗜血杆菌3株血清5型参考株AB078972、AB078973、AB078974的16S rRNA序列位于一个分支上,遗传进化关系最近,它们之间的核苷酸同源性在99.0%~99.4%之间,初步鉴定为血清5型副猪嗜血杆菌,致病性试验结果表明,分离菌株对小白鼠有强致病性,命名为YN-1株。     

浙江省猪流行性腹泻病毒S1基因克隆与序列分析

本研究旨在分析浙江省猪流行性腹泻病毒（PEDV）的遗传变异情况,利用实时荧光定量RT-PCR方法对2015-2016年浙江省内收集的58份猪腹泻样品进行检测,设计2对特异性引物对16份来自浙江不同地区PEDV阳性样品的S1基因进行RT-PCR扩增、克隆及序列测定,并应用生物信息学软件对16株PEDV浙江毒株的S1基因进行分析。结果显示,48份样品为PEDV阳性。16个毒株之间S1基因片段核苷酸和氨基酸同源性分别为93.1%~99.8%和92.4%~99.7%,与疫苗株CV777的核苷酸同源性为92.3%~95.7%,氨基酸同源性为90.7%~95.7%。与疫苗株CV777相比,15个毒株在S1基因区域存在着15个核苷酸插入和6个核苷酸缺失。系统进化分析表明,大部分毒株与国内外流行的基因Ⅱ型PEDV毒株亲缘关系较近,15个毒株与2011-2016年中国流行的基因Ⅱ型PEDV毒株核苷酸和氨基酸同源性均在96.6%以上;与早期分离的CV777株、LZC株亲缘关系较远,核苷酸和氨基酸同源性均在93.4%以下;1个毒株（ZJ16NB6）与国内外流行的S-INDEL样毒株较近,核苷酸和氨基酸的同源性较高,均在98.4%~99.5%之间。本研究结果表明,2015-2016年浙江省仔猪腹泻主要是由PEDV感染引起的,浙江省流行的PEDV同时存在着基因Ⅱ型和S-INDEL样毒株,但以基因Ⅱ型毒株为主。     

我国东北部分地区牛溶血性曼氏杆菌的分子流行病学研究

为了解牛溶血性曼氏杆菌(Mannheimia haemolytica,Mh)在我国牛群中的流行情况,本研究于2014年～2019年在东北部分地区采集健康牛、患病牛的鼻拭子和肺脏样品进行细菌的检测、分离和鉴定,并对分离株进行遗传进化分析。对牛溶血性曼氏杆菌的检测结果显示,不同年份、不同地区采集样品的总检出率为23.5%(28/119),其中健康牛的检出率为13.46%(7/52),明显低于临床发病或死亡牛样品的检出率31.34%(21/67)。采用特异性分型PCR检测发现,Mh分离株分为A1、A2和A6三个血清型,从健康牛分离的Mh株的主要血清型为A2型,而从发病或死亡牛主要分离的Mh是A1和A6型。遗传进化分析表明,A1和A6型分离株位于同一进化分支,菌株间16S rDNA和lktA基因的序列同源性均为100%;而它们与A2型分离株的亲缘关系较远,16S rDNA和lktA基因的序列同源性分别为99.8%～99.9%和85.8%～86.7%;此外,A1和A6型分离株的lktA同属于lktA1等位基因亚型,而A2型分离株属于lktA2和lktA8亚型,与A1和A6型相比呈现出较强的序列多样性。综上所述,Mh在我国东北部分地区牛群中的存在较为普遍,且A1和A6血清型是牛群中Mh的主要致病血清型。本研究获得的流行病学数据为我国牛群中溶血性曼氏杆菌的病原学以及疫苗研究提供科学依据。     

猪群链球菌携带情况和关节病分离株毒力基因分析

根据链球菌保守基因EF-Tu设计引物,从120份30~60日龄健康仔猪鼻拭子分离到11株链球菌,分离率为9.2%(11/120);从72份发生关节病的病猪关节液,分离到6株链球菌,分离率为8.3%(6/72)。为了解分离的链球菌毒力基因分布情况,根据猪链球菌(streptococcus suis,SS)保守基因(GDH)、猪链球菌2型(Streptococcus suis type 2,SS2)特异性基因(CPS2J)以及猪链球菌主要毒力基因溶菌酶释放蛋白(MRP)、毒力相关基因ORF2、甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因(GAPDH),设计并合成5对引物进行毒力基因检测,提取扩增产物测序,并对序列进行比对分析。毒力基因检测结果显示,11株鼻拭子分离株有1株毒力因子分布为CPS2J+,鉴定为SS2,不包含其它毒力基因;猪关节液分离的链球菌,有2株SS2和1株SS,2株SS2的毒力基因分布为GDH+/CPS2J+/MRP+/ORF2+/GAPDH+,属于强毒株,1株SS毒力基因为GDH+。2株SS2毒力基因测序结果显示,CPS2J、MRP基因未见变异,提示其高度保守,ORF2、GDH、GAPDH基因存在碱基点突变,但突变对结构无影响,与参考菌株同源性较高。     

奶牛乳房炎相关链球菌PCR检测方法的建立

利用编码3-磷酸甘油醛脱氢酶的gapC基因具有高度特异性的特点,建立PCR方法鉴定与奶牛乳房炎相关的链球菌。根据已有gapC基因序列设计1对引物,以分离自患乳房炎奶牛乳样的10株革兰阳性球菌、10株革兰阳性杆菌、10株革兰阴性杆菌作为待检菌株,进行PCR扩增。结果表明,在10株革兰阳性球菌中,有8株球菌可以扩增出约1011bp的目的条带,而其他2株革兰阳性球菌及20株杆菌均无相应PCR产物出现。通过传统的生化鉴定与16S rDNA序列分析相结合证实,能扩出gapC基因的8株革兰阳性球菌分别为乳房链球菌(Streptococcus uberis)、牛链球菌(S.bovis)与猪链球菌(S.suis)。说明基于gapC基因的PCR方法,用于鉴定奶牛乳房炎相关链球菌具有较强的特异性。     

猪9型链球菌的分离鉴定及其生物学特性研究

为确诊某猪场猪发病死亡原因并调查分离菌株的致病性与耐药情况,用常规方法分离细菌,并对分离菌进行培养特性、16 S rDNA测定及致病性、毒力基因和耐药性检测。结果显示,从病死猪分离到1株9型猪链球菌,与GenBank收录的9型猪链球菌GZ0565同源性高达99.9%。毒力因子检测为cps9H~+ orf2~+ gdh~+ fdps~+毒力型,小鼠致病性试验鉴定为强毒株。药敏试验和耐药基因检测结果显示,该菌株对呋喃妥因、环丙沙星、头孢哌丁等药物高敏,对苯唑西林、氨曲南、卡那霉素、复方新诺明、多黏菌素B、林可霉素等药物完全耐药,存在四环素类、氨基糖苷类、磺胺类、喹诺酮类耐药基因。研究表明,此次疫情由9型致病性猪链球菌引起。