G8P[1]型牛轮状病毒的分离鉴定及序列分析

为了对大庆地区患有腹泻疾病的舍饲牛进行病原鉴定,通过RT-PCR方法对病料进行检测,将轮状病毒阳性样品接种MA104细胞进行病毒分离,扩增分离株VP7、VP4片段,将扩增产物纯化后连接在pMD18-T载体上,转化到大肠杆菌TOP10感受态细胞中进行亚克隆,将鉴定为阳性的重组质粒进行序列测定,并利用DNA Star与GenBank上的参考序列进行同源性分析。结果表明,从样品中分离到1株BRV毒株,将其命名NX23。核苷酸序列分析表明,分离株NX23属于G8P[1]型轮状病毒,确认了G8P[1]型牛轮状病毒在我国的流行,为我国BRV分子进化及其RV分子流行病学的进一步研究奠定基础。     

一株牦牛源G6P[11]型牛轮状病毒的分离鉴定及部分基因的序列分析

本研究的目的是分离、鉴定牦牛源牛轮状病毒(bovine rotavirus, BRV)。将经RT-PCR检测BRV阳性的牦牛腹泻粪便样本接种MA-104细胞,进行病毒分离和鉴定,并对其VP4、VP6和VP7完整基因进行测序,分析其分子特征。结果显示:病毒盲传3代后出现细胞病变,至第7代后出现细胞病变的时间稳定,经蚀斑纯化后测得病毒滴度为10^8.39TCID₅₀·mL^-1。分离株经RT-PCR、间接免疫荧光和电镜观察证实为BRV,命名为HY-1株;扩增HY-1株VP4、VP6和VP7完整基因序列,分析表明HY-1株为G6P[11]I2型;系统发育树显示,HY-1株VP4、VP6和VP7节段分别与中国牛源DQ-75株和印度牛源M-1和RUBV319株遗传演化关系最近,可能为重配毒株。与国内的G6型和P[11]型BRV毒株相比,HY-1株的VP4和VP7蛋白重要氨基酸位点变化较大。成功分离得到一株牦牛源BRV,基因型为G6P[11]型,为我国首次报道。     

我国部分地区牛轮状病毒的病原学调查及一株G10P[11]型牛轮状病毒的分离鉴定

应用轮状病毒RNA电泳方法,对内蒙古、黑龙江、新疆、北京、安徽等地共90份犊牛腹泻粪便样品进行检测.在内蒙古和新疆采集的粪样中共检出11份轮状病毒阳性样品,平均阳性率为12%(11/90).阳性样品经RT-PCR分型鉴定,新疆2份和内蒙古5份样品属于G10型,新疆另一牛场的4份样品属于G6型.对所有阳性样品进行病毒分离,获得1株能在MA104细胞上稳定传代的病毒株,经鉴定该分离株属于G10P[11]型轮状病毒,命名为HM26.G10型牛轮状病毒的分离在国内尚属首次.     

我国部分地区牛轮状病毒的病原学调查及一株G1OP[11]型牛轮状病毒的分离鉴定

应用轮状病毒RNA电泳方法，对内蒙古、黑龙江、新疆、北京、安徽等地共90份犊牛腹泻粪便样品进行检测。在内蒙古和新疆采集的粪样中共检出11份轮状病毒阳性样品，平均阳性率为12％（11／90）。阳性样品经RT-PCR分型鉴定，新疆2份和内蒙古5份样品属于G10型，新疆另一牛场的4份样品属于G6型。对所有阳性样品进行病毒分离，获得1株能在MA104细胞上稳定传代的病毒株，经鉴定该分离株属于G10P[11]型轮状病毒，命名为HM26。G10型牛轮状病毒的分离在国内尚属首次。     

猪轮状病毒的分离鉴定和全基因组序列分析

为了解广东省规模化猪场中猪轮状病毒(PoRV)流行毒株的基因特征，本试验在广东省某猪场采集腹泻仔猪肠道组织样品，经实时荧光定量PCR(qPCR)进行病毒初步鉴定；分离获得病毒后，通过间接免疫荧光、电镜观察进一步鉴定，并对分离毒株进行全基因组高通量测序和遗传进化分析。结果显示，qPCR初步鉴定该腹泻仔猪病料为PoRV感染，从阳性病料中分离获得1株能引起典型细胞病变的毒株，在电镜下可观察到似车轮状的病毒颗粒，在倒置荧光显微镜下观察有绿色荧光，将该PoRV分离毒株命名为GD2022,其完整基因型为G9-P[23]-I5-R1-C1-M1-A8-N1-T1-E1-H1;基因遗传进化分析结果显示，GD2022为人轮状病毒、猪轮状病毒和狗轮状病毒基因组重组后的毒株。本试验结果丰富了PoRV基因组学和分子流行病学相关的研究资料，为轮状病毒防控提供了数据支持。     

一株Clade1.3 ALV-J分离鉴定及其全基因组序列分析

为了解地方品种鸡禽白血病病毒(ALV)感染情况,本试验用从广西某养殖公司地方品种鸡采集的血浆样品接种DF-1细胞进行ALV的培养分离,然后用ALV-p27抗原检测试剂盒对其细胞培养上清进行ELISA检测,并进一步对细胞培养物进行病毒亚群的PCR鉴定和病毒分离株的全基因组序列测定与分析。结果显示：从鸡血浆样品中获得一株ALV,分离毒株经分子鉴定及测序分析确定其为J亚群(ALV-J),命名为GX22YL01;通过对毒株GX22YL01的全病毒基因组与参考毒株序列进行比对分析,发现其与课题组建立的ALV-J分类方法“Pilot tree”中的参考株GX14HG04相似性最高,且同处于Clade 1.3分支。     

1株B基因型牛副流感3型病毒的分离鉴定及全基因组序列分析

为探究新疆某集约化牛场1～6月龄犊牛群中牛副流感病毒3型(BPIV3)的感染情况,对采集的60份犊牛鼻拭子样品进行RT-PCR检测、病毒分离鉴定及全基因组测序和遗传进化分析。结果显示,样品中BPIV3核酸阳性率为11.67%。从核酸阳性样品中分离获得1株BPIV3,并命名为XJ21032-1(45),其基因组全长为15 512 bp;遗传进化分析表明,XJ21032-1(45)属于BPIV3 B基因型,该分离株与澳大利亚的BPIV3 B基因型参考株Q5592(EU277658)的同源性最高为93.4%。本研究成功分离得到了1株B基因型BPIV3,证实B型毒株在我国的存在和流行,为BPIV3疫苗研发提供了原材料,也有助于我国BPIV3分子进化规律及溯源的进一步研究。     

一株蛋鸡新城疫病毒的分离鉴定及全基因组序列分析

为研究云南新城疫病毒（NDV）分子流行特性和致病性,对云南省1个蛋鸡场的组织样品进行病原分离,通过血凝、血凝抑制试验和RT-PCR检测分离毒株,证明为NDV。通过病毒最小致死量（MLD）、鸡胚半数感染量（EID₅₀）、鸡胚平均死亡时间（MDT）、脑内接种致病指数（ICPI）和静脉接种致病指数（IVPI）测定病毒毒力,结果EID₅₀为10^-4.4,MLD为10^-4,MDT为97.5 h,ICPI为0,IVPI为0,显示分离株为弱毒株。高通量测序及遗传进化分析发现,分离毒株基因组全长为15 198 bp,从3'端到5'端有6个结构基因依次为NP-P-M-F-HN-L,各基因之间有1~48个核苷酸间隔。全基因组、F和HN基因遗传进化分析证明分离毒株属于Class Ⅰ分支,F基因ORF全长为1 662 bp,编码553个氨基酸,F蛋白裂解位点氨基酸序列为112-ERQERL-117,符合NDV弱毒裂解位点特征,HN基因ORF全长为1 851 bp,编码616个氨基酸,在HN基因保守区域234-NRKSCS-239位氨基酸序列没有发生变异。F蛋白有6个糖基化位点比较保守,HN蛋白有6个潜在的糖基化位点,但与LaSota相比存在缺失的和多出的糖基化位点。F蛋白半胱氨酸残基分布在76、199、338、347、362、370、394、399、401、424、514、523位氨基酸,F蛋白中性抗原位点在72、75、79和170位氨基酸发生了变异,HN蛋白受体结合部位和NA活性位点氨基酸为174R、401E、416R、526Y,未发生变异。本研究首次报道了云南省蛋鸡新城疫ClassⅠ毒株的全基因序列特征,为新城疫病毒ClassⅠ毒株研究奠定了基础。     

一株蛋鸡新城疫病毒的分离鉴定及全基因组序列分析

为研究云南新城疫病毒(NDV)分子流行特性和致病性,对云南省1个蛋鸡场的组织样品进行病原分离,通过血凝、血凝抑制试验和RT-PCR检测分离毒株,证明为NDV。通过病毒最小致死量(MLD)、鸡胚半数感染量(EID_(50))、鸡胚平均死亡时间(MDT)、脑内接种致病指数(ICPI)和静脉接种致病指数(IVPI)测定病毒毒力,结果EID_(50)为10~(-4.4),MLD为10~(-4),MDT为97.5 h,ICPI为0,IVPI为0,显示分离株为弱毒株。高通量测序及遗传进化分析发现,分离毒株基因组全长为15 198 bp,从3′端到5′端有6个结构基因依次为NP-P-M-F-HN-L,各基因之间有1～48个核苷酸间隔。全基因组、F和HN基因遗传进化分析证明分离毒株属于ClassⅠ分支,F基因ORF全长为1 662 bp,编码553个氨基酸,F蛋白裂解位点氨基酸序列为112-ERQERL-117,符合NDV弱毒裂解位点特征,HN基因ORF全长为1 851 bp,编码616个氨基酸,在HN基因保守区域234-NRKSCS-239位氨基酸序列没有发生变异。F蛋白有6个糖基化位点比较保守,HN蛋白有6个潜在的糖基化位点,但与LaSota相比存在缺失的和多出的糖基化位点。F蛋白半胱氨酸残基分布在76、199、338、347、362、370、394、399、401、424、514、523位氨基酸,F蛋白中性抗原位点在72、75、79和170位氨基酸发生了变异,HN蛋白受体结合部位和NA活性位点氨基酸为174R、401E、416R、526Y,未发生变异。本研究首次报道了云南省蛋鸡新城疫ClassⅠ毒株的全基因序列特征,为新城疫病毒ClassⅠ毒株研究奠定了基础。     

一株鸡传染性贫血病毒的分离鉴定及全基因组序列分析

为分离鉴定一株鸡传染性贫血病毒(CAV),以及了解其基因组特征,本实验利用MDCC-MSB1细胞对黑龙江某鸡场疑似患病鸡的肝脏组织进行病毒分离,经PCR和间接免疫荧光试验鉴定,结果显示分离得到一株CAV,命名为HLJ16069。克隆该病毒株全基因组,测序拼接后获得全长序列,将该病毒株序列与国内外已发表的其它病毒全基因组序列进行同源比对和进化分析,结果显示同源性达96.0%以上,亲缘关系最远的是中国分离株SD1403,而与日本分离株C369亲缘关系最近(99.1%);氨基酸序列分析显示,HLJ16069在VP1的75、89、141和394位氨基酸存在有意义的突变。本研究发现了一些与CAV毒力相关的分子特征,为CAV的毒力变化提供了数据支持。     

牛A群轮状病毒G10型XJ-2022株分离鉴定及基因型分析

【目的】 试验旨在对新疆某规模牛场患腹泻疾病的犊牛进行病原学鉴定及基因型分析。【方法】 采用抗原诊断试剂盒方法对在新疆某牛场随机采集的15份腹泻犊牛粪便样品进行检测,对抗原检测结果为阳性的样品进行反复冻融和过滤处理,然后将样品接种于Marc-145细胞进行病毒的分离和传代。对分离毒株进行间接免疫荧光试验（IFA）和负染电镜观察进一步确定病原。对分离株的VP6和VP7基因进行PCR扩增测序,并对其进行基因相似性比对和进化树分析。【结果】 抗原诊断试剂盒结果显示,3份粪便样品呈牛轮状病毒（Bovine rotavirus,BRV）抗原阳性。将阳性粪便样品分别接种于Marc-145细胞,仅有1份样品连续盲传至第9代出现明显的细胞病变效应（CPE）。IFA结果显示,接种该分离株的Marc-145细胞有亮绿色荧光,对照组未见荧光。电镜观察可见约65 nm的圆形病毒粒子,并命名为XJ-2022株。经PCR扩增获得VP6和VP7基因的目的条带,长度分别为1 356和342 bp。基因相似性比对和遗传进化分析表明,VP6基因与人源A群轮状病毒参考株DB2015-066（LC367318.1）相似性最高且遗传进化亲缘关系最近;VP7基因与牛源G10轮状病毒参考株XJX2（MN937506.1）相似性最高,遗传进化亲缘关系最近,确定该分离株为A群G10型轮状病毒。【结论】 试验成功分离到基因型为A群G10型BRV XJ-2022株,该毒株为新疆地区首次发现的多宿主来源的基因重配病毒。     

血清4型禽腺病毒W株的分离鉴定和全基因组序列分析

为了解血清4型禽腺病毒（fowl adenovirus genotype 4,FAdV-4） W株全基因序列、结构特征及遗传变异情况,本试验采集发病鸡肝脏和肾脏进行PCR鉴定、SPF鸡胚和鸡胚肝细胞分离、电镜观察证明该病毒为FAdV-4,TCID₅₀为10^-7.2/0.1 mL;电镜观察可见70 nm左右的二十面体无囊膜病毒颗粒;经绒毛尿囊膜途径接种10日龄SPF鸡胚后能明显抑制鸡胚发育出现侏儒胚,接种10 d内死亡率达100%;进一步对W株进行全基因组扩增及序列分析。病毒序列分析结果显示,其全基因组长为43 591 bp,共有60个开放阅读框,W株与GenBank中公布的FAdV-4参考毒株全基因组核苷酸序列同源性为98.4%~100%,其中与标准株非致病性毒株ON1（登录号：GU188428.1）的同源性为98.4%,主要缺失ORF19（脂肪酶基因）和ORF27;通过对病毒主要结构蛋白Hexon、Fiber-1和Fiber-2基因分析发现,W株与近几年国内分离株亲缘关系较近,与ON1株及其他国外分离株差异较大。综上说明,该分离株具有高致病性,与国外分离株存在较大差异,为进一步分析FAdV-4的毒力增强机制提供了基础依据。     

血清4型禽腺病毒W株的分离鉴定和全基因组序列分析

为了解血清4型禽腺病毒(fowl adenovirus genotype 4,FAdV-4)W株全基因序列、结构特征及遗传变异情况,本试验采集发病鸡肝脏和肾脏进行PCR鉴定、SPF鸡胚和鸡胚肝细胞分离、电镜观察证明该病毒为FAdV-4,TCID_(50)为10~(-7.2)/0.1 mL;电镜观察可见70 nm左右的二十面体无囊膜病毒颗粒;经绒毛尿囊膜途径接种10日龄SPF鸡胚后能明显抑制鸡胚发育出现侏儒胚,接种10 d内死亡率达100%;进一步对W株进行全基因组扩增及序列分析。病毒序列分析结果显示,其全基因组长为43 591 bp,共有60个开放阅读框,W株与GenBank中公布的FAdV-4参考毒株全基因组核苷酸序列同源性为98.4%～100%,其中与标准株非致病性毒株ON1(登录号:GU188428.1)的同源性为98.4%,主要缺失ORF19(脂肪酶基因)和ORF27;通过对病毒主要结构蛋白Hexon、Fiber-1和Fiber-2基因分析发现,W株与近几年国内分离株亲缘关系较近,与ON1株及其他国外分离株差异较大。综上说明,该分离株具有高致病性,与国外分离株存在较大差异,为进一步分析FAdV-4的毒力增强机制提供了基础依据。     

一株猪蓝耳病毒的分离鉴定及其全基因组序列的比较分析

从湖北省某猪场分离了一株猪蓝耳病毒(CH-WH-19),其基因组全长是14993 bp。同源性分析结果显示CH-WH-19与NADC30、JXA1、CH-1a、VR-2332和GM2的相似性分别为91.9%、84.3%、83.9%、83.3%和80.5%,但是与欧洲型的毒株Lelystad virus相似性仅有58.9%。GP5基因和全基因组的进化树分析显示,CH-WH-19与NADC30毒株处于同一分支。Nsp2基因氨基酸比对结果发现,CH-WH-19和NADC30毒株与VR2332毒株相比具有不连续的131个氨基酸缺失的特征。同源性和进化树的结果都显示了CH-WH-19属于新变异的类NADC30毒株。GP5序列比对结果表明,CH-WH-19有一些氨基酸的突变,A137是疫苗株VR2332的标志,但CH-WH-19毒株突变成了S,N34是四个潜在的N-糖基化位点之一,突变成了D。试验表明,本研究分离了一株变异的NADC30毒株,生物学特性分析也表明属于类NADC30毒株。     

一株猪Ⅱ型圆环病毒的分离鉴定及基因组序列分析

2011年11月,北京某猪场暴发以全身斑块状出血、腹泻及腹股沟淋巴结明显肿大为主要特征的传染性疾病。采集发病猪淋巴结、肾脏和脾脏组织,研磨成组织混悬液,经0.2 μm滤膜过滤后接种PK15细胞,然后用D-氨基葡萄糖处理,连续盲传3代后收取细胞病毒液并提取DNA,经PCR检测、免疫荧光鉴定、全基因组测定及用DNAStar软件对序列进行拼接和分析,结果表明,该分离株为猪Ⅱ型圆环病毒(porcine circovirus type 2,PCV2),命名为BJ20111113株,其全基因组长度为1767 bp,与国内外毒株核苷酸序列同源性为94.5%~99.8%,其中与HM038017(BDH株)亲缘关系最近,同源性高达99.8%;与EU148504亲缘关系较远,同源性为94.5%。进化分析结果表明,本研究2011年分离的BJ20111113株属于基因型PCV2b。     

牛病毒性腹泻病毒基因2型代表株全基因组序列分析

为了解我国牛病毒性腹泻(BVD)的分子流行病学情况,本研究对分离的3株牛病毒性腹泻病毒基因2型(BVDV-2)代表株全基因组进行序列分析,应用RT-PCR法分段扩增3株BVDV-2(XJ-04、SD-09和QH-09)的全基因组序列,共分为18个片段:A～Q以及5'-UTR和3'-UTR的部分序列。除5'-UTR和3'-UTR部分序列外,A～Q基因片段末端相互重叠。经序列拼接获得3株全基因组序列,全长均为12 284 bp。将测序结果与GenBank登录的瘟病毒科代表毒株序列、自我裂解酶(Npro)、结构蛋白(C、Erns、E1、E2)以及标准株BVDV-1 NADL和BVDV-2 890进行核苷酸以及氨基酸序列同源性分析。结果表明:XJ-04、SD-09和QH-09的全基因组序列同源性高于99.6%,3株BVDV-2分离株与890和NewYork93株亲缘关系最近,属于BVDV-2a亚型。在致细胞病变型的XJ-04、SD-09、QH-09株的NS2/3基因上无外源基因的插入。本研究分离的BVDV-2株为国内首次鉴定国内分离株全基因组序列,为我国BVD的分子流行病调查提供依据。     

一株Ⅰ型鸭肝炎病毒全基因组序列分析

为了研究Ⅰ型鸭肝炎病毒( DHV -Ⅰ)遗传变异情况,试验采用全基因组序列测定的方法对广东省佛山地区分离到的1株Ⅰ型鸭肝炎病毒进行分析研究.结果表明:不含poly(A)尾的DHV -Ⅰ基因组全长7 690 bp,只含有1个开放阅读框(ORF),编码2 249个氨基酸;将此病毒株与GenBank公布的其他DHV全基因序列...     

一株Ⅰ型鸭肝炎病毒全基因组序列分析

为了研究Ⅰ型鸭肝炎病毒(DHV-Ⅰ)遗传变异情况,试验采用全基因组序列测定的方法对广东省佛山地区分离到的1株Ⅰ型鸭肝炎病毒进行分析研究。结果表明:不含poly(A)尾的DHV-Ⅰ基因组全长7 690 bp,只含有1个开放阅读框(ORF),编码2 249个氨基酸;将此病毒株与GenBank公布的其他DHV全基因序列进行序列分析,VP1蛋白变异最大,180～220位为高变区,与DHV-Ⅰ参考毒株核苷酸序列同源性在94.0%～97.4%之间,氨基酸序列同源性在97.5%～99.2%之间;对此病毒株进行遗传进化分析,与DHV-Ⅰ参考毒株处于同一分支,与韩国和中国台湾省新型鸭肝炎病毒处于不同分支。     

犬细小病毒北京分离株的鉴定及其全基因组序列分析

首先对疑似犬细小病毒(CPV)感染的病犬粪便进行特异性PCR扩增,经目的片段测序分析,初步证明为CPV感染。将该病犬粪便处理物接种F81细胞,自第3代起,细胞出现典型CPE。对该株病毒进行电镜观察、理化特性试验、HA-HI及基因型等方面鉴定,证明该分离株为CPV,命名为CPV/BJ-L1株。该分离株的血凝效价为1∶512,其血凝性能被特异性抗体抑制;Reed-Muench法测定分离株病毒TCID_(50)为10-5.15/0.1 mL;电镜观察可见25nm左右的病毒颗粒;动物回归试验显示,攻毒犬能复制出CPV的典型临床症状和病理变化;对分离株的全基因组(包含两端完整的发夹结构序列)进行克隆、测序与分析。结果表明,BJ-L1为CPV-2a亚型,与GenBank中的21株CPV全基因序列核苷酸同源性为98.8%~99.8%,且与国内近期分离毒株高度同源。对2006-2014年北京市CPV分离株VP2基因进行序列分析,结果显示,CPV流行株的变异具有某种时间相关性。