淅川乌骨鸡出壳前后胸肌的全转录组表达谱分析

[目的]分析淅川乌骨鸡出壳前后胸肌生长过程中全转录组表达谱的变化。[方法]采集入孵14 d的淅川乌骨鸡鸡胚胸肌样本（记为X-14 d）和刚出壳1 d的雏鸡胸肌样本（记为X-1 d）,围绕编码RNA(messenger RNA,mRNA)、非编码RNA (lncRNA、circRNA和miRNA)进行真核生物全转录组测序分析。[结果]淅川乌骨鸡胸肌生长过程中大量基因转录组水平发生显著变化,出孵1 d的雏鸡与入孵14 d的鸡胚相比（X-14 d vs X-1 d）,共发现3 858个差异表达mRNA,包括1 054个上调基因和2 804个下调基因;371个差异表达lncRNA,包括222个上调基因和149个下调基因;316个差异表达circRNA,包括148个上调基因和168个下调基因;377个差异表达miRNA,包括159个上调基因和218个下调基因;GO富集分析表明,差异表达mRNA参与多个生物学过程,如生物过程调控、刺激反应、定位、正负调节生物过程、生长过程、免疫系统过程等。对差异表达mRNA进行的KEGG通路富集分析表明,黏附连接、肌动蛋白细胞骨架的调节、氨基酸的生物合成、氧化磷酸...     

凤头白鸭与连城白鸭的群体遗传多样性分析

为系统地评价、保护凤头白鸭资源的遗传多样性,进一步对其开发利用,本研究利用12个微卫星位点(STR分型技术)对凤头白鸭与连城白鸭(各60只)2个群体的遗传多样性参数进行检测和计算。结果表明:除位点AJ272578以外,凤头白鸭群体在APL2、AJ272577、AJ272579、AJ515884、APH01、AY493256、AY4932898、CMO11等8个STR位点上的等位基因多于连城白鸭,在AJ515887、AJ515893、AY493313等3个位点上与连城白鸭相等;凤头白鸭群体的有效等位基因数(Ne)、期望杂合度(He)、观察杂合度(Ho)、多态信息含量(PIC)均大于连城白鸭;2个群体的群体内近交系数(Fis)分别为-0.02、0.09,凤头白鸭群体表现为杂合子过剩。综上,凤头白鸭群体的遗传多样性较连城白鸭更为丰富。     

通过比较转录组分析鉴定山麻鸭开产调控基因

蛋鸭开产与卵巢发育有紧密联系,本实验旨在探索山麻鸭开产前后卵巢形态变化及基因表达的差异,鉴别参与启动开产的关键基因,为后期蛋鸭开产相关的分子遗传机制研究奠定基础。在山麻鸭开产前后的S1期（81日龄）和S2期（137日龄）分别选取3个个体的卵巢基质进行转录组测序,对转录组数据开展差异表达分析、功能富集分析及关键基因筛选,同时对关键基因进行荧光定量PCR(qRT-PCR)验证。在差异倍数log2转换的绝对值（|log2(FoldChange)|）大于1.5、矫正P值<0.05的筛选条件下鉴别出382个差异表达基因。基于382个差异表达基因的GO功能注释发现与卵泡生长和卵巢功能调节相关的通路：细胞外基质的组织、细胞外基质结构成分和含有胶原蛋白的细胞外基质相关途径;KEGG富集分析发现上述基因显著富集于ECM受体相互作用和PI3K-Akt信号通路。在涉及上述重要富集通路的基因中有9个基因交集：CD44、COL1A1、COL6A1、CREB3L1、ITGB2、THBS2、VWF、VEGFC、WNT5B,通过qRT-PCR验证了这9个基因在转录组数据差异表达方面的可靠性。在这9个基因中,CO...     

连城白鸭与野鸭及其杂交鸭的体重体尺研究

对120日龄的连城白鸭、绿头野鸭及其杂交F1代鸭的体重及体尺进行测定并作分析,得到结果为杂交鸭体重显著高于野鸭和连城白鸭（P〈0.05）,胸宽、胸围、体斜长、半潜水长、胫长、龙骨长均处于绿头野鸭和连城白鸭之间,而F1代鸭胸深与野鸭差异不显著,但显著高于连城白鸭（P〈0.01）,杂交F1代鸭的体重、胸宽、胸深和龙骨长的变异系数比其父母代鸭小。     

连城白鸭肉用新品系胸肌的氨基酸分析

<正>连城白鸭肉用新品系是由福建省农业科学院畜牧兽医研究所与和昌(福建)食品有限公司通过引入由丹麦引进并多年选育改良的丽佳鸭,与连城白鸭杂交,经过多个世代培育出的新品系,具有生产性能高、群体整齐度好等优点,且具有连城白鸭特有白     

连城白鸭（乌嘴鸭）与樱桃谷鸭杂交后代生长发育观察与分析

通过对连城白鸭(乌嘴鸭)与樱桃谷鸭正反交后代进行生长发育观察,结果表明:以樱桃谷为母本组合的种蛋的纵径、横径、蛋形指数、蛋重,及苗鸭的初生重及各阶段生长体重均极显著高于以连城白鸭(乌嘴鸭)为母本的各项指标;以樱桃谷为父本组合的种蛋各项指标与连城白鸭(乌嘴鸭)为父本组合的种蛋各项指标基本一致,但前者的后代生长体重随着日龄的增加与后者后代的生长体重拉开距离;樱乌正交组与乌樱反交组仔鸭的早期体重生长速度基本一致;但从本次试验的杂交组合与亲本组合的生长体重比较,发现杂交组合不存在杂种优势,但樱乌正交组的生长体重极显著高于连城白鸭(乌嘴鸭)纯繁组,说明仍可利用樱桃谷鸭作父本来改良连城白鸭(乌嘴鸭)的生长速度。本次试验中所进行的各指标间相关性分析表明,苗鸭各阶段的生长体重均与前期的体重大小及与种蛋大小、蛋的纵径和横径的长短等有极显著的相关性,说明选择蛋重大的,或选择纵径、横径、蛋形指数大的种蛋能提高苗鸭的初生重及仔鸭各生长阶段的生长速度。     

连城白鸭与樱桃谷鸭杂交后代屠宰性能测定和肉质分析

通过对连城白鸭(乌嘴鸭)与樱桃谷鸭正反交及纯繁后代仔鸭进行屠宰测定,并对4种组合的仔鸭进行肉质分析。结果表明,各屠宰指标的绝对值完全受宰前活重的影响;杂交后代的屠体指标与纯繁后代的屠体指标间没有明显差异;用樱桃谷公鸭来配乌嘴鸭母鸭,能显著提高后代的屠宰指标;反交后代的屠宰指标明显低于樱樱后代的屠宰指标,因而反交在生产中不可取;在生产中以樱桃谷鸭作父本较合适;杂交能提高肉的品质。因而在生产上推广樱乌杂交组合不仅使杂交后代的屠宰指标值上能明显高于乌嘴鸭纯繁后代,且能提高肉的品质。     

“攸县麻鸭”入选国家基因库

湖南攸县麻鸭被“国家水禽品种资源基因库”引进并加以保护。据了解。这个刚刚在福建石狮市建成并投入使用的基因库，已引进的保护品种还有金定鸭、连城白鸭、山麻鸭、江西红毛鸭等。     

低温胁迫下不同青海野生草地早熟禾的转录组比较分析

为探究青海野生草地早熟禾（Poa pratensis）低温胁迫下的分子应答机制,本试验以青海省野生草地早熟禾耐寒材料‘10-122’和低温敏感材料‘09-126’为研究对象,采用高通量Illumina Hiseq测序技术分析了在低温胁迫与常温对照间的转录组差异。结果表明：‘10-122’共有31 943个差异表达基因,其中,17 088个差异表达基因上调表达,14 855个差异表达基因下调表达;‘09-126’共有25 905个差异表达基因,其中,13 513个差异表达基因上调表达,12 392个差异表达基因下调表达;对2种材料进行差异表达基因富集分析,得出差异表达基因低温胁迫下在光合作用、氧化还原反应过程、碳水化合物代谢、细胞膜系统、转运蛋白以及次生物代谢中富集显著;此外,一些钙信号调节、激素代谢和信号传导、抗氧化系统、碳水化合物代谢等通路的基因仅在耐寒型种质材料‘10-122’上调表达,可作为潜在的抗寒基因,如CML、CPK、CALM、DHAR、GST、NCED、SNRK2、BSK、CKX、BIN2、ARF和PEK等。     

连城白鸭外周血淋巴细胞染色体核型研究

本试验通过对连城白鸭外周血淋巴细胞培养、秋水仙素处理后制备染色体标本,并进行染色体核型分析。结果表明,连城白鸭体细胞数目为2n=78±,1号常染色体为亚中央着丝粒染色体;2号常染色体为中央着丝粒染色体;3～9号常染色体及W性染色体为端着丝粒染色体;Z性染色体为亚端着丝粒染色体。本文通过对外周血淋巴细胞染色体核型分析,为进一步研究连城白鸭品种选育奠定基础。     

连城白鸭GnRH基因与产蛋性能的关联分析

以连城白鸭为试验材料,GnRH基因为候选基因,采用PCR-SSCP技术分析GnRH基因5'端调控区在连城白鸭群体中的单核苷酸多态性(SNP),并探讨该基因与产蛋性状之间的相关性.结果表明:在连城白鸭中检测到AA、BB和AB 3种基因型,基因型和产蛋性能的关联分析表明,不同基因型对连城白鸭300日龄产蛋数有显著影响(P<0.05),而对开产日龄没有显著影响(P>0.05).由此推测,该基因型可作为一个筛选连城白鸭产蛋数的分子标记.     

木豆响应低温胁迫差异表达基因分析

为探讨木豆[Cajanus cajan (L.) Millsp.]响应低温胁迫的机制,本研究以1份耐低温(MD)和1份低温敏感(QZ)木豆为试验材料,经4℃低温胁迫处理后进行RNA-seq测序分析,结果表明：2份木豆RNA-seq获得了丰富的转录本信息,对转录因子和差异表达基因的基因功能进行注释。木豆响应响应低温胁迫的转录因子主要包括MYB,AP2-EREBP等;在两份材料中,GO分析发现DEGs注释在细胞组成中“膜”和生物学过程中“细胞过程”,KEGG分析均显著富集在“核糖体”通路中,而MD中还显著富集在植物激素信号转导、昼夜节律-植物等通路。通过两份材料对比,在MD材料中发现特有与耐低温相关的150个DEGs,主要为α-1,4-葡萄糖苷酶,参与碳水化合物、脂质代谢等途径。还筛选37个与耐寒相关重要差异表达基因和14条通路,并对10个DEGs进行qRT-PCR验证。本文从分子水平阐述了木豆低温胁迫下的响应机制,为未来木豆的抗寒育种奠定了理论基础。     

连城白鸭肉用新品系早期生长规律及生长曲线拟合的研究

对0～9周龄的连城白鸭肉用新品系早期生长发育情况进行了测定和分析,并运用Gompertz模型对其生长曲线进行拟合与分析。结果表明:Gompertz模型能很好地模拟连城白鸭肉用新品系生长曲线,拟合度(R2)高(公鸭:R2=0.9998,母鸭:R2=0.9997),进一步对拟合参数分析,发现连城白鸭肉用新品系公鸭极限体重为2423.6g,拐点体重为891.7g,拐点周龄为3.5周;母鸭极限体重为2099.2g,拐点体重为772.3g,拐点周龄为3.2周。     

SSH与cDNA芯片技术的联合及其在植物基因差异表达研究中的应用

抑制消减杂交技术(SSH)与cDNA芯片技术是新近发展起来的研究差异表达基因的两种非常有效的方法。近年来,将SSH和cDNA芯片技术结合使用,为分析组织细胞的已知基因表达差异提供了新的手段,也为克隆和鉴定新基因开辟了新的道路,是目前寻找差异表达基因的适用方法。鉴于此,对SSH和cDNA芯片技术的基本原理、两种方法结合使用的操作流程、克隆差异表达新基因的特点,以及在植物基因差异表达方面的应用进行了概述。     

miR-21在鸭胚胎期胸肌发育中的功能研究

旨在通过研究鸭miR-21的分子特征、时空表达模式以及对鸭骨骼肌卫星细胞的增殖与分化的影响,为探索骨骼肌发育机制提供支撑。本研究选取180枚(98±5)g鸭蛋,相同条件孵化。从孵化第11天到第27天每天取3枚鸭蛋(分别表示为:E11、E12、E13……E26、E27),无菌状态下逐只采集鸭胚胸肌样品。E27时另取3只鸭胚逐只采集腿肌、心、肝、肾、肌胃、小肠、腹脂和皮脂。混合酶消化法和差速贴壁法分离和纯化骨骼肌卫星细胞,骨骼肌卫星细胞增殖、分化时期分别过表达和干扰miR-21表达,利用荧光定量、蛋白杂交、EdU检测及流式细胞术等检测miR-21对鸭骨骼肌卫星细胞增殖和分化的影响。qRT-PCR结果显示,miR-21的表达随着孵化时间的增加而增加,E19天时到达最高,然后逐渐降低;E27时,miR-21在肝中的表达量最高。在增殖的鸭骨骼肌卫星细胞中过表达miR-21,荧光定量PCR检测CDK2和CyclinD1基因的mRNA表达量分别显著(P<0.05)和极显著增加(P<0.01),EdU检测阳性细胞数目显著增加(P<0.05),流式细胞仪检测发现G2期细胞数目极显著降低(P<0.01)、S期细胞数量显著增加(P<0.05)。在增殖的骨骼肌卫星细胞中,干扰miR-21表达,所得结果相反。在分化的鸭骨骼肌卫星细胞中过表达miR-21,qRT-PCR检测MyoG和MyHC基因的mRNA表达量均极显著增加(P<0.01);蛋白杂交(WB)检测结果显示,MyoG蛋白表达显著增加(P<0.05),MyHC蛋白表达极显著增加(P<0.01)。免疫荧光检测发现,MyHC阳性细胞数和10核以上的肌管数都极显著增加(P<0.01)。在分化的鸭骨骼肌卫星细胞中,干扰miR-21的表达,所得结果相反。结果表明,miR-21具有促进成肌细胞鸭骨骼肌卫星细胞增殖和分化的作用。     

Cloning of Mx Gene of Beijing Duck and its Expression Analysis in DEF Incubated with Duck Reovirus

The study was aimed to research the structure and function of Mx gene in Beijing duck.Full-length sequence of Beijing duck Mx gene was amplified by RT-PCR from the total RNA extracted from duck embryo fibroblast(DEF) induced by Poly(I:C).Furthermore, the expression of Mx gene in DEF infected with DRV was described.Sequence analysis indicated that the duck Mx gene contained an open reading frame(ORF) of 2166 bp encoding a protein of 721 amino acids.A phylogenetic tree based on Mx gene sequence was constructed.The results showed that Beijing duck Mx gene had the lowest distance with the gene from wild duck available in GenBank.Homology analysis showed that Beijing duck Mx gene nucleotides and deduced amino acids shared 47.8% to 99.8% and 47.9% to 99.4% homologies with those from other animals available in GenBank, respectively.Fluctuation expression of Beijing duck Mx gene was found with DEF incubated with duck reovirus.Duck Mx gene was successfully cloned and predicted with characteristic of typical structure of Mx family.Gaining Beijing duck Mx gene laid a foundation for further researching Mx protein antiviral activity, molecular mechanism and interferon monitoring of poultry.     

北京鸭Mx基因克隆及其在鸭呼肠孤病毒感染的鸭胚成纤维细胞中的表达分析

本试验旨在研究北京鸭Mx基因的结构及功能。利用干扰素诱导剂Poly(I:C)诱导鸭胚成纤维细胞(DEF),提取细胞总RNA,采用RT-PCR方法扩增北京鸭Mx基因全长编码区序列,并观察其在感染了鸭呼肠孤病毒(DRV)的DEF中的动态表达情况。北京鸭Mx基因序列分析结果显示,该基因编码区全长2166 bp,编码721个氨基酸残基。通过与GenBank中已登录的脊椎动物Mx基因进行核苷酸系统进化树分析,结果显示北京鸭Mx基因与野鸭Mx基因关系最近。北京鸭Mx序列与其他动物基因序列的比对结果显示,核苷酸同源性为47.8%~99.8%,氨基酸同源性为47.9%~99.4%。DRV孵育DEF后,Mx呈波动性表达。结果表明,本试验成功克隆了北京鸭Mx基因,预测分析证实其编码的蛋白具有脊椎动物Mx蛋白共有的结构特征,北京鸭Mx蛋白全基因的获得为下一步研究禽类Mx蛋白的抗病毒活性、作用机制及干扰素的监测奠定了基础。