水生动物冠状病毒研究进展

冠状病毒在自然界中普遍存在,可感染多种哺乳动物和鸟类,给畜牧业生产安全和公共卫生安全带来严重威胁。自北京新发地批发市场从切割进口三文鱼案板上检测到人新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸以来,三文鱼以及水生动物冠状病毒与SARS-CoV-2的关系成为公众关注的焦点。本文详细描述了白鲸、宽吻海豚、三文鱼等水生动物感染冠状病毒后的临床症状,以及病毒基因组结构特征,并对水生动物冠状病毒与SARS-CoV-2进行了遗传演化分析,结果显示目前已知的水生动物冠状病毒属于γ冠状病毒属和Alphaletovirus属,而SARS-CoV-2属于β冠状病毒属,二者基因组和主要基因(1ab、S、E、M、N)核苷酸同源性仅为43.7%～54.1%,可初步排除SARS-CoV-2来源于已知水生动物冠状病毒的可能性。本文通过系统阐述水生动物冠状病毒感染状况,旨在进一步提高公众对水生动物冠状病毒的认知,为科学防控冠状病毒提供理论依据。     

猪新发冠状病毒研究进展

当前，由新型冠状病毒（SARS-CoV-2）导致的新型冠状病毒肺炎（COVID-19）疫情正在全球暴发大流行，这也引发业界对于动物源性冠状病毒的高度关注。猪德尔塔冠状病毒（PDCoV）和猪急性腹泻综合征冠状病毒（SADS-CoV）是近年来新发现的猪冠状病毒，不但严重危害到养猪业，对公共卫生安全也具有潜在威胁风险。本文结合国内外现有文献，从PDCoV和SADS-CoV的病原学、病毒起源与进化、致病性以及检测诊断技术等方面进行综述，并提出展望，以拓展对SARS-CoV-2的认识，并为PDCoV和SADS-CoV的后续研究提供参考借鉴。     

严重急性呼吸综合征冠状病毒2型4种结构蛋白特性分析

为深入了解严重急性呼吸综合征冠状病毒2型（SARS-CoV-2）S、M、E、N蛋白的分子生物学特征和基本结构特征,选取S、M、E、N蛋白序列进行生物信息学分析和预测,使用DNAstar、SignalP、TMHHM、PSORT Prediction、BUSCA和ABCpred软件,分析并相互验证4种蛋白的结构域特征和S蛋白的潜在B细胞抗原表位,结果预测出了4种结构蛋白的功能结构域,并分析预测出S蛋白潜在的B细胞抗原表位为25~29、75~81、112~116、148~152、773~779 aa。研究结果可为SARS-CoV-2相关的分子生物学和结构生物学研究提供参考,并为疫苗开发等提供理论依据。     

山东省部分地区水貂养殖场户貂源冠状病毒和新型冠状病毒认知调查及病原检测

国外水貂感染新型冠状病毒(SARS-CoV-2)遭扑杀事件引起了国内水貂养殖业关注。为了解SARS?CoV-2对山东省水貂养殖场户的影响,通过问卷调查方法了解水貂养殖场户对貂源冠状病毒和SARS-CoV-2的认知情况,同时采集样本应用双重荧光定量PCR方法进行核酸检测,确定水貂中两种病毒的感染状况。结果显示:47.83%的养殖场户对国外水貂感染SARS-CoV-2被扑杀事件有所了解,36.23%的养殖场户认为该事件会对水貂养殖业带来影响,其中10.14%的养殖场户对水貂进行过SARS-CoV-2核酸检测;84.06%的养殖场户认为貂源冠状病毒不会感染人,57.49%认为国外水貂感染SARS-CoV-2的主要途径是通过养殖场其他动物(如犬猫等)感染,仅0.97%认为貂源冠状病毒与SARS-CoV-2存在一定关系,更多的(52.17%)是不清楚;310份样品的双重荧光定量PCR检测结果均为阴性。结果表明,山东省水貂养殖场户普遍意识到貂源冠状病毒与SARS?CoV-2相关性很小,其对水貂养殖业影响不大。但部分养殖场户对这两种病毒及其对水貂养殖业的潜在威胁尚缺乏足够认知,因此需要加强对养殖场户的认知宣传和病毒监测。     

新型冠状病毒及其与猪冠状病毒的相关性和启示

2019年底新型冠状病毒(SARS-Co V-2)造成了对人类健康构成了巨大威胁的疫情,但其与猪冠状病毒基因组序列相似性低,在决定病毒宿主嗜性和毒力的纤突(spike,S)蛋白结构上具有较大差异,据此推测不能构成跨种传播。对蝙蝠携带冠状病毒多样性和分布区域的研究可有助于分析其对人类和养殖业的威胁,在公共卫生中具有积极意义。针对突发疫病,快速响应获得原始材料数据有助于疫病诊断、治疗和预防研究的开展。多种人冠状病毒S蛋白被证明是最适合开发的疫苗及治疗性抗体靶标,可在动物疫苗等产品的设计中借鉴。     

新型冠状病毒研究进展

自2019年12月新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease 2019,COVID-19)暴发以来,世界各国相继出现了大量新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)感染病例。SARS-CoV-2对全球公共卫生安全造成了巨大威胁。疫情发生以来,相关科研人员从SARS-CoV-2的病原学特点、流行病学特征、病原学检测、治疗与愈后症状等方面进行了研究。本文对上述几个方面的研究成果进行了汇总。研究发现:SARS-CoV-2以其遗传多样性和重组频繁的特点不断产生变异体,以更大的传播力感染人群;目前已知的2种传染途径为跨物种传播和人际传播,其中飞沫传播和接触传播是人际传播的主要传播途径;感染人群遍布各个年龄段,其中患有慢性疾病的老年人更容易发展成危重病人;临床检测时联合核酸和抗原抗体检测,将有助于提高SARS-CoV-2感染的检出率并排除其他冠状病毒感染的可能性;目前尚未有治疗COVID-19的特效药物,临床上广泛使用广谱抗病毒药物或中药来治疗各种症状;全球各国正在加紧研发SARS-CoV-2疫苗,部分疫苗已进入临床试验阶段。本文有助于全面了解SARS-CoV-2的研究状况,也为其后续研究及防治提供了参考。     

新型冠状病毒及其受体ACE2在犬猫上的研究

新型冠状病毒疫情已被世界卫生组织宣布为国际关注的突发公共卫生事件,国际病毒分类委员会将新型冠状病毒命名为"严重急性呼吸综合征冠状病毒2(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)".SARS-CoV-2是否感染犬猫等宠物是抗击新冠疫情中的重要公...     

出口动物及动物产品传带新型冠状病毒风险评估

在全球多地发生新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情的背景下,已有部分国家(地区)对我国货物贸易进行管制。为维护我国正常出口贸易秩序,参考世界卫生组织、世界动物卫生组织等国际组织的疫病风险分析流程,对我国出口动物及动物产品传带新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的风险进行定性分析。分析认为:目前我国出口活动物感染或携带SARS-CoV-2的风险极低;按照正常程序生产和加工的出口动物源性产品携带、污染并传播SARS-CoV-2的风险极低;我国相关部门已采取了的严格的防控措施,最大程度降低了出口动物及动物源性产品的SARS-CoV-2污染风险。综上,我国出口动物及动物产品携带或传播SARS-CoV-2的风险极低。建议各国通过共同协作,加强COVID-19防控,以降低COVID-19对相互间出口贸易的影响。     

宿主细胞弗林蛋白酶对SARS-CoV-2刺突蛋白切割作用的研究

严重急性呼吸综合征冠状病毒2 (SARS-CoV-2) S蛋白与宿主表面受体ACE2结合后，S蛋白中的Furin裂解位点RRAR被宿主细胞内的弗林蛋白酶(Furin)识别，并将S蛋白切割为S1/S2亚基。为研究Furin对SARS-CoV-2S蛋白的切割活性、对病毒的感染性及其形成细胞-细胞膜融合(合胞体)的影响，本研究采用套式PCR分别扩增S蛋白Furin裂解位点突变(将裂解位点由RRAR分别突变为RRRR、SRAS和AAAA)的编码基因片段，并分别克隆至pCAGGS载体中，构建重组质粒pRRRR-Flag、 pSRAS-Flag、 pAAAA-Flag，均经酶切和测序鉴定正确后构建pEGFP-RRRR、pEGFP-SRAS、pEGFP-AAAA质粒并经测序鉴定。采用慢病毒包装系统包装慢病毒后感染Huh7细胞，48 h后采用杀稻瘟菌素筛选共表达ACE2和TMPRSS2的Huh7细胞系Huh7-A+T；利用CRISPR-Cas9方法构建Furin敲除(Furin-KO)细胞系，并均经western blot鉴定。结果显示，上述两种细胞均正确构建。将与Flag融合表达的RRAR、 RRR...     

猪源冠状病毒监测简报

目前,已知感染猪群的冠状病毒有6种,分别是猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪呼吸道冠状病毒(PRCV)、猪急性腹泻综合征冠状病毒(SADS-CoV)、猪血凝性脑脊髓炎病毒(PHEV)和猪δ冠状病毒(PDCoV)。在冠状病毒科α、β、γ、δ等4个属中,PEDV、TGEV、PRCV、SADS-CoV均为α冠状病毒,PHEV为β冠状病毒,PDCoV为δ冠状病毒。PRCV在临床上引发仔猪呼吸道症状,PHEV感染会造成仔猪呕吐和神经症状,其他4种病毒均可引起猪群腹泻。中国动物卫生与流行病学中心对2011年以来收集自全国16个省份的2 915份临床腹泻猪群样品(肠道、粪便等)进行了PEDV、TGEV检测,检出PEDV阳性1 223份、TGEV阳性109份,PEDV、TGEV检出率分别为41.96%、3.74%;对2014年以来收集自14个省份的12 430份临床健康猪组织样品(淋巴结、扁桃体等)进行了PEDV检测,检出阳性325份,检出率为2.61%。针对引发新型冠状病毒肺炎的病原2019新型冠状病毒(2019-nCoV),对2018—2019年收集自15个省份的2 658份生猪组织样品开展了追溯性检测,结果均为阴性。对2019-nCoV与猪源冠状病毒的亲缘关系进行了分析。基于全基因组的遗传进化分析表明:2019-nCoV与同为β冠状病毒属的PHEV核苷酸同源性仅为54%,与α、δ属猪源冠状病毒亲缘关系更远。基于以上数据与分析,可初步排除2019-nCoV来源于已知猪源冠状病毒的可能性。     

中国流行的PEDV:共感染和遗传多样性

猪流行性腹泻(PED)是由猪流行性腹泻病毒(PEDV)引起的一种肠道传染病,对哺乳仔猪致死率可达100%,是导致我国哺乳仔猪高死亡率的“头号杀手”。PEDV属于冠状病毒科、冠状病毒属,是一种具有囊膜的单股正链RNA病毒,其基因组由4个结构蛋白和17个非结构蛋白组成。其中,S蛋白在病毒侵入宿主细胞和诱导机体产生中和抗体过程中发挥重要作用,因此S蛋白的突变与病毒的致病性高度相关。PEDV的变异以及PEDV与其它病原的共感染是难以防控PED的重要因素。     

应用套式PCR检测和区分猪传染性胃肠炎病毒和猪呼吸道冠状病毒的试验

根据猪传染性胃肠炎病毒和猪呼吸道冠状病毒的S基因核苷酸序列，设计合成了2对引物，以猪传染性胃肠炎病毒和猪呼吸道冠状病毒细胞培养物为模板，进行PCR特异性片段扩增，猪传染性胃肠炎病毒扩增片段大小为886bp，猪呼吸道冠状病毒扩增片段大小为214bp。建立的套式PCR经过特异性、敏感性试验及对临床送检样品检测，证明本法具有快速、特异和高度敏感的特点。     

猪δ冠状病毒胶体金试纸条检测方法的建立

为建立一种方便、快捷、实用的检测猪δ 冠状病毒(PDCoV)方法,本研究利用原核表达猪δ 冠状病毒N 蛋白,以纯化的N 蛋白免疫BALB/C小鼠,利用杂交瘤细胞技术研制2株分泌PDCoV N 蛋白单克隆抗体的杂交瘤细胞株,分别命名为E8、A10。2株杂交瘤细胞分泌单克隆抗体敏感性及特异性良好,E8亚类为IgG2a,A10亚类为IgG1。以E8作为金标抗体,A10作为检测抗体,兔抗鼠作为质控线抗体,制备猪δ 冠状病毒胶体金检测试纸条,检测猪δ 冠状病毒敏感性为100TCID50,检测猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪瘟病毒、猪圆环病毒、猪δ 冠状病毒阴性对照均为阴性。本研究建立的胶体金试纸条检测方法敏感性及特异性良好。该检测方法的建立,为猪δ 冠状病毒(PDCoV)流行病学调查提供一种方法,同时为规模化养殖集团及基层兽医组织提供一种检测猪δ 冠状病毒产品。     

人新型冠状病毒与禽冠状病毒遗传进化关系简析

2019年底暴发的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情对全球人类健康构成了严重威胁。为研究其病原(SARS-Co V-2)与禽冠状病毒之间的关系,将两者进行了基因序列比对、遗传进化分析、蛋白结构比较及交叉血清学检测。结果显示:SARS-Co V-2与禽冠状病毒的基因组序列相似性仅为44.7%～50.7%,遗传进化距离较远;两者S蛋白空间结构相似度低;SARS-Co V-2 S蛋白与禽冠状病毒阳性血清无交叉反应。表明这两种病毒在基因和蛋白水平均存在较大差异。研究提示:这两种冠状病毒可能很难突破人类与禽类的种间屏障实现跨种传播,SARS-CoV-2通过感染家禽并进一步威胁公共卫生安全的风险甚小。     

鸽源冠状病毒PSH株纤突蛋白基因的遗传变异分析

对鸽源冠状病毒PSH株纤突蛋白基因进行了RT—PCR扩增、克隆和测序。结果表明，PSH株S基因由3504个核苷酸组成，编码1条由1167个氨基酸残基组成的多肽。S基因编码产物裂解后形成的S1和S2亚单位分别由541和626个氨基酸残基组成。PSH株S蛋白切割识别位点为精氨酸-精氨酸-苯丙氨酸-精氨酸-精氨酸（RRFRR），与多数鸡传染性支气管炎病毒（IBV）切割识别位点相似（RRF／SRR）。与GenBank中其他冠状病毒毒株S基因的推导氨基酸序列相比较，PSH株与IBV参考毒株的同源性为79．3％～99．6％，而与其他冠状病毒包括火鸡蓝冠病病毒和SARS病毒的同源性均小于37．8％。表明，鸽源冠状病毒PSH株属于第3抗原群冠状病毒，且与IBV亲缘关系较近。     

全球动物新型冠状病毒感染流行病学研究概述

依据世界动物卫生组织（WOAH）和联合国粮农组织（FAO）相关信息,系统梳理了全球食用动物、毛皮动物、伴侣动物、野生动物的新型冠状病毒（SARS-CoV-2）感染情况及其流行病学研究概况。全球动物感染SARS-CoV-2时有发生,且发生率呈上升趋势;食用动物对SARS-CoV-2具有抵抗力,而毛皮动物、伴侣动物以及多种野生动物对SARS-CoV-2易感。WOAH和FAO分析认为：当前人间SARS-CoV-2国际大流行的主要驱动力是人与人之间的传播,而动物对其传播不起重要作用;SARS-CoV-2在动物种群中传播可能会促进新病毒变种的出现,使新冠疫情防控形势复杂化。WOAH不建议对动物及其产品（生貂皮除外）设置SARSCoV-2相关贸易限制措施,但同意成员基于风险分析实施相关卫生措施;FAO呼吁采取措施,降低SARSCoV-2在人与野生动物之间的传播风险,进而降低病毒变异风险;现已有国家禁止水貂养殖,限制易感动物进口。     

猪δ冠状病毒RBD蛋白多肽抗体的制备与鉴定

【目的】设计合成猪δ冠状病毒(Porcine deltacoronavirus, PDCoV)受体结合结构域(receptor binding domain, RBD)的抗原表位,制备并鉴定多克隆抗体。【方法】为了特异性检测PDCoV RBD抗原,应用生物信息学技术预测其潜在抗原表位,将表位氨基酸序列与δ冠状病毒属中的其他15株病毒株以及14株其他猪冠状病毒株进行相似性比对,将筛选的优势抗原表位与载体蛋白血蓝蛋白(keyhole limpet hemocyanin, KLH)偶联,合成多肽并免疫小鼠,制备PDCoV RBD特异性抗体。通过Western blotting试验对不同系统表达的PDCoV RBD以及PDCoV、TGEV和PEDV感染ST细胞表达的S蛋白进行鉴定,通过间接ELISA方法测定抗体效价。【结果】经序列比对,利用生物信息学技术预测合成的表位抗原与δ冠状病毒属中的其他15株病毒株(0～14.28%)以及14株其他猪冠状病毒株(0～7.14%)序列相似性非常低,具有良好的保守性;Western blotting结果显示,制备的多肽抗体1∶500、1∶1 000、1∶2 ...     

犬冠状病毒研究进展

2020年2月,我国香港报道了新冠肺炎（COVID-19）患者家养的宠物犬感染了新型冠状病毒（SARS-CoV-2）,这引起了人们对犬冠状病毒的关注。为有助于人们全面了解犬冠状病毒,做好犬冠状病毒病防治,本文从病原学与流行病学、临床症状以及诊断和防治措施等方面进行了综述。犬冠状病毒在犬群中广泛存在,主要包括α冠状病毒属的犬肠炎冠状病毒和β冠状病毒属的犬呼吸道冠状病毒。犬冠状病毒致病性不强,引起的临床症状通常较轻,但对幼犬或与犬细小病毒、犬瘟热病毒等发生混合感染时,会引起较严重症状,且易发生突变,产生新的变异毒株,具有致病性增强的风险。目前,犬冠状病毒检测方法主要包括病原学检测、血清学检测以及RT-PCR、qRT-PCR、纳米PCR等分子生物学检测。犬冠状病毒感染的防治主要通过疫苗免疫以及科学饲养管理、卫生消毒和对症治疗等综合措施。虽然犬可感染SARS-CoV-2,但尚不清楚感染犬是否可将病毒再传染给其他动物或人类。因此,应加强犬冠状病毒的病原生态学研究和监测预警。     

猪德尔塔冠状病毒病原学特征与致病机制研究进展

猪德尔塔冠状病毒（PDCoV）作为最近几年新暴发的冠状病毒之一,虽然检出率和致死率低于猪流行性腹泻病毒（PEDV）,但感染PDCoV的猪场越来越多,对养殖业造成了严重的经济损失。PDCoV的结构蛋白可能起到免疫调节功能,但目前针对PDCoV病毒蛋白如何调控宿主功能,利用宿主机制逃避免疫反应利于自身存活和增殖的研究较少,对PDCoV各结构蛋白在病毒复制和转录中的具体功能尚无深入研究。文章对PDCoV及其致病机制的研究进展进行综述,以期为基于免疫调节病毒蛋白开发疫苗、通过病毒蛋白直接防控疾病提供参考。     

猪丁型冠状病毒S1-CTD相互作用宿主蛋白的筛选和鉴定

猪丁型冠状病毒纤突蛋白S1亚基C端结合域(S1-CTD)是诱导中和抗体产生的主要区域,为研究与其相互作用的宿主蛋白,采用HEK-293T真核表达系统表达并纯化了S1-CTD,提取了猪回肠上皮细胞膜蛋白,通过免疫共沉淀筛选了可能与S1-CTD相互作用的蛋白并进行质谱分析,发现32个疑似相互作用的宿主蛋白。构建其中可能与S1-CTD互作的蛋白KIF1 binding protein (KIFBP)的真核表达质粒,通过免疫共沉淀和激光共聚焦验证上述宿主蛋白与S1-CTD是否存在相互作用,结果表明KIFBP和S1-CTD之间存在相互作用,共同转染时在细胞质共定位。进一步研究表明,过表达KIFBP能够有效降低病毒RNA水平和病毒滴度,其中mRNA水平降低了约70%,病毒滴度降低了10^1.6TCID₅₀。综上,本研究筛选并鉴定出一种与PDCoV S1-CTD相互作用的宿主蛋白KIFBP,为了解PDCoV的致病机制提供了理论基础。