动物寄生性线虫线粒体基因组研究进展

动物寄生性线虫是动物寄生虫中种类最多、数量最大的群体之一,可对人和家养及野生动物健康构成严重威胁。线粒体基因组是动物寄生性线虫唯一的核外遗传物质,是进行线虫虫种鉴定、遗传进化、系统发生以及防控研究重要的信息载体。随着高通量测序与生物信息学技术的不断发展,近年来,越来越多的动物寄生性线虫线粒体基因被破译,截止2022年2月28日,NCBI的GenBank中收录的动物寄生性线虫线粒体基因组已累计达283条,涉及213个物种,隶属尾感器和无尾感器2个亚纲。尽管如此,目前有关动物寄生性线虫线粒体基因组信息及其应用仍缺乏系统、全面的归纳、分析和总结。为此,作者总结了现有动物寄生性线虫线粒体基因组的结构与组成、碱基偏好、tRNA/AT富集区变化等特征,提出了动物寄生性线虫线粒体基因新的排列划分(即39种),并在此基础上对动物寄生性线虫线粒体基因组在线虫种群遗传、系统进化、分子流行病学与诊断等方面的应用进行概述,以期为动物寄生性线虫病防控研究提供信息参考。     

犬基因组结构和多态性研究进展

家犬是最早被驯化的家养动物,通过选择进化和培育,世界上注册的已有超过400多个犬品种,每个品种都具有独特的生理、行为和形态特征。利用高密度芯片技术进行犬全基因组多态性分析,并通过基因组多态信息扫描定位功能基因成为热点,总结和综述了犬基因组结构变异和多态信息的研究进展,为开展家犬基因组学研究提供新的方法和思路。     

国内外猪基因组与分子育种研究进展

1 猪基因组计划研究进展 随着人类基因组测序的完成也推动了农业动物基因组研究工作,继2004年先后完成了鸡和牛的基因组测序后,美国农业部(IJSDA)展开了二大研究:一是在肉畜研究中心开展的大规模基因定位计划;二是国家动物基因组研究计划.     

中国地方犬基因组遗传多样性及其选择信号分析的概要

正家犬是最早被驯化的家养动物,通过选择进化和培育,世界上已有超过400多个犬品种,每个品种都具有独特的生理、行为和形态特征。近年来,越来越多的研究人员利用高密度SNP芯片和全基因组重测序技术,开展了西方犬种的起源、进化、遗传多样性以及影响表型相关的基因研究,并取得了重要进展,但还未见中国地方犬的遗传多样性、群体结构、进化关系、基因组结构变异和选择信号等研究。     

分析基因差异表达的几种方法

随着人类和很多动物的基因组测序完成,以基因组功能研究为主要目标的后基因组时代的来临,基因功能信息的获取将成为基因研究的重点.基因差异表达分析是获取基因功能信息的重要方法.     

高通量测序技术和生物信息学方法在解码农业动物基因组方面的应用

<正>仅在近些年,几种农业动物的基因组序列扫描图才被测定出来。测定单一动物的全基因组或特定区域的基因序列,对农业研究者比较不同生产性能的动物在基因层面的差异变得日益重要。这也将大大促进了与重要经济性状相关的基因组识别的研究,并最终使农业研究者受益。虽然先前研究者已经付出了诸多努力,但目前农业动物基因组仍没有被完全测序。本报告将就几种已被测序的农业动物和潜在的生物信息学分析方法进行讨论。鉴于牛属基因组序列对奶牛行业遗传增益方面的重要性,未来的技术和新的测序方法旨在完善母牛基因组,并形     

基于高通量测序技术的山羊遗传多样性及其生产性状研究进展

近年来,高通量测序技术的规模化应用及生物信息技术的普及,极大地推动了家畜基因组学的发展,实现了分子育种标记全基因组水平的快速、精准定位,为全基因组选择育种奠定了重要基础。数千年来的驯化和选择,形成了用途多样的山羊品种,如乳用、皮用、绒用及肉用等,为人类提供了丰富的生产和生活资料。国内外学者采用高通量测序技术对山羊的遗传多样性及生产性能的遗传机制进行了研究,以期找到与山羊种质特性相关的基因,从而为山羊的遗传改良提供新的标记。作者对近五年来基于高通量测序技术研究山羊的遗传多样性和产绒、产奶、繁殖等生产性状的研究进展进行了综述,以期为评估山羊优良种质特性和与生产性状相关的优异基因定位的工作提供参考。     

蜜蜂基因组：一个社会的秘密

蜜蜂最近成为了第三种加入基因组测序俱乐部的昆虫。这让科学家得以一窥蜜蜂社会令人惊叹的秘密,并有助于揭开蜜蜂的身世之谜。自从人类基因组工程进入收尾阶段,随着测序技术的进步,越来越多的生物加入了基因组测序俱乐部。从病毒到杨树再到小鼠和黑猩猩,越来越多的基因组序列为科学家提供了珍贵的信息,这也让关于基因组测序的新闻变得不那么引人注目了。如果说人类基因组计划启动之初曾经被比作生物学的登月计划,那么今天一种生物基因组测序的完成可能不过是一次普通的太空旅行。但是,上个月科学家公布的一种生物的基因组序列似乎有着不同…     

DNA测序技术发展及其对动物科学研究的影响

基因组是生物遗传信息的集合,开展生物基因组遗传信息的研究工作,将极大促进生物学的发展,探索生命的奥秘。近年来,DNA测序技术得到了突飞猛进的发展,以第二代测序技术(Next generation sequencing)为依托的DNA序列读取技术,具有高通量、低成本的特点。第二代测序技术在动物科学中的运用,对于阐释和掌握动物生长发育、遗传变异、繁殖和消化代谢等生命规律发挥了重要的作用。随着测序技术的发展,第三代测序技术(单分子测序技术)全面应用,将进一步推动动物科学的飞速发展。     

分子育种技术在中国地方猪种选育中的应用

在动物基因组测序计划的推动下,猪的育种技术已从常规育种方法过渡到以分子标记辅助选择(Marker-assistedse-lection,MAS)技术主导的现代分子选育,朝着快速改变基因型的方向发展。我国地方猪种因蕴藏丰富有益功能基因,日益成为培育优良猪种后代、提高优良性状选择效率的研究重点。1分子育种研究的内容和特点传统育种主要利用表型来推断基因型     

动物基因组学重测序的应用研究进展

随着第二代测序技术的研发和应用,基因组学的研究不断出新,为其带来了更新的科研方法和解决方案。基因组测序可以更深地了解一个物种的分子进化、基因组成和基因调控等特点,特别基因组重测序技术的发展和应用,将基因组学的研究推向了多领域、多样化、多功能的新阶段。现已从变异检测、性状定位、遗传图谱构建、群体进化分析等方面取得丰硕成果。文章阐述了动物基因组重测序学领域中全基因组测序技术和简化基因组测序技术的应用现状和发展趋势。     

绵羊Y染色体基因鉴定及其与父系起源的研究进展

绵羊是世界上主要的畜种资源之一,也是较早被驯化的家养动物。从遗传学角度看,Y染色体基因标记为家畜的起源和多样性提供了重要信息,并对常染色体、X染色体及线粒体DNA的信息进行了重要的补充。由于Y染色体含有大量的重复序列,造成它的基因组测序和组装极其困难,目前尚没有完整的绵羊Y染色体序列。根据灵长类Y染色体测序的启示,国内外相关研究在绵羊上鉴定了一些Y染色体DNA片段和分子标记,为我们更好的理解绵羊的父系起源起到了很大的作用。本文主要对绵羊Y染色体雄性特异区基因的鉴定、YSNPs等遗传标记的筛选以及它们与绵羊父系遗传多样性及父系起源等方面的研究进行概述,为进一步对绵羊起源、家系判定等方面研究提供理论依据。     

全转录组学在家养动物脂肪沉积中的应用研究进展

全转录组学是基于高通量测序技术的一种RNA功能研究方法，以其系统、精准、直观的技术优势被医药学、水产学、生物学、畜牧学等广大领域应用。本文介绍了全转录组测序技术常用的研究策略和数据分析方法，在此基础上，综述了全转录组技术在我国常见的肉用动物猪、家禽、反刍动物脂肪沉积方面取得的研究进展，进一步分析控制脂肪生成的分子机制，为探究家养动物脂肪代谢提供新见解，并对全转录组学现状提出总结与展望。     

全基因组重测序在畜禽研究领域的应用进展

全基因组重测序(whole genome resequencing, WGRS)是对已知参考基因组序列的物种进行不同个体间的全基因组水平的测序,具有检测变异类型丰富、高性价比、应用广泛等优点。随着测序成本的降低和畜禽基因组测序工作的完成,全基因组重测序技术已成为畜禽遗传变异研究的重要工具。全基因组重测序技术可获得大量基因变异信息,包括单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)、插入缺失(insertion/deletion, InDel)、结构变异(structural variation, SV)和拷贝数变异(copy number variation, CNV)等,丰富了现有的基因组序列,形成的大量数据集为探索畜禽表型性状和遗传改良提供了一个基因组信息库,以促进对畜禽遗传资源的深入研究与利用。作者概述了全基因组重测序技术及其关键影响因素(测序深度、序列比对和变异检测),重点综述了该技术在重要畜禽(牛、羊、猪、鸡)研究领域的应用进展,并对将来侧重于整合分析重测序数据、精准表型记录和多组学信息的研究趋势进行了展望。     

分子病理学新技术在国内兽医研究中的应用进展

分子病理学是将病理学、细胞生物学和细胞生物化学结合起来,在分子水平上研究疾病发生机理的一门病理学分支。20世纪80年代以来,聚合酶链反应、比较基因组杂交、荧光原位杂交、高通量DNA测序和各种生物芯片等一大批生物学技术的相继问世,以及基因组计划的成功进行,为开发组织标本中丰富的分子生物学信息提供了重要的技术支撑,极大地推动了分子病理学的快速发展。目前,国内外常用的一些分子病理学检测技术有PCR技术、直接DNA测序、毛细管阵列杂交、荧光原位杂交、比较基因组杂交、流式细胞术、组织微阵列、原位杂交、DNA和cDNA芯片等。…     

牛基因组学新进展

牛遗传学最新研究主要是对具有经济价值的质量性状和数量性状的表型不同来研究生物学性状的变异。以DNA为基础工具来指导常规选择育种,以期望得到更大的遗传效应以及扩大利益幅度。自从二十多年前提出这个理论以来,一直还没有得到实现。然而,即将在2005年公布的高质量的基因组草图序列,标志着这些工作的转折点。以下我们将讨论的是牛遗传学研究机构怎样充分利用基因组序列资源以及怎么样将基因组序列信息很好的实行标记辅助选择,而且还能满足消费者所日益关注的动物健康和食品安全性问题。     

纳米孔测序技术对一份禽流感病毒阳性样品的分子溯源

H5亚型禽流感为人兽共患病,可严重威胁人类和动物健康。直接对样品进行禽流感病毒靶向全基因组测序、系统进化分析,对于揭示禽流感病毒分子特征具有重要作用。本研究采用第三代靶向纳米孔测序技术,对1份禽流感病毒阳性拭子样品进行了全基因组测序。序列鉴定结果显示,病毒为H5N5亚型禽流感病毒,序列覆盖度达96.44%,仅PB1基因约480 bp的序列未被测出;HA蛋白裂解位点含有5个连续的碱性氨基酸,具备高致病性禽流感病毒分子特征,未发现向SAα2-6 Gal受体基因转变的氨基酸突变;HA基因进化分析结果显示,病毒为2.3.4谱系,NA基因为欧亚谱系。本研究采用靶向纳米孔测序技术,成功对灭活禽泄殖腔拭子中的禽流感病毒进行了基因组测序,证实该技术快速、便捷,可直接用于拭子样品的病毒全基因组测序,适用于动物流感病毒的快速分子鉴定与溯源。     

肉牛生长性状和肉质性状全基因组关联分析的研究进展

全基因组关联分析(genome-wide association studies,GWAS)是研究家畜复杂经济性状和疾病遗传变异的有效方法,GWAS的核心是挖掘遗传变异与目标表型性状间的关系.随着牛全基因组测序工作完成,海量单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点被标记...     

家养动物增强子和超级增强子的研究进展

增强子是一类重要的顺式作用元件,通过调控其靶基因的时空表达在动物发育过程中起着重要作用。超级增强子由增强子集群组成,具有比普通增强子更为重要的生物学功能,研究增强子和超级增强子有助于揭示基因组内部复杂的工作原理。本文围绕家养动物增强子和超级增强子全基因组水平上的筛选、潜在功能、活性分析以及变异研究进行综述,以期为进一步开展动物功能基因组学的研究提供参考。     

草原红牛OLR1基因多态性及其不同基因型对肉用性状影响的研究

为了研究氧化型低密度脂蛋白受体1(oxidized low density lipoprotein receptor,OLR1)基因的多态性及其不同基因型对肉用性状的影响,试验以58头草原红牛为研究对象,采用PCR扩增和San-ger测序方法检测草原红牛OLR1基因第4外显子的遗传多态性,利用"牛等家养动物群体遗传分析...