猪圆环病毒2型PCR检测方法的建立及应用

根据Genbank中PCV2全基因组序列设计了扩增片段大小为262bp的引物P1/P2,建立了检测猪圆环病毒2型PCR方法。引物对P1/P2从PCV2阳性病毒感染基因组中扩增出特异性条带的最低DNA含量为10-9ng/mL(约100个PCV2病毒)。用该方法对陕西和甘肃的103份临床发病猪的肺脏和淋巴结样品进行检测,结果有68份样品检测出阳性,阳性率为66%。     

2015-2018年豫南地区猪圆环病毒2型分子流行病学调查

为了解豫南地区猪圆环病毒2型(PCV2)的流行情况及毒株的分子变异特征,采用PCR技术,对2015年—2018年豫南地区157份疑似PCV2感染的组织样品进行PCR检测,并对部分PCV2阳性样品进行了全基因组克隆测序和序列分析.结果显示,43份为PCV2阳性,阳性率为27.39％,对部分阳性样品进行克隆测序获得了13株...     

病死猪圆环病毒2型检测及全基因序列分析

为准确检测猪圆环病毒2型（PCV2）并分析其基因序列情况，在序列比对分析的基础上，设计一对简并引物和一条探针，经体系优化建立了PCV2的荧光PCR方法。该方法可检出10拷贝的PCV2质粒DNA，不与猪瘟病毒等多种病毒发生交叉反应。对送检的2批次45份病死猪脏器进行检测，检出25份阳性样品，与套式PCR方法的复合率为95.6%；对3份强阳性样品使用一对全基因组扩增引物，扩增了PCV2型全基因片段；经克隆测序后分析，发现3个病毒基因分别属于2种基因亚型（PCV2b和PCV2d）。本研究对于PCV2的准确检测及其变异特征的了解具有参考意义。     

4株猪圆环病毒2型凉山州分离株全基因组进化分析

为了解猪圆环病毒2型(PCV2)凉山州分离株的基因型,本研究采用PCR方法对采自凉山州3个发病猪场的4个PCV2阳性样品进行全基因组序列的扩增、克隆、测序分析,并绘制遗传进化树.结果显示:4个PCV2凉山州分离株全基因组序列长度均为1767 bp,核苷酸同源性为99.4％～99.8％,与国内外101株PCV2参考毒株核...     

猪圆环病毒2型套式PCR检测方法的建立及应用

根据GenBank登录的猪圆环病毒2型(PCV2)的全基因组序列，设计了2对引物．建立了检测PCV2的套式PCR方法。对该方法用序列分析、酶切等方法进行了鉴定。同时用该套式PCR方法对华南地区287个猪场的1560份样品进行了检测，结果，983份为PCV2阳性，阳性率为63％。     

广西某市屠宰猪淋巴结猪圆环病毒3型的病原检测及遗传演化分析

为了解猪圆环病毒3型(PCV3)在广西地区健康猪群中的遗传变异情况,对广西某市屠宰场健康猪的181份淋巴结进行PCV3的病原检测,结果 PCV3阳性率为24.31%。这说明在健康屠宰猪群中PCV3的感染率较高,带毒情况较为严重。对其中的阳性样品进行全序列扩增,最终得到6条PCV3全基因组序列。将试验所得PCV3全基因组序列与GenBank上已发表的国内外毒株全基因组序列相比较,结果发现PCV3全基因组相似性为98.6%~99.9%,变异程度低,较为保守;对PCV3ORF2基因进行遗传演化分析,发现PCV3毒株可分为两大型。通过对PCVs(PCV1、PCV2和PCV3)Cap蛋白相似性进行比对分析,推测PCV2与PCV3不具有交叉保护性。     

2019年-2020年北京市部分地区猪圆环病毒2型分子流行病学调查分析

为了解北京市种猪群中猪圆环病毒2型(PCV2)的分子流行病学及遗传变异情况,采用荧光PCR方法对2019年-2020年采集自北京市4个区的种猪场7030份抗凝血进行了PCV2病原学检测,并对9份PCV2阳性样本进行了全基因组扩增、克隆与序列测定,应用DNAStar分析软件对所测定的9个毒株与国内外参考毒株的全基因组和O...     

河北部分地区猪圆环病毒2型分离鉴定及遗传变异分析

为了解河北省猪圆环病毒2型(porcine circovirus type 2,PCV2)基因型感染及遗传变异情况,对采自河北省6个不同地区的32份疑似PCV2感染的组织通过PCR进行初步鉴定,并将鉴定为阳性的组织通过接种PK-15细胞分离病毒,通过PCR、间接免疫荧光、透射电镜对分离的病毒进行鉴定,利用特异性引物对PCV2进行PCR全基因序列扩增,测序后进行全基因及ORF2基因核苷酸序列分析。结果显示,32份疑似样品中有13份PCV2阳性组织,阳性率为40.65%。对其中1份仅感染PCV2的样品进行病毒的细胞分离及后续鉴定,得到1株可稳定感染和增殖的PCV2毒株。将初步筛选的阳性组织进行PCV2全基因扩增并测序,得到8株PCV2全基因序列,基因组全长均为1 768 bp; 8株PCV2全基因同源性比对结果为95%～99.8%,ORF2同源性比对结果为94%～100%;遗传进化分析显示,8个分离株归属于3个基因亚型(PCV2a、PCV2b和PCV2d),同源性氨基酸序列分析显示主要变异区在47～63 aa抗原表位区。本试验结果为进一步研究该地区PCV2分子流行病学及相关疾病的免疫防控奠...     

2013年-2015年辽宁地区猪圆环病毒2型遗传演化分析

为了解2013年-2015年辽宁地区猪圆环病毒2型(PCV2)的遗传变异情况,采用PCR对辽宁地区采集到PCV2阳性病料样品进行全基因组扩增,并应用DNA Star软件进行序列比对和遗传演化分析.结果表明,检测的15株PCV2全基因组全长为1 767 bp和1 768 bp,基因核酸序列同源性为94.4％～99.8％;15株PCV2毒株中有11株属于PCV2b基因型,4株属于PCV2a基因型.结果表明,目前在辽宁地区有多种血清型PCV2同时流行,应该针对优势血清型制定免疫策略.     

猪圆环病毒2型和3型双重PCR检测方法的建立与应用

为建立一种快速且同时检测猪圆环病毒2型(PCV2)和3型(PCV3)的方法,本研究根据GenBank中PCV2和PCV3的全基因组序列,设计了两对特异性引物,通过对扩增条件的优化,建立了能够同时检测PCV2和PCV3的双重PCR方法。该方法可以同时扩增PCV2的266 bp和PCV3的594 bp特异性片段,而对猪伪狂犬病毒、猪细小病毒、猪瘟病毒、猪繁殖障碍与呼吸综合征病毒和猪流行性腹泻病毒的基因组扩增结果均为阴性。对PCV2和PCV3的最低检出量均为100拷贝/μL。对广西境内100份健康屠宰猪淋巴结样品检测结果显示,单一PCR与双重PCR检测符合率为100%。结果表明,本研究建立了一种简便快捷、反应灵敏、稳定可靠且特异性强的双重PCR技术,为临床样品中PCV2和PCV3的快速检测提供了有效的技术支持。     

湖南省10株猪圆环病毒3型的测序与遗传进化分析

为了解湖南省猪圆环病毒3型(PCV3)的遗传变异情况,以25份PCV3阳性样品DNA为模板,使用PCR方法分两段扩增PCV3全基因序列并进行拼接。结果获得7株PCV3分离株全基因组,3株PCV3 ORF2序列。7株PCV3全基因组的核苷酸序列同源性为98.8%～99.7%,10株ORF2的核苷酸序列同源性为97.8%～99.8%。根据系统发育树,PCV3可分为3个分支,所有分离株的遗传关系均较近。ORF2氨基酸序列突变少,发现2个在其他参考毒株中未出现的突变位点。研究获得的PCV3毒株序列与国内外PCV3毒株序列其遗传关系较近,无特殊突变,较为稳定。     

猪细环病毒和猪圆环病毒2型混合感染状况的调查

为分析我国猪细环病毒(TTSuV)和猪圆环病毒2型(PCV2)的共感染情况,利用所设计的TTSuV(TTSuV1、TTSuV2)和PCV2特异性引物对我国29个省市采集的猪群血清样品同时进行PCV2和TTSuV(TTSuV1、TTSuV2) PCR检测,分析混合感染情况.结果所检测的1898份样品中,TTSuV阳性为1103份(58％),PCV2阳性为435份(23％).阳性样品中呈混合感染的有275份(14％),其中TTSuV1和PCV2为249份(13％),TTSuV2和PCV2为200份(10％),均为阳性的有174份(9％).调查结果显示,我国猪群中TTSuV和PCV2混合感染现象较为普遍,对地区性分布特征和饲养模式等影响因素的分析表明TTSuV和PCV2混合感染情况存在地区性差异(P＜0.01),但饲养模式并不是共感染的关键因素.     

猪圆环病毒2型感染性克隆构建

基于PCV2滚环复制原理,在分析PCV2不同基因亚型代表毒株基因组结构和序列的基础上,设计2对引物用于PCR扩增PCV2基因组序列。以从收集到的疑似PCV2感染的10份猪血清样品中提取的DNA为模板,用设计的引物扩增目的片段,并进行测序分析,1株为PCV2a型,4株为PCV2b型,5株为PCV2d型。每种基因型毒株中各选取一个样本,利用上述2对引物进行PCR扩增,并将扩增产物克隆至pEASY-Blunt simple载体中,通过双酶切连接2个PCR片段,构建含有约1500 bp重叠序列的PCV2基因组的质粒。通过脂质体转染法将含PCV2全基因组的质粒转染至PK-15细胞进行病毒拯救,经PCR和IFA两种方法验证,证明成功拯救出3个基因型的PCV2毒株。通过对PCV2全基因组结构及序列分析,该方法同样适用于PCV2g、PCV2h基因型病毒的感染性克隆构建。本研究建立了一种基于反向遗传学技术的PCV2感染性克隆的构建方法,为开展PCV2的病原学研究提供了技术支持。     

广西3株牛源PCV2全基因组克隆与序列分析

为研究广西地区牛源PCV2流行毒株基因组特性和遗传进化情况,运用PCR技术对广西地区采集的210份牛血清进行检测,结果其中35份样品为PCV2阳性。将3份阳性样品进行全基因组克隆与序列分析,分别命名为PCV2/GX-B2(1 769 nt)、PCV2/GX-B131(1 768 nt)、PCV2/GX-B132(1 767 nt)。同源性显示与猪DK1980PMWS-free株同源性最低(94%),与牛源的Buffalo2株同源性最高(98.6%)。遗传进化分析,3株牛源PCV2毒株均属于PCV2d基因型。本研究报道了PCV2在我国广西地区牛群中的感染情况,并发现广西地区牛群中PCV2的主要流行基因亚型为PCV2d。     

中国部分地区猪圆环病毒2型的基因型分析

对中国11个省(市)部分猪场收集的812份病料,应用ORF2-PCR进行检测,发现有235份为PCV2阳性病料.利用鉴别PCR方法从235份阳性病料中,检出10份PCV2a基因型和133份PCV2b基因型,检出率分别为4.2%、56.6%.进一步对ORF2-PCR检测阳性的部分模板进行全基因组扩增,构建阳性重组质粒,对插入质粒的片段进行测序鉴定,利用DNAStar进行同源性分析,同GenBank参考毒株绘制系统发育树,从系统发育树中也可分出PCV2a、PCV2b 2种基因型.鉴别PCR和测序结果说明,我国部分地区流行的猪圆环病毒2型以PCV2b基因型为主,少数为PCV2a基因型,也有既非PCV2a又非PCV2b的基因型(PCV2c?).     

2021—2022年南京市野猪中8种病毒感染情况及PCV2全基因组遗传进化分析

野猪是多种重要动物疫病的天然宿主,为了解2021—2022年期间南京市野猪疫病感染情况、基因型及遗传变异特征,为野猪疫病的防控提供科学依据,在江苏省南京市共采集30头野猪的76份样品,其中30份全血样品、30份血清样品、6份粪便样品和10份组织样品(心脏、肝脏、脾脏、肺脏和肾脏组织的混合样品)用于开展猪瘟病毒(CSFV)、非洲猪瘟病毒(ASFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、伪狂犬病病毒(PRV)、口蹄疫病毒(FMDV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪圆环病毒2型(PCV2)和猪圆环病毒3型(PCV3)的病毒核酸及抗体检测。不同样品PCR检测结果显示,30头野猪中有12头PCV3阳性,阳性率为40%;PCV2阳性率为6.7%;其余病原核酸检测均为阴性。在PCV2检测阳性的野猪样品中成功获得2条PCV2全基因组序列,且均属于PCV2d基因亚型。血清抗体检测结果显示,野猪PCV3、PCV2、PRV gB、PRRSV、PEDV和FMDV A型抗体阳性率分别为53%、30%、30%、3.3%、3.3%和6.7%;所有野猪CSFV、ASFV、PRV gE抗体和FMDV O型抗体检测均...     

PCV3和PCV2双重PCR鉴别诊断方法的建立及应用

本研究根据GenBank中报道的PCV2和PCV3毒株全基因组序列,设计两对特异性引物,建立了一种多重PCR鉴别诊断方法,两种病毒的预期扩增片段分别大小分别为1 007 bp和505 bp。通过对扩增条件的优化,获得最佳的反应体系为25μL体系,最佳退火温度为56℃。该鉴别方法可以同时扩增PCV3和PCV2的特异性片段,而猪瘟病毒(CSFV)、伪狂犬病病毒(PRV)、猪繁殖障碍与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪细小病毒(PPV)、猪乙型脑炎病毒(JEV)、轮状病毒(RV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)和猪德尔塔冠状病毒的基因组及阴性对照均未扩增出任何条带。该方法对PCV3和PCV2的最低检出量均为10 ng/μL。对采自湖北省内规模化猪场的260份淋巴结样品检测。结果显示,PCV3阳性率为16.9%(44/260),PCV2阳性率为46.5%(121/260),PCV3和PCV2混合感染率为4.6%(12/260),双重PCR检测与测序分析的符合率为100%。结果表明,本研究建立了一种简便、灵敏、稳定可靠且特异性强的双重PCR鉴别诊断方法,可为临床样品中PCV3和PCV2的快速鉴别诊断及流行病学研究提供技术支持。     

新型猪圆环病毒(PCV3)在患有心脏和多系统性炎症病猪中的首次鉴定

<正>猪圆环病毒可分为猪圆环病毒1型和2型(PCV1和PCV2),仅PCV2可感染致病。然而,2016年Plan等利用宏基因组测序技术,对3例伴有不明原因的心脏和多器官炎症的猪组织样品进行研究时,首次发现并获得了3株新型猪圆环病毒(PCV3)的全基因序列。     

闽西地区猪圆环病毒2型血清学调查及遗传变异分析

为了解闽西地区2013-2015年猪圆环病毒2型(PCV2)血清学及流行毒株的遗传变异规律,本研究采集闽西地区规模化猪场1 771份血清样品,应用ELISA方法对其进行PCV2抗体水平检测,结果血清样品的总阳性率为93.00%,其中种猪血清阳性率最高为99.78%,哺乳仔猪、保育猪和育肥前期猪血清阳性率逐渐降低,分别为91.62%,80.78%,77.68%,育肥后期猪血清阳性率上升为100.00%。应用PCR方法对10株PCV2全基因组进行遗传变异分析,结果表明,PCV2基因组全长为1 766~1 768bp,10株PCV2的核苷酸序列同源性为94.6%~99.7%,其与国内外参考毒株的同源性为94.0%~99.2%。系统进化树结果表明,10株PCV2毒株可分为2个大支,1株属于PCV2a,9株属于PCV2b(2株为1A/AB,7株为1C);氨基酸序列分析表明在Cap蛋白的53~91,121~151和185~215位存在3个高度变异区,表明闽西地区PCV2流行毒株主要为PCV2b亚型。     

猪圆环病毒2型河北株的全基因组克隆与序列分析

采用降落PCR方法对采集自河北地区的疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征病料进行猪圆环病毒2型(PCV2)全基因组的扩增,确定了2份病料中的PCV2的分子特征,分别命名为BD株和SJZ株,对其进行克隆、测定后,应用软件进行全基因组核苷酸序列比对分析。结果显示:BD株全基因为1 767 bp,与黑龙江的BHD株同源性高达99.8%,SJZ株全长为1 768 bp,与北京的BJ株同源性最高为99.5%;对分离毒株与5个不同基因亚型的15个参考株的PCV2全基因组序列进化分析表明,发现分离的BD株为PCV2d亚型。