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1.
《中国预防兽医学报》2017,(1)
由干扰素诱导细胞产生的GTP蛋白酶M(IRGMs)在抵御病原微生物中发挥着核心作用。为建立IRGMs基因缺失的MDCK细胞系,本研究利用CRISPR/Cas9技术根据MDCK中IRGM4、IRGM5和IRGM6的基因序列设计并合成正链和负链引导RNA(gRNA)的靶DNA序列,以本实验室构建的含有单链引导RNA(sgRNA)骨架转录序列的通用质粒(p Gen-sgRNA)为模板,将U6启动子与合成的相关基因gRNA靶序列经PCR融合扩增,其产物再与sgRNA的骨架转录序列进行重叠延伸PCR扩增,并将扩增产物克隆于p GEM-T载体中,分别构建了具有靶向不同目的基因ORF的gRNA重组质粒。将这些重组质粒分别与pMJ920质粒共转染于MDCK细胞中,通过G418筛选和流式细胞仪分选,并以终点稀释法纯化培养筛选出的单细胞克隆株。经gRNA靶序列片段的测序鉴定,获得了目的基因敲除的MDCK细胞系,并分别命名为MDCK-IRGM4-、MDCK-IRGM5-和MDCKIRGM6-。通过western blot检测经γ干扰素诱导条件下的这3种IRGMs基因在敲除细胞系中相应的蛋白表达均为阴性。这3种MDCK细胞IRGMs敲除的细胞系的建立,为进一步研究IRGMs基因在抗细胞内病原微生物感染中的功能奠定了基础。 相似文献
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以胸膜肺炎放线杆菌(App)apx ⅣA基因和猪圆环病毒2型(PCV-2)ORF2基因为靶基因,分别设计特异性引物和探针,建立App和PCV-2的二重荧光PCR方法。App引物扩增的目的片段大小为132bp,PCV-2为169bp。建立的方法可在同一反应体系中同时对App和PCV-2进行定量检测鉴别,其敏感性分别为1×101拷贝和1×100拷贝,对其他猪病病原核酸的检测为阴性。利用该方法对10份人工感染临床样品进行检测试验,其结果符合率达100%,说明该方法可用于对临床样品中App和PCV-2的检测。 相似文献
3.
为建立副溶血弧菌快速检测方法,本研究以副溶血弧菌不耐热溶血素(tlh)基因作为靶序列设计特异性引物,经反应条件优化建立了检测副溶血弧菌的重组酶聚合酶扩增(RPA)方法.优化试验结果显示该方法在37℃和35 min条件下检测效果最佳;特异性试验结果显示,该方法除对副溶血弧菌的检测结果为阳性外,对其余8种常见的弧菌检测结果... 相似文献
4.
本研究旨在通过CRISPR/Cas9体外酶切法及细胞水平上的PCR扩增测序筛选出靶向食蟹猴NTCP基因具有高敲除活性的gRNA。首先通过比对食蟹猴与人类NTCP氨基酸序列,选择差异位点,即第84-87位和第157-165位氨基酸作为基因靶点序列区;利用gRNA软件设计针对上述基因靶点序列的gRNA,每个靶点设计3~4条候选gRNA序列;然后利用gRNA体外检测试剂盒,筛选出靶向NTCP基因的体外敲除活性较高的两条gRNA序列:gRNA1.2和gRNA2.1。将gRNA1.2和gRNA2.1分别插入pLV hUbC-Cas9-T2A-GFP载体中,转染食蟹猴原代肝细胞。提取转染后细胞基因组DNA,通过PCR扩增NTCP基因并将其克隆到T载体中进行测序分析。结果表明,gRNA1.2和gRNA2.1均可使NTCP基因产生移码突变,但gRNA2.1比gRNA1.2具有更高的敲除活性。本研究为下一步编辑食蟹猴NTCP基因及研究其在乙型肝炎病毒(HBV)感染中的功能奠定了基础。 相似文献
5.
多重PCR检测猪瘟病毒、猪细小病毒和猪伪狂犬病病毒的研究--猪瘟病毒、猪细小病毒和猪伪狂犬病病毒多重PCR引物设计 总被引:6,自引:2,他引:6
在GeneBank中查出CSFV、PPV、PRV的所有已知序列。对病毒各基因区进行同源性分析 ,确定CSFV的E2 基因 ,PPV的VP2 基因和PRV的 gⅡ基因为各病毒扩增的靶序列。利用DNAsis对上述保守区进行引物设计 ,对设计出来的 3种病毒引物利用DNAstar进行引物二聚体分析 ,以避免引物之间形成稳定的引物二聚体。选出扩增序列为CSFV 2 88bp、PPV575bp和PRV 70 0bp的 3对引物 ,并对每对引物扩增序列的同源性或互补性进行分析。避免它们之间有较高的同源性或互补性 ,从而确定了 3种病毒的多重PCR引物 相似文献
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利用重组酶聚合酶扩增技术(RPA),以猪圆环病毒2型Cap基因的保守序列为靶序列设计并筛选出一组特异性的引物和探针,建立了快速检测猪圆环病毒2型核酸的RPA方法。试验结果表明,该方法特异性强,猪圆环病毒1型(PCV1)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪细小病病毒(PPV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪瘟病毒(CSFV)核酸检测结果均为阴性,灵敏性高,最低可检出核酸浓度为0. 87×10-4ng/μL,简单快速,且重复性好。利用所建立的RPA方法对183份临床样品进行检测,结果与实时荧光PCR方法符合率为98. 9%。本研究为猪圆环病毒2型核酸的快速检测提供了一种新方法,尤其适合基层实验室或养猪场的快速检测。 相似文献
9.
根据已经发表的猪传染性胸膜肺炎放线杆菌(App)dsbE-like基因的序列,设计了一对可扩增374bp目的片段的特异性引物。经PCR扩增,App1-4和6-10型标准菌株均能扩出约374bp的片段,而对大肠埃希菌(K88)、巴氏杆菌(5:A)和链球菌(Ⅱ)的扩增结果均为阴性。用建立的方法来检测分离菌株MC、ME和MH,结果表明,该方法能用于临床分离株的检测。灵敏性试验表明本方法对App菌液最低检出浓度为71cfu/mL。建立的PCR检测App的方法可用于临床上对App的检测。 相似文献
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猪日本脑炎病毒RT-PCR检测方法的建立 总被引:2,自引:0,他引:2
设计了1对引物,利用RT-PCR技术检测乙型脑炎病毒(JEV)。从GenBank中查出收录的31株猪乙型脑炎病毒E基因的已知序列,用DNA star软件对这31株猪乙型脑炎病毒E基因进行同源性分析,以确定扩增的靶序列。以这段靶区域为模板,利用Primer 5软件设计了1对引物,用减毒株SA14-14-2建立了检测乙脑病毒的RT-PCR方法,经敏感性,特异性试验测定,证明该方法敏感,特异;该法可检出样品稀释至256倍的鼠脑毒,相当于0.06个TCID50,对4株河北地区JEV分离株进行检测,结果所设计引物对4株病毒均能扩增出预期的片段。 相似文献
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《中国兽医学报》2019,(1):41-45
为了建立一种快速、灵敏、简便的禽腺病毒血清4型(FAdV-4)现场检测方法,本试验将重组酶聚合酶扩增(RPA)与胶体金侧向流试纸条(LFD)技术联合,设计针对FAdV-4hexon基因的特异性RPA引物,上、下游引物的5′端分别进行6-羧基荧光素(FAM)和生物素(Biotin)标记。通过对引物浓度、RPA反应时间和温度等条件的优化,建立了一种可用于FAdV-4现场检测的RPA-LFD方法。该检测方法在25~45℃恒温反应15 min即可实现对FAdV-4目的基因片段的有效扩增,RPA扩增产物用胶体金侧向流试纸条进行检测,检测结果肉眼可见。该方法的最低检测限为100拷贝,敏感性是常规PCR的100倍,且与其他常见禽病病原核酸检测无交叉反应。结果显示,本试验建立的RPA-LFD可用于FAdV-4的临床快速检测,为FAdV-4感染的流行病学检测提供了一种有效方法。 相似文献
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为建立一种简单、快速的非洲猪瘟病毒(ASFV)分子检测方法,基于ASFV P72基因保守序列,设计并合成引物,建立了一种ASFV重组酶聚合酶扩增(RPA)等温检测方法。结果表明,所建立的RPA方法在38℃水浴锅中恒温反应30 min,即可实现对目的片段的有效扩增;以包含ASFV P72基因的ORF质粒为模板,RPA的检测限达到10~2 copies,同世界动物卫生组织(OIE)推荐的实时荧光PCR方法检测限一致,但比OIE推荐方法的检测限高10倍;RPA仅特异性扩增ASFV P72基因,对FMDV、CSFV、PRRSV、PRV和PCV-2基因组c DNA或DNA没有扩增。本研究所建立的RPA方法操作简单、反应快速、检测成本低、结果确实可靠,为非洲猪瘟的一线防控提供了一种新的、可靠的技术支持。 相似文献
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北京油鸡和矮脚鸡心脏型、脂肪型脂肪酸结合蛋白基因多态性的研究 总被引:18,自引:1,他引:18
根据不同物种间同一基因核苷酸序列的保守性及相似性,设计特异性引物,利用聚合酶链式反应技术(PCR),扩增鸡心脏型脂肪酸结合蛋白(H—FABP)基因第二内含子序列;根据已经发表的鸡脂肪型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)基因mRNA序列,设计特异性引物,扩增鸡A-FABP基因第三内含子序列。选用Hha Ⅰ、Hae Ⅲ、Hinf Ⅰ、BamH Ⅰ、EcoR Ⅰ、Pst Ⅰ、Xmn Ⅰ和Hind Ⅲ8种限制性内切酶对扩增产物分别进行单酶切,发现H—FABP基因第二内含子Hha Ⅰ PCR—RFLP及A-FABP基因第三内含子Hinf Ⅰ PCR—RFLP。 相似文献
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为建立一种简便、快速的针对非洲猪瘟病毒(ASFV)多基因家族成员MGF360-12L的分子检测方法,基于MGF360-12L基因序列,设计并合成引物,建立重组酶聚合酶扩增(RPA)等温检测方法。结果表明,于35℃恒温反应30 min,即可实现对目的片段的稳定扩增;以含有MGF360-12L基因的重组质粒为模板,RPA反应的检测限达到10~3个拷贝,同普通PCR方法检测限一致;此外,该RPA方法仅特异性扩增非洲猪瘟病毒MGF360-12L基因,对PEDV、FMDV、CSFV、PRRSV、PRV 和 PCV-2基因组cDNA或DNA没有扩增。本研究建立的RPA方法操作简单、反应快速、检测成本低,能够为ASFV相关基因缺失毒株的鉴别诊断提供一定技术支持。 相似文献
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通过Beacon Designer v.8和Primers Blast软件设计引物,使用PCR扩增技术和琼脂糖凝胶电泳检测来筛选出目的基因片段,对目的片段序列进行Blast比对,筛选出适合于鸭茅(L.)RPB1引物序列。试验结果显示:设计的10对引物中有2对引物扩增条带唯一且清晰,扩增产物经比对后验证其为目的基因。筛选出的RPB1引物对鸭茅物种起源进化及种质资源利用的研究具有重要的意义。 相似文献
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为建立鱼类传染性造血器官坏死病毒(IHNV)的快速检测方法,根据IHNV的G基因保守序列设计特异性引物,建立了基于重组酶聚合酶扩增(RPA)的IHNV检测方法。该方法在30℃20min即可完成,对IHNV具有良好的特异性和敏感性,最低检出限为156ng/mL;用建立的RPA和RT-PCR对实验室保存的50份样品进行检测,结果显示,RPA的阳性检出率为14.00%,RT-PCR的阳性检出率为12.00%,说明RPA比RT-PCR具有更高的灵敏度。建立的RPA方法为IHNV的实验室检测提供了更多选择。 相似文献