鸭甲肝病毒VP1基因克隆及序列分析

通过PCR技术,从自行分离的鸭甲肝病毒JS株基因组中扩增出病毒衣壳蛋白VP1完整基因片段,并对该片段进行序列测定及分析。结果显示JS-VP1与DHAV-A的VP1基因序列酸核苷酸同源性在62.0%~64.4%之间,与DHAV-B的VP1基因序列酸核苷酸同源性在63.6%~63.8%之间,与DHAV-C的VP1基因序列酸核苷酸同源性在92.3%~98.5%之间,分析表明JS株为鸭甲肝病毒基因C型,血清型分型为韩国新型。进化树表明JS株与SD02株的亲缘关系较进,进一步说明VP1基因的核苷酸序列是DHAV基因组中的高度可变区,可作为DHAV基因型研究的标记,分离毒株为DHAV的防治及疫苗的设计奠定了基础。     

基因C型鸭甲肝病毒的分离鉴定及VP1基因序列分析

为确定发病鸭场的致病原,并掌握该致病原的遗传进化特征,进行了临床病料的RT-PCR检测、病毒分离与鸭胚病变特征观察、分离毒株半数致死量(ELD50)测定、动物回归试验、VP1基因序列分析等研究。结果显示:临床病料样品经DHAV-C特异性引物检测为阳性,病料样品可引起10日龄鸭胚规律性死亡以及肝脏肿大、出血等特征性病变,分离毒株对鸭胚的ELD50为10^-6.32/0.1mL,分离毒株对雏鸭的致死率达100%,并可引起雏鸭精神沉郁、运动障碍、肝脏肿大出血等典型症状,分离毒株VP1基因序列与GenBank中登录的DHAV-C VP1基因的同源性在96.5%~100%之间,遗传进化关系中分离毒株与DHAV-C各毒株处于同一个分支,而与DHAV-A、DHAV-B处于不同分支。试验结果为研制针对DHAV-C流行毒株的诊断试剂和新型疫苗奠定了基础。     

一株新型鸭肝炎病毒的分离与鉴定

从辽宁省某鸭场疑似鸭病毒性肝炎病料中分离到一株病毒,经PCR检测初步鉴定其为鸭肝炎病毒,命名为YK株,应用易感鸭胚和雏鸭进行传代及病毒含量测定,E_1~E_5代鸭胚适应毒病毒含量在10~(6.5)~10~(6.9)ELD_(50)/0.2 m L之间,E2代鸭肝组织毒病毒含量为10~(6.3)LD_(50)/0.1 m L。动物试验结果表明,YK株鸭胚适应毒E_2代对7日龄雏鸭的致死率高达100%。序列测定分析表明,YK株与DHV-A的VP1基因同源性在71.4%~72.3%之间,与DHV-B的VP1基因同源性在71.9%~72.3%之间,与DHV-C的VP1基因同源性在94.3%~98.8%之间。试验表明,YK株与韩国新型鸭肝炎病毒在同一分支上,属于基因C型DHV。     

新型鸭肝炎病毒的分离鉴定

对从广东地区流行鸭肝炎病例中分离到的1株病毒(命名为"GD株")进行了鸭胚(DE)传代培养.DE2～DE6代鸭胚毒的ELD50在10-5.17/0.2 mL～10-6.38/0.2 mL之间.DE6代毒回归雏鸭后可以产生与1型鸭肝炎病毒(DHV)相同的临床症状和解剖病变.鸭肝组织毒对4日龄、8日龄和16日龄雏鸭的LD50分别为10-6.5/0.5 mL、10-5.38/0.5 mL和10-4.83/0.5 mL.病毒对氯仿、乙醚和胰酶不敏感,能够耐受pH3.0酸处理,62℃30 min不能被完全灭活.病毒核酸类型鉴定为RNA病毒.生物学和理化学特性鉴定结果表明,GD株为强毒DHV.使用标准1型DHV阳性血清进行的交叉中和试验和交叉被动保护试验表明,GD株病毒在抗原性上与1型DHV无关.对DHv抗原相关的VP1基因序列分析和同源性比较表明,GD株与DHV-1的VP1核苷酸序列同源性为69.82%,氨基酸序列同源性为71.77%.GD株属于一种在我国流行的新型DHV强毒(暂命名为"CN-DHV").     

4株基因C型鸭甲肝病毒的分离鉴定与VP1基因序列分析

为了获得鸭甲肝病毒(DHAV)流行毒株并掌握流行毒株的分子特征,试验采用临床病料RT-PCR检测、病毒分离、病毒含量测定、致病性试验、VP1基因序列分析等方法对8份临床疑似DHAV感染病料进行了研究.结果显示:8份临床病料样品经RT-PCR检测有4份为DHAV-C阳性;4份阳性病料均可引起10日龄鸭胚规律性死亡;4株分...     

安徽地区IBDV超强毒株的分离鉴定和VP2基因序列分析

经鸡胚绒毛尿囊膜(CAM)接种、易感鸡接种试验、电镜观察,从安徽地区疑似病鸡的法氏囊组织分离到3株传染性法氏囊病毒。分离株人工感染4周龄鸡,致死率分别为92%、83%、67%。接种9～10SPF鸡胚测得的鸡胚半数致死量(ELD50)分别为10-6.8/0.2mL、10-5.4/0.2mL、10-4.6/0.2mL。应用Nested-PCR分别对3株分离株VP2基因高变区进行克隆测序和序列分析,结果表明:3个分离株与国内外参考超强毒株的核苷酸同源性为97.2%～99.5%,氨基酸同源性为99.3%～100%,VP2高变区核苷酸和推导的氨基酸符合传染性法氏囊病病毒超强毒株特征。     

贵阳地区犬细小病毒VP2基因的克隆及遗传进化分析

为研究贵阳地区犬细小病毒（canine parvovirus,CPV）的流行基因型及其遗传进化情况,本试验对从贵阳市分离的10株CPV的VP2基因进行PCR扩增和克隆并进行序列分析。结果显示,分离的病毒能使F81猫肾细胞产生明显的细胞病变（CPE）,分离的10株病毒中,7株为CPV-2a亚型,3株为CPV-2c亚型,命名为GY-1~GY-10。10株CPV分离株与疫苗株VP2基因的同源性98.4%~99.4%,与其他国内外参考株的同源性为97.7%~99.9%。本试验首次报道贵阳市CPV的流行基因型为CPV-2a亚型并伴随CPV-2c亚型存在,对监测CPV遗传变异趋势及疫苗的研制具有重要意义。     

一株猫泛白细胞减少症病毒的分离鉴定及其VP2和NS1基因的变异分析

为分析当前猫泛白细胞减少症病毒(FPLV)基因组遗传变异情况,对FPLV胶体金试纸条检测结果为阳性的猫粪进行病毒分离,通过血凝、分子生物学等试验对分离株进行鉴定。结果表明:病毒在CRFK细胞上盲传5代后产生明显细胞病变,电镜观察病毒粒子直径约25 nm,分离病毒的血凝效价为1∶256,将分离株命名为FPLV BJ04。基因组扩增结果显示,FPLV BJ04基因组大小为5 118 bp。决定病毒宿主范围和抗原性的VP2蛋白系统进化树分析表明,FPLV BJ04株与2017年意大利分离株KX434462株位于同一分支;分离株的VP2、NS1基因与GenBank收录的FPLV VP2、NS1基因相似性分别为99.1%～99.5%和99.0%～99.5%。动物回归试验中攻毒组猫出现临床症状和病理变化。本研究对分离的FPLV北京流行株的VP2和NS1基因进行遗传变异分析,可为更好地预防和控制FPLV提供基础。     

犬细小病毒山东流行株分离鉴定及其全基因组测序分析

为了解山东地区犬细小病毒的流行及其变异情况,应用F81细胞从山东地区送检的发病犬粪便中分离出4株细小病毒,根据PCR和电镜技术对其进行鉴定,并对分离株的全基因组进行克隆测序与序列分析。结果表明:所分离到的4株病毒均能在F81细胞上产生明显的细胞病变,经PCR及电镜观察鉴定为犬细小病毒,分别命名为QN1/QN2/QN3/QN4株。全基因组分析结果显示,除QN3株的基因组全长为4 756 nt外,其余3株均为4 757 nt;4个分离株之间全序列核苷酸同源性为99.31%,与GenBank登录的10株具有代表性的CPV核苷酸序列比对,同源性为98.2%⁹9.9%;VP2基因的核苷酸序列同源性为98.5%99.9%;VP2基因的核苷酸序列同源性为98.5%⁹9.9%,氨基酸序列同源性为98.1%99.9%,氨基酸序列同源性为98.1%¹00%;表明各分离毒株的亲缘关系较近,同属于NewCPV-2a亚型。     

番鸭细小病毒的分离及其VP1基因序列分析

广东省肇庆市某番鸭场1周龄雏鸭发生以腹泻、软脚为主要症状的疾病,结合流行病学调查、剖检变化等初步诊断为番鸭细小病毒(MDPV)感染。为进一步探明病原,本研究采集死亡鸭肝脏和胰脏处理后接种鸭胚上皮细胞,细胞出现变圆、脱落等典型的细胞病变。用番鸭细小病毒VP1基因特异性引物对病毒进行PCR扩增并测序。结果显示,VP1基因大小为2 199 bp,与GenBank已发表的6株MDPV参考毒株的VP1基因序列同源性达98%以上,其中与福建株同源性最高,达99.4%。利用鸭胚上皮细胞成功分离到一株番鸭细小病毒,将其命名为MDPV-ZQ株。本研究为掌握番鸭细小病毒的流行病学及其变异趋势提供参考依据。     

犬细小病毒临床分离株VP2基因进化分析

为了对犬细小病毒临床分离株的VP2基因进行遗传变异分析,了解本地区犬细小病毒流行的优势型别及病毒变异情况。采集2例患犬细小病毒病的动物粪便,提取病毒基因组,设计特异性引物,PCR扩增VP2基因,对扩增产物测序,对序列结果与同属其他毒株VP2基因序列用MEGA 7和MegAlign进行同源性分析和遗传进化分析。同时比较其氨基酸变异情况。结果显示,PCR扩增出VP2基因,测序结果显示大小为1 755 bp,2株病毒VP2基因NCBI序列登录号分别为MH155192和MH155193, MH155192与MF467233.1和JQ743891.1的核苷酸同源性为99.9%,MH155193与KY937651.1、KP260509.1、KY937641.1核苷酸同源性为99.8%。MH155192主要位点氨基酸分别为为267Y,324I,370Q,426D,440A。MH155193主要位点氨基酸分别为267Y,324I,370R,426E,440T。且2株病毒297位均为A。表明分离到的2株病毒分别为新CPV-2b和CPV-2c型。     

番鸭细小病毒安徽分离株结构蛋白基因的克隆及序列分析

为研究番鸭细小病毒(MDPV)安徽分离株的遗传变异特征,通过PCR扩增获得了MDPV结构蛋白(VP)基因全长序列AH-MDPV-VP,并将该序列与GenBank中登录的12条MDPV和鹅细小病毒(GPV)VP基因序列进行比对。结果显示,AH-MDPV-VP基因全长2 199bp,包括完整的VP1、VP2和VP3蛋白编码区。MDPV与GPV的VP基因部分序列一致,但具有明显的差异。进化分析显示,MDPV安徽分离株与基因重组型MDPV上海分离株SAAS-SHNH为同一分支,亲缘关系较近。同源性分析显示二者核苷酸序列同源性最高,为99.9%,且AH-MDPV-VP与GPV毒株SHFX1201的序列同源性也有89.5%。此外安徽分离株与其他MDPV的VP1、VP2和VP3基因同源性有逐步下降的趋势,而与GPV则相反呈上升趋势。进一步显示MDPV安徽分离株与基因重组型MDPV上海分离株SAAS-SHNH相似,可能为MDPV和GPV基因重组型水禽细小病毒。     

鹅细小病毒HN株的分离鉴定及全基因组序列分析

为研究鹅细小病毒(GPV)基因遗传变异特征,采集海南某养鹅场疑似鹅细小病毒感染的病料,将其处理后接种番鸭胚成功分离到一株病毒,经PCR鉴定为鹅细小病毒,命名为HN株,并获得了其全基因组序列,将该序列与GenBank数据库中登录的16条鹅和番鸭细小病毒基因序列进行了比对分析。结果显示,该株病毒基因组全长为5 106bp,由ITR、NS、VP构成,其中ITR为444bp,NS1为1 844bp,VP1为2 199bp;HN株与SHFX1201株的NS1基因和VP1同源性最高,分别达到99.8%和99.7%,与番鸭细小病毒株FM的NS1基因同源性最低,为82.7%;与90-0215株VP1同源性最低,为80.1%。HN株的遗传进化树可以看出,GPV可以分成明显的2个基因亚群,HN株与鹅细小病毒匈牙利株(B)、欧洲疫苗株(VG32/1)和台湾株(82-0321V、82-0321、06-0329)均处在第I亚群,且与安徽分离株Y株以及SHFX1201株同源性最接近,番鸭源匈牙利株FM单独处于第Ⅱ亚群。本研究丰富了GPV的数据资料,为研究GPV分类地位以及遗传进化关系提供了依据,同时也为研究GPV流行趋势和疫苗的开发奠定了基础。     

番鸭细小病毒NS和VP基因的克隆及序列分析

为进一步了解番鸭细小病毒(MDPV)基因的遗传变异特征，本试验采用分段PCR扩增法获得了2个MDPV安徽分离株(AH1901和AH1902)基因组NS和VP全长基因，并与GenBank数据库中的20个水禽细小病毒基因组序列进行了比对。序列分析显示，克隆的MDPV基因均包括完整的NS和VP基因，分别为1 884 bp和2 199 bp,VP基因核苷酸序列变异程度相对较高，而NS基因则较为保守；进化分析显示，安徽分离株AH1901和AH1902位于同一分支，二者与国内分离的MDPV毒株ZJ-JH-2013基因遗传距离最近，可能来源于同一毒株，与MDPV疫苗株P1及国外分离毒株FM基因遗传距离则较远；安徽分离株AH1901和AH1902的NS基因序列同源性为99.8%,VP基因序列一致。两者的NS、VP基因序列与分离株ZJ-JH-2013的同源性最高，与重组型毒株SAAS-SHNH及安徽分离株AH1401同源性也在99.5%以上；与疫苗株P1、国外分离株FM同源性则较低，其中VP基因仅为88.9%、89.3%。本试验结果表明近年国内的MDPV分离株同源性均较高，但仍存在一定程度的基因变异，增...     

猪圆环病毒2型天津及周边地区分离株的遗传演化分析

为了解天津及周边地区猪圆环病毒2型(porcine circovirus 2,PCV2)的流行毒株遗传变异情况,本研究应用基因克隆技术和生物信息学分析软件对24株PCV2分离株全基因及ORF2基因分别进行克隆、测序、同源性比对和遗传进化分析。全基因组序列分析结果显示,24株PCV2分离株全基因组序列有14株为1 767bp,10株为1 768bp。用DNAStar软件对全基因组序列同源性比对表明,24株PCV2分离株与NCBI上的PCV2参考株的全基因序列同源性为93.6%~99.8%,24株分离株之间的全基因组序列差异很小,同源性为94.0%~99.9%。同时,用DNAStar对PCV2分离株的ORF2基因序列同源性分析表明,其与NCBI上的PCV2 ORF2基因参考序列的核苷酸序列同源性为87.3%~99.3%,24株分离株ORF2基因核苷酸序列同源性为89.0%~100.0%,3株分离株(10084F4、R14040及R14086)的核苷酸序列同源性为100.0%。对全基因和ORF2基因的遗传进化分析表明,24株分离株的系统进化树被分为2个大分支,其中23株分离毒株属于PCV2b亚型,1株属于PCV2a亚型,未分离出PCV2c亚型。综上所述,天津及周边地区PCV2的流行模式仍以PCV 2b亚型为主,本研究为该地区PCV2的流行变异情况研究提供了一定的理论依据。     

宠物猫细小病毒XNF-1株分离鉴定及VP2基因遗传变异分析

为了分析宠物猫细小病毒(FPV)流行株的VP2基因的遗传变异情况,通过病毒分离、形态学观察、PCR方法及间接免疫荧光试验(IFA)从疑似FPV感染的宠物猫粪便和血清等病料中分离得到1株FPV,命名为XNF-1株。采用人工感染试验检测其XNF-1株的致病性,采用PCR方法扩增XNF-1株VP2基因并测序,分析其遗传变异情况。结果显示,XNF-1株对猫具有致病性,XNF-1株与16株参考株VP2基因同源性在98.1%～99.9%之间,与FPV-C株、FPV-D株、FPV-A株位于同一分支,其中与FPV-A株位于同一分支,遗传距离最近,与其他参考株遗传距离较远。研究结果为宠物猫细小病毒病防控及疫苗研究奠定了基础。     

山东地区新型鸭呼肠孤病毒致病特点与变异分析

本研究将2011~2018年从山东地区分离到的8株新型鸭呼肠孤病毒进行了毒力和致病性试验,结果显示,8株毒株对鸭胚、鸭胚成纤维细胞、雏鸭的致病性基本一致,鸭胚毒价为10-5.00~10-6.00/0.1 m L,鸭胚成纤维细胞的毒价为10-5.33~10-6.30/0.1 m L;对8株毒株的主要抗原σC蛋白核苷酸和氨基酸序列进行比对分析,结果显示,核苷酸同源性为94.5%~99.6%,氨基酸同源性为95.0%~99.4%;通过绘制遗传进化树发现,与全国其他地区毒株相比,山东地区分离的这8株分离株处于一个独立分支,并且这8株分离株的遗传进化与时间有着密切的相关性,暗示山东地区新型鸭呼肠孤病毒随着时间的推移在不断发生着变异。     

健康猪体内塞尼卡病毒的分离和鉴定

塞尼卡病毒(SVA)属于小核糖RNA病毒科塞尼卡病毒属,可以引起猪的水泡样病变、跛行和新生仔猪突然死亡等。为了解SVA的特性,本研究将从健康猪体内鉴定的SVA阳性样品接种BHK-21细胞分离SVA,采用PCR扩增其VP1基因,并分析其遗传变异特点。结果显示,10份SVA阳性样品中有2份(GXT91和GXT94)能够在BHK-21细胞增殖并产生明显的细胞病变,可达10^7.6TCID50/mL,其VP1基因与SVA参考株NC_011349的核酸同源性为90.2%~90.6%,推导氨基酸同源性为96.7%~97.1%,进化树显示新分离的GXT91和GXT94病毒株属于流行分支II。本研究为SVA的疫苗研制奠定了基础。     

猪萨佩罗病毒HNHB-01株 VP1基因的表达与分子特征

猪萨佩罗病毒(PSV)VP1蛋白是位于病毒粒子表面的结构蛋白,发挥主要的抗原效应。为了弄清PSV HNHB-01株VP1基因的表达与分子特征,本研究设计针对VP1基因的特异性引物,通过RT-PCR扩增获得VP1基因,并重组到真核表达载体pCAGGS上,经Western blot、间接免疫荧光鉴定,成功表达VP1蛋白。随后基于PSV HNHB-01株全基因序列以及VP1基因序列与其他参考毒株的基因序列构建遗传进化树,分析遗传进化关系。结果表明：实验室分离的HNHB-01株与2017年分离的HNXX-01株亲缘关系最近,与日本株JPSV-1315关系接近;HNHB-01 VP1基因与国内2016-2017年流行的毒株HNXX-01、PSV-A2、JXXY-a2的VP1基因高度同源,与国外2009年流行的日本毒株JPSV1315的VP1基因亲缘关系较近;HNHB-01株VP1氨基酸与HNXX-01株VP1氨基酸同源性最高,同源性为99.32%。三级结构分析表明,VP1蛋白存在3条位于蛋白结构外侧的抗原表位区,对应的氨基酸序列分别为20～30 aa、90～100 aa和265～275 aa。本...     

猪繁殖与呼吸综合征病毒GX1003株全基因序列测定与分析

为了解广西省猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的遗传变异情况,采用RT-PCR对PRRSV广西地方分离株GX1003株全基因组进行分段扩增、测序与分析。结果表明,不包括Poly(A)尾,GX1003株基因组全长为15 320nt。同源性分析表明,GX1003株与比对的国内外PRRSV美洲型毒株全基因核苷酸及其推导氨基酸序列的同源性分别为85.0%～99.4%和82.1%～99.1%,与欧洲型代表株LV株的同源性分别为60.6%和51.3%。序列分析表明,GX1003株的NSP2编码区存在第481位aa和第533～561aa发生30个氨基酸的不连续缺失,具有高致病性PRRSV(HP-PRRSV)的遗传特征;同时,在不同编码区出现与HP-PRRSV代表株JXA1株不同的遗传变异现象。遗传进化分析表明,比对的所有美洲型毒株可以分为4个亚群,GX1003株分布在以JXA1株为代表的亚群4中。表明PRRSV广西地方分离株GX1003株属于HP-PRRSV,但其基因组在不同区域发生了新的遗传变异。