黄瓜种子大小遗传分析与QTL 定位

 以种子大小差异显著的黄瓜野生变种‘PI183967’（Cucumis sativus var. hardwickii）和栽培 品种‘新泰密刺’选系‘931’为亲本,通过6 世代混合模型分析方法,研究种子长度和宽度的遗传规律, 并利用包含160 个株系的F9 代重组自交系群体,构建SSR 分子遗传图谱,完成种子长度、宽度及百粒质 量的QTL 染色体定位。结果表明：（1）种子长度与宽度在正、反交6 世代群体中均符合C–0 遗传模型 （加性-显性-上位性多基因遗传模型）,且以多基因加性效应为主。（2）构建的永久SSR 遗传图谱,包 含149 个SSR 标记,9 个连锁群,覆盖基因组长度389.2 cM,平均标记间距为2.61 cM。（3）2012 年春季 与2013 年春季共检测到14 个与种子长度、宽度和百粒质量相关的QTL,分布在Chr.2、Chr.3、Chr.4、 Chr.5、Chr.6 染色体上,LOD 值介于2.59 ~ 9.39 之间,可解释7.4% ~ 28.3%的表型变异率,贡献率 ≥ 10.0% 的QTL 位点6 个,占QTL 总数的42.9 %,可在两年中重复检测出的QTL 位点3 个,占QTL 总数的21.5%。     

黄瓜叶面积遗传及QTL定位分析

选用2个叶面积大的黄瓜品种（D9320、D2005）和2个叶面积小的黄瓜品种（D0455、D0401）配制杂交组合，筛选叶面积差异较大的亲本组合D0401×D9320构建F2分离群体，采用加性－显性（AD）模型进行遗传分析。结果表明：黄瓜叶面积是由多基因控制的数量性状，以显性效应为主，存在一定的加性效应，狭义遗传力和广义遗传力较高。采用SSR分子标记构建遗传连锁图谱，利用复合区间法对黄瓜叶面积进行QTL定位。结果表明：CSWACC03、CSWCT05BZ和CSCTTT15a位于同一个连锁群上，连锁群总长度为68.3 cM；检测出1个与黄瓜叶面积有关的QTL，与最近标记的距离为3.6 cM，且变异贡献率为8.65 %。     

结球甘蓝抽薹性遗传规律和QTL定位分析

以早抽薹‘S-1’与晚抽薹‘G-1’为亲本,构建F1、BC1、BC2和F2群体,采用植物数量性状主基因 + 多基因混合遗传模型分析法对结球甘蓝抽薹性状进行遗传分析,并采用SLAF-BSA方法对抽薹时间进行QTL定位分析。结果显示,结球甘蓝抽薹性状是由2对加性—显性—上位性主基因 + 加性—显性多基因遗传控制;主基因 + 多基因平均遗传率是93.41%。共检测到2个QTL,分别为2号染色体上的2.31 ~ 3.09 Mb和33.57 ~ 34.40 Mb,总长度为1.61 Mb。     

食用菌QTL定位研究进展

 综述了食用菌数量性状位点（quantitative trait loci,QTL）定位方法和研究现状,指出应在使用稳定性和重复性好的分子标记构建高密度遗传图谱基础上,采用多种分离群体开展食用菌QTL定位研究。     

黄瓜遗传图谱构建及株高相关性状的QTL定位

 为利用分子标记辅助选择黄瓜矮生性状, 以矮生黄瓜D8 ×蔓生黄瓜J IN5的188株F^₂单株作为 作图群体, 应用ISSR和SRAP分子标记技术进行多态性筛选, 构建了含65个标记位点的遗传连锁图谱。整个图谱覆盖7个连锁群, 全长831.6 cM。标记平均间距为12.7 cM, 标记间最小遗传距离为4.8 cM, 最大遗传距离为22.3 cM。采用复合区间定位分析, 检测到控制黄瓜株高性状的QTL位点2个, 均位于第4连锁群上, 贡献率分别为13.2%和13.0%; 控制节间距的QTL位点1个, 也位于第4连锁群上; 控制第一雌花开花期的QTL位点7个, 分别位于第1、2、3、5、7连锁群上, 各QTL的贡献率在6.5%～12.5%之间。     

黄瓜果瘤位置性状遗传与QTL分析

黄瓜为重要的蔬菜作物,解析黄瓜果瘤位置性状遗传规律与QTL定位,对深入研究果瘤位置形成分子机制和新品种选育有重要意义。以果瘤上移自交系X1(P1)和果瘤下移自交系X2(P2)为亲本构建F2群体,进行表型鉴定,解析遗传规律。分别选取20株果瘤上移和20株果瘤下移极端表型植株,构建果瘤上移池(Tu)、果瘤下移池(Td)和亲本池(Mp、Pp)并进行高通量测序(BSA-seq)。结合生物信息学分析,预测与黄瓜瓜把果瘤位置相关的QTL。根据黄瓜果瘤位置表型数据分析,P1平均值均为负值,为果瘤上移,P2平均值均为正值,为果瘤下移;F1倾向于母本,F1反倾向于父本,F2在5.22～6.14间为高亲值(接近父本),在0.23～2.32间为低亲值(接近母本),黄瓜果瘤位置表现为数量性状,F2更趋向于果瘤下移。预测到的候选基因主要与细胞的新陈代谢(CsaV3_1G009410、CsaV3_1G012820、CsaV3_1G028340)、信号转导(CsaV3_1G012480、CsaV3_4G029960、CsaV3_1G030640、CsaV3_1G029520、CsaV3_1G004360)、结构蛋白(CsaV3_1G030620、CsaV3_5G004870、CsaV3_1G031140),以及细胞激酶(CsaV3_1G033300、CsaV3_4G034190)和植物激素(CsaV3_5G015510)有关。根据△All-index在染色体上的分布推断位于1号染色体(5.840～18.376 Mbp)的CsaV3_1G030610、CsaV3_1G029520和CsaV3_1G030640为主要候选基因。CsaV3_1G030610中的阿魏酸与细胞壁形成有关;CsaV3_1G029520中的拟南芥SMAX1家族基因,作为KAR/SL信号分子调控种子萌发、根毛的形成与伸长;CsaV3_1G030640编码与ARIA相互作用的ap2结构域蛋白ADAP,正调控ABA信号,进而影响生长发育。因此推测果瘤位置的形成与细胞壁相关基因及信号转导有关。推测定位于黄瓜1号染色体重叠区域(5.840～18.376 Mbp)的候选基因CsaV3_1G030610主要参与细胞壁形成,与果瘤有关联,推测其与黄瓜果瘤位置性状有关系,但还需进一步研究。     

葡萄遗传图谱构建与抗病QTL定位研究进展

葡萄在生长发育过程中易遭受多种病原菌的侵染,影响果实品质和产量,制约葡萄产业的发展。生产中多采用杀菌剂对病原菌进行防治,增加了投资成本,且会对环境造成污染,因此培育高品质抗病品种对葡萄生产具有重要意义。葡萄抗病性为多基因控制的数量性状,QTL定位是研究数量性状的一种有效方法,遗传图谱的构建是检测QTLs和克隆基因的基础。多年来,研究人员通过构建遗传图谱鉴定了一系列霜霉病、白粉病、皮尔斯病等抗性遗传位点,同时,根据抗性位点的基因组区域,开发了多个连锁标记,并应用到葡萄抗病性遗传研究中,加速了葡萄的育种进程。对葡萄遗传连锁图谱的构建和抗病相关QTL定位研究进展进行了综述,分析了目前研究中存在的问题并提出建议,为今后葡萄抗病基因定位和分子标记辅助选择育种提供借鉴。     

利用黄瓜远缘群体遗传连锁图谱进行始花节位定位

利用黄瓜远缘群体的分子遗传连锁图谱,对雌花节位性状进行了QTL定位。共找到8个控制雌花节位的QTL位点:ff-1、ff-2、ff-3、ff-4、ff-5、ff-6、ff-7、ff-8,分别位于LG2、LG3、LG6、LG7连锁群上,这些QTL位点对雌花节位性状表型变异贡献率分别为81.6%、81.0%、81.0%、80.0%、80.6%、81.1%、81.0%、80.7%,其中ff-1、ff-2、ff-5、ff-6、ff-7、ff-8加性效应值为正,为增效加性效应,ff-3、ff-4加性效应值为负,是减效加性效应。     

黄瓜复雌花性状QTL定位分析

利用具有复雌花性状的华北保护地类型黄瓜材料9930和具有单雌花性状的欧洲温室类型黄瓜材料9110Gt构建的含148个株系的F9代RILs群体进行QTL定位分析。利用已构建的遗传图谱,使用MapQTL4.0软件进行多座位QTL模型（MQM）检测。共检测到8个控制复雌花性状的QTL,分布在第1、2、3、6、7染色体上。各QTL的LOD值在3.62 ~ 8.37之间,可解释8.2% ~ 20.0%的表型变异。6个QTL贡献率超过10%,位于第3染色体的Mp3.2贡献率（2007秋季20.0%,LOD = 8.37）最大;位于第6染色体的Mp6.2（2006春季13.9%,LOD = 5.95;2007秋季11.9%,LOD = 5.10;2009春季11.5%,LOD = 4.38）在两季的位置都很稳定。获得紧密连锁（< 10 cM）的特异标记（SSR04635、SSR13466、SSR00584、SSR10449）为将来进行QTL精细定位提供了参考。     

黄瓜瓜把长度QTL定位的研究

 本研究的主要目的是利用长瓜把的129 与短瓜把的Z3杂交衍生的F2株系,检测与黄瓜瓜把相关的QTL。DNA从F2株系提取,并且利用SSR引物对其进行扩增。总共有5个呈现清晰、可重复的多态性分子标记用于QTL检测。结合瓜把数据,利用Mapmaker 3.0b构建基因连锁图谱,运用Windows QTL Cartographer V2.0检测QTL。LOD大于2作为QTL存在的阈值。4个来自于同一个连锁群的分子标记CSWGATT01B、CSWGATT01C、CSCT335 和CSWGATT01A与瓜把长度显著相关。Qchl1与分子标记CSWGATT01B, CSWGATT01C 紧密连锁,与二者分别相距3.4 cM 和 18.0 cM,且变异贡献率为18.49%。     

辣椒白粉病抗性QTL 定位分析

以辣椒（Capsicum annuum）白粉病抗、感病亲本H3 和83-60 构建的包含142 个重组自交系的RIL（H3×83-60） F8 群体为试验材料,基于亲本重测序数据设计KASPar 引物,构建了包含16 个连锁群的辣椒遗传连锁图谱,总图距1 356.5 cM,标记间平均图距为4.69 cM。基于2016 年和2017 年重组自交系群体白粉病发病表型数据,获得了PMR6.1、PMR9.1、 PMR11.1、PMR11.2 和PMR5.1 等5 个白粉病抗性QTL 位点,其中PMR6.1、PMR9.1 在两年中均被检测到,表型贡献率在 10.8%～21.4% 之间。通过辣椒白粉病抗性QTL 定位,开发与白粉病抗性基因连锁的SNP 分子标记,对于辣椒抗病辅助育 种有重要参考价值。     

类番茄茄LA2951抗黄瓜花叶病毒QTL的定位

 类番茄茄（Solanum lycopersicoides）高抗黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus,CMV）。通过4次独立试验,对来自类番茄茄LA2951的渐渗系（Introgression Line,IL）采用摩擦接种法,人工接种CMV亚组Ⅱ进行了筛选,定位了8个抗CMV的QTL,它们分别位于番茄第2、7、8、9、10、11和12染色体上,均可显著降低植株的病情指数,与前人已鉴定的来自多毛番茄（S. habrochaites）LA1777和智利番茄（S. chilense）LA0458的抗CMV位点不同位,为抗CMV新位点。通过对抗CMV的IL初步分析发现,这些IL包含的QTL呈现不完全显性遗传效应,QTL聚合为完全加性效应。     

莲子产量相关性状的QTL定位

以中国长江流域圆柱形莲子资源‘中间湖野莲’为母本,泰国圆球形莲子资源‘清迈野莲’为父本,构建了含86个单株的F2遗传群体。2017和2018年对亲本及群体黑子期莲子长、莲子宽、单粒质量、开花数、心皮数、饱粒数等6个莲子产量相关性状进行了表型鉴定,利用197个SSR标记对亲本及F2单株进行基因分型,结合表型和基因型数据对相关性状进行了QTL定位和分析。结果表明:莲子产量相关性状在F2群体中均呈近正态连续分布,表明均为多基因控制的数量性状。6个莲子产量相关性状共检测到28个QTL位点,分布在7条连锁群上,LOD值变幅为2.55～12.34,可解释5.5%～27.4%表型变异率。贡献率≥10的QTL位点有25个,占QTL总数的89.29%。黑子期莲子长(bsl1),莲子宽(bsw6)、开花数(fn4.1,fn5)可在两年被稳定检测到,贡献率变幅为7.33%～17.6%。     

番茄长花柱性状遗传规律与QTL分析

以长花柱番茄‘J59’为材料对其长花柱性状的温度敏感性、遗传规律以及相关QTL进行分析:对两叶一心幼苗分别进行昼夜18/10℃、25/18℃和35/25℃处理,发现雌蕊长度、雄蕊长度、花柱长度和柱头外露长度无显著差异,表明‘J59’番茄不是温度敏感型长花柱材料;以长花柱番茄‘J59’和短花柱番茄‘M82’为亲本,构建了6个世代遗传分析群体P₁、P₂、F₁、BC₁P₁、BC₁P₂和F₂,结果显示长花柱性状遗传规律符合MX2-ADI-AD模型,以主基因遗传为主,BC₁P₁、BC₁P₂和F₂群体的主基因遗传率分别为65.51%、90.76%和89.10%;以F2世代为分析群体构建了遗传连锁图谱,其包含121个SSR,12个连锁群,覆盖基因组长度2108.71cM,平均标记间距为17.43cM;共检测到10个与长...     

大白菜DH群体TuMV抗性的QTL定位与分析

 利用已构建的包含287个标记位点的遗传图谱的大白菜DH群体,采用多模型QTL作图的方法,通过苗期人工接种TuMV-C₄株系对来自抗病亲本Y195 93和感病亲本Y177-12的DH群体的TuMV抗性进行QTL分析。共检测到3个QTLs,分别位于R03、R04和R06连锁群上,解释的表型变异在10.5%~21.9%之间,3个QTLs可解释40.0％的表型总变异。其中位于R04上命名为Tu-2的QTL解释的表型变异最高,为21.9%,其余两个位于R03和R06上的QTLs,分别解释10.5%和14.5%的表型变异。     

菊花F1代舌状花耐寒性遗传变异与QTL定位

以菊花‘南农雪峰’ב蒙白’的F1代为材料,利用电导率结合Logistic方程计算盛花期舌状花的低温半致死温度（LT50）,分析其耐寒性的遗传变异,在此基础上开展QTL定位研究。结果表明,该F1群体舌状花的LT50在﹣8.92 ~ 1.31 ℃之间,变异系数为43.60%,近似正态分布,为多基因控制的数量性状,且存在一定程度的偏母性遗传和超亲分离现象。主基因 + 多基因混合遗传模型分析表明,该F1群体舌状花耐寒性无主基因控制。复合区间作图法共检测到6个QTL与菊花舌状花的耐寒性显著相关,分布在‘南农雪峰’遗传图的X2、X4连锁群和‘蒙白’遗传图的M2、M11、M33连锁群上,LOD值介于2.61 ~ 3.29之间,加性效应为﹣1.67 ~ 1.78 ℃,单个QTL可以解释耐寒性变异的贡献率为6.01% ~ 9.94%,均为微效QTL。     

QTL定位方法及其在番茄品质性状研究中的应用

主要介绍了QTL定位的主要方法,及其在番茄品质性状研究中的应用,并对QTL定位方法的研究进行了展望.     

QTL定位方法及其在番茄品质性状研究中的应用

主要介绍了QTL定位的主要方法,及其在番茄品质性状研究中的应用,并对QTL定位方法的研究进行了展望。     

黄瓜苗期主要农艺性状相关 QTL 定位分析

 利用以华北保护地类型黄瓜9930和欧洲温室类型黄瓜9110Gt为亲本构建的含148株系的F₉代RILs群体遗传图谱,结合春秋两季4次黄瓜苗期相关性状的表型鉴定数据,使用MapQTL4.0软件采用多座位QTL模型（MQM）进行QTL定位分析?在RIL群体中检测到与子叶长、子叶宽、下胚轴长、第一雌花节位、始花期等5个性状相关的QTL共19个,分布在1、3、5、6号染色体上,其中主效QTL（贡献率≥10.0%）17个,占总数的89.5%,可在不同季节重复检出的QTL 3个;检测到的QTL的LOD值在3.28 ~ 15.25之间,可解释的表型变异在6% ~ 37.8%之间。结合基因组序列信息对主效QTL定位区域进行了基因预测。     

甜瓜侧枝相关性状的QTL定位

以甜瓜长侧枝自交系‘TopMark’和短侧枝自交系‘PI353814’为亲本,构建了F_2群体和F_2:3家系。利用92个F_2单株构建了一张包含12个连锁群,353个SSR标记的遗传连锁图谱,覆盖基因组长度为1 565.88 cM,连锁群长度在86.98～186.68 cM,标记间的平均距离为4.44 cM。利用该连锁图谱结合F_2:3家系表型鉴定数据,对甜瓜侧枝相关性状进行定位,共检测到6个QTL,分布在连锁群LGⅠ、LGⅢ和LGⅦ上,LOD值介于2.5067～12.5524之间,可解释9.9242%～48.2348%的表型变异率。其中侧枝总长主效QTLlbtl7.1和侧枝均长主效QTLlbal7.1均位于连锁群LGVⅡ的SSR标记CmSSR17145和CmSSR17293之间,贡献率分别为38.5923%和48.2348%。进一步利用186个F_2:3家系和新开发标记对主效QTL进行了验证,发现侧枝总长主效QTL lbtl7.1定位在SSR标记CmSSR17251和CmSSR17253之间,与两标记的遗传距离分别为2.5和0.5 cM,可解释41.2742%的表型变异,侧枝均长主效QTL lbal7.1被定位在SSR标记CmSSR17238和CmSSR17251之间,距离两标记分别为1.5和0.5cM,可解释55.1739%的表型变异。