苦荞种质资源AFLP标记遗传多样性分析

 【目的】从分子水平研究苦荞种质资源的遗传多样性,为综合评价苦荞种质资源提供依据。【方法】用筛选出的20对AFLP引物,对14个不同地理来源的165份苦荞种质进行遗传多样性分析。【结果】共扩增出938条清晰的条带,其中314（33.48%）条呈多态性,平均每对引物组合的条带数和多态性带数分别为46.9个和15.7个。不同地理来源苦荞种质的Shannon-Weaver多样性指数为0.1093～0.2661,四川资源群最高,青海、云南和甘肃/宁夏等资源群次之,湖南资源群最低。利用Popgen Ver.1.32软件,依不同地理来源苦荞资源群间Nei′s遗传一致度可聚类成5个组,聚类结果与苦荞地理分布相关。基于Structure 2.2软件分析,165份苦荞资源分为5大组群,并与Popgen Ver.1.32聚类结果呼应得较好,其中云南和四川资源的群体结构最复杂,最为多样化,分别被聚到了5个组群中。【结论】苦荞类群的亲缘关系以及遗传多样性与其地理分布有一定相关性。     

AFLP在植物种质资源鉴定与遗传多样性分析中的应用

AFLP分子标记技术具有重复性好、稳定性强、灵敏度高、多态性好的特点,广泛用于遗传图谱构建、基因定位、辅助育种及种质资源鉴定和遗传多样性分析。本文阐述了AFLP在粮油作物、蔬菜、水果、花卉及濒危作物种质资源鉴定和遗传多样性分析中的应用,以期为育种及资源保护提供理论基础及技术支持。     

新疆长绒棉种质资源遗传多样性SSR分析

[目的]利用SSR分子标记对新疆长绒棉种质资源材料进行基因组检测及遗传多样性分析.[方法]从39对SSR核心引物中筛选多态性好而且稳定的34对,对19个长绒棉材料基因组进行检测,用NTSYS-pc 2.11e软件遗传多样性分析.[结果]34对引物共扩增出108个多态性条带,平均每个引物为3.17个.共检测出160个等位基因,变异的多态信息含量(PIC)在0.1～0.89.材料间的遗传相似系数在0.635 ～0.933,平均相似度为0.784.遗传相似系数阀值在0.69时,可把19个材料分为5个类群.大部分新疆自育品种和部分中亚及埃及资源材料聚类在第2类群中.[结论]材料聚类与资源来源相吻合,材料遗传相似度较高,遗传差异不大,遗传基础狭窄.     

杭白芷种质资源遗传多样性的AFLP分析

通过对50份杭白芷种质资源的AFLP分析,探求各种质间的遗传多样性。采用扩增片段长度多态性 （AFLP）标记,在DNA水平上进行遗传多样性研究,筛选出12对选择性扩增引物,将扩增出的条带作为原始矩阵,用NTSYS PC软件计算并分析了杭白芷种质间的相似度,构建了遗传系统进化树。结果表明,50份杭白芷种质间,相似度均超过70%,总体上亲缘关系都比较接近,相对而言,ZYS002039和ZYS002045种质,与其他种质的遗传背景差异较大。     

籽粒苋种质资源遗传多样性的SSR分析

为了解籽粒苋种质资源遗传多样性,本试验利用30对SSR引物对18份籽粒苋种质进行初步分析.结果表明:筛选出的21对S S R引物可扩增出清晰条带.试验共扩增出90个等位基因位点,其中81个为多态性位点,多态位点百分率(PPB)为90.00％.有效等位基因数(Ne)的变化范围在1.1892～1.9942之间;期望杂合度(...     

67份枇杷属种质资源遗传多样性的SSR分析

利用从枇杷上开发的SSR引物对67份枇杷属种质资源进行了遗传多样性分析.从59对引物中筛选出17对 多态性较高且稳定的引物,17对引物共扩增出53条谱带,每对引物扩增2至6条谱带,平均扩增3.12条.供试材 料相似系数介于0.53~1.00之间,平均多态信息含量(PIC)为0.436,平均观察等位基因数为3.118,平均有效等 位基因数为2.166,平均Nei’s基因多样性为0.507,平均Shannon信息指数为0.821,平均观测杂合度为0.637,平 均期望杂合度为0.511,表明供试材料具较丰富的遗传多样性.聚类分析表明,可将67份材料分为4类,野生品种 和栽培品种在聚类结果中没有被区分开,但是绝大多数是被区分开的.栽培枇杷也没有因果肉颜色而分别聚类.此 外,对野生枇杷和栽培枇杷中部分材料的分类作了探讨.     

湖南柚种质资源的遗传多样性和亲缘关系

采用形态学标记与序列相关扩增多态性(SRAP)分子标记技术,对分布于湖南特定生态条件下的47份地方柚类种质资源的遗传多样性及亲缘关系进行分析。结果表明：①根据花与果实性状等形态学标记进行聚类分析,在欧式遗传距离10处可将柚类资源分为6个组群;②基于柚资源的SRAP分子标记进行分析,47份地方柚资源间的遗传相似系数为0.65～0.93,在相似系数0.798处可分为7个组群;③SRAP标记扩增结果表明,17对引物共扩增出319条带,其中275条带具有多态性,平均每对引物扩增出多态性带16.2条,多态性比率86.52%,基因多样度0.724 3,表明湖南柚类品种间具有丰富的遗传多样性;④将形态学标记聚类结果与SRAP分子标记聚类结果进行比较,发现二者都能很好地将柚类品种进行分类,SRAP标记不受环境因素影响,所揭示的柚类种质间的遗传差异更准确。综合以上结果,利用SRAP标记产生的特异性遗传标记可以区别大部分湖南地方柚类种质资源。     

98份甘蔗种质资源遗传多样性的AFLP分析

【目的】甘蔗蔗糖产量约占中国食糖总量的92%。具有遗传多样性的甘蔗种质资源是甘蔗杂交育种的基础,杂交亲本的选择和组合的选配是杂交育种成败的关键,研究98份种质的遗传多样性及亲缘关系,为甘蔗杂交组合选配和种质创新提供参考依据。【方法】采用CTAB法提取甘蔗幼叶基因组DNA,利用扩增片段长度多态性（amplified fragment length polymorphism,AFLP）分子标记技术,对来源于10个国家的98份种质资源的基因组DNA进行酶切、连接、预扩增、选择性扩增,选择性扩增产物在5%变性聚丙烯酰胺凝胶上电泳分离,银染显色。电泳结果得到“0,1”矩阵,使用POPGENE 32软件计算每对引物的多态性条带数、多态性比率、多态信息量、有效等位基因数、遗传多样性指数等指标,同时使用NTSYS pc-V. 2.1计算种质间遗传相似系数,根据相似性系数进行UPGMA（unweighted pair group method analysis）聚类分析和PCA（principal component analysis）主效应分析,对甘蔗种质资源进行分类。【结果】采用云南省甘蔗遗传改良重点实验室筛选出的10对引物组合共扩增出1 392条谱带,其中多态性条带为1 344条,多态性条带比率为96.55%,平均每对引物扩增出139.2个位点和134.4个多态性位点。98份种质的相似性系数在0.484-0.929,平均为0.734,多态信息量为0.2495,每个位点的有效等位基因数为1.4092,平均多样性指数为0.3890,遗传相似性系数最高的是KN90-418和KN90-455,达到0.929,最低的是云蔗94-375和IS76-126,为0.484。根据遗传相似性系数进行聚类分析,在遗传相似性系数0.64处切割时,可划分为4个类群,第I类群有5份澳大利亚种质,包括IK76-48、IS76-126、IK76-22、SES309和E.SARPET;第II类群有1份澳大利亚种质是IS76-199;第III类群有3份种质,包括KN93-06、90-110-9和BURMA;第IV类群有89份种质,在遗传相似性系数0.79处切割时,可将第Ⅳ类群划分为9个亚群（A、B、C、D、E、F、G、H和I）。基于Jaccard系数用PCA法对98份甘蔗种质AFLP标记结果进行主效应分析,主效应分析显示了不同种质的分类位置,分子主效应分析结果与分子聚类结果一致,集中在一个区域的种质亲缘关系较为紧密,澳大利亚种质位置较为分散,最分散材料为蔗茅属和细茎野生种。【结论】98份种质资源的遗传基础差异较小,亲缘关系较近,其中,澳大利亚种质遗传多样性相对较丰富。90-110-9、KN93-06和粤糖00-236较为特殊,在杂交组合选配中应给予重点关注。     

新疆核桃种质资源遗传多样性AFLP分析

用AFLP技术对取自新疆温宿、巩留、和田、若羌、叶城、库车、阿拉尔的122份核桃种质材料进行了遗传多样性和亲缘关系的分析,筛选出7对多态性引物对122份核桃种质材料进行选择性扩增,共获得21989条扩增带,其中8810条具有多态性,平均多态检出率为40．1％。根据AFLP标记的结果,用DPS统计软件分析了核桃种质间的遗传相似系数、遗传距离,并对分析结果进行UPGMA聚类,聚类结果将122份核桃种质材料分为两大类群。第一类群被分为5个亚类,“温81”单独成一个亚类;第二类群被分成2个亚类,叶城的“千年核桃王”和阿拉尔的“阿7”独立成亚类;122份材料的遗传距离变幅在0．12000—0．93103之间。聚类结果很好地将栽培种质和古老种质分开,表明新疆不同地区的核桃种质间存在明显的遗传多样性。还揭示了“温8１”、“温179”等优良栽培种质及南疆一些古老核桃种质的遗传基础。     

大白菜种质资源遗传多样性分析

以41份大白菜核心自交系为试验材料,利用AFLP标记方法检测其遗传多样性水平,结果表明,12对引物组合多态性条带在4～26之间,平均多态率为45.75%。自交系间遗传距离在0.127～0.732之间,平均遗传距离为0.401。对4种生态类型的大白菜自交系进行组内多态性分析发现,平头型大白菜遗传多样性最为丰富,直筒型、卵圆型次之,短筒型遗传多样性最为狭窄。聚类分析表明,供试材料在低的自展值下被分为2个类群,但2个类群的划分不能完全反映大白菜的生态类型和形态特征。特殊配合力强、杂交优势明显的自交系间遗传距离相对较远,分别聚类在不同的类群中。研究结果明确了山西现有大白菜种质资源的遗传背景,对于有效发掘和利用山西省大白菜种质资源、杂种优势预测、亲本选配、育种水平提高具有重要的理论和实践意义。     

Assessment of the Genetic Diversity of Pummelo Germplasms Using AFLP and SSR Markers

The genetic diversities of 110 pummelo germplasms and 12 of their relatives were analyzed by SSR and AFLP methods. Approximately 99.1% of the 335 SSR loci were polymorphic, and 9.85 alleles per SSR locus were identified. The gene diversity values changed from 0.1939 to 0.9073, and 46 SSR polymorphic bands were scored. 72% of the 343 AFLP loci were polymorphic, and 82 polymorphic loci per AFLP were identified. Heterozygosity changed from 0.21863 to 0.28445, and 44 AFLP polymorphic bands were scored. The UPGMA result showed that 122 pummelo genotypes and their relatives could be divided into eight groups, and the pummelo genotypes composed mainly of Shatian pummelo varieties group, Wendan pummelo vareties group and a huge hybrid pummelo varieties group. The classification result was expected to widen the genetic background of pummelos using various target varieties.     

利用AFLP标记技术评价甘蓝型油菜的遗传多样性和亲缘关系

利用AFLP分子标记技术分析了25份甘蓝型油菜品种的遗传多样性.9对AFLP引物扩增出193条带,其中,73条呈多态性,多态性比率为38％.每对引物检测出的平均等位基因数为3.56,有效等位基因数为1.41.基因多样性、香农指数和遗传差异分别为0.25、0.62和0.39.在遗传相似系数0.66处,所有的甘蓝型油菜可分为3个类群,遗传相似系数表明,橄榄型油菜表现出丰富的遗传多样性.UPGMA聚类分析表明,品种间的亲缘关系与种质性状或来源关系不明显.     

甘肃省主栽马铃薯品种遗传多样性的AFLP与SSR分子标记分析

利用AFLP和SSR分子标记技术,对甘肃省的16个马铃薯主栽品种进行了遗传多样性分析,结果表明:在AFLP标记分析中,16个马铃薯品种间的遗传距离介于0.244 9~0.649 6,平均值为0.401 2;SSR标记分析中,16个马铃薯品种间的遗传距离介于0.135 9~0.801 4,平均值为0.477 0。AFLP标记具有丰富的多态性和较高的检测效率,SSR标记具有共显性、重复性好、扩增结果稳定等特点,两种技术均被应用于马铃薯品种遗传多样性分析、遗传图谱构建和基因定位等方面。     

菌草种质资源iPBS多样性分析

[目的]对47份菌草种质资源进行遗传多样性分析.[方法]利用iPBS (Inter Primer Binding Site Amplification,引物结合位点间扩增)分子标记技术对47份菌草种质资源材料进行遗传多样性分析.利用从28个iPBS引物中共挑选出的11个扩增效果较好的iPBS引物,对47份菌草种质材料的DNA进行PCR扩增和电泳分析.[结果]11个iPBS引物在47份菌草种质材料上共给出了208个多态片段,平均每个引物给扩增出18.9个多态片段,聚类分析表明,供试材料之间的遗传相似性系数(SM)分布在0.58～0.99之间,在遗传相似系数0.67时可将47份菌草种质材料分成10大类群,所有47份材料被区分开来.[结论]iPBS分子标记技术可以有效用于菌草种质资源材料的品种鉴定和遗传多样性分析,本研究为科学管理和利用菌草种质资源提供理论指导和技术支撑.     

SSR分析50份桃种质资源遗传多样性

利用16对SSR引物对不同产地的50份桃种质资源遗传多样性进行分析,结果表明:各位点的多态信息含量(polymorphism information content,PIC)在0.04~0.37,平均值为0.24。依据非加权组平均法聚类分析,50份桃种质资源可主要划分为3个类群(中晚熟种质、中早熟种质、超短低温早熟种质)。在湿热地区综合性状优异的短低温种质可单独聚类。观赏桃与鲜食普通桃亲缘关系最远。遗传分析表明:部分福建地方种质属于南方水蜜桃,从分子水平支持了先前认为这些种质源于江南(江浙沪)水蜜桃品种群的看法。     

利用SSR标记评价甘蔗品种遗传多样性

[目的]探讨甘蔗品种的遗传多样性。[方法]利用15对多态性SSR引物对20个广西主栽甘蔗品种的基因组DNA进行分析,研究现代甘蔗品种的遗传亲缘关系及各品种间的遗传距离。[结果]利用15对多态性SSR引物对20个甘蔗品种的基因组DNA进行扩增,共获得185条谱带。平均每个引物扩增出12.33条谱带,其中多态性条带占87.6%。供试甘蔗品种之间的遗传相似系数为0.554～0.826,平均值为0.679。根据UPGMA聚类分析结果,20个供试甘蔗品种可分为2个类群。[结论]20个供试甘蔗品种具有丰富的遗传多态性。SSR标记能较好地揭示供试甘蔗品种之间的遗传差异和亲缘关系。     

披碱草属12个物种遗传多样性的ISSR和SSR比较分析

 为了比较ISSR和SSR标记在披碱草属（Elymus L.）植物研究中的可应用性，用33个ISSR引物和137对小麦SSR引物对该属12个物种进行了分析。筛选出18个ISSR引物和14对小麦SSR引物可用于遗传多样性分析。12个物种的PCR分析表明，18个ISSR引物和14对SSR引物的多态性位点百分率分别为84%和91%，均表现出较高多态性，基于两种标记的种间聚类状况与物种的倍性水平和形态学相似程度存在较高一致性。在12个种间，ISSR的标记指数MI值（10.2）为SSR（4.3）的2.4倍，表明ISSR具有更大的标记效率；但在亲缘关系较近的肥披碱草、圆柱披碱草、麦宾草和披碱草等4个种间，SSR具有更大的标记效率。Mantel检测显示，在12个种间两种标记的遗传相似性显著相关（r= 0.856，t= 6.446），但在4个近亲缘关系种间相关不显著（r= 0.679，t= 1.595）。两种标记的标记效率和相关性在不同亲缘关系水平上的改变，说明不同的标记具有不同的多态性检测范围。     

麻核桃遗传多样性的SSR分析

本试验利用SSR标记技术对20个麻核桃品种的遗传多样性进行研究。从12对引物中筛选出6对用于正式PCR扩增,共检测到52个遗传位点,其中多态性遗传位点50个,多态位点百分率为96%。遗传相似性分析结果显示麻核桃种质间具有丰富的遗传多样性,遗传相似系数变幅为0.17~0.90,说明SSR标记能将20份种质完全区分开。UPGMA聚类结果显示,供试材料在相似系数为0.61处聚为4类。     

41个高粱品种遗传多样性的SSR标记检测

采用自行开发的52个SSR标记对41个高粱品种进行遗传多样性分析。结果表明,52对SSR引物在3%琼脂糖凝胶上共检测出277个等位变异,平均每个位点有5.3个等位变异。通过聚类分析将41个高粱品种分为2个类群。虽然多数籽粒高粱归在第1类群,而甜高粱主要分在第2类群,但无法清晰地划分2类高粱之间的遗传界限。     

用SSR标记比较亚洲栽培稻与普通野生稻的遗传多样性

 用 30对SSR引物比较了 5 2份不同生态型的栽培稻和 34份不同省 (区 )的普通野生稻 (简称CWR)的遗传多样性 ,发现在 2 84条多态性带中 ,有栽培稻特异带 15条 (5 .2 % ) ,普通野生稻特异带 117条 (41.2 % ) ,栽培稻与普通野生稻的差异主要来自野生稻。栽培稻和普通野生稻的平均基因多样性分别为 0 .6 7和 0 .9,每一位点在栽培稻中的等位基因平均为 5 .3,而在野生稻中平均为 9.6 ,栽培稻中的等位基因数仅为野生稻的 6 2 % ;野生稻材料间的平均遗传距离为 0 .80 11,远大于栽培稻品种之间的 0 .6 6 0 3,说明野生稻的遗传多样性大于栽培稻。此外 ,籼稻品种与粳稻品种之间的平均遗传距离也明显大于籼、粳亚种内品种间的遗传距离 ,表明籼粳分化是亚洲栽培稻遗传分化的主流。聚类分析结果表明 ,SSR标记既能较好地将栽培稻与野生稻分开 ,又能较好地进行籼粳稻的分类。