微卫星标记对籼稻品种遗传多样性分析

从水稻全基因组12条染色体上的439对SSR引物中选取30对,对国内外的12个籼稻品种进行遗传多样性研究。结果显示,试验选取的30对SSR引物中有29对具有多态性,多态性位点百分率为96.7%。这些多态性引物在12个材料中共扩增出137条多态性条带,平均每对SSR引物可检测到2～8个等位基因,平均4.7/位点。等位基因有效数(Ae)变幅为1～5.539,平均为3.47。多样性指数中,香浓多样性指数(I)为0～0.819,平均0.651;而Nei基因多样性指数变幅为0～1.907,平均1.3。Nei遗传距离及系统聚类和带型分析结果表明,利用SSR标记可将12份材料分为2个类群,国内和国外两个群体。说明SSR标记在区分水稻品种的生态型及遗传多样性研究方面具有重要作用,进一步证实了SSR标记是研究水稻种质资源分类、地理分布、生态类型的有效手段     

利用SSR标记技术分析中国啤酒大麦品种的遗传多样性

利用SSR标记技术对中国38个啤酒大麦品种的遗传背景进行了遗传多样性分析.结果表明,所用28对SSR引物（在大麦7对染色体长、短臂位置各选用了2对）中,有26对SSR引物有多态性,共检测出187个位点,其中172个等位位点有多态性,占91.9%;每个引物可扩增出1～22个位点,平均每个引物产生6.6个等位位点.26对SSR引物的多态性信息含量PIC最高为0.995,最低为0.375,平均PIC为0.713.聚类结果表明,这些品种的遗传距离（GD）聚类范围较小,分布范围在0.01124～0.74510,在遗传距离GD值0.6水平上,这些品种聚成了2大类,下分4个亚类.SSR标记揭示出这38个啤酒大麦品种遗传变异较小,遗传基础比较狭窄.     

湖南地方柚资源及其近缘种多样性的SRAP分子评价

以湖南本地柚类资源为试材,应用SRAP标记对41份柚类资源及5份近缘种的遗传多样性进行分析与鉴定。结果表明:平均每个引物组合可扩增出16.6条谱带,17对SRAP引物共扩增出283条谱带,其中多态性谱带235条,多态率为83.0%,基因多样度变幅为0.431 7~0.770 0,平均基因多样度为0.544 3;获得了21个基因型的37个SRAP特异性标记,不同引物组合可将42个基因型完全分开;柚类及近缘种等位基因平均数、平均杂合位点占比、SRAP表型杂合度(H0)分别为9.02、67.77%和0.343。聚类分析结果显示,41份柚种质及5份近缘种材料在遗传相似系数0.792处可分为6个组群:第1、2组群分别由24个和11个柚的地方品种构成;第3组群为柚的种间杂种类型,包括菠萝香柚、慈利金香柚、慈利甜柚2号和慈利水柚子;第4组群由慈利柚09–1、金瓜两杂种柚和酸橙、臭皮柑两近缘种组成;第5组群包括无核大红甜橙和温州蜜柑;第6组群为柠檬。综合SRAP标记结果与形态特征分析,认为慈利金香柚可能源于以柚类为母本、以橙类(或宽皮橘类)为父本的自然种间杂交后代。     

利用SSR 标记分析甘蔗重要亲本粤农73-204及其衍生品种的遗传多样性

为深入了解甘蔗重要亲本粤农73-204(YN73-204)及其衍生品种之间的遗传关系,利用SSR标记研究了甘蔗亲本粤农73-204及其衍生系、相关品种共计20份甘蔗材料的遗传多样性.结果显示,52对SSR引物检测到512个变异位点,每对引物平均为9.8个,变幅为5～20个.20份甘蔗材料遗传多样性GS变幅为0.6518～0.9086,整体遗传差异相对较小.54对引物多态性信息含量(PIC)变幅为0～0.50,平均为0.29.UPGMA聚类分析将20份甘蔗材料分成4大类,聚类结果能较好地反映品种之间的遗传关系.     

人参种源遗传多样性和遗传关系的AFLP分析

【目的】阐明不同种源人参的遗传关系和遗传多样性。【方法】用AFLP分子标记对来自我国吉林、辽宁2省及韩国、朝鲜的24份人参种源的多态性、亲缘关系和居群遗传多样性进行分析。【结果】从36对AFLP引物组合中,筛选出8对扩增条带清晰、多态性高的引物组合,用这8对引物共扩增出188个位点,其中138个位点为多态位点,多态位点百分率为73.4%;通过聚类分析,可将24个人参种源聚为4类;在集安、抚松和韩国的3个人参居群中,集安居群的Nei’s基因多样度、Shannon’s信息指数均最高,分别为0.1689和0.2738。【结论】AFLP分子标记研究结果能较好地揭示人参种源间的遗传多样性和遗传关系。     

菊芋种质资源鉴定及DNA指纹图谱的构建

[目的]为挖掘菊芋优异种质资源,补充菊芋DNA指纹图谱。[方法]本研究以12份菊芋品种和8份美国菊芋资源为基础,通过8对SSR与7对SRAP引物,检测菊芋基因组DNA差异,对待测品种和资源通过毛细管电泳以进行品种差异鉴定、聚类分析和DNA指纹图谱的构建。[结果]共筛选出14对特异性良好的引物,其中7对SSR引物共扩增出435个位点,具有多态性位点234个,多态性比率为53.7%;8对SRAP引物共扩增出285个位点,具有多态性位点146个,多态性比率为51.2%。聚类分析结果表明,20份菊芋材料被分为六大类,相近地理来源的菊芋大都聚为同一大类,美国菊芋种质资源被单独分为几类。共筛选出6对特异性较高的引物序列,构建了供试菊芋品种和资源的DNA指纹图谱。[结论]为不同产地和来源的菊芋种质资源鉴定和溯源提供了理论基础。结果表明SSR、SRAP标记用于菊芋品种选育及鉴定是可行的。     

广西野生大豆种质资源SSR引物筛选

【目的】筛选出多态性丰富的分子标记引物,为进一步研究广西野生大豆种质资源遗传多样性提供参考。【方法】运用SSR分子标记技术,选择60对核心SSR引物,对22份不同时期收集的广西野生大豆种质资源进行多样性分析,以筛选多态性引物。【结果】60对核心引物的等位变异数为1.0～8.0个,平均为 3.5个,有23个位点表现出良好的多态性、等位变异超过4个;不同连锁群上SSR位点等位变异有所不同,变化范围为1.67～5.00个,其中J连锁群等位变异最低,平均为 1.67个;B2和H连锁群等位变异最高,平均为5.00个。【结论】筛选的23对多态性丰富的SSR引物适合用于广西野生大豆遗传多样性分析。     

湖南柚种质资源的遗传多样性和亲缘关系

采用形态学标记与序列相关扩增多态性(SRAP)分子标记技术,对分布于湖南特定生态条件下的47份地方柚类种质资源的遗传多样性及亲缘关系进行分析。结果表明：①根据花与果实性状等形态学标记进行聚类分析,在欧式遗传距离10处可将柚类资源分为6个组群;②基于柚资源的SRAP分子标记进行分析,47份地方柚资源间的遗传相似系数为0.65～0.93,在相似系数0.798处可分为7个组群;③SRAP标记扩增结果表明,17对引物共扩增出319条带,其中275条带具有多态性,平均每对引物扩增出多态性带16.2条,多态性比率86.52%,基因多样度0.724 3,表明湖南柚类品种间具有丰富的遗传多样性;④将形态学标记聚类结果与SRAP分子标记聚类结果进行比较,发现二者都能很好地将柚类品种进行分类,SRAP标记不受环境因素影响,所揭示的柚类种质间的遗传差异更准确。综合以上结果,利用SRAP标记产生的特异性遗传标记可以区别大部分湖南地方柚类种质资源。     

广西野生大豆种质资源SSR引物筛选

【目的】筛选出多态性丰富的分子标记引物,为进一步研究广西野生大豆种质资源遗传多样性提供参考。【方法】运用SSR分子标记技术,选择60对核心SSR引物,对22份不同时期收集的广西野生大豆种质资源进行多样性分析,以筛选多态性引物。【结果】60对核心引物的等位变异数为1.0～8.0个,平均为3.5个,有23个位点表现出良好的多态性、等位变异超过4个;不同连锁群上SSR位点等位变异有所不同,变化范围为1.67～5.00个,其中J连锁群等位变异最低,平均为1.67个;B2和H连锁群等位变异最高,平均为5.00个。【结论】筛选的23对多态性丰富的SSR引物适合用于广西野生大豆遗传多样性分析。     

IT-ISJ标记及其在陆地棉遗传图谱构建中的应用

【目的】开发可用于植物遗传多样性分析和遗传图谱构建的新型标记。【方法】根据植物结构基因内含子拼接位点的保守序列,设计扩增内含子的内含子-外显子拼接位点（intron targeted intron-exon splice junction,IT-ISJ）标记引物,并用于陆地棉遗传图谱构建。【结果】利用704个IT-ISJ引物组合,对陆地棉高品质品种渝棉1号和多显性基因标记系T586进行多态性筛选,获得49个多态性引物组合,占筛选引物的7.0%。49个多态性引物组合在（渝棉1号×T586）F2:7重组近交系群体270个系中检测到58个位点。以58个IT-ISJ、150个SSR和8个形态标记进行连锁分析,构建的遗传连锁图包括22个连锁群、113个位点（49个IT-ISJ、62个SSR和2个形态标记）。连锁图覆盖714.5 cM,占棉花基因组的16.1%,标记间平均长度为6.3 cM。【结论】IT-ISJ标记多态性高,可有效地用于陆地棉遗传连锁图谱的构建。     

Assessment of the Genetic Diversity of Pummelo Germplasms Using AFLP and SSR Markers

The genetic diversities of 110 pummelo germplasms and 12 of their relatives were analyzed by SSR and AFLP methods. Approximately 99.1% of the 335 SSR loci were polymorphic, and 9.85 alleles per SSR locus were identified. The gene diversity values changed from 0.1939 to 0.9073, and 46 SSR polymorphic bands were scored. 72% of the 343 AFLP loci were polymorphic, and 82 polymorphic loci per AFLP were identified. Heterozygosity changed from 0.21863 to 0.28445, and 44 AFLP polymorphic bands were scored. The UPGMA result showed that 122 pummelo genotypes and their relatives could be divided into eight groups, and the pummelo genotypes composed mainly of Shatian pummelo varieties group, Wendan pummelo vareties group and a huge hybrid pummelo varieties group. The classification result was expected to widen the genetic background of pummelos using various target varieties.     

The power of microsatellite markers and AFLPs in revealing the genetic diversity of Hashemi aromatic rice from Iran

Hashemi, a popular aromatic rice among Iranians, is famous for its fragrance and taste. Such features are major reasons for its higher price compared to non-aromatic varieties available in Iran. Therefore, the knowledge of genetic diversity of this profitable crop is a fundamental ineterst for plant breeders in future breeding programs. In the present research, genetic diversity among 35 genotypes of Hashemi aromatic rice(Oryza sativa L.) from Guilan and Mazandaran provinces of Iran was estimated using simple sequence repeat(SSR) and amplified fragment length polymorphism(AFLP) markers. Out of 21 SSR and 12 Eco RI-Mse I AFLP marker combinations, only 16 SSRs and 10 AFLPs exhibited polymorphic patterns while others were monomorphic. The 10 AFLP primer combinations produced a total of 142 of bands and 20 were polymorphic(14.08%). Moreover, 40 out of 47 bands amplified with 16 SSR markers showed polymorphism(85.1%). The average number of alleles identified by SSR primers was 2.56 alleles per locus with a range of 2 to 4. The average value of polymorphic information content(PIC) was 0.393 and 0.468 for AFLP and SSR markers, respectively. However, the genetic similarity values ranged from 0.26 to 1 for SSRs and 0.21 to 1 for AFLPs. Later, a unweighted pair group method with arithmetic mean(UPGMA) dendrogram was generated and genotypes were clustered into four groups with SSRs at similarity coefficient of 0.55 while AFLPs clustered them into six groups at similarity coefficient of 0.41. Cluster analysis revealed a narrow genetic diversity and low correlation between geographical differentiation and genetic distance within cultivars.     

利用SSR和SRAP技术分析广西柑橘种质遗传多样性

利用SSR和SRAP 2种分子标记技术对11份广西野生柑橘种质、13份广西地方品种和10份对照品种,共计34份柑橘类材料进行遗传多样性分析,结果表明:选用22对SSR和11对SRAP引物组合进行PCR扩增,依次获得221和215条多态性条带,平均每对引物获得10.1和19.5条多态性条带;SSR聚类图显示34份柑橘种质两两之间的遗传相似系数为0.78~0.96,SRAP聚类显示遗传相似系数为0.60~0.92;2种分子标记基本上能有效地区分宽皮柑橘类、枸橼类、柚类、大翼橙类、宜昌橙类和马蜂柑;同时,广西地区宽皮柑橘类与道县野橘、皱皮柑类与元橘、印度野橘与枸橼类的尤力克柠檬、大种橙与大翼橙类和阳朔金柑、柚类与大翼橙类亲缘关系紧密。     

利用SSR标记对不同类型抗虫棉品种的遗传多样性分析

以97014,BR—S-10和sGK321等14份不同类型的抗虫棉花品种（系沩试验材料,利用SSR分子标记技术,对这些棉花品种（系）的遗传多样性进行了研究．结果表明,从126对SSR引物筛选出的22对引物均能在14份抗虫棉品种（系）中产生明显的扩增差异带,共检测出97个等位基因位点,其中多态性位点69个,多态性比率达71．1％．引物等位位点数在2～7个,平均每对引物为4．4个．利用Jaccard遗传相似系数计算了14份抗虫棉品种（系）的SSR数据的距离矩阵,按UPGMA方法进行聚类,发现14个品种（系）间的遗传距离在0．035～1．056．聚类分析表明,14份棉花品种（系）可分为2大类4亚类,其中,第1大类是以转基因的抗虫棉为主,第Ⅱ大类包括3个品种（系）,分别是中棉所的ISA4ne,BR—S-10和湖南农业大学的97014,这3个品种都为无蜜腺的形态抗虫棉品种,故较早的聚为一类．本研究表明,用SSR分子标记技术分析棉花不同品种间的遗传多样性是町靠的,揭示了抗虫棉花品种种质资源的多样性,大多数品种的遗传基础比较狭窄．     

甘肃地方杏品种资源的SSR遗传多样性分析

为了探明甘肃地方杏品种资源的遗传多样性,以甘肃省农科院林果花卉所杏品种资源圃保存的18个地方品种为试材,采用SSR分子标记技术开展研究。结果表明,利用来自杏和桃上的10对引物共扩增出76条谱带,其中多态性条带54条,占总扩增谱带的71.05%。观察杂和度(H₀)、香农指数(I)和遗传相似系数的平均值分别为0.589、1.334和0.402,在相似系数为0.720处将18个品种分为7个大组：第1、2、4组分别由兰州麦杏、临夏早杏和甜馍馍杏独立成组,第3组由兰州虎爪杏、唐汪杏等3个品种组成,第5组由小曹杏和大曹杏2个品种组成,第6组由兰州大屁眼杏等6个品种组成,第7组由临夏泉眼口杏等4个品种组成。可见,甘肃地方杏品种具有丰富的遗传多样性,采用SSR特异性引物可以鉴别甘肃地方杏品种。     

烟草种质资源遗传多样性及亲缘关系的AFLP分析

 【目的】揭示烟草种质资源的遗传多样性及亲缘关系。【方法】选用4对AFLP选择性扩增引物（EcoRI＋3/MseI＋3）对48份烟草材料的基因组DNA进行选择性扩增。【结果】共获得321条扩增带，其中174条具有多态性，平均多态检出率为54.2%。对AFLP扩增结果采用UPGMA法进行聚类分析，可以将48份烟草资源分为两大类群，即黄花烟草群和普通烟草群，普通烟草可进一步分为4组；48份材料的遗传距离变幅在1.41～11.0之间。【结论】AFLP标记技术能较好地从分子水平揭示中国烟草种质资源的遗传背景、亲缘关系及演化规律。     

黑稻资源遗传多样性的SSR分析

利用24对SSR引物比较了来自中国6个省市的29个黑稻品种的遗传多样性。结果表明,24对引物在上述品种中共检测到76个多态位点;多态位点的等位基因丰度、遗传多样性指数和平均香农指数分别为3.17、0.5287和0.9058,品种间遗传相似系数变异在0.0833-0.9583之间,说明黑稻中存在丰富的遗传多样性。利用品种间的遗传相似系数进行聚类分析,可将29份材料分为3个类群,其SSR分子标记分析表现出一定的地域相关性。     

基于AFLP的粤糖系列甘蔗品种亲缘关系分析

从30对AFLP引物中筛选出9对多态性较好的引物,对29个粤糖系列甘蔗品种及其主要亲本进行分析,结果表明,每对引物的多态性位点平均为62个,多态性位点率为81.7％.29个甘蔗品种的遗传相似系数介于0.4436～0.8463之间,平均为0.7042,遗传多样性属中等水平.遗传相似系数分析表明,在系谱中亲缘关系密切的品种...