嗜热蛋白酶生产菌DPE7的16 S rRNA基因克隆及系统发育

[目的]确定嗜热蛋白酶生产菌DPE7的系统发育地位。[方法]通过PCR方法扩增出嗜热蛋白酶生产菌DPE7的16 S rRNA基因片段,并对其进行了克隆和测序。[结果]对该序列在GenBank中的BLAST结果表明,相似性高于99%的序列中大部分是泥土芽胞杆菌的16 S rRNA基因序列,其中与Geobacillus toebii T1680的16 S rRNA基因序列相似性达99.60%。对菌株DPE7和其他13株泥土芽胞杆菌的16 S rRNA基因序列进行系统发育分析,菌株DPE7与其中的4株泥土芽胞杆菌聚类在一起。[结论]经16 S rRNA基因序列同源性比较和系统发育分析,确定菌株DPE7为泥土芽胞杆菌。     

16S rRNA与Vitek-32对临床感染猪肠球菌鉴定结果比较

旨在利用两种常用的细菌分型方法对感染猪的肠球菌的鉴定结果进行比较和分析.将从河南洛阳、济源、许昌、南阳等地送检病猪体内分离的42株革兰阳性球菌纯培养后,分别用16S rRNA基因序列比较和Vitek-32全自动细菌鉴定系统进行鉴定.Vitek-32对42株分离茵中的34株鉴定到种的水平,分别是粪肠球茵(E.faecalis)10株、屎肠球菌(E.faecium)2株、铅黄肠球菌(E casseliflavus)22株;另有8株未成功鉴定.16S rRNA基因序列分析对42株分离菌成功的鉴定结果是为粪肠球菌12株,屎肠球菌30株.经比较发现,Vitek-32鉴定的10株粪肠球菌中除1株被16S rRNA鉴定为屎肠球菌外,其余9株均相同;Vitek-32鉴定的2株屎肠球菌与16S rRNA鉴定结果相同;Vitek-32鉴定的22株铅黄肠球菌除了1株被16S rRNA鉴定为粪肠球菌外,其余全部被鉴定为屎肠球菌;8株未能被Vitek-32鉴定的肠球菌被16S rRNA方法分别鉴定为粪肠球菌(2株)和屎肠球菌(6株).在感染猪的肠球茵分型鉴定中,Vitck-32对粪肠球菌鉴定结果与16S rRNA比较具有较高的一致性(75%);而对于屎肠球菌的鉴定结果与16SrRNA比较出现了较大的差异(93.3%).     

产胞外淀粉酶极端嗜盐古菌CY的16S rRNA基因的克隆、测序及系统发育分析

从云南省一平浪盐矿采集盐矿样品,采用丰富的嗜盐培养基富集,平板划线分离,淀粉平板检测,分离到1株产胞外淀粉酶的极端嗜盐古菌,暂时命名为CY。采用通用的引物,对其16S rRNA基因进行PCR扩增、克隆和测序,并对16S rRNA基因序列进行系统进化分析,从16S rRNA基因序列的同源性比对发现CY菌株属于嗜盐古菌Halorobrum属。     

仔猪关节炎粪肠球菌生物学特性研究

从病猪肿大的跗关节中分离了1株疑似肠球菌菌株,经过常规方法进行染色特性、培养特性观察以及敏感性和致病试验,利用Vitek-32全自动细菌鉴定系统进行生化特定,并用PCR方法扩增分离株的16S rRNA基因克隆测序,与GenBank上登录的相关菌株及3个粪肠球菌标准菌株进行16S rRNA序列比较、同源性分析并构建系统发...     

芝麻粕降解菌株的筛选诱变及鉴定

从自然界筛选得到一株能够降解芝麻粕粗蛋白的菌株LQ,对其16S rRNA基因序列进行了测定,构建了分子系统发生树,分析了相关细菌相应序列的同源性。结果表明:菌株LQ的16S rRNA基因序列长度为1 447 bp,与芽孢菌属等细菌的16SrRNA基因序列自然聚类,在检索出的芽孢杆菌序列中,该菌株与解淀粉芽孢杆菌的同源性达99%,为解淀粉芽孢杆菌。对菌株LQ进行紫外诱变,其蛋白酶活力587.3 U/mL。     

一株海洋光合细菌D25的分离与鉴定

从威海近海采得的海洋沉积物中经过富集培养和分离筛选,得到一株紫色菌落的海洋光合细菌,编号为D25。利用梅里埃公司细菌鉴定系统对菌株的生理生化特征进行了检测,API 20E检测结果共有ADH、CIT等4项检测项目呈阳性,ONPG、LDC等16项检测项目呈阴性。经PCR反应得到16S rRNA基因序列,16S rRNA基因序列测定和分析结果显示该菌株为嗜硫小红卵菌(Rhodovulum sulfidophilum)。     

牙鲆鱼肠道鼠李糖乳杆菌P15的分子鉴定与系统发育分析

[目的]对1株分离自健康牙鲆鱼肠道固有菌群的乳杆菌P15进行分子鉴定。[方法]利用PCR技术测定该菌株的16S rRNA基因序列,然后在GenBank中进行相关细菌相应序列的同源性比对,利用MEGA（4.0）软件进行系统发育学分析。[结果]获得了该菌株的16S rRNA基因序列（登录号为AY852248）。菌株P15与鼠李糖乳杆菌（Lactobacillus rhamnosus）的亲缘关系最近。[结论]菌株P15被鉴定为鼠李糖乳杆菌。     

酰胺醇类-噁唑烷酮类交叉耐药基因在某规模化养猪场的流行情况分析

为了调查研究河南省某规模化养猪场粪肠球菌中酰胺醇类-噁唑烷酮类交叉耐药基因optrA、cfr和poxtA的扩散情况,对52份采样菌株进行了分离、纯化和16S rRNA基因序列测序,并进行了药物敏感性测定、接合转移及MLST分型试验。通过16S rRNA基因序列测序比对,鉴定52份采样菌株为粪肠球菌,序列同源性达99.9%。药物敏感性实验结果表明,52株粪肠球菌分离株对氟苯尼考的耐药率达76.9%,对利奈唑胺的耐药率为9.6%(5/52)。PCR扩增结果显示optrA阳性检出率为75.00%(39/52),poxtA阳性检出率为0.19%(1/52),cfr阳性检出率为0%。通过平板接合试验获得了4株optrA阳性接合子,发现其耐药表型发生了转移。多位点序列分型(MLST)试验结果表明:在接合成功的4株供体野生菌株中,3株(水源/病猪源/苍蝇源)分型为ST692,1株仔猪源野生株分型为ST632。     

酰胺醇类-噁唑烷酮类交叉耐药基因在某规模化养猪场的流行情况分析

为了调查研究河南省某规模化养猪场粪肠球菌中酰胺醇类-噁唑烷酮类交叉耐药基因optrA、cfr和poxtA的扩散情况,对52份采样菌株进行了分离、纯化和16S rRNA基因序列测序,并进行了药物敏感性测定、接合转移及MLST分型试验。通过16S rRNA基因序列测序比对,鉴定52份采样菌株为粪肠球菌,序列同源性达99.9%。药物敏感性实验结果表明,52株粪肠球菌分离株对氟苯尼考的耐药率达76.9%,对利奈唑胺的耐药率为9.6%(5/52)。PCR扩增结果显示optrA阳性检出率为75.00%(39/52),poxtA阳性检出率为0.19%(1/52),cfr阳性检出率为0%。通过平板接合试验获得了4株optrA阳性接合子,发现其耐药表型发生了转移。多位点序列分型(MLST)试验结果表明:在接合成功的4株供体野生菌株中,3株(水源/病猪源/苍蝇源)分型为ST692,1株仔猪源野生株分型为ST632。     

斑点叉尾鮰柱形病病原的分离鉴定及药敏试验

从网箱患柱形病的斑点叉尾鮰病灶中分离到一株细菌(YZ130310),经回归感染试验证实其具有高度致死性.经形态学观察、生理生化特性和16S rRNA基因序列分析鉴定,其主要特征为:革兰氏阴性,菌体细长、两端钝圆、弯曲或直的杆状,菌落浅黄色,边缘不整齐呈根须状;氧化酶、过氧化氢酶阳性,分解酪素和明胶,不分解纤维素、几丁质、酪氨酸、七叶灵和淀粉,硝酸盐还原阳性,吲哚和葡萄糖产气阴性.菌株的16S rRNA基因序列分析结果表明,菌株YZ130310与GenBank上登录的柱状黄杆菌(Flavobacterium Columnare)ATCC 49512株的16S rRNA序列同源性最高,其相似性达99.6％;在基于16S rRNA基因序列构建的系统发育树中,菌株YZ130310与柱状黄杆菌(AY095342)聚为一支.综合形态及生理生化特点和分子生物学的分类鉴定结果,菌株YZ130310可鉴定为柱状黄杆菌(F Columnare).16种抗菌药物的敏感性试验结果表明,菌株YZ130310对头孢哌酮等7种药物敏感,对阿米卡星和氧氟沙星2种药物中度敏感,对头孢氨苄等7种药物存在不同程度的耐药性.     

鲢鳙打印病豚鼠气单胞菌主要特性及系统发育学分析

对从鲢(Hypophthalmichthysmolitrix)鳙(Aristichthysnobilis)打印病病死鱼中分离到的豚鼠气单胞菌(Aeromonascaviae),进行了形态与理化特性等方面较系统的表观分类学指征鉴定。同时择代表菌株(HC960704-1)进行了16SrRNA基因的分子鉴定,测定了16SrRNA基因序列、分析了相关细菌相应序列的同源性,构建了系统发生树;HC960704-1的16SrRNA基因序列长度为1416bp(GenBank登录号:AY966888),与GenBank数据库中的气单胞菌16SrRNA基因序列的相似性在98%和100%。     

斑点叉尾鮰烂鳃病病原柱状黄杆菌的分离及鉴定

[目的]对从斑点叉尾鮰烂鳃病中分离的病原菌进行分类学地位鉴定。[方法]采用人工感染确定其病原性,常规生理生化鉴定和16SrRNA基因序列分析方法进行分析。[结果]该菌株为革兰氏阴性杆菌,滑行运动,无鞭毛,菌体大小为(0.3～0.5)μm×(5～10)μm,过氧化氢酶反应阳性,不能发酵和利用葡萄糖等多糖,不水解酪氨酸,不产生吲哚。所测16SrRNA基因序列经BLAST分析表明,与GeneBank上登录的柱状黄杆菌的16SrRNA序列同源性最高,其相似性达98.2%。基于16SrRNA基因序列构建的系统进化树表明,菌株GHS061212与柱状黄杆菌(AY841899)聚为1个分支,且置信度较高,为71.0%。[结论]菌株GHS061212被鉴定为柱状黄杆菌,这是国内首次报道斑点叉尾鮰烂鳃病病原为柱状黄杆菌。     

山药内生菌的分离及菌种鉴定研究

[目的和方法]分别采用5种培养基对山药根根中的内生菌进行分离,得到了10株内生菌,通过形态学分析其为4种微生物,16S rRNA比对分析确定其分属为欧文氏菌属(Erwinia)和芽孢杆菌属(Bacillus),未发现放线菌和真菌.[结果]表明山药内生菌极为单调.其中,能在山药浸出液培养基中大量产生多糖的菌株SS2的16S rRNA与模式菌株Erwinia pyrifoliae Ep1/96~T 最大同源性为97.1;.[结论]极有可能为新种.     

一株中度嗜盐菌新种LYG2#的分离与鉴定

[目的]对一株从连云港青口卤水中分离纯化出的细菌LYG2#进行分类学鉴定。[方法]通过16S rRNA基因序列比对、系统发育分析和一系列生理生化指标测定对该细菌LYG2#进行鉴定。[结果]该菌为革兰氏阴性菌,菌落形态为圆形,粉红色。电镜下观察菌体为螺旋状,长1.50~2.00μm,宽0.24μm。LYG2#最适生长盐浓度为9.6%,最适生长温度为32℃,最适pH为8.5。通过16S rRNA基因序列比对,发现其与Spiribacter salinus M19-40~T的相似度最高,为95.98%。菌株LYG2#在中国科学院的保藏号为CGMCC 1.12136,Gen Bank序列登录号为JQ087462。[结论]分离的菌株LYG2#为一株中度嗜盐菌,是Spiribacter属的一个新种资源。     

糖蜜草内生固氮菌IS-PCR和16S rRNA基因全序列分析

采用插入序列指纹图谱分析（IS-PCR）和16SrRNA基因全序列分析,对来源于优良牧草——糖蜜草Melinis minutiflora Beauv．内生固氮菌进行研究．结果表明,糖蜜草中分离的内生固氮菌与产脂固氮螺菌模式菌株DSM1691的插入序列指纹图谱存在着差异;来源于糖蜜草的4株菌紧密地聚在一起,与GenBank中已知产脂固氮螺菌Azospirillum lipoferum的16SrRNA基因全序列有97％的序列相似性．初步确定糖蜜草中分离的内生固氮菌为一新类群的内生固氮菌．     

一株副乳房链球菌的分离鉴定及生物学分析

从四川省某大型养殖场病死猪肺脏分离到一株副乳房链球菌,观察该菌株的生长特性、染色特性,进行生化鉴定、药敏鉴定、毒力试验以及16S rRNA基因序列进化树分析。结果显示：该分离株的16S rRNA序列与副乳房链球菌的同源性为99%。分离株在TSA琼脂培养基上呈光滑圆形,半透明的菌落,在血琼脂上呈β溶血;对小鼠的致病性试验测得LD50为206×107 cfu·只-1;药敏试验表明,其对头孢类药物较为敏感,对喹诺酮类、四环素类以及氨基糖苷类不敏感。该研究为该菌的临床诊断、疾病预防、选药治疗等奠定了基础。     

金鱼维氏气单胞菌的分离鉴定与药敏分析

从养殖场患病金鱼脾脏分离到1株优势菌株,形态特征和生理生化测试结果表明:该菌为革兰氏阴性杆菌,发酵葡萄糖产酸产气,氧化酶、接触酶阳性,生长无需NaCl。结合16SrRNA基因序列和系统发育树的分析结果,确定该菌为维氏气单胞菌(Aeromonasveronii)。药敏试验结果显示:在18种抗菌类药物中,分离菌对氯霉素、氟苯尼考、头孢氨苄、利福平和新生霉素5种药物敏感,而对强力霉素等11种药物敏感度低。     

一株海洋细菌HZBN43的鉴定(英文)

[Objective] The aim of this study is to identify a bacterial strain isolated from ocean water from the Yellow Sea.[Method]Using 16S rRNA technique,a strain from Yellow Sea was preliminarily identified and analyzed.[Result]One 1 521 bp fragment of 16S rRNA was amplified from the strain HZBN43;homology analysis between the yielded sequence and the 16S rRNA sequences accessed in NCBI from other strains showed that HZBN43 belonged to Bacillus,and shared 99.79% homologue with the known species of Bacillus selenatarsenatis.[Conclusion]The sequence of strain HZBN43 was obtained.However,because of the incomplete sequence,the confidence level is just 46,so other corroborations are still required for grouping HZBN43 into an exact species.