多浪羊IL-1β基因的克隆及序列分析

[目的]进行多浪羊IL-1β基因的克隆及序列分析,为多浪羊IL-1β的功能研究及多浪羊免疫应答基因的筛选奠定基础.[方法]根据GenBank中NM_001009465.2的mRNA序列设计引物,以新疆多浪羊淋巴细胞的总RNA为模板,用RT-PCR扩增多浪羊IL-1β基因序列.[结果]IL-1β基因序列包含了一个862 bp的开放阅读框,成熟蛋白编码的氨基酸序列长度为286个氨基酸.通过IL-1-β核苷酸多序列比对发现,第70、163、180、269位上四个相对保守的碱基处出现了四个突变;通过IL-1-β氨基酸多序列比对,第24、36位上两个氨基酸发生突变.通过G enBank中的Blastn序列比较分析,多浪羊的IL-1β基因与普通绵羊的同源性高达99;.[结论]在进化树体系中,多浪羊与反刍动物集成一束,它们与其它哺乳动物源于共同的祖先,但分别处于进化树上不同的分支.     

多浪羊IFN-γ基因克隆及核苷酸序列分析

为了分析新疆多浪羊的IFN-γ基因,根据GenBank中NM_001009803的mRNA序列设计引物,以新疆多浪羊淋巴细胞的总RNA为模板,用RT-PCR扩增多浪羊IFN-γ基因序列。测序结果表明I,FN-γ基因序列包含了一个582 bp的开放阅读框,通过GenBank中的Blastn序列比较分析,多浪羊的IFN-γ基因与普通绵羊的同源性高达99.82%,为多浪羊IFN-γ的功能研究及多浪羊免疫应答基因的筛选奠定基础。     

利用rbcL基因序列比对分析广西优质红锥种质资源的遗传多样性

通过PCR扩增得到10个红锥品系的rbcL基因全序列,均为1.513 kb.核苷酸序列比对结果表明,在256-1 455 bp区间10个红锥品系共有16处碱基发生变异,变异率为1%,其中在306 bp和634 bp处10个红锥品系较同属对照castanopsis lucida均发生相同的变异,可以看作属内进化信息碱基.对表达的氨基酸序列进行比对分析,发现16处碱基变异共引起8处氨基酸序列变异.     

BMPR-IB基因作为多浪羊高繁殖力候选基因的研究

[目的]以骨形态发生蛋白受体(BMPR-IB)基因作为多浪羊的高繁殖力候选基因,研究该基因对多浪羊产羔性状的影响.[方法]采用PCR-SSCP和PCR-RFLP技术检测多浪羊BMPR-IB基因的单核苷酸多态性;用最小二乘法分析不同基因型与产羔数的相关性;并对基因型纯合个体进行测序.[结果]BMPR-IB基因在多浪羊中存在三种基因型即野生型++、突变杂合型B+和突变纯合型BB;基因型频率分别为0.741、0.254和0.005;B和+等位基因频率分别为0.132和0.868.BB基因型与++基因型相比在BMPR-IB基因编码区第746位碱基处发生了和Booroola绵羊相同的突变(A→G).B+基因型的平均产羔数比++基因型多0.51只(P<0.01),差异极显著.[结论]BMPR-IB基因是影响多浪羊多胎性状的一个主效基因,可作为一个分子标记用于多浪羊的选育.     

高致病性PRRSV NSP 2基因的扩增与分析

利用软件Oligo6.0设计1对针对PRRSV Nsp2基因的特异性引物,对已检测为PRRSV阳性的病料进行PRRSV Nsp2基因扩增及测序.应用DNAstar软件将所测序列与VR-2332毒株、CH-1a毒株(2001)进行比对,发现JXYC与JXNC毒株的核苷酸序列都有87个碱基连续缺失,在与JX2毒株(2007)VR-2332毒株进行比对时发现有相同的缺失,这说明PRRSV已经发生重大变异,而高致病性PRRSV变异不大.该研究补充和丰富了PRRSV毒株的基因组信息数据及PRRSV的分子流行病学的内容.     

贵州黑山羊IL-2基因的克隆及序列分析

根据Gen Bank中山羊IL-2基因序列(登录号:NM_001287567)设计一对特异性引物,采用RT-PCR技术从贵州黑山羊外周血淋巴细胞中扩增IL-2基因,并将其克隆到p MD19-T载体上,构建IL-2基因克隆质粒,通过质粒PCR、双酶切和序列测定进行鉴定,对其核苷酸、氨基酸进行了比对分析并绘制系统进化树。结果表明,贵州黑山羊IL-2基因大小为468 bp,编码155个氨基酸。该基因与山羊、绵羊、藏羚羊、蓝牛羚、林麝、猪、牛、猫、大熊猫、犬、人、鼠、鸡等动物的核苷酸一致性在39.6%~100%,氨基酸一致性在26.7%~100%,遗传进化树表明,贵州黑山羊IL-2基因与鸡亲缘关系最远。     

新疆地方绵羊ND2基因多态性及系统发育分析

为研究新疆地方绵羊遗传多样性和系统进化,以塔什库尔干羊、和田羊和多浪羊为研究对象,采用PCR、测序法和生物信息学方法分析绵羊NADH脱氢酶亚单位2(NADH dehydrogenase subunit 2,ND2)基因核酸序列。结果表明,共发现了22个多态位点,其中有9个单一多态位点,简单信息位点(2个碱基)有13个;299和883位点是非同义突变;绵羊群体单倍型多样度(Hd)为0.641,核苷酸多样度(Pi)为0.357%,平均核苷酸差异数(k)为3.4;D世系发现多浪羊个体。结果支持摩弗伦羊是家绵羊野生祖先的观点。     

新疆三个绵羊品种EST-SSR多态性的遗传分析

从国际公共生物数据库检索获得绵羊皮肤组织EST中筛选SSR,搜索到含有SSR的196条EST,共209个SSR位点,占整个绵羊皮肤组织EST数据库的6.3%,其中双碱基重复最多,占总SSR的71.8%,AC/TG重复在双碱基类型中最丰富,占双碱基微卫星序列总数的67%。根据筛选到的SSR设计并合成引物22对,其中18对在中国美利奴羊上有目的扩增条带。选用重复性好、多态性高的5对引物在中国美利奴羊、多浪羊和罗姆尼羊三个群体内进行PCR扩增,共检测到25个等位基因,位点多态信息含量变化范围为0.5030～0.7583,多态信息丰富;三个群体内等位基因类型、频率分布差异较大,发现了半细毛和细毛羊群体特有的3个等位基因;群体聚类结果表明,罗姆尼羊和多浪羊遗传距离最小。     

藏绵羊GHRH基因部分片段的克隆及HaeⅢ-RFLP分析

对欧拉型藏绵羊生长激素释放激素(GHRH)基因部分片段进行PCR扩增、纯化和克隆测序,利用GenBank中的Blastn方法与普通牛相应基因序列进行了比对分析,并对54只欧拉型藏绵羊该基因片段进行了HaeⅢ-RFLP研究。结果表明:欧拉型藏绵羊与普通牛GHRH基因部分序列间同源性为93%;序列间碱基变异类型主要表现为碱基转换和颠换,亦存在碱基插入和缺失;54只欧拉型藏绵羊该基因片段HaeⅢ-RFLP分析均为单态,表现为AA基因型。     

常年性和季节性发情绵羊品种HIOMT基因的PCR-SSCP分析

【目的】探讨季节性与常年性发情绵羊品种在HIOMT基因序列上的差异,为培育常年性发情绵羊品种提供辅助选择标记(MAS)。【方法】采用基因克隆测序及PCR-SSCP技术,分析小尾寒羊、新疆细毛羊、多浪羊和阿勒泰羊共计179个个体的羟基吲哚-氧-甲基转移酶(HIOMT)的3′非翻译区部分序列及其遗传多样性。【结果】在HIOMT基因的3′非翻译区存在PCR-SSCP多态,共发现AA、BB、CC、AB、AC和BC 6种基因型,在小尾寒羊群体中发现以上6种基因型,在新疆细毛羊群体中发现除CC基因型外的其他5种基因型,在阿勒泰羊群体中发现AA、BB、AB和BC 4种基因型,在多浪羊群体中只发现了AA、CC和AC 3种基因型。与AA基因型相比,BB基因型在第94,95,96和201 bp 4处发生了突变,CC基因型在第94,201和217 bp 3处发生了突变。Hardy-Weinberg平衡检验显示,小尾寒羊和多浪羊群体处于平衡状态,新疆细毛羊和阿勒泰羊群体处于非平衡状态。小尾寒羊、新疆细毛羊和阿勒泰羊群体多态信息含量为高度多态(PIC>0.5),多浪羊群体为中度多态(0.25相似文献   

自然感绵羊慢性病毒对新疆卡拉库尔羊品种敏感性研究

【目的】用绵羊进行性肺炎病毒((OPPV)实验感染新疆卡拉库尔羊,为证实新疆卡拉库尔羊对OvLV美国株(OPPV)的敏感性很低,且呈现亚临床性感染。【方法】琼扩试验(AGID)检查血清OvLV抗体和进行病理组织学检查,以确定是否有特征性病变的靶器官。【结果】只有33%的受试羊在首次检查时出现内线和外线,乳腺是最敏感的靶器官,其次是肺。【结论】通过对自然感染绵羊慢性病毒新疆株的新疆卡拉库尔羊的研究,证实了新疆卡拉库尔羊是对OvLV的低敏感性品种。     

天然甘氨胆酸和牛磺胆酸的提取研究

[目的]建立从牛羊胆汁中分离提纯天然甘氨胆酸和牛磺胆酸的工艺。[方法]采用盐析、萃取、脱水等生物化学方法和柱层析正交试验筛选天然甘氨胆酸和牛磺胆酸的最佳提取工艺。[结果]在流动相为氯仿和正丁醇,洗脱比例为3：2,装样量为3000ml胆汁粗提物,洗脱速度为6～10ml／s时提取量最大。所得产品经薄层层析法、红外光谱扫描法证实为甘氨胆酸和牛磺胆酸。经薄层扫描法测定含量,甘氨胆酸和牛磺胆酸平均纯度分别达98．4％和98．6％;提取方法平均回收率分别为63．7％和67．8％。该提取方法稳定可行,具有原材料丰富、价廉,产品纯度高、活性强等优点,适宜对天然甘氨胆酸和牛磺胆酸进行分离提制。[结论]建立了适宜对天然甘氨胆酸和牛磺胆酸进行分离提制的提取工艺。为甘氨胆酸和牛磺胆酸的工业化生产奠定了基础。     

小尾寒羊AA-NAT基因克隆及其与繁殖性能的关系

根据牛AA-NAT基因DNA序列和绵羊该基因mRNA序列,设计5对引物(P1～P5),每对引物分别扩增随机选取的8只小尾寒羊,PCR产物克隆测序,序列拼接获得小尾寒羊AA-NAT的DNA序列,总长为2 138 bp。序列比对发现P3的扩增产物中存在C617T的沉默突变。根据获得的小尾寒羊AA-NAT基因的DNA序列设计引物P6,利用PCR-RFLP技术分别在常年发情绵羊品种(小尾寒羊、白杜泊)和季节性发情绵羊品种(滩羊、萨福克和特克塞尔)中检测该位点的多态性。结果发现引物P6扩增片段在滩羊、萨福克和特克塞尔中均检测到CC、CT和TT 3种基因型,在小尾寒羊和白杜泊中只检测到CC和CT 2种基因型;该突变位点不同基因型分布在常年发情绵羊品种和季节性发情绵羊品种间存在显著差异(P<0.05);小尾寒羊CC和CT基因型频率分别为0.24和0.76,CC型母羊平均产羔数比CT型多0.48只(P<0.01)。本研究结果初步表明,AA-NAT基因617位点与绵羊的常年发情可能存在一定关联,C等位基因可能是提高绵羊产羔数的一个潜在有效的标记。     

利用结构基因座分析中国蒙古羊系统内部分不同生态型绵羊品种遗传分化关系及距离隔离机制

 【目的】探讨蒙古羊系统内部分品种间的遗传分化关系,揭示蒙古羊系统内主要不同生态型地方绵羊品种形成的地理距离隔离机制。【方法】以中国蒙古羊系统内5个地方绵羊品种,湖羊、同羊、小尾寒羊、滩羊和洼地绵羊为研究对象,以多座位电泳法检测5个地方绵羊品种的20个结构基因座（包括Al、Gc、Tf、Cp、Alp、Ary-Es、Lap、Hb-α、Hb-β、Xp、CA、Dia-I、Dia-Ⅱ、MDH、GPI、EsD、α2-M、Cat、Ly和Ke）的变异。【结果】5个绵羊群体间的系统发生关系不满足距离隔离模式,绵羊群体间的遗传分化关系的远近与其地理分布并未表现出紧密的线性相关。【结论】5个绵羊品种分别起源于不同时期的蒙古羊始祖群体,同时在品种间存在一定程度的基因交流,并在各自特有的生态环境中经历不同程度的自然选择和人为选择培育而成。     

巴什拜羊不同发育阶段骨骼肌中miR-486靶基因的研究

【目的】为了深入挖掘巴什拜羊不同发育阶段骨骼肌中miR-486的靶基因,为最终阐明巴什拜羊优良肉质性状形成的分子调控机制奠定基础,同时为巴什拜羊的持续选育提供理论依据。【方法】分别采集了巴什拜羊胎儿期40,50,60,80,100和120 d,以及出生当天,出生后30,60和90 d共计10个不同发育阶段的骨骼肌组织,分别利用胎儿期6个阶段的混合mRNA和出生后4个阶段的混合mRNA构建了胎儿期和出生后骨骼肌中miR-486调控靶基因的cDNA文库,并利用高通量测序技术对cDNA文库中的靶基因信息进行了深入挖掘。在对所得候选靶基因功能分析的基础上,选择10个候选靶基因,使用qRT-PCR检测其在巴什拜羊上述10个不同发育阶段骨骼肌中表达量的变化,结合课题组前期获得的miR-486在巴什拜羊不同发育阶段骨骼肌中的表达规律,对其靶向调控关系及生物学功能进行初步验证和分析。进而选择其中的4个候选靶基因使用荧光素酶报告载体试验和巴什拜羊骨骼肌卫星细胞中的靶向调控试验最终确认其靶向调控关系。【结果】通过对两个cDNA文库高通量测序数据的分析,胎儿期和出生后分别获得了123个和118个miR-486的靶基因,因其靶向调控关系未经实验验证,故暂称为候选靶基因。其中有96个为两个阶段共表达的候选靶基因,其余27个和22个分别为胎儿期和出生后骨骼肌中特异表达的候选靶基因。GO和KEGG分析结果表明所得候选靶基因显著富集于与肌肉分化和肌纤维发育相关的代谢和信号转导通路,诸如PI3k-Akt、MAPK、Wnt、Adherens junction和Regulation of actin cytoskeleton等。qRT-PCR检测结果表明所选10个候选靶基因在不同发育阶段巴什拜羊骨骼肌中均有表达,但其表达变化规律有所不同。PTEN、Foxo1、Dock3、PAX7、IGF1R、PIK3I1和FBN1在胎儿期巴什拜羊骨骼肌中呈高表达,出生后其表达量显著下调,而OLFM4的表达量则呈相反的变化趋势,ARHGAP5和PDCD4在胎儿期和出生后巴什拜羊骨骼肌中的表达量未见显著变化。对其中4个候选靶基因的进一步试验验证,双荧光素酶报告载体试验结果表明,miR-486可以高效结合在其候选靶基因PTEN、Foxo1、IGF1R和PIK3R1的靶位点上,进而极显著抑制其后萤火虫荧光素酶的活性;巴什拜羊骨骼肌卫星细胞中的靶向调控试验结果亦表明miR-486可以显著下调上述4个候选靶基因的mRNA水平,抑制其生物学功能。所以可以确证在巴什拜羊骨骼肌中miR-486可以靶向调控PTEN、Foxo1、IGF1R和PIK3R1的表达。【结论】对巴什拜羊不同发育阶段骨骼肌中miR-486的靶基因进行了深入挖掘,全面解析了miR-486及其靶基因在巴什拜羊骨骼肌发育过程中参与的生物学过程和信号通路,所得候选靶基因数据可靠性高,可为阐明巴什拜羊优良肉质性状的分子调控机制奠定基础。     

多浪羊BMPR-IB基因多态性的初步研究

以多浪羊为实验材料,BMPR-IB为候选基因,通过PCR-RELP检测该基因的单核苷酸多态性(SNP)位点.研究发现在该品种上,BMPR-IB基因存在多态性++(94.12;)、B+(5.08;),推断存在BB纯合子.说明多浪羊的多胎性能与BMPR-IB基因存在极为密切的遗传连锁关系,很可能与Brooroola羊遗传机制相同.     

绵羊Nanog基因部分编码序列的克隆及分析

利用NCBI中GenBank里查询到已登录的人、猪、牛和山羊的NanogmRNA序列,通过多重同源比较,获得高度保守区域序列,设计了同源引物,并首次对绵羊Nanog部分编码序列进行了分子克隆。经过PCR扩增,获得绵羊Nanog基因第二外显子168 bp(GenBank Accession:EF436277)、第四外显子124 bp(GenBank Acces-sion:EF596905)和第二外显子至第四外显子498 bp(GenBank Accession:EU016097)三个序列片段。经测序,三个序列已登录GenBank。绵羊Nanog第二显子168 bp与山羊相应序列相似性最高达97%,与人相应序列相似性最低达84%;绵羊Nanog第四显子124 bp与山羊相应序列相似性最高达100%,与人相应氨基酸序列相似性最低达73%;经判断,绵羊Nanog第二外显子至第四外显子498 bp序列片段应该是一段假基因序列,与山羊mRNA相应序列相似性最高达98%,与人mRNA相应序列相似性最低达83%。本研究为进一步研究绵羊Nanog基因表达谱提供了序列信息。     

苦瓜枯萎病病菌的分离与鉴定

自浙江省金华市苦瓜种植田采集到10株苦瓜的枯萎病病株,采用组织分离法,获得23株病原菌菌株;根据培养性状、形态特征以及分子特征,鉴定为由尖孢镰孢菌(Fusarium oxysporum Schl.)侵染引起。对该尖孢镰孢菌(F. oxysporum)进行了致病性及寄主专化型测定,结果表明该病原菌对苦瓜有明显致病性,不侵染其他测试的瓜类,证明苦瓜枯萎病是由尖孢镰孢菌苦瓜专化型(Fusarium oxysporum f. sp. momodicae Sun & Huang)引起。     

塔里木河流域多浪水库浮游生物的调查研究

塔里木河流域多浪水库是由塔里木河主要水源之一的阿克苏河塔里木拦河闸北岸分水闸引水入库的旁侧式平原水库,是塔里木盆地重要的渔业产地。2010年4月和8月对多浪水库进行了较为全面的浮游生物调查,同时对水质进行了检测。通过浮游生物的定性分析得出：阿克苏河水进入多浪水库前,其中水体中浮游生物共有11种,隶属4个门,其中浮游植物3门10种,浮游动物仅发现原生动物;多浪水库共有浮游植物共有5门21种,浮游动物中轮虫、枝角类、桡足类、原生动物数量可观。定量分析得出：入库前水体浮游生物的总量为0．553mg／L,估计鱼产力为8．418kg／hm^2;多浪水库浮游植物总量为2．7804mg／L,浮游动物总量为1．126mg／L,估计鱼产力为92．31kg／hm^2。