暗纹东方纯微卫星筛选和群体遗传多样性分析

为了解长江野生暗纹东方纯群体遗传多样性现状,采用已发表的16对红鳍东方鲀微卫星引物对暗纹东方鲀基因组DNA进行PCR扩增,结果有10对微卫星引物(占总数62.5％)能扩增出特异性条带.利用这10对微卫星引物对采自长江常熟江段30尾暗纹东方纯群体进行扩增分析,共获得51个等位基因,每个位点等位基因数在2到10之间,平均为...     

暗纹东方鲀微卫星筛选和群体遗传多样性分析

为了解长江野生暗纹东方鲀群体遗传多样性现状,采用已发表的16对红鳍东方鲀微卫星引物对暗纹东方鲀基因组DNA进行PCR扩增,结果有10对微卫星引物(占总数62.5%)能扩增出特异性条带。利用这10对微卫星引物对采自长江常熟江段30尾暗纹东方鲀群体进行扩增分析,共获得51个等位基因,每个位点等位基因数在2到10之间,平均为5.1。10个位点平均观察杂合度(Ho)为0.820 0,平均期望杂合度(He)为0.692 8,平均多态信息含量(PIC)为0.630 0。8个位点表现为高度多态(PIC>0.5),2个位点表现为中度多态(0.25相似文献   

利用微卫星分子标记分析长江、赣江和鄱阳湖鲢群体遗传结构

利用10个高度多态的微卫星标记对采自长江、赣江、鄱阳湖湖口和都昌水域的4个鲢野生群体遗传结构进行分析.检测到148个等位基因,每个微卫星位点的等位基因数5～24,有效等位基因数6.4～7.1,平均观测杂合度H.为0.802～0.821,平均期望杂合度He为0.817～0.839,表明这4个鲢群体遗传多样性较高.鲢群体间的遗传相似系数为0.922 2～0.944 1,遗传距离为0.057 6～0.081 0,固定系数Fst值为-0.012 35～0.005 28,表明这4个鲢群体间遗传一致性高,遗传距离小,群体遗传分化不显著.AMOVA结果显示遗传变异主要来自群体内,基因流分析认为长江、赣江、鄱阳湖鲢群体存在频繁的基因交流.     

长江下游放流鲢群体遗传多样性的微卫星标记分析

利用12个微卫星分子标记对长江下游4个放流鲢群体进行了遗传多样性分析。在12个基因座位中,共检测到56个等位基因,每个座位检测到的等位基因数为1～7个,其中有10个基因座位具有多态性,多态位点百分率为83.33%,4个群体的平均等位基因数A为3.98,平均有效等位基因数Ne为2.384 0,观测杂合度Ho平均值为0.467 6,期望杂合度He平均为0.490 6,多态信息含量平均值为0.381 2。4个鲢群体的遗传多样性较丰富,与文献报道的下游野生群体大致相当,但明显低于上游野生群体;放流鲢群体的平均观测杂合度均低于各自相对应的平均期望杂合度,表现出一定程度的近交现象。4个放流鲢群体间遗传相似系数为0.937 1～0.971 8,遗传距离为0.028 2～0.062 8,基因分化系数Fst为0.027 5～0.050 6,表明群体间的遗传分化程度较弱。     

利用微卫星标记指导红鳍东方鲀亲本选配

为制定红鳍东方鲀家系配组方案提供可行性指导,利用微卫星标记辅助红鳍东方鲀Takifugu rubripes家系的建立,选择34个微卫星标记对红鳍东方鲀两个群体进行遗传评估。结果表明:A群体的平均等位基因数(Na)和Nei基因多样性指数(He)分别为6.647 0和0.711 5,B群体的相应值分别为4.647 1和0.646 1,且两个群体之间的遗传差异达到显著性水平(P0.05);群体间的遗传分化系数(GST)为0.050 7,基因流(Nm)为4.679 6,表明红鳍东方鲀群体间存在低程度的遗传分化和一定程度的基因交流;分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异主要存在于群体内,所占比例为78.49%,而群体之间仅占21.51%;根据群体间Nei氏遗传距离构建UPGMA系统树,群体内个体之间的遗传距离为0.11~0.82,依据遗传距离的远近将全部个体分成多个分支,不同分支内含有数个个体;各项遗传参数表明,试验群体具备一定程度的遗传变异,不同个体之间拥有相对较远的亲缘关系,可以根据个体之间遗传距离制定育种计划,建立家系进行选育研究。研究表明,利用微卫星标记信息构建红鳍东方鲀家系的方法是切实可行的。     

基于微卫星标记的鳜种质遗传多样性与群体遗传结构分析

采用Illumina高通量测序技术对鳜(Siniperca chuatsi)性腺转录组进行分析,筛选获得可设计引物的微卫星序列4 986条。随机合成239对微卫星引物,其中27个微卫星标记(11.30%)在12个鳜群体中呈现多态性,等位基因数2～8(5.63±1.84),有效等位基因数1.86～6.80(3.99±1.56),观测杂合度0.21～0.78(0.49±0.16),期望杂合度0.46～0.85(0.71±0.12),平均多态信息量0.37～0.84(0.66±0.15),基因流0.11～2.14(0.67±0.45)。在12个鳜群体中,嘉鱼群体平均等位基因数和平均有效等位基因数最大;武汉群体平均观测杂合度、平均期望杂合度高;12个群体遗传距离为0.103 0～1.511 7,遗传相似系数为0.220 5～0.902 2;抚远群体和顺德群体间的遗传距离最大(1.511 7),遗传相似系数最小(0.220 5);韶关群体和顺德群体间的遗传距离最小(0.103 0),遗传相似系数最大(0.902 2);UPGMA聚类分析显示珠江水系一支与长江水系一支先聚集后再与黑龙江水体支汇聚;12个群体间的遗传分化系数F_(ST)介于0.041 8～0.611 0,群体间的遗传分化达到了显著性水平(P0.05),梁子湖群体与武汉群体间的F_(ST)最小(0.041 8),顺德群体与抚远群体间的F_(ST)最大(0.611 0);AMOVA分析表明:群体间的遗传变异占33.14%,群体内遗传变异占66.86%;Structure分析显示12个群体可分为5个亚群。     

基于STR技术的4个地方鹅种遗传多样性分析

利用9对高度多态的微卫星引物,运用STR自动化分析技术,对浙东白鹅、皖西白鹅、四川白鹅和太湖鹅等4个地方鹅种的群体遗传多样性进行微卫星分析。根据等位基因频率计算有效等位基因数、群体杂合度等群体遗传参数,分析群体内和群体间的遗传变异,并与上一世代保种群体的遗传信息进行比较。结果表明:在9个座位上共检测到74个等位基因;群体平均期望杂合度为0.605 6,平均多态信息含量为0.553 8。群体间遗传分化差异显著,遗传分化系数为0.043 7。群体间遗传距离为0.033 2~0.111 0,基因流动值为5.820~16.703。两世代遗传多样性无明显差异,表明基因库保种切实保持品种自身的种质特性。     

免疫磁珠层析试纸法快速检测野生横纹东方鲀毒性

调查并比较了野生横纹东方鲀(Takifugu oblongus)与养殖的菊黄东方鲀(Takifugu flavidus)、暗纹东方鲀(Takifugu obscurus)的毒性。随机选取17尾野生横纹东方鲀并用2%乙酸两次煮沸法提取各组织中河鲀毒素TTX,超滤离心去除杂蛋白,之后采用本实验室制备的免疫磁珠层析试纸条做定性检测,并对筛选出来的典型样本用国标小鼠生物法定量检测毒素含量与定性检测作对照,分析对比各组织TTX含量。野生横纹东方鲀肌肉和精巢TTX含量在0～7μg/g组织,由于个体差异处于无毒或弱毒水平;肝脏和卵巢TTX含量在4～400μg/g组织范围内,属于强毒水平;养殖菊黄东方鲀和暗纹东方鲀各组织均处于无毒水平。     

青蟹野生与养殖群体遗传多样性的微卫星分析

利用微卫星分子标记对青蟹东海三门湾野生群体和浙江三门养殖群体的遗传多样性进行分析。6个微卫星位点在2个青蟹群体中共检测到66个等位基因,多态信息含量为0.746 ～ 0.895,均表现为高度多态性,可有效应用于青蟹遗传多样性的研究。青蟹野生群体与养殖群体的等位基因数分别为4 ～ 18,6 ～ 14,平均杂合度分别为0.577,0.561,平均多态信息含量分别为0.779,0.828;群体间遗传分化指数FST值为0.0317,遗传相似性指数为0.7930,遗传距离为0.2319。结果表明,青蟹野生与养殖群体的遗传多样性均较丰富,群体间存在一定的遗传分化。     

红鳍东方鲀微卫星DNA多态性初步分析

用红鳍东方(Takifugu rubripes)微卫星标记对两个不同群体红鳍东方的DNA多态性进行分析。经20对引物的扩增,得到每个个体的微卫星片段,其中16对引物能扩增出较好的谱带。用2%的琼脂糖凝胶电泳检测微卫星标记的PCR扩增产物,并对扩增结果进行了统计分析。计算得到两个群体的平均等位基因数分别为1.875 0和2.437 5;多态信息含量(PIC)平均值分别为0.275 1和0.379 4;平均杂合度观测值分别为0.025和0.200。统计结果初步表明两个不同群体平均杂合度较低,遗传多态性不高。     

菊黄东方鲀野生和人工选育群体遗传变异的SSR和ISSR分析

利用SSR和ISSR两种分子标记技术,对菊黄东方鲀的人工选育群体(SH)和野生群体(YS)的遗传变异和遗传结构进行了联合分析。SSR分析的结果显示,14个微卫星位点总共获得了146个等位基因,选育和野生群体的平均期望杂合度(He)分别为0.730 0和0.832 3,平均多态信息含量(PIC)分别为0.705 1和0.813 6;ISSR结果显示,选育和野生群体的平均Nei’s基因多样性指数(H)分别为0.267 2和0.282 3,平均Shannon信息指数(I)为0.407 2和0.425 6,表明菊黄东方鲀选育群体的遗传变异程度低于野生群体。此外,两种分子标记遗传分化的结果显示,两个群体的遗传分化指数分别为0.061 9(SSR)和0.061 5(ISSR),表明两个群体已经产生了中等程度的遗传分化。综上,本单位菊黄东方鲀的人工选育群体仍然具有相对较丰富的遗传变异以供进一步的遗传改良。     

不同倍性团头鲂群体遗传变异的初步分析

从鲤的微卫星DNA标记中筛选4对有效引物，进行不同倍性团头鲂遗传变异的微卫星DNA分析。结果表明：（1）4对引物中有2对能在不同倍性团头鲂五群体中探测到多态性，其等位基因数为4～6个，大小在131～307bp之间。发现两个等位基因（MFW19—175和MFW19—256）可作为异源3n特异的微卫星DNA标记。（2）不同倍性团头鲂五群体内的Shannon多样性指数为0．0562～0．2887，Nei’s基因多样性指数为0．0315～0．1969，平均遗传距离为0．0395～0．1542，不同倍性团头鲂群体存在较大的遗传变异。（3）反交3n、异源3n、正交3n和同源4n—F1群体的Shannon多样性指数和Nei’s基因多样性指数均显著地高于2n群体（P〈0．05）。（4）分子方差分析和聚类分析的结果表明：五群体分子系统树分成明显的两支，同源4n—F1、正交3n、反交3n和异源3n为一支，2n为另一支。     

不同倍性团头鲂群体遗传变异的初步分析

从鲤的微卫星DNA标记中筛选4对有效引物，进行不同倍性团头鲂遗传变异的微卫星DNA分析。结果表明：（1）4对引物中有2对能在不同倍性团头鲂五群体中探测到多态性，其等位基因数为4～6个，大小在131～307bp之间。发现两个等位基因（MFW19—175和MFW19—256）可作为异源3n特异的微卫星DNA标记。（2）不同倍性团头鲂五群体内的Shannon多样性指数为0．0562～0．2887，Nei’s基因多样性指数为0．0315～0．1969，平均遗传距离为0．0395～0．1542，不同倍性团头鲂群体存在较大的遗传变异。（3）反交3n、异源3n、正交3n和同源4n—F1群体的Shannon多样性指数和Nei’s基因多样性指数均显著地高于2n群体（P〈0．05）。（4）分子方差分析和聚类分析的结果表明：五群体分子系统树分成明显的两支，同源4n—F1、正交3n、反交3n和异源3n为一支，2n为另一支。     

红壳色文蛤选育群体遗传多样性的微卫星分析

【目的】了解群体选育过程中红壳色文蛤（Meretrix meretrix）选育群体的遗传多样性变化及世代遗传分化情况,为文蛤育种计划的可持续性提供理论依据。【方法】以江苏黄文蛤原种（SY）、江苏红文蛤原种（SR）及5个红壳色文蛤选育群体（SRF₁~SR5F₅）为研究对象,利用15对微卫星引物对各文蛤群体基因组DNA进行PCR扩增,然后通过Gel-Pro32 4.0、PopGen 32和MEGA 6.0等在线软件分析7个文蛤群体的遗传多样性。【结果】从7个文蛤群体中共检测出766个等位基因,每个微卫星位点在每个群体中检测出3~18个等位基因,且等位基因数（Na）随选育世代增加呈下降趋势。15个微卫星位点的平均多态信息含量（PIC）在0.575~0.630,均属于高度多态性位点。7个文蛤群体的平均观测杂合度（Ho）为0.442~0.502,平均期望杂合度（He）为0.629~0.680,群体中63.81%的微卫星位点偏离Hardy-Weinberg平衡,表明各微卫星位点存在一定程度的杂合子缺失;群体内近交系数（F_is）范围为-0.0157~0.7409,平均为0.2777,表明文蛤群体内存在一定程度的近交水平;群体间遗传分化系数（F_st）平均为0.0455,即文蛤群体变异中仅有4.55%是由不同群体间的基因差异所产生,而95.45%的变异来源于群体内部;各群体的基因流（Nm）为0.9002~18.9478,平均为8.8065,说明7个文蛤群体间的遗传分化较低。UPMGA聚类分析发现7个文蛤群体聚类呈两大支,江苏红文蛤原种及其选育群体聚为一支,而江苏黄文蛤原种（SY）独自聚为一支。【结论】经过5代人工选育的红壳色文蛤选育群体虽然较基础群体其遗传多样性指数略有下降,但并未导致各选育群体的遗传结构发生改变,仍具有较高的遗传多样性。在连续的选择育种计划中,应增加亲本养殖环境多样化,避免因人工繁育的亲本和养殖群体规模较小引起遗传漂移或近交衰退而致使某些等位基因缺失,导致后代的遗传结构发生改变。     

基于SSR标记的燕山板栗种质资源遗传多样性分析

利用筛选出的21对SSR引物对7个燕山板栗群体142份资源和1个太行山板栗群体9份资源进行遗传多样性分析,并构建不同群体的聚类树状图和主坐标分析图,旨在为燕山板栗种质资源的遗传背景明晰和创新利用提供依据。结果表明:21对引物共检测到71个等位变异位点,变异范围为2～6,平均每对SSR引物可检测到3.38个等位位点;多态性信息含量为0.614 5～0.972 3,平均0.866 8。8个板栗群体有效等位基因数Ne、Nei’s多样性指数H、Shannon’s信息指数I、总遗传多样性指数Ht、群体内遗传多样性指数Hs分别为1.457 8、0.309 9、0.468 0、0.306 2和0.291 2,说明燕山板栗群体的遗传多样性和变异度较高,其中遵化群体的多态性位点百分率最高,为97.18%,青龙和迁西群体次之,分别为95.77%和94.37%,表明遵化、迁西一带是燕山板栗资源遗传多样性最为丰富的区域。UPGMA聚类分析表明,迁西和宽城群体间的遗传相似性最大,亲缘关系最近;怀柔和邢台(太行山)群体间的遗传相似性最小,遗传差异较大。聚类分析图和主坐标分析图可将燕山板栗主产区青龙、迁西、宽城、兴隆、遵化和怀柔群体资源划为1类,而处于太行山区邢台群体为1类,说明燕山板栗和外来品种存在明显的差异,各群体的遗传关系和地理来源有一定关联性。     

大额牛群体遗传多样性的微卫星标记分析

 利用26对黄牛微卫星引物,对分别来自云南省泸水县凤凰山大额牛保种区和贡山县独龙野牛种源保护基地的2个大额牛群体进行遗传变异分析,研究其群体内的遗传变异和群体间的遗传分化。结果共检测到105个等位基因,每个座位的等位基因数从2~6不等,所有座位平均等位基因数、平均有效等位基因数、平均期望杂合度、平均多态信息含量分别为4.0385±0.9999,3.1393±0.9507,0.6490±0.1246和0.5904±0.1334,表明大额牛群遗传多样性比较丰富。F统计量、基因流、Nei氏遗传距离和遗传相似系数等值反映出两个群体遗传差异较小,遗传分化不明显,遗传一致性较大。     

福建黄牛的遗传多态性及分类

用8个微卫星标记对福建黄牛的等位基因频率、多态信息含量(PIC)、遗传杂合度(H)和有效等位基因数(E)等指标进行统计分析,并在此基础上对其进行聚类分析和分类研究.结果表明:(1)8个微卫星标记在所检测的福建黄牛群体中都表现出较丰富的多态性,4个群体8个微卫星座位共有58个等位基因,每个微卫星标记平均检测到7.2个等位基因(3-11);8个微卫星标记的PIC平均为0.6471(0.3942-0.8062),各群体的PIC差异不显著;全部群体的H为0.2930;各群体的E平均为3.37(3.03-3.84).这显示黄牛群体的等位基因频率、PIC、H和E等指标有较好的一致性,说明福建黄牛品种内在微卫星位点上均具有丰富的遗传多样性.(2)根据Ne i氏标准遗传距离进行UPGMA聚类分析的结果显示,4个群体间的遗传变异不大.福建黄牛地方品种在微卫星位点上具有丰富的遗传多样性;遗传距离及聚类分析结果表明,这些群体黄牛属于同一个地方品种.     

利用CDDP标记的菏泽牡丹品种资源的遗传多样性

【目的】在品种群水平和花色群体水平上分析菏泽牡丹资源的遗传多样性和遗传分化,为该资源的保护和利用提供理论依据与技术支持。【方法】利用CDDP分子标记技术,对白、粉、黑、红、黄、蓝、绿、紫红、紫和复色系等10个花色群体构成的299份菏泽牡丹品种资源的基因组DNA进行扩增分析。【结果】用18条CDDP引物对10个花色群体共299份样品进行扩增,共检测到385条扩增带,其中多态性条带368条,特异条带23条,分别占总条带的95.58%和5.97%。在品种群水平上,Nei’s基因多样性指数、有效等位基因数和Shannon信息指数分别为0.1648、1.2569和0.2695;在花色群体水平上,上述指标依次为0.1451、1.2313和0.2306。综合分析各项指标得出,红色系和紫色系具有较高的遗传多样性,复色系和绿色系牡丹的遗传多样性较低。花色群体间的遗传距离较近,平均为0.0271;遗传一致度较高,平均为0.9735;遗传分化系数为0.1252,表明只有12. 52%的遗传分化存在于群体间;群体间还具有较大基因流值（3.4939）。遗传多样性分析和UPGMA聚类结果在分子水平上验证了牡丹品种资源的花色演化趋势：以粉色系和红色系为中心,渐渐演化出紫红、紫、蓝和白色系,再进化为黄色系和黑色系,绿色系和复色系属于退化的色系。【结论】CDDP技术可有效揭示牡丹种质资源的遗传多样性。在品种群水平上,菏泽牡丹品种资源遗传多样性高于花色群体水平。花色群体间存在一定程度的遗传分化。聚类结果揭示了牡丹花色的演化趋势。