利用SSR标记构建湖南省审杂交水稻品种DNA指纹图谱

筛选出48对SSR引物对湖南省审定的77个杂交水稻品种进行了DNA分子指纹图谱构建和品种鉴定,成功建立了品种指纹图谱数据库,可有效进行杂交水稻品种鉴定.     

利用SSR分子标记构建水稻品种DNA指纹图谱的研究进展

SSR分子标记具有数量丰富、共显性遗传、操作简单、结果稳定等优点,已成为水稻品种指纹图谱构建的理想标记。本文综述了水稻品种DNA指纹图谱构建原理、技术要点、发展趋势及其在水稻科研和生产中的重要作用,并就SSR分子标记构建水稻指纹图谱的发展前景进行了分析。     

我国部分蓖麻品种遗传资源SSR分析及DNA指纹图谱

为了解蓖麻品种间的遗传多样性、构建指纹图谱,利用171对SSR及EST-SSR引物对30份国内蓖麻品种和1份法国品种进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果表明蓖麻品种间呈中度多态性,平均每位点有2.267个等位基因数,香农指数、期望杂合度和多态性信息含量(PIC)分别为0.553、0.347和0.289。聚类分析显示在相似系数0.730处将31份蓖麻品种分为7个类群,来源于相同育种单位或相同省区的大部分品种聚在一起。另外,利用10对扩增清晰、多态性好的引物构建了31份蓖麻品种的指纹图谱,可用于品种鉴别。     

基于SSR标记的白化和黄化茶树品种遗传多样性分析及指纹图谱构建

利用62对SSR引物对16个白化、黄化茶树品种资源的遗传多样性进行了分析,初步明确了不同白化、黄化品种的遗传结构,以及SSR标记在白化、黄化品种鉴定上的适用性,为此类茶树品种资源的鉴定评价提供了理论依据。经过对引物筛选和扩增条带的分析,结果显示：具有多态性的55对引物中,共检测出169个等位基因,每对引物检测出的等位基因数为2~5个,平均为3.07个;多态信息含量（PIC）和Shannon信息指数（I）的平均值分别是0.40和0.79;169个等位基因出现频率在3.12%~96.88%之间;16个参试品种的遗传距离在0.086~0.532,品种间遗传结构差异明显;当D≈0.18时,可将16个品种划分为3类,其中大部分亲缘关系相近或地理位置一致的品种聚为一类。此外,笔者根据不同引物的等位基因带型构建了16个白化和黄化茶树品种的分子指纹图谱,并筛选出3对核心引物（TM156、TM508、MSG0380）用于不同白化、黄化茶树品种的鉴定。     

火龙果主要商业品种SSR指纹图谱构建和遗传多样性分析

为了准确鉴定火龙果主要商业品种和评估其遗传多样性,本研究利用20对火龙果SSR核心引物对58个火龙果品种进行遗传多样性分析,采用毛细管电泳技术进行多态性位点检测,共检测到116个多态位点,平均每个位点等位基因数(Na)为5.8个,有效等位基因数(Ne)为2.0519,观测杂合度(Ho)为0.3318,期望杂合度(He)...     

基于SSR标记的向日葵DNA指纹图谱构建

本研究利用SSR分子标记技术对124份向日葵参试材料和育成品种进行遗传多样性、亲缘关系分析及指纹图谱构建,旨在为向日葵育种、品种纯度鉴定提供参考。利用19对条带清晰、多态性稳定的SSR引物对群体材料进行扩增分析,发现这些引物的多态信息含量变化范围为0.30~0.62,平均值为0.41。聚类分析结果表明,参试材料间遗传多样性相对较低,其最小遗传相似系数为0.62,亲缘关系与地理来源关系不明显。构建了124份材料的指纹图谱,结果表明除SPQ3和SY7外,19对引物能很好地将其余122份材料鉴别出来,但部分位点具有高度的一致性,基因来源范围较小。以上研究结果表明,参试向日葵材料遗传背景较为狭窄,在育种中应拓宽亲本来源,提高遗传多样性。     

睡莲种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

利用ISSR分子标记技术对从国内外引种的46份睡莲种质资源进行遗传多样性分析,并对其中的原生种及原生变种构建DNA指纹图谱,旨在阐明其亲缘关系基础上,为睡莲分类鉴定、杂交育种、功能基因的挖掘和利用及图位克隆等提供理论依据。结果表明：从100条ISSR引物中筛选出10条多态性高、重复性好的引物,在46份睡莲种质资源中共扩增出281条带,平均每条引物扩增条带数为28.1条,多态性条带281条,多态性比例为100%;平均Shannon信息指数（I）为0.4197,平均Nei’s基因多样性指数（H）为0.2657,平均有效等位基因数（N）1.4139,表现出丰富的遗传多样性;遗传相似系数值在0.51~0.98之间,基于遗传相似系数建立了聚类树状图,揭示了46份睡莲种质资源的亲缘关系,并在相似系数水平为0.68时,可将所有供试材料聚为6类。对总计24个睡莲原生种及原生变种构建了DNA指纹图谱,依据图谱差异可鉴定不同的睡莲种质。     

利用SSR分子标记分析云南陆稻品种遗传多样性

 利用24对SSR引物对云南131个陆稻品种进行遗传多样性分析。共检测到195个等位基因。每个位点的等位基因数平均为8.125个,范围在5(RM55)～13(RM218、RM241)之间;平均表观杂合度为0.0014,平均期望杂合度为0.6545;平均Shannon Weaver指数(I)为1.381;Nei基因多样性指数(H)平均为0.6543,变幅为0.2073(RM235)～0.8689(RM218)。不同地区间陆稻种质资源遗传多样性比较分析表明,滇西南和滇南地区存在丰富的遗传变异,是云南陆稻品种遗传多样性的分布中心。藏缅语族和孟 高棉语族所种植的陆稻品种遗传多样性最丰富。AMOVA分析表明陆稻的遗传变异主要存在于地区内品种间(82%),只有3%遗传变异存在于地区间,品种内的遗传变异占15%。聚类分析显示Nei遗传相似系数为0.22时,云南陆稻品种分为籼粳两个类群,主坐标分析与UPGMA聚类结果基本吻合,并将类群Ⅳ的4个偏籼品种从粳稻类群中重新划归到籼稻类群中,校正了UPGMA聚类的误差,但是不能区分地理组。     

基于iPBS标记的石斛兰种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

以48份石斛兰种质资源为对象,采用iPBS分子标记技术对其遗传多样性进行分析并构建DNA指纹图谱.结果表明:从83条iPBS引物中筛选出7条扩增条带清晰、多态性高、重复性好的引物;利用筛选出的引物对48份石斛兰基因组DNA进行PCR扩增,共获得279条谱带,其中多态性条带279条,多态性比例为100％;采用GenAlE...     

利用SSR标记构建水稻核心亲本指纹图谱

利用农业行业标准(NY/T 1433-2014)中公布的48对SSR引物构建27个水稻核心亲本指纹图谱,并获得所有亲本的SSR分子身份证号。48对SSR引物在27个亲本中共扩增到162个多态性片段,平均每对引物可检测到3.53个等位基因。能扩增到2个以上等位基因的SSR引物共45对,PIC值变化范围0.07~0.80,平均0.46。聚类分析结果表明,27个亲本的遗传相似性系数在0.593~0.944之间,基本上反映了不同材料间的亲缘关系。核心亲本SSR分子身份证的确定,不仅为品种鉴定提供了一个平台和标尺,便于建立品种的遗传指纹档案,还为保护品种知识产权,鉴定品种真伪及纯度提供了可靠依据。     

基于SSR标记的菠萝种质DNA指纹图谱构建

以来自9个国家或地区的26份菠萝种质为材料,利用SSR标记进行了DNA指纹图谱的构建。筛选出多态性高、稳定性好的8对SSR引物共检测到35个多态性位点,每对引物的多态性位点数平均为4.38,引物的多态性条带百分比平均高达92.92％,PIC值介于0.26～0.39之间,平均为0.33。利用这8对SSR引物构建了26份菠萝种质的指纹图谱,并对菠萝种质做遗传相似性分析和聚类分析。结果表明,菠萝种质遗传相似系数分布在0.421～0.974之间,平均为0.689,26份菠萝种质在遗传相似系数0.633处被划分为3类。该研究结果将为菠萝种质鉴定、分类及分子育种提供重要科学依据。     

42个花生品种的SSR标记指纹图谱构建

以不同地区的42个花生品种为材料,利用23对SSR引物进行分析。23对SSR引物在42个花生品种中共检测到92个等位变异,平均每对引物4个等位基因,平均PIC值为0.49。进一步分析表明,8对引物就可以将42个花生品种完全区分开,8对引物共产生40个等位变异,利用这40个等位变异构建了42个花生品种的DNA指纹图谱。聚类分析结果显示,在相似系数0.74处,可将42个供试品种分为4个类群。本研究结果为花生品种保护和育种实践提供了理论依据。     

利用SSR标记分析木薯遗传多样性

应用简单重复序列(SSR)标记对国家木薯种质资源圃195 份国内(外)品种(系)进行遗传多样性分析。结果表明：44对引物共扩增出186个等位基因,每对引物平均扩增出2～8个等位基因,平均Shannon's信息指数I为1.01,平均多态性信息量(PIC)为0.49。195个品种(系)的遗传相似系数(GS)分布在0.57～0.99。聚类分析结果表明,在遗传距离0.71处,可将供试材料分为7个类群。     

新疆彩色棉品种指纹图谱构建与遗传多样性分析

棉花是重要的纤维作物,天然彩色棉具有环保、健康等优点。为保障新疆彩色棉品种权益,快速准确鉴定品种,加快品种选育进程,本研究利用分子标记技术为27份新彩棉品种构建DNA指纹图谱和专属二维码,并进行遗传多样性分析。利用筛选出的52对多态性高、带型清晰稳定的分子标记,在27份彩色棉品种共扩增出155个多态性带型,每对引物检测到的多态性带型个数变幅为2～7,平均为2.98;52对引物的多态性信息含量（Polymorphism information content,PIC）值为0.137 1～0.776 4,平均值为0.454 3。27份新彩棉品种中,12个品种具有特征SSR（Simple sequence repeat,简单重复序列）引物,7对SSR引物组合可将其他15个品种区分开;用9对引物组合即可将27个新彩棉品种完全区分开。利用NTSYS 2.1软件聚类分析显示,27个新彩棉品种遗传相似系数为0.573 3～0.955 9,平均值为0.764 6,表明现有新彩棉品种遗传基础较丰富,绿色棉遗传多样性较棕色棉更高;聚类分析显示27个新彩棉品种可分为3类,品种间的亲缘关系与原品种选育系谱较为吻合。     

利用SSR标记构建杂交棉EK288的指纹图谱

 摘要：采用陆地棉遗传标准系TM-1为对照品种,用15对核心引物对杂交棉EK288及其亲本进行多态性检测,共有l1对引物在2个亲本间具有多态性,其中,有7对引物在两亲本间扩增出大小不同的带,且这些标记位点在F1中均表现为杂合带,为共显性标记;另外4对引物的F1带型与母本或父本一致,为显性标记。构建杂交棉EK288的SSR指纹图谱,为该品种的纯度鉴定提供了一种准确和快捷的方法。     

SSR标记在宁波地区水稻品种DNA指纹图谱构建及纯度鉴定中的应用

利用农业行业标准NY/T-1433-2007、NY/T-1433-2014中推荐的53对SSR引物,对宁波地区34个水稻品种进行DNA指纹图谱构建和遗传多样性分析。53对引物在研究材料中共获得183个等位基因,每对引物得到的等位基因数为1～7个,平均每对引物可获得3.5个等位基因。遗传相似性和聚类分析结果表明,34份水稻品种在遗传相似系数为0.5处可分为籼粳两个类群,其中,甬优系列籼粳杂交组合、6个常规粳稻及3个糯稻归为粳稻类群,6个常规籼稻和5个杂交籼稻归为籼稻类群。用RM590和RM3331对19个甬优杂交稻系列品种进行100粒种子的纯度鉴定,仅甬优2640和甬优50检测到1个单株的混杂。结果为SSR标记在宁波水稻品种的纯度和真伪鉴定方面的应用提供了一定的技术支撑。     

花生SSR核心引物筛选及育成品种DNA指纹图谱构建

根据SSR引物在遗传连锁图上的位置,首先选择200对均匀分布在染色体上,且通过聚丙烯酰胺凝胶电泳银染技术筛选表现为条带清晰、可重复的单位点引物,再利用毛细管电泳技术筛选等位变异数≥4个、引物的PIC值≥0.4、杂合度≤0.1的引物,并参考其所在染色体位置,获得60对具有丰富的多态性、广泛的代表性、均匀分布的SSR引物,同时普通引物和荧光引物都具有较好的扩增效果,作为花生品种构建指纹图谱的核心引物。60对SSR引物在100份材料中共扩增出352个多态性等位位点,引物扩增的等位位点均值为5.87;每对引物可区分的基因型数目均值是6.35;引物的多态性信息指数(PIC值)均值是0.54。高多态性的SSR引物占66.67%,SSR引物杂合度都在0.06以下。品种间的遗传相似系数变幅为0.530~0.683。构建了100份花生的指纹图谱,每一条指纹都具有唯一性,可标识一个品种,为全国花生品种及资源的DNA指纹数据库的构建奠定基础。     

利用SRAP和SSR标记构建红麻遗传连锁图谱

构建红麻遗传连锁图谱,为今后红麻重要农艺性状QTL定位、QTL图位克隆、优良基因筛选、分子标记辅助育种奠定良好的研究基础。对256对SRAP引物和64对棉花SSR引物进行了两次引物筛选,以泰红763×F71为作图群体亲本,150个F2代单株作为作图群体,构建红麻遗传连锁图谱。共筛选出条带清晰、多态性高的SRAP引物73对、SSR引物8对,构建的红麻遗传连锁图谱全长2155.43 c M,平均间距为16.09 c M,含有128个多态性标记,分布于18个连锁群。本研究初步证实了棉花SSR引物用于红麻是可行的,构建的红麻遗传连锁图谱密度较高,标记较为均匀,适合后续的QTL定位、QTL图位克隆等研究工作。     

基于SSR标记的花生品种遗传多样性分析

本研究从212对SSR标记引物中筛选出48对引物对63份花生品种进行遗传多样性分析,共得到251个等位变异,变异范围为2~13个,平均每个标记位点有5.23个变异;48个SSR标记的多态性信息含量为0.252~0.873,平均为0.647;63份材料的遗传多样性指数为0.508~2.243,平均值为1.272;品种间的遗传相似系数在0.657~0.960之间,不同类型的花生品种间的遗传相似性较小,不同来源花生品种间的亲缘关系也较远;聚类分析结果表明,63个花生品种在遗传相似系数为0.74处分为4大类,聚类分析结果与传统的花生分类结果吻合。     

SSR标记马铃薯育成品种的遗传多样性分析

分析65份马铃薯(Solanum tuberosum L.)育成品种的遗传关系,为主食化马铃薯新品种选育中亲本的选配提供理论依据。采用轮筛法从100对马铃薯SSR引物中筛选出条带清晰、重复性好、多态性较高的引物。利用筛选出的25对SSR引物对65份马铃薯品种的遗传多样性进行扩增分析,用NTSYS-pc 2.1软件分析供试材料的遗传关系。25对SSR引物共扩增出145个位点,其中多态性位点145个,占总扩增位点的100%。供试材料间的遗传相似系数为0.60～0.93,表明供试材料间遗传差异相对较大。UPGMA聚类结果表明,在遗传相似系数为0.60时,供试材料被分为两大类,‘华恩1号’单独聚为第一类,其余64份材料聚为第二类;在遗传相似系数为0.61时,第二类又分为两个亚类,‘农天1号’、‘甘谷紫’、‘天薯9号’、‘五龙洋芋’、‘天薯10号’聚为第一亚类;其余59份材料聚为第二亚类;在相似系数为0.64时,第二亚类又分为2个亚亚类:第1亚亚类为‘天薯11号’、‘青薯10号’、‘青薯6号’、‘甘谷红’和‘秦州红’,其余54份材料聚为第2亚亚类。结果表明,供试材料中部分品种间亲缘关系较远,但同一育种单位育成的品种遗传差异较小,育种中可以充分利用遗传关系较远的马铃薯品种作为亲本材料。