枝角类RAPD条件优化和遗传多样性分析

以蒙古裸腹(MoinamongolicaDaday)和多刺裸腹(M.macrocopaStraus)为材料,对枝角类RAPD扩增条件进行了摸索和优化,结果表明,枝角类PCR扩增反应的最佳体系为:在25μL体积中,模板DNA25ng/μL,dNTPs0.1mmol/L,TaqDNA聚合酶1U,引物0.1μmol/L,Mg2+1.5mmol/L,10×PCR缓冲液2.5μL。按照优化的RAPD条件进行实验,重现性良好。2种裸腹在盐胁迫条件下的种群遗传多样性分析表明,同种裸腹不同生存盐度之间的种群遗传相似度较高,分别为0.9134和0.9038;而多刺裸腹和蒙古裸腹两个种间的遗传相似度相对较低,约为0.5～0.6。     

刺参基因组DNA的提取及RAPD条件的优化

以野生刺参为试验材料,探索了刺参基因组的提取方法,并对影响RAPD反应的各因素进行了优化,建立了刺参的优化反应体系和程序.反应体系总体积为25μL,各组分的含量为10倍缓冲液2.5μL,Mg2 (20 mmol·L-1)3μL,TaqDNA聚合酶(1 U·μL-1)1.5μL,dNTPs(10 mmol·L-1)2.5μL,随机引物(5pmol·μL-1)1μL,模板DNA(40 ng·μL-1)2.5μL.PCR循环程序为96℃预变性5 min;94℃变性0.5 min,36℃退火1 min,72℃延伸1 min,35个循环;最后72℃延伸10 min.     

枝角类RAPD条件优化和遗传多样性分析

以蒙古裸腹(MoinamongolicaDaday)和多刺裸腹(M.macrocopaStraus)为材料,对枝角类RAPD扩增条件进行了摸索和优化,结果表明,枝角类PCR扩增反应的最佳体系为:在25μL体积中,模板DNA25ng/μL,dNTPs0.1mmol/L,TaqDNA聚合酶1U,引物0.1μmol/L,Mg2+1.5mmol/L,10×PCR缓冲液2.5μL。按照优化的RAPD条件进行实验,重现性良好。2种裸腹在盐胁迫条件下的种群遗传多样性分析表明,同种裸腹不同生存盐度之间的种群遗传相似度较高,分别为0.9134和0.9038;而多刺裸腹和蒙古裸腹两个种间的遗传相似度相对较低,约为0.5～0.6。     

山核桃RAPD 反应体系的优化

建立山核桃RAPD 反应优化体系是进行山核桃遗传多样性分析的前提。通过对影响PCR 扩增结果的主要因子的组合研究, 确定了山核桃Carya cathayensis 的最适反应体系和扩增程序, 即在20 L 反应体系中, 含2.5 mgL-1 (50 ng)模板, 2.0 L 10 Buffer , 16.67pmols-1Taq DNA 聚合酶;各0.2 mmolL-1dNTPs , 3.0 mmolL-1MgCl2 , 0.3 molL-1引物。扩增程序为:94 ℃预变性300 s , 94 ℃变性30 s , 38 ℃退火30 s , 72 ℃链延伸90 s , 38 次循环, 72 ℃后延伸420 s 。图5 表2 参6     

随机扩增多态DNA(RAPD)技术及其在农业上的应用(综述)

随机扩增多态DNA技术是近年发展起来的一种DNA多态性检测技术。它以一系列不同的随机排列碱基顺序的寡核苷酸单链(通常是十聚体)为引物,对所研究的基因组DNA进行单引物扩增。扩增DNA片段的多态性反映了基因组相应区域的DNA多态性。RAPD技术可以在对物种没有任何分子生物学研究的情况下,对其进行DNA多态性分析,同RFLP及DNA指纹图谱法等其他DNA多态性检测技术相比,RAPD具有检测效率高、样品用量少、灵敏度高和检测容易的优点。RAPD技术已广泛的应用于农作物和畜禽品种及品系的遗传纯度的测定、品种和品系的鉴定、品种和品系遗传关系的确定、基因的定位和分离以及构建基因图谱等方面的研究。     

绿僵菌不同菌株DNA 多态性的RAPD 分析

采用RAPD-PCR 技术分析了4 个绿僵菌菌株的DNA 遗传多态性。从160 条引物中筛选出27 条引物, 对各菌株进行PCR 扩增, 结果4 个绿僵菌菌株共扩增出334 个位点, 其中多态性位点299 个, 占89.5%, 表明各菌株间具有较丰富的遗传多态性。菌株DNA 多态性与原寄主和孢子形态表现出明显的相关性, 但与对松墨天牛幼虫的毒力间未表现出相关性。图2 表4 参7     

藏獒基因组DNA提取及RAPD扩增体系的优化

采用改进的盐析法提取了藏獒血液基因组DNA,并对RAPD扩增体系进行了优化。结果表明,改进的盐析法所提取的藏獒基因组DNA完整、无降解,完全可以满足RAPD分析的需要;20μL的最佳扩增体系组成为2.50 mmol/L Mg2+、0.60 mmol/L dNTP、50 ng模板DNA、1.25U Taq酶和0.3μmol/L随机引物,最佳退火温度为36.5℃。     

山核桃RAPD反应体系的优化

建立山核桃RAPD反应优化体系是进行山核桃遗传多样性分析的前提。通过对影响PCR扩增结果的主要因子的组合研究,确定了山核桃Caryacathayensis的最适反应体系和扩增程序,即在20μL反应体系中,含2 5mg·L-1(50ng)模板,2 0μL10×Buffer,16 67pmol·s-1TaqDNA聚合酶;各0 2mmol·L-1dNTPs,3 0mmol·L-1MgCl2,0 3μmol·L-1引物。扩增程序为:94℃预变性300s,94℃变性30s,38℃退火30s,72℃链延伸90s,38次循环,72℃后延伸420s。图5表2参6     

小尾寒羊产羔性状的RAPD标记

从30条随机扩增多态DNA(RAPD)引物中筛选出5条随机引物对小尾寒羊的产羔性状进行标记、扩增.结果发现:引物0424-198的第6条带与小尾寒羊的产羔数呈显著正相关(P<0.05),第7条带与产羔数呈显著负相关(P<0.05);引物OPW19的第1条带与产羔数呈极显著正相关(P<0.01);CY0184引物的第7、8条带接近正相关.     

RAPD技术在鸡球虫虫株鉴定上的应用

采用 RAPD 技术对 E.tenella 早熟株、鸡胚株、亲本毒抹和田间分离的抗药株进行研究,发现本研究选育的 E.tenella 早熟株与亲本毒株间 DNA 多态性存在着差异,证实该早熟侏已发生了遗传变异,但变异程度不大;而鸡胚株及抗药株却比早熟株的变异程度大。建议 RAPD 技术可用于艾美耳球虫株间差异及其球虫株间关系距离的检测.对经细胞培养的 E.acervulina 早熟株及其毒株和抗药株的基因组 DNA 进行多态性比较研究,发现该3株球虫间的变异程度大于 E.tenella 各虫株间的变异,即不同来源的 E.ac-ervulina 各虫株间的相似性小于 E.tenella 各虫株间的相似性,表明不同球虫其种内变异程度不一致。本研究结果表明 RAPD 技术可作为球虫株间变异的分子标记方法及其球虫株间关系距离的检测手段。     

RAPD分子标记方法及在蔬菜研究中的应用

总结了RAPD（random amplified polymorphic DNA)标记技术的原理、特点及在使用过程中的注意事项。综述了目前蔬菜研究、生产在品种(杂种)鉴定、分子标记辅助育种、亲缘关系和遗传多样性方面的研究,以及在遗传图谱构建等方面的应用情况及其前景。     

槟榔江水牛群体遗传结构的RAPD分析

 为探讨RAPD标记在水牛遗传多样性方面检测的应用价值，以及了解槟榔江水牛的群体遗传结构状况，研究采用随机扩增多态性DNA标记技术对槟榔江水牛20个个体进行了遗传变异分析，从70个随机引物中筛选出15个多态性丰富的引物对其所有个体的总基因组DNA进行了PCR扩增，结果15条引物共产生105种扩增片段，多态片段95条，平均每条引物的扩增带数为7，各引物多态性片段范围在2～12之间，多态频率在40%～100%之间，多态座位平均为90.48%。表明槟榔江水牛的遗传多样性较丰富。     

一串红品种（系）遗传多样性RADP分析

用RAPD分子标记技术分析了8个一串红品种(系)DNA的多态性,从200个10碱基随机引物中筛选出多态性高的30个引物,扩增出162条DNA谱带中,119条是多态的,多态性占73.5%,通过聚类分析,获得品种(系)聚类树状图;聚类分析的结果,按照株高可将供试的8个一串红品种(系)分为两大类。     

苜蓿基因组DNA的提取及RAPD反应组成优化探讨

比较了CTAB法和SDS法提取苜蓿基因组总DNA的效果,这两种方法得到的全基因DNA具有较好的完整性,但从DNA的提取纯度可以看出,CTAB法优于SDS法.实验对苜蓿RAPD反应条件进行了优化:在25μL反应体系中,含10×Buffer(20mM MgCl2),1UTaq酶,25ng的模板DNA,150 mol/L的dNTPs,0.2 mol/L引物.PCR反应程序为:94℃预变性3 min;94℃变性15 s,37℃退火30 s,72℃延伸1 min,35个循环;72℃延伸10 min;最后4℃保存.     

棕包梨的RAPD分析

通过建立梨RAPD反应的优化体系对棕包梨和其他梨品种进行聚类分析,探讨了它们之间的亲缘关系.结果表明:西洋梨(Pyrus communis L.)与东方梨[(砂梨(P.pyrifdia Burn)和白梨(P.bretschneideri Rehd)]品种之间亲缘关系较远;而砂梨与白梨品种之间亲缘关系较近;棕包梨与砂梨、日本梨品种之间的亲缘关系较远;而棕包梨与蜜雪梨间的亲缘关系很近,而蜜雪梨为我国台湾横山梨和日本水晶梨的杂交品种.表明我国台湾的横山梨和福建的棕包梨可能是同一品种类型.     

阿特拉津污染胁迫对典型细菌DNA损伤研究

采用随机扩增多态性DNA标记(RAPD)方法,研究阿特拉津浓度为0、25、50、75、100和125 mg·L-1污染胁迫条件下对阿特拉津高效降解菌Arthrobacter sp.DNS10和Acinetobacter sp.DNS32与非阿特拉津降解菌Escherichia coli K12和Micrococcus luteus N19生长影响及基因组DNA损伤情况。结果表明,在阿特拉津污染胁迫24 h后,随阿特拉津浓度增高,Escherichia coli K12和Micrococcus luteus N19生长速度受抑制强度逐渐明显。利用随机引物对上述四种细菌基因组DNA进行PCR扩增。结果表明,菌株Escherichia coli K12和Micrococcus luteus N19处理组与对照组之间RAPD指纹图谱存在明显差异,在阿特拉津浓度为100 mg·L-1时,基因组模板稳定性(GTS)分别降至52.3%和61.2%。同一浓度下,阿特拉津降解菌Acinetobacter sp.DNS32基因组模板稳定性为82.9%,Arthrobacter sp.DNS10基因组模板稳定性为92.1%。研究表明,阿特拉津胁迫对Escherichia coli K12和Micrococcus luteus N19基因组DNA产生损伤;阿特拉津降解菌Arthrobacter sp.DNS10和Acinetobacter sp.DNS32对阿特拉津胁迫有较高耐受性,适于阿特拉津降解。     

汉江上游鲫鱼RAPD遗传多样性研究

采用RAPD技术从26个随机引物中筛选出8个引物对汉江上游汉中段野生鲫鱼群体的遗传多样性进行研究,结果共检测出512个位点,其中多态位点347个,其多态位点比例(P)为67.77%;利用POPGEN软件获得汉江上游汉中段野生鲫鱼群体11个个体间的遗传距离,个体间遗传距离(D)在0.008 6~0.535 0,个体间遗传相似系数(S)在0.585 6~0.991 5,Shannon遗传多样性指数(H0)为0.652 5。试验表明,汉江上游汉中段野生鲫鱼群体仍保持着较丰富的遗传多样性,应加以保护。