35个粳稻品种SSR指纹图谱的构建及遗传相似性分析

用68对SSR引物扩增了35个粳稻品种(系)的基因组DNA,结果有46对引物在35个品种间具有稳定多态性.有6个品种可用单一特异的SSR标记加以识别,其余29个品种则需要不同的SSR指纹组合才能识别.用12对核心引物构建的SSR指纹图谱能将35个粳稻品种逐一区别开来.35个粳稻品种间遗传相似系数的变异范围为0.27～0.98.采用类平均法进行聚类分析,在相似系数0.82处,可将35个粳稻品种分为4类.聚类分析结果基本上反映了依据系谱分析的品种间亲缘关系.     

35个粳稻品种SSR指纹图谱的构建及遗传相似性分析

用68对SSR引物扩增了35个粳稻品种(系)的基因组DNA,结果有46对引物在35个品种间具有稳定多态性.有6个品种可用单一特异的SSR标记加以识别,其余29个品种则需要不同的SSR指纹组合才能识别.用12对核心引物构建的SSR指纹图谱能将35个粳稻品种逐一区别开来.35个粳稻品种间遗传相似系数的变异范围为0.27～0.98.采用类平均法进行聚类分析,在相似系数0.82处,可将35个粳稻品种分为4类.聚类分析结果基本上反映了依据系谱分析的品种间亲缘关系.     

42个杂交粳稻亲本SSR指纹图谱的构建及遗传多样性分析

[目的]研究利用SSR技术构建以杂交粳稻亲本为主的SSR指纹图谱。[方法]用48对SSR引物扩增了42个杂交粳稻亲本的基因组DNA,从中筛选出12对具有稳定多态性的引物,推荐为核心引物。建立了42个杂交粳稻亲本×12个核心引物的DNA指纹数据库。[结果]采用类平均法聚类分析计算42个基因型的相似系数,在相似系数0.73处,可将42个杂交粳稻亲本分为5大类。[结论]聚类分析的结果基本反映了品种间的亲缘关系。     

黄瓜品种RAPD指纹图谱的构建及遗传相似性分析

利用RAPD技术对22个具有广泛遗传基础的黄瓜品种进行了指纹图谱构建及遗传相似性分析,从240条RAPD随机引物中筛选出27条具有稳定多态性的引物.27条引物共扩增出163条带谱,其中多态性带70条,平均多态性比例为43.10%.9条RAPD引物产生的12个特异性标记可以单一地鉴别9个品种,利用不同引物的组合可将其他品种鉴别出来.通过UPGMA法进行聚类分析,当GSC=0.688 8时,可将22个黄瓜品种分为4个群.22个品种间的平均遗传相似系数为 0.800 4,说明黄瓜的遗传变异较低,遗传基础狭窄.     

我国芒果主栽品种遗传多样性分析及指纹图谱构建

[目的]研究芒果主栽品种遗传多样性,构建指纹图谱,为芒果品种创新及选育提供理论依据.[方法]利用115对SSR引物对30个芒果品种进行遗传多样性分析和聚类分析,分析其亲缘关系.[结果]从115对SSR引物中筛选出64对多态性引物,扩增条带总数为343条,多态性比例为73.2％.每对引物可检测到等位位点3.9个,基因多样性为0.54,Shannon's信息指数为1.00,多样性信息平均指数为0.49,具有较高的遗传多样性.聚类分析结果表明,可将30份主栽品种分为四大类,第Ⅰ类包括14份材料;第Ⅱ类包括11份材料,主要为国外引种而获得的品种;第Ⅲ类包括4份材料,为缅三、帕拉英达、白玉和红象牙;第Ⅳ类仅有一份材料,为马切苏.选用7对SSR标记M42、M49、M54、M55、M96、M99和M103构建了30份芒果种质的数字化指纹图谱,可完全区分30份芒果主栽品种.[结论]30份芒果材料的基因组遗传较复杂,遗传信息较丰富,具有较高的遗传多样性.     

粳稻品种(系)SSR指纹图谱的构建及遗传相似性分析

利用47对SSR引物所检测出的114个等位基因位点对江苏省大面积种植的48份粳稻品种(系)进行了遗传相似性分析,在47对具有多态的SSR引物中选择其中17对多态性好、带型清晰的SSR引物构建48份粳稻品种(系)的指纹图谱。结果显示,17对SSR引物构建的指纹图谱可以将48份粳稻品种(系)逐一区分开来。48份粳稻品种(系)间遗传相似系数的变异范围为0.65~0.98。采用非加权类平均法进行聚类分析,在相似系数0.69处,可将48个粳稻品种(系)分为3类,绝大多数品种(系)都聚为第三类群,说明江苏省大面积种植的粳稻品种(系)的遗传基础相对比较狭窄。     

我国部分香稻SSR指纹图谱的构建及遗传相似性分析

以太湖稻区和引自国内其它地区的39个香稻品种以及2个籼型恢复系对照品种为研究材料,利用SSR分子标记进行DNA指纹图谱构建和遗传多样性分析.从已公布的40对水稻SSR引物中筛选出13对核心引物,在这41个水稻品种中共检测到36个多态性片段.据此建立41个水稻品种的DNA指纹图谱,进行聚类分析,发现它们的遗传相似系数在0...     

苋菜主要品种DNA指纹图谱构建与遗传多样性分析

利用基因组DNA的RAPD、ISSR与SRAP等3种分子标记技术,对来自不同地区具有代表性的10个苋菜品种进行DNA指纹图谱构建与遗传多样性分析.8个RAPD引物共产生多态性条带25条,多态率为52.1％;6个ISSR引物共产生28条清晰带,其中多态性条带15条,多态率为53.6％;10个SRAP引物组合共产生144条带,其中多态性谱带83条,多态性比率为57.6％,说明品种间的多态性不高.综合3种标记10个品种,获得各自特异的DNA指纹数据.基于3种标记的聚类分析结果表明,10个材料可以分为4大类,与叶片形状、颜色等性状相符,在一定程度上揭示品种之间园艺学性状的相似性及亲缘关系远近.     

金银花SSR指纹图谱的构建及遗传多样性分析

以金银花及其常见变种为材料,利用SSR标记技术构建分子指纹图谱,并用于遗传多样性分析。选择25个SSR位点用于多态性分析,其中3个位点具有较强多态性,并构建基于Excel格式的金银花SSR指纹图谱,包括3对引物在6个供试材料中扩增到的18条多态性条带信息。应用该指纹图谱对金银花及其变种的遗传多样性进行分析,结果表明,金银花与山银花之间遗传距离较远,仅0.28。应用该指纹图谱对87个市售金银花进行分析,能够区分出河北、山东、河南等地的金银花品种。SSR标记技术具有快速、稳定的优点,具备金银花种质资源标准化分析及中药材市场化检测应用的价值。     

江苏中部地区水稻品种的指纹图谱构建及遗传多样性分析

为江苏中部水稻品种的纯度和真伪性鉴定提供依据,利用SSR分子标记技术研究该地区水稻品种,从48对引物中筛选出26对引物扩增条带具有多态性,占总标记量54%。26对引物共检测出66个等位基因片段,每对引物检测到等位基因为2～4个,平均每对引物的多态性片段为2.5个。每个位点的SSR多态性信息量(PIC)为0.18～0.66,平均为0.40。水稻试验材料间的相似系数为0.46～1.00。     

中国棉花主栽品种DNA指纹图谱构建及SSR标记遗传多样性分析

[目的]采用SSR标记构建2008年中国3大棉区8个棉花主产省份32份棉花主栽品种的DNA指纹图谱并进行遗传多样性分析.[方法]从214对候选引物中筛选出36对多态性高、稳定性好且在染色体上分布均匀的引物作为核心引物,构建棉花主栽品种DNA指纹图谱.[结果]36对SSR引物在32份材料中共扩增出142种多态性基因型,每...     

甜樱桃栽培种指纹图谱构建及遗传多样性分析

为了对甜樱桃品种进行分子鉴别及分析不同品种间的亲缘关系,以叶片直接进行PCR扩增,采用EST-SSR分子标记技术构建生产上常用的40个甜樱桃栽培品种的数字指纹图谱和模式指纹图谱数据库(Cluster Project)并进行遗传多样性分析。采用24对甜樱桃核心引物对所有品种基因组进行扩增,共检测到129个等位位点,包括118个多态性位点,多态性比率为91.2%。每对引物扩增出的等位位点数3~10个,每对引物平均扩增5.38个基因型,扩增条带大小介于100~500bp,多态信息含量(PIC)为0.654,基因流(Nm)为1.402,平均杂合率为0.495。8对引物,即PA17、PA32、PA51、PA54、PA73、PA99、PA101和PA202可作为指纹图谱构建的首选引物,利用其中的PA17、PA51、PA99、PA101和PA202以引物组合方式构建指纹图谱可区分40个品种;聚类分析表明在遗传距离0.71处40个品种被分为5类,聚类结果与品种的特性及成熟期具有较高的一致性。     

樟子松优树群体遗传多样性评价及指纹图谱构建

【目的】分析从内蒙古红花尔基、河北丰宁、河北围场以及辽宁章古台地区收集的樟子松（Pinus sylvestris var. mongolica）优树资源遗传多样性及其遗传结构差异,构建樟子松优良单株的指纹图谱,为优树资源保存和利用提供依据。【方法】利用简单重复序列（simple sequence repeats,SSR）分子标记技术,根据所得结果进行遗传多样性分析,通过非加权组平均法（UPGMA）进行基于亲缘关系的聚类分析,构建99个樟子松优树指纹图谱。【结果】12对SSR引物共扩增35个等位基因,每个位点平均扩增出5.25个等位基因和3.112个有效等位基因,不同位点的PIC值在0.202～0.932之间,平均PIC值为0.558;聚类分析表明,99个樟子松优良单株中相同来源的个体并没有聚为一类,各单株的聚类与现有栽培区不存在明显的规律,樟子松优树资源遗传组成复杂;指纹图谱的构建结果表明,引物lw＿isotig17679、lw＿isotig21953、lw＿isotig27940、lw＿isotig02842、lw＿isotig00080、lw＿isotig05123、lw＿isot...     

胡麻DNA指纹图谱的构建与遗传多样性分析

以61份来源不同的胡麻材料为试材,利用20对多态性较好的SSR引物构建胡麻DNA指纹图谱,并对其遗传多样性进行分析。结果表明:20对SSR引物共得到88个等位基因位点,其中多态性等位基因位点有87个,多态性比率为98.86%,PIC(多态信息含量)值在0.120—0.870,平均PIC值为0.508。UPGMA聚类分析结果显示:61份胡麻材料的遗传相似系数在0.250—0.780,在遗传相似系数0.771 5处可将61份胡麻材料分为3类。构建的61份胡麻材料DNA指纹图谱可为今后胡麻品种鉴定与选育提供参考。     

橄榄种质资源遗传多样性分析及指纹图谱构建

利用ISSR分子标记技术,对101份橄榄种质资源进行遗传多样性分析,并绘制指纹图谱。从96条ISSR引物中筛选出10条引物,对广东省农业科学院果树研究所橄榄资源圃和潮州市果树所资源圃内101份资源进行分子标记,使用UPGMA聚类分析橄榄种质资源遗传多样性,从10对引物中挑选扩增条带清晰、多态性好的核心引物进行遗传多样性分析,并构建橄榄DNA指纹图谱。分析结果显示,10条ISSR引物对101份橄榄样品进行扩增,共得到136条条带,其中多态性条带135条,多态率为99.26%,平均每条引物扩增得到条带13.60条,平均每条引物扩增得到多态性条带13.50条,表明供试材料间遗传多样性较高。通过UPGMA聚类分析可知,101份橄榄种质资源样品间的遗传相似性系数为0.58～0.97,表明品种间亲缘关系较近。在遗传相似性系数为0.68时,可将101份橄榄种质资源分为5组,第1组包含种质48份,第2组包含种质45份,第3组包含种质5份,第4组包含种质2份,编号C74的大纳甜橄榄单独为第5组,说明该品种与其他样品相比发生了明显的遗传变异。利用筛选得来的6条核心引物组合成功构建了橄榄DNA指纹图谱,为供...     

28份余甘子品种遗传多样性的ISSR分析及指纹图谱构建

【目的】利用ISSR分子标记技术对28份余甘子种质资源进行遗传多样性分析,并构建其指纹图谱。【方法】从96条ISSR引物中筛选得到9条核心引物,用作广东省农业科学院收集的华南地区28份余甘子品种分子标记,利用UPGMA聚类分析余甘子种质资源遗传多样性,以核心引物UBC809和UBC886组合构建余甘子DNA指纹图谱。【结果】9条ISSR核心引物对28份余甘子样品扩增共得到686条条带,其中多态性条带667条,多态率为97.23%。通过聚类分析将28份余甘子样品聚为4类,其中大果油甘和甜油甘5号遗传分化较大,各单独聚为一类,珍珠油甘、甜油甘2号和甜油甘4号聚为一类,其余23个品种聚为一类。利用核心引物UBC809和UBC886组合,成功构建了余甘子DNA指纹图谱,供试28份余甘子品种(系)每个都有一套唯一的指纹图谱编码。【结论】成功构建了28份余甘子种质的指纹图谱,可用于余甘子种质资源的分类与鉴定,同时可用于余甘子杂交新品种选育。     

12份水稻恢复系的遗传多样性分析及指纹图谱构建

[目的]了解12份水稻恢复系之间的遗传亲缘关系,以期为水稻恢复系选育和杂交组合选配提供分子依据。[方法]利用40对SSR引物对8份‘明恢’系列恢复系和4份种植广泛的恢复系进行遗传多样性研究。构建该12份恢复系的指纹图谱,并以标记数据为基础计算遗传距离和生成聚类图。[结果](1)40对SSR引物共检测出75个等位位点,平均每对引物产生1.875个;以其中多态性良好的11对标记对12份恢复系进行指纹图谱构建,确定了每份材料的唯一分子身份信息。(2)12份恢复系之间的遗传相似系数变异范围在0.62～0.93之间。在遗传相似系数0.74处可以将12份材料分为6个类群,在0.79处可以将第Ⅰ类群的6份材料分为3个亚类。[结论]12份供试恢复系可以分成6个亚群,明确了相互之间的亲缘关系,从分子层面为恢复系选育和亲本组配提供了较好的遗传信息。     

玫瑰SRAP遗传多样性分析与品种指纹图谱构建

 【目的】从分子水平分析玫瑰的遗传多样性和亲缘关系,并建立起玫瑰品种的指纹图谱,为杂交育种、品种分类和品种鉴定提供理论依据。【方法】采用相关序列扩增多态性（SRAP）技术对玫瑰46个品种和4份野生种质进行了遗传多样性分析和品种指纹图谱的构建。【结果】15对引物共扩增出264个位点,其中227个为多态性位点,多态性比率为85.98%,说明玫瑰的遗传多样性较为丰富。50份材料的遗传相似系数（GS）为0.6012~0.9852,平均值为0.7835;平均Nei’s遗传多样性指数(H)为0.2665,平均Shannon信息指数（I）为0.4033;4份野生玫瑰种质的H=0.1225,I=0.1787,显著低于栽培品种的H=0.2684,I=0.4059,说明玫瑰品种的遗传多样性更为丰富。【结论】根据聚类结果,玫瑰品种类型的划分应首先考虑亲本来源,再按株型、花型划分。利用三对核心引物,构建了玫瑰品种的标准指纹图谱,为品种鉴定提供了依据。     

浙江省46个粳稻新品种SSR指纹图谱构建及遗传多样性分析

采用农业部推荐的12对水稻SSR引物(NY/T 1433—2007),对2008年以来由浙江省主要育种单位育成的46个常规粳稻品种构建DNA指纹图谱,并分析其亲缘关系。结果显示,12对SSR引物共检测出84个等位基因,平均多态性频率(FP)值为0.192。46个品种的相似系数在0.735~1.000之间,平均相似系数为0.879,表明近年来浙江省粳稻品种亲缘较近,遗传背景较狭窄。该研究结果可为浙江省水稻新品种选育、鉴别和保护提供参考。     

35份甘蔗种质的遗传多样性分析及 DNA指纹图谱构建

[目的]利用SRAP分子标记分析35份甘蔗种质的遗传多样性,并构建其DNA指纹图谱,为甘蔗种质资源的分子鉴定提供技术支持.[方法]以凉蔗系列(26份)为主的35个甘蔗品种(系)为供试材料,利用SRAP分子标记的8条正向引物和14条反向引物随机组成112对引物组合,从中筛选出核心引物对35份甘蔗材料进行遗传多样性分析,并利用POPGENE 1.32计算各材料间的Nei's遗传相似系数,使用Ntsyspc 2.1 UPGMA方法进行聚类分析,并构建DNA指纹图谱.[结果]从112对引物组合中筛选出4对核心引物组合(Me3/Em8、Me4/Em8、Me5/Em8和Me6/Em2),利用其从35份甘蔗材料中共扩增出102条条带,平均每对引物的扩增条带数、多态性条带数和多态性比率分别为25.5条、21条和81.20%,各引物组合扩增的条带数为21~30条,多态性比率为61.90%~96.55%.根据Nei's遗传相似系数,在遗传相似系数为0.751时,可将35份甘蔗材料分为五大类,26个凉蔗系列品种(系)(除凉蔗07-54外)均归在I类和II类,说明凉蔗系列的亲缘关系较近;桂糖73-167和农垦2号分别被单独归为一类,说明这两个品种(系)间及与其他品种(系)间的亲缘关系较远;I类中除凉蔗系列之外,还包括粤糖91-976和ROC16,说明这两个品种(系)有可能是I类中凉蔗系列的杂交亲本或存在血缘关系;II类中除凉蔗系列外,还包括B8、ROC22、ROC24和ROC10,说明这4个品种(系)的亲缘关系较近,ROC系列可能存在II类中凉蔗系列的亲本.利用这4对核心引物组合构建的DNA指纹图谱均可将35份甘蔗材料鉴别开.[结论]35份甘蔗材料的遗传多样性丰富,构建的DNA指纹图谱可用于甘蔗品种(系)鉴定.