FSHR基因第1外显子多态性及其与小梅山猪产仔数的关系

本研究旨在检测猪FSHR基因第1外显子多态性,并分析其与产仔数之间的关系.采用PCR- SSCP和直接测序方法检测基因多态性,利用最小二乘法分析其与母猪产仔数的关系,同时对多态位点的方差组分进行分析,并预测选择反应.研究结果表明:猪FSHR基因第1外显子区域内检测到3个SNPs(C70T、C74G、C81T),其中C74G导致氨基酸的改变,同时,筛选出3个单倍型和5种基因型;FSHR基因单倍型与基因型分布在小梅山猪、枫泾猪与大白猪群体间差异达到极显著水平(P＜0.01);关联分析结果显示,2胎以上的小梅山母猪中,AA和CC基因型个体的TNB比BC基因型分别低0.64(P＞0.05)和0.36头(P＞0.05),所有胎次中,AA基因型个体的TNB 和NBA比AC基因型分别低0.80(P＜0.01)和0.67头(P＜0.01).对于FSHR基因第1外显子而言,小梅山猪TNB和NBA的遗传主要受到显性效应的影响.     

猪EPHA1基因多态性及其与产仔数的关联性分析

研究利用PCR-SSCP技术对大白、长白和杜洛克猪EPHA1基因外显子多态性及其与产仔数的关系进行了研究。结果表明:在第15外显子上检测到一个发生G→C颠换的突变位点,形成3种基因型。对于大白猪,3~6胎的GG型个体的产活仔数(NBA)比CC型个体高出1.66头(P<0.05);在所有胎次中,GG型个体的总产仔数(TNB)比CC型个体高出0.2头(P<0.01)。对于长白猪,第2胎GG型个体的TNB和NBA分别比CC型个体高出1.41头(P<0.05)和1.46头(P<0.05);所有胎次中,GC型个体TNB比CC型个体高出0.67头(P<0.05)。对于杜洛克猪,3种基因型个体的TNB和NBA差异不显著(P>0.05)。对于试验大白猪群体而言,该多态位点GG基因型可作为TNB性状的标记基因型。     

猪ITGB1基因多态性与产仔数的关联性分析

本研究以643头母猪为实验材料,利用CRS-RFLP技术对猪ITGB1基因第14外显子C42241T位点进行单核苷酸多态性分析,并将基因多态性与猪的产仔数进行关联分析,旨在探讨该多态位点能否作为猪产仔数性状的分子遗传标记。结果表明:42241多态位点的基因型效应对长白猪的总产仔数(TNB)和产活仔数(NBA)影响不显著;对于大白猪和杜洛克猪,不同基因型个体之间的TNB和NBA差异显著(P<0.05),其效应为TT>TC>CC,且TT型个体具有较高的产仔数主要是由基因的加性效应导致的。因此,42241位点TT基因型可作为大白猪和杜洛克猪TNB和NBA性状的标记基因型。     

猪WNT4基因多态性及其与产仔数的关联性分析

本实验旨在研究猪WNT4基因的多态性对猪产仔数的影响,以期寻找到与猪产仔数相关的分子遗传标记,为猪的早期选择提供依据。本实验利用PCR-PFLP技术分析WNT4基因外显子多态性,并与产仔数进行关联分析。结果表明:在第1外显子73 bp处发现1个突变,有3种基因型。对于第1胎,CC型个体的总产仔数(TNB)比AA型个体高出2.28头(P<0.01);产活仔数(NBA)比AA型个体高出1.89头(P<0.01);对于第2胎,CC型个体的总产仔数(TNB)比AA型个体高出3.31头(P<0.01);产活仔数(NBA)比AA型个体高出3.53头(P<0.01);对于所有胎次,CC型个体的总产仔数(TNB)比AA型个体高出1.94头(P<0.01);产活仔数(NBA)比AA型个体高出1.78头(P<0.01);对于第3~6胎,3种基因型个体的TNB及NBA之间差异不显著(P>0.05)。综上,该多态位点CC基因型相对于AA型是优势基因型。     

不同猪种TGFβ-RⅠ基因单核苷酸多态性分析

研究通过对猪TGFβ-RⅠ基因多态性与产仔数的关系的分析,寻找与猪产仔数相关的分子遗传标记,以期加快猪育种进程。本研究以大白猪和长白猪(共计329头)为实验材料,采用PCR-SSCP技术,共设计5对引物,对猪TGFβ-RⅠ基因的第7内含子的全序列进行多态性分析,发现2个多态性位点。经测序分析,在引物1的56bp处和引物4的148bp处均发现突变,分别为G→T和A→G。同时在不同猪群,利用最小二乘法对这2个突变位点的基因型进行组合构成的基因型与产仔数的相关性进行分析。结果表明:在大白猪中,2胎及以上的总产仔数(TNB)的AACC基因型组合显著高于AACD和ABCD(P<0.05);在所有胎次的TNB的AACC基因型组合显著高于ABCD(P<0.05),也高于AACD。     

猪VEGF基因5′调控区多态性与产仔数的关联分析

研究通过PCR-SSCP技术对大白猪、长白猪和杜洛克猪共计574头母猪的VEGF基因进行多态分析,并将基因多态性与猪总产仔数(TNB)和产活仔数(NBA)进行关联分析,旨在探讨猪VEGF基因多态性对其产仔数的影响。结果表明:在VEGF 5′调控区内有2个突变位点。P1产物第191位点处由A突变为G,在3个猪品种中只发现AA、AG 2种基因型,其中AG为优势基因型,A为优势等位基因。长白猪第1胎中AG型的TNB和NBA比AA型分别高出1.34头和1.44头(P<0.01),杜洛克猪所有胎次中AG与AA的TNB差异显著(P<0.05),NBA差异极显著(P<0.01)。P2产物第103位点处由C突变为T,在3个猪品种中发现TT、TC、CC 3种基因型,T为优势等位基因。TT、TC分别比CC型的TNB高出2.63头(P<0.05),在杜洛克所有胎次中TC比TT的TNB和NBA分别高出0.84头和0.94头(P<0.05)。P1位点和P2位点能否作为产仔性状的标记基因还需进一步研究。     

猪VEGF基因5'调控区多态性与产仔数的关联分析

研究通过PCR-SSCP技术对大白猪、长白猪和杜洛克猪共计574头母猪的VEGF基因进行多态分析,并将基因多态性与猪总产仔数(TNB)和产活仔数(NBA)进行关联分析,旨在探讨猪VEGF基因多态性对其产仔数的影响.结果表明:在VEGF 5'调控区内有2个突变位点.P1产物第191位点处由A突变为G,在3个猪品种中只发现AA、AG 2种基因型,其中AG为优势基因型,A为优势等位基因.长白猪第1胎中AG型的TNB和NBA比AA型分别高出1.34头和1.44头(P＜0.01),杜洛克猪所有胎次中AG与AA的TNB差异显著(P＜0.05),NBA差异极显著(P＜0.01).P2产物第103位点处由C突变为T,在3个猪品种中发现TT、TC、CC 3种基因型,T为优势等位基因.TT、TC分别比CC型的TNB高出2.63头(P＜0.05),在杜洛克所有胎次中TC比TT的TNB和NBA分别高出0.84头和0.94头(P＜0.05).P1位点和P2位点能否作为产仔性状的标记基因还需进一步研究.     

猪PRLR和FSHβ基因多态性检测及其与繁殖性状的关联分析

试验旨在研究催乳素受体（prolactin receptor,PRLR）和卵泡刺激素β（follicle-stimulating hormone β,FSHβ）基因的多态性及其与母猪繁殖性状的关联分析。采用PCR-RFLP方法对大白猪、杜洛克猪和长白猪3个猪种共487头母猪进行了PRLR和FSHβ基因多态性检验,并采用单因子方差分析、LSD法分析不同基因型与母猪总产仔数、产活仔数、断奶窝重和断奶窝仔数等繁殖性状的相关性。结果表明,PRLR基因在大白猪和长白猪中B等位基因均为优势基因,基因频率分别为0.717和0.548,大白猪BB基因型总产仔数显著高于AA基因型（P<0.05）,长白猪BB基因型断奶窝重显著高于AB基因型（P<0.05）;FSHβ基因在大白猪、杜洛克猪和长白猪3个猪种中B等位基因均为优势基因,基因频率分别为0.804、0.760和0.789,长白猪BB基因型总产仔数和产活仔数均显著高于AB基因型（P<0.05）,呈现BB>AA>AB趋势。因此,PRLR和FSHβ基因对荣昌猪场母猪繁殖性能有一定影响,可作为母猪繁殖性能分子选育的候选参考基因。     

小梅山猪LHR基因第11外显子PCR-RFLP多态性及其与产仔数的关联分析

采用混合基因池和直接测序方法,寻找猪LHR基因第11外显子区域的SNP;利用PCR-RFLP技术对小梅山猪、枫泾猪和大白猪3个群体218头繁殖母猪进行大规模检测,并采用最小二乘法分析其与616窝小梅山猪繁殖记录的关系。结果表明,在猪LHR基因第11外显子1 351bp处发现1个SNP（C→T）;利用错配PCR技术产生1个新的酶切位点SphⅠ,经RFLP分析,在小梅山猪群体中检测到3种基因型：MM、MN、NN,其中MN基因型频率最高（0.69）,而枫泾猪和大白猪中只检测到MM型个体;关联分析及方差分析结果表明,对于小梅山猪母猪,2胎以上中,MN型的总产仔数（TNB）显著高于NN型（P〈0.05）;所有胎次中,MN型的TNB和活产仔数（NBA）均显著高于NN型（P〈0.05）;初步表明,MN基因型为优势基因型,TNB和NBA的遗传主要受基因的显性效应的影响;LHR基因第11外显子可作为小梅山猪辅助选择的遗传标记。     

猪3号染色体上与产仔性状和窝内仔猪初生重整齐度显著关联的标记鉴定

试验旨在寻找与猪产仔性状和窝内仔猪初生重整齐度显著关联的分子标记,为猪繁殖性状的遗传改良提供依据。在课题组前期进行的猪全基因组清扫分析的基础上,选定猪3号染色体上的2个SNPs位点（rs338309012和rs335824784）,利用目标序列捕获测序分型技术,在丹系大白猪和美系大白猪群中对这2个SNPs位点与猪产仔性状（包括总产仔数、产活仔数、死胎及木乃伊胎数等）及窝内仔猪初生重整齐度进行关联分析。结果显示,rs338309012位点与总产仔数、木乃伊胎数显著关联（P<0.05）,AC基因型母猪的总产仔数、木乃伊胎数均显著高于CC基因型（P<0.05）;rs335824784位点与有效活仔数、木乃伊胎数显著关联（P<0.05）,与产活仔数和死胎数极显著关联（P<0.01）,不同基因型对产活仔数和有效活仔数的影响为GG > CG > CC,与之相反,对窝内仔猪初生重的变异系数、死胎及木乃伊胎数的影响为GG < CG < CC。因此,rs335824784位点GG基因型猪不仅产活仔数多,而且窝内仔猪初生重整齐,死胎和木乃伊胎数低,可以作为提高猪产仔性状和窝内仔猪初生重整齐度的分子标记。     

Polymorphism of FSHR Gene Exon 10 and Its Relationship with the Litter Size of Xiang Pigs

Follicle-stimulating hormone (FSH), a glycoprotein secreted from pituitary, can regulate ovarian function through the FSH receptor (FSHR).To evaluate the effects of FSHR gene on the litter size of Xiang pig population, the polymorphisms of FSHR gene exon 10 were detected by polymerase chain reaction (PCR) and sequencing methods, and the effect of polymorphisms in FSHR gene exon 10 on litter size traits in Xiang pigs was analyzed using the least square analysis.In eight candidate sites, there were two polymorphic loci were detected out from Xiang pig population, which were rs322800083 (C276T) and rs332115220 (T601C). Moreover, a new SNP novel 1 (G-92A) was discovered.Four haplotypes were constructed between rs322800083 and rs332115220 sites, in which C-T was the main haplotype (45.0%) and presented closely linkage disequilibrium (r²=0.334) in Xiang pig population. Furthermore, the haplotype C-T corresponded to the highest total number born (TNB) at the second fetus of Xiang pigs, haplotype C-C to the lowest TNB. It was notified that haplotype C-T produced 0.99 TNB of Xiang pigs more than haplotype C-C (P<0.05). And the TNB at the third fetus was also the highest in haplotype C-T, which produced 1.61 and 2.33 TNB more than haplotypes T-C and C-C (P<0.01). The genotypes of locus rs332115220 was weakly correlated with the third fetus of Xiang pig population (ρ=0.429).The results suggested that haplotype C-T could be used as a molecular marker to assist selection for the litter size of Xiang pigs.     

猪FSHβ基因第2外显子多态性与产仔性能的关联分析

采用PCR-SSCP技术检测马身猪、杜洛克猪、大白猪、山西黑猪和山西白猪等5个猪种421个个体FSHβ基因编码区的多态性,采用单变量动物模型分析了多态位点对母猪产仔性能的影响。结果表明:在FSHβ基因第2外显子第48位上检测到C→T的转换突变为同义突变。在杜洛克群体中,C等位基因的频率为1;在马身猪群体中,T等位基因的频率为1;在山西白猪和山西黑猪中,等位基因C的频率相对较高,分别为0.65和0.89。不同基因型母猪总产仔数和产活仔数的差异不显著(P>0.05),可初步判断该突变位点对猪的产仔性能无显著影响。     

Cloning of Inhibin-α Gene and its mRNA Expression Pattern in the Ovary of Congjiang Xiang Pig

To reveal the relationship between inhibin-α(INHA) gene and the reproductive traits of Congjiang Xiang pig, INHA gene was cloned and sequenced taking the genomic DNA of Congjiang Xiang pigs as templates by polymerase chain reaction(PCR) method.The polymorphisms of INHA gene were tested in Congjiang Xiang pig populations with high-litter size and low-litter size using allele-specific PCR(AS-PCR) method.The expression profile of INHA gene in ovaries was detected from Congjiang Xiang pigs with high-litter yiled or low-litter yiled by Real-time PCR method.The complete coding region of INHA gene was 1095 bp in length, which coded for 364 amino acid residues.Compared with the known sequence, two candidate sites, G359A and A373G, were found out from exon 2 region of INHA gene in Congjiang Xiang pig.After investigation for the two sites in a large population, the frequency of alleles between two populations was not significant and without obvious relativity with the litter yiled of Congjiang Xiang pig.However, the INHA mRNA level in the ovary of Congjiang Xiang pig with high-litter yiled was higher than that with low-litter yiled.It suggested that INHA gene was much conserved, INHA gene expression level might be concerned for the regulation of ovary growth and follicle development in Congjiang Xiang pig breed.     

Fine mapping the number of corpora lutea quantitative trait loci on SSC3: Analysis of the porcine follicle‐stimulating hormone receptor gene

In females, follicle‐stimulating hormone (FSH) targets a FSH receptor (FSHR) expressed only on granulose cells, inducing maturation of the ovarian follicles. We hypothesized that genetic variants in the FSHR gene influence litter size by affecting the number of corpora lutea. We fine‐mapped a region of Sus Scrofa chromosome 3 that contains quantitative trait loci for corpora lutea. Polymorphisms were detected in the exons and 5′ flanking region of the porcine FSHR gene, a positional candidate for the statistically most significant of the quantitative trait loci. Finally, 248 F₂ animals from a Duroc and Meishan cross were genotyped for three FSHR SNPs at positions 74, 532 and 1166, and these were correlated with the phenotypes of litter size and corpus luteum number. Three haplotypes were identified: M1 (G/G/C), M2 (C/A/T) and D (C/A/C). In the F₂ population, the M1 haplotype was associated with a greater number of corpora lutea (P < 0.01) and also seemed to be associated with increased litter size, although the association was not significant (P = 0.2571). Some polymorphisms resulting in amino acid substitutions in these genes were excluded from the polymorphisms possibly responsible for the number of corpora lutea.     

GPR54基因多态性与小梅山猪产仔数的关联分析

本研究旨在检测猪GPR54基因多态性,分析其与产仔数之间的关系。采用PCR-SSCP、PCR-R FLP和直接测序方法,对小梅山猪、枫泾猪和大白猪3个群体218头繁殖母猪进行GPR54基因的多态分析,并采用最小二乘法分析其与616窝小梅山母猪繁殖记录的关系。结果表明:在3对引物(P1、P4、P8)中检测到3个多态位点,其中1个多态位点(P1)导致氨基酸的改变(Leu35Pro),P4与P8位点的基因遗传为连锁遗传;P1位点上,2胎以上小梅山母猪中,BB型个体的产活仔数(NBA)比AB型和AA型分别高0.69、1.65头(P0.01),所有胎次中,BB型个体的TNB和NBA均高于AA型(P0.01)和AB型(P0.01);P4/P8位点上,杂合型的总产仔数(TNB)和NBA均高于纯合型。结果提示,对于小梅山猪,P1位点的BB基因型可作为小梅山猪辅助选择的遗传标记。     

猪垂体特异性转录因子基因多态性的研究

对香猪、上海白猪、大约克夏猪的垂体特异性转录因子(PIT-1)基因进行了单核苷酸多态性(SNP)分析。结果显示:在3个猪种PIT-1基因的第5和第6外显子中均未发现SNP;而在第4外显子中出现SNP,即在公布序列的第272位上有1/2的大约克夏猪为碱基C,其余1/2的大约克夏猪和全部的香猪、上海白猪均发生了C→T突变,这是一个沉默突变。根据研究结果推测,PIT-1基因第4外显子中的碱基突变及这3个外显子的序列状况可能与香猪的矮小性无关。     

香猪卵巢StAR和CYP11A1基因的差异表达研究

为了揭示香猪繁殖调控的分子机制,本试验结合生物信息学分析方法对StAR和CYP11A1基因在香猪卵巢组织中的差异表达进行分析。运用实时荧光定量PCR方法检测高、低产群体6月龄香猪卵巢组织中StAR和CYP11A1基因的表达量变化;从香猪基因组中克隆两个基因的启动子区域,分析两个基因表达差异的分子机制。高通量转录组测序和实时荧光定量PCR检测结果均显示,高产香猪两个基因的表达量较高,启动子区序列长分别为1 144与970 bp。StAR基因启动子区结合转录因子ER、COUP、Sp1等34种72个,转录起始位点上游68~698 bp存在8个变异位点,但不影响转录因子的结合;与CYP11A1基因启动子区相结合的转录因子为Sp1、PU.1、C/EBPdel等30种75个,转录起始位点上游12~593 bp存在5个变异位点,其中69 bp处检测到C-T变异,高产香猪的T等位基因检出频率为17%,低产香猪为33%;对预测结果整合分析,T等位基因丢失了转录因子Sp1的结合位点。高、低产香猪之间StAR和CYP11A1基因的表达存在差异,CYP11A1基因启动子区69 bp处的变异可能是基因表达量差异的原因之一。     

皱皮香猪HAS2基因SNPs的鉴定及生物信息学分析

为了探究皱皮香猪全身性皮肤褶皱是否与透明质酸合成酶2（hyaluronan synthase 2,HAS2）基因变异有关,本研究以普通香猪为对照,采用特异性PCR方法克隆HAS2基因的外显子编码区,应用生物信息学方法分析测定基因编码区的碱基变异,检测变异位点在群体中的分布频率。结果显示,皱皮香猪HAS2基因中检测到4个SNPs位点：位于外显子1的T221A错义突变（导致亮氨酸替换为赖氨酸）和A228G同义突变,位于外显子2的T183C和外显子4的C537T同义突变。生物信息学分析发现,T221A和A228G位点构成4种单倍型,其中T-A为皱皮香猪群体的主要单倍型（27.5%）,且在皱皮香猪群体中紧密连锁（r²=0.253）,而且T221A和A228G突变可引起mRNA自由能和蛋白质结构发生变化,TA组合的自由能为-573.29 kJ·mol^-1,TG组合的自由能为-580.89 kJ·mol^-1,AG组合的自由能为-572.66 kJ·mol^-1;AA组合的自由能为-571.03 kJ·mol^-1;蛋白序列中亮氨酸替换为赖氨酸后,α螺旋由35.52%降为32.97%,自由卷曲由43.17%升至44.51%,同时引起蛋白序列三级结构的改变。位点T221A和A228G在香猪群体中呈现出丰富的多态性,均表现出3种基因型;关联分析结果显示,皱皮香猪T221A位点的A等位基因频率显著高于普通香猪（P<0.05）,A228G位点中皱皮香猪的G等位基因频率极显著高于普通香猪（P<0.01）。T183C位点的C等位基因频率和C537T位点的T等位基因频率在皱皮香猪和普通香猪间未达到显著性差异（P>0.05）。研究结果揭示,HAS2基因的外显子1中发生的两个碱基变异可能影响基因转录后mRNA的稳定性以及蛋白的三维结构,影响HA的合成量,并与皱皮香猪体侧皮肤不均匀增厚且发生褶皱有关。     

从江香猪抑制素α基因克隆及其卵巢表达研究

为了探索抑制素α基因(inhibin-α,INHA)与从江香猪繁殖性状之间的相关性,试验采用特异性聚合酶链式反应(PCR)技术克隆从江香猪INHA基因,测定其核苷酸序列,通过等位基因特异性PCR(allele-specific PCR,AS-PCR)方法检测从江香猪低产群与高产群之间INHA基因的多态性变化,以实时荧光定量PCR技术检测高产、低产从江香猪卵巢组织中INHA基因的表达量。结果表明,从从江香猪基因组中成功克隆了INHA基因,编码区完整,全长1095 bp,编码364个氨基酸;经比对发现, INHA基因外显子2序列中存在2个候选SNPs位点(G359A和A373G)。经大样本检测,从江香猪高产群与低产群之间2个候选SNPs位点的基因频率没有明显差异;相比之下,高产从江香猪卵巢中INHA基因的表达量较高。研究结果提示,从江香猪INHA基因结构保守,可能主要通过基因的表达量变化调节从江香猪卵巢的生长和卵泡的发育。