基于16S rDNA扩增子测序技术分析四川省奶牛乳房炎乳汁中微生物菌落多样性

为了掌握四川省部分地区奶牛乳房炎致病微生物的主要流行趋势,为针对性地使用抗生素治疗和防控奶牛乳房炎提供科学依据,本研究利用16S rDNA扩增子测序技术对四川成都市、眉山市、凉山州3地区的10家养殖场的奶牛乳房炎乳汁和正常乳汁微生物菌群多样性进行比较分析.结果表明:本地调查的正常奶牛乳汁与患乳房炎奶牛乳汁中无乳链球菌、...     

基于16S rDNA测序分析不同剩余采食量皖南黄兔盲肠中微生物菌落多样性

【目的】本研究旨在探究皖南黄兔个体间剩余采食量水平差异与盲肠菌群多样性的关系。【方法】选取体重、年龄相近的110只皖南黄兔仔兔进行60 d的饲养试验,试验结束后测定个体剩余采食量(residual feed intake, RFI),根据RFI值选出5只高RFI和5只低RFI皖南黄兔母兔,分别为H组(高RFI值)和L组(低RFI值)。利用16S rDNA扩增子测序技术对H组和L组母兔盲肠内容物进行比较分析。【结果】不同剩余采食量水平的家兔盲肠菌群组成丰富度无显著差异(P>0.05),而菌落多样性存在一定差异。L组黄兔盲肠微生物中纺锤链杆属(Fusicatenibacter)、经黏液真杆菌属(Blautia)、毛螺菌属(Lachnospira)、草酸杆菌属(Oxalobacter)、肠杆菌属(Intestinibacter)的相对丰度显著高于H组(P<0.05);Paludicola、Mailhella、螺杆菌属(Helicobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)的相对丰度显著低于H组(P<0.05)。【结论】不同RFI水平的皖南黄兔群体盲肠菌群多样性和结...     

基于16SrDNA高通量测序方法检测猪舍空气微生物多样性

采用16SrDNA高通量测序方法研究猪舍空气微生物的多样性。实验采用Illumina MiSeq 2×250系统,对细菌16S rDNA(V4)区进行测序;采用QIIME软件对数据进行分析。结果表明:猪舍空气微生物多样性丰富,基于97%的相似规律来确定OTU(operational taxonomical unit),其中,有16种门、115种科、217种属被鉴定;在属水平上,10种优势菌群是Pseudomonas、Acinetobacter、Streptococcus、Lactococcus、Enhydrobacter、Lactobacillus、Chryseobacterium、Wautersiella、Flavobacterium、Leuconostoc,其中,6种被报道为病原微生物。实验结果表明,了解猪舍空气微生物的多样性、丰度及优势菌群的病原性对猪舍疾病防控有一定指导意义。     

16SrDNA克隆文库法分析拜城油鸡盲肠细菌多样性研究

为了研究拜城油鸡盲肠细菌物种多样性,本研究采用基于16SrDNA基因序列系统发育分析的免培养方法进行细菌物种多样性分析,以盲肠内容物样品总DNA为模板,利用细菌通用引物扩增16SrDNA基因,构建16SrDNA基因克隆文库,并对文库中的插入序列进行RFLP分析。结果表明:随机挑选的252个克隆为阳性克隆,阳性率为65.7%,经过RFLP筛选出95个不同图谱的重组克隆并测序,比对分析后发现:拜城油鸡盲肠细菌分属于厚壁菌门(Firmicutes)(65.26%)、拟杆菌门(Bacteroidetes)27.37%)和变形菌门(Proteobacteria)(4.21%)。在纲水平有梭菌纲(Clostridia)、拟杆菌纲(Bacteroidia)和ε-变形菌纲(Epsilonproteobacteria)相对含量最多,分别占总菌的64.21%、26.32%和4.21。在科水平上以瘤胃菌科(Ruminococcaceae)(21.05%)、毛螺菌科(Lachnospiraceae)(20%)和理研菌科(Rikenellaceae)(12.63%)相对含量最多,为优势科。在属水平上仅有31.58%的序列可以鉴定到属,Lachnoclostridium的相对含量最多,占总菌的12.63%,其次为另枝菌属(Alistipes)和瘤胃梭菌属(Ruminiclostridium)。拜城油鸡盲肠内容物中的细菌组成具有丰富的多样性,并有新细菌分类单位的潜在资源,值得进一步进行开发研究。     

采用Illumina MiSeq测序技术分析断奶幼兔盲肠微生物群落的多样性

本试验旨在采用Illumina MiSeq测序技术分析断奶幼兔盲肠微生物群落的多样性。选取30窝同日出生、胎次相同和平均窝重相近的健康新生仔兔,于14日龄开始补饲,断奶当日(30日龄)从30窝仔兔中选取48只体重相近的健康幼兔作为试验兔,饲喂不添加抗生素的基础饲粮。分别于断奶当日及断奶后1、2和3周随机选取6只健康幼兔屠宰,无菌采集盲肠内容物,从中选取3个样本提取微生物基因组总DNA,采用Illumina MiSeq测序技术检测其中的微生物群落多样性。结果显示:1)健康幼兔盲肠微生物群落α多样性指数指标(ACE值、Chao1值、Shannnon值)随日龄的增长有升高的趋势(P0.10)。2)不同日龄健康幼兔盲肠微生物各菌门的相对丰度差异不显著(P0.05),且均主要由厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门和疣微菌门组成;在科水平上,厚壁菌门主要由瘤胃球菌科和毛螺旋菌科组成,拟杆菌门主要由拟杆菌科和紫单胞菌科组成;在属水平上,拟杆菌属、Barnesiella、Akkermansia、普雷沃氏菌属和4种未知菌属为优势菌属;拟杆菌属和Parabacteroides在断奶当天的相对丰度较高,且与其他日龄组差异显著(P0.05)。3)健康幼兔盲肠中均存在乳杆菌属,且相对丰度在各日龄组间差异不显著(P0.05)。由此得出,断奶时健康幼兔盲肠微生物区系已基本建立,相对丰度最大的优势菌属为拟杆菌属,但断奶后随着日龄的增长,微生物组成趋于复杂。     

高通量测序技术分析大骨鸡盲肠微生物组成

研究旨在利用高通量测序技术比较散养(OD)和笼养(ID)两种饲养方式下12、18周龄大骨鸡盲肠微生物组成差异。结果表明,随着日龄的增加,OD组操作分类单位(OTUs)数量变化不大,而ID组OTUs数量有所增加。从门的丰富度来看,各组中拟杆菌门最丰富,比例最大,其次为厚壁菌门和变形菌门;12周龄时,散养组与笼养组间有3个菌门差异显著(P0.05),18周龄时,有5个菌门差异显著(P0.05);在属的水平,共检测到60个属,12周龄时,散养组与笼养组间有10个属的含量存在显著差异(P0.05),18周龄时,散养组与笼养组间有6个属的含量存在显著差异(P0.05)。研究结果为大骨鸡养殖策略的制定及盲肠微生物区系的研究提供参考。     

利用16 Sr-DNA高通量测序技术对发酵床垫料微生物区系的分析

本研究旨在了解发酵床养猪垫料微生物菌群区系结构,探索菌种及垫料对发酵床垫料微生物区系的影响。将商业菌、土著菌分别接种于含稻壳与锯末成分比为1∶1和2∶1垫料中,制作成四个处理组的发酵床,经154d猪饲养试验后,收集发酵床垫料,采用16Sr-DNA高通量测序技术对发酵床中微生物区系进行测定分析。结果表明:(1)丰富度方面,土著菌(Chao指数:10175~10754)丰富度高于商业菌(Chao指数:6720~7554);(2)相似性方面,商业菌种处理的菌群结构受垫料因素的影响较小,土著菌处理的菌群结构受垫料因素的影响较大;(3)多样性方面,垫料对菌群多样性的影响较菌种对其的影响大,且稻壳与锯末比值为2∶1的垫料微生物多样性(shannon指数:6.64~6.91)高于稻壳与锯末比值1∶1的垫料微生物多样性(shannon指数:5.90~5.94);(4)菌群组成方面,发酵床垫料菌群主要由4个门组成:拟杆菌门(27.66%~60.93%)、厚壁菌门(13.41%~34.21%)、变形菌门(10.28%~14.71%)和放线菌门(4.63%~26.24%),并从属水平上确定了Galbibacter为发酵床垫料微生物的优势菌属。试验发现菌种和垫料对发酵床垫料微生物区系的丰富度、相似性、多样性均有不同程度的影响。     

革蜱携带微生物多样性的二代测序技术分析

为了解黑龙江省尚志市某林区革蜱携带微生物种类的特点,试验采集游离蜱,随机取雌雄革蜱各96只,提取蜱足和其他部位的DNA样品分成雌蜱、雄蜱和蜱足3组,分别扩增16S r DNA基因V3~V4区,应用Illumina Hi Seq 2500测序平台进行深度测序,并对微生物多样性进行生物信息学分析。蜱足组代表外环境微生物群,在去除蜱足组所携带微生物的有效序列后,对雌蜱和雄蜱两组革蜱体内的微生物进行具体分析。结果表明:雌蜱和雄蜱两组样品共获得60 954条有效序列,平均序列长度为423 bp,包括651个分类操作单元(OTU),共192个科,309个属;其中检测到25类致病微生物,分别包括布鲁氏菌科、巴斯德氏菌科和分支杆菌属等常见人兽共患病菌,以及考克斯氏体属、立克次氏体属、无形体属、疏螺旋体属和埃立克体属5类蜱传病原;分析发现雌蜱和雄蜱携带的病原种类和丰度均不同,其中雌蜱中蜱传病原的种类多于雄蜱。说明采自尚志市某林区森林革蜱体内的微生物群结构具有多样性和复杂性,雌蜱和雄蜱微生物群的多态性存在差异。     

利用MiSeq测序技术分析锦江牛瘤胃细菌多样性

本研究旨在利用MiSeq高通量测序技术揭示锦江牛瘤胃细菌组成及多样性。选用3头装有永久性瘤胃瘘管的锦江牛成年公牛[体重(400±20)kg],采集瘤胃液样品后提取细菌DNA,对瘤胃细菌的16S rDNA序列V4~V5区进行MiSeq测序,分析物种的丰度、分布及α-多样性。结果表明:3个样本共获得56 763条高质量16S rDNA序列,946个分类操作单元(OTU),锦江牛瘤胃细菌丰富度指数Chao指数、Ace指数分别为836、841,α-多样性指数Shannon指数、Simpson指数分别为4.96、0.021 5;经过物种注释,15个门、23个纲、26个科以及44个属在所有样品中被鉴定。在门水平,拟杆菌门(Bacteroidetes)(64.37%)、厚壁菌门(Firmicutes)(21.20%)和变形菌门(Proteobacteria)(7.59%)数量最多;在纲水平,主要包括拟杆菌纲(Bacteroidia)(52.88%)和梭菌纲(Clostridia)(17.03%);在科水平,主要包括普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)(36.26%)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)(9.33%)和毛螺菌科(Lachnospiraceae)(4.89%);在属水平,优势细菌主要包括普雷沃氏菌属(Prevotella)(28.97%)、帕拉普氏菌属(Paraprevotella)(3.08%)、理研菌属(Rikenella)(2.28%)、梭菌_Ⅳ(ClostridiumⅣ)(1.77%)、解琥珀酸菌属(Succiniclastium)(1.62%)和瘤胃球菌属(Ruminococcus)(1.53%)。结果证明,锦江牛瘤胃细菌多样性相对较低;锦江牛瘤胃中最优势菌门是拟杆菌门,其次是厚壁菌门;普雷沃氏菌属是锦江牛瘤胃中最优势细菌属。     

不同剩余采食量的蛋鸭盲肠微生物组成及多样性研究

本试验旨在分析不同剩余采食量(RFI)的蛋鸭盲肠微生物组成及多样性差异.试验选取300只400日龄的绍兴鸭,单笼饲养,期间记录个体初始体重、终末体重、采食量和产蛋重,利用多元线性回归方程计算个体RFI.选择RFI最高和最低的各15只鸭,分别为高RFI组(HRFI组)和低RFI组(LRFI组).采集盲肠内容物后利用16S...     

基于16S rRNA高通量测序技术分析草原红牛瘤胃微生物多样性和功能预测的研究

为系统探讨草原红牛瘤胃内的微生物多样性及其功能,本试验利用16S rRNA基因高通量测序技术检测分析草原红牛(20月龄左右,均重为577.5 kg)瘤胃液样本菌群结构并进行PICRUSt功能预测。结果显示:通过Illumina Miseq测序平台共获得35 848条优质序列,聚类分析得到387个操作分类单元(OTU),经分类学鉴定分属15个门、20个纲、25个目、41个科及110个属;厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)为优势菌群,所占比例分别为50.09%和41.11%;基于属的组成,依次为普雷沃菌属(Prevotella)15.20%、未知属f型拟杆菌目(norankfBacteroidales)BS11菌群8.66%、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)NK4A214菌群6.96%、理研菌科(Rikenellaceae)RC9菌群5.56%、未知属(Christensenellaceae)R-7菌群4.01%、瘤胃球菌属2(Ruminococcus2)3.33%等;16S rRNA基因组的PICRUSt功能预测结果显示,瘤胃内菌群功能主要集中在碳水化合物转运及代谢,表面草原红牛体内含有大量的纤维素和木质素降解酶基因。综上,基于16S rRNA基因的高通量测序技术全面揭示了草原红牛瘤胃菌群的多样性,且预测其含有丰富的蛋白质分解、木质纤维素降解酶系,为探索草原红牛瘤胃微生物的认知提供了基础,也为挖掘其他重要营养生理功能相关的瘤胃微生物功能基因提供了参考。     

基于16S rDNA高通量测序方法检测猪舍环境微生物群落多样性

[目的]研究猪舍环境微生物群落多样性,了解不同类型猪舍环境中细菌群落的结构差异以及潜在的致病菌属。[方法]利用空气沉降法采集规模化猪场妊娠猪舍、保育猪舍、分娩猪舍的环境微生物样本,每种类型猪舍选取3栋猪舍采样,共9个样本。采用Illumina Miseq技术,以细菌16S rDNA的V3～V4变异区为对象进行高通量测序;采用QIIME2软件对测序数据进行分析,比较不同类型猪舍环境微生物群落组成。[结果]在97%相似度阈值下9个样本共得到OTU 29 126个,涵盖31门66纲160目320科899属1 831种的细菌。分娩猪舍以及保育猪舍的Chao1指数、Shannon指数及谱系多样性指数整体高于妊娠猪舍。变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidota）、厚壁菌门（Firmicutes）和放线菌门（Actinobacteriota）为猪舍环境的四大优势菌群;变形菌门在3个类型的猪舍中相对丰度均最高,厚壁菌门、放线菌门以及拟杆菌门相对丰度在不同类型猪舍中差异较大。不动杆菌属（Acinetobacter）、棒杆菌属（Corynebacterium）、寡养单胞菌...     

基于16S rRNA测序分析高低饲料转化率猪粪便微生物的组成差异

提高猪饲料转化率是目前猪育种工作的重点,本研究对384头三元杂交母猪的FCR值进行排序,从中选取两端高饲料转化率(HFCR组)和低饲料转化率(LFCR组)猪各10头,采集粪便进行微生物16S rRNA基因测序分析。结果表明,LFCR组的Richness指数、Chao1指数、ACE指数均极显著高于HFCR组(P<0.01)。通过LEfSe分析,在属水平上筛选两组间具有显著差异的微生物,其中,在LFCR组筛选LDA>3的微生物主要是Prevotella＿1、Treponema＿2、Prevotellaceae＿NK3B31＿group、Eubacterium＿coprostanoligenes＿group、p-1088-a5＿gut＿group、Prevotella＿9、阿克曼菌属、Prevotellaceae＿UCG＿009、Ruminococcaceae＿UCG-014、Ruminococcaceae＿NK4A214＿group,在HFCR组LDA>3的微生物主要是巨球藻属、小类杆菌属、链型杆菌属、假丁酸弧菌属、柯林斯氏菌、Solobacterium、罕见小球菌属、链...     

基于16S rRNA测序分析巴马小型猪性别与肠道微生物的关系

为了研究性别对巴马小型猪粪便微生物组成及丰度的影响,试验以10头雄性和10头雌性试验用巴马小型猪作为试验对象,收集新鲜粪便,采用16S rRNA测序技术和生物信息学分析方法,分析微生物多样性、组成并对预测的代谢通路进行了差异分析。结果表明：雄性巴马小型猪和雌性巴马小型猪之间微生物的Alpha多样性无显著差异(P>0.05)。在门水平上雄性和雌性巴马小型猪的核心菌群均为厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes);在属水平上雄性的核心菌群为志贺氏杆菌属(Shigella,5.81%)、颤螺菌属(Oscillospira,4.62%)、密螺旋体属(Treponema,4.14%)、梭菌属(Clostridiaceae＿Clostridium,2.73%)及拟杆菌属(Bacteroides,2.58%),雌性为颤螺菌属(5.23%)、密螺旋体属(4.94%)、链球菌属(Streptococcus,3.74%)、SMB53(2.35%)及梭菌属(2.12%)。在门水平上,雌性疣微菌门(Verrucomicrobia)的丰度显著高于雄性(P<0.05);在...     

基于16S rRNA高通量测序技术分析中国西门塔尔牛瘤胃微生物多样性和功能预测的研究

为系统探讨中国西门塔尔牛瘤胃内的微生物多样性及其功能,本试验利用16S rRNA基因高通量测序技术检测分析西门塔尔牛(20月龄,平均体重约为550 kg)瘤胃液样本菌群结构并进行PICRUSt功能预测。结果显示,两组样本通过Illumina Miseq测序平台共获得66 712条优质序列,聚类分析得到1 797个操作分类单元(OTU),经分类学鉴定分属13个门20个纲22个目33个科及59个属;厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)为优势菌群,所占比例分别为62.46%和22.45%;基于属的组成,依次为粪杆菌真核菌群([Eubacterium]_coprostanoligenes_group,9.16%)、瘤胃球菌属_2 (Ruminococcus_2,7.90%)、未知属f型拟杆菌目RF16菌群(norank_f__Bacteroidales_RF16_group,6.23%)、未知属f型瘤胃菌科(norank_f__Ruminococcaceae,4.79%)、理研菌科_RC9菌群(Rikenellaceae_RC9_gut_group,4.72%)、未知属f型拟杆菌目BS11菌群(norank_f_Bacteroidales_BS11_gut_group,4.49%)、瘤胃球菌属_1(Ruminococcus_1,4.43%)等;16S rRNA基因组的PICRUSt功能预测发现,瘤胃菌群功能主要集中在碳水化合物转运及代谢上,可能含有大量的纤维素和木质素降解酶基因。综上,基于16S rRNA基因的高通量测序技术全面揭示了西门塔尔牛瘤胃菌群的多样性,并预测其含有丰富的蛋白质分解、木质纤维素降解酶系,为探索西门塔尔牛瘤胃微生物奠定基础,也为进一步挖掘与某些重要营养生理功能密切相关的瘤胃微生物功能基因提供参考。     

16S rRNA测序揭示猪日增重与肠道微生物的关系

为了探讨杜洛克公猪肠道微生物菌群与日增重的关系,根据91头杜洛克公猪平均日增重的高低,选择极端高低组各10头分为低组(LADG)和高组(HADG),收集粪便,利用16S rRNA测序分析LADG和HADG 2组猪的粪便微生物多样性和组成,并对其功能进行预测。结果:2组的alpha多样性差异不显著(P0.05);杜洛克猪的2个优势菌门是厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes),优势菌属是普氏菌属(Prevotella)和乳酸菌属(Lactobacillus);LADG组中螺旋体门(Spirochaetes)、软壁菌门(Tenericutes)、WPS-2和疣微菌门(Verrucomicrobi)4个菌群的丰度要显著高于HADG组(P0.05),HADG组中的巨球型菌(Megasphaere)、粪杆菌属(Faecalibacterium)和韦荣氏菌(unclassified_f_Veilionellacece)3个菌群的丰度显著高于LADG组;HADG组中的微生物在疾病代谢通路,如嘌呤代谢和核黄素代谢高度富集,LADG组微生物在分泌系统等通路高度富集。试验结果提示:HADG组可能有较高的代谢水平,LADG组的分泌系统可能更发达。本研究丰富了杜洛克猪的早期选种的理论依据,并为理解早期宿主与微生物的相互作用提供了帮助。     

高通量测序技术分析青海藏羊初乳和常乳微生物多样性

为探究藏羊初乳和常乳的微生物组成及多样性,本试验选取体况良好、2～3胎次的藏羊6头,采集初乳（C）和常乳（OM）。基于高通量测序技术对2组乳样的16S rDNA的V4区进行分析,选用PICRUSt进行功能预测。结果显示：97%的一致性共得到3 413个OTUs,微生物Alpha多样性指数在藏羊常乳中高于藏羊初乳（P<0.05）。变形菌门（Proteobacteria）和厚壁菌门（Firmicutes）是2组乳样中丰度最高的2种菌门,藏羊初乳中2种菌门丰富度分别为77.61%和11.66%,常乳中为71.65%和17.43%。在属水平上,2组乳样的优势菌属均为假单胞菌属（Pseudomonas）、丛毛单胞菌属（Comamonas）,且藏羊初乳中假单胞菌属和乳杆菌属（Lactobacillus）丰度高于常乳。16S rDNA基因KEGG水平功能预测,结果发现常乳在遗传信息处理、复制修复和翻译功能上得到显著富集,初乳在氨基酸代谢功能上得到显著富集。表明藏羊初乳和常乳微生物多样性存在显著差异,并发现常乳在遗传信息处理、复制修复和翻译功能上得到显著富集,初乳在氨基酸代谢功能上得到显著富集。