麦洼牦牛的随机扩增多态性DNA遗传多样性分析

利用随机扩增多态性DNA(RAPD)分子标记对麦洼牦牛粉嘴和纯黑2个选育群共100头个体进行遗传多样性分析,并用DCFA、Popgen1.32等软件分析了群体间和群体内的基因频率、群体分化指数(Gst)和基因流(Nm)等参数。结果表明:8个RAPD随机引物共检测到65种清晰谱带,其中具有多态性的谱带57条,多态频率为87.7%。在粉嘴群中,多态位点有45个,多态频率为69.23%,Nei氏基因多样性指数(H)为0.245;纯黑群中,多态位点有52个,多态频率为80.00%,H为0.260,显示2个群体遗传多样性均较丰富,且多样性相近。麦洼牦牛2个群体总的多样性指数(Ht)为1.877,有效等位基因数(Ne)为1.455,H为0.280,表明麦洼牦牛的遗传多样性较丰富。纯黑群体与粉嘴群体间的遗传距离(D)为0.073,群体内遗传变异大于群体间。     

Screening the Polymorphic Tri-nucleotide Repeat Microsatellites from the Genome of Maiwa Yak and Their Genetic Diversity Analysis

In order to study the genetic diversity and differentiation characteristics of the existing population of Maiwa yak and provide a theoretical basis for utilization in the future, a total of 9 466 tri-nucleotide repeats microsatellites loci were screened based on the release of genome of yaks by bioinformatics method. The tri-nucleotide repeats microsatellites were amplified by PCR using the genomic DNA of 191 Maiwa yaks as templates,and the polymorphic microsatellite loci were genotyped through polyacrylamide electrophoresis experiment. After the Hardy-Weinberg equilibrium test, 5 tri-nucleotide microsatellite loci were deviated from the Hardy-Weinberg equilibrium (P <0.05). 15 microsatellite loci were highly polymorphic (PIC >0.5), the mean observed heterozygosity (Ho),mean expected heterozygosity(He) and mean polymorphic information content(PIC) were 0.5041,0.8152 and 0.7831,respectively. Maiwa yak population exhibited no characteristics of differentiation by Structure 3.0 software analysis. Therefore, Maiwa yak had plentiful genetic polymorphism while no signs of genetic differentiation were observed within the population.     

麦洼牦牛的RAPD分析

用60个10碱基的随机引物对麦洼牦牛的基因组DNA进行了PCR扩增。有7个引物扩增出了清晰且具多态性的条带，条带总数为34，其中有25条为可变条带，表现出多态性，多态频率为74％。根据Shannon公式计算出的7个引物扩增带频率的群体遗传多样性指数分别为：1．7955（OPA10）、0．6726（OPA13）、0．5433（OPB07）、0．0739（OPB10）、0．9919（OPA04）、1．4015（OPC06）、1．4514（OPK12），平均为：0．99，其平均百分比差异均值（MAPD）为40．41％。     

麦洼牦牛的产奶性能分析

<正> 牦牛的产奶性能,是牦牛生产性能的重要指标之一。到目前为止,麦洼牦牛尚无一套完整的产奶性能资料。为此,我们于一九八八至一九九○年对1至4胎麦洼牦牛进行了产奶性能的测定工作。现就资料整理分析于下。     

基于GBS简化基因组测序评估3个麦洼牦牛保种群的遗传结构研究

麦洼牦牛是青藏高原地区优良的乳肉兼用型牦牛品种,本研究旨在探究四川省龙日种畜场麦洼牦牛保种群的遗传多样性和遗传结构,评价3个不同保种群的保种效果并挖掘重要种质特性基因。对麦洼牦牛3个保种群粉嘴群（n=140）、全黑群（n=211）、弗洛群（n=55）进行GBS简化基因组测序,基于检测到的126122个单核苷酸多态性（SNPs）标记计算遗传统计量,结果表明,整个牦牛群的平均观测杂合度（Ho）和平均期望杂合度（He）为0.3038和0.3036,麦洼牦牛的遗传多样性较丰富。全黑群、粉嘴群、弗洛群的观测杂合度Ho分别为0.3029、0.3042、0.3044,近交系数Fis分别为0.0144、0.0152、0.0209,弗洛群和粉嘴群受人工选择的强度大于全黑群,较低的近交水平说明3个群的保种效果较好。Structure分析中全黑、弗洛群部分个体血缘较纯正,而其他个体血缘关系非常混杂;粉嘴群和全黑群的遗传分化系数（Fst）和遗传距离（DR）最大为0.03513、0.0358,结合系统进化树表明两者亲缘关系最远,有遗传分化趋势。利用Fst和π法对3个保种群进行选择信号分析,发现有104个受选择基因广泛参与生殖机能、免疫系统、胚胎发育、脂质代谢等条目以及生殖激素、内/外分泌、信号传递等通路,其中部分基因提示麦洼牦牛的繁殖、肉质、毛色性状以及应激反应得到了人工选择,如PPP3CC、KCNMA1、ROCK2、GNAQ、MEF2C、KIT等。现有的麦洼牦牛保种策略是可行的,研究结果为未来麦洼牦牛的保种选育和遗传改良提供了参考依据。     

杜泊羊三个微卫星位点遗传多态性的研究

本试验检测了杜泊羊群体中三个微卫星位点OarAE101、BMS2508和HH55的多态分布情况,结果表明：这三个位点都具有7个等位基因,其多态信息含量（PIC）、有效等位基因数（E）及群体杂合度（H）依次为OarAE101：0．8400／6．6370／0．8493;BMS2508：0．8218／5．9620／0．8323;HH55：0．7875／5．0216／0．8009,具有较高的多态性,从而为杜泊羊群体遗传多样性的度量、品种间配合力的测定以及分子辅助选择提供重要的理论依据。     

牦牛血液蛋白遗传多态性研究进展

血液中的许多蛋白质和酶具有遗传多态性,这类遗传多态性同红细胞的抗原变异一样被应用于血型分类的研究。自５０年代以来,国内外学者对家畜的血液蛋白多态性进行了大量而深入的研究。结果表明,普通牛血液中有２６种以上的蛋白具有多态性。而对牦牛血液蛋白多态性的研究始于８０年代,已发现牦牛血液中有多种蛋白质和酶具有遗传多态性。本文就近年来国内外关于牦牛血液蛋白多态性的研究进展进行概述。１　牦牛血液蛋白质多态性１１　血红蛋白（Ｈｂ）牦牛Ｈｂ的遗传机制,一般认为受ＨｂＡ、ＨｂＢ２个等显性等位基因控制,表现出ＨｂＡ…     

杜泊羊三个微卫星位点遗传多态性的研究

本试验检测了杜泊羊群体中三个微卫星位点OarAE101、BMS2508和HH55的多态分布情况,结果表明:这三个位点都具有7个等位基因,其多态信息含量(PIC)、有效等位基因数(E)及群体杂合度(H)依次为OarAE101:0．8400/6．6370/0．8493;BMS2508:0．8218/5． 9620/0．8323;HH55:0．7875/5．0216/0．8009,具有较高的多态性,从而为杜泊羊群体遗传多样性的度量、品种间配合力的测定以及分子辅助选择提供重要的理论依据。     

中国四个海拔牦牛群体血红蛋白β链微卫星多态性分析

分析了四个海拔高度牦牛（4500m，4000m，3500m，1700m）血红蛋白β链微卫星座位的多态性，结果发现中国牦牛群体的平均杂合度和多态信息含量分别为0．8574，0．8426，等位基因数为10，其中7个是牦牛所特有的，另外3个是牦牛和黄牛所共有的。四个海拔高度牦牛的等位基因分布差异极显著（P〈0．01）。等位基因分布与海拔相关，相关系数为0．397。基因型121bp／103bp是海拔4000m处牦牛所特有的。这说明高度多态的血红蛋白β链微卫星座位在牦牛适应高原低氧中具有可能的自然选择价值及可能的调控作用。     

中国四个海拔牦牛群体血红蛋白β链微卫星多态性分析

分析了四个海拔高度牦牛(4500 m,4000 m,3500 m,1700 m)血红蛋白β链微卫 星座位的多态性,结果发现中国牦牛群体的平均杂合度和多态信息含量分别为0．8574,0． 8426,等位基因数为10,其中7个是牦牛所特有的,另外3个是牦牛和黄牛所共有的。四个海 拔高度牦牛的等位基因分布差异极显著(P<0．01)。等位基因分布与海拔相关,相关系数为0． 397。基因型121bp／103bp是海拔4000 m处牦牛所特有的。这说明高度多态的血红蛋白β链 微卫星座位在牦牛适应高原低氧中具有可能的自然选择价值及可能的调控作用。     

利用微卫星遗传标记评估5个西藏牦牛群体遗传多样性及群体结构

【目的】 评估当前西藏主要牦牛群体遗传多样性,梳理不同地区群体间遗传结构,明确西藏5个牦牛群体（阿里牦牛、斯布牦牛、娘亚牦牛、类乌齐牦牛和帕里牦牛）的保种情况和种群间系统发育关系。【方法】 利用13个微卫星标记（SSR）对5个牦牛群体共计195个个体进行基因分型,并对各群体的等位基因数量、基因杂合度、多态信息含量及群体间遗传距离等遗传参数进行评估。【结果】 阿里牦牛群体等位基因数最多（6.43）,类乌齐牦牛等位基因数最少（5.00）;观测杂合度范围为0.5311（娘亚牦牛）~0.5995（类乌齐牦牛）。各群体内偏离Hardy-Weinberg平衡的位点数为5（类乌齐牦牛）~9（阿里牦牛）个;群体内近交系数最高为0.172（阿里牦牛）,且4个群体（阿里牦牛、娘亚牦牛、斯布牦牛和帕里牦牛）存在显著近交风险（P<0.05）。从遗传结构来看,所有群体间均为显著遗传分歧（P<0.05）,STRUCTURE分析结果显示,5个牦牛群体划分为3个簇,其中阿里牦牛较其他牦牛群体具有更为丰富的遗传背景。系统发育树结果表明,不同群体间系统发育关系相对独立,且与种群栖息地分布不一致。主坐标分析（PCoA）结果显示,不同群体间部分个体存在较近亲缘关系,表明不同群体间存在遗传物质交流。【结论】 5个西藏牦牛群体具有丰富的遗传多样性水平,且种群系统发育关系相对独立,但多数群体存在群体事件风险。本研究不仅有助于明确西藏牦牛地方种群遗传多样性水平,同时可为今后的保种策略提升提供理论参考。     

麦洼牦牛乳用特性选育报告

为了充分发挥麦洼牦牛泌乳优势,通过选择高产奶牛组建核心选育群,以产奶量作为主要选育量化指标为依据,采用以奶定母,以母定仔的母系选育措施后,选育牛群的产奶量大大提高,为非产奶期选择高产奶牛找到了一条简捷途径。     

麦洼牦牛SRY基因克隆及序列分析

SRY是Y染色体上具体决定生物雄性性别的基因片段,是多数哺乳动物性别决定基因之一。本试验采用克隆测序SRY基因并结合生物信息学对其序列进行分析,利用软件Codon W分析麦洼牦牛、普通牛、绵羊、山羊、猪、小鼠、鸡和人该基因编码区的密码子偏好性。克隆测序得到SRY基因序列含1个690 bp的开放阅读框,共编码229个氨基酸;其编码区核苷酸序列与普通牛、绵羊、山羊、猪、小鼠、鸡、人相应序列间的一致性分别为99.9%、93.9%、91.2%、76.5%、43.3%、21.4%、69.1%。经聚类分析,麦洼牦牛首先与普通牛聚在一起,绵羊与山羊聚为一类,这两类相聚后再依次与猪、人、小鼠相聚,最后与鸡聚为一类,其结果与以往的生物学分类结果一致。该基因编码的蛋白质分子式为C₁₁₅₅H₁₈₂₇N₃₅₁O₃₄₈S₁₁,相对分子质量为2655.0,理论等电点PI为9.55,亲水性平均数为-0.855。其密码子偏好性分析显示,T3_s为0.2905、C3_s为0.3240、A3_s为0.3728、G3_s为0.2963,第3位碱基中出现G和C占第3位碱基总量的48%,同义密码子数为61。上述数据表明麦洼牦牛SRY基因编码序列与普通牛、绵羊、山羊、猪、人具有较高的一致性,在物种进化过程中较为保守。该基因对含A的密码子有较高的偏爱性,尽量避开以G结尾的密码子,且其所编码的蛋白质为亲水性蛋白。     

青海高原牦牛遗传多样性研究

以中心产区简单随机抽样在青海省西宁市共抽取青海高原牦牛76头,用垂直平板聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）和水平淀粉凝胶电泳技术检测21个编码血液蛋白（酶）结构基因座及12个微卫星位点的多态性,并进行中性检验及连锁不平衡分析。结果表明：在所检测的21个血液蛋白基因座中,有6个存在多型,多态位点百分比为28．57％,12个微卫星位点全部为多态,共检测出63个等位基因;两层次标记所反映的群体内遗传变异水平均较低,21个血液蛋白基因座平均有效等位基因数、观察杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别为1．118、0．0665、0．0729和0．0603,12个微卫星位点相应指标分别为2．9005、0．4138、0．5325和0．4903;除Alp外,其余5个血液蛋白多态基因座和12个微卫星位点均为中性基因。除Alp-CA、LDH1-ADH两对血液蛋白基因座和8对微卫星显著（P〈0．05）或极显著（P〈0．01）处于连锁不平衡状态外,其余13对血液蛋白基因座和58对微卫星均处于连锁平衡状态（P〉0．05）;另外,6个血液蛋白多态基因座、12个微卫星位点或是两者的合并数据从群体水平上均处于连锁平衡状态（P〉0．05）。     

麦洼牦牛生长发育研究

测定1055头健康、发育良好、雌、雄性、0－4岁麦洼牦牛的体重和胸围、体长、体高等7个线性性状。公犊、母犊初生重分别为13．71、12．90kg，公牦牛1－4岁体重：72．89、127．21、169．19和197．36kg，胸围：113．73、137．67、153．26和159．91cm；母牦牛1－4岁体重：63．79、117．57、159．66和176．26kg，胸围：109．10、133．34、149．00和153．38cm。两种性别的体重和胸围、体长、体高3个大尺度性状增长曲线拐点出现在3周岁，其余4个小尺度性状增长曲线拐点出现在2周岁或稍后。     

麦洼牦牛G蛋白信号转导调节因子5克隆及蛋白结构分析

采用RT-PCR方法扩增并克隆麦洼牦牛G蛋白信号转导调节因子5(regulator of G protein signaling 5,RGS5)基因序列,利用ClustalX 1.83和Mega 5.0软件构建系统进化树,并选用多种生物信息学软件进行序列分析和蛋白结构预测.结果表明,所得麦洼牦牛RGS5基因长度为863 bp,包含1个546 bp的完整开放阅读框,编码181个氨基酸,GenBank登录号为KJ867514.系统进化树分析发现,麦洼牦牛RGS5氨基酸序列与普通牛亲缘关系最近,其次是山羊和绵羊.RGS5基因编码的蛋白质分子质量为20.94 ku,理论等电点(PI)为6.35,它是一种以α-螺旋为主,不含信号肽的非跨膜、不稳定性蛋白.三级结构预测显示,麦洼牦牛与人RGS5蛋白三级结构相似性高达90.51%.以上结果为深入研究RGS蛋白功能积累科学资料.     

浅析麦洼牦牛资源数据库的解决方案

根据数据库设计原理和畜牧学以及生态学的原理对麦牦牛资源数据库进行结构特性设计，数据库分为麦洼牦牛为生物学属性及遗传资源数据子库和麦洼牦牛生态资源数据子库。前者包括麦洼牦牛外貌特征，生产性能，细胞遗传等18个数据表，后者包括麦洼牦牛地境资源，大气生态资源和牧草资源3个数据表。根据软件工程学基本观点，采用面向对象程序设计方法对数据库应用系统进行详细设计。以WindowsX作为系统运行平台，以SQL Server作为后台服务器数据运行环境，以Delphi作为前台客户程序运行环境，使应用系统符合Client-Sever结构标准。