16S rRNA与Vitek-32对临床感染猪肠球菌鉴定结果比较

旨在利用两种常用的细菌分型方法对感染猪的肠球菌的鉴定结果进行比较和分析.将从河南洛阳、济源、许昌、南阳等地送检病猪体内分离的42株革兰阳性球菌纯培养后,分别用16S rRNA基因序列比较和Vitek-32全自动细菌鉴定系统进行鉴定.Vitek-32对42株分离茵中的34株鉴定到种的水平,分别是粪肠球茵(E.faecalis)10株、屎肠球菌(E.faecium)2株、铅黄肠球菌(E casseliflavus)22株;另有8株未成功鉴定.16S rRNA基因序列分析对42株分离菌成功的鉴定结果是为粪肠球菌12株,屎肠球菌30株.经比较发现,Vitek-32鉴定的10株粪肠球菌中除1株被16S rRNA鉴定为屎肠球菌外,其余9株均相同;Vitek-32鉴定的2株屎肠球菌与16S rRNA鉴定结果相同;Vitek-32鉴定的22株铅黄肠球菌除了1株被16S rRNA鉴定为粪肠球菌外,其余全部被鉴定为屎肠球菌;8株未能被Vitek-32鉴定的肠球菌被16S rRNA方法分别鉴定为粪肠球菌(2株)和屎肠球菌(6株).在感染猪的肠球茵分型鉴定中,Vitck-32对粪肠球菌鉴定结果与16S rRNA比较具有较高的一致性(75%);而对于屎肠球菌的鉴定结果与16SrRNA比较出现了较大的差异(93.3%).     

阿鲁科尔沁草原牛乳中乳酸菌生物学特性的研究——肠球菌属等的鉴定（第2报）

本项研究从科尔沁草原的阿鲁科尔沁牧区南北4个苏木16个牧户中采集43个乳样。从43个乳样中分离到64株乳酸菌，对其中的47株进行鉴定，结果分离到肠球菌属（Enterococcus)13株，乳球菌属（Lactococcus)2株，片球菌属（Pedio-coccus)3株。对其中8株分离株进行了种的鉴定，结果为殊异肠球菌（E.dispar)1株，蒙特氏肠球菌（E.mundtii)1株，类鸟肠球菌（E.pseudoavium)1株，屎肠于菌（E.faecium)3株，乳球菌乳脂亚种（L.lactis subsp cremoris)1株，乳球菌乳亚种（L.lactis subsp Lactis)1株，嗜盐片球菌（P.halophilus)1株。通过研究发现，被鉴定菌株的生物学特性基本符合各属和种的鉴定标准，均属于中温性乳酸菌。     

阿鲁科尔沁草原牛乳中乳酸菌生物学特性的研究 --肠球菌属等的鉴定

本项研究从科尔沁草原的阿鲁科尔沁牧区南北4个苏木16个牧户中采集43个乳样.从43个乳样中分离到64株乳酸菌,对其中的47株进行鉴定,结果分离到肠球菌属(Enterococcus)13株,乳球菌属(Lactococcus)2株,片球菌属(Pedio-coccus)3株.对其中8株分离株进行了种的鉴定,结果为殊异肠球菌(E.dispar)1株,蒙特氏肠球菌(E.mundtii)1株,类鸟肠球菌(E.pseudoavium)1株,屎肠球菌(E.faecium)3株,乳球菌乳脂亚种(L.lactissubspcremoris)1株,乳球菌乳亚种(L.lactissubspLactis)1株,嗜盐片球菌(P.halophilus)1株.通过研究发现,被鉴定菌株的生物学特性基本符合各属和种的鉴定标准,均属于中温性乳酸菌.     

临床感染猪肠球菌菌株的分离与鉴定

对分离自河南洛阳、济源、许昌、南阳等地送检病猪内脏的42份革兰阳性球菌分离纯化,根据细菌形态学、培养特性和生长耐性试验结果,初步确定为肠球菌,采用V itek-32全自动细菌鉴定系统对其进行鉴定,共鉴定出了34株肠球菌.其中,粪肠球菌(Enterococcus faecalis)10株、屎肠球菌(E.faecium)2株、铅黄肠球菌(E.casselifla-vus)22株.另有8株未鉴定到种的水平.     

零售鲜猪肉中肠球菌的鉴定与毒力基因检测

2007年～2008年间，分别从郑州市5个农贸市场鲜猪肉销售摊点采集了52份猪肉样品，经细菌分离得到30株疑似肠球菌，通过细菌形态学和培养特性的观察，并采用Vitek-32全自动细菌鉴定系统对其进行分析，最终鉴定为肠球菌，其中粪肠球菌(E. faecalis)16株、屎肠球菌(E. faecium)4株、铅黄肠球菌(E.casseliflavus)6株、鸟肠球菌(E.avium)2株、鹑鸡肠球菌(E. gallinarum )2株。药敏试验结果表明：肠球菌对呋喃妥因、万古霉素、替考拉宁和氨苄青霉素有较高的敏感性，对四环索、卡那霉素和红霉索的敏感性较低。经过对肠球菌6种公认的毒力基因cylA、gelE、efaA、ace、AS和esp的检测，发现分离株携带毒力基因不同，7号粪肠球菌携带6种，而12号屎肠球菌则全部为阴性，其它菌株则携带1～5种不等的毒力基因。     

仔猪感染粪肠球菌的病原鉴定及病原特性初报

旨在对引起河南省三门峡某猪场肥育仔猪发病死亡的病原菌进行鉴定,并对其病原特性进行初步分析。用常规手段分离纯化可疑病原菌,观察其形态染色特性和培养特性,然后利用Vitek-32全自动细菌鉴定系统进行生化特性鉴定,并进一步检测分离菌株的明胶酶和溶血素等毒力因子表型及其药物敏感性。结果表明：①经细菌分离纯化,得到2个呈链状排列的G＋球菌分离株,分别命名为HE1和HE2株。②经Vitek-32全自动细菌鉴定系统鉴定,2株分离菌均为粪肠球菌（E. faecalis）。③毒力因子表型试验表明,HE1和HE2均具有溶解明胶的能力,且能裂解兔红细胞,其中HE1呈现β型溶血,HE2呈现α型溶血。④动物试验表明,分离菌株对小鼠具有致死作用,其中HE1毒力更强。家兔对上述分离株具有一定耐受性,仅表现出临床症状但不死亡。⑤药敏结果显示分离菌对万古霉素、替考拉宁、利富平和氨苄西林敏感,对诺氟沙星、红霉素、卡那霉素和四环素耐药。粪肠球菌感染可以导致仔猪发病死亡,但不同的粪肠球菌分离株对动物的致死能力有差异。     

不同肠球菌基因组DNA提取方法对PCR鉴定的影响

为研究肠球菌基因组DNA的不同提取方法对16SrRNA基因序列PCR、种属多重PCR、RAPDPCR等肠球菌鉴定结果的影响,分别采用6种基因组DNA提取方法(水煮法1、水煮法2、常规酚/氯仿抽提法、chelex-100法1、chelex-100法2和试剂盒法),对1株肠球菌标准菌株ATCC29212基因组DNA进行提取,以这些分别提取的DNA为模板在相同的扩增条件下进行PCR检测.结果表明,在16SrRNA基因序列PCR和种属多重PCR检测中以水煮法1进行肠球菌DNA的提取最适宜,而试剂盒法在RAPDPCR检测中效果最佳.     

番茄潜叶蛾马铃薯种群幼虫肠道细菌组成结构与多样性及功能预测

【目的】探究番茄潜叶蛾马铃薯种群幼虫肠道细菌组成结构与多样性及功能,为番茄潜叶蛾寄主适应性机制研究及综合防治提供理论依据。【方法】采用传统分离培养法和16S rDNA序列分析对取食马铃薯的番茄潜叶蛾肠道可培养细菌进行分离鉴定;采用单分子实时测序技术对其肠道细菌16S rDNA序列进行全长测序,分析肠道细菌的组成结构与多样性,并进行功能预测分析。【结果】番茄潜叶蛾马铃薯种群幼虫肠道细菌有5门13科13属15种,优势门、科、属、种分别为厚壁菌门（Firmicutes）、肠球菌科（Enterococcaceae）、肠球菌属（Enterococcus）和蒙氏肠球菌（E.mundtii）。其中通过传统分离培养法共分离到可培养细菌2门5科5属6种,优势门、科、属、种分别是厚壁菌门（90.38%）、肠球菌科（83.71%）、肠球菌属（83.71%）和蒙氏肠球菌（83.71%）,桑肠杆菌（Enterobacter mori）(6.56%)、松鼠葡萄球菌（Staphylococcus sciuri）(5.98%)和粘质沙雷氏菌（Serratia marcescens）(2.30%)为细菌主要种类。通过单...     

乳酸粪肠球菌的分离鉴定与系统进化分析

分离鉴定一株疑似乳酸粪肠球菌.通过对表型特性包括培养特性、形态学观察、生化试验等鉴定,同时结合16S rDNA系统进化分析;结果该株革兰氏阳性菌能在10℃和45℃生长.接触酶阴性,发酵葡萄糖产酸不产气,可生长于6.5%NaCl和pH9.6的环境等,16S rDNA系统进化分析与粪肠球菌有最高同源性.结论表明分离株为乳酸粪肠球菌.     

一株猪源屎肠球菌的分离鉴定及系统进化分析

为获得性能优良的动物肠源乳酸菌菌种,试验利用MRS琼脂培养基从健康猪肠道及其内容物中分离得到一株乳酸菌CE001。综合形态特征、生理生化特征以及16SrRNA基因序列和pheS基因系统进化分析结果,初步鉴定为屎肠球菌,该菌种保藏于中国普通微生物菌种保藏中心,保藏号为CGMCC9666。     

副猪嗜血杆菌的分离与鉴定及其16S rRNA 生物信息学分析

从湖南省内送检的疑似患多发性浆膜炎与关节炎的猪病料中分离到12株细菌,细菌学试验证明12株细菌均符合副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,HPS)形态、培养和生化特性.根据HPS 16S rRNA序列设计引物对12株细菌进行PCR扩增,均得到预期目的条带,将扩增片段测序并运用DNAStar软件与GenBank中不同血清型HPS基因序列进行比对,表明其与Genbank中已公布的不同血清型HPS菌株16S rRNA序列的同源性为90.4%~99.9%,其中与血清5型同源性最高,对所测序列与参考序列进行遗传进化树分析,结果表明其中11株属于血清5型HPS.     

养殖大菱鲆感染迟缓爱德华氏菌的分离、毒力基因及ERIC-PCR分析

为了调查辽宁省葫芦岛市养殖患病大菱鲆Scophthalmus maximus病原菌感染情况,选用迟缓爱德华氏菌Edwardsiella tarda特异性引物对分离菌株进行PCR鉴定,共分离得到22株迟缓爱德华氏菌。结果表明:迟缓爱德华氏菌毒力基因的PCR扩增显示,22株菌均含有kat B、fim A、gad B、esa V等基因;人工感染试验表明,22株迟缓爱德华氏菌感染并致大菱鲆累积死亡率均为100%;ERIC-PCR结果显示,迟缓爱德华氏菌模式菌株(ATCC15947)与分离株可分为2个基因型,分别标记为Ⅰ和Ⅱ型,其中22株迟缓爱德华氏菌分离株均为Ⅱ型,与ATCC15947菌株为Ⅰ型明显不同。本研究结果为养殖大菱鲆迟缓爱德华氏菌感染的防控提供了依据。     

猪阴沟肠杆菌16SrRNA甲基化酶耐药基因分析

 【目的】分析猪阴沟肠杆菌GZL41B中4种质粒介导的16SrRNA甲基化酶耐药基因及其水平传播方式;【方法】采用PCR及序列分析方法检测鉴定猪阴沟肠杆菌中16SrRNA甲基化酶耐药基因。以大肠杆菌E.coli Rif+488(耐利福平)为受体菌进行接合试验研究16SrRNA甲基化酶耐药基因的水平传播方式。用微量稀释法测定原菌株及其接合子对18种抗菌药物的敏感性。用PCR及序列测定法分析比较来自同一猪腹泻直肠拭子阴沟肠杆菌GZL41B和大肠杆菌GZL41H的侧翼序列并对172株动物源大肠杆菌中16SrRNA甲基化酶耐药基因流行情况进行调查。【结果】从阴沟杆菌中成功扩增出目的片段,该片段经限制性内切酶HindⅢ酶切后,出现与预期的531 bp和194 bp相符的两段片段,序列测定结果证实该基因为rmtB,GenBank登录号为EF017943。以E.coli Rif+488(耐利福平)为受体菌,成功地获得了接合子,该接合子经鉴定为大肠杆菌。原菌株和接合子对卡那霉素、阿米卡星、妥布霉素、西梭米星、萘替米星、庆大霉素等4,6-二脱氧链霉胺类高度耐药,其MIC均≥256 μg?mL-1。大肠杆菌GZL41H中,rmtB的上游为Tn3转座子的部分序列,下游为肠炎沙门氏菌基因岛SGI1上融合酶编码基因groEL/intI1的部分序列orf1,而来源相同的阴沟肠杆菌GZL41B未扩增到与大肠杆菌GZL41H相同的侧翼序列。172株动物源大肠杆菌中,25株菌(15%)检出rmtB,1株菌(0.6%)检出armA;【结论】16SrRNA甲基化酶耐药基因rmtB首次出现在猪阴沟肠杆菌中,该基因介导猪阴沟肠杆菌对4,6-二脱氧链霉胺类氨基糖苷抗生素的高度耐药,并能通过接合方式在不同种属细菌间进行传播。rmtB在阴沟肠杆菌和大肠杆菌中传播的遗传背景存在差异。动物源大肠杆菌中rmtB广泛流行。     

江西烟草青枯病菌的分子鉴定及系统发育分析

从江西省信丰、广昌和峡江3县采集呈典型症状的烟草青枯病株进行病原菌分离,得到3个具有致病性的细菌分离株,分别命名为RSXF-1、RSGC-1和RSXJ-1。采用细菌16S rDNA基因通用引物对3个分离株的16S rDNA基因进行PCR扩增,对扩增产物进行克隆和序列测定,各得到长为1 500 bp的核苷酸序列。经同源性分析,发现3个分离株均为茄科劳尔氏菌(Ralstonia solanacearum),且三者间具有高度的序列同源性。将此3个分离株的16S rDNA核苷酸序列与GenBank中R.solanacearum代表性株系的对应序列进行同源性分析并构建系统发育树,结果表明RSXF-1、RSGC-1和RSXJ-1均与我国广东省和云南省的分离株具有最近的亲缘发育关系。     

黄土中3株优势细菌的鉴定以及持水效果的初步研究

对黄土中3株优势细菌（DZ023、DZ029、DZ033）进行分子鉴定和16SrDNA同源性分析,同时在实验室条件下模拟测试了这3株富含多糖细菌的持水能力.利用上海申能博彩生物公司试剂盒（K713）进行细菌基因组DNA提取,通过16SrDNA扩增与序列测定,BLAST网上比对表明,3菌株都属于芽孢杆菌属（Bacillus）.以甘肃庆阳市黄土样品为试验材料,利用对比法研究了3个菌株在黄土中的持水作用,初步研究结果表明,3个菌株均有明显持水效果,其中DZ029菌株的持水效果最佳.对于研究干旱地区的地质微生物及其应用具有借鉴意义.     

缢蛏副溶血弧菌的分离与鉴定

从患病缢蛏中分离纯化到一株弧菌,用形态学、生理生化指标以及16SrRNA、toxR基因的PCR扩增等方法,鉴定为副溶血弧菌(Vibrio Parahaemolyticus,VP)。     

中国部分马铃薯产区马铃薯Y病毒(PVY)的株系分化与鉴定

分别克隆了黑龙江、山西、贵州等3省内的4个马铃薯产区的PVY p1基因和cp基因,通过系统地基因序列分析对各分离物的株系种类进行了鉴定.结果表明中国马铃薯产区PVY株系分化现象明显,其中黑龙江省克山农场分离为PVYNTN株系;贵州省贵阳市分离物、威宁自治县分离物、山西省临县分离物为PVYN:O株系.PVYN:O株系分布普遍,可能已经成为中国部分马铃薯产区PVY的主要流行株系.     

豫西地区禽源大肠杆菌的分离鉴定与耐药性分析

为了解豫西地区禽源大肠杆菌的耐药情况,从豫西地区养鸡场采集130份疑似大肠杆菌病料样品,按常规方法分离细菌,对分离菌株进行生化试验、PCR鉴定、血清型鉴定及药敏试验。结果显示,共分离鉴定出98株鸡源大肠杆菌,确定86株细菌分属14个血清型,其中以O14、O141、O78、O88血清型为主,分别占分离菌株的20.93%、16.28%、13.95%、9.30%。利用K-B法药敏试验检测大肠杆菌对20种抗生素的耐药性,结果表明,分离菌对复方新诺明的耐药性最高(95.92%),其次为四环素(83.67%)、氨苄西林(81.63%)、萘啶酸(77.55%)、恩诺沙星(69.39%),对亚胺培南和多黏菌素B敏感。大部分菌株具有多重耐药性,耐药种类最多的菌株对18种抗生素耐药,9~14重耐药菌株有76株,占77.55%。可见,豫西地区禽源大肠杆菌耐药现象十分严重,严重影响了禽类大肠杆菌病的防治。     

牙鲆鱼肠道鼠李糖乳杆菌P15的分子鉴定与系统发育分析

[目的]对1株分离自健康牙鲆鱼肠道固有菌群的乳杆菌P15进行分子鉴定。[方法]利用PCR技术测定该菌株的16S rRNA基因序列,然后在GenBank中进行相关细菌相应序列的同源性比对,利用MEGA（4.0）软件进行系统发育学分析。[结果]获得了该菌株的16S rRNA基因序列（登录号为AY852248）。菌株P15与鼠李糖乳杆菌（Lactobacillus rhamnosus）的亲缘关系最近。[结论]菌株P15被鉴定为鼠李糖乳杆菌。     

动物源大肠杆菌PMQR基因流行性检测

【目的】检测分离自广东省散养型养殖场的动物源大肠杆菌中oqxAB基因及其它质粒介导喹诺酮类耐药基因(PMQR)的流行情况。【方法】采用PCR方法检测oqxA、oqxB、qnr、qepA和aac（6′）-Ib-cr基因;琼脂平板稀释法对PMQR阳性菌株进行18种抗菌药物的最小抑菌浓度测定。【结果】qnrB 、qnrS、aac（6′）-Ib-cr、oqxA、oqxB的检出率依次为10.49%、18.88%、31.47%、44.8%和48.9%,但未检测到qnrA、qnrC、qnrD和qepA。oqxA与oqxB的检出率较高,且oqxA与oqxB常常同时存在。多数菌株同时携带两个或两个以上的PMQR基因。PMQR阳性菌对18种兽医临床常用抗生素耐药率较高。【结论】PMQR基因在广东省兽医临床传播广泛,广东省大肠杆菌对临床常用抗菌药物耐药较为严重,药敏谱呈多样化,多重耐药株比例较高。