PPV SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

【目的】建立一种能够快速、灵敏地检测猪细小病毒（PPV）的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法。【方法】根据GenBank中的PPV VP2基因序列,设计并合成1对引物。通过常规PCR,扩增猪细小病毒VP2基因,并将其纯化的PCR产物克隆入pGEM-T Easy 载体中,构建重组质粒。对扩增程序中的荧光染料浓度、引物浓度和Mg²⁺浓度条件进行优化,建立最佳的荧光定量 PCR 反应体系和标准曲线。以阳性重组质粒为模板,建立SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法,对其灵敏性、特异性和重复性进行检验。应用建立的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法,对临床60份疑似PPV病料进行检测,同时与血凝试验(HA)和常规PCR方法的检测效果进行比较。【结果】 在25 μL扩增体系中,Mg²⁺终浓度为4.5 mol/L、SYBR Green染料浓度为20 μmol/L、引物浓度为25 μmol/L时,本底反应最小、循环阈值最低、扩增效率最高。所建立的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法能够特异、定量地检测猪细小病毒,灵敏度达20 TCID₅₀/mL;在临床样品检测中,其检出率比常规PCR方法高13.3%。【结论】 成功建立了PPV SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法,为临床猪细小病毒的早期诊断及定量分析病毒的感染程度奠定了基础。     

扩展莫尼茨绦虫不同体节CREB和PICK基因mRNA转录水平研究

为研究CREB和PICK在扩展莫尼茨绦虫不同体节的mRNA转录水平, 以beta Tubulin基因作为内参基因,采用SYBR Green real time RT PCR方法检测该基因在扩展莫尼茨绦虫4个不同发育阶段即头节、幼节、成节、孕节中的表达差异。标准曲线分析显示,CREB、PICK基因和beta Tubulin基因标准质粒实时定量扩增Ct值与标准质粒的质量浓度均呈良好的线性关系,相关系数均大于 0.99;熔解曲线分析表明,产物为特异的单峰,具有较高的特异性。同时结果还显示,CREB以及PICK基因在虫体各发育阶段中的表达丰度存在差异。CREB基因在扩展莫尼茨绦虫头颈节、幼节、成节和孕节的表达水平依次呈上升趋势,而PICK基因在扩展莫尼茨绦虫成节以及孕节的表达水平较高。     

SYBR Green Ⅰ实时PCR鉴定检测转基因油菜RT73品系

利用特殊性引物，应用SYBR Green Ⅰ实时PCR技术鉴定检测了商业化种植的转基因油菜RT73品系。结果表明，应用实时PCR技术，利用SYBR GreenⅠ染料能选择性结合双链DNA的特点，可检测到RT73品系特异性靶序列扩增所产生的荧光信号，且通过溶解曲线确定其熔点值为（80．2±0．5）℃，而对其他油菜品系则检测不到荧光信号。SYBR GreenⅠ实时PCR能通过溶解曲线有效地区分了特异性产物、非特异性产物以及引物二聚体，是基因鉴定检测的新方法。     

土壤中黑胫病菌荧光定量PCR快速检测体系的建立及初步应用

为建立土壤中黑胫病菌的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR快速检测方法,依据疫霉菌特异性par A1基因序列差异位点,设计1对特异性引物。通过构建含有目的片段的重组质粒,建立标准曲线,以SYBR GreenⅠ荧光染料法对烟草黑胫病菌进行荧光定量PCR检测,检测灵敏度达1×102个/g土壤,建立了基于SYBR GreenⅠ荧光染料法的荧光定量PCR的快速定量检测体系,并对云南、四川烟草主要栽培区土壤进行检测。表明该体系可以对烟草不同时期的田间土壤黑胫病菌的数量进行动态监测,可用于烟草黑胫病的预测和防治。     

转基因烟草中外源基因实时荧光定量PCR检测方法的建立

[目的]建立SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测转基因烟草中外源基因拷贝数的方法,为转基因植物中外源基因拷贝数的检测提供参考.[方法]采用SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR方法,检测转基因烟草中外源绿色荧光蛋白基因(GFP)的拷贝数,以烟草单拷贝的内源核糖核酸还原酶基因(RNR2)作为内参基因,建立相对定量的双标准曲线法检测转基因烟草中外源基因拷贝数的方法.[结果]构建RNR2基因、GFP基因实时荧光定量PCR的标准曲线,分别为y=-0.2858x+5.6695和y=0.2826x+2.1048,R2分别为0.9994和0.9989,相关性较高.在检测的5株转基因烟草中GFP基因的拷贝数分别为5、8、19、28和45,非转基因烟草植株的GFP基因拷贝数为0.[结论]建立的转基因烟草中外源基因SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法具有简单、快速、准确等优点,可用于基因工程中对优良转化植株的筛选及外源基因表达量的快速检测和定量分析.     

SYBR(R) Green Ⅰ实时荧光PCR鉴定检测转基因油菜RT73品系

根据转基因油菜RT73品系转入的外源基因质粒图谱,设计品系鉴定的特异性引物,进行SYBR(R) Green Ⅰ实时PCR检测,建立转基因油菜品系鉴定的SYBR(R)Green Ⅰ实时PCR方法.同时针对油菜FatA基因设计出内源基因.结果表明:应用实时PCR技术,利用SYBR(R)Green Ⅰ染料能选择性结合双链DNA的特点,可检测到RT73品系特异性靶序列扩增所产生的荧光信号,且通过溶解曲线确定其熔点值为80.2(±0.5).SYBR(R) Green Ⅰ实时PCR能通过溶解曲线有效地区分特异性产物、非特异性产物以及引物二聚体,是鉴定转基因油菜RT73品系的新方法.     

益生菌FGM葡萄糖激酶基因（glcK）在黄芪发酵中的表达

旨在分析益生菌FGM在黄芪发酵过程中的生长动态,为阐述其作用机理奠定基础。采用平板计数法对益生菌FGM在黄芪发酵中的生长动态进行检测,同源克隆法克隆糖酵解途径中的限速酶葡萄糖激酶glcK基因序列,并运用SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR技术分析其在黄芪发酵不同阶段的表达水平。结果表明：成功克隆得到glcK基因一段382 bp的片段（GenBank登录号JX976291）,其序列一致性为83%～85%。实时荧光定量PCR结果显示,在FGM发酵6 h内,glcK基因表达上调且呈逐渐上升趋势,至对数期后期6 h表达水平达到最高（4.63倍）;稳定期初期8 h时表达水平显著下降（P<0.05）,10 h至发酵结束基因表达下调。可见：在黄芪发酵6 h内FGM处于对数生长期,葡萄糖经糖酵解途径代谢产生ATP供细菌生长代谢利用,10 h后开始进入稳定期并进行次级代谢。     

SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR检测禽呼肠孤病毒δC和δNS基因方法的建立

为建立一种定量检测禽呼肠孤病毒δC和δNS基因的SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR方法,针对δC、δNS基因分别设计了1对特异性引物,同时选择了1对内参基因β-actin引物,将常规PCR扩增的片段分别连接到pMD18-T载体上构建重组质粒,经筛选、鉴定纯化后,梯度倍比稀释作为标准品,用于构建SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR检测δC、δNS基因及内参基因β-actin的标准曲线.结果表明,建立的标准曲线具有良好的线性关系,R2均在0.99以上;最小检出量为10拷贝/μL的阳性标准品,且具有良好的重复性,能够校正抽提样品中细胞数量不均带来的差异.可见,SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR方法能满足检测微量样品中禽呼肠孤病毒δC和δNS基因表达的要求,具有快速、敏感性高、重复性好等特点.     

广西三黄鸡PPARγ谨因克隆及实时荧光定量PCR的建立

【目的】克隆广西三黄鸡过氧化物酶体增殖物激活受体γ（PPARγ）基因,建立该基因的实时荧光定量PCR,为后续开展广西三黄鸡PPARγ基因组织表达谱及品种间表达差异研究奠定基础。【方法】根据GenBank已公布的鸡PPARγ基因序列保守区域,用Oligo6．0软件设计合成1对引物,以广西三黄鸡脂肪总RNA为模板,用RT-PCR从广西三黄鸡克隆PPARγ基因。以携带PPARγ基因片段的重组质粒为标准品,建立基于SYBR GreenⅠ染料法的实时荧光定量PCR标准曲线。【结果】广西三黄鸡PPARγ基因的编码区序列（CDS）长1428bp,编码475个氨基酸;与GenBank已公布的鸡PPARγ基因（AF163811）参考序列比对,其同源性为99．7％,存在4个位点碱基突变,但均为无义突变。广西三黄鸡PPARγ基因的实时荧光定量PCR标准曲线方程为：y=-3．568x＋28．50,扩增效率为1．907,实时荧光定量PCR扩增产物的溶解曲线峰单一。【结论】鸡PPARγ基因在进化中比较保守;建立的广西三黄鸡PPARγ基因实时荧光定量PCR是可行的。     

广西三黄鸡PPARγ基因克隆及实时荧光定量PCR的建立

[目的]克隆广西三黄鸡过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARγ)基因,建立该基因的实时荧光定量PCR,为后续开展广西三黄鸡PPARγ基因组织表达谱及品种间表达差异研究奠定基础.[方法]根据GenBank已公布的鸡PPARγ基因序列保守区域,用Oligo 6.0软件设计合成1对引物,以广西三黄鸡脂肪总RNA为模板,用RT-PCR从广西三黄鸡克隆PPARγ基因.以携带PPAR γ基因片段的重组质粒为标准品,建立基于SYBR Green Ⅰ染料法的实时荧光定量PCR标准曲线.[结果]广西三黄鸡PPARγ基因的编码区序列(CDS)长1428 bp,编码475个氨基酸;与GenBank已公布的鸡PPARγ基因(AF163811)参考序列比对,其同源性为99.7%,存在4个位点碱基突变,但均为无义突变.广西三黄鸡PPARγ基因的实时荧光定量PCR标准曲线方程为:y=-3.568x+28.50,扩增效率为1.907,实时荧光定量PCR扩增产物的溶解曲线峰单一.[结论]鸡PPARγ基因在进化中比较保守;建立的广西三黄鸡PPARγ基因实时荧光定量PCR是可行的.