基于EST数据的柞蚕SSR标记开发

柞蚕SSR标记的开发对研究柞蚕的遗传与进化、分子遗传图谱构建、功能基因定位和克隆等有重要意义。从1 500条柞蚕表达序列标签(EST)中鉴定了71个SSR位点,平均5.2 kb出现1个SSR位点,在1~6个碱基的重复基元中,以3个和4个核苷酸重复为主导类型。设计合成了29对EST-SSR引物,通过PCR扩增和电泳检测鉴定了7对具有多态性的引物,测序验证结果表明其中的4对为有应用价值的EST-SSR标记。建立的利用EST数据开发柞蚕SSR标记的方法,有助于进一步大量开发柞蚕SSR分子标记。     

EST-SSR标记的开发及在动物研究中的应用

近年来大量ESTs数据的出现已成为开发SSR标记的重要来源。EST-SSR作为一种新型的分子标记, 不仅具备传统基因组SSR标记的特点, 而且以其开发经济和通用性高等优势已在植物和动物中得到开发和应用。作者就EST-SSR标记特点，开发步骤及在动物中的应用和发展前景进行了综述。     

豚鹿SSR标记开发与遗传多样性分析

以上海动物园圈养豚鹿(Axis porcinus)日常体检中抽取的血液为试验样品提取总DNA,利用高通量测序技术对通过探针富集得到的SSR序列测序,并用MISA检索SSR标记。结果表明：单碱基重复SSR到六碱基重复SSR在豚鹿基因组中均有分布,其中双碱基重复占比最高,在双碱基重复中以AC/GT重复为主。本研究成功开发出7个SSR标记,这些标记在22只豚鹿个体中检测到等位基因2～5个,在豚鹿种群中的平均多态信息含量(PIC)为0.421,平均期望杂合度(H_e)为0.513。7个SSR标记中有3个高度多态标记、 3个中度多态标记和1个低度多态标记,可用于豚鹿的遗传多样性研究。     

SSR和SNP在畜禽育种中的应用进展

本文简要综述了国内外近两年微卫星标记(SSR)和单核苷酸多态标记(SNP)在动物育种研究包括遗传多样性、品种鉴定及血缘分析、遗传图谱构建、标记辅助选择中的应用进展,以期为我国畜禽分子育种的深入发展提供借鉴。其中遗传多样性的研究主要是利用SSR,我国对各种畜禽大部分品种群体遗传结构的研究已经趋于完成,这有利于更好的保护和利用我国固有的品种资源。国际上已经对猪、牛构建了标记密度较大的遗传图谱,在这些标记中,SSR占了绝大多数,其中鸭和马的遗传图谱构建在最近取得了较大进展。目前畜禽的QTL定位使用的标记主要为SSR。对候选基因的研究已经趋向于SNP的关联研究,许多新的候选基因被发现与畜禽的某些经济性状相关。     

梅花鹿表达序列标签资源的微卫星信息分析

微卫星标记(simple squenee repeat,SSR)是真核生物基因组中l～6个核苷酸的串联重复,被公认为是各类遗传标记中最有效的分子标记之一.快速增长的表达序列标签(expressed sequence tags,EST)为微卫星标记的开发提供了巨大的来源.     

柱花草DUS测试标准品种DNA指纹图谱构建

为建立柱花草(Stylosanthes spp.)DUS测试标准品种DNA指纹图谱数据库,实现柱花草品种的快速、准确鉴定,利用筛选到的25个SSR标记对15份柱花草DUS测试标准品种进行了遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建.结果表明,25个SSR标记共产生132个等位基因,每个标记可产生3～9个等位基因,平均5.280个;各SSR标记的多态性信息含量为0.393～0.847,平均为0.638.利用这25个SSR标记构建的指纹图谱能有效区分15份柱花草DUS标准品种,并为每份标准品种建立了QR二维码图谱,为SSR标记技术在柱花草DUS测试中的应用提供依据.     

微卫星标记技术及其在蚕学研究中的应用前景

微卫星标记 ,又称SSR(simplesequencerepeat)标记 ,是目前运用最广的遗传标记之一。介绍了SSR标记的特征 ,产生多态性的基本原理 ,获得SSR标记的途径以及多态性数据的统计分析方法。解释了SSR标记使用过程中遇到的所谓“影子带”现象。展望了SSR标记技术在家蚕基因组研究中的应用前景。     

蒺藜苜蓿EST-SSRs分布特征及标记的开发

利用蒺藜苜蓿(Medicago truncatula)EST数据库开发新的EST-SSRs标记.分析EST-SSRs的分布特征.利用SSRIT软件对NCBI上公布的285 285条蒺藜苜蓿EST序列进行SSR序列的检测.共检测出6688个SSR序列.分布于6512个EST中.占整个EST数据库的2.28%.其中二核苷酸...     

利用基因组SSR分子标记对老芒麦品种(种质)鉴别和品种纯度鉴定

利用从老芒麦(Elymus sibiricus)自身基因组中开发出来的6对多态性SSR引物,对3个老芒麦牧草品种和7个种质进行分子指纹图谱鉴别研究.结果表明:6对SSR引物在这10个材料中共检测出21个多态性SSR标记片段,每对引物可以检测到2~5个数目不等的片段,平均为3.5个.6对引物中3对核心引物组合可以将这10个材料进行有效鉴别.进一步选用3对引物对2个老芒麦品种进行纯度鉴定,表明SSR标记可以对品种群体中具有变异位点的个体进行有效鉴定,同时揭示野生栽培品种‘同德’老芒麦比育成品种‘多叶'老芒麦具有较高的遗传变异度.     

不同来源SSR和EST-SSR在披碱草属和鹅观草属物种中的通用性分析

披碱草属和鹅观草属是禾本科小麦族两个重要的多年生属,其种属界限及系统关系一直存在争议,是其种质资源利用的难点。本研究基于小麦族中不同来源的已开发的SSR标记,筛选出在披碱草属和鹅观草属中高通用性的SSR标记,为其生物系统关系研究提供重要参考。试验选用了来自小麦族小麦、大麦、披碱草属、拟鹅观草属及赖草属5个属的230个SSR和EST-SSR标记对小麦族St、H、Y基因组的23个物种进行了SSR扩增及通用性分析。结果表明,1)在筛选的230个标记中,163个(70.87%)SSR和EST-SSR标记能在所有的供试物种中扩增出清晰的条带,在披碱草属和鹅观草属等物种中表现出了较高的通用性;2)在扩增出的163个标记中,EST-SSR(87.60%)比基因组SSR(49.50%)标记在种属间表现出了较高的通用性,而基因组SSR标记(85.98%)则比EST-SSR(79.37%)标记表现出更高的多态性;3)163个标记在供试物种中共扩增出579个清晰条带,其中多态性条带为533个,多态性比率为92.05%;每个标记扩增的条带数变化为111条,平均扩增条带数为3.55条;4)基于UPGMA聚类结果与供试物种的基因组之间表现出了较高的相关性,相同或相似基因组物种间表现出较近的亲缘关系,其中H基因组与St基因组的亲缘关系较远,H基因组二倍体物种与其他物种也表现出了较远的亲缘关系。本研究选用的5个属的SSR和EST-SSR标记均能在披碱草属和鹅观草属物种中扩增,最后共筛选出了163个高通用性的SSR和EST-SSR分子标记,揭示了供试物种及不同基因组间的亲缘关系,为下一步披碱草属和鹅观草属的种属关系及系统学研究提供了重要参考。     

苏丹草转录组SSR分子标记开发及遗传多样性评价

苏丹草是一种高产优质的禾本科牧草,优质分子标记的缺乏成为苏丹草育种工作顺利开展的限制性因素。本研究基于高通量测序结果开发苏丹草EST-SSR标记,并对34份苏丹草和2份高丹草种质资源进行了遗传多样性分析,验证所开发的EST-SSR引物的可应用性。从苏丹草转录组的80686条序列中鉴定出17548个SSR位点分布在13574条序列中,分布频率为16.82%。一、二和三核苷酸重复分别占38.59%、19.18%和39.09%,SSR重复基元的重复次数分布在5~23次;开发的300对引物扩增成功率达73.67%,其中54对多态性引物在36份供试材料中共扩增出275条带,其中多态性条带有205条,多态位点百分率(PPB)为73.05%,多态信息含量(PIC)平均值为0.41,遗传距离的变化范围为0.3922~0.9020;聚类分析结果将36份供试材料分为3大类群,相同品种的材料大致聚为一类,材料间的聚类与地理来源呈一定的相关性。以上结果证明了利用苏丹草转录组数据开发SSR标记的可行性并揭示了供试材料间具有丰富的遗传多样性,为苏丹草及近源物种种质资源的多样性水平和变异分析以及分子标记辅助育种等研究提供依据。     

应用21个微卫星标记监测马身猪遗传多样性变化趋势

本研究旨在通过对不同年份马身猪群体遗传多样性变化趋势分析,评价马身猪保种效果,制定有效的保种措施。选用FAO-ISAG联合推荐的21个微卫星标记分析不同年份马身猪群体的遗传多样性。结果表明,在马身猪群体中,共检测到105个等位基因,平均等位基因数为5个,平均有效等位基因数为2.244 0,平均观察杂合度和PIC分别为0.317 6和0.391 9。从1999年到2007年,平均等位基因数从4.285 7下降到3.428 6,平均有效等位基因数从2.509 5下降到1.977 0,平均观察杂合度从0.311 6下降到0.298 1,平均多态信息含量从0.441下降到0.341。马身猪群体基因纯度较高,遗传多样性有逐年降低趋势,在今后的保种和利用工作中,应对马身猪群体的遗传多样性进行实时监测,在世代更替中注意低频率等位基因的保护。     

磁珠富集法开发蕨麻SSR标记引物

微卫星序列(SSR)因具有分布广、共显性遗传、稳定、多态性丰富等优点而被广泛应用于动植物遗传研究中。利用EcoRⅠ,MseⅠ2 种内切酶酶切蕨麻基因组,酶切片段与用生物素标记的探针(AG)₁₅、(GT)₁₅杂交,然后通过链霉亲和素磁珠富集、含有SSR片段的基因组片段被吸附,再经洗脱、PCR扩增、克隆和测序,完成微卫星序列的收集。共获得有效克隆236个,随机挑选其中80个进行测序,结果显示68条序列(85%)为唯一序列,挑选出其中40条含有SSR位点的序列,用引物设计软件Primer 5 成功设计出 40 对引物,经初步筛选,最终获得多态性丰富,可稳定扩增的SSR引物20对,扩增成功率达50%。对20对引物扩增结果做了初步分析,扩增出多态性位点共338个,平均每对引物扩增出17个,平均有效等位基因数(Ne)、多态性信息含量(PIC)、Nei’s 基因多样性指数(H)和Shannon’s 信息指数(I)平均值分别为1.2440、0.8996、0.1768和0.3078。20对SSR引物为蕨麻遗传变异研究提供了新的分子标记工具。     

不同猪种ADIPOQ基因外显子2多态性及其与山西白猪体重和体尺性状的关联分析

本研究旨在检测猪脂联素（adiponectin,ADIPOQ）基因外显子2的多态性,并分析其对山西白猪体重和体尺性状的影响。采用PCR-SSCP技术检测了长白猪、大白猪、杜洛克猪、山西白猪、山西黑猪和马身猪6个猪种392个个体ADIPOQ基因外显子2的多态性,并采用GLM程序分析了ADIPOQ基因外显子2多态性与山西白猪体重和体尺性状的关联性。结果显示,在ADIPOQ基因外显子2的89 bp处检测到G→A错义突变,引起缬氨酸（Val）向异亮氨酸（Ile）的转变。ADIPOQ基因外显子2存在3种基因型：AA、AB、BB,2个等位基因：A和B。杜洛克猪中只有BB基因型,长白猪、大白猪、山西白猪和山西黑猪中BB基因型为优势基因型,马身猪中AA基因型频率最高。在引入品种长白猪、大白猪和杜洛克猪中B等位基因为优势等位基因,基因频率分别为0.96、0.96和1.00;在地方品种马身猪中A等位基因频率（0.52）略高于B等位基因（0.48）;在培育品种山西白猪和山西黑猪中B等位基因频率分别为0.76和0.78,介于引入猪种和地方品种之间。基因型频率分布在马身猪、山西白猪和山西黑猪之间无显著差异（P>0.05）,杜洛克猪与长白猪、大白猪间差异均不显著（P>0.05）,而长白猪和大白猪间差异显著（P<0.05）,任意一个引入品种与马身猪、山西白猪和山西黑猪之间的差异均达到极显著水平（P<0.01）。ADIPOQ基因外显子2多态性对断奶重有显著影响,其中BB基因型个体28日龄断奶重显著高于AA和AB基因型（P<0.05）,AA和AB基因型间无显著差异（P>0.05）,但对其他性状无显著影响,说明该位点只在个体发育早期阶段起作用。     

猪FSHβ基因第2外显子多态性与产仔性能的关联分析

采用PCR-SSCP技术检测马身猪、杜洛克猪、大白猪、山西黑猪和山西白猪等5个猪种421个个体FSHβ基因编码区的多态性,采用单变量动物模型分析了多态位点对母猪产仔性能的影响。结果表明:在FSHβ基因第2外显子第48位上检测到C→T的转换突变为同义突变。在杜洛克群体中,C等位基因的频率为1;在马身猪群体中,T等位基因的频率为1;在山西白猪和山西黑猪中,等位基因C的频率相对较高,分别为0.65和0.89。不同基因型母猪总产仔数和产活仔数的差异不显著(P>0.05),可初步判断该突变位点对猪的产仔性能无显著影响。     

猪催乳素受体基因第8内含子多态性及其对产仔性能的影响

采用PCR-SSCP技术检测了大白猪、长白猪、杜洛克猪、马身猪、山西黑猪和山西白猪等6个品种364头个体催乳素受体基因(prolactin,PRLR)第8内含子的多态性,并分析了多态位点对猪头胎产仔性能的影响。结果表明,猪PRLR基因第8内含子存在多态性,共检测到A、B、C 3个等位基因和AA、AB、AC、BB、BC和CC 6种基因型。在杜洛克猪、长白猪、山西黑猪和山西白猪群体中,A等位基因的频率最高,分别为0.8276、0.5439、0.5345和0.7669;而在大白猪和马身猪群体中,B等位基因的频率最高,分别为0.6894和0.7000;仅在大白猪、山西黑猪和山西白猪中检测到C等位基因,且频率较低,在0.0379~0.1385之间。PRLR基因型对母猪头胎产仔数有显著影响(P<0.05),对产活仔数的影响未达显著水平。AC基因型母猪的头胎产仔数和产活仔数显著高于BC基因型个体,而与AA、AB和BB基因型个体差异不显著。含有A等位基因的母猪的产仔性能优于不带有A等位基因的个体,表明A等位基因是有利于母猪产仔性能提高的等位基因,可应用于标记辅助选择来提高母猪的繁殖性能。     

Study on the Change Trend of Growth Hormone (GH) and Growth Hormone Receptor (GHR) in Serum at Different Months in Mashen and Large White Pigs

The purpose of this study was to understand the change trend of growth hormone (GH) and growth hormone receptor (GHR) in serum of Mashen and Large White pigs during the period from 0 to 6 months of age,and to analyze the influence of GH and GHR on growth rate.The method of ELISA was used to detect the concentration of GH and GHR in serum of Mashen and Large White pigs from 0 to 6 months of age.The results showed that the variation trends of GH in Mashen pig was roughly the same as in Large White pig,the GH concentration was increased with age increasing after birth and reached the peaks at 4 and 5 months of age for Mashen and Large White pigs,respectively,and then decreased gradually.The serum GH concentration in Mashen pig was a little greater than that in Large White pig at 3 and 4 months of age,on the contrary,the serum GH concentration in Large White pig was greater than that in Mashen pig at other months.During the period from 0 to 6 months of age,the difference of GHR concentration in serum was not significant in Mashen pig (P>0.05).In Large White pig,the serum GHR concentration at 1 month of age was lowest,and was significantly lower than that at 4 and 6 months of age (P<0.01;P<0.05).During the period of 0 to 2 months of age,the GHR concentration in Mashen pig was greater than that in Large White pig,but the difference was extremely significant only at 1 month of age (P<0.01).Conversely,the serum GHR concentration in Large White pig was greater than those in Mashen pig during the period from 3 to 6 month of age,there was significant difference at 4 and 6 months of age (P<0.05),and there was extremely significant at 5 months of age(P<0.01).The concentration of GH and GHR in serum was related to the developmental stages and genetic background of pig,and its change trend was in accordance with the trend of growth rate.     

不同月龄马身猪和大白猪血清生长激素及其受体的变化规律

试验旨在探讨马身猪和大白猪血清中生长激素（growth hormone,GH）及其受体（growth hormone receptor,GHR）在生长发育过程中的变化规律,采用ELISA方法检测马身猪和大白猪0~6月龄血清中GH和GHR的浓度。结果表明,马身猪和大白猪在0~6月龄血清中GH浓度变化趋势基本相似,随着日龄的增长,血清中GH浓度呈逐渐上升的趋势,分别在4和5月龄时达到最高值,随后又逐渐降低,但与峰值无显著差异（P>0.05）,在3和4月龄时,马身猪血清中GH浓度略高于大白猪,而在其他月龄,大白猪血清中GH均高于马身猪;0~6月龄,马身猪血清中GHR浓度无显著差异（P>0.05）,大白猪血清中GHR的含量在1月龄时最低,与4月龄差异极显著（P<0.01）,与6月龄差异显著（P<0.05）,其他月龄间差异不显著（P>0.05）,0~2月龄,马身猪血清中GHR含量高于大白猪,但只有在1月龄时差异达极显著水平（P<0.01）;3~6月龄,大白猪血清中GHR含量高于马身猪,且在4和6月龄时差异显著（P<0.05）,5月龄时差异极显著（P<0.01）。血清中GH和GHR浓度与猪的发育阶段和遗传背景有关,其变化规律与猪生长速度的变化趋势相一致。     

36份新疆野生黄花苜蓿SSR水平的差异性研究

以36份新疆野生黄花苜蓿为材料,采用SSR分子标记对其遗传多样性进行分析,以期为新疆黄花苜蓿资源评价和核心种质库构建提供基础数据.结果表明,9对SSR分子标记引物PCR共扩增出93条条带,每对引物扩增出的条带数变异范围为3～19条,平均10.33条/对,多态条带总数为86个,多态条带百分比为92.47％,平均多态性条带...     

山西地区6个猪种氟烷敏感基因的检测

采用PCR-RFLP技术对大白猪、长白猪、杜洛克猪、山西白猪、山西黑猪和马身猪等6个品种（系）482头猪进行了氟烷敏感（Hal）基因检测。结果表明,在山西黑猪和马身猪中,只检测到氟烷敏感阴性纯合子（NN）;而在长白猪、大白猪、杜洛克猪和山西白猪群体中,均检测到NN、Nn两种类型的个体,Haln的基因频率分别4.1%、1.8%、1.4%和1.7%。在今后的育种工作中,应加强对氟烷敏感基因的检测,选育抗应激群体。