猪VEGF基因5'调控区多态性与产仔数的关联分析

研究通过PCR-SSCP技术对大白猪、长白猪和杜洛克猪共计574头母猪的VEGF基因进行多态分析,并将基因多态性与猪总产仔数(TNB)和产活仔数(NBA)进行关联分析,旨在探讨猪VEGF基因多态性对其产仔数的影响.结果表明:在VEGF 5'调控区内有2个突变位点.P1产物第191位点处由A突变为G,在3个猪品种中只发现AA、AG 2种基因型,其中AG为优势基因型,A为优势等位基因.长白猪第1胎中AG型的TNB和NBA比AA型分别高出1.34头和1.44头(P＜0.01),杜洛克猪所有胎次中AG与AA的TNB差异显著(P＜0.05),NBA差异极显著(P＜0.01).P2产物第103位点处由C突变为T,在3个猪品种中发现TT、TC、CC 3种基因型,T为优势等位基因.TT、TC分别比CC型的TNB高出2.63头(P＜0.05),在杜洛克所有胎次中TC比TT的TNB和NBA分别高出0.84头和0.94头(P＜0.05).P1位点和P2位点能否作为产仔性状的标记基因还需进一步研究.     

波尔山羊PLAG1基因克隆、多态性鉴定及其与出生体重、体尺性状的关联分析

【目的】 试验旨在研究多形性腺瘤基因1（plemorphic adenoma gene 1,PLAG1）基因序列特征、多态性以及对山羊出生体重、体尺的影响。【方法】 以波尔山羊为研究对象,克隆PLAG1基因序列并测序,采用实时荧光定量PCR鉴定其在不同年龄和体重波尔山羊组织中的表达模式,采用Western blotting方法检测PLAG1在不同体重羔羊腿肌中的表达水平,进一步筛选PLAG1基因CDS和3'-UTR区SNP,并分析各位点不同基因型与波尔山羊出生体重、体尺的相关性。【结果】 波尔山羊PLAG1基因CDS全长1 500 bp,编码499个氨基酸,PLAG1蛋白相对保守。组织表达谱显示,PLAG1基因在出生体重较大的羔羊心脏、小肠和腿肌中表达水平显著或极显著高于出生体重较小的羔羊,在胎羊各组织中mRNA表达水平均显著或极显著高于成年母羊（P<0.05;P<0.01）;PLAG1蛋白在出生体重较大的羔羊腿肌中表达量极显著高于出生体重较小的羔羊（P<0.01）。在波尔山羊PLAG1基因3'-UTR区共筛选到6个SNPs位点,分别为：2664 A>G、2712 A>G、2721 T>C、2879 T>A、2990 A>T和3270 A>G。关联分析发现,2664 A>G位点AG基因型个体出生管围显著大于GG基因型（P<0.05）;2721 T>C位点TT基因型个体出生体长显著大于TC基因型（P<0.05）;2879 T>A位点TA基因型个体出生管围显著大于AA基因型（P<0.05）;2990 A>T位点AA基因型个体出生体重显著高于AT基因型（P<0.05）;3270 A>G位点GG基因型个体出生体长显著大于AA基因型,AG基因型个体出生胸围显著大于AA基因型（P<0.05）。【结论】 PLAG1基因在波尔山羊胎羊各组织中表达水平均高于成年母羊,发育早期的表达水平与出生羔羊体重相关。PLAG1基因可作为分子标记用于波尔山羊早期生长选育。     

鹅GnRH基因5'端调控区单核苷酸多态性分析

运用PCR-SSCP方法对皖西白鹅GnRH基因5'端调控区进行多态性检测.结果表明,GnRH基因5'端调控区存在3个SNP位点.分别为GnRH基因5'端调控区的-192位置存在G/C转换的多态性位点、-206位置存在A/T转换的多态位点、-417位置存在T/G转换的多态性位点.     

褪黑激素受体MTNR1B5′调控区多态性及其与鸡产蛋性状的关联分析

用直接测序法检测了434只寿光鸡MTNR1B 5'调控区的SNPs,并与寿光鸡的产蛋性状进行关联分析。结果发现,在5'调控区有13个SNPs位点,9个位点中度多态,4个位点低度多态,所有位点处于哈代温伯格平衡状态。-836位点(C→T),-778位点(G→A)和-629位点(G→A)完全连锁,群体中有CGA和TAG两种单倍型。CGA使产蛋数增加,在前期、中期、后期和总产蛋数上,加性效应值分别为1.0,2.5,1.4,4.9枚。在中期、后期和总产蛋数上2种单倍型存在正向互作效应,显性效应分别达到了2.7,2.3,5.6枚。构建的包含TAG、CGA和TGG 3种单倍型启动活性试验表明,-778位点突变是单倍型效应差异的关键。综上所述,MTNR1B的5'调控区有丰富的SNPs位点,-836、-778和-629位点SNPs及单倍型对寿光鸡的产蛋量有显著影响,可作为寿光鸡产蛋量辅助选择的具有潜在应用价值的分子遗传标记。     

牛Nramp 1基因5'调控区序列的克隆及序列分析

采用LA-PCR技术扩增牛Nrampl基因2 515 bp的5'调控区序列,构建了重组克隆载体pEASY-T3-Nrampl,对阳性克隆进行了PCR扩增、限制性酶切鉴定,DNA测序及生物信息学分析.结果表明,试验成功构建了包含Nrampl基因5'调控区的重组质粒.经同源性比对发现,Nrampl基因5'调控区在不同物种中具有一定的保守性,在转录起始位点近端的启动子区域,牛与人、鼠、猪、羊的同源性分别是60.50%.58.52%,72.18%,81.95%.经预测,该调控区富含GR、SP1、c-Ets-1、NF-W2等转录因子结合位点.本研究为进一步确定牛Nrampl基因核心启动子区域及该基因的表达调控奠定了理论基础.     

湖羊IGF-1基因5’侧翼区多态性与羊毛弯曲度性状的关联分析

为探寻湖羊IGF-1基因5′侧翼区多态性及其对羊毛弯曲度性状的影响,选用128只湖羊作为实验材料,对IGF-1基因5'侧翼区进行扩增、测序和PCR-SSCP检测,探讨IGF-1基因5′侧翼区的遗传特征,寻找与羊毛弯曲度性状相关的遗传标记,为湖羊羊毛弯曲度标记辅助选择提供理论依据。结果表明:湖羊IGF-1基因5'侧翼区突变位点有AA、AB、BC三种基因型,基因型频率分别为0.609 4、0.093 8和0.296 8。AB型与AA型相比,在外显子1前的第649 bp有一处G→A突变,BC型与AA型相比,在外显子1前的第651 bp处发生G→C突变,在外显子1前的第649 bp有一处G→A突变。卡方独立性检验结果表明,不同基因型个体羊毛花纹类型和基因型之间不存在显著相关关系(P>0.05)。该研究初步认为,IGF-1基因5'侧翼区多态性与羊毛弯曲度性状之间没有显著关联(P>0.05)。     

猪VEGF基因5′调控区多态性与产仔数的关联分析

研究通过PCR-SSCP技术对大白猪、长白猪和杜洛克猪共计574头母猪的VEGF基因进行多态分析,并将基因多态性与猪总产仔数(TNB)和产活仔数(NBA)进行关联分析,旨在探讨猪VEGF基因多态性对其产仔数的影响。结果表明:在VEGF 5′调控区内有2个突变位点。P1产物第191位点处由A突变为G,在3个猪品种中只发现AA、AG 2种基因型,其中AG为优势基因型,A为优势等位基因。长白猪第1胎中AG型的TNB和NBA比AA型分别高出1.34头和1.44头(P<0.01),杜洛克猪所有胎次中AG与AA的TNB差异显著(P<0.05),NBA差异极显著(P<0.01)。P2产物第103位点处由C突变为T,在3个猪品种中发现TT、TC、CC 3种基因型,T为优势等位基因。TT、TC分别比CC型的TNB高出2.63头(P<0.05),在杜洛克所有胎次中TC比TT的TNB和NBA分别高出0.84头和0.94头(P<0.05)。P1位点和P2位点能否作为产仔性状的标记基因还需进一步研究。     

褪黑激素受体MTNR1B5′调控区多态及其与鸡产蛋性状的关联分析

为研究褪黑激素受体基因MTNR1B对鸡产蛋性状的影响,本试验用直接测序法检测了434只寿光鸡MTNR1B5′调控区的SNPs,并与寿光鸡的产蛋性状进行关联分析。结果发现,在5′调控区有13个SNPs位点,9个位点中度多态,4个位点低度多态,所有位点处于哈代温伯格平衡状态。-836位点（C→T）,-778位点（G→A）和-629位点（G→A）完全连锁,群体中有CGA和TAG 2种单倍型。CGA使产蛋数增加,在前、中、后期和总产蛋数上,加性效应值分别为1.0、2.5、1.4和4.9枚。在中期、后期和总产蛋数上2种单倍型存在正向互作效应,显性效应分别达到了2.7、2.3和5.6枚。构建的包含TAG、CGA和TGG 3种单倍型启动活性试验表明,-778位点突变是单倍型效应差异的关键。综上所述,MTNR1B的5′调控区有丰富的SNPs位点,-836、-778和-629位点SNPs及单倍型对寿光鸡的产蛋量有显著影响,可作为寿光鸡产蛋量辅助选择的具有潜在应用价值的分子遗传标记。     

鹅IGF-Ⅰ基因5'调控区单核苷酸多态性分析

以皖西白鹅和朗德鹅为素材,设计引物对鹅的IGF-Ⅰ基因5'端非编码区序列克隆测序,运用PCR-SSCP方法检测IGF-Ⅰ基因5'调控区的单核苷酸多态性.检测发现该区域存在4个SNP位点,分别是:A-26T、A-215G、A-314G、A-325T.     

湖羊瘦素基因内含子2多态性及其与体重性状的相关性分析

利用测序和PCR-RFLP技术对85只湖羊个体瘦素(leptin)基因第2内含子进行多态性分析,检测到A99G和C150T两个SNPs,两座位的优势基因型均为野生基因型,基因型频率分别为0.7882和0.8000,突变纯合型均未检测到;卡方检验结果表明,两座位的基因型频率处于哈代—温伯格平衡(P＞0.05);统计分析结果表明,A99G和C150T座位的不同基因型与初生重、3月龄体重、6月龄体重之间的相关关系不显著(P＞0.05)。     

水牛OCT4基因5'调控序列的克隆与功能分析

为探讨水牛OCT4基因的表达调控模式,本研究扩增克隆了水牛OCT4基因5'调控序列片段,并设计了-2 571 bp、-2 389 bp、-2 338 bp和-2 191 bp 4个不同长度的调控序列片段,分别构建了EGFP表达报告载体.通过生产转基因猪早期胚胎和转染水牛胎儿成纤维细胞分析了不同长度调控序列片段的转录活性.结果发现,在猪4.5d胚胎中各调控序列均能成功启动下游EGFP表达,但转染水牛胎儿成纤维细胞48 h后均表观察到荧光.QRT-PCR分析显示,-2 571 bp片段在4.5d猪胚胎细胞中的转录活性极显著高于其他调控序列(P＜0.01),-2 389 hp与-2 338 bp之间差异不显著(P＞0.05),二者均极显著高于-2 191 bp(P＜0.01).上述结果表明水牛源OCT4基因5 '调控序列在猪早期胚胎中具有转录活性,且翻译起始位点上游2 191 bp片段足以介导OCT4在多能性细胞中的特异性表达；-2 389～-2 338 bp片段上游的CR4亦参与了猪4.5d胚胎中OCT4基因的转录调控.     

鹅IGF-Ⅰ基因5''''调控区序列的克隆与分析

根据鸡、鸭等的IGF-Ⅰ基因5’调控区的保守区序列设计一对兼并引物,从五龙鹅的基因组DNA中扩增了IGF-Ⅰ基因5’调控区序列,将其克隆到pMD18-T载体上进行测序,结果得到长796bp的序列。五龙鹅IGF-Ⅰ基因5’调控区序列与鸭、鸡的同源性分别为98.1%、93.0%,充分显示了IGF-Ⅰ基因在进化上的高保守性;与鸭相比有4处碱基缺失和7处碱基插入;与鸡相比有4处碱基缺失和3处碱基插入。对其序列进行酶切图谱分析发现,共有5种常见的限制性内切酶的酶切位点。     

牛Nramp1基因5′调控区序列的克隆及序列分析

采用LA—PCR技术扩增牛Nramp1基因2515bp的5′调控区序列,构建了重组克隆载体pEASY—T3-Nramp1,对阳性克隆进行了PCR扩增、限制性酶切鉴定、DNA测序及生物信息学分析。结果表明,试验成功构建了包含Nramp1基因5′调控区的重组质粒。经同源性比对发现,Nramp1基因5′调控区在不同物种中具有一定的保守性,在转录起始位点近端的启动子区域,牛与人、鼠、猪、羊的同源性分别是60．50％,58．52％,72．18％,81．95％。经预测．该调控区富含GR、SP1、c—Ets-1、NF—W2等转录因子结合住点。本研究为进一步确定牛Nramp1基因核心启动子区域及该基因的表达调控奠定了理论基础。     

鹅GnRH基因5′端调控区单核苷酸多态性分析

运用PCR-SSCP方法对皖西白鹅GnRH基因5＇端调控区进行多态性检测。结果表明,GnRH基因5＇端调控区存在3个SNP位点,分别为GnRH基因5＇端调控区的-192位置存在G/C转换的多态性位点、-206位置存在A/T转换的多态位点、-417位置存在T/G转换的多态性位点。     

湖羊SRP68基因多态性及其与生长性状的关联分析

【目的】研究信号识别颗粒68(signal recognition particle 68,SRP68)基因在不同月龄湖羊不同组织中的表达情况,并分析其多态性对湖羊生长性状的影响,以期找到与绵羊生长性状显著相关的分子标记。【方法】利用实时荧光定量PCR检测SRP68基因在湖羊心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏和背最长肌6种组织中的表达情况,以及在初生、45日龄、4月龄和6月龄时湖羊背最长肌中的表达情况;采用绵羊Illumina OvineSNP50 BeadChip对3 024只湖羊SRP68基因多态位点进行基因型检测;使用SPSS 26.0软件对SRP68基因多态位点与1 974只湖羊生长性状进行关联分析。【结果】SRP68基因在湖羊不同组织中均有表达,在45日龄和4月龄背最长肌、心脏中的表达量极显著高于其他组织(P<0.01),在6月龄背最长肌中的表达量极显著高于其他组织(P<0.01)。SRP68基因rs421715384 G>A位点在湖羊群体中处于中度多态性(0.25相似文献   

新扬州鸡IGF-1基因多态性与早期生长速度关系的研究

以150只非同胞新扬州鸡为材料，采用PCR—RFLP法检测了该基因5’调控区DNA序列多态性，并运用线性模型统计方法分析了多态性与初生重和12周龄体重的关系。结果显示：新扬州鸡IGF-1基因5、调控区自然存在两种不同DNA序列，经。PstⅠ酶切后出现3种基因型(“-／-”、“-／ ”、“ ／ ”)，基因型分布符合哈代一温伯格定律。各基因型个体的初生重、12周龄体重的最小二乘均数存在“-／-”＞“ ／-”＞“ ／ ”的趋势，且“-／-”型个体的12周龄体重显著高于“ ／ ”型个体(P＜0．05)。     

鹅IGF-Ⅰ基因5′调控区单核苷酸多态性分析

以皖西白鹅和朗德鹅为素材,设计引物对鹅的IGF-Ⅰ基因5′端非编码区序列克隆测序,运用PCR-SSCP方法检测IGF-Ⅰ基因5′调控区的单核苷酸多态性。检测发现该区域存在4个SNP位点,分别是：A-26T、A-215G、A-314G、A-325T。     

VIPR-1基因5′调控区多态位点与鸡就巢性的关联分析

本研究旨在探索血管活性肠肽I型受体(Vasoacitve intestinal peptide type I receptor,VIPR-1)基因5′调控区(-496～-1bp)多态性及其单倍型效应对鸡就巢性的影响,寻找影响肉鸡就巢性的分子标记,为降低或者剔除肉鸡就巢行为的育种研究提供相应依据。采用测序技术对498只清远麻鸡VIPR-1基因5′调控区进行多态性检测及基因型分析,利用最小二乘均数对VIPR-1基因5′调控区的多态位点与就巢性状进行相关分析,利用PHASE软件对多态位点进行单倍型分析。结果,VIPR-1基因5′调控区存在12个多态性位点,G-359T、G-266T、A-134G、A-94G、C-72G对18～43周龄的就巢持续天数影响达到显著水平(P<0.05),A-94G位点对18～54周龄的就巢率的影响达到显著水平(P<0.05);构建的单倍型对18～54周龄的就巢持续天数的影响达到极显著水平(P<0.01)。最小二乘分析结果表明,CCTGGGAAGCAG/TTGGGGAAGCAC型个体的就巢持续天数比其它单倍型个体极显著的延长(P<0.01)。结果表明,VIPR-1基因5′调控区(-496～-1bp)可能存在影响鸡就巢行为的分子标记,CCTGGGAAGCAG/TTGGGGAAGCAC型个体对鸡就巢性具有较大的遗传效应,可作为分子标记应用于家鸡就巢行为的筛选。     

STAT5b基因的遗传多态性及其与京海黄鸡体重和繁殖性状的关联分析

以京海黄鸡、AA鸡、尤溪麻鸡、边鸡等4个鸡品种为研究对象,采用PCR-SSCP方法检测信号转导和转录激活子5b(STAT5b)第7外显子和部分内含子7的多态性,并分析其对京海黄鸡体重和繁殖性状的遗传效应。结果显示,在STAT5b第7内含子区域检测到1处突变(8 066bp C→T)。在4个鸡品种中均检测到AA、AB、BB 3种基因型,χ2检验结果表明,除京海黄鸡外其余3个品种群体在该座位均达到Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。最小二乘分析表明,京海黄鸡3种基因型个体的出生重和开产日龄存在显著差异(P<0.05)。     

湖羊PRLR基因遗传多样性及其与母性行为的关联分析

本研究运用PCR-SSCP技术,分析催乳素受体(PRLR)基因外显子10序列的多态性,旨在研究PRLR基因与母羊母性行为关联性。结果表明:仅引物3扩增片段具有多态性;群体内遗传多样性分析表明,基因型AA、AB和BB符合Hardy-Weinberg平衡,表明该群体可进行相关性状的选育;不同基因型和母性行为性状进行最小二乘分析结果表明,AA型和AB型个体在舔舐和踩踏行为的观察数间差异不显著(P>0.05),但均与BB型个体的差异显著(P<0.05);哺乳行为则在AA、AB和BB 3种基因型间依次降低,且差异均显著(P<0.05);拒绝哺乳行为在各基因型个体间差异不显著(P>0.05)。因此,可推测等位基因A可能为优势基因。