基于16S rRNA测序揭示杜洛克猪早期体重与肠道微生物的关系

本研究旨在探讨肠道微生物与杜洛克猪早期体重的关系。从91头80日龄杜洛克公猪中根据个体体重排序选择体重较轻(lighter body weight,LBW)的9头猪和体重较重(heavier body weight,HBW)的9头猪。通过对16S rRNA基因V3-V4区测序,分析了HBW和LBW组猪粪便中微生物多样性、组成和预测功能。结果显示,HBW和LBW组之间微生物的Alpha多样性无显著差异(P>0.05)。杜洛克仔猪肠道微生物的核心菌门为厚壁菌门(HBW和LBW组分别为65.62%和66.57%)和拟杆菌门(HBW和LBW组分别为30.87%和29.80%),核心菌属为普雷沃菌属(HBW和LBW组分别为23.82%和20.84%)、乳杆菌属(HBW和LBW组分别为9.11%和16.55%)、未分类的瘤胃菌科(HBW和LBW组分别为10.32%和9.98%)和未分类的毛螺菌科(HBW和LBW组分别为6.33%和4.53%)。PCoA分析显示,肠道微生物在杜洛克仔猪个体之间差异较小,但两组间在微生物组成上存在一些显著差异的菌属。在属水平上,HBW组猪中北里孢菌属、g_norank_o_Tremblayales、未命名的丹毒丝菌属、未分类的普雷沃氏菌科和粪芽孢菌属的丰度显著高于LBW组(P<0.05),棒状杆菌属在LBW组中的丰度显著高于HBW组(P<0.05)。此外,KEGG通路差异分析发现,倍半萜类化合物生物合成、胰岛素信号通路、抗坏血酸和醛酸代谢及安沙霉素类合成的途径显著富集于HBW组(P<0.05),分泌系统途径显著富集于LBW组(P<0.05)。本研究结果有助于理解猪早期肠道微生物与宿主间的相互作用和猪的健康养殖。     

基于16S rRNA测序探究杜洛克猪饲料利用率与肠道菌群的关系

为探究杜洛克猪饲料利用率与肠道菌群的关系,本研究计算了91头杜洛克公猪30～100 kg的校正饲料转化率(FCR),选择FCR数值最高和最低各10头猪分别作为HFCR组和LFCR组,采用微生物16S rRNA基因测序技术分析两组间肠道微生物多样性、组成与结构差异,并对差异微生物功能进行预测。结果显示:两组间肠道微生物在总体Alpha多样性指标上无显著性差异,但在微生物组成上存在多个显著差异的菌属;Fimicutes和Bacteroidetes为杜洛克猪的优势菌门,Prevotella、norank_f_Ruminococcaceae和Lactobacillus是主要的优势菌属;在门水平上,HFCR组WPS-2的丰度显著高于LFCR组;在属水平上,HFCR组个体中unclassified_f_Ruminococcaceae、unclassified_o_Bacteroidales、norank_p_WPS-2和rc4-4的丰度显著高于LFCR组,Collinsella、norank_f_Enterobacteriaceae、Staphylococcus、1-68和norank_o__Streptophyta的丰度显著低于LFCR组。KEGG分析发现,LFCR组和HFCR组肠道菌群基因主要富集在Amino sugar and nucleotide sugar metabolism、Purine metabolism、Glycolysis/Gluconeogenesis和Pyrimidine metabolism等功能通路,但在两组间并无显著差异。本研究结果为利用肠道微生物提高猪的饲料利用率提供了一定的参考和数据基础。     

妊娠-泌乳期巴马香猪肠道菌群结构组成与多样性的变化

本试验旨在研究妊娠-泌乳期巴马香猪肠道菌群结构组成与多样性的变化。选用3～7胎次妊娠巴马香猪16头,分别于妊娠第30、60和90天以及泌乳第14天,取母猪新鲜粪便样品,用于粪便菌群16S rDNA测序。结果表明：与妊娠第30天相比,妊娠第60天粪便菌群Simpson和Shannon指数显著降低(P<0.05),碳水化合物代谢通路和聚糖生物合成与代谢通路相对丰度显著增加(P<0.05);泌乳第14天粪便菌群苏黎世杆菌属(Turicibacter)相对丰度显著降低(P<0.05),颤螺菌属(Oscillospira)和多尔氏菌属(Dorea)相对丰度显著增加(P<0.05)。与妊娠第60天相比,泌乳第14天粪便菌群乳酸菌属(Lactobacillus)相对丰度显著增加(P<0.05),碳水化合物代谢通路、聚糖生物合成和代谢通路和核苷酸代谢通路相对丰度显著降低(P<0.05)。与妊娠第90天相比,泌乳第14天粪便菌群Chao1和ACE指数显著降低(P<0.05),厚壁菌门(Firmicutes)、螺旋体门(Spirochaetes)、变形菌门(Pro...     

基于16S rRNA测序分析巴马小型猪性别与肠道微生物的关系

为了研究性别对巴马小型猪粪便微生物组成及丰度的影响,试验以10头雄性和10头雌性试验用巴马小型猪作为试验对象,收集新鲜粪便,采用16S rRNA测序技术和生物信息学分析方法,分析微生物多样性、组成并对预测的代谢通路进行了差异分析。结果表明：雄性巴马小型猪和雌性巴马小型猪之间微生物的Alpha多样性无显著差异(P>0.05)。在门水平上雄性和雌性巴马小型猪的核心菌群均为厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes);在属水平上雄性的核心菌群为志贺氏杆菌属(Shigella,5.81%)、颤螺菌属(Oscillospira,4.62%)、密螺旋体属(Treponema,4.14%)、梭菌属(Clostridiaceae＿Clostridium,2.73%)及拟杆菌属(Bacteroides,2.58%),雌性为颤螺菌属(5.23%)、密螺旋体属(4.94%)、链球菌属(Streptococcus,3.74%)、SMB53(2.35%)及梭菌属(2.12%)。在门水平上,雌性疣微菌门(Verrucomicrobia)的丰度显著高于雄性(P<0.05);在...     

饲粮中添加发酵豆粕对断奶仔猪粪便菌群多样性的影响

本试验采用高通量测序技术,研究饲粮中添加发酵豆粕对断奶仔猪粪便菌群多样性的影响。选取36日龄“杜×长×大”仔猪80头,随机分为A、B、C、D组,D组为对照组,饲喂基础饲粮;A、B、C组为试验组,分别在基础饲粮中添加5%、10%、15%的发酵豆粕。试验结束采集4组仔猪的粪便,采用Illumina MiSeq高通量测序技术对其中细菌的16SrRNA基因的V3~V4区序列进行测序。结果表明:1)菌群的平均有效序列数为47218条;在97%的相似水平下共产生了3581个操作分类单元(OTUs);共检测到12个门、21个纲、33个目、64个科、111个属和137个种。2)α多样性指数在各组间均无显著性差异(P>0.05),但B组的Shannon指数最高,菌群最丰富。β多样性分析表明,4组菌群在统计学上存在显著差异(P<0.05),分组效果较好。3)门水平的优势菌为厚壁菌门,科与属水平的优势菌分别为乳酸菌科和乳酸菌属。B组的厚壁菌门相对丰度显著高于D组(P<0.05),乳酸菌属相对丰度显著高于A、D组(P<0.05),但与C组间差异不显著(P>0.05)。4)菌群主要参与的代谢通路为糖类代谢、氨基酸代谢、能量代谢、核酸代谢、辅酶和维生素代谢。除核酸代谢外,其余4种代谢通路中,B组菌群的相对丰度最高并依次为C、A、D组。综上所述,在仔猪饲粮中添加10%的发酵豆粕,能增加肠道菌群的多样性,显著增加肠道中厚壁菌门、乳酸菌科和乳酸菌属等有益菌的相对丰度,维持肠道的健康,促进营养物质的代谢。     

基于16S rRNA探究应激条件下娟姗牛肠道菌群结构的调控机制

为了探究娟姗牛应激条件下肠道菌群结构的调控机制,本研究选择非应激期（JR1）和应激期（JR2）各6头牛作为实验组进行测定,2组间肠道微生物多样性采用微生物16S r RNA基因测序技术对差异微生物功能进行初步预测。结果显示：Alpha多样性对2组样品6种指数检测结果均明显降低（P>0.05）,说明夏季高温高湿的环境对肠道微生物的丰富度无明显影响,但可降低其物种多样性。厚壁菌门和拟杆菌门为门水平上的2个优势菌门,属水平上有瘤胃球菌属UCG-005、理研菌科-RC9菌属和瘤胃球菌属UCG-010为3个优势菌属。组间差异性分析得出,在属水平上JR2组粪便微生物中的Christensenellaceae R-7 group、Lachnospiraceae AC2044 group、Ruminococcus 2、普雷沃氏菌属Prevotellaceae UCG-004的丰度高于JR1组（P<0.05）。代谢通路富集预测分析显示,主要参与氨基酸代谢、碳水化合物代谢、消化系统、内分泌系统、环境改变、能量代谢、代谢疾病、免疫系统等。采用STAMP差异分析比较2组样品之间功能的丰度,JR2组...     

不同背膘厚猪肠道微生物多样性差异的比较

在军牧1号白猪中挑选背膘厚差异极显著(P0.01)的高背膘(HBF)组和低背膘(LBF)组公猪各5头,对粪便微生物进行16S rRNA高通量测序。结果显示,2组间微生物群落结构存在33.00%的差异;HBF组厚壁菌门和梭菌纲的相对丰度高于LBF组,拟杆菌门和拟杆菌纲的相对丰度低于LBF组,但差异均不显著(P0.05);HBF组纤维杆菌门、消化球菌属、萨特菌属、考拉杆菌属、多尔菌属和纤维杆菌属序列量显著高于LBF组(P0.05);HBF组优势属为布雷德菌属、梭菌属和考拉杆菌属。结果表明,高背膘猪的粪便厚壁菌门比例增加,而拟杆菌门比例下降,布雷德菌属、梭菌属和考拉杆菌属为高背膘猪的关键群属。     

育肥猪粪便菌群结构及其与生长速度的相关性分析

【目的】 研究育肥猪的生长速度与粪便微生物之间的作用关系，寻找与猪生长速度相关的微生物菌群。【方法】 选取50头出生重相近的仔猪，在相同饲养环境中进行饲养管理，生病猪及时转出试验组，125日龄时按体重由高到低排序，把体重最高和最低的4头猪分别分为体重高（51.30 kg±2.57 kg，HW）、低（36.90 kg±2.50 kg，LW）组，通过16S rRNA测序，对125日龄生长育肥猪的粪便微生物区系多样性、群落组成及与生长速度的关联性进行分析。【结果】 Alpha多样性分析显示，两组间均无显著差异（P>0.05）。主成分分析结果显示，HW和LW组中能够明显区分菌群结构。粪便微生物结构组成分析表明，HW和LW组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门和螺旋体门，优势菌属为密螺旋体属、乳杆菌属、链球菌属和未被培养菌属Muribaculaceae菌。LW组中拟杆菌门丰度极显著高于HW组（P<0.01），纤维杆菌门丰度显著高于HW组（P<0.05），而髌骨细菌门丰度显著低于HW组（P<0.05）。对粪便微生物结构组成进行差异分析发现，HW组检测到16个特有菌门，LW组检测到1个特有菌门和24个特有菌属。将肠道菌群与生长速度进行相关性分析，共发现10个菌门，18个属与体重（BW）和平均日增重（ADG）呈正相关，7个菌门和12个属与BW和ADG呈负相关。【结论】 相同日龄不同生长速度的猪粪便微生物的区系结构存在显著差异，差异菌群可能对猪的生长速度起到了一定的调控作用，本研究结果为研发益生菌和提高猪生长速度提供了参考依据。     

腹泻犊牛与健康犊牛粪便菌群结构组成与功能研究

本研究旨在探究腹泻与健康犊牛粪便微生物的结构组成与分布特征,筛选出一些可作为评价犊牛腹泻参考指标的特异性菌群。试验采集10份腹泻和10份健康夏南牛犊牛的粪便样本并提取粪便总DNA,运用16S rRNA高通量测序技术,比较腹泻组和健康组在微生物多样性方面（组成及结构）存在的差异,获得两组间具有统计学差异的Biomarker,并对差异功能基因进行注释。结果表明,腹泻犊牛粪便微生物的多样性小于健康犊牛;在门水平上,与健康组相比,腹泻组犊牛粪便中微生物相对丰度显著升高的是变形菌门和梭杆菌门,螺旋菌门显著降低（P<0.05）;在属水平上,与健康组相比,腹泻组犊牛粪便微生物中埃希氏-志贺菌属、梭杆菌属、乳杆菌属和梭状芽孢杆菌属相对丰度明显升高,不可培养拟杆菌目S24-7群、拟普雷沃菌属和普雷沃氏菌科的菌属显著降低（P<0.05）。通过对COG功能预测分析,腹泻组在翻译、核糖体结构和起源类群明显降低。通过KEGG代谢途径分析,腹泻组粪便中显著升高的代谢通路是碳水化合物代谢和外源性物质降解和代谢,显著降低的代谢通路分别是细胞增殖和死亡、复制和修复、翻译和转录（P<0.05）。本研究分析了腹泻组和健康组之间的优势菌群,筛选出可以作为犊牛腹泻参考指标的10个Biomarker,并对功能差异基因进行注释,为进一步研究犊牛腹泻的治疗及预防奠定了基础。     

宏基因组法研究不同堆肥处理下猪粪微生物动态结构特征

试验旨在应用宏基因组测序技术探究两种堆肥处理方式下猪粪中微生物的结构组成与分布特征。试验采集同一粪池中的新鲜猪粪，随机分成添加有效微生物（EM）菌的F组和未添加EM菌的K组，每组粪堆各1堆，堆成圆锥形粪堆，粪堆高1.2 m，底部直径2 m；采集堆肥第0、7、14和21天的粪便样本并提取粪便总DNA，运用宏基因组高通量测序技术，比较F组和K组的微生物多样性（组成及结构）差异，并对功能基因进行注释。结果表明，猪粪便中的细菌共测序获得1 083 607个有效开放阅读框（ORFs）；共鉴定出147个门、118个纲、258个目、593个科、2 343个属和13 193个种；在门水平上，相对丰度前十的细菌界优势菌门有：变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、放线菌门（Actinobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、疣微菌门（Verrucomicrobia）、绿弯菌门（Chloroflexi）、柔壁菌门（Tenericutes）、浮霉菌门（Planctomycetes）、螺旋体门（Spirochaetes）和酸杆菌门（Acidobacteria）；在属水平上，两组平均丰度值排名前三十五的属分别属于变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、放线菌门和疣微菌门；通过KEGG功能预测分析，新陈代谢通路是最丰富的，氨基酸代谢通路和碳水化合物代谢通路是包含功能基因数量最多的二级通路。两组的菌群结构多样性差异表明添加EM菌后会促进堆肥前期的菌群变化。     

不同纤维来源饲粮和细胞壁降解酶对猪肠道微生物菌群多样性的影响

本试验旨在利用末端限制性片段长度多态性技术研究不同纤维来源饲粮和细胞壁降解酶对猪肠道微生物菌群多样性及其组成结构的影响。试验选用8头平均体重为(35.0±2.5)kg的"杜×长×大"三元杂交生长猪,统一安装回肠末端T型瘘管,随机分为4组,每组2个重复。试验分4期,每期每组猪按4×4拉丁方设计饲喂小麦麸、小麦麸加酶、大豆皮和大豆皮加酶4种试验饲粮之一。每期预试期15 d,正试期6 d。试验结果表明:1)大豆皮饲粮组猪回肠食糜微生物的多样性显著高于小麦麸饲粮组(P0.05)。2)小麦麸饲粮组显著提高猪回肠食糜中普氏菌属(Prevotella)和乳酸杆菌属(Lactobacillus)的丰度(P0.05),而大豆皮饲粮组则显著提高猪回肠食糜中瘤胃球菌属(Ruminococcus)及粪便中拟杆菌属(Bacteroides)、毛螺菌属(Lachnospira)的丰度(P0.05)。3)添加细胞壁降解酶显著提高各饲粮组猪回肠食糜中Lachnospira、真细菌属(Eubacterium)及粪便中Lachnospira的丰度(P0.05),但也同时降低了回肠食糜中Lactobacillus、Prevotella及粪便中Lactobacillus、Bacteroides和克雷伯氏菌属(Klebsiella)的丰度(P0.05)。综上所述,纤维饲粮可显著提高猪肠道内非淀粉多糖降解菌的丰度,而细胞壁降解酶则可选择性改变肠道微生物菌群的多样性及其组成。     

基于16S rDNA测序分析柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响

为探究柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响,采集对照组和球虫感染组雏鸡盲肠内容物,提取DNA,16S rDNA测序分析鸡盲肠菌群丰度、多样性的变化,采用粪菌移植验证正常鸡肠道菌群对柔嫩艾美耳球虫感染的保护作用。16S rDNA测序结果显示,柔嫩艾美耳球虫感染后盲肠内菌群丰度、多样性显著降低。在门水平上,感染前,两组雏鸡盲肠的优势菌门均为厚壁菌、变形菌、放线菌;感染后厚壁菌门丰度下降,变形菌门、放线菌门的丰度上升,差异显著(P<0.05),感染组出现了拟杆菌门。在属水平上,与对照组相比,感染组鸡盲肠微生物菌群中乳杆菌属、埃希菌-志贺菌属、拟杆菌属、罗姆布茨菌属、棒状杆菌属、肠球菌属、变形杆菌属丰度增加但差异不显著(P>0.05),毛螺菌科未定属、瘤胃球菌属、梭菌UCG-014、瘤胃球菌科未定属丰度显著下降(P<0.05),GCA-900066575丰度降低但差异不显著(P>0.05)。粪菌移植结果显示,与生理盐水移植组相比,盲肠内容物移植组和粪便菌移植组能显著减轻柔嫩艾美耳球虫感染后鸡增重降低的影响,减轻盲肠损伤,卵囊产量显著下降(P<0.05)。盲肠内容物...     

应用Illumina-MiSeq高通量测序技术分析脱氧雪腐镰刀菌烯醇对小鼠肠道菌群的影响

本试验旨在研究脱氧雪腐镰刀菌烯醇(DON)对小鼠肠道微生物多样性、物种丰度的影响。选用平均体重为20 g的BALB/c小鼠40只,随机分成对照组(灌胃灭菌生理盐水)和DON组(灌胃1.8 mg/kg BW DON),每组20个重复,每个重复1只小鼠,连续灌服28 d。试验结束后,收集新鲜粪便,每组随机选取3份,用Illumina-Mi Seq高通量测序技术分析微生物群落结构和组成的变化。结果表明,1)与对照组相比,DON组测序数量减少(P0.05)。2)DON组降低了Alpha、Beta多样性,Shannon指数较对照组显著降低(P0.05)。3)在门水平,与对照组相比,DON组显著降低了拟杆菌门(Bacteroidetes)和脱铁杆菌门(Deferribacteres)的物种丰度(P0.05),显著提高了变形菌门(Proteobacteria)的物种丰度(P0.05)。在属水平,与对照组相比,DON组显著降低了副类杆菌属(Parabacteroides)、理研菌属(Rikenella)、Algoriphagus、Mucispirillum、嗜甲基菌属(Methylophilus)、Francisella的物种丰度(P0.05),显著提高了梭菌属(Clostridium)、Robinsoniella、A llobaculum、A kkermansia的物种丰度(P0.05)。4)聚类分析显示,DON组与对照组的肠道微生物相似性降低。由此可见,DON能显著影响小鼠肠道微生物菌群多样性及物种丰度,提示DON致肠道损伤与这些肠道菌群的变化密切相关。     

枸芪多糖对育肥猪肠道菌群多样性及组成的影响北大核心CSCD

本试验旨在研究枸芪多糖对育肥猪肠道菌群多样性及组成的影响。选用180头80日龄的健康育肥猪,随机分为2组,每组6个重复,每个重复15头猪。对照组饲喂基础饲粮,试验组在基础饲粮中添加1‰的枸芪多糖,试验期为3个月。采集育肥猪盲肠内容物,提取样本中细菌基因组DNA,进行16S rDNA基因高通量测序。结果显示:1)试验组肠道菌群的Ace指数、Chao指数和Shannon指数均显著高于对照组(P<0.05)。2)在门水平上2组的两大优势菌均为拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),对照组梭杆菌门(Fusobacteria)及梭杆菌属(Fusobacterium)的相对丰度显著高于试验组(P<0.05),互养菌门(Synergistetes)及互养菌属(Synergistes)的相对丰度显著低于试验组(P<0.05)。3) 2组在属水平上的优势菌均为拟杆菌属(Bacteroides),试验组巨单胞菌属(Megamonas)和螺杆菌属(Helicobacter)的相对丰度显著低于对照组(P<0.05)。由此得出,饲粮中添加枸芪多糖可提高育肥猪肠道菌群的丰富度和多样性,通过促进有益菌厚壁菌门、互养菌门与抑制有害菌变形菌门、梭杆菌属和螺杆菌属的增殖优化肠道菌群平衡,建立更健康的肠道菌群结构。     

基于16S rRNA测序分析正常与腹泻牦牛犊牛粪便细菌区系组成

试验旨在比较分析放牧条件下正常与腹泻牦牛犊牛粪便微生物区系组成与基因功能预测,筛选出作为腹泻评价依据的细菌,为下一步牦牛犊牛益生菌制剂的开发提供理论依据。在放牧条件下分别采集青海玉树地区正常与腹泻牦牛犊牛粪便样本各7份并提取DNA,利用16S rRNA测序技术研究两组牦牛犊牛肠道微生物区系的OTUs聚类、门水平和属水平相对丰度差异性、Alpha多样性、Beta多样性、功能预测水平信息。结果显示,在门水平上,正常组和腹泻组的优势菌门有拟杆菌门和厚壁菌门,且腹泻组的梭杆菌门显著高于正常组(P0.05);在属水平上,正常组犊牛粪便中优势细菌相对丰度从高到低为:拟杆菌属、拟普雷沃菌属和未分类的瘤胃菌属;腹泻组犊牛粪便中优势细菌相对丰度从高到低为:拟杆菌属、梭杆菌属、未分类的肠杆菌属和未分类的瘤胃菌属,且腹泻组的梭杆菌属显著高于正常组(P0.05);在功能预测水平上,腹泻组的聚糖生物合成与代谢、运输和分解代谢、老化、分类和降解、脂代谢显著高于正常组(P0.05),正常组的氨基酸代谢、信号转导、细胞运动、遗传信息显著高于腹泻组(P0.05)。通过分析放牧牦牛犊牛正常组和腹泻组之间的优势菌群差异表明,犊牛腹泻是由梭杆菌属引起的。     

腹泻仔猪与健康仔猪肠道微生物多样性比较

目的通过研究对比哺乳期腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群,探讨腹泻对哺乳期仔猪肠道微生物的影响。方法通过高通量16S rDNA测序技术对腹泻组仔猪（n=6）和健康组仔猪（n=3）粪便样本进行测序,比较两组仔猪肠道微生物群落的组成和结构。结果腹泻组仔猪和健康组仔猪粪便菌群差异显著（P<0.05）,腹泻组仔猪的肠道菌群多样性显著（P<0.05）低于健康组仔猪。与健康组仔猪相比,在门水平上,腹泻组仔猪的梭杆菌门和变形菌门的相对丰度显著（P<0.05）增加,而厚壁菌门的相对丰度显著（P<0.05）下降;在属水平上,腹泻组仔猪的梭杆菌属（Fusobacterium）、普雷沃菌属（Prevotella）、埃希菌属（Escherichia）、乳杆菌属（Lactobacillus）、厌氧弧菌属（Anaerovibrio）、拟普雷沃菌属（Alloprevotella）和Fusobacteriaceae_unclassified的相对丰度显著（P<0.05）增加,而大部分厚壁菌门菌属的相对丰度显著（P<0.05）降低。结论通过分析对比腹泻仔猪与健康仔猪肠道微生物多样性,为预防和治疗哺乳期仔猪腹泻提供了理论依据。     

16S rRNA测序分析枯草芽胞杆菌喷鼻对猪鼻腔菌群影响的研究

为了探究枯草芽胞杆菌对哺乳仔猪鼻腔中微生物多样性及其功能的影响，选用1株来源于猪鼻腔的枯草芽胞杆菌NS15对哺乳期仔猪进行喷鼻试验，于喷鼻后第7天采集鼻腔拭子，随后利用16S rRNA基因高通量测序技术检测分析鼻腔拭子样本菌群结构并进行功能预测。结果显示：猪鼻腔的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)。喷鼻后不影响优势菌门的组成，但是各菌门的丰度发生变化，如厚壁菌门和放线菌门的丰度增加，其中厚壁菌门中的乳杆菌属(Lactobacillus)和放线菌门中的罗氏菌属(Rothia)等有益菌属丰度增加；而变形菌门和拟杆菌门等有害菌门的丰度下降，包括变形菌门中的不动杆菌属(Acinetobacter)、嗜麦芽窄食单胞菌属(Stenotrophomonas)和鲍特菌属(Bordetella)以及拟杆菌门中的黄杆菌属(Flavobacterium)等有害菌属丰度下降。进一步Tax4Fun功能预测结果显示，喷鼻枯草芽胞杆菌NS15后，猪鼻腔中能量、氨基酸和脂类等代谢通路显著...     

腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群多样性的比较

本试验旨在探究腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群多样性及结构的差异。采集同等饲养条件下的8份腹泻和8份健康哺乳仔猪的粪便样本,利用16S rRNA高通量测序技术对健康仔猪和腹泻仔猪粪便菌群进行比较。结果表明:健康仔猪粪便菌群的多样性高于腹泻仔猪(P<0.05);与健康仔猪粪便菌群组成相比,腹泻仔猪变形菌门(Proteobacteria)的相对丰度增加(P<0.05),而拟杆菌门(Bacteroidetes)降低(P<0.05);在属的分类水平上,腹泻仔猪粪便中埃希氏-志贺菌属(Escherichia-Shigella)和乳杆菌属(Lactobacillus)的相对丰度高于健康仔猪(P<0.05),而拟杆菌属(Bacteroides)、Lachnoclostridium和瘤胃球菌属(Ruminococcus)低于健康仔猪(P<0.05)。综上表明,腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群的多样性和结构存在显著差异,埃希氏-志贺菌属的相对丰度显著增加可能是仔猪腹泻的重要原因之一。     

芽孢杆菌制剂对苏姜猪弱仔猪生长性能及粪便菌群的影响北大核心

试验旨在研究芽孢杆菌制剂对弱仔猪的生长性能、免疫性能、粪便菌群的影响。选择遗传背景、胎次、营养相同的28日龄断奶苏姜仔猪42头(公、母各半),随机分为2组,每组7个重复,每个重复3头。对照组猪为基础日粮,芽孢杆菌制剂组在基础日粮中添加1 kg/t芽孢杆菌制剂。试验期35 d。结果显示,与对照组相比,芽孢杆菌制剂组的仔猪平均日增重极显著提高(P<0.01),平均日采食量显著提高(P<0.05),腹泻率极显著降低(P<0.01)。与对照组相比,芽孢杆菌制剂组仔猪粪便菌群厚壁菌门的相对丰度降低,拟杆菌门和螺旋体门的相对丰度增加;芽孢杆菌制剂组仔猪粪便菌群普雷沃氏菌属(Prevotella)、密螺旋体属(Treponema)、未指明的拟杆菌目(Unspecified_Bacteroidales)、未指明的拟杆菌目S24-7菌属(Unspecified_S24_7)相对丰度显著增加,未指明的毛螺菌科(Unspecified_Lachnospiraceae)、链球菌属(Streptococcus)、未指明的梭菌目(Unspecified_Clostridiales)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、劳特氏菌属(Blautia)相对丰度明显减少。研究表明,日粮中添加芽孢杆菌能够改善弱仔猪的生长性能,促进肠道有益生菌群生长繁殖。     

妊娠-哺乳期饲粮添加甜菜碱盐酸盐对母猪粪便菌群组成及代谢产物含量的影响

本试验旨在研究妊娠-哺乳期饲粮添加甜菜碱盐酸盐对母猪粪便菌群组成及代谢产物含量的影响。选用3～7胎次妊娠巴马香猪40头,随机分为2组,每组20头,单栏饲养。对照组饲喂基础饲粮,试验组在基础饲粮中添加3.5 kg/t的甜菜碱盐酸盐。试验期为母猪配种后第3天至分娩后第21天。分别在妊娠第105天和哺乳第21天,取母猪新鲜粪便样品用于微生物16S rDNA测序以及短链脂肪酸、生物胺、吲哚和粪臭素含量测定。结果表明:与对照组相比,饲粮添加甜菜碱盐酸盐显著增加了妊娠第105天母猪粪便迷踪菌门(Elusimicrobia)和粪芽孢菌属(Coprobacillus)相对丰度以及尸胺含量(P0.05),哺乳第21天母猪粪便微生物Chao1和ACE指数和猪粪厌氧原体属(Anaeroplasma)相对丰度以及腐胺、亚精胺含量(P0.05)。皮尔曼相关性分析发现,粪便厌氧原体属相对丰度与亚精胺含量呈正相关(P0.05),与异戊酸和异丁酸含量呈负相关(P0.05)。KEGG通路分析发现,与对照组相比,饲粮添加甜菜碱盐酸盐上调了妊娠第105天核苷酸代谢、聚糖生物合成与代谢、酶家族通路,上调了哺乳第21天异生素生物降解与代谢、萜类与多酮类代谢、脂代谢和其他氨基酸代谢通路。由此可见,饲粮添加甜菜碱盐酸盐可改变妊娠-哺乳母猪肠道菌群组成及代谢产物含量,进而改善机体代谢。