马鹿的起源进化与遗传多样性研究进展

马鹿是非常重要的物种资源,由于栖息地的流失和人为干扰进行近亲繁殖等导致野生马鹿数量急剧减少,而家养马鹿多经过改良,因此马鹿的纯种数量锐减。对马鹿进行分子遗传学研究不仅可以加深人们对马鹿起源和物种形成的认识,还能帮助开展遗传多样性保护研究。随着高通量测序技术、分子生物学和生物信息学的迅速发展,马鹿的起源进化研究已发展到全基因组水平,并取得了一定的成果。马鹿的起源进化研究从最初对体态外貌和染色体核型的研究逐渐发展到对DNA序列与生理指标的研究。文章回顾了近年来国内外对马鹿起源进化和遗传多样性方面的研究,从起源时间、起源地和迁徙路线等方面揭示了马鹿的演化历史,介绍了父系、母系和常染色体研究方面分析了马鹿遗传多样性选取的不同分子标记,为进一步揭示马鹿种群的遗传变异、分化情况、迁徙路线和系统发育关系等提供基础信息,同时为马鹿遗传资源的利用和保护以及马鹿产业的良性发展提供重要的借鉴与参考。     

基于GBS技术对梅花鹿、马鹿及其杂交后代基因组SNP特征的分析

旨在利用基因分型测序（genotyping by sequencing,GBS）技术对梅花鹿、马鹿及其杂交后代（F1、F2）基因组的SNP特征进行分析。本试验采用GBS技术对梅花鹿（63个）、马鹿（12个）及其杂交后代（F1代112个,F2代38个,未知类型个体1个）共226个个体的血液基因组DNA进行测序,并利用本实验室前期110只梅花鹿、197只马鹿和1只F1代杂交鹿的测序数据,以梅花鹿全基因组为参考序列进行比对分析。结果,226个个体共产生Clean data 322.683 Gb,平均每个样品1 427.802 Mb;将所有样本作为一个群体检测SNP变异,共检测出SNP位点23 943 582个,质控过滤后得到SNP位点31 630个。对31 630个SNPs使用最大似然（maximum likelihood,ML）法构建的分子进化树显示,梅花鹿、马鹿、F1及F2代区分明显。对梅花鹿和马鹿的SNPs进行比对分析,筛选出可用于鉴别马鹿、梅花鹿、F1、F2的物种特异SNP位点1 032个（马鹿特异SNP位点474个,梅花鹿特异SNP位点558个）,计算结果显示,F1代个体包含马鹿特异SNPs的比例主要在40%~60%之间,F2代个体含马鹿特异SNPs的比例主要在10%~30%之间,马鹿个体中不含梅花鹿的特异SNPs,梅花鹿中55.49%的个体不含马鹿特异SNPs,17.34%的个体含马鹿特异SNPs的比例低于1%,13.29%的个体含马鹿特异SNPs的比例在1%~10%之间,其余个体含马鹿特异SNPs的比例为10%~20%（其中有一个个体含马鹿特异SNPs的比例为33.3%）。该研究为花马杂交鹿后代的鉴定提供了可靠标记,并定量估计了F1和F2代个体含马鹿特异SNPs的比例,马鹿个体中不含梅花鹿的特异SNPs,这对梅花鹿、马鹿及其杂交后代（F1、F2）的鉴别具有重要意义。     

基于GBS技术对梅花鹿、马鹿及其杂交后代基因组SNP特征的分析

旨在利用基因分型测序(genotyping by sequencing,GBS)技术对梅花鹿、马鹿及其杂交后代(F1、F2)基因组的SNP特征进行分析。本试验采用GBS技术对梅花鹿(63个)、马鹿(12个)及其杂交后代(F1代112个,F2代38个,未知类型个体1个)共226个个体的血液基因组DNA进行测序,并利用本实验室前期110只梅花鹿、197只马鹿和1只F1代杂交鹿的测序数据,以梅花鹿全基因组为参考序列进行比对分析。结果,226个个体共产生Clean data 322.683 Gb,平均每个样品1 427.802 Mb;将所有样本作为一个群体检测SNP变异,共检测出SNP位点23 943 582个,质控过滤后得到SNP位点31 630个。对31 630个SNPs使用最大似然(maximum likelihood, ML)法构建的分子进化树显示,梅花鹿、马鹿、F1及F2代区分明显。对梅花鹿和马鹿的SNPs进行比对分析,筛选出可用于鉴别马鹿、梅花鹿、F1、F2的物种特异SNP位点1 032个(马鹿特异SNP位点474个,梅花鹿特异SNP位点558个),计算结果显示,F1代个体包含马鹿特异SNPs的比例主要在40%～60%之间,F2代个体含马鹿特异SNPs的比例主要在10%～30%之间,马鹿个体中不含梅花鹿的特异SNPs,梅花鹿中55.49%的个体不含马鹿特异SNPs,17.34%的个体含马鹿特异SNPs的比例低于1%,13.29%的个体含马鹿特异SNPs的比例在1%～10%之间,其余个体含马鹿特异SNPs的比例为10%～20%(其中有一个个体含马鹿特异SNPs的比例为33.3%)。该研究为花马杂交鹿后代的鉴定提供了可靠标记,并定量估计了F1和F2代个体含马鹿特异SNPs的比例,马鹿个体中不含梅花鹿的特异SNPs,这对梅花鹿、马鹿及其杂交后代(F1、F2)的鉴别具有重要意义。     

基于重测序技术的塔河马鹿特异性SNP位点筛选

【目的】 筛选出塔河马鹿高质量的单核苷酸多态性位点(SNP),构建特异性分子遗传标记,为塔河马鹿的纯种鉴别提供参考。【方法】 对国家特种经济动物资源共享平台1999年收集整理的32份塔河马鹿血液DNA样本进行全基因组重测序,与梅花鹿染色体级别的参考基因组进行比对,统计比对率、覆盖度和测序深度。用SNPEff统计每条染色体上SNP位点的分布,用SNPhylo基于位点构建分子进化树,用VCFTOOLS计算遗传分化指数(Fst),按降序排序并设定阈值Fst≥0.25,淘汰不符合条件位点,用R语言进行主成分分析(PCA),统计33条染色体排名前1 500的SNPs位点,提取前100个SNPs集合的特征值,分别进行主成分分析。【结果】 全基因组重测序结果表明,32份质检合格的塔河马鹿血液基因组DNA有效数据量为868 791 354 600 bp,测序质量均符合后续数据分析要求。32份样品测序数据的平均比对率为98.06%,平均覆盖度为97.66%,平均深度为6.787。过滤后得到20 139 122个高质量的SNPs位点,其中4号染色体上SNPs分布最多,90%以上的变异位于基因间和外显子区域。建树后候选特异性SNPs位点数为12 050 781个。使用VCFTOOLS筛选得到544 717个SNPs位点。选取每条染色体排名前1 500的SNPs位点进行主成分分析,主成分分析结果显示,当SNPs从49 500降至100时区分效力没有下降,最终筛选出100个特异性强、稳定性高的塔河马鹿SNPs位点。【结论】 通过全基因组重测序技术和生物信息学分析得到了100个塔河马鹿特异性SNPs位点,为塔河马鹿的纯种鉴别以及核心种质的筛选工作提供了理论依据。     

日月山梅花鹿公鹿血清生理指标研究

对日月山养鹿场围栏放牧的10头梅花鹿公鹿的7项血清生理指标进行了测定,并与祁连白唇鹿、祁连马鹿、祁连梅花鹿的某些生理指标进行比较。结果表明,日月山梅花鹿血清总蛋白显著低于祁连白唇鹿、祁连马鹿及祁连梅花鹿(P<0.01);日月山梅花鹿血清无机磷显著低于祁连白唇鹿(P<0.01),其他血清生理指标无显著差异(P>0.05)。     

梅花鹿、马鹿血清IGF-1及GH浓度年周期变化规律研究

选用8只雄性成年梅花鹿,6只雄性成年东北马鹿,在我国传统饲养模式下,每月采集鹿血液样品,进行鹿血清胰岛素样生长因子(IGF-1)及生长激素(GH)浓度年周期变化规律研究。试验结果表明,①梅花鹿血清IGF-1质量浓度4月份上升较高,5月份略有下降,到6月份达到一年周期变化的最高值,7月份开始逐渐下降,7～10月份均保持在一个稳定的水平,从11月至翌年3月,梅花鹿血清IGF-1质量浓度为全年最低水平,从翌年4月开始,IGF-1水平又开始回升。梅花鹿血清GH质量浓度在夏季的4～7月份相对处于较高状态,2月份梅花鹿血清GH质量浓度为一年中的最低水平。梅花鹿血清GH质量浓度相对比IGF-1质量浓度水平高,且变化趋势具有同步性。②马鹿血清IGF-1质量浓度4月份较高,5月份略有下降,到6月份达到一年周期变化的最高值,7月份开始逐渐下降,7～10月份均保持在一个稳定的水平,11月份略有上升,从12月至翌年3月,马鹿血清IGF-1质量浓度为全年最低水平,从翌年4月开始,IGF-1水平又开始回升,5月份同上一年的变化规律,又有一个下降的水平。马鹿血清GH质量浓度全年均较为平稳,但在夏季的4～8月份相对处于较高状态。③梅花鹿与马鹿血清IGF-1及GH质量浓度变化同步,在一年的大部分时间点,梅花鹿血清IGF-1及GH水平均高于马鹿血清IGF-1和GH水平,梅花鹿IG     

马鹿特异性SNP分子标记的验证

试验旨在对基于基因分型测序（genotyping by sequencing,GBS）技术筛选出的马鹿特异性SNPs位点的准确性进行验证,为梅花鹿、马鹿及其杂交后代的鉴别提供可靠的分子遗传标记。随机选取30个马鹿特异性SNPs位点,根据SNPs位点前后各200 bp的序列,利用Primer Premier 6.0软件设计特异性引物,以随机选取的验证样本DNA作为模板进行PCR扩增,并进行Sanger测序,对测序结果利用BioEdit软件进行峰图的观察,利用Mega 6.0软件对测序得到的序列进行比对分析并观察每个特异性SNP位点在不同验证群体中的基因型,对每一个马鹿特异性位点的峰图和比对信息进行统计分析。结果表明,30个马鹿特异性位点中有28个和前期研究结果一致,其中1个SNP位点（SNP3）中G等位基因在梅花鹿中的基因频率为0.05,而G等位基因在马鹿中的基因频率为1,G等位基因在马鹿个体中的基因频率比在梅花鹿个体中高,同时,利用SPSS 22.0进行统计分析发现,该位点在马鹿和梅花鹿中基因型分布表现出显著性差异（P<0.05）;另外1个SNP位点（SNP5）中T等位基因在梅花鹿的基因频率为0.15,而在马鹿中的基因频率为1,且这个SNP位点在梅花鹿和马鹿中基因型分布差异显著（P<0.05）,所以这2个位点仍然可以作为马鹿的特异性SNPs位点。研究结果说明了GBS测序筛选出的马鹿特异性SNPs可以作为鉴定的分子标记,对梅花鹿、马鹿及其杂交后代的鉴别奠定了理论基础。     

增茸灵对马鹿增茸效果的试验研究

<正> 鹿茸为名贵中药材,近两年来价格坚挺,市场竞争激烈。为提高鹿茸产量,我们配制了增茸灵,在对梅花鹿饲喂试验获得成效的基础上,1992年在新疆又进行了马鹿饲喂试验。现将后者试验情况简介如下: 1.材料和方法 1.1 试鹿与分组试验于1992年3月15日至5月25日在新疆生产建设兵团农二师三十二团鹿场进行。供试马鹿为周岁、两岁公鹿各20头,成年公鹿26头,各年龄组随机均分为两组。 1.2 增茸灵及喂量增茸灵由江苏农科院制备。周岁公鹿每日每头用量按1.2个梅花鹿头份、两岁公鹿按1.5个梅花鹿头份、成年公鹿按2个梅花鹿头份分早晚两次混入精料中投给。试验组和对照组喂同一精料,对照组精料中不加增茸灵。 2.试验结果     

日月山梅花鹿公鹿七项血清生理指标的测定

对日月山养鹿场围栏放牧的10只梅花鹿公鹿的7项血清生理指标进行了测定,并与祁连白唇鹿、祁连马鹿、祁连梅花鹿的某些生理指标作了比较。结果显示,日月山梅花鹿公鹿血清总蛋白极显著低于祁近白唇鹿、祁连马鹿及祁连梅花鹿(P<0.01);日月山梅花鹿公鹿血清无机磷极显著低于祁连白唇鹿(P<0.01),其它血清生理指标均无显著差异(P>0.05)。     

鹿的品种分类及生产性能

鹿是珍贵的药用动物，全身是宝，尤以鹿茸、鹿角最为贵重。凡茸角有药用价值的鹿，都称为茸用鹿或茸鹿。茸用鹿种类多，分布广，野生资源丰富。现在已经驯养的茸用鹿有梅花鹿、马鹿、白唇鹿、水鹿等。我国驯养的茸鹿主要是梅花鹿和马鹿两种。在梅花鹿中，共有６个野生亚种，其中以东北梅花鹿与人工培育成功的双阳梅花鹿称著于世界。在马鹿的各亚种和类型群中，以天山马鹿和叶尔羌马鹿及东北马鹿的品质最好。１东北梅花鹿（梅花鹿或花鹿）１－１养殖地区分布：几乎遍布全国各省区，其中吉林省最多，约占２／３。１－２外貌形态特征：东北梅花…     

基于RNA-Seq技术的塔里木马鹿毛色相关差异表达基因筛选及初步分析

旨在基于RNA-Seq技术对塔里木马鹿毛色相关基因进行筛选及分析。采用Illumina Hi Seq TM2000测序平台对塔里木马鹿和天山马鹿的皮肤组织进行转录组测序,所得序列经质控、组装后比对到NR、Swiss-Prot、COG、KOG、KEGG、GO和Pfam数据库中注释,并对差异表达基因进行筛选、功能注释和富集分析。结果表明,测序获得25 038个有注释信息的Unigenes,比对分析显示,塔里木马鹿与天山马鹿有922个差异表达基因,其中上调表达基因495个,下调表达基因427个;GO功能富集分析结果显示,568个差异表达基因富集到61个GO条目上,分别参与了生物学过程、细胞组分及分子功能;KEGG代谢通路富集分析发现,在差异表达基因中富集最显著的代谢通路是ECM-受体相互作用。利用实时荧光定量PCR（qRT-PCR）方法分析与塔里木马鹿毛色相关的7个候选基因的转录水平变化来验证转录组测序结果的准确性和可靠性,这些基因的表达趋势与转录组测序结果相一致。ECM-受体相互作用、蛋白质消化与吸收、PI3K-Akt信号通路及与黑色素合成相关的酪氨酸等通路可能与塔里木马鹿的毛色有关;候选基因MITF、Ggt1、VDR、PTPRF、CⅡTA、ARPC5L、POMC等可能在塔里木马鹿毛色形成过程中发挥重要作用。本研究结果为今后塔里木马鹿毛色相关基因的分子调控机制方面及挖掘潜在的新基因提供了丰富的试验数据。     

一例梅花鹿布氏杆菌和日本乙型脑炎混合感染的诊断

2018年3月17日,贵州省某梅花鹿场的梅花鹿(Cervus nippon)出现关节肿大、下颌肿大、睾丸单侧肿胀,还伴有严重的跛行等症状。采集4份该发病梅花鹿的血样送检。检测结果表明,通过虎红平板凝集试验2份血样检测出了布氏杆菌感染,4份血样经RT-PCR均扩增出了JEV NS1部分基因的特异性条带,PCR产物测序结果分析显示,4份梅花鹿血样的JEV NS1基因(GZ-015、GZ-019、GZ-022、GZ-039)间的核苷酸同源性分别为99. 9%、99. 3%、99. 4%,与强毒株SA-14、国内外的疫苗株及四川、吉林等地的JEV分离株之间核苷酸同源性为99%以上,GZ-015、GZ-019、GZ-022、GZ-039与强毒株SA-14、弱毒株、国内外的疫苗株及四川、吉林等地的JEV分离株处于同一个较大的遗传进化分支。     

茸鹿人工选育品种品系数量性状遗传参数的统计分析

对我国人工选育的梅花鹿和马鹿 6个品种品系的 2 0多个数量性状的遗传参数 ,进行了统计分析 ,结果表明 ,变异系数除鲜茸重的较高之外 ,其他很小 ;公鹿的留种率很低 ,茸重性状的选择差很大 ;遗传力和重复力均较高 ;世代间隔较短 ;鲜茸重的遗传进展和年改进量较大 ;梅花鹿种公鹿的种用年限较短 ,并明显低于马鹿的 ;梅花鹿品种品系间和马鹿亚种间杂交F1茸重性状和繁殖成活率性状的杂种优势率非常显著 (P <0 0 1 )。此项统计分析为茸鹿的优质高效育种、提高纯繁选育速度、杂种优势利用、杂交培育新品种和育种规化及模式提供了科学依据。     

梅花鹿S100A16基因的克隆及生物信息学分析

为探索梅花鹿（Cervus nippon）S100A16基因序列及生物学特性，本研究根据GenBank数据库中牛、绵羊S100A16基因序列设计引物，以梅花鹿鹿茸顶端组织cDNA为模板，采用RT-PCR技术和分子克隆技术成功获得梅花鹿S100A16基因的cDNA序列。生物信息学分析发现，梅花鹿S100A16基因CDS区全长312 bp，编码103个氨基酸；蛋白含有11个磷酸化位点，有跨膜结构域，无信号肽，为在细胞内发挥作用的稳定蛋白；蛋白仅在C端含有S100蛋白家族经典的EF螺旋结构域，由12个氨基酸组成，N端EF螺旋结构域由15个氨基酸组成；蛋白C端含有FGF-1蛋白结合位点；梅花鹿S100A16蛋白的二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲构成；三级结构显示该蛋白有2个Ca²⁺结合位点；梅花鹿S100A16蛋白氨基酸序列与东欧马鹿同源性最高，为100%，与其他部分物种S100A16蛋白氨基酸序列构建系统进化树，分析表明S100A16基因在进化上比较保守，符合功能基因的特点。研究结果为进一步揭示梅花鹿S100A16基因的功能及表达机制提供依据。     

鹿生茸期配合饲料研究

根据鹿生茸期营养需要，设计一种适合梅花鹿和马鹿的配合饲料。该配合饲料由玉米、小麦麸、大豆粕、玉米DDGS、玉米蛋白饲料、玉米胚芽饼、常量元素添加剂、微量元素添加剂和维生素添加剂组成。对30只梅花鹿和30只马鹿进行饲养试验，结果表明：该配合饲料能显著提高梅花鹿和马鹿鹿茸产量和质量，降低饲料成本，提高个体产值、鹿茸售价、饲粮转化率和报酬率，直接经济效益提高1～2倍。     

马·花杂交F1的鲜茸产量和繁殖方法及探讨

系统报道了48年来我国几个主要单位开展家养马鹿(♀)与梅花鹿(♂)杂交,即马.花杂交试验研究工作及其马.花杂交F154只290副茸的鲜茸产量和2只创记录者各锯龄的锯茸规格茸型和鲜茸产量、本交繁殖方法,并探讨了采用马鹿人工授精和同期发情等现代繁殖技术,大规模高效开展育成杂交,尤其清.双杂交和清.西杂交,乃至培育茸肉血兼用型鹿与该项最佳杂交组合的显效性,为养鹿业种鹿场、良繁体系、良繁基地和大型企业名牌鹿的产业化高效生产经营提供了新理念和科学依据。