帕利亚姆病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用

本研究拟建立帕利亚姆病毒(Palyam virus, PALV)血清型特异性实时荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)方法用于临床样本或媒介中PALV血清型鉴定。根据我国流行PALV毒株的基因节段2序列,设计扩增引物和TaqMan探针,建立PALV血清型特异型qRT-PCR方法,对方法的特异性、灵敏性与重复性进行评估;以我国分离的28株PALV和90份核酸阳性血液样本评估检测方法的可靠性;利用建立的方法对采集库蠓样本中携带的PALV进行血清型鉴定。结果显示,建立的PALV血清型qRT-PCR检测方法具有良好的特异性与灵敏性,可检出核酸拷贝数下限在22至28 copies·μL^-1。对28株PALV的qRT-PCR检测结果与病毒测序鉴定结果一致;对PALV不同感染阶段哨兵动物血液(90份)中的qRT-PCR鉴定结果与分离病毒的血清型鉴定结果一致;建立的方法可准确鉴定库蠓中携带PALV的血清型。本研究建立的PALV血清型qRT-PCR定型方法具有良好的特异强、敏感性与重复性,可用于PALV感染动物与媒介中PALV血清型的鉴定,具有良好的应用价值。     

一株新型牛源流行性出血病病毒的分离与鉴定

为分析云南省动物流行性出血病病毒(EHDV)的流行情况,本研究将2018年采集的280份牛EDTA抗凝血液样品通过EHDV群特异性qRT-PCR和血清型特异性qRT-PCR方法进行病毒核酸检测,利用竞争性ELISA(C-ELISA)检测牛常规血液样品中的抗体水平,将EHDV核酸阳性牛血液样品先接种白纹伊蚊(C6/36)...     

鉴别非洲猪瘟病毒和猪瘟病毒野毒株二重TaqMan MGB实时荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

旨在建立特异、敏感的实时荧光定量PCR（FQ-PCR）方法,用于非洲猪瘟病毒（ASFV）和猪瘟病毒（CSFV）野毒株的快速鉴别检测。针对ASFV的P72基因和CSFV野毒株的5'UTR非编码区序列的保守区域分别设计1对特异性引物和1条探针,经优化反应条件,建立一种基于TaqMan MGB探针技术的FQ-PCR方法,验证方法的敏感性、特异性和稳定性,对50份临床样品进行检测,并与猪瘟国标方法及OIE推荐的非洲猪瘟检测方法进行比较分析。结果显示：建立的鉴别ASFV和CSFV野毒株二重FQ-PCR检测方法在10⁰~10⁶拷贝·μL^-1模板范围内有良好的线性关系;对ASFV和CSFV基因出现阳性扩增信号,但对猪瘟病毒疫苗株、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪伪狂犬病病毒、猪圆环病毒2型、猪细小病毒、猪乙型脑炎病毒、副猪嗜血杆菌等病原对照未出现扩增;批内、批间试验变异系数在1.18%~2.08%,重复性良好;对ASFV和CSFV的最低检测模板浓度均为10拷贝·μL^-1;利用建立的二重FQ-PCR方法对50份临床样品进行检测,检测结果与猪瘟国标方法及OIE推荐的非洲猪瘟检测方法结果完全一致。本研究成功建立了鉴别ASFV和CSFV野毒株二重TaqMan MGB FQ-PCR方法,为ASFV和CSFV野毒株的鉴别诊断提供了快速、敏感、特异且能满足临床检测需求的检测方法。     

非洲马瘟病毒可视化RT-LAMP现场检测方法的建立

为建立非洲马瘟病毒(AHSV)可视化RT-LAMP检测方法,本研究根据AHSV外衣壳蛋白(VP7)基因保守序列设计2对特异性引物,通过反应条件优化建立了AHSV可视化RT-LAMP检测方法。结果显示,本实验所建立RT-LAMP方法的最佳反应条件为62℃1 h;利用该方法检测进口灭活冻干疫苗中的9个血清型AHSV以及马流感病毒、马传贫病毒、马动脉炎病毒和蓝舌病病毒的RNA,结果显示所有血清型AHSV RNA检测均为阳性,其它病毒RNA检测为阴性,该方法特异性较强;该方法最低可检测到3.2×10~(-9)ng/μL的RNA,敏感性是普通RT-PCR方法的1 000倍。利用建立的RT-LAMP方法和普通RT-PCR方法对35份马血和5份驴血样品同时进行检测,结果显示二者阳性和阴性符合率均为100%。本研究在国内外首次建立了AHSV 9种血清型的可视化RT-LAMP检测方法,其具有特异性强、敏感性高、快速和高通量检测的优点,为非洲马瘟(AHS)快速的可视化现场诊断提供可行方法。     

蓝舌病毒群特异性RT—PCR检测技术及其应用

目的:建立一种适于蓝舌病毒(BTV)群特异性基因检测的RT-PCR方法。方法:根据本实验室设计的一对BTVNS1基因通用型检测引物建立BTV群特异性RT-PCR检测技术;对不同血清型BTV及鹿流行性出血热病毒(EHDV)进行检测,验证其特异性;同时,利用该方法检测血清模拟样品及抗病毒血清样品。结果:所设计的检测方法特异性好,与EHDV无交叉反应,可检测至少17个血清型BTV,并能有效检出不同病毒浓度的模拟样品及不同型的血清样品。结论:建立的RT-PCR方法可用于BTV群的特异性通用检测。     

蓝舌病病毒血清9型毒株在我国的首次分离

旨在分离流行于我国云南省的蓝舌病病毒(BTV),掌握分离BTV的遗传特征与感染特性。采用"鸡胚—C6/36细胞—BHK-21细胞"接种的方式,采集哨兵牛的BTV阳性血液进行病毒分离;采用血清中和试验以及Segment 2与Segment 6ORF区的克隆测序确定分离病毒的血清型;通过病毒噬斑形成和增殖曲线的测定,分析病毒在BHK-21细胞的增殖特性;通过qRT-PCR与血清中和试验分析BTV感染动物血液中病毒含量与中和抗体动态变化情况。结果显示:2013年8月,在云南芒市设定的哨兵牛中分离出一株BTV(毒株号V013/YN/2013),血清中和试验显示V013/YN/2013为BTV-9型病毒,Segment 2与Segment 6序列分析表明分离的病毒属BTV-9Eastern型,与日本毒株和澳大利亚BTV-9型毒株具有最近的亲缘关系。病毒噬斑与增殖曲线测定结果显示V013/YN/2013在BHK-21细胞上增殖能力明显强于BTV-9型参考毒株。自然感染V013/YN/2013的牛在连续5个月的监控期内未出现临床症状,感染动物虽产生了特异性中和抗体,但血液中始终能持续检测到病毒核酸。本研究首次报道了BTV-9Eastern型毒株V013/YN/2013在我国的分离,为进一步开展中国BTV-9型病毒的全基因组测序、诊断方法的建立、流行病学调查与致病性研究奠定了基础。     

西藏环状病毒可视化RT-LAMP检测方法的建立与应用

西藏环状病毒(Tibet orbivirus, TIBOV)为2009年在我国西藏新发现的一种环状病毒属病毒,本研究拟建立TIBOV可视化RT-LAMP检测方法。根据我国分离TIBOV(YNSZ/V290/2019)毒株Seg-9基因的保守序列设计2对特异性引物,并引入1对环引物,通过反应条件优化,建立了可视化RT-LAMP检测方法,其最佳反应条件为：64℃50 min。利用该方法对流行性出血病病毒、蓝舌病病毒、中山病病毒、广西环状病毒、阿卡斑病毒、版纳病毒、芒市病毒等虫媒病毒的核酸样品进行检测,仅TIBOV能被检测出,与其他虫媒病毒均无非特异性扩增;灵敏度试验显示该方法的最低可检测限制为18.2拷贝/μL,敏感性是常规RT-PCR的10倍以上。应用建立的RT-LAMP和RT-PCR方法分别对2 596只蠓虫和蚊虫样品核酸进行检测,结果显示,两者阳性检出率分别为3.31%和1.19%,RT-LAMP检出率是RT-PCR的2倍以上。本研究建立的TIBOV可视化RT-LAMP检测方法具有特异性强、敏感性高、快速等优点,为我国开展TIBOV的现场快速检测与流行病学研究提供了有效技术支持。     

蓝舌病病毒核酸标准样品的制备及荧光定量RT-PCR方法的研究

为制备蓝舌病病毒(BTV)NS3基因标准样品并建立BTV通用型荧光定量RT-PCR检测方法,本研究首先从BTV-1型核酸中扩增完整的NS3基因,经克隆测序后,采用体外转录方法制备其cRNA。使用RNA保存液稀释至含量约10~8拷贝/μL,分装后进行均匀度和稳定性检验,并通过联合定值确定标准样品的量值。结果表明,BTV NS3标准样品的瓶间差异5%,均匀度和稳定性良好;定值结果为(1.032±0.02)×10~8拷贝/μL。此外,使用该BTV标准样品作为模板,通过优化反应体系和条件,建立了BTV通用型荧光定量RT-PCR快速检测方法,并评价其特异性和敏感性。结果显示,该方法能够对目前流行的26个血清型的BTV核酸检测均为阳性,而与其它相关的反刍动物病毒均无交叉反应,特异性良好,且最低可检测到10拷贝/μL病毒核酸。采用建立的BTV荧光定量RT-PCR方法对送检的临床样品进行检测,并与国家标准规定的套式RT-PCR方法进行比较,结果表明两种方法一致性很高,但荧光定量RT-PCR方法操作更为简便,结果准确,更适用于大量临床样品的检测。     

猪瘟病毒RT-LAMP检测方法的建立及初步应用

为建立猪瘟病毒(CSFV)可视化逆转录环介导等温核酸扩增(RT-LAMP)快速检测方法,从GenBank下载不同基因亚型CSFV分离株全基因序列,通过引物设计, RT-LAMP反应体系优化,建立了检测CSFV的RT-LAMP方法。该方法特异性和敏感性好,对CSFV cDNA最低检测限量为1.0×10~(-7) ng/μL,不能检测到非目标病毒核酸。对临床送检的100份疑似CSFV感染样品进行检测,检出13份CSFV阳性,其中10份和RT-PCR检测结果一致,另外3份的RT-PCR检测结果呈阴性,同时对比发现RT-LAMP方法的敏感性比常规RT-PCR方法高100倍。本研究为CSFV检测提供了可供选择的方法。     

几种外来动物病毒多重普通和实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及其初步应用

为了能够同时开展对小反刍兽疫病毒(PPRV)、蓝舌病血清8型病毒(BTV8)、鹿流行性出血热血清1型病毒(EHDV1)和非洲马瘟病毒(AHSV)4种外来动物疫病病原体的核酸检测,本试验根据GenBank中相关病毒序列设计引物和探针,建立多重普通逆转录PCR(RT-PCR)和实时荧光定量RT-PCR检测方法,并在采集的临床样本检测中进行初步应用验证。结果显示：建立的PPRV/BTV8/EHDV1三重实时荧光定量RT-PCR检测方法仅对PPRV、BTV8和EHDV1有特异荧光信号,检测敏感度可达10^1.70～10^2.08copies/μL DNA;建立的PPRV/BTV8/EHDV1/AHSV四重普通RT-PCR方法可特异性同步检测PPRV、BTV8、EHDV1和AHSV,检测敏感度可达10~3 copies/μL DNA;2种方法对羊痘、羊口疮、口蹄疫、阿卡斑、牛病毒性腹泻等临床相似的病毒均无扩增。在925份临床样本中检测出1例PPRV核酸阳性样本;经核苷酸序列测定及BLAST比对确定为谱系IV型PPRV毒株序列。本试验所建立的三重实时荧光定量...     

1种布鲁氏菌微滴式数字PCR检测方法的建立

本研究旨在构建1种布鲁氏菌（Brucella）微滴式数字PCR方法（droplet digital PCR,ddPCR）。以布鲁氏菌BCSP31基因为靶基因,选取保守区域设计引物和探针,构建了布鲁氏菌微滴式数字PCR方法。然后优化了ddPCR反应中的引物、探针浓度及退火温度,并进行方法的灵敏度、特异性和重复性试验。结果表明,ddPCR的最佳引物和探针浓度分别为900 nmol·L^-1和250 nmol·L^-1,最佳的退火温度为58℃。ddPCR的线性良好,最低检测下限为1.12 copies·μL^-1,与大肠杆菌O：157菌株等其他4种细菌无交叉反应,而且批内重复性和批间重复性都较好。综上表明,本研究建立的ddPCR方法灵敏度高、特异性强,可对布鲁氏菌感染的临床样品进行定量检测。     

冰草ISSR-PCR反应体系的建立与优化

为进一步开展冰草属植物种质资源遗传多样性研究,寻找可用于冰草(Agropyron cristatum(L.)Gaertn.)的ISSR-PCR最适反应体系并建立与优化,具有重要的意义。通过优化影响ISSR-PCR体系的主要参数,最终确定在20μL体系中各反应物的最适含量为:40 ng模板DNA,0.2 mmol·L^-1dNTP,0.5μmol·L^-1ISSR引物,1 UTaq DNA聚合酶,2μL10×PCR Buffer,2.5 mmol·L^-1MgCl₂;引物815号的最适退火温度为50℃。该体系的建立为今后利用ISSR技术进行冰草属种质资源的遗传多样性分析奠定了技术基础。     

1种检测新城疫病毒的微滴式数字PCR方法

本研究旨在构建一种新城疫病毒（Newcastle disease virus，NDV）的微滴式数字PCR方法（droplet digital PCR，ddPCR）。以NDV F基因为靶基因，选取保守区域设计引物和探针，构建了NDV ddPCR。对ddPCR反应引物和探针浓度、退火温度进行了优化，并对该方法的灵敏度、特异性和重复性进行测定。试验结果表明，ddPCR的最佳引物和探针浓度分别为900和250 nmol·L^-1，最佳的退火温度为55℃。ddPCR的线性良好，最低检测下限为1.8 copies·μL^-1，与禽传染性支气管炎病毒等其他6种病毒无交叉反应，样本重复的变异系数为2.4%。结果提示，本研究建立的ddPCR方法灵敏度高、特异性强，可对新城疫病毒感染的临床样品进行定量检测。     

A Droplet Digital PCR Method for Detection of Newcastle Disease Virus

This experiment was conducted to establish a droplet digital PCR (ddPCR) method for the detection of Newcastle disease virus (NDV). A ddPCR method was developed, which the primers and probes were designed based on the conservative regions of F gene of NDV. The concentration of primer and probe, the annealing temperature in ddPCR reaction were optimized. The sensitivity, specificity and reproducibility of ddPCR method were evaluated. In results, the optimal primer concentration and the probe concentration were 900 and 250 nmol·L^-1, the optimum annealing temperature was 55℃. The detection limit of ddPCR method was 1.8 copies·μL^-1 with a good linear response, it had no cross reaction with other six viruses (include IBV), the coefficient of variation of sample repetition was 2.4%. All the results showed that NDV ddPCR was sensitive and specific, it was suitable for quantitative detection of clinical samples infected with NDV.     

苯基吡啶酮衍生物影响猪δ冠状病毒复制的作用分析

本研究旨在探讨苯基吡啶酮衍生物JIB-04对猪δ冠状病毒（porcine deltacoronavirus,PDCoV）的抗病毒作用,并初步研究可能的作用机制。首先应用CCK-8方法检测不同浓度JIB-04作用后的细胞活力,并计算半数毒性浓度（CC₅₀）和半数有效浓度（EC₅₀）。应用TCID₅₀方法检测JIB-04预处理和共处理对PDCoV复制的影响,检测JIB-04处理对PDCoV吸附或入侵细胞的影响。最后,应用qRT-PCR、TCID₅₀和Western blot方法检测JIB-04处理对不同时间点病毒复制的影响。结果表明,JIB-04在所有受试浓度下均不影响LLC-PK细胞的活力,CC₅₀>640 μmol·L^-1,EC₅₀=0.216 μmol·L^-1,SI指数>2 963。与未处理的病毒感染组相比,JIB-04处理极显著降低了PDCoV的滴度（P<0.001）,但对PDCoV吸附和入侵过程没有影响。感染6 h后,与未处理的病毒感染组相比,JIB-04处理组PDCoV滴度极显著下降（P<0.01）;感染12和24 h后,PDCoV滴度、基因组拷贝数、N蛋白表达水平均极显著下降（P<0.01）。JIB-04的细胞毒性较低,药物选择性指数较高,在体外能抵抗PDCoV感染,可以作为潜在的抗病毒药物。在PDCoV感染过程中,JIB-04能够抑制病毒核酸和蛋白质的合成,抑制病毒的复制。     

外源H2O2引发对燕麦种胚线粒体AsA-GSH循环的影响

本试验为了探究外源H₂O₂引发对燕麦（Avena sativa）种胚线粒体抗坏血酸-谷胱甘肽（Ascorbic acid-glutathione,AsA-GSH）循环的影响,设置浓度为0 mol·L^-1,0.96 mol·L^-1,1.92 mol·L^-1,3.84 mol·L^-1和7.68 mol·L^-1 H₂O₂引发燕麦种子0 h （CK）,6 h,12 h和18 h后,分析燕麦种胚线粒体AsA-GSH循环抗氧化酶活性及其脂质过氧化作用的变化规律。结果表明：外源H₂O₂引发导致了燕麦种胚线粒体H₂O₂及丙二醛含量的显著升高（P<0.05）,其H₂O₂的清除则由其线粒体AsA-GSH循环来发挥主要作用,但其抗氧化能力的变化与外源H₂O₂引发的浓度和时间密切相关,低浓度（<0.96 mol·L^-1）外源H₂O₂引发时间越短对燕麦种胚线粒体AsA-GSH循环抗氧化酶活性的促进效果就越小,而引发时间越长则其促进效果就越大;相反,高浓度（>3.84 mol·L^-1）外源H₂O₂引发时间越短则对其抗氧化酶活性的抑制作用就越弱,而引发时间越长则其抑制作用就越强。因此,利用外源H₂O₂对燕麦种子进行引发时,H₂O₂浓度应低于1.92 mol·L^-1、引发时间应少于12 h。     

实时荧光定量RT-PCR检测牛库布病毒

牛库布病毒（bovine kobuvirus，BKoV）可能是一个腹泻相关病原，目前还没有检测该病毒的实时荧光定量RT-PCR方法的报道。依据BKoV 3D核苷酸序列，采用Primer 6.0设计了一对引物，通过优化反应条件和反应体系，成功建立了检测BKoV的TB Green染料法实时荧光定量RT-PCR方法。结果显示此方法在4.86×10⁸~4.86×10² copies·μL^-1病毒浓度之间具有良好的线性关系，相关系数为0.999 5，扩增效率为92.75%；此方法只特异性检测BKoV，而与其他常见的腹泻病原没有交叉反应；组内及组间的变异系数均小于2%；最低检测下限为4.86×10² copies·μL^-1。本研究所建的实时荧光定量RT-PCR方法对奶牛和牦牛腹泻粪便样本中BKoV的检出率明显高于已报道的3篇有关RT-PCR方法。对2018年5月-2019年5月采集自青藏高原地区（青海、西藏和四川藏区）的131份牦牛腹泻粪便样本进行检测，结果显示BKoV检出率为31.30%。首次成功建立了检测BKoV的实时荧光定量RT-PCR方法，具有良好的特异性和稳定性，且灵敏度高，为BKoV的检测及流行病学调查提供了一种新的技术手段；并且首次证实BKoV在牦牛中的流行，为牦牛腹泻的防控问题提供了参考。     

P7C3-A20对创伤性脑损伤的PC12细胞凋亡和氧化的影响

旨在研究3,6-二溴-beta-氟-N-(3-甲氧基苯基)-9H-咔唑-9-丙胺(P7C3-A20)对大鼠肾上腺髓质嗜铬瘤分化细胞株(PC12细胞)创伤性脑损伤(TBI)的修复作用。将细胞分为对照组(A组)、模型组(B组)、0.03 μmol·L^-1药物治疗组(C组)、0.3 μmol·L^-1药物治疗组(D组)、3 μmol·L^-1药物治疗组(E组)和药物空白组(F组),TBI细胞模型通过使用10 μL枪头划出横竖相间4 mm的直线来制备。使用CCK8试剂盒检测细胞活力,荧光显微镜观察细胞凋亡、活性氧(ROS)情况,荧光定量PCR仪检测半胱氨酸蛋白酶-3(Caspase-3)、B细胞淋巴瘤/白血病-2基因(Bcl-2)、血红素氧合酶1(HO-1)、NAD (P) H:醌氧化还原酶1(NQO1)和谷氨酸半胱氨酸连接酶催化亚基(GCLC)的mRNA相对表达量。结果显示：TBI造模后细胞活力极显著降低(P<0.01),0.03 μmol·L^-1浓度的P7C3-A20能显著提高TBI后的细胞活力(P<0.05),0.3 μmol·L^-1浓度的P7C3-A20能极显著提高TBI后的细胞活力(P<0.01)。TBI造模后细胞早晚期凋亡细胞比例极显著增加(P<0.01),0.03 μmol·L^-1浓度的P7C3-A20能显著减少TBI后的早期凋亡细胞比例(P<0.05),极显著减少TBI后的晚期凋亡细胞比例(P<0.01),0.3和3 μmol·L^-1浓度的P7C3-A20能极显著减少TBI后的早晚期凋亡细胞比例(P<0.01)。TBI造模后活性氧细胞比例极显著增加(P<0.01),0.03和3 μmol·L^-1浓度的P7C3-A20能显著减少TBI后的活性氧细胞比例(P<0.05),0.3 μmol·L^-1浓度的P7C3-A20能极显著减少TBI后的活性氧细胞比例(P<0.01)。0.3 μmol·L^-1浓度的P7C3-A20能极显著减少TBI后Caspase-3的mRNA相对表达量(P<0.01),显著提升TBI后Bcl-2、HO-1、NQO1和GCLC的mRNA相对表达量(P<0.05)。P7C3-A20对TBI后的PC12细胞有抗凋亡、减轻氧化应激的修复作用。     

外源2,4-表油菜素内酯对NaCl胁迫下燕麦种子萌发和生理的影响

为探明外源油菜素内酯（Brassinosteroids,BRs）对盐胁迫下燕麦（Avena sativa L.）种子萌发的调控机理,本试验以‘加燕2号’和‘青引2号’燕麦为材料,在100 mmol·L^-1 NaCl胁迫下,采用不同浓度梯度（10^-5,10^-4,10^-3,0.01,0.10和1 μmol·L^-1）2,4-表油菜素内酯（2,4-Epibrassinolide,EBR）处理燕麦种子,研究外源EBR对NaCl胁迫下燕麦种子萌发和生理的影响。结果表明：100 mmol·L^-1 NaCl胁迫显著抑制了燕麦种子萌发和幼苗生长,降低了淀粉酶活性（P<0.05）,提高了蛋白水解酶活性（P<0.05）;100 mmol·L^-1 NaCl胁迫下,添加外源EBR显著提高了燕麦种子的发芽势、发芽率、发芽指数和活力指数,促进了燕麦幼苗和根系的生长,提高了根系活力和幼苗干重及燕麦种子萌发过程中的α-淀粉酶和β-淀粉酶活性,降低了蛋白水解酶活性,有效抑制了可溶性蛋白水解和游离氨基酸的积累;其中,添加0.01 μmol·L^-1和0.10 μmol·L^-1外源EBR对NaCl胁迫下燕麦种子萌发和幼苗生长的促进效果最为明显。综上,本研究得出外源EBR能够明显缓解NaCl胁迫对燕麦种子萌发的抑制作用,且具有明显的浓度效应,以0.01 μmol·L^-1和0.10 μmol·L^-1外源EBR的处理效果最好。