赤芍黄柏制剂对致病性大肠杆菌人工感染雏鸡的肠道菌群多样性的影响

为了解不同浓度赤芍黄柏制剂对致病性大肠杆菌（Escherichia coli）感染的雏鸡肠道菌群多样性的影响,本研究对240只15日龄健康雏鸡随机编号后分为空白对照组（CON）、感染组（BC）、低剂量治疗组（TL）和高剂量治疗组（TH）4个组,除对照组外,其余各组（BC、TL、TH）均使用致病性大肠杆菌进行感染,感染0.5 d后,分别用不同浓度的赤芍黄柏制剂对TL组（4 mL·L^-1灭菌水）和TH组（12 mL·L^-1灭菌水）进行饮水治疗,治疗5 d后统计各组发病率及死亡率,采用高通量测序技术检测雏鸡十二指肠肠道菌群多样性。结果显示,与感染组相比,TH组显著降低了雏鸡的发病率和死亡率（P<0.05）。菌群分析显示,赤芍黄柏制剂处理改变了雏鸡肠道菌群多样性组成,提高了乳杆菌属的丰度。CON组优势菌群以厚壁菌门、肠球菌属为主;BC组肠道优势菌群主要为厚壁菌门、变形菌门、肠球菌属、大肠杆菌属及葡萄球菌属;TL组优势菌群以厚壁菌门、乳杆菌属、肠球菌属及葡萄球菌属为主;TH组优势菌群以厚壁菌门、乳杆菌属为主。热图分析显示,乳杆菌属与发病率和死亡率呈负相关,大肠杆菌属与发病率和死亡率呈正相关（P<0.05）。综上,大肠杆菌感染及赤芍黄柏制剂治疗改变了雏鸡肠道菌群多样性及组成,而这种肠道菌群的变化可能对雏鸡腹泻发病及抗病力产生重要影响。     

核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群结构的影响

试验旨在研究核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群丰度和多样性的影响,初步揭示核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群结构的影响。选取240只1日龄本地土杂鸡,随机分为2组,1个对照组和1个试验组,每个组设4个重复,每个重复30只。试验组于28日龄开始在饮水中添加核桃青皮水提物,6周后,每个重复采集10份肉鸡肛门棉拭子,利用Illumina Miseq测序平台对微生物16S rDNA V3-V4区扩增产物进行双端测序,分析微生物群落结构多样性。高通量测序结果显示,所有样本共含有个17菌门和48个菌属;多样性指数分析结果表明,饲喂核桃青皮水提物的肉鸡肠道菌群丰富度增加。从门水平分析,厚壁菌门（Firmicutes）丰度升高了2.21%（P > 0.05）,变形杆菌门（Proteobacteria）丰度降低了2.22%（P > 0.05）;从属水平上分析,大肠杆菌属（Escherichia）丰度降低了5.35%（P < 0.05）,肠球菌属（Enterococcus）丰度升高了9.63%（P < 0.05）。本研究结果表明,饲喂核桃青皮水提物后肉鸡肠道菌群多样性显著增加（P < 0.05）,据此推测,核桃青皮水提物能有效调节肉鸡肠道菌群并有益于肠道健康。     

核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群结构的影响

试验旨在研究核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群丰度和多样性的影响,初步揭示核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群结构的影响。选取240只1日龄本地土杂鸡,随机分为2组,1个对照组和1个试验组,每个组设4个重复,每个重复30只。试验组于28日龄开始在饮水中添加核桃青皮水提物,6周后,每个重复采集10份肉鸡肛门棉拭子,利用Illumina Miseq测序平台对微生物16S rDNA V3-V4区扩增产物进行双端测序,分析微生物群落结构多样性。高通量测序结果显示,所有样本共含有个17菌门和48个菌属;多样性指数分析结果表明,饲喂核桃青皮水提物的肉鸡肠道菌群丰富度增加。从门水平分析,厚壁菌门(Firmicutes)丰度升高了2.21%(P0.05),变形杆菌门(Proteobacteria)丰度降低了2.22%(P0.05);从属水平上分析,大肠杆菌属(Escherichia)丰度降低了5.35%(P0.05),肠球菌属(Enterococcus)丰度升高了9.63%(P0.05)。本研究结果表明,饲喂核桃青皮水提物后肉鸡肠道菌群多样性显著增加(P0.05),据此推测,核桃青皮水提物能有效调节肉鸡肠道菌群并有益于肠道健康。     

应用Illumina-MiSeq高通量测序技术分析脱氧雪腐镰刀菌烯醇对小鼠肠道菌群的影响

本试验旨在研究脱氧雪腐镰刀菌烯醇(DON)对小鼠肠道微生物多样性、物种丰度的影响。选用平均体重为20 g的BALB/c小鼠40只,随机分成对照组(灌胃灭菌生理盐水)和DON组(灌胃1.8 mg/kg BW DON),每组20个重复,每个重复1只小鼠,连续灌服28 d。试验结束后,收集新鲜粪便,每组随机选取3份,用Illumina-Mi Seq高通量测序技术分析微生物群落结构和组成的变化。结果表明,1)与对照组相比,DON组测序数量减少(P0.05)。2)DON组降低了Alpha、Beta多样性,Shannon指数较对照组显著降低(P0.05)。3)在门水平,与对照组相比,DON组显著降低了拟杆菌门(Bacteroidetes)和脱铁杆菌门(Deferribacteres)的物种丰度(P0.05),显著提高了变形菌门(Proteobacteria)的物种丰度(P0.05)。在属水平,与对照组相比,DON组显著降低了副类杆菌属(Parabacteroides)、理研菌属(Rikenella)、Algoriphagus、Mucispirillum、嗜甲基菌属(Methylophilus)、Francisella的物种丰度(P0.05),显著提高了梭菌属(Clostridium)、Robinsoniella、A llobaculum、A kkermansia的物种丰度(P0.05)。4)聚类分析显示,DON组与对照组的肠道微生物相似性降低。由此可见,DON能显著影响小鼠肠道微生物菌群多样性及物种丰度,提示DON致肠道损伤与这些肠道菌群的变化密切相关。     

基于16S rDNA测序分析柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响

为探究柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响,采集对照组和球虫感染组雏鸡盲肠内容物,提取DNA,16S rDNA测序分析鸡盲肠菌群丰度、多样性的变化,采用粪菌移植验证正常鸡肠道菌群对柔嫩艾美耳球虫感染的保护作用。16S rDNA测序结果显示,柔嫩艾美耳球虫感染后盲肠内菌群丰度、多样性显著降低。在门水平上,感染前,两组雏鸡盲肠的优势菌门均为厚壁菌、变形菌、放线菌;感染后厚壁菌门丰度下降,变形菌门、放线菌门的丰度上升,差异显著(P<0.05),感染组出现了拟杆菌门。在属水平上,与对照组相比,感染组鸡盲肠微生物菌群中乳杆菌属、埃希菌-志贺菌属、拟杆菌属、罗姆布茨菌属、棒状杆菌属、肠球菌属、变形杆菌属丰度增加但差异不显著(P>0.05),毛螺菌科未定属、瘤胃球菌属、梭菌UCG-014、瘤胃球菌科未定属丰度显著下降(P<0.05),GCA-900066575丰度降低但差异不显著(P>0.05)。粪菌移植结果显示,与生理盐水移植组相比,盲肠内容物移植组和粪便菌移植组能显著减轻柔嫩艾美耳球虫感染后鸡增重降低的影响,减轻盲肠损伤,卵囊产量显著下降(P<0.05)。盲肠内容物...     

中药复方制剂对雏鸡生产性能、肠道结构及微生物菌群的影响

本试验旨在研究清热解毒、健脾理气功效为主的中药复方制剂对雏鸡生长性能、肠道黏膜形态和肠道菌群的影响。选择120只健康的1日龄五华三黄鸡,随机分为3组,每组4个重复,每个重复10只。对照组饲喂基础日粮组,抗生素组在基础日粮中添加0.4%氟哌酸,中药组按1 g/kg体重将中药复方制剂的汤剂添加到半天的饮水中,采用舍内笼养,试验期42 d。结果表明:与对照组相比,中药复方制剂组能显著提高雏鸡日增量、日采食量,同时显著降低耗料增重比;中药复方制剂组雏鸡空肠隐窝深度较对照组显著降低,绒毛高度/隐窝深度显著增大,盲肠段微生物的多样性ACE、Shannon指数均显著高于对照组,中药复方制剂使鸡盲肠内Torques_group、粪杆菌属、肠杆菌属、乳杆菌属等菌属的丰度比例发生显著性变化,显著提高了有益菌乳杆菌属的丰度比例。由此可见,饲料中添加中药复方制剂可以改善育雏期鸡的生长性能、肠道发育,维持肠道微生物群落的多样性,保护肠道微生态平衡。     

三种乳酸菌对蛋雏鸡盲肠微生物区系的影响

试验旨在研究3种乳酸菌对蛋雏鸡盲肠微生物的影响。选取1日龄体重相近的健康罗曼褐蛋公雏432只,随机分成A、B、C、D 4个组,每组6个重复,每个重复18只鸡。A组为对照组,饲喂基础饲粮;B、C、D组为试验组,饲喂基础饲粮另分别添加粪肠球菌制剂、嗜酸乳杆菌制剂和乳双歧杆菌制剂(添加量均为:1×107cfu/g),试验期为42 d。试验结束后,每个处理组随机取6只鸡(每重复1只,共24只),收集盲肠食糜样,并应用Illumina-Mi Seq高通量测序技术分析微生物群落结构和组成的变化。结果表明:不同处理组间雏鸡盲肠菌群均以厚壁菌门、拟杆菌门及变形菌门3种为主。与对照组相比,试验组Faecalibacterium菌属的相对含量升高,而梭菌属、链球菌属、埃希氏菌属/志贺氏菌属等潜在致病性菌属的相对含量不同程度降低。从α多样性上看,粪肠球菌和乳双歧杆菌制剂组盲肠微生物丰度指数下降,而嗜酸乳杆菌制剂组丰度指数上升。同时,3种乳酸菌组多样性指数均下降。从β多样性上看,添加乳酸菌可使盲肠菌群差异变大,与对照组相比,粪肠球菌和乳双歧杆菌制剂组差异性大于嗜酸乳杆菌制剂组。由此可见,乳酸菌可改变蛋雏鸡盲肠菌群结构;添加乳酸菌一定程度上可促进有益菌生长,而抑制有害菌增殖;粪肠球菌和乳双歧杆菌添加效果优于嗜酸乳杆菌制剂。     

产气荚膜梭菌噬菌体及乳酸杆菌联用改善肉鸡生长性能和调节肠道菌群功能研究

【目的】明确产气荚膜梭菌噬菌体及乳酸杆菌联用对肉鸡的生产性能、肠道形态结构及微生物多样性的影响,为禽健康养殖中产气荚膜梭菌的感染提供关键防控技术。【方法】选取240只1日龄青脚麻鸡,随机分为4组：HN02噬菌体组、乳酸杆菌组、HN02噬菌体+乳酸杆菌联用组及空白对照组,每组6个重复,每个重复10只鸡,试验期14 d,期间连续每天饮用噬菌体和/或乳酸杆菌。统计平均日采食量(ADFI)、平均日增重(ADG)及料重比(F/G),计算脏器系数。取盲肠内容物测定产气荚膜梭菌数量,并对16S rRNA基因进行扩增,分析肠道微生物群落结构和多样性。【结果】与空白对照组相比,HN02噬菌体+乳酸杆菌联用能显著提高雏鸡平均日增重及绒毛高度/隐窝深度(P<0.05),显著降低雏鸡料重比和空肠、回肠隐窝深度(P<0.05),且处理14 d的抑菌效果最佳,产气荚膜梭菌的数量减少1.17 lg CFU/mL。微生物多样性显示,HN02噬菌体+乳酸杆菌联用饮水后雏鸡盲肠内容物菌群中变形菌门、厚壁菌门、放线菌门及拟杆菌门相对丰度较高,属水平中乳杆菌属相对丰度较高,与空白对照组相比,HN02噬菌体+乳酸杆...     

壳聚糖螯合锌对大肠杆菌攻毒断奶大鼠回肠菌群结构及代谢产物的影响

本试验旨在研究日粮中添加壳聚糖螯合锌(chitosan-chelated zinc, CS-Zn)对大肠杆菌攻毒断奶大鼠回肠微生物及代谢产物的影响。试验选用24只断奶SD大鼠,随机分为对照组和试验组,对照组饲喂基础日粮,试验组饲喂基础日粮+640 mg/kg壳聚糖螯合锌(含锌50 mg/kg)。试验期为14 d,试验第10～12 d,所有大鼠每天灌胃总菌数为10~(10) CFU/只的大肠杆菌菌液,连续灌胃3 d。试验结束采集回肠食糜进行16S rRNA高通量测序分析结果显示,与对照组相比,试验组大鼠回肠微生物α多样性Shannon和Simposon指数显著降低(P0.05);厚壁菌门相对丰度显著增加(P0.05),拟杆菌门、变形菌门、放线菌门和疣微菌门的丰度显著降低(P0.05);Romboutsia属和苏黎世杆菌属(Turicibacter)丰度显著增加(P0.05),脱硫弧菌属(Desulfovibrio)和狭义梭菌属(Clostridium sensu stricto)丰度显著降低(P0.05);同时,试验组丙酸、丁酸和乳酸的浓度显著上升(P0.05)。研究表明,壳聚糖螯合锌主要通过上调有益菌的丰度,下调促炎菌脱硫弧菌属的丰度来调节肠道菌群结构,进而促进微生物代谢产物短链脂肪酸和乳酸的生成。     

类志贺邻单胞菌感染对鲟鱼肠道菌群多样性的影响

采用人工肌肉注射类志贺邻单胞菌(Pseudomonas shigella)后,以针对细菌16S rRNA基因高通量测序技术进行感染鲟鱼肠道菌群组成和多样性分析,结果显示:感染组鲟鱼肠道菌群多样性指数(Chaol、ACE、observed_species、 Shannon和Simpson)均显著低于对照组(P<0.05);感染组和对照组鲟鱼肠道优势菌群均为梭杆菌门(Fusobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteriodia)和厚壁菌门(Firmicute),但感染组鲟鱼肠道拟杆菌门细菌丰度显著小于对照组(P<0.05),而变形菌门(特别是邻单胞菌属)细菌丰度显著大于对照组(P<0.05)。结果表明,类志贺邻单胞菌感染能导致鲟鱼肠道菌群物种多样性和丰度显著变化,为鲟鱼细菌性疾病防控提供了科学依据。     

应用Illumina MiSeq高通量测序技术分析饲粮添加丁酸钠对蛋雏鸡盲肠微生物的影响

为研究饲粮中添加丁酸钠对蛋雏鸡盲肠微生物的影响,选取1日龄健康、体重相近的罗曼褐蛋公雏120只,随机分成2个处理组,每组6个重复,每个重复10只鸡。对照组饲喂基础饲粮,试验组饲喂添加0.1%丁酸钠的饲粮,试验期42 d。试验结束后,每处理组随机选取6只鸡,测定其生长性能,再从中选出体重相近且状态良好的3只作为测序样本,收集盲肠食糜样,并应用Illumina MiSeq高通量测序技术分析盲肠微生物。结果表明:(1)丁酸钠组雏鸡体重、平均日增重(ADG)、料肉比等指标均优于对照组,丁酸钠组平均日采食量(ADFI)较对照组显著降低1.52%(P 0.05);(2)两组间优势菌门均为拟杆菌门、厚壁菌门和变形菌门。丁酸钠组变形菌门含量较对照组极显著降低44.8%(P 0.01);(3)与对照组相比,丁酸钠组拟杆菌属、梭菌XⅣa类群、梭菌XⅧa类群等含量显著提高(P 0.05);丁酸钠组乳酸杆菌属含量显著提高38.6%(P 0.05),埃希氏菌属/志贺氏菌属含量极显著降低71.4%(P 0.01);(4)丁酸钠组盲肠菌群丰度,Shannon和Simpson指数显著提高(P 0.05)。综上说明,饲粮中添加丁酸钠有利于促进雏鸡生长,且能平衡肠道菌群,提高菌群丰度和多样性,使微生物种类更多,均匀性更好。     

腹泻仔猪与健康仔猪肠道微生物多样性比较

目的通过研究对比哺乳期腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群,探讨腹泻对哺乳期仔猪肠道微生物的影响。方法通过高通量16S rDNA测序技术对腹泻组仔猪（n=6）和健康组仔猪（n=3）粪便样本进行测序,比较两组仔猪肠道微生物群落的组成和结构。结果腹泻组仔猪和健康组仔猪粪便菌群差异显著（P<0.05）,腹泻组仔猪的肠道菌群多样性显著（P<0.05）低于健康组仔猪。与健康组仔猪相比,在门水平上,腹泻组仔猪的梭杆菌门和变形菌门的相对丰度显著（P<0.05）增加,而厚壁菌门的相对丰度显著（P<0.05）下降;在属水平上,腹泻组仔猪的梭杆菌属（Fusobacterium）、普雷沃菌属（Prevotella）、埃希菌属（Escherichia）、乳杆菌属（Lactobacillus）、厌氧弧菌属（Anaerovibrio）、拟普雷沃菌属（Alloprevotella）和Fusobacteriaceae_unclassified的相对丰度显著（P<0.05）增加,而大部分厚壁菌门菌属的相对丰度显著（P<0.05）降低。结论通过分析对比腹泻仔猪与健康仔猪肠道微生物多样性,为预防和治疗哺乳期仔猪腹泻提供了理论依据。     

肠道微生物的早期干预对杏花鸡早期体重的影响

为研究肠道微生物对杏花鸡早期体重的影响,试验选用20只健康的1日龄杏花鸡母鸡,随机分成2组,每组10只,正常组饮用不添加抗生素的饮用水,干扰组饮用添加青霉素、甲硝唑、新霉素和万古霉素的饮用水,饲养49 d。分别在1、7和49日龄对鸡进行体重称量。49日龄时对鸡盲肠微生物进行16S rDNA测序分析。结果显示：与正常组对比,干扰组杏花鸡的体重在49日龄显著下降（P<0.05）,肠道微生物ACE指数和Chao1指数显著降低（P<0.05）;杏花鸡肠道微生物主要优势门是变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门,主要优势属是拟杆菌属、苍白杆菌属;与正常组对比,干扰组厚壁菌门、无色菌属、短波单胞菌属、苍白杆菌属细菌相对丰度显著降低（P<0.05）,变形菌门相对丰度显著上升（P<0.05）;主要影响的差异代谢通路有烟酸和烟酰胺代谢、磷酸肌醇代谢、能量代谢、原核生物的碳固定途径等通路。结果表明,饲喂抗生素能降低杏花鸡肠道微生物的菌群丰度,生长早期对肠道菌群实施干预可影响其体重。     

发酵饲料对仔鸡肠道微生物群落多样性影响

试验旨在研究发酵饲料对仔鸡十二指肠、空肠、回肠和盲肠中微生物菌群结构和多样性的影响,分析发酵饲料对仔鸡生长和健康的作用机理。选取1日龄海兰褐蛋仔鸡360只,随机分为3个处理组,每组6个重复,三组分别饲喂基础日粮、基础日粮+抗生素、基础日粮+发酵饲料,饲养56d,采用Illumina MiSeq测序技术测定各组蛋仔鸡肠道微生物群落结构和分布。结果显示:Chao1指数和Shannon指数表明,非发酵饲料组中微生物丰度和多样性均显著高于发酵饲料组,各组十二指肠、空肠、回肠的菌群丰度和多样性均显著高于盲肠;饲喂发酵饲料能显著增加乳杆菌丰度,同时降低肠道中脱硫弧菌属、螺杆菌等致病菌的数目,也间接证明乳杆菌可以抑制脱硫弧菌增殖,预防肠道疾病;饲喂发酵饲料能增加厚壁菌门丰度,显著降低拟杆菌门/厚壁菌门的比例,促进仔鸡的生长。     

应用DGGE分析噬菌体对感染大肠杆菌雏鸡肠道菌群的影响

建立雏鸡大肠杆菌感染动物模型,应用PCR-DGGE技术对不同组别(对照组,大肠杆菌感染阳性组,噬菌体作用组)雏鸡的粪便菌群16S r DNA V6区段进行分离。结果显示,随着日龄的增长,雏鸡肠道菌群多样性逐渐增多。测序结果表明,肠球菌、大肠杆菌、葡萄球菌以及梭菌等均有出现;DGGE图谱显示大肠杆菌感染雏鸡后,雏鸡肠道菌群出现变化,图谱条带出现增加或缺失,噬菌体作用后有些条带于第1天或第3天逐步恢复正常,有些菌群不受大肠杆菌影响;聚类分析图显示噬菌体作用第二天后肠道菌群多样性开始恢复。本研究为探讨噬菌体治疗雏鸡大肠杆菌病的作用机制奠定了基础。     

中草药泰山磐石散加减方对小鼠肠道微生物菌群的影响

为了解中草药泰山磐石散加减方对小鼠肠道微生物菌群的影响，本试验选取45只SPF级昆明小鼠，分为对照A组、试验B组和试验C组。试验B组和C组小鼠分别用0.86 g/mL的中草药泰山磐石散方灌胃0.3和0.4 mL，对照A组灌胃蒸馏水0.4 mL，每天灌胃2次，间隔8 h，连续7 d。第8天采集对照组和试验组小鼠直肠部位粪便样品，从每份样品中提取微生物基因组总DNA，采用Illumina HiSeq测序技术检测样品微生物群落多样性。结果显示，中草药泰山磐石散对小鼠粪便中微生物α多样性指数（Chao1和Shannon）呈波动性变化，试验B和C组与对照A组的Chao1指数差异极显著（P<0.01）；通过检测小鼠对照组与试验组粪便中的微生物，在门水平上，有9大优势菌门，其中与对照A组相比，试验组肠道微生物Proteobacteria、Verrucomicrobia丰度显著降低（P<0.05）；而Saccharibacteria、Tenericutes丰度显著或极显著增加（P<0.05；P<0.01）；在科水平上，有19大优势菌科，其中与对照组相比，试验组肠道微生物Lactobacillaceae、Desulfovibrionaceae、Coriobacteriaceae、Porphyromonadaceae、Family_XIII和Bifidobacteriaceae丰度显著降低（P<0.05）；在属水平上，有18大优势菌属，其中与对照A组相比，试验B、C组肠道微生物Lactobacillus、Desulfovibrio和Enterorhabdus丰度显著降低（P<0.05），而试验C组的肠道微生物Alloprevotella、Bacteroides、Lachnospiraceae_UCG-006和Faecalibaculum丰度显著增加（P<0.05）。本试验中草药泰山磐石散加减方能够有选择性的促进小鼠肠道内Bacteroidetes的生长，从而抑制Proteobacteria有害菌的生长，增强糖和脂肪代谢，最终通过改善肠道微生物多样性的结构，使整个肠道微生物多样性达到一个新的平衡。     

高产期不同产蛋水平蛋鸡肠道微生物群落特征

为了研究高产期不同产蛋水平蛋鸡肠道微生物多样性特征,探究肠道微生物与蛋鸡产蛋水平之间的关联性。应用16SrRNA基因V4~V5区进行高通量测序,检测高产期3个产蛋水平(高产组/低产组/极低产组:6只/6只/3只)蛋鸡粪便样品微生物的组成与菌群分布。结果表明:厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)在3组中均为优势菌群(≥1%),但各自占比在3组中有所差异;在属水平上,高产组中乳杆菌属丰度(66.05%)是极低产组(20.93%)的3倍;PCoA检测显示不同产蛋水平蛋鸡微生物群落结构差异明显,乳酸杆菌属是不同产蛋水平蛋鸡肠道微生物菌群差异的主要菌属,推测其在肠道微生物中的占比与产蛋水平存在着关联性。     

莱芜仔猪肠道菌群组成初步分析

猪的肠道菌群组成与种类及健康状态密切相关,研究健康、品种优良的猪的肠道菌群组成对于养猪业的发展具有积极意义。本研究采用16SrRNA高通量测序方法对10日龄莱芜哺乳仔猪腹泻仔猪的粪便进行测序分析。结果显示,健康仔猪共有优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,共有优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）;腹泻仔猪共有优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）,共有优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）。此外,两组比较,Lactobacillus、Escherichia-Shigella、Prevotella＿9、Fusobacterium、Prevotellaceae属在腹泻仔猪组丰度水平高,而Acinetobacter、Jeotgalibaca、Treponema＿2、Psychrobacter属在健康仔猪组丰度水平高。本研究结果为莱芜猪肠道菌群多样性研究提供基础数据,并为后期调节肠道菌群、促进猪的健康成长提供参考依据。     

基于网络药理学联合16S rDNA高通量测序技术分析丹参对感染大肠杆菌小鼠肠道菌群的影响

本研究旨在通过网络药理学联合16S rDNA高通量测序技术分析丹参对感染大肠杆菌小鼠肠道菌群的影响。利用传统中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选丹参有效成分及靶点基因。使用基因数据库（Genecards）获得E.coli靶点基因。两者靶点基因取交集,通过STRING平台进行蛋白质相互作用分析,构建PPI网络,并运用Cytoscape 3.8.2软件构建“丹参活性成分-潜在作用靶点”网络。利用DAVID在线工具进行基因本体论（GO）功能富集分析,Metascape数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。试验选用110只雄性昆明小鼠,随机分为对照组、大肠杆菌组和低、中、高剂量丹参大肠杆菌感染组,每组22只。连续灌胃丹参液28 d后,用E.coli O₁₀₁进行腹腔注射,对照组注射无菌生理盐水,观察24 h后,收集各组粪便。应用16S rDNA高通量测序技术对各组小鼠肠道菌群进行分析。结果显示：1）网络药理学丹参有效成分36个,作用靶点669个,Genecards数据库搜索E.coli靶点8 902个,对两者取交集去除孤立点获得丹参治疗E.coli潜在靶点51个;GO、KEGG分析,获得关键靶点18个、关键通路47条,其中生物过程（BP）、分子功能（MF）和细胞成分（CC）各为174、76、45条;2）通过Illumina Miseq测序共获得950 855条有效序列,2 537个操作分类单元（OTUs）;3） Alpha多样性分析结果表明,不同剂量丹参组肠道菌群多样性与对照组具有显著差异,大肠杆菌组肠道菌群多样性显著低于对照组（P<0.05）;4）相比于大肠杆菌感染组,在门水平上,低、中、高剂量丹参大肠杆菌感染组Bacteroidetes （拟杆菌门）丰度极显著增高（P<0.01）,Firmicutes （厚壁菌门）丰度显著增高（P<0.05）,Proteobacteria （变形菌门）极显著降低（P<0.01）,在属水平上Bacteroides（拟杆菌属）丰度极显著增高（P<0.01）;5）基于LEfSe分析,对照组、大肠杆菌感染组、丹参高剂量大肠杆菌感染组共发现14种显著差异菌群;6） PICRUSt功能预测分析发现,丹参对大肠杆菌感染小鼠肠道菌群调节功能主要富集的途径是氨基酸、碳水化合物运输与代谢,翻译、核糖体结构和生物转化,细胞壁/膜/生物合成等方面。综上,基于网络药理学联合16S rDNA高通量测序技术全面揭示了丹参多成分、多靶点、多途径调节相关菌群生物丰富度,对大肠杆菌感染小鼠的肠道菌群紊乱有缓解作用,为临床应用丹参治疗大肠杆菌感染提供理论依据。     

鸭肠炎病毒感染对鸭肠道菌群多样性的影响

为揭示鸭肠炎病毒(DEV)感染对鸭肠道菌群多样性的影响,本研究采用16S rRNA基因高通量测序和Illumina Hiseq 2500高通量测序技术对DEV感染后鸭肠道菌群多样性和丰度进行分析。结果显示:与对照组比较,感染组鸭肠道菌群Alpha多样性指数均呈先升高后降低趋势,尤其是在DEV感染96 h和120 h后,鸭肠道菌群Beta多样性(Weighted Unifrac指数)距离越远,相似度越低;DEV感染后鸭肠道优势菌群主要分布于厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门和梭杆菌门,梭菌纲、丙型变形菌纲、拟杆菌纲和梭杆菌纲,梭菌目、肠杆菌目、拟杆菌目和梭杆菌目,肠杆菌科、消化链球菌科、拟杆菌科和梭杆菌科,大肠杆菌志贺菌亚属、拟杆菌属、梭菌属和Turicibacter属,尤其是产气荚膜梭菌和坏死梭杆菌呈先下降后升高趋势,这可能与DEV感染所导致的肠道病变存在一定的关联性。本研究结果为DEV致病机理及其所致疾病的防控研究奠定了基础。