6个猪种FUT1基因的多态性分析

α(1,2)岩藻糖转移酶基因1(α-1,2-Fucosyltransferase gene,FUT1)是可以调节大肠杆菌F18侵染猪小肠、并引起仔猪水肿和腹泻的一个抗性基因。采用PCR-SSCP方法,检测了FUT1基因在大白猪、长白猪、杜洛克、马身猪、山西黑猪、晋汾白猪6个猪种中的多态性。结果表明:在大白猪、长白猪和杜洛克这3个引进品种中,存在A、B、C 3种单倍型,A单倍型的平均分布频率为0.58;而在地方品种马身猪及其培育品种山西黑猪和晋汾白猪中只发现了单倍型A。经测序比对发现B单倍型第5位碱基发生了C→A的转换,第145个碱基处发生了T→C的突变;而单倍型C的第372位碱基A发生缺失。大白和杜洛克2个种群Hardy-Weinberg不平衡,FUT1基因在国外引进猪种大白、长白、杜洛克种群多态性丰富。     

不同猪种ADIPOQ基因外显子2多态性及其与山西白猪体重和体尺性状的关联分析

本研究旨在检测猪脂联素（adiponectin,ADIPOQ）基因外显子2的多态性,并分析其对山西白猪体重和体尺性状的影响。采用PCR-SSCP技术检测了长白猪、大白猪、杜洛克猪、山西白猪、山西黑猪和马身猪6个猪种392个个体ADIPOQ基因外显子2的多态性,并采用GLM程序分析了ADIPOQ基因外显子2多态性与山西白猪体重和体尺性状的关联性。结果显示,在ADIPOQ基因外显子2的89 bp处检测到G→A错义突变,引起缬氨酸（Val）向异亮氨酸（Ile）的转变。ADIPOQ基因外显子2存在3种基因型：AA、AB、BB,2个等位基因：A和B。杜洛克猪中只有BB基因型,长白猪、大白猪、山西白猪和山西黑猪中BB基因型为优势基因型,马身猪中AA基因型频率最高。在引入品种长白猪、大白猪和杜洛克猪中B等位基因为优势等位基因,基因频率分别为0.96、0.96和1.00;在地方品种马身猪中A等位基因频率（0.52）略高于B等位基因（0.48）;在培育品种山西白猪和山西黑猪中B等位基因频率分别为0.76和0.78,介于引入猪种和地方品种之间。基因型频率分布在马身猪、山西白猪和山西黑猪之间无显著差异（P>0.05）,杜洛克猪与长白猪、大白猪间差异均不显著（P>0.05）,而长白猪和大白猪间差异显著（P<0.05）,任意一个引入品种与马身猪、山西白猪和山西黑猪之间的差异均达到极显著水平（P<0.01）。ADIPOQ基因外显子2多态性对断奶重有显著影响,其中BB基因型个体28日龄断奶重显著高于AA和AB基因型（P<0.05）,AA和AB基因型间无显著差异（P>0.05）,但对其他性状无显著影响,说明该位点只在个体发育早期阶段起作用。     

不同猪种ADIPOQ基因外显子2多态性及其与山西白猪体重和体尺性状的关联分析

本研究旨在检测猪脂联素(adiponectin,ADIPOQ)基因外显子2的多态性,并分析其对山西白猪体重和体尺性状的影响。采用PCR-SSCP技术检测了长白猪、大白猪、杜洛克猪、山西白猪、山西黑猪和马身猪6个猪种392个个体ADIPOQ基因外显子2的多态性,并采用GLM程序分析了ADIPOQ基因外显子2多态性与山西白猪体重和体尺性状的关联性。结果显示,在ADIPOQ基因外显子2的89bp处检测到G→A错义突变,引起缬氨酸(Val)向异亮氨酸(Ile)的转变。ADIPOQ基因外显子2存在3种基因型:AA、AB、BB,2个等位基因:A和B。杜洛克猪中只有BB基因型,长白猪、大白猪、山西白猪和山西黑猪中BB基因型为优势基因型,马身猪中AA基因型频率最高。在引入品种长白猪、大白猪和杜洛克猪中B等位基因为优势等位基因,基因频率分别为0.96、0.96和1.00;在地方品种马身猪中A等位基因频率(0.52)略高于B等位基因(0.48);在培育品种山西白猪和山西黑猪中B等位基因频率分别为0.76和0.78,介于引入猪种和地方品种之间。基因型频率分布在马身猪、山西白猪和山西黑猪之间无显著差异(P0.05),杜洛克猪与长白猪、大白猪间差异均不显著(P0.05),而长白猪和大白猪间差异显著(P0.05),任意一个引入品种与马身猪、山西白猪和山西黑猪之间的差异均达到极显著水平(P0.01)。ADIPOQ基因外显子2多态性对断奶重有显著影响,其中BB基因型个体28日龄断奶重显著高于AA和AB基因型(P0.05),AA和AB基因型间无显著差异(P0.05),但对其他性状无显著影响,说明该位点只在个体发育早期阶段起作用。     

猪钙蛋白酶抑制蛋白基因外显子9多态性检测及其对山西白猪背膘厚的影响

本研究采用PCR-SSCP方法检测了杜洛克猪、大白猪、长白猪、山西白猪、山西黑猪和马身猪6个品种共416头个体的钙蛋白酶抑制蛋白(calpastatin,CAST)基因外显子9的多态性,在扩增片段内检测到5个SNPs,分别是第37位的T→G突变、150位的A→G突变、167、193和256位点的C→T突变,其中第193和256位点的C→T突变位于外显子9内,为错义突变,分别引起苏氨酸→异亮氨酸和苏氨酸→蛋氨酸的转变;5个SNPs位点形成A、B、C、D、E、F和G 7种单倍型,其分布与猪的经济类型相一致。在引入猪种大白猪和杜洛克猪群体中,有3种单倍型A、B和C,单倍型B频率较高,分别为0.40和0.53;长白猪群体中只有B和C 2种单倍型,单倍型C频率较高,为0.72;马身猪除含有A、B、C 3种单倍型外,还含有单倍型E,频率为0.16。统计分析结果表明,CAST基因单倍型类型对山西白猪6月龄活体背膘厚无显著影响。     

山西地区6个猪种氟烷敏感基因的检测

采用PCR-RFLP技术对大白猪、长白猪、杜洛克猪、山西白猪、山西黑猪和马身猪等6个品种（系）482头猪进行了氟烷敏感（Hal）基因检测。结果表明,在山西黑猪和马身猪中,只检测到氟烷敏感阴性纯合子（NN）;而在长白猪、大白猪、杜洛克猪和山西白猪群体中,均检测到NN、Nn两种类型的个体,Haln的基因频率分别4.1%、1.8%、1.4%和1.7%。在今后的育种工作中,应加强对氟烷敏感基因的检测,选育抗应激群体。     

5个猪种CAST基因第二内含子微卫星标记的遗传多态性分析

猪CAST基因第2内含子中存在以GT为核心序列的微卫星座位。分析了长白猪、大白猪、杜洛克猪、马身猪和山西黑猪等5个猪种227个个体在该座位的遗传变异,检测到4个等位基因,分别是A(171bp)、B(179bp)、C(185bp)和D(191bp)。在山西黑猪和杜洛克猪中,等位基因D的频率较高,分别为0.6389和0.5143;在马身猪群体中,等位基因B的频率较高,为0.6310;在大白猪和长白猪群体中,4种等位基因的频率相近,分别介于0.1389～0.3889之间和0.1417～0.3500之间。在所检测的群体中,共有10种基因型,在长白猪和大白猪群体中,纯合子所占比例较高,其遗传纯合度分别为0.6667和0.7037,而在山西黑猪和马身猪中,杂合子比例较高,其遗传杂合度分别为0.6111和0.5476。由于CAST基因是影响猪肉质品质的候选基因之一,推测该微卫星座位可能对肉质品质有一定影响。     

猪催乳素受体基因第8内含子多态性及其对产仔性能的影响

采用PCR-SSCP技术检测了大白猪、长白猪、杜洛克猪、马身猪、山西黑猪和山西白猪等6个品种364头个体催乳素受体基因(prolactin,PRLR)第8内含子的多态性,并分析了多态位点对猪头胎产仔性能的影响。结果表明,猪PRLR基因第8内含子存在多态性,共检测到A、B、C 3个等位基因和AA、AB、AC、BB、BC和CC 6种基因型。在杜洛克猪、长白猪、山西黑猪和山西白猪群体中,A等位基因的频率最高,分别为0.8276、0.5439、0.5345和0.7669;而在大白猪和马身猪群体中,B等位基因的频率最高,分别为0.6894和0.7000;仅在大白猪、山西黑猪和山西白猪中检测到C等位基因,且频率较低,在0.0379~0.1385之间。PRLR基因型对母猪头胎产仔数有显著影响(P<0.05),对产活仔数的影响未达显著水平。AC基因型母猪的头胎产仔数和产活仔数显著高于BC基因型个体,而与AA、AB和BB基因型个体差异不显著。含有A等位基因的母猪的产仔性能优于不带有A等位基因的个体,表明A等位基因是有利于母猪产仔性能提高的等位基因,可应用于标记辅助选择来提高母猪的繁殖性能。     

5个猪种DECR1基因外显子2单链构象多态性的群体遗传学分析

试验利用PCR-SSCP技术检测了山西马身猪、山西白猪、长白猪、大白猪和杜洛克猪5个品种共490头猪的DE-CR1基因外显子2的多态性。结果显示,DECR1基因外显子2位点存在多态性,表现出AA、BB和AB 3种基因型。群体遗传学分析结果表明,5个猪种都是等位基因B为优势基因;Hardy-Weinberg平衡检验结果显示,山西白猪和杜洛克猪处于平衡状态,山西马身猪、长白猪和大白猪处于非平衡状态;各品种猪的多态信息含量均为中度多态。     

确山黑猪种质资源的亲缘关系研究

基于线粒体DNA的D-loop区段的多态性,通过与主流商业猪种杜洛克猪、长白猪、大白猪,以及邻近地区的淮南黑猪、南阳黑猪、豫西黑猪、二花脸猪、莱芜猪相比较,探讨确山黑猪现存38头公猪个体的亲缘关系。结果表明,与参考序列(NC_000845.1NCBI)相比,确山公猪存在17个单核苷酸位点变异,转换数(si)与颠换数(sv)的比值(R)为10,碱基替换尚未饱和。确山黑猪共有9种单倍型,聚为7个分支,其中,Hap 1为优势单倍型,存在于21个个体中。同时,提示确山黑猪品种内存在母系血缘分离,但与临近地区猪种相比,则相对集中。河南地方猪种南阳黑猪与Hap1相同。河南地方猪种淮南黑猪及豫西黑猪和Hap4相同。确山黑猪关系整体与中国地方猪较近,与西方商业猪种关系较远。相对于莱芜黑猪,确山黑猪与二花脸关系稍近;相对于杜洛克猪和长白猪,确山黑猪与大白猪关系稍近。     

猪FSHβ基因第2外显子多态性与产仔性能的关联分析

采用PCR-SSCP技术检测马身猪、杜洛克猪、大白猪、山西黑猪和山西白猪等5个猪种421个个体FSHβ基因编码区的多态性,采用单变量动物模型分析了多态位点对母猪产仔性能的影响。结果表明:在FSHβ基因第2外显子第48位上检测到C→T的转换突变为同义突变。在杜洛克群体中,C等位基因的频率为1;在马身猪群体中,T等位基因的频率为1;在山西白猪和山西黑猪中,等位基因C的频率相对较高,分别为0.65和0.89。不同基因型母猪总产仔数和产活仔数的差异不显著(P>0.05),可初步判断该突变位点对猪的产仔性能无显著影响。     

猪骨形态发生蛋白-6基因多态性及其与产仔性能的关联性分析

试验旨在研究猪骨形态发生蛋白-6（bone morphogenetic protein 6, BMP-6）基因多态性及其与产仔性能的关联。采用PCR-SSCP技术检测了野猪、民猪、长白猪、北京黑猪、法系大白猪5个猪种268个个体BMP-6基因的多态性,并分析了BMP-6基因多态性与法系大白猪产仔性能的关联性。结果表明,猪BMP-6基因CDS区1104位存在1个G→A的同义突变,产生AA、AB、BB 3种基因型,其中在野猪和民猪中,A等位基因频率高;在长白猪、北京黑猪和法系大白猪中,B等位基因频率高。不同基因型对法系大白猪产仔数和产活仔数的影响差异显著（P<0.05）,初步认为BMP-6基因多态性与产仔性能显著关联。     

猪骨形态发生蛋白-6基因多态性及其与产仔性能的关联性分析

试验旨在研究猪骨形态发生蛋白-6（bone morphogenetic protein 6, BMP-6）基因多态性及其与产仔性能的关联。采用PCR-SSCP技术检测了野猪、民猪、长白猪、北京黑猪、法系大白猪5个猪种268个个体BMP-6基因的多态性,并分析了BMP-6基因多态性与法系大白猪产仔性能的关联性。结果表明,猪BMP-6基因CDS区1104位存在1个G→A的同义突变,产生AA、AB、BB 3种基因型,其中在野猪和民猪中,A等位基因频率高;在长白猪、北京黑猪和法系大白猪中,B等位基因频率高。不同基因型对法系大白猪产仔数和产活仔数的影响差异显著（P<0.05）,初步认为BMP-6基因多态性与产仔性能显著关联。     

猪2,4-双烯-辅酶A还原酶（DECR1）基因的多态性研究

选取山西马身猪、山西白猪、长白猪、大白猪和杜洛克猪5个品种共454头,采用PCR-SSCP技术,检测了DECR1基因第5外显子位点的遗传多态性.结果显示,DECR1基因第5外显子位点存在多态性,表现出CC、CD、DD三种不同基因型.群体遗传学分析结果表明,除山西马身猪外,其余品种都是等位基因D为优势基因;Hardy-Weinberg平衡检验显示,长白猪、大白猪、山西白猪处于平衡状态,山西马身猪、杜洛克处于非平衡状态;各品种猪的多态信息含量均表现为中度多态,PIC值均在0.3629～0.3748之间.     

马身猪和8个参照种群mtDNA D-loop序列多态性研究

为了研究山西马身猪遗传变异和分化,选择马身猪及其他8个参照种群共计327头猪样本的线粒体DNA D-loop区域,采用PCR-SSCP和克隆测序技术相结合的方法,并先后使用DNAStar软件包、MEGA软件和DNASp 4.10.7软件对所得数据进行了比对和分析。结果显示:共检测到14种单倍型,50个核苷酸多态位点,其中单一变异位点24个,简约信息位点26个。在所分析的序列中,T、C、A和G 4种碱基的平均比例分别为25.7%、26.0%、35.5%和12.8%。结果表明:山西马身猪群体mt DNA D-loop序列多态性较为贫乏;通过邻接法构建其系统进化树,其系统发育和遗传距离分析显示,马身猪、辽宁野猪和长白猪归为亚洲型,皮特兰猪与PIC猪归为欧洲型;而辽宁杂种野猪、晋阳白猪、大白猪和杜洛克猪有欧亚2种血统。     

浙江6个地方猪种的mtDNA控制区多态性分析

本研究对淳安花猪等6个浙江地方猪种的116条mtDNA序列进行了多态性分析,参照猪群为长白猪和皖南花猪。结果显示,浙江地方猪种581 bp mtDNA控制区序列中共存在14个变异位点,群体的核苷酸多样度Pi值为0.00403±0.00036;单倍型多样度Hd值为0.835±0.018。地方猪的单倍型从Hap_5至Hap_19共15种,而长白猪为Hap_1至Hap_4。淳安花猪和皖南花猪的单倍型频率均以Hap_8为主(0.680和0.833);嘉兴黑猪以Hap_5(0.625)为主;嵊县花猪和碧湖猪均以Hap_6为主(0.500和0.375);岔路黑猪以Hap_5、Hap_8居多(0.429和0.429);金华猪有11种单倍型,频率最高的是Hap_5(0.241)。NJ系统发生树中,浙江地方猪种大致可分为5支(编号A~E),其中,淳安花猪主要出现在E支,个体数占淳安花猪样本数的68.0%(17/25);C支全为金华猪,个体数占金华猪样本数的29.3%(17/58);D支金华猪个体数占金华猪样本数的24.1%(14/58)。本研究结果表明,浙江地方猪种的mtDNA多态性较为丰富,且与长白猪在基因序列上存在明显差别。地方猪种的单倍型组成和频率与其地理分布及品种的形成特点有密切关系。     

猪H-FABP基因遗传多态性及与肌内脂肪含量的相关分析

采用PCR-RFLP的方法分析了松辽黑猪、军牧1号白猪、PIC猪、长白猪、大白猪、杜洛克猪和松野杂交猪共计127头猪H-FABP基因的遗传多态性。结果表明：（1）在5′-上游区的HinfⅠ多态位点上,所有试验猪种中均发现了多态性,在第二内含子的HaeⅢ多态位点上,所有被测猪种也都存在变异,在第二内含子的MspI多态位点上,松辽黑猪、长白猪和松野杂交猪仅表现为AA型,其他猪种均表现出多态性;（2）7个猪群的基因频率和基因型频率都达到了Hardy-Weinberg平衡状态（P〉0.05）;（3）松辽黑猪遗传变异对肌内脂肪含量的影响：HH基因型极显著高于Hh基因型（P〈0.01）,而Hh基因型又极显著高于hh基因型（P〈0.01）,最小二乘均值为：2.760〉2.598〉2.335,dd和Dd基因型分别极显著高于DD基因型（P〈0.01）,最小二乘均值为：2.763〉2.732〉2.347,结果提示：可通过提高“HH-dd”基因型的频率来增加松辽黑猪肌内脂肪含量,从而改善松辽黑猪的肉质。     

不同杂交组合猪肥育性能的研究

对大白猪×山西白猪、大白猪×马身猪、大白猪×大白猪、马身猪×马身猪和山西白猪×山西白猪等5个组合猪肥育性能研究。选择体重相近、健康的猪作为试验猪,平均体重30 kg,每个组合10头,公母各半,单圈饲养,通过饲养试验和屠宰试验测定不同组合猪的日增重、饲料转化率和胴体指标。结果表明:①大白猪×山西白猪组、大白猪×马身猪组平均日增重,达90 kg体重日龄和饲料转化率分别为769.7 g/d和731.4 g/d;162.1 d和170.3 d;3.08∶1和3.40∶1;②大白猪组×山西白猪组,大白猪组×马身猪组平均屠宰率、瘦肉率、背膘厚、眼肌面积分别为72.85%和70.68%;64.65%和57.90%;2.70 cm和3.64 cm;38.43 cm2和35.60 cm2;29.53%和28.08%。     

焦磷酸测序鉴别猪线粒体细胞色素b基因单倍型

为了鉴别猪线粒体细胞色素 b(cytochrom e B,cyt b)基因单倍型 ,选择 9个不同品种共 4 15头猪作为试验材料 ,采用实时 DNA测序新方法焦磷酸测序 ,分析了 cyt b单核苷酸多态性 (single nucleotide polymorphism s,SNPs)。分析结果显示 3种不同单倍型 E、A1和 A2。除 1头临高猪属于单倍型 A2外 ,其他 6个中国地方品种猪均属于单倍型A1;瑞典长白猪和大白猪存在单倍型 E和 A1,而皮特兰猪存在单倍型 E和 A2。此外 ,基于焦磷酸测序 ,在通城猪中发现了 1个新的 SNP位点。     

猪PRLR基因多态性及其与产仔性能的关联分析

旨在检测猪PRLR基因第10外显子的多态性及其对产仔性能的影响。采用PCR-RFLP技术检测大白猪、马身猪、山西黑猪和山西白猪4个品种（系）221个个体PRLR基因第10外显子的多态性,并采用单变量动物模型分析多态位点对母猪产仔性能的影响。结果表明,PRLR基因第10外显子存在NaeⅠ多态位点。在4个猪种中均检测到A、B 2个等位基因和AA、AB 2种基因型,等位基因A为优势等位基因,频率在0.86~0.93之间。该位点对母猪产仔性能有显著影响,AA型母猪的头胎产仔数和产活仔数分别比AB型高1.797和1.293头,达显著水平（P〈0.05）。因此,将该位点作为遗传标记应用于种猪选择中,可能会有利于猪繁殖性能的提高。     

猪TLR4基因2个突变位点的PCR-SSCP分析

为了研究Toll样受体4(TLR4)的多态性与动物对相关病原的免疫力的相关性,试验选择北京黑猪、长白猪、野猪、杜洛克猪、大白猪、民猪6个中外猪种,利用PCR-SSCP和克隆测序方法对TLR4基因第3外显子1 824位点的G/A和3’UTR 208位点的T/C多态进行群体遗传学分析。结果表明:1 824位点北京黑猪与野猪、民猪、杜洛克猪、长白猪和大白猪的基因型分布存在显著差异(P<0.05);3’UTR 208位点基因型分布在猪种间存在极显著差异(P<0.01)。