绿蝇基因组DNA提取方法比较研究

通过3种基因组DNA提取方法的试验比较,寻找一种提取效果最好的绿蝇基因组DNA提取方法.经DNA浓度检测与电泳结果分析表明,Collines法的提取效果最好,可应用于绿蝇的基因组DNA提取.     

山蚂蝗属植物DNA提取方法研究

山蚂蝗属植物(Desmodium Desv.)部分种如绒毛山蚂蝗(D.velutinum (Willd) DC.var.velutinum),在基因组DNA提取过程中易降解,影响了基因组DNA的纯度.本文分析了引起绒毛山蚂蝗基因组DNA降解的可能原因,并采用改良的SDS法解决了部分山蚂蝗属植物的DNA降解问题,提高了DNA的质量.对采用该方法提取的基因组DNA进行AFLP分析,得到条带清晰、多样性丰富的图谱.结果表明改良的SDS法适宜绒毛山蚂蝗基因组DNA的提取.     

斑马鱼基因组DNA提取方法在蜜蜂上的尝试

基因组DNA的提取是分子生物学研究中不可缺少的一项内容.随着蜜蜂分子生物学的发展,快速高效地提取适合于实验操作的蜜蜂基因组DNA成为各项研究的基础.介绍了一种简便快速提取蜜蜂基因组DNA的方法,可满足基本的分子生物学实验要求.     

早食李基因组DNA的提取方法改进与试验

以改进的CTAB法对三华李品种群中的早食李叶片基因组DNA的提取进行了试验。结果表明,改进的CTAB法适于高质量三华李品种群基因组DNA的提取。提取的早食李基因组DNA完整性较好,无降解,OD260/OD280的比值在1.9-2.0之间,多糖类杂质去除较为干净。经SRAP检验,条带清晰,多态性良好,说明改良CTAB法提取的基因组DNA质量较好,适于三华李高质量基因组DNA的提取。不同时期的不同成熟度的叶片都可以提取到基因组DNA,但以各期的嫩叶（梢）产量最高,效率最好。     

番鸭全血基因组DNA的提取与克隆

以柠檬酸葡萄糖溶液(ACD)抗凝的番鸭全血为材料,采用酚/氯仿抽提法和试剂盒法提取基因组DNA,并对基因组DNA进行PCR扩增、克隆并测序。结果表明,提取的基因组DNA纯度高,用琼脂糖凝胶电泳检测基因组DNA,主带清晰、无拖尾现象,无污染;通过PCR扩增有特异性条带出现,测序结果显示番鸭基因组DNA片段大小为868bp,与预期结果大小一致。     

捕食性真菌Duddingtonia flagrans基因组DNA的提取及基因组survey分析

采用透析膜培养法结合DNA柱式提取法进行基因组DNA提取,同时利用第2代高通量测序技术,分析了捕食性真菌Duddingtonia flagrans基因组概况。结果显示:透析膜培养结合DNA柱式提取法所提取的基因组DNA质量及浓度均能达到测序标准;捕食性真菌Duddingtonia flagrans基因组约为37.6 Mb,GC含量为44.95%,基因组杂合度较低。结果表明:透析膜培养法结合柱式法提取其基因组DNA的方法简便可行,为丝状真菌DNA提取,提供了新的思路;基因组survey分析为捕食性真菌Duddingtonia flagrans全基因组精细图谱的绘制奠定了基础。     

一种东北虎全血DNA抽提的方法

以8只东北虎全血为材料，用CTAB自配细胞裂解液和细胞沉淀液，采用改进的方法提取基因组DNA。结果表明，提取的基因组DNA纯度高，用琼脂糖凝胶电泳检测基因组DNA，主带清晰、无拖尾现象。     

对猪肝脏基因组DNA提取与纯化的研究

对血液中提取基因组DNA的方法加以改进,获得了一种提取猪肾组织中DNA的有效方法.试验表明,利用SDS裂解,氯仿、异戊醇抽提母猪肝脏中基因组DNA,得到的DNA纯度较高,可用来进一步进行RAPD分析和PCR扩增,用于各种分子生物学实验.     

三种山羊全血基因组DNA提取方法的比较

采用碘化钾法、酚／氯仿和试剂盒提取法直接从山羊全血中提取基因组DNA,并以碘化钾提取基因组DNA为模板,进行山羊生长激素（GH）基因片段的扩增,扩增效果良好。结果表明：碘化钾法提取基因组DNA快速、简便、经济,提取的DNA可满足后续相关研究对DNA质量的要求,值得借鉴。     

蒙古马肠道细菌总DNA提取方法的比较

本试验采集蒙古马新鲜粪便样品,采用酚－氯仿抽提法和2种细菌基因组DNA提取试剂盒法进行样品中细菌基因组DNA的提取。通过DNA浓度和纯度的测定,并将其作为模板扩增细菌16S rDNA V3区特异性片段对提取效果进行比较,从而找出更适合蒙古马粪便中细菌基因组DNA的提取方法。结果显示,3种提取方法得到的基因组DNA均能用于PCR扩增的模板,其中B试剂盒法提取的DNA数量较多,且纯度高,更适合用于提取蒙古马肠道微生物细菌基因组DNA及后续的蒙古马肠道微生物多样性等分子生物学试验。     

细菌人工染色体文库基因组DNA制备技术

试验旨在对基因组DNA的制备进行研究,为细菌人工染色体(bacterial artificial chromosome,BAC)文库的构建奠定基础。以豁眼鹅全血为试验材料,提取高质量的基因组DNA,分别采用HindⅢ、EcoRⅠ和BamHⅠ3种限制性内切酶对所提基因组DNA进行部分酶切,并利用控制酶切时间、设置不同的HindⅢ酶切浓度梯度对基因组DNA进行部分酶切。结果表明,HindⅢ为最佳限制性内切酶,并得到了最佳酶切用量(40U/μL)。该方法所制备的基因组DNA质量较好,可用于BAC文库的构建。     

鹅血液基因组DNA的简单快速提取方法研究

本研究针对家禽血液红细胞有细胞核的特点,研究适合鹅血液基因组DNA的廉价、简便、快速的DNA提取方法,并为其它禽(鸟)类相关操作提供参考。通过裂解细胞,利用简便快速的操作方法将蛋白质和核酸分离,去除杂质,沉淀核酸,获得大量基因组DNA,并通过基因扩增检测其质量和效果。该方法提取的基因组DNA电泳检测条带明量,无拖尾,含量及纯度均较高,能够用于分子生物学实验研究。与传统的酚-氯仿DNA抽提方法相比,本实验建立的血液基因组DNA提取方法具有成本低、操作步骤简便和快速的特点,特别是对大量样品的提取更为实用。     

不同地域来源的家蚕微孢子虫DNA特异片段序列及同源性分析

利用碱裂解方法抽提到山东株系的家蚕微孢子虫 (Nosemabombycis,N .b)的基因组DNA ,通过PCR技术扩增得到了N .b的一段特异的DNA片段 ,经测序发现 ,该片段大小为 317bp。将其与日本株N .b和广东株N .b的序列比较得知 ,山东株N .b和广东株N .b ,山东株N .b和日本株N .b ,以及广东株N .b和日本株N .b之间的序列同源性分别为 94 .0 0 %、96 .2 1%、92 .11%。进一步聚类分析发现 ,山东株N .b和日本株N .b之间的亲缘关系更接近     

狼山鸡下丘脑和卵巢组织全基因组DNA甲基化分析

为了获得狼山鸡性腺轴组织基因组DNA甲基化水平和模式等表观遗传信息,试验采用全基因组重亚硫酸盐测序（whole genome bisulfite sequencing,WGBS）技术检测狼山鸡下丘脑和卵巢组织基因组DNA甲基化状态,分析两组织DNA甲基化水平及特异甲基化模式。结果表明,狼山鸡下丘脑和卵巢基因组整体甲基化水平分别为4.35%和3.48%,差异显著（P<0.05）;下丘脑和卵巢中分别检测到6 150 000和10 320 000个甲基化胞嘧啶（mC）位点,其中mCG类型位点分别占69.99%和87.88%,下丘脑中非mCG位点占比约为卵巢中的2.5倍;与各染色体不同,两组织线粒体基因组中mCHH位点占比最高,其次是mCHG位点;卵巢基因组启动子区DNA甲基化水平极显著低于内含子和外显子区（P<0.01）,极显著高于基因间区（P<0.01）;下丘脑基因组启动子区DNA甲基化水平与内含子和外显子区相比差异不显著（P>0.05）,却显著高于基因间区（P<0.05）;下丘脑基因组各功能元件DNA甲基化水平均显著或极显著高于卵巢基因组（P<0.05;P<0.01）。综上,狼山鸡下丘脑和卵巢组织具有不同的DNA甲基化模式和特征,下丘脑中较高的非mCG位点比例可能在中枢神经系统发育中发挥重要作用,本研究结果为进一步分析鸡卵巢和下丘脑基因组DNA甲基化对其繁殖性能调控机制提供参考依据。     

Extraction of viral DNA from erythrocytes of swine with acute African swine fever

The preparation of wild-type African swine fever (ASF) virus DNA from small amounts of viremic blood from acutely febrile pigs is outlined. The extracted DNA is viral and not host-cell DNA, because of specific homology with cell culture grown and purified ASF virus and because no DNA bands are obtained with an equal amount of nonviremic pig blood. Thus, in the absence of suitable serologic methods for strain identification, it is now possible to catalogue wild-type isolates by characteristic DNA restriction patterns. The wild-type virus genome contains terminal single-stranded DNA cross-links and has the largest genome size (180 kilobase pairs) reported for the ASF virus. Experimental passage of the virus in contact-infected pigs and buffy coat cultures appears to confirm the stable nature of the ASF genome in the field.     

1型鸭肝炎病毒基因组全长cDNA克隆的构建

参考1型鸭肝炎病毒基因组序列,设计7条引物,用RT—PCR方法扩增出覆盖整个病毒基因组三个忠实性片段,并按顺序组装进载体pBR322中,获得全长cDNA克隆。测序结果表明,该克隆与母本毒序列同源性达99．6％,并且5’端的T7启动子和3’端的Mlu I线性化位点均成功引入。     

Sequence relationships of United States prototype and wild-type bluetongue virus RNA genomes investigated by northern blot hybridization analysis

The 10 double-stranded RNA (dsRNA) genome segments of various isolates of bluetongue virus (BTV) were separated on a polyacrylamide gel, denatured in NaOH, and blotted onto 2-aminophenylthioether paper. Blotted dsRNA segments were detected, using radioactive probes, a cloned copy of DNA 70% fragment of genome segment 7 of BTV-17, whole genome BTV-17 copy DNA, or whole genome BTV-17 dsRNA. These probes detected sequence diversities in different isolates of BTV and these diversities are discussed in relation to the serotype and the electrophoretic migration patterns of the isolates.     

猪圆环病毒2型遗传标记毒株的构建及生物学特性鉴定

以临床分离的猪圆环病毒2型（PCV2）为材料，利用PCR法扩增病毒基因组，将2个基因组顺式连接插入到质粒载体中构建感染性分子克隆。通过引物设计替换碱基，在病毒基因组内插入Sal Ⅰ限制性内切酶位点作为遗传标记，经重组质粒转染细胞获得带有遗传标记的新毒株。采用免疫过氧化物酶单层细胞试验、免疫电镜、核酸序列分析表明，在病毒感染细胞中检出病毒特异抗原，其抗原性、病毒形态学及基因序列与亲本毒株一致。鉴于新病毒基因组内插入一个SalⅠ酶切住点，用PCR与限制性片段长度多态性分析法可与野生型病毒相鉴别。新毒株经细胞连续传60代，体外培养增殖性能稳定，毒价可达10^6.6CID50/mL。取病毒培养物经静脉和滴鼻途径接种35日龄抗体阴性仔猪4头，接种后表现出体温升高、进行性消瘦、被毛粗糙及体表淋巴结肿胀症状，迫杀后多种脏器中均能检测到病毒抗原与核酸。研究表明，利用感染性分子克隆手段构建带有遗传标记的PCV2新毒株，为进一步开展该病毒的致病性、疫苗免疫、分子诊断等研究奠定了基础。     

温岭高峰牛线粒体DNA全基因组遗传多样性分析

[目的]通过测定温岭高峰牛线粒体DNA全基因组序列以分析温岭高峰牛的母系起源及遗传多样性。[方法]采用DNA提取、测序及生物信息学方法。[结果]通过对19头温岭高峰牛线粒体DNA全基因组序列分析,共发现263个变异位点,定义9种单倍型,单倍型多样度(Hd±SD)为0.778±0.096,核苷酸多样度(Pi±SD)为0.0017±0.0014,表明温岭高峰牛的遗传多样性较低。构建的NJ系统发育树和单倍型进化网络图表明温岭高峰牛有普通牛和瘤牛2种母系起源。[结论]温岭高峰牛线粒体DNA基因组的遗传多样性较低,有瘤牛和普通牛两个母系起源,但主要受瘤牛的影响。     

Vertical transmission of Ovipleistophora ovariae (microspora) within the eggs of the golden shiner

Fertilized eggs collected from broodfish infected by Ovipleistophora ovariae were tested by quantitative polymerase chain reaction (PCR) and found to be positive for the O. ovariae genome at 7.77 X 10(2) to 3.26 x 10(7) copies per microgram of host DNA. Fry hatched from these eggs contained from 1.37 X 10(2) to 9.89 X 10(6) copies of the O. ovariae genome per microgram of host DNA. Surface treatments of fertilized eggs with 150 mg formalin/L (used by farms as a fungicide) or a 1.5% solution of sodium sulfite (which removes the adhesive egg matrix) did not reduce vertical transmission to fry. Treatment of eggs with a 10% solution of bleach or a proprietary commercial DNA denaturant did not reduce the number of egg-associated copies of the O. ovariae genome. Histology of ovaries of infected fish demonstrated spores within the oocytes. However, no spores were observed by histology in positive fry hatched from infected eggs. The PCR and histological demonstration of the presence of O. ovariae spores in oocytes and fry, and the failure of strong DNA denaturants to reduce egg-associated copies, give evidence that O. ovariae is vertically transmitted within eggs.