民猪产仔数性状四个候选基因效应分析

为了更全面地探讨民猪高繁殖力的遗传基础,以期为民猪的分子标记保种提供依据,选择ESR、FSHβ、PRLR和EGF等四个基因作为民猪产仔数的候选基因,采用PCR-SSCP法进行了各基因多态性检测,利用系谱、标记信息与表型值记录,建立线性混合模型,对各基因位点对民猪产仔数的影响进行了BLUP分析。结果表明:①四个基因位点在民猪保种群体中均存在多态性,但与Hardy-Weinberg平衡状态下的基因型频率相比较发现,只有ESR基因的基因型分布差异不显著(P>0.05),说明四个基因的基因型频率在民猪保种群中大多处于不稳定状态。②在忽略基因位点间互作的条件下,各基因位点均与民猪产仔数无显著相关(P>0.05),即各基因位点的效应均不显著。     

基于转录组测序筛选影响从江香猪产仔数的候选基因

【目的】筛选出影响从江香猪产仔性状的基因调控网络,揭示其繁殖分子机理,为后期开展从江香猪繁殖性能研究及良种选育提供理论依据。【方法】以高产仔家系（平均产仔数≥12头,遗传稳定）和低产仔家系（平均产仔数8～10头,遗传稳定）从江香猪为研究对象,选择初情期不同产仔家系从江香猪卵巢组织各3个,使用Illumina HiSeqTM 2000测序仪进行转录组测序（RNA-Seq）,并对筛选获得的差异表达基因进行GO功能富集分析及KEGG信号通路富集分析,以寻找与从江香猪产仔数相关的基因调控网络。【结果】从高产仔家系和低产仔家系从江香猪卵巢组织中测序获得的纯净序列（Clean reads）均超过5000万条,且有96.00%以上的Clean reads能比对上猪参考基因组。以|log₂FC|≥1.0且P<0.01为标准,筛选获得高产仔家系和低产仔家系从江香猪卵巢组织差异表达基因212个,其中上调表达基因138个、下调表达基因74个。采用实时荧光定量PCR对随机选择的10个差异表达基因进行定量分析,发现OSAP、MSMB、FGFBP1、RLN、HAS1和PLBD1基因在高产仔家系从江香猪卵巢中的相对表达量显著高于低产仔家系从江香猪（P<0.05,下同）,而EDG7、PTX3、BSP1和MRO基因在低产仔家系从江香猪卵巢中的相对表达量显著高于高产仔家系从江香猪,与RNA-Seq测序结果一致。212个差异表达基因共富集在48个GO功能条目上,包含分子功能（Molecular function）、生物学过程（Biological process）和细胞组分（Cellular component）;经KEGG信号通路分析发现共有70个差异表达基因注释到特定的代谢信号通路上,其中显著性富集的KEGG信号通路有类固醇生物合成通路（Steroid biosynthesis）、钙信号通路（Calcium signaling pathway）、卵巢类固醇生成通路（Ovarian steroidogenesis）、心肌细胞肾上腺信号通路（Adrenergic signaling in cardiomyocytes）和肥厚型心肌病通路（Hypertrophic cardiomyopathy,HCM）。在卵巢类固醇生成通路上发现SCARB1、STAR、COX2、CYP11A、CYP17A、17βHSD和CYP19A等7个基因与从江香猪的繁殖性能存在密切联系。【结论】从江香猪卵巢类固醇生成通路上的STAR、CYP11A、CYP17A、17βHSD和CYP19A基因与其发情排卵密切相关,于发情期上调表达能促进卵泡发育成熟及类固醇激素合成,通过增加排卵数量而促使从江香猪表现高产,故可作为从江香猪繁殖性状的候选基因。     

卵泡刺激素对原癌基因c-myc在鸡卵泡上表达的影响

[目的]本试验旨在研究c-myc基因在鸡卵泡上的表达及卵泡刺激素(FSH)对其的诱导作用,为明确c-myc在鸡卵泡发育过程中的相关机制提供理论基础。[方法]体外分离鸡小白卵泡(SWF)、大白卵泡(LWF)、小黄卵泡(SYF)、F4和F1卵泡颗粒层和膜层,检测c-myc mRNA和蛋白的表达;应用50 ng·mL^-1FSH处理小黄卵泡36 h,测量卵泡颗粒层的厚度和密度,检测颗粒层和膜层c-myc、标记基因和周期相关基因的表达;体外分离、培养小黄卵泡颗粒细胞,预培养16 h,用siRNA干扰c-myc 24 h后,加入50 ng·mL^-1 FSH处理24 h,检测c-myc mRNA的表达。[结果]c-myc mRNA在等级前卵泡的颗粒层和膜层的表达水平都显著高于排卵前卵泡,卵泡的颗粒层和膜层上都有c-Myc蛋白表达。与对照组相比,FSH处理后,小黄卵泡颗粒层厚度增加约25.5%(P<0.05),密度增加约27.8%(P<0.01)。在小黄卵泡颗粒层上,FSH降低了c-myc和类固醇激素合成急性调节蛋白(star)mRNA的表达水平...     

猪雌激素受体基因与产仔数和乳头数的关系研究

用PCR－RFLPs法检测90头姜曲海、梅山、二花脸母猪雌激素受体基因（ESR）的多态性，分析了该基因与产仔数和乳头数的关系。结果表明，ESR基因型间总产仔数（TNB）和产活仔数（NBA）差异极显（P＜0．01）。BB基因型母猪头胎产仔数和产活仔数分别比AA基因型多3．03和3．01头；经产胎次比AA基因型多1．80和1．82头。ESR基因型间乳头数差异不显（P＞0．05）。     

牛卵泡颗粒细胞CART与候选受体的分子对接及其功能

通过同源建模预测牛卵泡颗粒细胞(GCs)可卡因–苯丙胺转录肽(CART)与候选受体ZMPSTE24的三维结构,运用分子对接技术分析二者的结合模式,探究其分子互作关系;选取3头健康成年母牛,分离GCs,转染TEDDM1、CMKLR1、AGTR2、ZMPSTE24沉默序列,提取总RNA,并采用q RT–PCR检测TEDDM1、AGTR2、CMKLR1、ZMPSTE24等4个候选受体沉默后m RNA的相对表达量;采用CCK–8法测定各试验组和对照组GCs增殖情况;采用ELISA法检测各组培养液中雌激素(E2)的质量浓度,研究此4个候选受体在牛卵泡GCs中的功能。结果表明：ZMPSTE24与CART存在1个结合位点、9个盐桥、17个氢键;4个候选受体试验组的m RNA相对表达量均极显著(P<0.01)低于si NC组和空白组的,表明TEDDM1、CMKLR1、AGTR2、ZMPSTE24在GCs中沉默效果良好;TEDDM1、CMKLR1、AGTR2、ZMPSTE24沉默后,各试验组的细胞增殖率和培养液中E2质量浓度均极显著(P<0.01)低于阳性对照组(不加CART)的。可见,4个...     

猪催乳素受体(PRLR)基因AluⅠ多态性与产仔数关系的研究

研究采用PCR-RFLP方法检测了猪PRLR基因exon10多态性,结果显示,除马身猪中只有A基因存在外,其他品种中,均有A和B两个等位基因存在。利用最小二乘分析研究了该多态位点对猪初产和经产的总产仔数和活产仔数的影响,结果表明不同基因型母猪的总产仔数和活产仔数的差异均未达到显著水平,但呈现出AA>AB>BB的趋势。对于头胎总产仔数、经产总产仔数和活产仔数,A基因的加性效应分别为0 29头/胎、0 38头/胎和0 39头/胎,显性效应分别为0 21头/胎、0 19头/胎和0 19头/胎,对于头胎活产仔数来说,A基因的加性效应和显性效应分别为-0 4头/胎和0 2头/胎。     

陆川猪3个产仔数相关基因的多态性及其效应分析

利用PCR-RFLP和PCR-SSCP技术对82头陆川猪个体的雌激素受体基因(ESR)、促卵泡激素β亚基基因(FSHB)和催乳素受体基因(PRLR)3个与产仔数相关基因的遗传多态性进行了检测.结果表明,ESR基因的BB基因型占绝对优势,不过由于AA型、AB型的样本量很少,因此难以计算出各基因型的产仔数差异;FSHβ基因只检测到了AA型;PRLR基因的AA型频率最高,AA型比BB型头胎和头4胎平均总产仔数分别多产1.42头和1.02头(P<0.05),AA型比BB型头4胎平均活产仔数多产1.43头(P<0.05).     

二花脸和大约克猪产仔数主要组分性状的基因效应研究

利用二花、大约克及其Ｆ１、Ｆ２和回交世代的最小二乘均数，采用多元回归分析程序，猪的产仔数主要组分性状的基因效应进行了研究。组分性状包括卵巢体积、总卵泡数、未成熟卵泡数、排卵数、卵泡成熟率和妊娠胚胎数。结果表明，加性效应是民代间遗传变异的主导因素。在卵巢体积、总卵泡数和未成熟卵泡数方面，大约克对二花脸加性效应值依次为５．３４８０ｃｍ＾２，５．３４０２枚和８．０５３９枚；在排卵数、卵泡成熟率和妊娠胎数     

ESR基因在猪产仔数选育中的应用研究

采用PCR－RFLPs方法对114头长白猪，101头大白猪，32头杜洛克猪的ESR基因型进行多态性检测，并对不同品种进行遗传分析，为培育高产品系的猪群奠定基础。     

用联合尺度检验法研究猪产仔数加性—显性遗传模型以及基因效应

对二花脸猪、大白猪、杂交１代和回交１代４个群体共计３３８窝产仔数的资料进行了加性－显性遗传模型以及基因效应的研究。联合尺度检验法的结果表明：猪总产仔数和活产仔数的群体平均值分别为１２．７８％和１２．２１,二花脸猪总产仔数和活产仔数基因加性值比大白猪分别高２．７８头和２．５３头,二花脸猪高的总产仔数和活产仔数基因对大白猪等位基因均为显性,显性度分别为０．９２和０．９５。适合性检验结果表明窝产仔数（总产仔数和活产仔数）符合加性－显性遗传模式。     

不同胎次、不同配种季节对不同品种猪产仔数的影响

对５６０窝长白猪和１６３窝杜洛克猪的产仔数分别以配种季节和胎次为二因子以及胎次、月份为单因子作统计分析,结果表明在长白猪群中胎次对其产仔数影响显,配各季节以及配种季节与胎次互作对其产仔数影响不显,月分计其产仔数的影响也不显,在杜洛克猪群中,除配种季节与胎次互作对其产仔数影响显外,其它因素对其产仔数的 长白猪中获得的结果一致。     

中国美利奴成母羊促甲状腺激素受体基因的克隆与组织表达

[目的]探讨绵羊TSHR基因序列及组织表达特征,为进一步研究TSHR在绵羊季节性繁殖中作用的分子机理奠定基础.[方法]利用RT-PCR技术克隆绵羊TSHR基因,并对序列进行生物信息学分析;采用半定量RT-PCR技术检测TSHR在绵羊不同组织的表达情况.[结果]以中国美利奴羊卵巢组织cDNA为模板,获得了3 276 bp的TSHR cDNA序列,包括全部编码区序列(Coding Sequence,CDS)长2 295 bp,编码764个氨基酸.TSHR蛋白结构经预测发现存在多个磷酸化位点和蛋白激酶C磷酸化位点.半定量RT-PCR结果显示,绵羊TSHR基因在所检测组织中均有表达,其中在下丘脑、松果体和垂体中呈高丰度表达,在甲状腺、子宫等组织呈中等丰度表达.[结论]从绵羊卵巢组织中克隆到TSHR基因并进行了序列分析;TSHR基因在绵羊各组织中广谱表达,但在下丘脑、松果体、垂体、甲状腺中表达水平较高,提示TSHR在绵羊季节性繁殖等重要生理活动的神经内分泌调节过程中发挥重要作用.     

基于全基因组重测序挖掘大白- 长白二元母猪产仔数性状候选基因

【目的】产仔数是种用母猪的重要经济指标,挖掘调控母猪产仔数性状相关的候选基因,探索调控二元母猪为代表的商品猪繁殖力遗传机制,为进一步应用分子选育奠定基础。【方法】采用全基因组重测序对极端高产与极端低产的两组大长二元母猪进行比较分析,并利用选择消除分析方法取F_st和θ_π信号交集为高选择区域,进行基因注释和候选基因筛选。【结果】在两组样本中共发现8 040 367个SNP,50.6%的SNP位于基因间区域,45.2%的SNP位于内含子区域,在外显子区域、非编码区3’端、5’端的SNP分别仅占1.0%、1.1%、0.6%,其中位于基因组外显子区域的SNP中,有28 879个为非同义变异,占比35.0%。提取位于外显子区域、内含子区域、非编码区3’端和5’端的SNP位点进行基因注释,共筛选到两组样本间的差异基因有1 136个。对差异基因进行KEGG与GO富集分析,筛选得到可能影响生殖性能和产仔数性状相关的候选基因共10个,包括EPHA4、SMAD7、GLI2、LRP1B、WT1、BAX、BCAT2、IL1B、FAF1,基因功能主要涉及胚胎发育、细胞凋...     

猪HB-EGF基因多态性与产仔数的关联性分析

 【目的】研究猪HB-EGF基因的多态性及其与产仔数的关系,寻找与猪产仔数相关的分子遗传标记,以加快猪育种进程。【方法】利用PCR-SSCP技术研究HB-EGF基因外显子多态性,利用最小二乘均数法对其与产仔数的关系进行分析,同时对两个多态位点的方差组分进行了分析。【结果】在两对引物（E5和E7）中各检测到一个多态位点,均出现3种基因型（AA、BB、AB）。E5位点：对于大白猪,在3～8胎中,BB型个体的TNB和NBA均显著高于AA型个体（P＜0.05）,在所有胎次中,BB型个体的TNB显著高于AA型个体（P＜0.05）,NBA极显著高于AA型个体（P＜0.01）,TNB和NBA的遗传主要受基因加性效应的影响;对于长白猪,在4个阶段中3种基因型个体的TNB和NBA之间差异不显著（P＞0.05）。E7位点：对于大白猪,在3～8胎和所有胎次中,AA型个体的TNB均显著高于BB型个体(P＜0.05),TNB的遗传主要受基因加性效应的影响;对于长白猪,在3～8胎和所有胎次中,AB型个体的NBA均显著高于BB型个体。【结论】对于大白猪,E5位点BB基因型可作为在TNB和NBA性状上的标记基因型,E7位点BB基因型可以作为TNB性状的标记基因型。     

东北荷包猪FUT1基因多态性及其与产仔性能的关联分析

[目的]分析荷包猪Fun基因多态性及其与产仔性能的关系,为荷包猪资源保存、品种选育和开发利用提供参考依据。[方法]提取猪耳组织DNA,采用PCR-RFLP技术分析荷包猪FE们的基因多态性,并分析其基因型与产仔数的相关关系。[结果]用胁丽I限制性内切酶对扩增片段进行酶切,检测到GG、AG和AA3种基因型。抗性纯合子AA型个体1～5各胎次产仔数均值均高于AG和GG型个体,且第3胎和第4胎的产仔数均值显著高于AG型和GG型个体。[结论]荷包猪Fun基因具有多态性,其基因频率与国外杜洛克基本一致,与国外长白、大白和两者杂交猪差别较大。AA基因型对产仔性能而言是有益基因型。     

Erythropoietin Receptor Gene （EPOR） Polymorphisms are Associated with Sow Litter Sizes

The erythropoietin receptor (EPOR) has shown to play an important role in fetal survival by promoting the maturation of red blood cells in many studies of uterine capacity and litter size in swine. In this study, we screened the porcine EPOR gene for mutations and identified five single nucleotide polymorphisms (SNPs): g.705G＞T in intron 1, g.2 373C＞T in intron 4, and g.2 882C＞T, g.3 035A＞G, and g.3 132A＞T in intron 6. We then genotyped 247 Beijing Black (BB) sows and compared the polymorphism data with the litter sizes of 1 375 parities among the sows. At first parity, there was no association of g.2 882C＞T and g.3 132A＞T with litter sizes. However, the CT sows in g.2 882C＞T had 2.13 higher total number born (TNB) (P＜0.01) and 1.81 higher number bom alive (NBA) (P＜0.01) than the CC sows and the heterozygous sows in g.3 132A＞Thad the highest litter size when compared to the two homozygotes for the later parities (P＜0.05). In the g.3 035A＞G SNP,for the later parities, the TNB of the sows with the GG genotype was 3.81 higher (P＜0.01) and the NBA was 2.75 higher(P＜0.01) than that with the AA genotype but no difference at first parity. The G allele of the EPOR g.705G＞T SNP wasassociated with a greater litter size at both the first parity (P＜0.05) and later parities (P＜0.01). Furthermore, we determined the allele frequencies for this SNP among five Chinese indigenous pig breeds (Erhualian, Laiwu Black, Meishan, Min, and Rongchang) and three western commercial pig breeds (Duroc, Landrace, and Large White). The G allele of the EPOR g.705G＞T SNP was significantly more common in the more prolific Chinese breeds. These results indicated that the EPOR could be an important candidate gene for litter size and g.705G＞T can serve as a useful genetic marker for improving litter size in both first and later parities in swine.     

二花脸猪FSHR座位PCR-SSCP标记与产活仔数的关系

采用PCR－SSCP（PCR－单链构型多态性）作为遗传标记，对二花脸猪促卵泡素受体（FSHR）基因座位与产活仔数性状的关系进行了研究，结果表明，PCR－SSCP分型共产生2种等位基因，3种基因型，对不同标记基因型的二花脸猪群头胎产活仔数、头三胎产活仔数之和，及最高产活仔数进行单因子方差分析，发现该标记座位与最高产活仔数显相关，其贡献率达10.9%。基因效应分析表明，等位基因B的加性效应值为0.37头，等位基因A的加性效应值为－0.60头。     

母猪产仔数的选择方法

根据母猪产仔数、公猪母亲产仔数、家系指数（Ｉ６）和简化复合育种值（＾Ａ复）对小耳猪闭锁选育群进行提高产仔数选择方法的比较。结果表明：根据母猪产仔数、公猪母亲产仔数选留的女儿，其产仔数受亲代和祖代产仔数的影响，亲代、祖代产仔９头以下时后代产仔有随亲代和祖代产仔数提高而提高的趋势。新代和祖代产仔数超过９头，则后代产仔数呈下降趋势，依据Ｉ６选择，３个年度分别提高了０７１、０６３和０５０头，而＾Ａ复选择分别提高了０７０、０５５和０４０头。