检测伪狂犬病毒gB基因荧光定量PCR方法的建立

利用DNAMAN软件对GenBank登录的伪狂犬病病毒（PRV）各毒株gB基因序列进行比对分析,选择其保守区域设计合成特异性的引物和TaqMan探针,同时利用普通PCR技术扩增获得全长的伪狂犬病毒gB基因,并克隆到pMD20-T载体上作为阳性标准品。通过对荧光定量PCR反应条件的优化,建立了一种快速检测伪狂犬病病毒的荧光定量PCR技术。该检测技术具有较高的灵敏性、特异性和可靠性。对制备的pMD-gB阳性标准品的检测结果表明,所建立的伪狂犬病毒TaqMan荧光定量PCR最低检测极限可达1.50×102拷贝/反应;同时相比于普通PCR方法其灵敏度高100～1 000倍以上,并且重复性好。在对60份临床样品的检测中,荧光定量PCR不仅检出了普通PCR检测为阳性的样品,且检出了2份普通PCR未检出的样品,进一步证实了该方法快速、灵敏性好,可用于PRV感染的早期快速定量检测和肉类食品进出口检疫。     

猪细小病毒7型Taqman实时荧光PCR检测方法的建立与应用

猪细小病毒7型(Porcine parvovirus 7,PPV-7)是近年新发现的一种细小病毒亚型。为建立PPV-7快速准确的检测方法,以PPV-7病毒全基因组为模板,设计合成1对引物和1条Taqman探针,建立了PPV-7Taqman实时荧光定量PCR检测方法。本方法的标准曲线分析显示,其常数为0.999 2,敏感性可以达到46个病毒拷贝/μL,批内和批间重复性试验的变异系数均小于2%。用猪圆环病毒2型、3型,猪细小病毒1型,猪伪狂犬病病毒等病原进行特异性试验,证实本方法不能从这些病毒中检测出特异性条带,表明本研究建立的PPV-7实时荧光PCR方法具有特异性强、敏感性高、重复性好的特点。用临床样品对该方法进行了应用性评价,从96份样品中检出52份PPV-7阳性样品,证实了本方法在生产实际应用的可行性。     

非洲猪瘟病毒实时荧光LAMP检测方法的建立与应用

为建立一种快速简便、灵敏度高、准确性好的非洲猪瘟病毒恒温快速检测方法,根据ASFV P72基因保守区域设计特异性引物,优化引物浓度、反应温度、反应时间,建立了一种基于SYTO9荧光染料的非洲猪瘟病毒实时荧光LAMP快速检测方法。结果表明,该方法在63℃条件下扩增40 min,该方法灵敏度高,最低可检测限为10 copies/μL;特异性良好,与猪伪狂犬病毒、猪瘟病毒、美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒、欧洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪流行性腹泻病毒无交叉反应;重复性好,变异系数低于5%。对70份临床样本检测,4份血液样品和9份脾脏样品检测阳性,与荧光定量PCR检测结果符合率为100%。该方法灵敏度高、特异性强、重复性好、符合率高,适用于非洲猪瘟现场快速诊断。     

猪细环病毒PCR-DHPLC检测技术的建立及应用

为了应用PCR结合变性高效液相色谱(DHPLC)技术检测猪细环病毒1型和2型,根据猪细环病毒的序列特点设计特异性引物,PCR扩增产物经DHPLC技术进行快速检测。选择猪细小病毒、猪圆环病毒Ⅱ型和猪伪狂犬病毒进行特异性试验,无交叉反应。该检测方法具有较好的特异性和重复性;用质粒标准品进行TTSuV1和TTSuV2的PCR-DHPLC检测,灵敏度可达1.0×101拷贝·μL-1。对80份血清样本分别应用实时荧光PCR法、PCR-凝胶电泳法及本文所建立的PCR-DHPLC法与进行检测,发现TTSuV1有63份PCR-DHPLC阳性,63份实时荧光PCR阳性,54份PCR-凝胶电泳阳性;TTSuV2有69份PCR-DHPLC阳性,69份实时荧光PCR阳性,56份PCR-凝胶电泳阳性。本试验建立的PCR-DHPLC法具有特异、敏感、快速、重复性好等优点,可用于TTSuV感染的分子流行病学调查。     

伪狂犬病病毒野毒荧光定量PCR检测方法的建立

根据伪狂犬病病毒gE基因的序列,设计和合成了一对特异的可用于检测伪狂犬病病毒野毒的PCR引物和一条Taqman荧光探针,采用Li ght Cycl e 480荧光定量PCR仪,建立了一种可实时定量检测伪狂犬病病毒野毒的荧光定量PCR技术。该方法的线性范围为1.0×102～1.0×1010拷贝,灵敏度可达4拷贝。检测速度快,仪器的运行时间仅为1 h。对13株猪伪狂犬病病毒野毒进行了检测,结果均为阳性;与伪狂犬病gE基因缺失疫苗、猪细小病毒和鸭瘟病毒无非特异性反应。与病毒分离培养比较,该方法具有快速、灵敏、特异、定量、重复性好等优点,可望用于临床上伪狂犬病病毒野毒与疫苗毒的区分,伪狂犬病病毒野毒的检测和病毒分布的研究等。     

区别伪狂犬病病毒野毒株和gE-疫苗株的gE-MGB-TaqMan PCR方法的建立

本实验通过设计针对伪狂犬病病毒gE基因的引物和MGB(Minor groove binder oligodeoxynucleotide conjugate,MGB-ODN)TaqMan探针,结合ABI PE7700荧光定量PCR仪器系统,建立了一种能区别伪狂犬病病毒野毒株和gE-疫苗株的快速检测方法gE-MGB-TaqMan PCR。实验表明,该方法可检测出最低43拷贝的gE基因和10~4倍稀释的伪狂犬病病毒Fa株DNA,与微量血清中和结合MTT比色法相比,灵敏度和特异性一致,检测时间仅为后者的1/10,操作比后者更为简单。特异性和重复性试验表明:gE-MGB-TaqMan PCR特异性和重复性好。该方法以闭管的模式操作,减少了各步骤污染的可能性,整个检测少于3 h。     

霍乱弧菌实时荧光定量PCR快速检测方法的建立

为建立霍乱弧菌(VC)的快速检测方法,以VC的hlyA基因为靶基因设计合成引物及Taq Man探针建立实时荧光定量PCR快速检测法,同时对该方法进行了特异性、灵敏性、稳定性和重复性试验,并对145份临床样品进行了检测。结果表明:特异性试验中15株试验菌株荧光定量PCR检测只有VC菌株为阳性,表明该检测方法特异性强;灵敏性试验表明该方法的灵敏度为25 cfu/m L;稳定性和重复性试验表明同一样品重复检测4次,Ct值的变异系数均小于2%;对145份临床样品进行检测,共计检出2份VC阳性样品,与行标法(SN/T 2425—2010)检测结果一致。说明该检测方法灵敏度高、特异性强、重复性好,具有良好的实用性。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

为建立猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的一种特异、灵敏、量化且耗时短的检测方法,通过设计1对PRRSV ORF7基因的引物,建立Eva Green染料的实时荧光定量PCR(real-time PCR)的检测方法,对该方法的特异性、灵敏性和重复性进行检验,并检测PRRSV疑似感染的临床病料。结果显示,所建立的real-time PCR检测方法标准曲线的线性相关系数R2=0.999,具有良好的线性关系;与传染性胃肠炎病毒(PEDV)、猪瘟病毒(CSFV)、伪狂犬病病毒(PRV)、猪圆环病毒2型(PCV2)无交叉反应,特异性强;与常规RT-PCR检测方法相比,灵敏度提高100倍;重复试验表明变异系数系数在1%以下,重复性良好。对27份临床样品进行检测,结果比常规PCR多检出3份阳性。说明建立的real-time PCR检测方法在特异性、灵敏度、重复性方面均相比良好,可用于临床PRRSV的检测。     

伪狂犬病病毒野毒株与gE基因缺失疫苗株TaqMan实时荧光定量PCR鉴别方法的建立

为实现对伪狂犬病病毒（pseudorabies virus,PRV）野毒株与gE基因缺失疫苗株的快速、敏感、特异的鉴别诊断,本试验针对PRV gD和gE基因设计了2套特异性引物和TaqMan探针,建立了PRV野毒株与gE基因缺失疫苗株的TaqMan实时荧光定量PCR鉴别方法,对引物和探针浓度、退火温度等进行了优化,对方法进行敏感性、特异性、重复性试验,并进行临床样品检测。结果显示,建立的针对gD、gE基因的TaqMan实时荧光定量PCR方法线性相关系数（R²）分别为0.996和0.980,均呈良好的线性关系;检测限分别为39.4和12.1拷贝/μL;与圆环病毒2型、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒均无交叉反应;重复性试验结果显示,针对gD基因的批内和批间变异系数分别为1.43%~1.86%、1.10%~2.07%,针对gE基因的批内和批间变异系数分别为0.98%~1.41%、1.12%~1.86%。应用建立的TaqMan实时荧光定量PCR与普通PCR分别对11份临床疑似感染样品进行检测,阳性率分别为36.4%和27.3%。结果表明,该方法敏感性高、特异性强、重复性好,可作为伪狂犬病病毒野毒株与gE基因缺失疫苗株的早期鉴别诊断和定量检测的有效手段。     

伪狂犬病病毒野毒株与gE基因缺失疫苗株TaqMan实时荧光定量PCR鉴别方法的建立

为实现对伪狂犬病病毒(pseudorabies virus,PRV)野毒株与gE基因缺失疫苗株的快速、敏感、特异的鉴别诊断,本试验针对PRVgD和gE基因设计了2套特异性引物和TaqMan探针,建立了PRV野毒株与gE基因缺失疫苗株的TaqMan实时荧光定量PCR鉴别方法,对引物和探针浓度、退火温度等进行了优化,对方法进行敏感性、特异性、重复性试验,并进行临床样品检测。结果显示,建立的针对gD、gE基因的TaqMan实时荧光定量PCR方法线性相关系数(R2)分别为0.996和0.980,均呈良好的线性关系;检测限分别为39.4和12.1拷贝/μL;与圆环病毒2型、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒均无交叉反应;重复性试验结果显示,针对gD基因的批内和批间变异系数分别为1.43%~1.86%、1.10%~2.07%,针对gE基因的批内和批间变异系数分别为0.98%~1.41%、1.12%~1.86%。应用建立的TaqMan实时荧光定量PCR与普通PCR分别对11份临床疑似感染样品进行检测,阳性率分别为36.4%和27.3%。结果表明,该方法敏感性高、特异性强、重复性好,可作为伪狂犬病病毒野毒株与gE基因缺失疫苗株的早期鉴别诊断和定量检测的有效手段。     

饲料及动物性食品中山羊源性和绵羊源性成分双重荧光PCR检测方法的建立

目的建立一种能同时检测饲料及动物性食品中的山羊和绵羊源性成分的双重荧光PCR方法,应用于动物源性饲料及动物性食品的快速检验.方法分别根据山羊、绵羊线粒体种间保守序列,设计合成针对山羊和绵羊的特异性引物及TaqMan探针,通过荧光PCR反应体系和反应条件的优化筛选,建立可同时检测饲料及动物性食品中的山羊和绵羊源性成分的双重荧光PCR方法.结果本研究所建立的双重荧光PCR检测方法可同时快速检测饲料及动物性食品中的山羊和绵羊源性成分,应用本方法检测山羊肉和绵羊肉模板的检出限均为10-5,与相应的单重荧光PCR方法的检出限一致,比国标法(GB/T20190-2006)的灵敏性高100倍.结论本研究建立的双重荧光PCR检测方法特异性好、敏感性强,适用于饲料、肉制品、乳制品等动物源性食品的快速检测     

Inhibitor-free DNA for real-time PCR analysis of synovial fluid from horses, cattle and pigs

The potential of five different commercial DNA isolation methods to remove real-time PCR inhibitors from the synovial fluid of horses, cattle and pigs was investigated. All kits with the exception of one included a silica column-based purification of the DNA. With the fifth kit, DNA purification is achieved by removing contaminating macromolecules by a desalting process. We used a recently developed method based on comparison of the real-time PCR signal of an artificial target incorporated into each PCR reaction in the presence of the isolated DNA from the sample, and in control samples containing water instead of isolated DNA. This was followed by statistical analysis of the data. Inhibition and subsequent reduction of the endpoint fluorescence in the real-time PCR reaction was encountered in many cases. Less frequently, the target copy number in the samples was underestimated. However, we found no experimental evidence of a negative influence of the reduced endpoint fluorescence signal on the detection limit of the real-time PCR assay. All kits tested were useful for analyzing pelleted synovial fluid from horses, cattle and pigs. When analyzing non-pelleted synovial fluid, three kits - two based on silica columns and one employing a desalting process - yielded inhibitor-free DNA for real-time PCR analysis.     

羊口疮实验室检测方法研究进展

羊口疮是由羊口疮病毒(Orf Virus,ORFV)引起的嗜上皮性人畜共患传染病。该病在国内外均有流行,对养羊业造成了巨大的经济损失。快速高效的检测方法对羊口疮的防治至关重要,目前常用的羊口疮实验室检测方法包括病毒分离鉴定、病毒中和试验（VNT）、酶联免疫吸附实验（ELISA）、免疫荧光试验（IFA）、琼脂扩散试验（ATD）、蛋白质印迹法（WB）、侧流免疫层析测定法（LFIA）、聚合酶链式反应（PCR）、实时荧光定量PCR(qPCR)等。本文概述了ORFV实验室检测方法的研究进展,为快速、准确的诊断ORFV提供依据。     

基于E184L基因的非洲猪瘟病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立

非洲猪瘟(ASF)是由非洲猪瘟病毒(ASFV)感染引起的一种高度接触性传染病。由于ASFV的感染机制极为复杂,基因型多,至今尚无有效疫苗用于防控,防止该病暴发主要依赖于早期快速诊断和控制。为建立一种高效快速、特异的ASFV检测方法,根据ASFV的E184L基因序列,设计了TaqMan荧光定量PCR引物及探针,建立了检测ASFV的TaqMan荧光定量PCR方法。结果表明,该方法设计的引物具有高度特异性,以构建的重组质粒为标准品建立的TaqMan荧光定量PCR方法的标准曲线具有良好的线性关系,线性相关系数为0.992,对ASFV核酸最低检测限为1.51拷贝,且与伪狂犬病病毒、猪细小病毒、猪圆环病毒2型等不存在交叉反应。建立的基于ASFV E184L基因实时荧光定量PCR检测方法能够快速、准确、特异地对ASFV核酸进行定量分析,丰富了ASFV的检测方法。     

荧光定量聚合酶链式反应检测乳及乳制品中结核分枝杆菌方法的建立与评价

建立一种快速检测乳及乳制品中结核分枝杆菌的荧光定量聚合酶链式反应法.根据结核分枝杆菌保守序列设计特异引物,建立结核分枝杆菌的实时荧光定量聚合酶链式反应技术(polymerase chain reaction,PCR)检测法.对该方法的灵敏度、特异度和重复性进行考察.结果表明:建立的实时荧光定量PCR方法标准曲线线性关系良好,得到标准曲线方程为y=-3.29x+38.60 (R2=0.998 0);敏感性高,可达1×102 copies/μL;抗干扰能力强,仅结核分枝杆菌出现特异性扩增曲线;重复性良好,分别用不同质量浓度的标准质粒进行组内和组间平行实验,批内和批间的变异系数均小于1％.因此,实时荧光定量PCR法能准确快速检测乳及乳制品中结核分枝杆菌.     

Development of real-time diagnostic assays specific for Mycoplasma mycoides subspecies mycoides Small Colony

Rapid and specific detection of Mycoplasma mycoides subsp. mycoides Small Colony (M. mycoides SC) is important for the effective control of contagious bovine pleuropneumonia. Although the United States has been free of this disease for over 100 years, it is necessary to develop modern diagnostic assays that are sensitive and specific for biological agents that would affect the US agricultural industry following accidental or intentional introduction into the US agricultural population. With this aim in mind, we have identified M. mycoides SC-specific genetic loci and developed TaqMan-based PCR assays for the detection of M. mycoides SC. The TaqMan assay allows for real-time detection of specific, amplified PCR products using portable equipment, enabling testing to be performed in the field. These assays are specific for M. mycoides SC, failing to amplify DNA from other organisms belonging to the M. mycoides cluster or two phylogenetically unrelated bovine mycoplasma species. Standard curves were drawn based on the linear relationships measured between the threshold fluorescence (C(T)) values and a measured quantity of genomic DNA. M. mycoides SC was successfully detected in bronchoalveolar lavage samples obtained from experimentally infected cattle. These TaqMan-based real-time PCR assays will allow for the rapid and specific detection of M. mycoides SC.     

实时荧光定量PCR技术原理与应用

实时荧光定量PCR(real-ti me fluorescent quantitative polymerase chain reaction,FQ-PCR)是在定性PCR技术基础上发展起来的核酸定量技术,它具有特异性强、PCR污染少、自动化程度高等特点。作者就实时荧光定量PCR技术的主要原理及目前在分子生物学领域,病原体和肿瘤等方面的检测和诊断应用进行了概述。     

猪圆环病毒2型灭活疫苗中病毒抗原含量实时荧光定量PCR检测方法的建立

依据GenBank公布的猪圆环病毒2型Cap基因序列,在保守区域设计特异性引物和TaqMan探针,优化反应体系,建立评价猪圆环病毒2型灭活疫苗中病毒含量的实时荧光定量PCR检测方法,对方法的特异性、敏感性和重复性进行试验,并验证灭活剂用量和灭活时间对检测结果的影响。结果显示：该方法只对猪圆环病毒2型基因有特异性扩增,其他3种对照病毒基因的扩增结果均为阴性;检测灵敏度达到10^2.0 TCID₅₀/mL,比普通PCR方法高100倍;方法的重复性好,对同一样品进行10次检测,变异系数为2.28%;不同灭活剂用量和灭活时间对结果的影响较小,不会因各厂家使用的灭活剂用量和灭活时间不同,影响疫苗对比实验的公平性。该研究成功建立了一种评价猪圆环病毒2型灭活疫苗中病毒含量的实时荧光定量PCR检测方法,用于猪圆环病毒2型灭活疫苗样品中病毒抗原含量的定量,其结果可以反映不同猪圆环病毒2型灭活疫苗样品中抗原含量差异,为研究猪圆环病毒2型灭活疫苗病毒抗原含量评估方法提供了新的思路。     

TaqMan MGB探针实时检测兔病毒性出血症病毒

应用荧光定量PCR技术,根据兔病毒性出血症病毒的保守基因VP60设计了1对引物和1段Taqman MGB探针,建立了用于检测兔病毒性出血症病毒的实时荧光定量RT-PCR方法。试验中能够检出的RHDV VP60基因质粒拷贝数达103数量级,能够检测到RHDV病毒核酸最低量可以达到5 pg,未检出其他病原的RNA。试验结果表明,建立的TaqMan MGB探针实时荧光定量RT-PCR方法的特异性、敏感性、重复性均达到试验设计要求,能快速检测临床样品中的兔病毒性出血症病毒,适合于兔各脏器及肌肉组织中兔病毒性出血症病毒的快速诊断和检测。     

Differential detection of Trichinella papuae, T. spiralis and T. pseudospiralis by real-time fluorescence resonance energy transfer PCR and melting curve analysis

Trichinellosis caused by nematodes of Trichinella spp. is a zoonotic foodborne disease. Three Trichinella species of the parasite including Trichinella spiralis, Trichinella papuae and Trichinella pseudospiralis, have been etiologic agents of human trichinellosis in Thailand. Definite diagnosis of this helminthiasis is based on a finding of the Trichinella larva (e) in a muscle biopsy. The parasite species or genotype can be determined using molecular methods, e.g., polymerase chain reaction (PCR). This study has utilized real-time fluorescence resonance energy transfer PCR (real-time FRET PCR) and a melting curve analysis for the differential diagnosis of trichinellosis. Three common Trichinella species in Thailand were studied using one set of primers and fluorophore-labeled hybridization probes specific for the small subunit of the mitochondrial ribosomal RNA gene. Using fewer than 35 cycles as the cut-off for positivity and using different melting temperatures (T(m)), this assay detected T. spiralis, T. papuae and T. pseudospiralis in muscle tissue and found the mean T(m) ± SD values to be 51.79 ± 0.06, 66.09 ± 0.46 and 51.46 ± 0.09, respectively. The analytical sensitivity of the technique enabled the detection of a single Trichinella larva of each species, and the detection limit for the target DNA sequence was 16 copies of positive control plasmid. A test of the technique's analytical specificity showed no fluorescence signal for a panel of 19 non-Trichinella parasites or for human and mouse genomic DNA. Due to the sensitivity and specificity of the detection of these Trichinella species, as well as the fast and high-throughput nature of these tools, this method has application potential in differentiating non-encapsulated larvae of T. papuae from T. spiralis and T. pseudospiralis in tissues of infected humans and animals.