高产期不同产蛋水平蛋鸡肠道微生物群落特征

为了研究高产期不同产蛋水平蛋鸡肠道微生物多样性特征,探究肠道微生物与蛋鸡产蛋水平之间的关联性。应用16SrRNA基因V4~V5区进行高通量测序,检测高产期3个产蛋水平(高产组/低产组/极低产组:6只/6只/3只)蛋鸡粪便样品微生物的组成与菌群分布。结果表明:厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)在3组中均为优势菌群(≥1%),但各自占比在3组中有所差异;在属水平上,高产组中乳杆菌属丰度(66.05%)是极低产组(20.93%)的3倍;PCoA检测显示不同产蛋水平蛋鸡微生物群落结构差异明显,乳酸杆菌属是不同产蛋水平蛋鸡肠道微生物菌群差异的主要菌属,推测其在肠道微生物中的占比与产蛋水平存在着关联性。     

连作对百香果根际土壤微生物群落的影响

摘 要：以连作1年和连作3年的百香果根际土壤作为研究对象,采用Illumina MiSeq高通量测序技术分析根际土壤中的微生物群落结构组成和多样性变化,以期为克服百香果连作障碍提供指导。结果表明：连作显著降低百香果根际土壤细菌群落多样性和真菌群落丰富度,增加百香果根际土壤的细菌群落丰富度和真菌群落多样性。根际土壤微生物群落组成发生了较大的变化,在门分类水平上,连作三年的根际土壤中变形菌门（Proteobacteria）和厚壁菌门（Firmicutes）相对丰度增加了5.86%和2.21%;放线菌门（Actinobacteria）减少了3.40%,子囊菌门（Ascomycota）减少了28.41%,而毛霉门（Mucoromycota）增加了14.73%,在属分类水平上,连作三年的根际土壤中根际土壤中的γ-变形菌纲中未分类属unclassified_Gammaproteobacteria、黄单胞杆菌科未分类属unclassified_Xanthomonadaceae相对丰度显著增加,酸杆菌门中而Gp2相对丰度显著降低,子囊菌属（Archaeorhizomyces）、孢子丝菌属（Sporothrix）、粪壳菌属（Sordaria）相对丰度减少,小被孢霉（Mortierella）、镰刀菌属（Fusarium）两个病原菌属相对丰度增加。结论：连作改变了百香果根际土壤微生物群落结构,细菌多样性降低,真菌多样性升高,病原菌相对丰度增加,土壤由细菌型向真菌型转化。     

一种高效的枳雀微扦插技术研究

为建立一种高效的枳雀快速无性繁殖体系,以枳雀实生苗为试材,对诱导茎段分化腋芽、腋芽生根的最适培养基和移栽驯化的最佳培养条件进行研究。结果表明,茎段分化腋芽的最适培养基为MT+1.0 mg/mL 6-BA,培养30 d,腋芽诱导率为88.89%,分化系数为1.56;最适生根培养基为1/2MT+2.0 mg/mL IBA,生根率为86.67%,生根系数为1.15;100株枳雀再生苗移栽驯化存活率为96%。本研究利用微扦插的方法建立枳雀茎段快速繁殖体系,为后续枳雀快繁体系的优化、练苗移栽及遗传转化工作奠定基础。     

基于宏基因组测序技术对绵羊呼吸道微生物群落的研究

试验采用宏基因组测序技术对4例呼吸道症状发病绵羊（试验组）和4例健康绵羊（对照组）的鼻拭子样本进行高通量测序,分析不同样品间微生物菌群结构功能差异。结果发现,试验组物种注释上,厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、放线菌门占主导地位;功能注释上,信号传导、氨基酸代谢所含基因数量最多;抗性基因注释上,葡萄球菌和埃希氏杆菌属耐药基因分布最广存在于8个样品中,耐药基因novA、antibiotic、msbA、Mycobacterium、macB广泛存在于除了样品D1以外的其他样品中。发病绵羊呼吸道微生物菌群结构较为复杂,呼吸道菌群结构变化对绵羊机体发病影响显著。     

大骨鸡不同产蛋水平粪便微生物群落特征

为探讨不同产蛋水平的大骨鸡肠道微生物菌群差异,试验对高、中和低产蛋水平母鸡粪便微生物进行16S rRNA基因V3～V4区高通量测序和分析.结果 显示,所有样品微生物组成具有相似性,相对丰度最高的是厚壁菌门和拟杆菌门,占群落93.1％以上.beta多样性PCoA分析显示,不同产蛋水平组间微生物群落明显不同,乳酸杆菌属(L...     

基于宏基因组测序对奶牛运动场土壤和粪便微生物群落结构的分析

采用宏基因组技术分析规模化奶牛运动场不同位置土壤和新鲜粪便中微生物群落丰度。测序结果显示:土壤的样本中可见丰度最高的是变形菌门,其次是放线菌门,其余依次为拟杆菌门>绿湾菌门>浮霉菌门>芽单胞菌门>酸杆菌门>厚壁菌门>疣微菌门>蓝细菌门,且以运动场中央为圆心,距离越远的样本变形菌门丰度逐渐下降,而放线菌门丰度逐渐增加。研究还发现变形菌门、放线菌门是土壤中的优势细菌,子囊菌门和担子菌门为土壤中的优势真菌,奇古菌门和广古菌门为优势古菌群落。在新鲜粪便中的优势细菌为厚壁菌门和拟杆菌门,而担子菌门、毛霉门和壶菌门为优势真菌群落。     

奶牛养殖场环境微生物群落结构及多样性研究

为了研究奶牛养殖场部分环境因素与奶牛乳房处的细菌多样性和差异性,将分别取自牛乳房擦拭样品(C1)、榨乳设备(E)、粪便(F)、冲洗和养殖饮用水(W)、生乳运输罐(E2) 5种样本的6个生物学重复共计30个样品使用基于16SrRNA (V3～V4区)的高通量测序技术,并采用生物信息学的方法分析了不同来源样本的细菌群落结构...     

基于16S rDNA高通量测序方法检测猪舍环境微生物群落多样性

[目的]研究猪舍环境微生物群落多样性,了解不同类型猪舍环境中细菌群落的结构差异以及潜在的致病菌属。[方法]利用空气沉降法采集规模化猪场妊娠猪舍、保育猪舍、分娩猪舍的环境微生物样本,每种类型猪舍选取3栋猪舍采样,共9个样本。采用Illumina Miseq技术,以细菌16S rDNA的V3～V4变异区为对象进行高通量测序;采用QIIME2软件对测序数据进行分析,比较不同类型猪舍环境微生物群落组成。[结果]在97%相似度阈值下9个样本共得到OTU 29 126个,涵盖31门66纲160目320科899属1 831种的细菌。分娩猪舍以及保育猪舍的Chao1指数、Shannon指数及谱系多样性指数整体高于妊娠猪舍。变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidota）、厚壁菌门（Firmicutes）和放线菌门（Actinobacteriota）为猪舍环境的四大优势菌群;变形菌门在3个类型的猪舍中相对丰度均最高,厚壁菌门、放线菌门以及拟杆菌门相对丰度在不同类型猪舍中差异较大。不动杆菌属（Acinetobacter）、棒杆菌属（Corynebacterium）、寡养单胞菌...     

高寒地区人工草地土壤微生物群落对不同种植方式和年限的响应

为了探讨高寒地区多年生人工草地土壤微生物对不同种植方式和年限的响应,本试验采用Illumina MiSeq高通量测序技术,研究了高寒地区不同生长年限的单播和混播人工草地土壤细菌和真菌群落多样性变化.结果表明:研究共识别出63个细菌门类和17个真菌门类,约有50％ 的真菌门未识别出来.已识别类群中细菌以变形菌门(Prot...     

3～6月龄伊犁马肠道微生物群落多样性的研究

本试验旨在研究3~6月龄伊犁马肠道微生物群落的多样性,揭示断奶前马驹肠道菌群演替的规律,从微生物学角度为此阶段马驹生长发育及肠道健康研究提供理论依据。试验选取平均体重为(89.75±8.81)kg、出生日期相同的3月龄伊犁马5匹,进行为期90 d的饲养试验。分别在试验的第0天(即试验开始的前1天)、第30天、第60天、第90天采集马驹粪便样品,从每份样品中提取微生物基因组总DNA,采用Illumina HiSeq测序技术检测样品微生物群落多样性。结果显示:1)对5匹马驹的20份粪样进行测序,共获得有效序列数157 665条,获得平均操作分类单元(OTUs)1 117个。2)马驹粪便中微生物群落α多样性指数(ACE、Chao1、Shannon和Simpson指数)随着马驹月龄的增加呈波动性变化,但各时间点之间均无显著性变化(P0.05)。3)在门水平上,马驹粪便中10大优势菌分别为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、螺旋体菌门(Spirochaetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、无壁菌门(Tenericutes)、放线菌门(Actinobacteria)、TM7、广古菌门(Euryarchaeota),其中以厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门及疣微菌门的丰度较高;在科水平上,马驹粪便中10大优势菌分别为芽孢杆菌科(Bacillaceae)、莫拉氏菌科(Moraxellaceae)、动球菌科(Planococcaceae)、肉杆菌科(Carnobacteriaceae)、BS11、RFP12、乳杆菌科(Lactobacillaceae)、瘤胃球菌科(Ruminococcaceae)、毛螺旋菌科(Lachnospiraceae)、紫单胞菌科(Porphyromonadaceae);在属水平上,马驹粪便中10大优势菌分别为不动杆菌属(Acinetobacter)、德库菌属(Desemzia)、乳杆菌属(Lactobacillus)、Ureibacillus、Paludibacter、芽孢杆菌属(Bacillus)、埃希式杆菌属(Escherichia)、肉食杆菌属(Carnobacterium)、密螺旋体属(Treponema)、艰难杆菌属(Mogibacterium)。由此得出,采用Illumina HiSeq测序技术能够准确地对3~6月龄伊犁马肠道微生物群落进行分类研究;厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、疣微菌门是3~6月龄伊犁马肠道内的优势菌门。     

海滨雀稗自交结实突变体及野生型幼穗组织的转录组分析

二倍体海滨雀稗Adalayd作为自交不亲和的暖季型草坪草,在环境保护及修复上发挥着重要的作用,但由于自身自交不亲和性减缓了其大面积推广。至今海滨雀稗自交不亲和的机制尚且未知并且基因数据库资源十分匮乏。为了研究海滨雀稗自交不亲和的机制,以二倍体海滨雀稗自交亲和体细胞突变体SP2008-3和自交不亲和野生型Adalayd为材料,采用Illumina Hiseq 2000高通量测序技术进行转录组测序。获得2个材料幼穗组织的表达谱,共获得68175654个Raw reads片段,测序结果de novo拼接获得117619个单基因簇(Unigene),其中50%的Unigene被注释。比较两个基因表达谱,发现1303个差异表达基因并对这些差异基因进行了基因本体论(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)分类,筛选出了22个与植物自交不亲和反应相关的基因,其中14个钙离子信号通路(钙调素、钙依赖蛋白激酶、类钙调素互作蛋白激酶)、3个F-box和5个硫氧还蛋白(thioredoxin)基因在体细胞突变体SP2008-3和野生型Adalayd之间存在差异表达,测序结果获得了很多与海滨雀稗自交不亲和相关的遗传资源信息。本研究首次将转录组学研究应用于海滨雀稗自交不亲和研究,为海滨雀稗自交不亲和进一步研究提供了宝贵且有价值的基因信息基础。     

基于高通量测序的海滨雀稗转录组学研究

采用新一代高通量测序技术Illumina HiSeq 2000对海滨雀稗叶片转录组进行测序,结合生物信息学方法开展基因表达谱研究和功能基因预测。通过测序,获得了47520544个序列读取片段(reads),包含了4752054400个碱基序列(bp)信息。对reads进行序列组装,获得81220个单基因簇(unigene),平均长度1077 bp,序列信息达到了87542503 bp。另外从长度分布、GC含量、表达水平等方面对unigene进行评估,数据显示测序质量好,可信度高。数据库中的序列同源性比较表明,46169个unigene与其他生物的已知基因具有不同程度的同源性。海滨雀稗转录组中的unigene根据GO功能大致可分为细胞组分、分子功能和生物学过程三大类48个分支,其中有大量unigene与代谢进程、结合活性和细胞进程相关。将unigene与COG数据库进行比对,根据其功能大致可分为25类。KEGG 数据库作为参考,依据代谢途径可将unigene定位到112个代谢途径分支,包括苯丙氨酸代谢通路、植物与病原物互作、植物激素生物合成和信号转导、黄酮类化合物合成、萜类骨架生物合成、脂类代谢、RNA降解等。SSR位点查找发现,从81220个unigene中共找到22721个SSR位点。SSR不同重复基序类型中,出现频率最高的为A/T,其次是CCG/CGG和AGC/CTG。本研究首次对海滨雀稗转录组进行了分析,为草坪草的分子生物学研究提供了宝贵的基因组数据来源。     

腹泻驴驹与健康驴驹粪便微生物多样性比较分析

为了探究腹泻驴驹与健康驴驹粪便微生物多样性及结构组成差异,筛选出腹泻驴驹的特异性菌群,试验采集同等饲养条件下的腹泻驴驹和健康驴驹的粪便样本各5份,利用16S rRNA高通量测序技术,对腹泻驴驹和健康驴驹粪便在微生物多样性方面(结构和组成)存在的差异进行比较。结果表明：腹泻驴驹粪便微生物的多样性小于健康驴驹(P>0.05)。与健康驴驹相比,在门水平上,厚壁菌门相对丰度显著减少(P<0.05),且梭杆菌门仅出现在腹泻驴驹粪便中;在属水平上,腹泻驴驹粪便微生物中拟杆菌属相对丰度明显升高。说明腹泻驴驹与健康驴驹在粪便微生物多样性方面存在显著差异,厚壁菌门相对丰度减少及拟杆菌属相对丰度增加可能是驴驹腹泻的重要原因。     

刈割留茬高度对大针茅草原土壤微生物群落结构及多样性的影响

大针茅(Stipagrandis)草原是内蒙古典型草原主要群落类型之一,刈割是典型草原的主要利用方式之一.为探讨大针茅草原土壤细菌、真菌群落结构及多样性对刈割的响应,利用IonS5TMXL高通量测序平台研究不同刈割留茬高度下大针茅草原土壤细菌、真菌的群落结构、物种组成及多样性.研究结果表明:在留茬5cm时,土壤细菌、真...     

短时高温好氧固态发酵对猪粪细菌群落结构的影响

为了研究畜禽粪便固态发酵前后微生物的变化,采用高通量测序技术,通过可操作分类单元分析、α多样性分析和物种组成分析,比较了猪粪短时高温好氧固态发酵前后的细菌群落组成,结果表明,发酵前后可操作分类单元总数分别为151个和126个,发酵后细菌群落多样性指数降低;发酵前相对丰度最高的分别是变形菌门59.48%、拟杆菌门23.97%和厚壁菌门13.79%,发酵后变形菌门和拟杆菌门分别减少至0.66%和1.00%,而厚壁菌门增加至99.01%,是发酵猪粪的优势菌群。本研究表明发酵后猪粪细菌群落多样性下降,抗生素抗性基因潜在携带者相对丰度降低,耐高温的有机质降解菌成为优势菌属,该研究对猪粪的资源化处理具有理论指导意义。     

间作菠萝模式下不同品种椰子根际土壤微生物多样性及群落结构特征

【目的】为探究间作菠萝模式不同品种的水果型椰子根际土壤微生物多样性及群落结构特征,为椰子间作栽培模式管理提供科学依据。【方法】以间作菠萝和单作椰子为栽培模式,采集不同椰子品种间作菠萝模式（文椰‘4’号间作（JG）,文椰‘3’号间作（JH）,文椰‘2’号间作区1（JYO）,文椰‘2’号间作区2（JYT）,单作文椰‘3’号（CH））的根际土壤, 采用Illumina高通量测序技术检测土壤微生物组成与多样性,并将土壤理化性质与根际土壤钱群落特征进行关联分析。【结果】间作下椰子根际的土壤含水量、EC、氮、磷、钾、有效钙和有效镁含量显著高于椰子单作的,然而,间作模式的土壤pH值明显下降。 椰子间作菠萝根际土壤细菌的多样性比单作椰子的高,而真菌的多样性则低于椰子单作的。不同品种椰子种植根际土壤微生物多样性有差异：细菌的多样性排序为 JG>JYT>JYO>JH,真菌的多样性排序为JYT>JYO>JG>JH。根际土壤中的优势细菌门依序Proteobacteria（变形菌门）、 Acidobacteria（酸杆菌门）、Bacteroidetes（拟杆菌门）、Verrucomicrobia（疣微菌门）、Actinobacteria（放线菌门）、Planctomycetes（浮霉菌门）、Firmicutes（厚壁菌门）、Gemmatimonadetes（芽单胞菌门）、Myxococota、 Nitrospirae（硝化螺旋菌门）。真菌的优势门依次Ascomycota（子囊菌门）、Basidiomycota（担子菌门）、Rozellomycota、glomeromycota（球囊菌门）、mucoromycota、mortierellomycota、chytridiomycota（壶菌门）、basidiobolomycota。间作与单作之间细菌和真菌种类组成差异很大。通过主成分分析及聚类分析,JG、JYO和JYT三种处理的细菌群落相似度较高,且这三者与CH、JH之间细菌群落组成差异较大,另外,JH处理与CH处理相比,细菌群落组成差异也显著。JYO和JYT两种处理的真菌群落具有一定的相似性,并与JG、JH、CH处理的真菌群落组成差异性较大,说明不同品种椰子间作菠萝对微生物组成产生巨大影响。【结论】间作菠萝模式显著提高椰子土壤养分含量,对照组与间作菠萝椰子种植根际土壤微生物结构及多样性存在较大的差异。间作菠萝的不同品种椰子根际土壤微生物结构及多样性也存在差异,间作菠萝提高椰子土壤根际细菌的丰度和多样性,但降低真菌的丰度和多样性。间作模式不同品种的水果型椰子根际土壤微生物多样性与土壤理化性质之间有不同程度的相关性。因此,间作菠萝在很大程度上能够提高土壤养分和改善微生物群落结构及多样性。     

牧草细胞壁降解菌的群落结构多样性研究

本试验通过高通量测序法研究了吸附在牧草细胞壁降解菌的群落结构,分别将粉碎后的苜蓿、燕麦草、羊草和稻草茎秆3.0g放入尼龙袋中,降解24h全部取出,洗净后提取总DNA,根据高通量测序要求制样。结果表明:(1)吸附于不同牧草细胞壁中的细菌群落结构丰富度:燕麦草>苜蓿>稻草>羊草;(2)四组牧草样品共鉴定得到16个门,27个纲,37个目,63个科和91个属。门水平上,硬壁菌门、拟杆菌门、螺旋体门、纤维杆菌门和变形菌门为优势菌门。综上,不同牧草吸附的细菌种类和数量存在显著差异。     

雌性罗氏鼢鼠肠道微生物群落与功能预测的初步分析

罗氏鼢鼠(Myospalax rothschildi)是陕西南部农区主要害鼠,研究其与当地环境的相互作用对鼠害防控有重要意义。肠道微生物对宿主行为及生理的调控机制是近年来啮齿类动物防控研究新方向。本研究通过Illumina高通量测序技术,对雌性罗氏鼢鼠的盲肠样品进行16S rRNA V3-V4区的高通量测序,分析性别及食物因素对罗氏鼢鼠肠道细菌多样性的影响。结果显示,雌性罗氏鼢鼠的肠道内容物中的细菌隶属10门9纲11目13属。肠道革兰氏阳性厚壁菌门(Firmicutes)和革兰氏阴性菌类的变形菌门(Proteobacteria)的菌种含量较多;埃希氏杆菌属(Escherichia)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、梭杆菌属(Clostridium)和颤螺旋菌属(Oscillospira)为优势菌群属。PICRUSt预测发现,罗氏鼢鼠的肠道微生物参与草本中药材食物在宿主体内的代谢。本研究首次借助生物信息学技术初步分析了罗氏鼢鼠肠道细菌的多样性及其与环境和遗传因素的相互作用,对当地鼠害防控具有一定的理论指导意义。     

牦牛胃肠道微生物影响因素的研究进展

胃肠道是牦牛重要的消化吸收器官,瘤胃和肠道中的微生物对牦牛的健康生长和繁殖发育具有重要作用。目前,大多基于高通量测序技术分析牦牛胃肠道微生物群落的组成、分布、多样性和功能预测等。本文综述了国内外有关牦牛胃肠道微生物的研究性论文,阐述了不同饲粮、年龄、海拔等对牦牛胃肠道微生物的影响,以期为牦牛的生产养殖提供理论依据。