一个陆地棉水通道蛋白基因的生物信息学分析(英文)

[目的]对陆地棉水通道蛋白基因GhNIP5.1进行生物信息学分析,为深入研究陆地棉水通道蛋白的功能提供研究基础。[方法]利用电子克隆的方法,获得棉花GhNIP5.1基因的开放阅读框序列,并对该序列进行了生物信息学分析;利用已公布的棉花基因组测序结果,搜索获得GhNIP5.1基因的编码区序列。[结果]序列分析表明,所获得cDNA序列具有完整的897 bp的开放阅读框,编码298个氨基酸残基;该氨基酸序列具有MIP超家族典型的NPA保守序列;它同葡萄和拟南芥的NIP5.1氨基酸序列的一致性最高,分别为89.3%和83.2%,在拟南芥NIP家族9个成员中,GhNIP5.1蛋白的氨基酸序列同AtNIP5.1同源性最高;该蛋白的三维结构也同拟南芥AtNIP5.1的非常相似;GhNIP5.1基因的编码区全长2 067 bp,包含4个外显子和3个内含子,所有内含子的左右边界均为GT-AG结构。[结论]GhNIP5.1基因可能具有同拟南芥AtNIP5.1类似的生理功能。     

野大麦盐胁迫rbcS基因的克隆及序列分析

[目的]对野大麦盐胁迫rbcS基因进行克隆及序列分析。[方法]以盐胁迫下的野大麦幼嫩叶片为试材,根据GenBank中小麦和大麦rbcS基因核酸序列的同源性设计引物,对野大麦基因组DNA进行PCR扩增、回收、连接、转化及测序。[结果]在野大麦的基因组中克隆了2个大小不同的rbcS基因序列rbcS1和rbcS2,长度分别为1252和908bp。rbcS1和rbcS2均由2个外显子和1个内含子组成,外显子长度相等,编码序列为525bp,同源性为96%,编码174个氨基酸;rbcS1和rbcS2内含子大小不同,分别为448和107bp。[结论]为进一步探讨rbcS基因在野大麦耐盐机制中的分子机制奠定了基础。     

苦荞黄烷酮3-羟化酶基因FtF3H及其启动子的克隆与功能分析

【目的】克隆苦荞FtF3H基因及其启动子序列，探究该基因的生物学效应及启动子对环境因素与激素的响应。【方法】基于苦荞基因组和转录组数据克隆FtF3H基因及其启动子，对二者进行生物信息学分析，采用qRT-PCR技术检测FtF3H对MeJA、ABA和光处理的响应，进一步利用转基因拟南芥技术，分析FtF3H的过表达对黄酮合成的影响。【结果】苦荞FtF3H基因DNA序列长2 034 bp，包括2个内含子和3个外显子；其ORF序列为1 104 bp，推导的FtF3H蛋白含367个氨基酸残基，归类于2-酮戊二酸依赖性双加氧酶超家族且具有典型的植物F3H的分子特征。启动子PFtF3H在核心启动子基序外，还含有数目众多的光应答元件和激素响应元件，qRT-PCR检测结果显示，PFtF3H可强烈响应ABA、MeJA和光照的诱导。转基因拟南芥中，FtF3H的过表达可引起总黄酮含量显著增加（P<0.05），黄酮合成相关酶基因，AtANS、AtDFR和AtF′3H等的表达量显著上调（P<0.05），而拟南芥内源的AtF3H表达受到抑制（P<0.05）。【结论】苦荞FtF3H基因是一个典型的植物...     

桃基因组ACC合成酶基因的分离及其生物信息学分析

根据桃(Prunus persica L．Batch)品种Hakuho中与成熟相关的ACC合成酶基因cDNA序列,设计了两对特异引物,从新白花水蜜桃基因组DNA中,利用PCR方法扩增得到两个片段,经过拼接获得了ACC合成酶基因的完整序列(GenBank accession：AY994054),并对其进行了生物信息学分析。该序列全长2496bp,包括4个外显子和3个内含子,4个外显子共长1479bp。桃ACC合成酶基因编码区与蔷薇科梅(Prunus mume)和梨(Pyrus communis)的同源性分别为98％和84％,除终止密码子外,编码492个氨基酸,其中有SLSKDMGLPGLR共12个氨基酸残基的保守区,被认为是ACC合成酶的活性中心,位于274至285氨基酸残基处。推测其酶蛋白分子量为55kDa,pI为8．26。     

Bioinformatic Analysis of an Aquaporin Gene from Upland Cotton

[目的]对陆地棉水通道蛋白基因GhNIP5.1进行生物信息学分析,为深入研究陆地棉水通道蛋白的功能提供研究基础。[方法]利用电子克隆的方法,获得棉花 GhNIP5.1基因的开放阅读框序列,并对该序列进行了生物信息学分析;利用已公布的棉花基因组测序结果,搜索获得 GhNIP5.1基因的编码区序列。[结果]序列分析表明,所获得 cDNA序列具有完整的897 bp的开放阅读框,编码298个氨基酸残基;该氨基酸序列具有 MIP超家族典型的 NPA保守序列;它同葡萄和拟南芥的NIP5.1氨基酸序列的一致性最高,分别为89.3%和83.2%,在拟南芥 NIP家族9个成员中,GhNIP5.1蛋白的氨基酸序列同 AtNIP5.1同源性最高;该蛋白的三维结构也同拟南芥AtNIP5.1的非常相似;GhNIP5.1基因的编码区全长2067 bp,包含4个外显子和3个内含子,所有内含子的左右边界均为 GT-AG结构。[结论] GhNIP5.1基因可能具有同拟南芥AtNIP5.1类似的生理功能。     

绵羊TTF-1基因分子克隆及序列分析

以经产小尾寒羊母羊基因组DNA为模板,利用特异性引物对P1和P2对绵羊甲状腺转录因子-1(TTF-1)基因进行扩增,克隆入pGEM-T载体.转化后挑取阳性克隆进行酶切与测序鉴定,并对获得的TTF-1基因序列及推导的氨基酸序列进行生物信息学分析.结果表明,扩增的绵羊TTF-1基因序列长度为1 459 bp,包括部分外显子1、外显子2序列以及内含子,共编码174个氨基酸.该基因与GeneBank报道牛、狗、猪、人、和小鼠的基因序列同源性分别为98.7%、98.3%、97.5%、96.6%和96.6%.内含子与猪、人、鼠的内含子同源性为83.7%、74.9%和59.5%.     

苦荞蔗糖合酶基因克隆及序列分析

以苦荞基因组DNA为模板,根据已构建的苦荞cDNA文库中蔗糖合酶(Sucrose synthase,SuSy)的部分cDNA序列设计引物,PCR扩增SuSy基因的核心片段,结合Genomic walking技术获得SuSy基因的完整序列。生物信息学分析表明,该基因序列全长4 428bp,含有12个外显子和11个内含子,剪接位点均符合经典GU-AG法则,ORF长度为2 412bp,共编码803个氨基酸。其氨基酸序列与籽粒苋(Amaranthus hypochondriacus)、甜菜(Beta vulgaris)、红叶藜(Chenopodium rubrum L)和大豆(Glycine max)的相似性分别为86%、86%、85%和83%。保守结构域分析表明,SuSy含有1个GT1糖基化酶功能结构域(275~760)和4个ADP结合位点,能够催化果糖-6-磷酸和尿苷-5′-二磷酸葡萄糖形成蔗糖-6-磷酸。     

野大麦盐胁迫rbcS基因的克隆及序列分析(摘要)(英文)

[目的]研究野大麦盐胁迫rbcS基因的克隆及序列分析。[方法]以盐胁迫下的野大麦幼嫩叶片为试材,根据GenBank中小麦和大麦rbcS基因核酸序列的同源性设计引物,对野大麦基因组DNA进行PCR扩增、回收、连接、转化及测序。[结果]在野大麦的基因组中克隆了2个大小不同的rbcS基因序列rbcS1和rbcS2,长度分别为1252和908bp。rbcS1和rbcS2均由2个外显子和1个内含子组成,外显子长度相等,编码序列为525bp,同源性为96%,编码174个氨基酸;rbcS1和rbcS2内含子大小不同,分别为448和107bp。[结论]该研究为进一步探讨rbcS基因在野大麦耐盐机制中的分子机制奠定了基础。     

香蕉枯萎病菌4号小种β-1,6-半乳聚糖酶的纯化与鉴定

收集了1%柑桔果胶作为碳源诱导培养的香蕉枯萎病菌(Fusarium oxysporum f. sp.cubense)4号小种菌液,通过PM-10膜超滤、Sephacry S-100凝胶过滤柱层析和超滤除杂蛋白等步骤进行分离, SDS-PAGE电泳获得单一约50 kDa的蛋白条带.经过质谱鉴定,获得其肽质量指纹谱,最后与数据库比较,与尖孢镰刀菌番茄专化型的β-1, 6-半乳聚糖酶(gi:119507928)匹配度最高.克隆获得该蛋白的DNA序列Foc4gal1共1 368 bp,包含2个内含子和3个外显子;开放阅读框为1 263 bp,预测编码420个氨基酸残基,1-20个氨基酸残基为其信号肽序列,理论等电点为5.26,分子量约47.2 kDa.本研究成功纯化鉴定了香蕉枯萎病菌4号小种β-1,6-半乳聚糖酶,并克隆了该蛋白的基因序列.     

芥蓝BoPGIP2全长基因的分子克隆及其序列分析

从芥蓝（Brussica oleraceaL．var．alboglabra）中克隆了一个新的PGIP基因,命名为BoPGIP2。BoPGIP2基因序列全长为1102bp,由2个外显子和1个内含子构成,外显子总长为993bp,内含子总长为95bp,编码330个氨基酸序列,分子量为37．1kDa。推导的氨基酸序列分析表明,该序列包含5个N一糖基化位点,2个蛋白激酶C磷酸化位点,5个酪蛋白激酶II磷酸化位点,4个N-豆蔻酰化位点;同源序列比对分析表明,所比对基因都含有LRR结构,在145位点的LRR结构域在所有物种中高度保守。