豫北泥鳅线粒体DNA 16S rRNA和12S rRNA基因序列的遗传多样性分析

为了评价豫北地区泥鳅种质资源的多样性,以采自新乡地区泥鳅种群中的11个个体为材料,利用PCR技术扩增其线粒体16S rRNA和12S rRNA基因的部分序列,利用 Clustalw 2．0和DNAsp 4．10软件分析了不同个体间的差异和遗传多样性。结果表明：16S rRNA和12S rRNA基因种内个体间的差异分别为0．25％和0．97％,二者的分化程度较低;16S rRNA的进化速度约为12S rRNA基因的4倍。16S rRNA和12S rRNA种群群体的单倍型间平均遗传距离分别为0.0027、0.0016,单倍型多样度指数分别为0.873、0.327,核苷酸多样性指数分别为0.00265和0.00081,平均核苷酸差异数分别为1.636和0.327。可见,豫北泥鳅种群具有较低的遗传多样性。     

中国沿海长蛸群体16S rRNA基因的遗传变异研究

采用线粒体16S rRNA基因序列测定技术,分析了我国沿海长蛸4个野生群体的遗传结构及其变异。经比对获得了1个长度为512 bp的核苷酸片段,检测到48个变异位点,占分析位点总数的9.4%,45个个体共检测到30个单倍型,单倍型多样性指数H为0.964 6,总体核苷酸多样性指数Pi为0.032 9,表现出较丰富的遗传多样性。AMOVA分析表明,4个长蛸群体间存在较高的遗传分化,82.07%的遗传差异存在于群体间,而仅有17.93%的遗传差异存在于群体内。聚类分析也表明4个群体可明显聚为2个类群,一个由大连、青岛和舟山群体组成,另一个由厦门群体组成;厦门群体与其它群体间的遗传距离达到0.094,遗传分化系数和基因流分别达到0.97和0.02,表明厦门群体与其它3个群体有着显著的遗传隔离,可能为亚种水平的分化。上述群体间的分化可能与长蛸自身的底栖生活方式、海区水文条件及地理历史因素等有关。     

不同保存方法对武汉单极虫DNA提取和PCR扩增的影响

为探讨不同保存方法对武汉单极虫Thelohanellus wuhanensis DNA提取和PCR扩增的影响,将从患武汉单极虫病的异育银鲫Carassius auratus gibelio鱼苗上分离出含有孢子的孢囊,分别置于100%乙醇、70%乙醇、2.5%戊二醛、10%福尔马林、Bouin's液、Carnoy's液和Müller's液中保存50 d,经计数调整孢子等量后分别进行DNA提取、常规PCR和巢式PCR扩增。结果表明:100%乙醇和70%乙醇保存方法对武汉单极虫孢子DNA提取、常规PCR和巢式PCR扩增均无任何影响,等同于新鲜孢子,可作为孢子的保存方法;2.5%戊二醛和Bouin's液保存方法只对孢子DNA提取有影响,但均能在常规PCR和巢式PCR扩增后出现特异电泳条带,可作为用于常规PCR和巢式PCR扩增的孢子保存方法;10%福尔马林和Müller's液保存方法对孢子DNA提取和常规PCR扩增均有影响,但均能在巢式PCR扩增后出现特异电泳条带,故只能作为用于巢式PCR扩增的孢子保存方法;Carnoy's液保存方法无论在孢子DNA提取还是进行常规PCR和巢式PCR扩增均无阳性结果,故不能用作孢子核酸分子生物学研究的保存方法。研究表明,除100%乙醇和70%乙醇保存方法外,其他保存方法对孢子DNA提取、常规PCR和巢式PCR扩增均有不同程度的影响。     

不同保存方法对武汉单极虫DNA提取和PCR扩增的影响

为探讨不同保存方法对武汉单极虫Thelohanellus wuhanensis DNA提取和PCR扩增的影响,将从患武汉单极虫病的异育银鲫Carassius auratus gibelio鱼苗上分离出含有孢子的孢囊,分别置于100%乙醇、70%乙醇、2.5%戊二醛、10%福尔马林、Bouin's液、Carnoy's液和Müller's液中保存50 d,经计数调整孢子等量后分别进行DNA提取、常规PCR和巢式PCR扩增。结果表明:100%乙醇和70%乙醇保存方法对武汉单极虫孢子DNA提取、常规PCR和巢式PCR扩增均无任何影响,等同于新鲜孢子,可作为孢子的保存方法;2.5%戊二醛和Bouin's液保存方法只对孢子DNA提取有影响,但均能在常规PCR和巢式PCR扩增后出现特异电泳条带,可作为用于常规PCR和巢式PCR扩增的孢子保存方法;10%福尔马林和Müller's液保存方法对孢子DNA提取和常规PCR扩增均有影响,但均能在巢式PCR扩增后出现特异电泳条带,故只能作为用于巢式PCR扩增的孢子保存方法;Carnoy's液保存方法无论在孢子DNA提取还是进行常规PCR和巢式PCR扩增均无阳性结果,故不能用作孢子核酸分子生物学研究的保存方法。研究表明,除100%乙醇和70%乙醇保存方法外,其他保存方法对孢子DNA提取、常规PCR和巢式PCR扩增均有不同程度的影响。     

梭鱼和鲻鱼线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段的比较分析

运用PCR技术,扩增了梭鱼和鲻鱼线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段,并比较分析了其种间的序列差异。获得16S rRNA基因的540～560 bp碱基序列,出现26个碱基的插入与缺失位点;获得COⅠ基因的602～604 bp碱基序列,出现2个插入缺失位点;16S rRNA和COⅠ基因的序列中G平均含量最低,且（A＋T）含量高于（G＋C）含量,与其他鱼类中的16S rRNA和COⅠ基因片段研究结果相一致。在16S rRNA基因片段中,梭鱼出现1种单倍型,鲻鱼为2种单倍型;在COⅠ基因片段中,梭鱼样品中检测到3个单倍型,鲻鱼样品中检测到5个单倍型。以Takifugu poecilonotus为外群,构建的NJ系统发育树,基于16S rRNA和COⅠ基因序列获得的NJ系统树基本一致,鲻鱼和梭鱼种内个体分别聚为一支,显示16S rRNA和COⅠ基因适合于梭鱼和鲻鱼的物种鉴定。     

基于正交设计的畜禽废水处理中活性污泥DNA的16S rDNA-PCR扩增体系

用SBR反应器处理畜禽废水,提取其中好氧活性污泥总DNA,比较3种物理破壁方法对DNA质量的影响,同时选择4个因素(DNA模板,Mg2 ,dNTP,引物)对16S rDNA-PCR反应体系进行正交优化,并确定最适退火温度.结果表明,反复冻融法的DNA纯度大于玻珠振荡法和摇床振荡法,可不经纯化直接扩增;DNA浓度对PCR结果影响最大,Mg2 和dNTP浓度的影响次之且程度相同,引物浓度影响最小;最佳PCR扩增体系(25 μL)的组成为:模板DNA 0.32 μg,dNTP 200 μmol·L-1,Mg2 1.5 mmol·L-1,引物1.0μmol·L-1,Taq DNA聚合酶0.2U,且最适退火温度为56.5℃.     

云南省东方蜜蜂线粒体16S rRNA基因的扩增及序列分析*

 扩增、测定和分析了云南省东方蜜蜂16个地理居群线粒体16S rRNA基因部分序列,并结合从GenBank获得的蜜蜂科3个其它种的16S rRNA序列,以离颚细蜂科的Vanhornia eucnemidarum为外群,利用邻接法、最大简约法和最大似然法重构了它们的种系发生关系。结果显示,云南省东方蜜蜂16S RNA基因部分序列很保守,不同地理居群均得到435bp完全一致的基因序列;通过对蜜蜂科4个种的种系发生关系分析发现,东方蜜蜂与西方蜜蜂位于一个姊妹枝,而熊蜂与无刺蜂位于一个进化枝,4个种得到了有效的区分。因此,16S rRNA可以作为一个理想的分子遗传标记用于蜜蜂科种间鉴定和种系发生关系分析。     

不同地理群体的鲇线粒体DNA 16S rRNA基因序列比较分析

对长江中上游主要支流5个野生群体鲇[舞阳河群体(WYH)、乌江群体(WJ)、雅砻江群体(YLJ)、岷江群体(MJ)、金沙江群体(CS)]中的27个样品的16S rRNA基因进行PCR扩增,并对扩增产物测序.用CLUSTAL X v 1.81软件对所得的27个16SrRNA序列进行比对,并用Dna SP 5.10软件进行比较分析,共检测出74个变异位点、8种单倍型.舞阳河、乌江、雅砻江、岷江、金沙江等5个野生群体的单倍型多样性(H)分别为0.600、0.857、0.600、0.600、0.667,核苷酸多样性(π)分别为0.00072、0.1754、0.00036、0.00072、0.01871.对5个野生群体的16S rRNA序列进行Tajima's D和Fst分析发现,所有群体符合中性进化模型,且有一些单倍型的分化,只有金沙江群体的遗传差异显著.对5个群体进行分子变异等级分析的结果表明,群体间分子变异不显著.对5个群体构建分子系统树发现,乌江、雅砻江、岷江、金沙江群体之间的亲缘关系较近,舞阳河群体与其他群体间的亲缘关系较远.     

奶牛隐性乳房炎乳房链球菌16S rRNA的序列分析

为奶牛隐性乳房炎主要致病菌的检测提供参考,对采集于蒙自市奶牛养殖户的10头疑似乳房炎患病奶牛新鲜奶样20份,采用传统细菌分离鉴定方法和PCR技术鉴定奶牛隐性乳房炎的链球菌。结果表明:从传统方法分离菌中提取DNA,经PCR扩增测序为1 541bp,与GenBank数据库中收录的乳房链球菌(登录号:JF896457.1)的序列相似性达80.8%,且与Streptococcus uberis USC71-LHICA菌株的亲缘关系最近,相似性达100%,由此表明,分离菌为乳房链球菌。与传统的细菌培养方法确定细菌种类相比,PCR方法检测具有快速、准确、灵敏度高等特点。     

高体革鯻线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段的克隆与序列分析

[目的]为高体革鯻的遗传资源、物种间的亲缘关系和系统进化等研究提供一定的生物学依据。[方法]采用PCR扩增和序列测定等技术,对高体革鯻线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段进行初步研究。[结果]经PCR扩增和测序,分别得到16S rRNA和COI基因片段的碱基序列,其中16SrRNA基因片段的大小为791 bp,碱基A、T、G、C的含量分别为31.6%、21.4%、20.4%和26.7%;COI基因片段的大小为631 bp,碱基A、T、G、C含量分别为27.7%、23.6%、29.8%和18.9%。在这2个基因片段中,GC含量均低于AT含量,AT/GC分别为1.13和1.05。[结论]通过对高体革鯻16S rRNA和COI2个基因片段遗传特征的研究,发现其种内变异比较低,在3个样本中16S rRNA基因片段序列完全一样,COI基因片段也完全一样,说明高体革鯻的这2个基因都非常保守。     

奶牛子宫内膜炎致病菌的16S rRNA序列鉴定

【目的】对奶牛产后子宫内膜炎致病菌进行16S rRNA序列鉴定。【方法】从产后子宫内膜炎患牛子宫分泌物中分离致病菌,通过细菌培养、纯化、分离、革兰氏染色和生化试验进行初步鉴定。选取代表性菌株11株,利用细菌通用引物,通过PCR方法,对其16S rRNA基因的核苷酸序列进行扩增,将扩增产物与pMD19-T载体连接构建克隆载体,经PCR和双酶切鉴定正确后测序,测序结果与GenBank中已注册菌株的16S rRNA基因序列进行比对。【结果】共分离到致病菌株60株,有代表性的11株细菌归类为:SD01为琼氏不动杆菌,SD02为粪肠球菌,SD03为金黄色葡萄球菌,SD04为中间葡萄球菌,SD05为溶血葡萄球菌,SD06为鲁菲不动杆菌,SD07为无乳链球菌,SD08为芽孢杆菌,SD09为枯草芽孢杆菌,SD10为大肠杆菌,SD11为假单胞杆菌。【结论】通过国际公认的16S rRNA序列鉴定技术,准确鉴定出引起奶牛子宫内膜炎的致病菌种类,为临床治疗该病提供了理论依据。     

16S rRNA鉴定乳酸片球菌分离株

根据乳酸片球菌的16S rRNA基因序列,设计2条特异性引物,以PCR方法扩增从酸白菜中分离得到的具有抑制单核细胞增多症李氏杆菌作用的乳酸片球菌菌株的16S rRNA基因序列,经克隆和测序后,与以往发表的基因序列进行比较,同源性99%,从基因水平上进一步证明该菌株为乳酸片球菌。     

高体革鯻线粒体DNA16S rRNA和COI基因片段的克隆和序列分析（摘要）

[目的]为高体革鯻的遗传资源、物种间的亲缘关系和系统进化等研究提供一定的生物学依据。[方法]采用PCR扩增和序列测定等技术,对高体革鯻线粒体DNA16S rRNA和COI基因片段进行初步研究。[结果]经PCR扩增和测序,分别得到16SrRNA和COI基因片段的碱基序列,其中16SrRNA基因片段的大小为791bp,碱基A、T、G、C的含量分别为31.6%、21.4%、20.4%和26.7%;COI基因片段的大小为631bp,碱基A、T、G、C含量分别为27.7%、23.6%、29.8%和18.9%。在这2个基因片段中,GC含量均低于AT含量,AT/GC分别为1.13和1.05。[结论]通过对高体革鯻16SrRNA和COI2个基因片段遗传特征的研究,发现其种内变异比较低,在3个样本中16SrRNA基因片段序列完全一样,COI基因片段也完全一样,说明高体革鯻的这2个基因都非常保守。     

小单孢菌211003的分离及16S rRNA基因序列分析

小单孢菌211003分离自海南红树植物海膝根围土壤,采用干热100℃、60 min的预处理,葡萄糖天门冬素培养基(GA)作为分离培养基。该菌株革兰氏阳性,橘黄色基内菌丝,产单个孢子。经16S rRNA基因序列分析,归到小单孢菌属,并成一独立分支。并与M.siamensis TT2-4T的相似率最高,为98.415%。初步判定菌株211003为小单孢菌属一个潜在的新种。     

华癸根瘤菌的系统发育地位

16S rRNA 序列测定是细菌分类学的基本方法之一,其序列差异是确定细菌属间及属上系统发育关系的主要标准。本文根据国际系统细菌学委员会根瘤菌分委员会的建议,采用聚合酶链反应扩增了华癸根瘤菌(Rhizobium huakuii)模式菌株103的16S rRNA 基因中约260个碱基的一个片段,并对其进行了序列测定。所得序列与其他已知根瘤菌种、属的相应片段进行了比较。结果表明,华癸根瘤菌与豌豆根瘤菌和苜蓿根瘤菌两种及与其他属的碱基差异在6.9%～14.1%(17～35个碱基),相当于根瘤菌科内已知属间的差异。结合表型特征,我们认为该种可能代表了根瘤科的一个新属。     

珠颈斑鸠线粒体12S rRNA基因的克隆·测序和分子进化分析

[目的]获得殊颈斑鸠（Streptopelia chinensis）线粒体12SrRNA基因序列,并以此分析不同鸟类的分子进化关系。[方法]根据其他鸟类线粒体12SrRNA基因及侧翼序列设计引物,采用PcR的方法获得珠颈斑鸠线粒体12SrRNA基因片段,克隆后进行序列测定,利用Mega4．0软件Neighbor—Joining法分析不同鸟类的进化关系。[结果]获得珠颈斑鸠线粒体12SrRNA基因序列长度为970bp,碱基组成为：A=31．6％、C=28．9％、G=19．8％、T=19．7％,其中A＋T含量高于G＋C含量。通过与GenBank中环颈斑鸠（Streptopelia capicola）等其他8种鸟类12SrRNA基因序列比较发现,珠颈斑鸠与环颈斑鸩的同源性最高。为94．4％,与家鸭（Arias platyrhynchos）的同源性最低,为78．4％。并根据这9种鸟类序列用NJ法构建进化树,结果表明,珠颈斑鸠和其他8种鸟类在分子水平上反映的进化关系与在形态学上的进化关系基本吻合。[结论]首次得到珠颈斑鸠12SrRNA基因全长序列,并确定了珠颈斑鸠与其他8种鸟类的分子进化关系。