甘南牦牛Lfcin基因克隆及序列分析

利用PCR技术从甘南牦牛基因组DNA中扩增获得了含乳铁蛋白素（lactoferricin,Lfcin）基因的DNA序列,将该DNA序列连接于pGEM-Teasy载体并测序,将甘南牦牛含Lfcin基因的DNA序列与奶牛相应序列进行比对,同时对牦牛、人、小鼠等物种的Lfcin蛋白进行序列分析和进化树分析。结果：试验首次克隆获得了含甘南牦牛乳铁蛋白（lactoferrin,LF）第二外显子的DNA序列（在Gen-Bank中获得登陆号EU247256）,共778 bp,其中LF基因第二外显子长165 bp,编码55个氨基酸,Lf-cin蛋白占25个氨基酸;序列分析结果显示,克隆获得的牦牛DNA序列与奶牛相应序列存在3个碱基的变异;牦牛和奶牛的Lfcin蛋白质序列完全相同;各物种Lfcin蛋白具有较高的同源性,Lfcin蛋白进化树符合物种进化规律。     

查吾拉牦牛线粒体全基因组序列及系统发育分析

为了解查吾拉牦牛（Bos grunniens）线粒体全基因组结构,对查吾拉牦牛线粒体基因组进行了PCR扩增并测序、组装及注释。结果表明,查吾拉牦牛完整的线粒体DNA为环状分子,全长16 323 bp,其核苷酸组成分别为：A占33.71%,T占27.30%,C占25.78%,G占13.21%,A+T含量为61.01%。总体组成包括22个tRNA基因,2个rRNA基因,13个蛋白编码基因（ND1～ND6、ND4L、COX1～COX3、ATP6、ATP8和CYTB）,以及1个非编码控制区（D-loop）。ND6和8个tRNA基因（tRNA-Ser、tRNA-Pro、t RNA-Glu、t RNA-Tyr、tRNA-Cys、tRNA-Asn、tRNA-Ala和tRNAGln）均编码在轻链上,其余基因编码在重链上。系统发育分析结果表明,查吾拉牦牛与娘亚牦牛亲缘关系较近。综上所述,查吾拉牦牛线粒体基因组全序列可用于进一步研究其起源进化和育种改良。     

吉林省圈养梅花鹿种群遗传资源多样性分析

为了探讨吉林省圈养梅花鹿的遗传分化情况,利用DNA直接测序技术测定其线粒体细胞色素mt DNA Cytb基因全序列,结合Gen Bank收录的其他梅花鹿亚种同源序列,利用生物学软件进行分析。结果表明,15头样本mt DNA Cytb基因序列中,共检测到核苷酸多态位点38个,吉林省圈养梅花鹿种群的遗传多样性水平较低,与俄罗斯、韩国、朝鲜亚种亲缘关系较近,与四川亚种亲缘关系较远。     

西藏亚东牦牛线粒体DNA分析及系统进化研究

应用基因测序技术对西藏亚东牦牛线粒体基因组进行测序,并对测序数据质控与修剪及基因组组装、精细注释、功能注释与分析。结果表明:亚东牦牛线粒体基因组大小约为15 389 bp,包含13个PCGs、21个tRNAs、2个rRNAs及1个D-loop,其A+T碱基含量为60.86%,G+C碱基含量为39.14%;编码基因(PCGs、tRNAsrRNAs)片段总长度为14 495 bp,占基因组总长度的94.19%;同时,分析了亚东牦牛与其他11个物种间的进化关系,发现亚东牦牛与甘南牦牛归为一类,亲缘关系最近。西藏亚东牦牛线粒体DNA分析为研究牦牛群体遗传、起源与分子进化提供了技术参考。     

高原牦牛乳铁蛋白素基因克隆及序列分析

利用PCR技术从高原牦牛基因组DNA中获得了乳铁蛋白素(lactoferricin,Lfcin)基因序列;将Lfcin基因连接于pGEM T easy载体,送至生物公司测序;将高原牦牛与奶牛的Lfcin基因序列进行比对;同时,对牦牛、奶牛、人、小鼠等物种的Lfcin蛋白序列进行分析。结果表明：克隆获得了含高原环湖牦牛LF(lactoferrin)第2外显子的DNA序列,共778 bp,其中Lfcin基因编码区长75 bp,编码25个氨基酸; 序列分析显示,克隆获得的牦牛DNA序列与奶牛这一序列存在9个碱基的变异;牦牛和奶牛的Lfcin蛋白质序列完全相同,各物种Lfcin蛋白具有较高的同源性。     

獭兔线粒体基因组全序列的测定与分析

通过PCR扩增和TA克隆技术,获得獭兔线粒体基因组全序列,序列全长17 361 bp,碱基组成分别为31.48%A、26.66%C、13.58%G、28.28%T。獭兔线粒体基因组包含13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码控制区(D-loop)。在这37个编码的基因中,由轻链(L链)编码的基因9个,它们是ND6基因和8个tRNA基因,其余28个均由重链(H链)编码。其线粒体基因组成与其他兔属动物线粒体全基因组的排列顺序一致,表明兔属动物线粒体DNA进化上有较高的保守性。     

中甸牦牛mtDNA D-Loop区遗传多样性及系统进化分析

根据牦牛线粒体DNA序列设计引物,扩增获得了中甸牦牛线粒体D-loop区全序列,并以山羊为外属对牛亚科部分牛种(野牦牛、九龙牦牛、麦洼牦牛、西藏牦牛、天祝牦牛、青海牦牛、大通牦牛、美洲野牛、欧洲野牛、印度野牛、亚洲水牛和普通牛)的mt DNA D-loop序列进行了系统进化分析,以期了解中甸牦牛的遗传多样性,从而为中甸牦牛遗传资源的保护、开发和利用奠定理论基础。结果表明:(1)中甸牦牛线粒体D-loop区序列长在890~910 bp之间,T、C、A、G四种碱基的平均含量分别为28.78%、24.41%、32.34%和14.47%,存在一定的碱基组成偏倚性;(2)中甸牦牛共有13种单倍型,平均单倍型多样性(Hd)为0.983 3,平均核苷酸多样性(Pi)为0.005 34,遗传多样性较为丰富;(3)中甸牦牛与已知牛种mt DNA D-loop区序列双参数距离显示,其与麦洼牦牛距离最小(0.006),与亚洲水牛距离最大(0.179);(4)系统进化分析显示,中甸牦牛是我国众多家牦牛类群中的一支,与麦洼牦牛聚为一类,推测其可能与麦洼牦牛因地理位置存在基因交流,由共同祖先进化而来。     

新疆塔什库尔干牦牛mtDNA Cytb基因和D-Loop区遗传多样性及系统进化分析

为探究塔什库尔干牦牛的遗传多样性和起源进化关系,本研究通过测定和分析塔什库尔干牦牛10个个体细胞色素b基因(Cytb)和D-loop区全序列,分析多态性及构建系统进化树。结果表明:塔什库尔干牦牛Cytb基因全序列长度为1 140bp,4种核苷酸T、A、G、C的平均比例分别为27.72%、33.21%、12.92%、26.15%;在10个个体中鉴定出3种单倍型,3个变异位点,全部为转换,单倍型的多样性(Hd)为0.378,核苷酸的多样性(Pi)为0.00 205;D-loop区序列全长在890～910bp之间,4种核苷酸T、A、G、C的平均比例分别为26.12%、34.22%、25.27%、14.39%,共统计出36个SNP位点,其中转换11个,颠换21个,缺失3个,其单倍型多样性(Hd)为0.778,核苷酸多样性(Pi)为0.00 839。在基于Cytb基因的系统进化树中,塔什库尔干牦牛首先与巴州牦牛、青海牦牛聚为一类,之后与西藏牦牛、野牦牛聚为一类;在D-loop区的系统进化分析中,塔什库尔干牦牛则先与麦洼牦牛、大通牦牛聚为一类,之后与西藏牦牛、野牦牛聚为一类,展示出丰富的遗传多样性,同时进一步支持了牦牛和野牦牛划为牛亚科牦牛属的观点。     

牦牛线粒体DNA D-loop区序列测定及其在牛亚科中分类地位的研究

根据普通牛线粒体DNA序列设计引物,获得了九龙牦牛线粒体D-loop区全序列,并以羊亚科绵羊属绵羊作为外类群利用D-loop区序列对牛亚科代表性物种（牦牛、野牦牛、普通牛、瘤牛、美洲野牛、欧洲野牛和亚洲水牛）进行了系统发育分析。结果发现：牦牛线粒体DNA D-loop区序列全长893 bp,与普通牛源序列的同源性为87.4%,其中有17个碱基的缺失;在牛亚科内,牦牛、野牦牛与美洲野牛（美洲野牛属）间的序列差异百分比最小,为6.2%～6.8%,而与牛属中普通牛、瘤牛间的序列差异百分比较大,为10.0%～11.3%;系统发育分析发现：牦牛、野牦牛首先与美洲野牛聚为一类,说明牦牛、野牦牛与美洲野牛属间的遗传相似性较高、亲缘关系较近,而与牛属间的遗传相似性较低、亲缘关系较远;结合古生物学、形态学、分子生物学的证据,支持将牦牛、野牦牛划分为牛亚科中一个独立属即牦牛属的观点。     

猪囊尾蚴西昌分离株线粒体Cytb和nad4基因的序列测定与种系发育分析

利用PCR技术对2个猪囊尾蚴西昌分离株的线粒体细胞色素b(Cytb)基因全序列和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位4(nad4)基因部分序列(pnad4)进行扩增,分析其遗传变异,并用MEGA 5.0程序NJ法绘制种系发育树,探讨不同地区来源的猪囊尾蚴种系发育关系。测序结果显示,2个猪囊尾蚴分离株的Cytb基因全序列长度均为1 068bp,nad4基因部分序列长度均为815bp,核苷酸序列同源性均为99.8%。种系发育分析结果显示,所有猪囊尾蚴分离株形成一个分支,2个西昌分离株均属于猪带绦虫亚洲基因型。结果表明,Cytb和nad4基因均可用于猪带绦虫的分子分类,为猪带绦虫病/猪囊尾蚴病的分子诊断奠定基础。     

牦牛生长激素基因cDNA分子克隆及进化分析

根据GenBank中登录的牛、山羊和绵羊等动物的生长激素基因序列的比对结果,设计特异性引物,分别从甘南黑牦牛和天祝白牦牛脑垂体中提取RNA,采用RT-PCR技术克隆,测序获得707 bp的片段。结果表明:该片段包含牦牛生长激素基因完整的开放阅读框,长654 bp,编码217个氨基酸。与牛的核苷酸序列相比,牦牛第607位碱基为A,而牛为C,但这一碱基差异并未导致氨基酸残基的变化,均编码精氨酸。牦牛生长激素基因编码区序列与牛、山羊、绵羊、马、猪、猫和犬的同源性分别为99.8%、98.6%、97.7%、90.6%、90.1%、89.1%和88.9%,氨基酸序列同源性分别为100%、99.1%、98.6%、88.9%、88.5%、88.9%和89.4%,表明生长激素基因在进化上非常保守。基于CDS序列和氨基酸序列建立的系统进化树结果一致,且与比较形态学和比较生理学分类结果一致。     

家鹅线粒体细胞色素b跨膜螺旋结构分析

采用PCR和DNA测序技术测定了6个中国家鹅品种和2个欧洲鹅品种25个个体线粒体DNA（mitochondrial DNA，mtDNA）的部分序列，经测序分析表明该序列（1401bp）包括了细胞色素b（cytochrome b，Cytb）基因的完整序列（1143bp）。通过对家鹅线粒体基因组的研究，首次报道了家鹅线粒体Cytb的跨膜螺旋结构，并对家鹅Cytb跨膜螺旋结构及各区域序列的变异特征进行了分析。结果表明：鸿雁、灰雁和白额雁的Cytb具有完整而且完全相同的跨膜螺旋结构；家鹅Cytb基因的核苷酸序列在膜内、膜间和膜外的变异位点数分别为12、9和10，膜内、膜间的变异均属同义替换，而膜外有2个位点发生了非同义替换，表明跨膜螺旋的膜外区域变异程度高于膜间和膜内。研究的结果将为进一步探讨家鹅细胞色索b结构与功能的关系奠定基础。所测定的基因序列已登录国际GenBank数据库，序列号为AY427800-AY427805和AY427812-AY427814。     

牦牛EPOR基因编码区序列的克隆及分析

以处于不同海拔高度的3个牦牛品种即巴州牦牛、大通牦牛、九龙牦牛为研究对象,对各牦牛品种的促红细胞生成素受体(EPOR)基因编码区进行PCR扩增和克隆测序.在对测序结果进行拼接得到牦牛EPOR基因编码区全序列基础上,利用生物信息学软件对其序列进行生物信息学及比较基因组学分析.结果表明:牦牛的EPOR基因编码区全长1 527 bp,编码508个氨基酸;EPOR信号肽由25个氨基酸组成,胞外域由225个氨基酸组成,跨膜区由22个氨基酸组成,胞浆域由236个氨基酸组成;EPOR基因编码区在牦牛品种间及其与普通牛间均存在一定的差异,这些差异是否与牦牛的适应性有关,值得进一步研究.     

甘南牦牛GH基因的SNPs分析

[目的]甘南牦牛是分布在甘南境内的牦牛类群,是当地优势畜种之一.为了揭示甘南牦牛GH基因的结构特征,[方法]采用PCR-SSCP技术,对202头甘南牦牛生长激素基因(GH)5个外显子及部分内含子序列进行SNPs分析.[结果]表明:甘南牦牛GH基因第1、第2和第4外显子无多态性,第3内含子及第5外显子表现遗传多态性,其中第3内含子有AA、AB、BB 3种基因型,第5外显子有CC和CD 2种基因型,未发现DD基因型.序列分析发现,第3内含子1 694 bp处发生T→C单碱基转化;第5外显子2 154 bp处发现G→A单碱基突变,导致由甘氨酸(Gly)变为丝氨酸(Ser).甘南牦牛在2个基因位点上均表现为低度多态(PIC<0.25),χ2检验表明其处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.05).结论 初步推测甘南牦牛GH基因的多态性相对贫乏.     

中国地方猪种线粒体基因组遗传多样性及其系统发育分析

为从分子水平上探究中国地方猪种遗传多样性和分类地位,本试验采用生物信息学方法比较了6个类型共22个中国地方猪种的线粒体基因组全序列,分析了其多态性,并构建了6个类型猪种线粒体D-loop区单倍型的网络中介图以及基于线粒体D-loop序列、Cytb基因、完整编码区序列的系统进化树。结果表明,6个类型22个猪种中共检测到了144个多态位点,22种单倍型,说明地方猪种具有丰富的遗传多样性;地方猪线粒体基因组序列中核苷酸变异以转换为主,且Ti/Tv大于转换/颠换比临界值（2.0）,变异位点均符合中性突变。6个类型猪种间遗传距离均较小,且有共享单倍型。系统进化树结果表明,6种类型地方猪种主要聚为两个支系。表明线粒体D-loop序列及Cytb基因均可作为研究种内系统发育、起源进化的分子标记。     

宁乡猪线粒体DNA全基因组研究

本研究通过聚合酶链式反应法测定了宁乡猪全线粒体基因组序列(GenBank收录号:KF472178),结果表明,线粒体DNA的总长度为16690bp,其组成为34.70%A、25.81%T、26.18%C、13.30%G,均为富A+T(60.52%)。它包含了典型的线粒体DNA结构,包括2个核糖体RNA基因、13个蛋白质编码基因、22个转移RNA基因和1个非编码控制区域(D-loop区域)。这些基因的排列方式与长白猪相同。其中除了ND2、ND3、ND4L和ND5的起始密码子是ATA,ND6是ATT,其他蛋白质的起始密码子均为ATG。宁乡猪线粒体全基因组序列为进一步研究其种质特性遗传机制奠定了基础。     

青海高原牦牛PRDM1基因克隆及生物信息学与差异表达分析

以青海高原牦牛淋巴结,90日龄胎儿头部皮肤,牦牛精子以及西门塔尔牛精子为材料,通过RT-PCR克隆了包含PRDM1基因编码区的cDNA序列。将克隆获得的青海高原牦牛PRDM1基因的cDNA与黄牛相应序列进行比对,对青海高原牦牛PRDM1蛋白与其他物种PRDM1蛋白进行序列比对和进化树分析,对青海高原牦牛PRDM1蛋白的特性和结构进行预测。荧光定量检测青海高原牦牛淋巴结,90日龄胎儿头部皮肤,牦牛精子以及西门塔尔牛精子中PRDM1基因mRNA表达量。结果显示,克隆获得青海高原牦牛PRDM1基因该部分cDNA片段长度为761bp,其中PRDM1基因编码区长741bp,编码246个氨基酸;序列分析显示,克隆获得的牦牛cDNA序列与黄牛该序列存在3个碱基的变异;青海高原牦牛PRDM1蛋白与黄牛、野牦牛、绵羊、马相应序列同源性分别是99.0%,99.0%,97.0%,92.0%;各物种PRDM1蛋白进化树符合物种进化规律。包含卷曲螺旋等典型结构域,人甲基转移酶蛋白结构域PR蛋白1具有94%的相似性,人甲基转移酶蛋白结构域PR蛋白10具有36%的相似性,具有SET结构域活性。青海高原牦牛PRDM1基因在西门塔尔、牦牛精子中表达量极显著高于青海高原牦牛淋巴结(P<0.05),90日龄胎儿头部皮肤中表达量极显著低于青海高原牦牛淋巴结(P<0.01)。从青海高原牦牛克隆获得PRDM1基因编码区揭示了其分子特征,为青海高原牦牛PRDM1蛋白质功能的研究奠定基础。     

中甸牦牛mtDNA Cytb基因遗传多样性及系统进化分析

为从分子水平上探究中甸牦牛的遗传多样性和起源进化关系,本研究通过测定和分析中甸牦牛15个个体细胞色素b基因(Cytb)全序列,分析多态性及构建系统进化树。结果表明,中甸牦牛Cytb基因全序列长度为1 140bp,T、A、G和C含量分别为26.3%、31.8%、13.1%和28.8%;在15个个体中鉴定出3种单倍型,3个变异位点,其中2个转换、1个颠换,单倍型多样性(Hd)为0.2571,核苷酸多样性(Pi)为0.00035。系统进化树中,中甸牦牛首先与野牦牛聚为一类,之后与美洲野牛聚为一类,说明中甸牦牛与野牦牛和美洲野牛的亲缘关系较近、遗传相似性高,而与其他牛属的遗传相似性相对较低。遗传距离分析结果发现,中甸牦牛和野牦牛的遗传距离最近,结合分子生物学、古生物学等学科知识进一步支持了牦牛和野牦牛划为牛亚科牦牛属的观点。     

IFITM1基因克隆及其在不同生长阶段牦牛各组织中的表达分析

为鉴定牦牛IFITM1基因并分析其在不同生长阶段牦牛5种组织中的转录水平和蛋白表达量.本研究采用根据普通牛IFITM1基因设计的引物,PCR扩增牦牛IFITM1基因并利用生物信息学软件分析其序列,结果显示,获得牦牛546 bp的IFITM1基因cDNA序列,其中编码(CDS)区为375 bp,编码124个氨基酸残基.牦...     

吉林珍珠鸡、花尾榛鸡线粒体DNA序列遗传多样性分析

为了研究吉林珍珠鸡、花尾榛鸡线粒体DNA(mt DNA)序列遗传多样性,试验采用PCR产物测序技术分别对吉林珍珠鸡、花尾榛鸡20只个体mt DNA细胞色素b(Cytb)基因序列进行分析。结果表明:在吉林珍珠鸡mt DNA Cytb基因序列中检测到核苷酸多态位点4个,20只个体具有4种单倍型;花尾榛鸡核苷酸多态位点9个,20只个体具有3种单倍型。构建系统进化树显示,吉林珍珠鸡与红色原鸡亲缘关系较近,与花尾榛鸡、山鸡亲缘关系较远。