籼粳稻亚种间分子标记差异分析

[目的]为籼粳稻亚种的分子标记鉴定提供依据。[方法]以13份籼稻、5份粳稻为亲本,采取SDS法提取水稻叶片总DNA,进行扩增反应,利用321对SSR引物对亲本的多态性进行筛选,分析籼粳亚种之间的SSR标记差异。[结果]18个亲本中共筛选到168对引物具有明显的标记带和较好的多态性。SAR水稻血缘的412、407、421、992、950之间及长药野生稻血缘的84-15与84-23之间的多态性明显少于稳定亲本与栽培稻之间的多态性,也低于籼稻品种间和粳稻品种间的多态性。籼稻与粳稻之间的多态性频率最高,籼稻品种之间的多态性高于粳稻品种之间的多态性。供试材料籼粳稻之间存在31个SSR标记差异,SSR标记可较为准确地鉴定材料的亚种属性。[结论]籼粳亚种之间有明显的SSR标记差异。     

太湖流域水稻地方品种籼粳分化和遗传多样性分析

利用32对In Del标记和18对SSR标记对200份太湖流域水稻地方品种进行籼粳分析和遗传多样性分析。籼型指数≤0.1的有179份,属典型粳稻;籼型指数0.11~0.25之间的有1份,属粳稻;籼型指数0.26~0.39之间的有1份,属偏粳稻;籼型指数0.75~0.89之间的有2份,属籼稻;籼型指数≥0.90的有17份,属典型籼稻,太湖流域地方品种以典型粳稻和典型籼稻为主。32对In Del标记和18对SSR引物遗传多样性分析共检测出156个等位基因,每对引物可检测出2~9个等位基因,平均为3.12个,UPGMA聚类分析结果表明,在遗传相似系数0.42处,地方品种籼稻和粳稻可以明确区分出来,在遗传相似系数0.77和0.82处,籼稻和粳稻又都可以分2个群。     

中粳水稻品种资源遗传多样性Ⅲ. 不同时期育成品种SSR多样性的比较分析

利用 42个SSR标记对我国中粳水稻稻区不同时期育成的137份品种进行遗传多样性分析,33个标记具有多态性,在多态性位点共检测到107个等位基因,每个引物上的等位基因数为 2～7个,平均3.2个。供试品种Nei多样性指数平均值为0.290,变异范围为0.162～0.419。供试品种在籼粳分化程度上差异明显,TDj值平均为0.7787,变幅为0.3620～0.9445,多数品种的籼粳分化较为彻底,地方品种和早期育成品种存在粳型倾籼类型。利用SSR分子标记进行UPGMA聚类分析,可将130个典型粳型品种、3个籼稻对照品种和7个粳型倾籼型品种明显分开,与形态分类的结果相一致,130个粳稻品种可分为多个类群。Nei基因多样性指数He,TDj值、SSR多样性变化趋势表明,我国中粳水稻稻区不同时期育成的品种遗传多样性呈下降趋势,因此,水稻育种中应发掘新的种质资源,拓宽品种的遗传多样性。     

明恢系列籼粳交品系遗传多样性研究

水稻种质资源遗传多样性不仅表现在表型性状上的差别,也表现在DNA水平上的差异。分子标记是检测种质资源遗传多样性的有效工具。本研究选用39份不同类型的籼粳交品系和17份籼、粳稻亲本为材料,利用表型和SSR     

中粳水稻品种资源的遗传多样性Ⅱ.黄淮稻区近期育成品种的SSR多样性比较

采用42个SSR标记,分析了136份中国黄淮稻区近期育成的中粳水稻品种(系)的遗传差异,发现有33个标记具有多态性,多态性位点共检测到106个等位基因,每个位点2.0~7.0个,平均3.2个。供试品种的基因多样性指数(He)平均值为0.249,变幅为0.171~0.426,遗传多样性较低。供试品种(系)籼粳分化程度(TDj)值的分布范围为0.629~0.945,籼粳分化比较彻底,粳稻基因成份高。UPGMA聚类结果表明,利用SSR分子标记可将供试136个粳稻品种(系)与对照籼稻品种分开,粳稻群在遗传距离为0.43处分为2个类群,并可进一步分为多个亚群,聚类结果一定程度上反映了品种(系)间的亲缘关系。     

云南稻核心种质F_2世代形态多样性鉴定与分类

为解决云南稻作遗传基础狭窄和地方稻种难以利用等问题,以548份云南稻核心种质和云南主栽籼稻品种滇屯502、粳稻品种杂合系35配制的杂种F2(498份)为材料,按籼粳间、稻作区间进行云南稻核心种质杂种后代形态多样性鉴定与分类研究.结果表明:1) 杂种F2具有丰富的形态多样性,结实率、实粒数、秕粒数、穗颈长等性状都表现出较大的变异,平均多样性指数也较高.2) 籼粳间、稻作区间单一性状变异趋势基本一致,但多样性指数存在一定差异.3) 通过聚类分析,可将供试材料划分成4个性状不同的类群,各类群的形态性状差异明显,有利于育种目标的选择.     

粳稻种质资源籼粳属性鉴定及其对表型性状的影响

[目的]针对当前江西省发展粳稻生产急需本土化优质粳稻品种的现状,为明确籼粳基因频率与表型性状之间的相关性,筛选出适用于江西粳稻育种的优质粳稻核心种质.[方法]利用30对InDel籼粳特异性标记对来自国内外的360份优异粳稻资源进行籼粳属性分析,并调查结实率、理论产量、粒型等8个表型性状,分析籼型基因频率与表型性状两者之间的相关性.[结果]360份优异粳稻资源中有典型粳稻312份、粳稻42份、偏粳型5份、偏籼型1份.籼型基因频率与表型性状的相关分析结果表明,籼型基因频率与4个表型性状呈极显著相关(P<0.01),与3个表型性状呈显著相关(P<0.05),说明粳稻种质资源籼粳属性与表型性状间存在高度的相关性.[结论]引入10％左右的籼型血缘可能有利于控制其对粳稻产量的负面作用,最终选取123份粳稻种质作为江西省粳稻育种核心亲本,为有效且合理地用粳稻资源用以改良水稻品种提供理论依据及育种材料.     

利用程氏指数和SSR标记分析水稻籼粳性

用程氏指数法从稃毛、酚反应、第1穗节与第2穗节间的长度、抽穗时壳色、叶毛和粒形6方面对90份水稻材料的籼粳属性进行分析。以冈46为对照,将供试材料分为籼、偏籼、粳、偏粳4类。用分布于12条水稻染色体上的30对SSR引物对90份水稻材料进行遗传多样性分析,结果共检测出101个等位位点,平均每个引物检测到3.37个等位基因,其中籼稻特异位点17个,占16.04%,粳稻特异位点11个,占10.37%,说明籼稻的遗传多样性大于粳稻。聚类结果表明,SSR标记能较好地将粳稻与籼稻分类。     

基于SSR分子标记的宁粳28籼粳成分分析

[目的]为杂交水稻育种提供科学依据。[方法]以水稻品种宁粳28为试验材料,选取分布于水稻12个连锁群上的136对SSR引物,以2个测序品种日本晴和9311分别为典型粳稻与籼稻标准,利用SSR分子标记技术分析3个品种在DNA水平上的多态性差异,研究宁粳28粳稻与籼稻成分在染色体上的分布。[结果]宁粳28叶片DNA的PCR扩增产物经5%琼脂糖凝胶电泳后,16个标记位点为偏籼稻带型（大多数位点分布于3、5、8号染色体上）,4个标记位点无多态性,8个标记位点为籼粳中间型,其余107个标记位点为偏粳稻带型。[结论]宁粳28为典型的粳稻,其籼稻成分只占被抽查位点的9.56%。     

水稻籼粳性特异分子标记的筛选与判别体系的建立

【目的】准确区分水稻的籼粳性在籼粳亚种杂种优势利用和进化研究等方面具有重要意义。根据在籼稻和粳稻中存在的核苷酸序列差异设计的分子标记,已被广泛应用于水稻籼粳性的判别中。但是已公布的这些籼粳性判别分子标记在遗传背景多样的实验材料中是否仍然表现出籼粳特异性尚未可知;此外,目前籼粳性的判别多是基于待测品系与 2 个对照品种的比较,无法反映待测品系与籼（粳）亚种群体的籼粳相似性。因此,需要筛选出一套能在多样性遗传材料中都表现出籼粳性特异的分子标记,并建立籼粳组群判别体系客观判别水稻的籼粳性。【方法】在能代表世界水稻遗传多样性的水稻多样性种质平台 2（RDP2）中,利用 7 万个 SNP分子标记的基因型,选取保留群体遗传多样性的 92 份水稻品种（系）,对已知的 51 对用于籼粳性判别的分子标记进行筛选;并根据籼粳特异性分子标记的聚类结果,选取 5 份籼稻和 5 份粳稻组成籼稻和粳稻判别组,利用籼性判别值量化水稻籼粳性。【结果】在 51 对分子标记中筛选到 24 对籼粳特异性强的分子标记（在籼 / 粳稻群中出现专一带型的频率均高于 69.5%）,它们均匀分布在水稻 12 条染色体上。根据籼粳特异分子标记的带型结果,92 份品种（系）可分为籼稻和粳稻 2 个组群,聚类结果与这些品种（系）已知的籼粳性完全吻合。根据聚类结果,构建了组群判别体系,随机选取 10 份品种（系）对其籼性判别值进行计算,其中 1 份偏籼品系、1 份偏粳品系、4 份籼稻品系、4 份粳稻品系,准确地实现了对其籼粳性的量化判别。【结论】筛选出一套可在 遗传背景丰富的材料中进行籼粳性鉴定的分子标记,并基于籼粳组群建立了一套籼粳判别体系,高效准确判别水稻的籼粳性。     

候选抗病基因在水稻品种多样性研究中的应用

 利用19个来源于水稻和大麦、具有抗病基因NBS-LRR结构特点的探针对24个水稻品种的Dra I酶切DNA片段进行候选抗病基因分析，用26个稻瘟病菌株对供试品种进行人工接种试验。结果表明：供试品种中共检测到127个候选基因位点，平均每个探针为6.7个。除齐头谷、八宝谷和紫糯外，籼稻品种的位点数均高于粳稻品种，而这些籼稻品种表现较为抗病。聚类分析将供试品种划分为籼粳差异明显的2个类群和分群结果与其系谱关系及抗性基本吻合的5个亚群，表明候选抗病基因标记可用于水稻品种的遗传关系、水稻病害控制和抗病育种方面研究。     

32份水稻抗稻瘟病材料的SSR遗传多样性分析

为了对抗稻瘟病品种的选育及种质资源保护利用提供依据,利用24对SSR引物对筛选出的32份抗稻瘟病地方种质资源(品种)进行了遗传多样性分析。结果表明:24个位点共扩增出177个等位变异,平均每个位点7.375个,平均Nei’s基因多样性指数为0.7194,平均多态信息含量为0.6735,供试材料整体遗传变异较丰富,粳稻材料稍高于籼稻,但差异不显著;全部供试材料的平均遗传相似系数为0.2799,基因库保存的抗稻瘟病材料间的遗传差异大于近几年收集的地方抗病品种;基于Nei’s遗传相似系数的聚类分析,在0.34水平上将这些材料划分为籼稻和粳稻两个类群,亲缘关系的远近与其地理来源有一定的相关性。     

籼粳野杂交后代田间苗期耐寒性初步分析

[目的]获得可供育种利用的耐冷材料,为耐冷育种提供种质资源.[方法]分别对亲本材料籼稻品种9311、普通野生稻DP10、粳稻品种白R54和日本晴及其杂交后代进行田间耐冷性鉴定,在自然低温冷害严重条件下观察其在田间自然栽培条件下的苗期耐寒性表现.[结果]获得可供育种利用的农艺性状优良、耐冷性强的材料39份,其中33份材料粳稻遗传成分为87.5%,6份材料籼稻遗传成分为75.0%,60份耐寒材料中野生稻遗传成分高达50.0%,但农艺性状较差.在所有不耐寒的材料中,籼稻遗传成分高达87.5%.[结论]不同水稻品种杂交后代中,含有较多粳稻和野生稻遗传成分的材料表现出较好的耐寒性;粳稻和普通野生稻是籼稻耐寒育种改良中重要的耐冷资源,导人野生稻或粳稻的遗传成分能够明显提高籼稻的耐寒性.     

贵州地方耐冷水稻品种的SSR遗传多样性分析

用16对SSR引物对11个贵州地方耐冷水稻品种、2个典型的籼稻品种和2个典型的粳稻品种进行遗传多样性分析，在15份材料中共检测到95个等位基因，每一位点的等位基因变幅为4～12个，平均5．9个，其中有效等位基因70个，有效等位基因的百分数为75．8％，多态位点百分率为38％，贵州地方耐冷水稻品种间遗传距离为0．06～0．53。应用NJ法对基于16对SSR标记数据的品种进行聚类分析，结果表明：15份不同材料可分为粳稻组和籼稻组，粳稻组各品种间遗传距离为0．06～0．53，平均遗传距离为0．303，其中贵州地方耐冷水稻品种间的遗传距离为0．21～0．46，籼稻组各品种间遗传距离为0．297～0．377，平均遗传距离为0．329。11个贵州地方耐冷水稻品种除筒恢211外，其他都属粳稻组。用相同SSR标记数据和聚类方法分别对苗期、芽期、孕穗期和开花期耐冷的水稻品种进行聚类分析发现：同一时期耐冷品种在各自聚类图中的排列位置与全部材料聚类时有所不同，但其亲缘关系远近没有变化。结果表明SSR适合贵州地方耐冷水稻品种的遗传多样性研究和籼粳分类。     

Cold tolerance analysis on filial generation of Indica, Japonica and common wild rice at seedling stage in field

[目的]获得可供育种利用的耐冷材料,为耐冷育种提供种质资源.[方法]分别对亲本材料籼稻品种9311、普通野生稻DP10、粳稻品种白R54和日本晴及其杂交后代进行田间耐冷性鉴定,在自然低温冷害严重条件下观察其在田间自然栽培条件下的苗期耐寒性表现.[结果]获得可供育种利用的农艺性状优良、耐冷性强的材料39份,其中33份材料粳稻遗传成分为87.5％,6份材料籼稻遗传成分为75.0％,60份耐寒材料中野生稻遗传成分高达50.0％,但农艺性状较差.在所有不耐寒的材料中,籼稻遗传成分高达87.5％.[结论]不同水稻品种杂交后代中,含有较多粳稻和野生稻遗传成分的材料表现出较好的耐寒性;粳稻和普通野生稻是籼稻耐寒育种改良中重要的耐冷资源,导人野生稻或粳稻的遗传成分能够明显提高籼稻的耐寒性.     

利用InDel标记鉴定浙优系列杂交稻籼粳属性和预测杂种优势

【目的】准确鉴定水稻材料的籼粳属性及利用遗传距离预测杂种优势,为开展水稻超高产育种和籼粳亚种间杂种优势利用提供基础。【方法】利用19对籼粳稻特异插入/缺失（Insertion/Deletion,InDel）引物,对12个浙优系列杂交稻及其双亲的籼粳属性进行了InDel分子标记鉴定,根据被检测水稻样品在多个InDel 位点上的籼型或粳型基因频率,参考卢宝荣的方法,将供试样品分别判定为“籼稻”、“偏籼”、“中间偏籼”、“中间偏粳”、“偏粳”和“粳稻”。采用Nei的方法求算13个亲本间（1个不育系和12个恢复系）的InDel遗传距离,用UPGMA法进行遗传相似性聚类,用SPSS 17.0统计分析软件对InDel条带赋值进行主成分分析, 依据第一和第二主成分的特征向量的平均分量值作平面散点图。统计杂种F1稻谷产量、每穗总粒数、每穴有效穗、结实率、千粒重及单穗重各产量性状的对照优势,以此分析InDel遗传距离与杂种优势的相关性。【结果】（1）参试材料籼粳属性的判别：不育系浙04A被鉴定为“粳稻”,8个恢复系被判定为“籼稻”或“偏籼”,由其所配组的8个杂交组合被判定在“中间偏籼”到“偏粳”之间,证实了这8个组合为典型的籼粳交组合;另外4份恢复系被判定为“偏粳”,所配组的4个杂交组合被判定为“粳稻”。（2）参试材料的聚类分析：当GS 为0.350时,35份试验材料被分为“粳稻”和“籼稻”2个主群,GS为0.638时,粳稻主群又被划分为“粳稻/偏粳”和“中间偏粳”2个亚群。其中,粳稻/偏粳亚群包括不育系浙04A、4个粳粳交恢复系及粳粳交杂种F1、3个粳稻对照种和粳稻秀水09;中间偏粳亚群包括8个籼粳交杂种F1。籼稻主群则包括8个籼粳交组合的恢复系、3个籼稻对照种和籼杂组合汕优63。（3）InDel遗传距离与杂种优势的相关性：在以粳粳交、籼粳交组合整体作为分析对象时,InDel遗传距离与稻谷产量、每穗总粒数、单穗重呈极显著正相关,与结实率呈显著负相关;仅以籼粳交组合为研究对象时,InDel遗传距离仅与单穗重和千粒重呈显著正相关。【结论】供试的12个浙优系列中的8个组合被证实为典型的粳不/籼恢型籼粳交组合,这些组合的双亲间具有较远的遗传距离;InDel遗传距离在不同类型品种间具有较好的杂种优势预测能力,可用于单穗重的优势预测,即随着InDel遗传距离的扩大,杂种优势主要体现在单穗重的增加上。     

利用InDel标记量化中国栽培水稻微核心种质的籼粳成分

利用34对鉴定籼粳指数的InDel标记对184份栽培稻微核心种质的籼粳指数进行量化与评价.结果表明,微核心种质中典型籼稻、籼稻、偏籼、中间型、偏粳、粳稻和典型粳稻的比例分别为53.26％、9.24％、1.63％、1.09％、3.26％、9.78％和21.74％,偏籼粳中间型的材料较少.     

高原粳稻群体遗传结构及其农艺性状与SSR标记的关联分析

[目的]分析高原粳稻主栽品种的遗传状况,寻找与农艺性状相关联的分子标记,为水稻新品种选育提供参考.[方法]在2种海拔条件下调查81份高原粳稻主栽品种的农艺性状,并利用48个SSR标记对供试品种进行多态性扫描和群体遗传结构分析,在此基础上采用Tassel 2.1 MLM(MixedLinear Model)方法进行SSR...     

SSR分子标记分析彩色马铃薯品种间的遗传关系

利用SSR分子标记对来源不同的30份彩色马铃薯种质材料进行遗传多样性研究.结果表明,41个SSR引物扩增30个供试品种得到152条带,其中128个为多态性带,平均每个引物扩增3.12个多态性条带,其中包括一些品种特异性的SSR位点.UPGMA法进行聚类分析,在简单遗传相似系数SM=0.65处可将供试材料分成两大类群:类群Ⅰ为来自北美和欧洲的彩色马铃薯品种,在SM=0.72处可分为紫色马铃薯亚群,红色马铃薯亚群和白色马铃薯亚群;类群Ⅱ主要是不同来源的彩色马铃薯种质资源,包括二倍体原始栽培种,二倍体野生种和四倍体栽培种安弟斯亚种资源.聚类遗传关系表明类群Ⅰ和类群Ⅱ遗传关系较远,性状差异较大,可以作为极好的遗传资源进行杂交育种,扩展和丰富彩色马铃薯种质遗传背景     

寒地粳稻指纹图谱的构建及聚类分析

用6对INDEL标记及10对SSR标记对74份黑龙江及吉林的粳稻资源材料进行检测,通过分子标记构建每份材料的指纹图谱,利用Structure及Powermarker V3.25软件对供试材料进行分群及聚类分析。结果表明参试材料可以分成两个大群,细分为4个小群,在聚类分析图中,黑龙江和吉林品种中的龙粳30、垦稻20、通823等品种与籼型对照品种9311及偏籼型材料C418聚在一群,其余的粳稻品种分布在不同的3个小群,3个小群中的粳稻材料遗传差异较小,亲缘关系较近,试验结果与田间表现及测定结果相一致,在实际育种中,可以参照聚类图中信息,选择亲缘关系稍远的偏籼型材料进行杂交配组。